1株非洲猪瘟病毒自然变异毒株的鉴定

非洲猪瘟(ASF)于2018年传入我国后已流行了2年有余,我国非洲猪瘟病毒(ASFV)毒株未曾出现较大变异.最近,针对我国ASF疫情放缓以及感染猪出现的低死亡率现象,我们在ASFV生态学研究中,从主动监测的样品中分离到1株源自湖北某地的ASFV自然变异株.经基因组测序发现,其EP402R基因(CD2v)和上游相邻的EP...     

养殖场非洲猪瘟病毒变异株防控技术指南

1 病毒特点 非洲猪瘟病毒变异株包括基因缺失株、自然变异株、自然弱毒株等.与2018年传入的非洲猪瘟病毒毒株相比,变异株基因组序列发生不同程度的改变,包括核苷酸突变、缺失、插入或短片段替换等,部分变异株失去红细胞吸附活性.     

犬瘟热病毒强毒株在Vero-SLAM细胞上传代后的基因突变分析

为了了解犬瘟热病毒强毒株全基因组序列在Vero-SLAM细胞上传代培养后的突变情况,本试验利用犬瘟热病毒强毒分离株HeBei株第12代细胞毒,通过RT-PCR方法分段扩增犬瘟热病毒全基因,对扩增出的各个片段进行克隆和鉴定,并应用SeqMan程序将所测得的序列进行拼接成Hebei株全长cDNA序列。结果表明,全基因与原始序列相比有24处碱基突变,总突变率为0.15%,其中3处为非编号码区的突变,其余21处在编码区,碱基突变率最高的蛋白基因为F(0.36%),最低为N(无突变)。氨基酸突变率分别为N蛋白0.00%;P蛋白0.39%;M蛋白0.30%;F蛋白0.60%;H蛋白0.50%;L蛋白0.18%。表明犬瘟热病毒强毒株经Vero-SLAM细胞传代培养后基因突变主要发生在F蛋白基因上。     

非洲猪瘟病毒Georgia 2007/1株CD2v蛋白的原核表达及多克隆抗体制备

本研究旨在通过原核表达系统表达非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)Georgia 2007/1株EP402R基因,获得其编码的CD2v重组蛋白,并针对纯化的CD2v重组蛋白制备多克隆抗体。将ASFV EP402R全长基因进行密码子优化后连入pET-28a(+)表达载体,构建原核重组表达质粒,经1 mmol/L IPTG于16℃诱导12 h后,利用SDS-PAGE和Western blotting对重组蛋白进行表达鉴定和反应原性分析。以纯化的CD2v重组蛋白为免疫原制备鼠源抗CD2v多克隆抗体,随后以间接ELISA方法、间接免疫荧光试验及Western blotting分别检测多克隆抗体的效价和特异性。结果显示,ASFV EP402R基因克隆至pET-28a(+)获得pET-28a-EP402R重组质粒,转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞后经诱导表达获得CD2v重组蛋白,其大小约为47 ku,重组蛋白主要以包涵体形式存在,部分也可以融合表达蛋白形式存在。Western blotting结果显示,其可溶性上清经镍柱纯化后能被ASFV阳性血清识别,具有良好的反应原性。间接ELISA检测该多克隆抗体效价可达1∶512 000,间接免疫荧光试验和Western blotting表明该多克隆抗体可特异性识别真核表达的CD2v蛋白。以上结果表明,通过原核表达的ASFV CD2v重组蛋白具有较好的免疫原性,利用重组蛋白制备的多克隆抗体具有较高的抗体效价和特异性,为进一步研究ASFV EP402R生物学功能及基因缺失毒株的鉴别诊断和疫苗开发提供技术储备。     

1株基因Ⅶ型新城疫病毒的生物学特性研究及全基因组序列分析

为研究当前流行的新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)基因型、致病性及其与传统新城疫病毒疫苗株(La Sota等)的核苷酸差异,试验从某发病鸡场病死鸡体内分离到1株疑似NDV毒株,经红细胞凝集试验(HA)和红细胞凝集抑制试验(HI)初步确定为鸡源NDV。参照GenBank公布的NDV F基因部分片段(登录号:JF950510.1)设计1对引物,通过RT-PCR技术扩增分离株的F基因并克隆、测序,测序结果与NCBI中NDVF基因序列进行比对,构建系统进化树并分析其基因型;通过测定鸡胚平均致死时间(MDT)、1日龄鸡脑内致病指数(ICPI)和6周龄鸡静脉致病指数(IVPI)判断病毒致病性;参照GenBank公布的NDV全基因组序列(登录号:JF950510.1)设计9对引物对分离株进行全基因组序列测定,并分析其基因组结构。结果表明,RT-PCR扩增得到F基因长约500bp,基于F基因构建的系统进化树显示分离株为基因Ⅶ型NDV;MDT、ICPI和IVPI分别为52.8h、1.675和2.46,表明分离株属于强毒株。全基因组序列分析显示,分离株全基因组全长15 192bp,与传统La Sota株基因组相比,序列多出6个碱基,核苷酸序列同源性82.8%。本研究成功分离到1株基因Ⅶ型NDV强毒株,且与传统疫苗毒株La Sota的核苷酸序列同源性差异较大。     

我国部分地区鸡贫血病病毒全基因组核苷酸序列的比较与分析

本研究测定了3个鸡贫血病病毒（Chinken anemia virus,CAV）国内分离株及12个直接来源于临床样品的CAV毒株全基因组序列,结果表明15个CAV毒株的全基因组长度和结构与已报道的其它CAV毒株一致,长度均为2298nt,包含有3个重叠的ORFs。与GenBank发表的13个毒株序列进行序列比较发现,所有毒株核苷酸序列的相似性在95．2％～99．5％之间,CAV全基因组序列有2个高度变异区（HVR）,分别位于1033nt～1470nt和1858nt～2193nt。CAVORF3变异度最高,其5’端2／5处和3’端2／5～1／5处为2个高度变异区。ORF2变异度也较高,主要出现在5’端1／4处,ORFI最为保守。以CAV全基因组核苷酸序列和ORF3核苷酸序列为基础分别构建的CAV毒株分子进化树,均可以将全部CAV毒株划分为2个基因群。我国部分地区分离的大多数毒株,属基因Ⅰ群,与德国Cux-1等主要流行毒株有较为相近的亲缘关系;其它CAV国内毒株,属基因Ⅱ群,与日本G6株和TR20株有着更为相近的关系。     

1株基因Ⅶ型新城疫病毒的生物学特性研究及全基因组序列分析

为研究当前流行的新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）基因型、致病性及其与传统新城疫病毒疫苗株（La Sota等）的核苷酸差异,试验从某发病鸡场病死鸡体内分离到1株疑似NDV毒株,经红细胞凝集试验（HA）和红细胞凝集抑制试验（HI）初步确定为鸡源NDV。参照GenBank公布的NDV F基因部分片段（登录号：JF950510.1）设计1对引物,通过RT-PCR技术扩增分离株的F基因并克隆、测序,测序结果与NCBI中NDV F基因序列进行比对,构建系统进化树并分析其基因型;通过测定鸡胚平均致死时间（MDT）、1日龄鸡脑内致病指数（ICPI）和6周龄鸡静脉致病指数（IVPI）判断病毒致病性;参照GenBank公布的NDV全基因组序列（登录号：JF950510.1）设计9对引物对分离株进行全基因组序列测定,并分析其基因组结构。结果表明,RT-PCR扩增得到F基因长约500 bp,基于F基因构建的系统进化树显示分离株为基因Ⅶ型NDV;MDT、ICPI和IVPI分别为52.8 h、1.675和2.46,表明分离株属于强毒株。全基因组序列分析显示,分离株全基因组全长15 192 bp,与传统La Sota株基因组相比,序列多出6个碱基,核苷酸序列同源性82.8%。本研究成功分离到1株基因Ⅶ型NDV强毒株,且与传统疫苗毒株La Sota的核苷酸序列同源性差异较大。     

非洲猪瘟病毒CD2v胞内区蛋白间接ELISA方法的建立及初步应用

近年来，在全球范围内出现了EP402R基因（编码CD2v蛋白）缺失的ASFV突变毒株，因此需要开发一种检测方法来区分CD2v缺失的自然突变株和野生型ASFV毒株。对ASFV国内分离株WUHAN 2019-1株的EP402R基因序列，利用生物信息学分析其亲水性，选取可溶性较强部分（232～333 aa），根据大肠杆菌密码子偏嗜性对该段基因进行优化并人工合成，插入原核表达载体pET-28a进行低温表达，获得带有HIS标签的可溶性CD2v胞内区重组蛋白，将其命名为pET-28a-CD2v-IS，大小约15 ku。Western-blot鉴定结果显示，该重组蛋白抗原性良好。利用纯化后的CD2v重组蛋白建立了间接ELISA方法。经反应条件优化，最终确定最佳包被质量浓度为0.5μg/mL，封闭时间为1 h，样本最佳稀释度为1:10，样本最佳孵育时间为1 h，二抗最佳稀释度为1:20 000，最佳孵育时间为45 min，底物孵育最佳时间为5 min；确定建立的间接ELISA方法的S/N临界判定值为1.61。试验灵敏性可达1:1 280；批内变异系数小于4.15%，批间变异系数小于9.84%；只与AS...     

非洲猪瘟病毒自然变异新毒株鉴定研究取得新进展

正2021年2月,《中国兽医学报》刊出由军事科学院军事医学研究院军事兽医研究所完成的研究论文《1株非洲猪瘟病毒自然变异毒株的鉴定》,文章指出,非洲猪瘟(ASF)于2018年传入我国后已流行了2年有余,我国非洲猪瘟病毒(ASFV)毒株未曾出现较大变异。最近,针对我国ASF疫情放缓以及感染猪出现的低死亡率现象,在ASFV生态学研究中,从主动监测的样品中分离到1株源自湖北某地的ASFV自然变异株。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒CH-1R株全基因组序列测定及遗传变异分析

为了解猪繁殖与呼吸综合征的弱毒(PRRSV)株在基因组水平上的变异和分子遗传特征,本研究对致弱毒株CH-1R株进行了全基因组序列的测定。结果表明,CH-1R株基因组序列全长15424nt,具有典型的动脉炎病毒基因组结构。通过与亲本株CH-1a株序列进行比对,发现其基因组内碱基的缺失和突变主要分布在ORF1a基因的第2191位～2193位、ORF5基因的第439位、ORF6基因的第49位和ORF7基因的第28位和第139位。其中PRRSVCH-1R株的Nsp2蛋白和结构蛋白的变异相对较大,尤其是Nsp2蛋白的变异,同CH-la株相比,CH-1R株的Nsp2蛋白存在多处核苷酸的突变,其中包括连续3个核苷酸发生缺失;由结构蛋白基因推导的氨基酸序列共有17处变异,在各结构蛋白中以GP3和GP5蛋白变异较大,而高度保守的M蛋白和N蛋白,同样发生了变异,由此预测了Nsp2蛋白的R631E、GP5蛋白的L146Q、M蛋白的Q16L和N蛋白的K46N处毒力相关的氨基酸位点,推测其在毒株致弱过程中起到了重要的作用。     

靶向非洲猪瘟病毒EP152R基因sgRNA细胞系的构建及其对ASFV复制影响的研究

有报道证实，缺失重要功能基因EP152R的非洲猪瘟病毒(ASFV)不能有效复制。为了筛选靶向ASFV EP152R基因的小向导RNA (sgRNA)，分析EP152R基因对ASFV复制的影响，本研究利用簇状规则间隔的短回文重复序列及其相关蛋白9 (CRISPR-Cas9)核酸酶系统(CCTop)并利用猪的基因组作为脱靶对象设计并筛选靶向ASFV EP152R基因(72387nt～72845nt)的sg RNA，并采用非随机整合报告系统(TIDE)计算各对sg RNA的编辑效率确定最佳sg RNA。结果显示，筛选了5对靶向敲除ASFV EP152R基因的sg RNA，其中3对sg RNA对EP152R基因的编辑效率达30%～42%，另外两对sg RNA的编辑效率低于10%。将筛选的3对sg RNA退火后分别克隆至p-LentiCRISPRv2载体中，构建3个重组慢病毒质粒p-LentiCRISPRv2-gREP152R-1/2/3，并采用菌液PCR及测序鉴定正确后分别与2个辅助质粒共转染HEK293T细胞，72 h后获得各慢病毒并分别感染野猪肺细胞(WSL细胞)，通过嘌呤霉素筛选表达各s...     

J亚群禽白血病病毒GD14A8株分离鉴定及遗传进化分析

为了解J亚群禽白血病病毒(ALV-J)的流行和变异情况,本研究利用ALV-p27群特异性抗原检测、PCR鉴定、病毒分离和全基因组测序分析等方法,从广东某鸡场分离鉴定出1株ALV-J,命名为GD14A8。全基因组序列分析表明,GD14A8分离株的gag、pol、env基因和LTR相对保守,而3′UTR变异较大,与ALV-J参考毒株序列同源性仅为82.5%~92.5%,其中rTM和E元件呈现大量碱基缺失,U3区出现与血管瘤分离株NHH和SCDY1类似的11个碱基缺失,可能与血管瘤形成相关。遗传进化分析表明,GD14A8分离株与我国鸡源ALV-J血管瘤分离株SCDY1亲缘关系最近。本研究为分析黄羽肉鸡源ALV-J毒株的分子特征提供了重要的数据资料,为深入了解广东地区ALV-J的变异趋势提供参考。     

猪圆环病毒Ⅱ型广东分离株全基因组的克隆和序列分析

分离了9株猪圆环病毒Ⅱ型（PCV2）广东地方分离株，并进行了全基因组序列测定；对这9株PCV2广东分离毒株的ORF1和ORF2基因的序列分析表明ORF2的变异程度要比ORF1的变异程度大；对PCV2衣壳蛋白的氨基酸序列同源性比较发现了PCV2毒株间存在1个氨基酸变异程度较大的区域和2个氨基酸变异程度较小的区域，其中前两个区域与两个主要的免疫反应区域相对应；将这9个毒株的全基因组序列与GenBank上收录的18个PCV2毒株的全基因组序列基因进化树分析表明，这9个PCV2广东分离株彼此之间及与国内PCV2分离株、欧洲株之间更接近，而与韩国、中国台湾、日本和美洲毒株之间则稍远，因而在选PCV2疫苗免疫时，建议尽量使用国内生产的疫苗或自制组织灭活疫苗进行免疫。     

广东地方品种鸡J亚群禽白血病病毒分离鉴定及遗传进化研究

为了解广东地方品种鸡J亚群禽白血病病毒(ALV-J)净化情况,利用ALV-p27特异性抗原检测、病毒分离、PCR扩增和全基因组测序分析等方法,从广东某地方品种鸡群中分离鉴定出1株ALV-J,命名为GDYH-Y1。全基因组序列分析表明,GDYH-Y1分离株的LTR、gag和pol基因相对保守,而3′UTR和gp85基因变异较大,其中gp85基因与ALV-J参考毒株序列同源性仅为87.5%~92.8%,3′UTR区的rTM出现大量碱基缺失,遗传进化分析表明GDYH-Y1分离株与美国白羽肉鸡源分离株ADOL-7501亲缘关系最近。研究为广东地方品种鸡ALV-J净化效果提供数据参考,为分析广东地方品种鸡ALV-J毒株的分子特征和变异趋势提供了重要的数据资料。     

非洲猪瘟病毒A137R蛋白多克隆抗体的制备与应用

非洲猪瘟(ASF)是由非洲猪瘟病毒(ASFV)感染引起的一种高致病性病毒性传染病.为制备兔抗ASFV A137R蛋白多克隆抗体,本研究以ASFV Pig/HLJ/2018分离株基因组DNA为模板扩增ASFV A137R基因,将其克隆至原核表达载体pET-21a(+)中,构建重组表达质粒pET-21a-A137R,转化大...     

3株禽副黏病毒4型国内分离株的基因组序列及生物学特性分析

为了解我国近年来新出现的禽副黏病毒4型（APMV-4）的生物学特性,对2020年分离鉴定的3株鸭源APMV-4进行致病性分析和基因组测定。结果显示：3株APMV-4分离株F蛋白裂解位点均为116DIPQR↓F121,1日龄雏鸡脑内接种致病指数（ICPI）为0~0.23,对鸡表现为低致病力。3株分离毒株基因组长度均为15 054 nt,基因组结构顺序均为3''-N-P-M-F-HN-L-5'',符合典型的副黏病毒基因组“六碱基原则”;病毒3''端具有55 nt的前导序列,5''端存在17 nt的尾随序列,各基因间有9~42 nt的基因间隔序列;3株分离毒株与APMV-4代表株同源性最高（97.2%~97.5%）,与其余禽副黏病毒同源性为37.1%~47.3%,与中国香港、韩国分离株高度同源。结果表明,我国新出现的鸭源APMV-4为弱毒株,基因组序列同源性较高,关键氨基酸位点未发生变异。本研究为进一步了解APMV-4 和科学防控APMV-4感染提供了参考。     

黄羽肉鸡J亚群禽白血病病毒分离鉴定与全基因组序列分析

为了解J亚群禽白血病在黄羽肉鸡中的流行状况,采用病料研磨液接种DF-1细胞、ELISA p27抗原检测、PCR扩增等方法,从广东某鸡场送检疑似禽白血病的黄羽肉鸡病料中分离鉴定出1株J亚群禽白血病病毒,命名为GDLZ0715。为进一步了解该病毒分子学特性,对其进行全基因组测序,并与其他ALV-J毒株进行比较。结果表明,GDLZ0715分离株整个基因组中gag、pol、env基因和LTR相对保守,与各参考ALV-J毒株序列同源性分别达93.5%~95.9%、96.8%~97.3%、89.6%~94.6%和90.8%~95.1%;3′UTR变异较大,与各ALV-J参考毒株序列同源性仅为80.5%~93.4%,其中rTM和E元件大量碱基缺失;进一步分析表明3′UTR中rTM区和E元件大量碱基缺失正成为我国肉鸡ALV-J毒株的变异趋势。     

云南省蓝舌病病毒血清7型毒株的分离与基因组序列分析

2014年,我国广东省的哨兵牛上分离出蓝舌病病毒血清7型（BTV-7）毒株,但该血清型病毒在我国的流行情况尚不清楚,本研究旨在分离我国流行的BTV-7型毒株并掌握其遗传特征。作者在云南省景洪市勐罕镇设立哨兵牛,每周定时采血,并接种C6/36、BHK-21细胞分离虫媒病毒,通过病毒蚀斑试验与增殖曲线分析病毒在细胞上的感染特性,采用高通量测序获取分离毒株的全基因组序列,通过qRT-PCR与血清中和试验对哨兵牛血液中的病毒核酸与中和抗体变化进行回溯分析。结果表明：2020年5月,分离到1株能引起BHK-21细胞发生细胞病变的病毒（毒株号V303/YNJH/2020）,经鉴定为BTV-7型。分离毒株的基因组全长19 154 bp （GenBank收录号MW046280至MW046289）,与广东省2014年分离的BTV-7型GDST008毒株具有最近的亲缘关系,基因节段1至6,基因节段9与10的核酸与编码蛋白氨基酸序列（nt/aa）相似度分别大于98%、99%;V303/YNJH/2020毒株的基因的节段7和基因节段8属Western地域型,与广东GDST008毒株对应基因节段的nt/aa序列相似度仅为71.5%/81.6%、79.6/%84.4%。病毒蚀斑与增殖曲线比较显示,V303/YNJH/2020在BHK-21细胞的增殖能力明显强于GDST008。回溯分析显示,感染V303/YNJH/2020的哨兵牛未出现临床症状,血液中的病毒核酸持续存在长达12周;在病毒感染后第4~9周,血液中的中和抗体滴度水平维持在1∶256。云南省2020年分离的BTV-7型V303/YNJH/2020毒株与广东省分离的BTV-7型GDST008毒株具有最近的亲缘关系,在BHK-21细胞上的增殖能力强于GDST008毒株;V303/YNJH/2020虽未引起感染动物的临床症状,但病毒核酸与中和抗体在感染动物血液中长时间存在。研究结果为开展BTV-7型在我国的演化规律、病毒变异以及致病性等方面的研究奠定了基础。     

非洲猪瘟病毒CD2v胞外区蛋白多克隆抗体的制备及其应用

非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)CD2v蛋白是病毒粒子外层囊膜上的糖蛋白,是介导病毒血细胞吸附和鉴定病毒血清型的关键蛋白,对于ASFV疫苗研发和疫病净化具有重要作用。为制备ASFV CD2v胞外区蛋白多克隆抗体,本研究以NCBI公布的China/2018/AnhuiXCGQ毒株的EP402R基因为研究对象,利用生物信息学软件进行分析,确定蛋白胞外区序列并进行同源性比对,将其进行密码子优化后克隆至真核表达载体pcDNA3.1(+)中,构建CD2v胞外区蛋白重组表达质粒His-CD2v-ex-pcDNA3.1(+),转染293 F细胞进行表达。SDS-PAGE和Western blot检测结果显示,重组蛋白在293 F细胞中以分泌形式表达,相对分子质量为63～89 kDa,能够与ASFV阳性血清特异性结合。利用Ni-NTA进行亲和层析纯化,将纯化后的蛋白免疫家兔制备多克隆抗体,通过Western blot、免疫过氧化物酶单层试验(IPMA)和间接免疫荧光试验(IFA)鉴定其生物活性,结果显示兔抗ASFV CD2v胞外区蛋白多克隆抗体能够特异性识...     

持续感染黄牛体内口蹄疫病毒抗原性和血清中和特性分析

以口蹄疫病毒O/Akesu/58毒株感染黄牛获得口蹄疫病毒持续带毒动物,定期分离黄牛食道/咽喉部黏性液体（O/P液）和血清,研究病毒分离毒株抗原基因变异及其血清中和特性,从基因水平和血清学方面研究口蹄疫病毒持续感染分离株的抗原变异性。用RT-PCR扩增分离株抗原基因VP1,分析VP1基因变异情况;用微量血清中和试验检测了口蹄疫病毒持续感染血清与对应动物分离毒株的中和特性,并用液相阻断ELISA方法检测了口蹄疫病毒持续感染血清的抗体水平变化,并对其相关性进行了分析。结果发现所有持续感染分离毒株的VP1基因核苷酸和氨基酸同源性都在98%以上,没有碱基缺失或插入现象;与O/Akesu/58的核苷酸同源性仅为85%左右,氨基酸同源性也仅为90%。持续感染分离株VP1基因有多处位点发生突变,其中有16个核苷酸位点发生一致突变,但只有2个位点造成氨基酸突变（I 56→T、A 210→E）;而持续感染分离毒株有4个核苷酸位点和3个氨基酸位点发生了颠换突变;同时证实不同时间分离株与对应血清都能相互中和,且中和作用能力随着时间延续呈下降趋势,最低为1∶80,具有较强的中和能力,这与LPB-ELISA检测结果基本一致。这说明口蹄疫病毒持续感染分离株抗原变异不显著,没有变异到动物自身血清不能识别的程度,而且分离毒株与自身动物血清具有较强的中和特性;在持续感染过程中,动物血清保持高水平抗体滴度,且持续感染毒株的分离与否与抗体水平没有显著相关性。