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【目的】了解2020―2021年猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行情况和遗传变异情况。【方法】本研究对中国部分地区73个猪场的525份样本进行RT-PCR检测,对检测为阳性的样本进行PEDV S1基因扩增与测序,并进行流行病学统计分析,使用DNAStar软件进行核苷酸相似性分析和氨基酸位点变异分析,利用Mega 6.06软件对PEDV S1基因进行遗传进化分析,对疑似重组的序列使用RDP4软件进行S1基因重组分析。【结果】在2020—2021年的525份临床样本中PEDV检出阳性率为26.29%(138/525)。流行病学统计分析显示,冬季属于PEDV高发季节,1日龄仔猪感染率最高,为42.75%(59/183),并在中国6个地区大范围流行。S1基因遗传进化分析显示,138株PEDV S1基因序列主要位于两个分支,131株毒株属于G2群,其中126株属于G2a亚群,与HBXY2、SNJ-P在同一亚群,5株属于G2b亚群,与AJ1102、LW/L、S14在同一亚群;其余7株毒株位于G1群和G2群之间,形成一个独立分支。经重... 相似文献
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【目的】 了解中国西南部分地区流行的猪流行性腹泻病毒(PEDV)基因型及遗传变异规律。【方法】 对2020-2021年四川和云南不同地区来源的200份腹泻猪肛门拭子进行RT-PCR检测,对PEDV S和ORF3基因进行克隆测序,利用MegAlign软件进行变异性分析,采用Mega 7.0软件进行系统进化分析,采用RDP4软件进行基因重组分析。【结果】 在所有样本中PEDV总体阳性率为15.50%(31/200),群体阳性率为100%(8/8)。检出的8株PEDV S基因和ORF3基因序列与已登录毒株相似性分别为90.5%~99.4%和92.9%~100%。对S基因的进化分析显示,8个PEDV流行株分布于G2a、G2b和G2c 3个亚群中。其中,四川SCWJSWUN02株与福建CH/FJXM/1/2012株遗传距离较近,云南YNKMSWUN01株与越南毒株单独聚为一支,表明当前西南地区PEDV的流行呈现出区域间传播的特征。与本地区近年流行毒株和常用疫苗株相比,其S蛋白氨基酸序列均存在不同程度的变异,但ORF3蛋白相对保守。部分毒株S蛋白存在连续氨基酸的插入或缺失,如在SCMYSWUN03株S蛋白59-62位氨基酸处发现4个氨基酸的缺失;在YNKMSWUN01株78-82位氨基酸处和84-88位氨基酸处分别有5个氨基酸插入和缺失。部分氨基酸突变位点存在于已鉴定的PEDV S蛋白受体结合中。此外,基因重组分析结果显示,SCMYSWUN03株可能发生了基因重组事件,概率为98.2%(P<0.01)。【结论】 本研究发现当前西南地区流行的PEDV毒株包括G2a、G2b和G2c 3个亚群,毒株基因型具有多样性,且不同毒株间的变异性较大,丰富了PEDV在四川和云南地区的分子流行病学调查资料,揭示了中国西南地区流行的8个PEDV毒株的分子遗传变异规律和进化特征,为本地区猪腹泻病防控措施的制定提供了理论依据。 相似文献
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【目的】 调查中国规模化猪场猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的流行情况。【方法】 利用RT-PCR检测方法对2018-2020年采集于全国11个省市318个规模化猪场的2 391份样品进行PEDV核酸检测,对30份阳性样品进行S1全基因扩增与测序,并利用MegAlign、Mega 7.0等软件进行分析。【结果】 2018-2020年,猪场PEDV核酸阳性率分别为48.57%、10.96%和4.72%,样品PEDV核酸阳性率分别为28.97%、8.27%和7.50%,猪场和样品PEDV核酸阳性率呈现逐年下降的趋势。S1基因相似性分析显示,获得的30株毒株全部为GⅡ基因型,其中17株毒株为GⅡa基因亚型、5株毒株为GⅡb亚型、8株毒株为GⅡc亚型,GⅡa基因亚型毒株为2018-2020年流行的主要毒株类型;30株毒株S1基因序列之间核苷酸相似性为93.0%~99.5%, 氨基酸相似性为91.7%~100%,其中22株毒株与2017-2018年流行的GⅡ基因型毒株相比S1氨基酸序列表现出特征性插入和缺失。【结论】 本研究结果为监测和分析中国PEDV的变异和演化提供了临床数据,为猪流行性腹泻防控和疫苗研制提供了参考。 相似文献
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《畜牧与兽医》2015,(3):34-38
为了确定猪流行性腹泻病毒的流行特点及变异规律,本研究对我国华东地区分离到的14株PEDV的ORF3基因进行了克隆和序列测定,并与国内外代表毒株的ORF3基因进行了比较分析。结果表明:我国华东地区检测的PEDV流行毒株的ORF3基因之间的同源性为92.4%~100%,与经典毒株CV777同源性为92.0%~96.4%,与PEDV变异株的同源性为95.1%~100%。根据ORF3基因的遗传进化分析,分离的14个PEDV毒株与CV777的遗传进化距离较远,与PEDV变异株的遗传进化距离较近,表明我国PEDV流行毒株以变异株为主,较以往的疫苗株CV777发生了较大的变异,因此需要开发新的疫苗,制定更具针对性的防控措施。 相似文献
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本试验应用RT-PCR方法对2011年1月—2014年4月采自广西南宁、玉林等14个地区的331份仔猪腹泻粪便样品进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测。结果显示331份样品中有210份为PEDV阳性,阳性率为63.44%。对其中25份阳性样品的PEDV M基因进行克隆和测序,将测序结果与GenBank中PEDV参考毒株的M基因序列进行同源性比对分析并构建系统进化树。25个PEDV M基因序列与51个参考毒株M基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.0%~99.9%、94.3%~99.6%。PEDV M基因遗传变异分析结果表明,广西2013年—2014年的PEDV流行毒株与北京、安徽、武汉、河北、广东等地2010年—2013年的流行毒株亲缘关系较近,而与中国早期分离株CH/S(GenBank登录号:JN547228)、疫苗株CV777(GenBank登录号:AF353511)和Attenuated DR13(GenBank登录号:JQ023162)的遗传距离较远。提示广西现流行的PEDV与早期毒株相比已发生较为明显的变异。 相似文献
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为了解新疆地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,于2020-2021年从新疆地区规模化猪场采集到326份临床仔猪腹泻病料和肠组织,利用RT-PCR方法对PEDV进行检测,选取部分PEDV阳性样品进行S基因全序列的克隆和测序,并对其序列、遗传进化和抗原表位进行分析。结果显示,326份样品中共有152份样品为PEDV阳性,阳性率为46.6%。选取的11份阳性样品中的PEDV S基因核苷酸(氨基酸)同源性为99.0%~100%(98.2%~99.9%),与GenBank中登录的PEDV参考毒株核苷酸(氨基酸)同源性为92.6%~98.0%(91.2%~97.7%),与经典株CV777核苷酸(氨基酸)同源性为93.1%~93.4%(92.3%~92.7%)。遗传进化分析显示,11份阳性样品均位于GIIa亚群,与中国疫苗株CV777处于不同的分群,说明新疆部分地区PEDV流行株与疫苗毒株CV777亲缘关系较远。序列比对结果显示,11份阳性样品中的PEDV S蛋白均存在氨基酸的插入和缺失,中和表位的COE区域变异较大,这可能会降低常规疫苗的免疫保护作用。结果表明,从分子水平明确了2020... 相似文献
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猪流行性腹泻病毒ORF3和M基因的克隆与序列分析 总被引:2,自引:0,他引:2
为了解福建省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株ORF3和M基因变异情况,本研究从4个不同规模猪场发生仔猪“顽固性腹泻”疾病的病料中扩增到4株PEDV的ORF3和M基因,并进行了序列分析.结果表明:4株PEDV ORF3基因均含有675个碱基,编码224个氨基酸,与GenBank中登录的代表性PEDV核苷酸的同源性为89.7%~100.0%,氨基酸的同源性为94.7%~99.6%,其中FJPT毒株核苷酸的同源性与CV777 truncated毒株最低,仅为89.7%,FJNP毒株核苷酸的同源性与中国北方流行的CH ZKFG 11毒株最高,达100.0%.M基因含有681个碱基,编码226个氨基酸,与GenBank中登录的代表性PEDV核苷酸的同源性为94.8%~100.0%,氨基酸的同源性为94.8%~99.6%,其中FJPT毒株核苷酸的同源性与日本D89752毒株最低,仅为94.8%,FJNP毒株核苷酸的同源性与韩国CPF193、泰国毒株最高,达100.0%.4株PEDV毒株均与国内外流行强毒株的亲缘关系较近,与attenuate DR13弱毒株的亲缘关系较远. 相似文献
8.
为探究河南省猪流行性腹泻病毒部分毒株的遗传进化情况,采用RT-PCR对2017年2月至2018年1月在河南省部分地区猪场收集到的25份PEDV阳性病料进行ORF3和N基因的扩增,并对其进行克隆、序列比对及遗传进化分析。结果显示,PEDV毒株的ORF3基因序列是由675个核苷酸组成的,与经典毒株CV777之间核苷酸及氨基酸同源性分别为95.2%~97.5%和95.1%~96.9%。N基因之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为96.2%~100%和93.8%~99.8%;与经典毒株CV777核苷酸与氨基酸的同源性分别为94.7%~95.8%和93.2%~96.8%。河南部分地区PEDV流行毒株与经典毒株CV777不在同一分支,说明猪场暴发猪流行性腹泻与免疫接种疫苗后依旧难以控制的原因,可能与大多数PEDV河南流行株发生变异有关。 相似文献
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本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株(ZJ16NB6)与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。 相似文献
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为了解贵州省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株ORF3及M基因的遗传变异情况,试验于2014年4月-2015年3月从贵州省5个地区采集105份腹泻仔猪的粪便,应用RT-PCR方法进行PEDV检测,从中选择8份PEDV阳性样本,扩增其ORF3及M基因,测序并进行序列比对分析.结果显示,从采集的105份粪便样本中可检出75份PEDV阳性样本,阳性率为71.43%;8株PEDV贵州株ORF3及M基因序列均无碱基缺失或插入;ORF3基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在95.1%~100.0%与95.1%~99.6%之间,M基因核苷酸及推导的氨基酸同源性在98.4%~100.0%与98.7%~100.0%之间;氨基酸系统进化树分析结果显示,2014~2015年贵州流行株与近年来中国毒株、韩国毒株及泰国毒株亲缘关系较近,与疫苗株Attenuated DR13及CV777株亲缘关系较远.提示目前贵州省仔猪腹泻病原主要是PEDV,且为PEDV强毒株. 相似文献
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猪流行性腹泻病毒(PEDV)是高度接触性肠道传染病猪流行性腹泻(PED)的病原,是有囊膜的单股正链RNA病毒,基因组全长约28 kb。2010年以来,PEDV G2型高致病性毒株不断发生变异,给全国乃至全球的养猪业造成巨大的经济损失。反向遗传学系统,即构建RNA病毒的全长感染性克隆。近年来,PEDV主要基于靶向RNA重组、BAC系统和体外连接3种方法来建立全长感染性cDNA克隆。文章简述了反向遗传学的原理和方法。靶向RNA重组利用冠状病毒RNA的高同源重组的特点来实现病毒的拯救;BAC系统利用pBeloBAC11载体克服PEDV基因组中含有的毒性序列所导致的cDNA在高拷贝质粒中不稳定的困难;体外连接技术主要利用PEDV基因组本身存在的限制性内切酶的酶切位点或通过改造的酶切位点在体外将病毒分片段地连接成全长的cDNA克隆。另外,文章还总结了近年来基于反向遗传学技术的PEDV相关的研究进展。PEDV反向遗传学是研究PEDV病毒基因组结构功能及设计减毒活疫苗的有效工具,利用反向遗传学技术探究S基因等毒力相关基因,探究其突变或缺失对病毒致病机制的影响,揭示PEDV毒力衰减的分子机制,有望设计出具有良好免疫原性且避免毒株返毒和重组减毒活疫苗。总之,PEDV反向遗传学是研究PEDV基因组结构及功能、病毒宿主相互作用及致病机制的一种重要方法,同时也是设计PEDV减毒活疫苗一种合理有效的途径。 相似文献
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《中国兽医学报》2016,(9):1484-1488
2010年以来,猪流行性腹泻肆虐我国的养猪业,给养猪业造成了严重的经济损失。为分析PEDV在我国最新的遗传变异情况,本试验对2014—2015年在7个省份分离的9株PEDV毒株的S基因进行克隆和测序,并将其分别与疫苗株、中国2010年前经典毒株、中国2010—2013年出现的毒株及韩国、美国近年来毒株进行S基因序列比对、分析。结果发现:9株PEDV S基因核苷酸同源性为98.4%~99.5%;与疫苗株和中国2010年前经典毒株相比核苷酸同源性为93.4%~96.2%;与中国、韩国、美国近年来暴发的毒株相比核苷酸同源性为97.4%~99.2%。遗传进化树显示:我国常用的疫苗毒株CV777处于G1组,这9株毒株S基因均位于G2组,说明我国当前流行毒株与疫苗株和早期经典毒株的亲缘性相去较远。序列比对表明现阶段PEDV S基因已发生较大变异,存在高度相似的缺失,插入和变异,且在中和表位区域存在多处变异,可能降低常规疫苗的免疫保护作用。 相似文献
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陕西省部分地区猪流行性腹泻病毒S、M和N基因的遗传变异分析 总被引:1,自引:0,他引:1
为了解陕西省部分地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传和变异情况,采集陕西省部分地区规模化猪场的5份疑似PEDV感染的猪小肠内容物,进行PEDV S、M和N基因的RT-PCR扩增,并对扩增产物进行序列测定和遗传变异分析。结果表明,5份病料均能扩增出PEDV S、M和N基因,5株病毒分别命名为SXSL、SX-BJ、SX-YL、SX-WN和SX-HZ株。序列分析表明,5株毒株之间的S、M和N基因核苷酸序列的同源性分别为96.7%~99.8%、98.4%~100%和97.2%~99.9%;氨基酸序列的同源性分别为97.4%~99.9%、98.2%~100%和98.2%~100%。该5株病毒与中国疫苗株CV777的S、M和N基因核苷酸序列的同源性分别为93.9%~99.8%、98.1%~100%和95.3%~99.9%,氨基酸序列的同源性为93.6%~99.9%、96.2%~100%和98.2%~100%。遗传进化分析结果显示,5个陕西分离株的S基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较远,与近年来中国株、日本株以及韩国株亲缘关系较近。SX-SL株、SX-BJ株和SX-YL株的M和N基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较近,且与中国株CHGD-01亲缘关系密切。SX-WN株和SX-HZ株的M和N基因与中国疫苗株CV777亲缘关系较远。该5株病毒的S基因以及SX-WN株和SX-HZ株的M基因和N基因变异程度较大,而SX-SL株、SX-BJ株和SX-YL株三个流行株均与中国株CHGD-01亲缘关系密切,并且与近年在陕西省流行的PEDV也不完全相同。 相似文献
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为了解2015年~2021年我国东部地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行特征和遗传变异规律,本研究利用RT-PCR扩增2015年~2017年11株分离自浙江地区PEDV流行株的S1基因序列,并与GenBank中我国东部地区(上海、江苏、山东、河南和安徽)的86株PEDV流行株的S1基因序列通过MEGA 7.0软件比较分析S1基因的遗传进化关系,采用CLC Sequence Viewer 8软件分析比对S1蛋白氨基酸序列的变异。PEDV S1基因遗传进化分析结果显示,97株PEDV中有92%的流行株属于G2型,与疫苗株CV777同源性较低(90.4%~96.1%),山东地区2017年~2018年间的部分流行株与疫苗株CV777等属于G1型;G2型中,33%的流行株属于G2a型,67%的流行株属于G2b亚型,其中2019年~2021年的流行株有15%流行株属于G2a亚型,85%的流行株属于G2b亚型。S1蛋白关键表位的变异分析结果显示,与经典株CV777相比,中和表位COE (CO-26K equivalent epitope)发生8个氨基酸位点(A517S、S 相似文献
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2011年猪流行性腹泻病毒的遗传变异分析 总被引:8,自引:0,他引:8
为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,本研究设计合成2对扩增S1基因的引物,利用套式RT-PCR方法,对2011年分离的17个PEDV S1基因进行扩增、克隆和序列测定;并将其进行比对和遗传演化分析。结果表明:17个PEDV S1基因序列与参考病毒株S1基因核苷酸序列同源性为90.54%~99.96%,与经典病毒株CV777相比,其中有6个S1基因在453 bp~454 bp处存在3个核苷酸的缺失;一个在453 bp~454 bp处缺失6个核苷酸;其它10个S1基因在173 bp~186 bp之间存在12个核苷酸的插入,413 bp~417 bp之间有3个核苷酸的插入,467 bp~468 bp处缺失6个核苷酸,插入和缺失位点与韩国病毒株KNU-0901、KNU-0905、KNU-0801相似。S1基因系统进化树分析表明,PEDV S1基因分为3群,其中7个S1基因属于PEDVⅠ群,另外10个属于PEDVⅢ群。 相似文献
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为了解江苏省某规模化猪场猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,本试验采集腹泻仔猪小肠组织及肠道内容物,通过RT-PCR进行PEDV鉴定。将检测为阳性的病料组织经20μg/mL胰酶处理后,接种到Vero细胞中进行培养,将细胞培养物进行反复冻融后,收获病毒液,进行RT-PCR鉴定。采用分段重叠策略对其S基因进行全基因序列扩增,并在此基础上分析该毒株S基因的核苷酸同源性及遗传进化关系。结果显示,经RT-PCR鉴定,病料组织呈PEDV阳性,阳性病料接种Vero细胞盲传4代后,出现明显的细胞病变,表现为细胞合胞体病变,空泡化,最终裂解脱落。收获的病毒液经RT-PCR鉴定后,确认分离到1株PEDV,命名为JS2017株。核苷酸序列分析表明,JS2017株S基因序列与美国变异株OH1414、加拿大变异株ON-007、中国变异株PEDV-LYG和CH/PDS/2015位于同一进化分支,其核苷酸同源性高达99.0%以上;其中与中国变异株YC2014亲缘关系最近,核苷酸同源性为100.0%;与经典株CV777、DR13株同源性较低,亲缘关系较远。结果表明,本研究分离获得的JS2017毒株是一株PEDV地方流行变异毒株,与2014年中国江苏分离株(YC2014株)亲缘关系最密切,与当前猪流行性腹泻疫苗株亲缘关系较远。 相似文献
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2020-2021年在河南省18个地区共收集499份发生腹泻的仔猪临床样品,采用RT-PCR进行猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)筛查。结果显示,共检测出162份阳性样品,阳性率为35.2%。对其中21株PEDV流行毒株S基因进行了测序、同源性比对和遗传进化分析,结果显示21株PEDV流行毒株之间核苷酸同源性为96.9%~100%,氨基酸同源性为95.2%~100%。与52株2011-2019年国内流行毒株之间的核苷酸同源性为95.1%~99.5%,氨基酸同源性为91%~99.8%。遗传进化结果显示,21株PEDV毒株均属于GⅡb群。氨基酸序列比对显示,流行毒株S蛋白存在7处新的且规律的氨基酸突变。本试验对现阶段我国所流行的PEDV S基因进行测序分析,为了解PEDV流行毒株遗传变异趋势和研发新的有效疫苗提供参考。 相似文献
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《中国兽医学报》2017,(8)
为了解猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)河南株的起源和遗传变异,本试验对2014年8月—2015年5月,来自河南省16个规模猪场仔猪表现为严重腹泻、食欲下降和脱水等临床特征的22份病料样品,利用RT-PCR方法,扩增PEDVORF3基因,回收PCR产物克隆至pMD18-T载体,并进行测序分析。结果显示,22份病料样品均能扩增出PEDVORF3基因,其序列长度均为849bp,包含一个完整阅读框(675bp),编码224个氨基酸残基。22个河南株之间核苷酸同源性为95.9%~100%,与欧洲经典毒株CV777同源性介于97.1%~97.9%,存在8个位点发生相同的氨基酸置换,与Truncated CV777株同源性介于94.8%~95.4%。基因遗传进化树分析表明,PEDV毒株可分为2大群,河南株属于第Ⅱ群,整体独立成支,与河南往年流行株、国内分离株、日本、美国及韩国毒株亲缘关系较近,而与CV777株、Truncated CV777株亲缘关系较远。结果表明PEDV河南株ORF3基因存在变异,为PEDVORF3基因的蛋白功能研究和河南省PED的防控提供技术支持。 相似文献