半番鸭羽色性状AFLP标记初步研究

本研究初步利用AFLP标记对半番鸭及其母本-北京鸭进行检测。结果显示,AFLP标记扩增带丰富,10对引物组合共检测到2046条扩增带,平均每对引物组合/每个池DNA可产生60.15条。半番鸭白羽性状特有的扩增带共有15条,分布在E AAC/M CTA、E AAC/M CTT、E AAG/M CAG、E ACA/M CTC、E ACT/M CTA和E ACT/M CTC等6对引物组合上,为半番鸭个体羽色与AFLP标记相关分析和验证提供了素材。     

半番鸭羽色性状RAPD分子标记初探

利用随机扩增多态DNA指纹分析技术(RAPD)，时半番鸭全白羽和全黑羽两种羽色极端个体的基因组DNA指纹进行研究，从40个随机引物中筛选出7个引物对22羽半番鸭个体基因组DNA进行分析。结果：7个引物共获得44个条带，其中有5个条带与白羽性状显著相关，表明应用RAPD技术可用于初步筛选有关性状的分子标记。     

番鸭与家鸭属间杂交F_1半番鸭羽色遗传分析

用白羽番鸭 (M)与 4个品种家鸭 (A、B、C、D)进行正、反交和轮交 ,分析其F1 半番鸭羽色遗传。结果表明 :后裔半番鸭白羽率依家鸭品种不同而异 ,同品种家鸭的后裔半番鸭白羽率则相对稳定在C品种内 ,后裔半番鸭白羽率依母家鸭个体不同而异 ,同个体的后裔半番鸭白羽率则相对稳定 ;半番鸭的白羽率性状表现了连续性变异特征。探讨了白羽半番鸭亲本品系的选育方法。     

基于转录组测序的饲料添加淫羊藿对番鸭睾丸组织差异表达基因分析

为研究饲料添加淫羊藿的番鸭睾丸组织相关基因和调控通路变化,本研究将60只公番鸭随机分为2组,每组3个重复,一组饲喂基础日粮（对照组）,另一组饲喂基础日粮的基础上添加量为1%的淫羊藿（实验组）。饲喂75 d结束后,测定血清生殖激素和抗氧化指标,并进行睾丸组织形态学观察和高通量转录组测序。结果显示,实验组生精上皮层数多,生精细胞数量多,管腔饱满,成熟精子多。实验组血清生殖激素中睾酮含量、雌二醇含量、促卵泡素含量和促黄体素含量均显著高于对照组,实验组血清抗氧化指标中超氧化物歧化酶含量、谷胱甘肽过氧化物酶含量、总抗氧化水平均显著高于对照组,丙二醛含量显著低于对照组。通过转录组测序分析,本研究最终得到2 414个差异表达基因,这些差异表达基因主要被注释到白细胞激活、受体等过程,主要富集于细胞因子受体相互作用、铁死亡等代谢途径和信号通路。本文研究表明饲料添加淫羊藿激活了番鸭睾丸相关基因或通路表达,对番鸭繁殖力的提高具有重要意义。     

SLC12A9、GNG2基因在正常与啄羽番鸭不同组织中的表达差异分析

为探究基因溶质载体家族12成员9(SLC12A9)、G蛋白Y2亚基(GNG2)在正常番鸭(不具有啄羽行为)表达量最高的组织及是否与番鸭啄羽行为相关,本研究共选取27只番鸭,分为9组,每组3个重复,其中选取正常番鸭3组,采集心、肝、脾、肺、肾、胰、肌胃、腺胃、大脑、小脑、视丘11个组织,进行实时荧光定量PCR分析其在各组织表达量差异性。结果显示:在mRNA表达量数值上,SLC12A9基因在番鸭心脏组织中的mRNA表达量最高,极显著高于其他组织,在肌胃中的mRNA表达量最低(P<0.01);GNG2基因在番鸭小脑组织中的mRNA表达量最高,其次是视丘,小脑与视丘组织均极显著高于其他组织,在肌胃中的mRNA表达量最低(P<0.01)。另外选取啄羽与正常番鸭各3组采集大脑组织,进行实时荧光定量PCR,分析基因SLC12A9、GNG2在正常番鸭与啄羽番鸭大脑组织的表达差异,结果表示:SLC12A9、GNG2基因在正常番鸭与啄羽番鸭的大脑组织均有表达,在mRNA表达量数值上,SLC12A9基因在正常番鸭的第3组mRNA表达量最高,极显著高于其他组,GNG2基因在啄羽第3组具有最高mRN...     

鹌鹑SLC24A5基因多态性与羽色性状的关联性分析

为研究SLC24A5基因与鹌鹑羽色性状的关系,试验采用RT-qPCR方法研究朝鲜鹌鹑和北京白羽鹌鹑在胚胎不同发育时期的mRNA表达水平。结果显示：SLC24A5基因在朝鲜鹌鹑胚胎发育时期的表达水平极显著高于北京白羽鹌鹑（P<0.01）;鲜鹌鹑和北京白羽鹌鹑的3种基因型频率分布差异极显著（P<0.01）。位于外显子1的SNP1(c. A5T)和外显子6的SNP2(c. G703A)均为中性位点,但SNP2(c. G703A)位点造成的编码蛋白G235S位点突变并不保守,属于多变性位点。研究表明,SLC24A5基因与鹌鹑羽色性状有关联性,可以为鹌鹑羽色育种提供理论依据。     

黑羽番鸭AMH基因多态性与产蛋及体重性状的关联分析

为研究黑羽番鸭AMH基因的单核苷酸多态性与产蛋及体重性状之间的关系,本实验随机采取186只笼养黑羽番鸭,采用限制性内切酶(PCR-RLFP)方法进行AMH基因SNP筛选,并与产蛋和体重性状进行相关性分析.结果显示:筛选出g.1731G>A、g.2044T>C、g.3531C>T 3个位点,其中g.1731G>A的AG为...     

番鸭下丘脑组织的RNA-Seq特征分析

为筛选番鸭下丘脑组织中的基因组信息,本研究以NCBI数据库中已标注的绿头鸭基因组（登录号：BGI_duck_1.0）为参照,利用RNA-Seq技术对番鸭下丘脑组织基因表达水平,以及可变剪切事件、SNPs及InDel进行筛选。结果显示,共鉴定出14 619个基因表达（FPKM ≥ 1）,占筛选出总基因数的72.7%。共有5 034个基因发生了7 528次可变剪切,其中外显子跳跃占92.76%,第一个外显子可变剪切和内含子滞留所占比例最小,共占总数的0.027%。通过RNA-Seq技术,本研究还筛选到646 423个SNP位点和77 712个InDel位点。对SNPs和InDel所在的基因进行功能注释发现,这些基因主要参与分子功能、生物过程和细胞组成过程。通过KEGG通路分析发现,出现SNPs和InDel所在基因主要富集在内分泌调节和神经行为调节的相关通路上,表明下丘脑既可参与内分泌调节,又参与动物的神经行为调节。本研究筛选出的数据不仅丰富了番鸭的遗传信息,而且也建立了番鸭相关基因的SNPs和InDel的数据库,这为番鸭的遗传育种工作及相关功能基因的具体定位提供了可靠依据,同时也为以后番鸭行为的研究提供了一定的参考价值。     

不同日粮蛋白质和能量水平对黑羽番鸭生长性能的影响

目的：探讨日粮蛋白和能量水平对1～21日龄黑羽番鸭生长性能的影响。方法：挑选165羽平均体重接近的刚出雏的黑羽番鸭,随机分为3组,分别饲喂3种相同能量（11．4MJ／kg）和不同蛋白水平日粮（19．5％、21．0％和22．0％）。结果表明,番鸭在1～21日龄育雏阶段饲喂高、中、低三种不同的蛋白水平日粮均能达到同样的增重效果,蛋白质水平为21．0％和22．0％时,饲料转化率较高。从饲料报酬的角度考虑,21．0％的蛋白质水平完全可以满足黑羽番鸭育雏期（0～3周龄）的生长需要。另外,将300羽刚出雏的黑羽番鸭随机分成5组,饲喂相同的蛋白水平（21．o％）和不同的能量（11．4、11．6、11．8、12．0、12,2MJ／kg）,全净膛差异显著（P〈0．05）,分别为296．35、284．05、272．80、201．49、180．05g,表明黑羽番鸭在育雏期需较低水平的能量。     

家蚕茧丝相关性状的研究进展

家蚕是具有经济价值的鳞翅目昆虫。作为饲养家蚕主要的效益产品,茧丝是蚕桑行业产量和质量效益的主要决定因素,因此选育茧丝性状良好的家蚕品种,可以使得蚕丝产量和质量都得到提高,从而提高生产效益。主要介绍了家蚕茧丝性状的特征,以及传统的家蚕育种中茧丝性状的研究进展和分子育种水平上茧丝性状的研究进展和应用,概述了蚕业研究者们利用各种分子标记以及分子技术和蛋白技术对影响茧丝量性状的关键功能基因的研究进展,同时总结了家蚕主要经济性状的重要功能基因的研究进展,并对未来家蚕茧丝性状的研究发展方向进行了展望。     

基于RNA-seq对猪瘟病毒感染宿主的转录组学研究进展

对转录组测序(RNA-seq)的技术特点及其发展进行概述,对该技术在猪瘟感染研究中的应用进行详细综述,并对其存在的问题及未来发展做了进一步展望,以期为猪瘟的相关研究提供参考。     

奶山羊产奶性状相关基因的筛选与功能研究进展

奶山羊作为乳用品种的山羊,因其具有奶质优良、产奶性能稳定、乳汁营养丰富等特点,逐渐成为畜牧业发展的一大亮点。经过多年的选种选育,我国现已拥有了多个地方奶山羊品种。随着分子育种技术的发展,对于奶山羊产奶性状相关基因的研究越来越多。对奶山羊产奶性状相关基因的研究进展进行综述,以期为奶山羊优秀基因资源的研究、保护和利用提供理论依据。     

不同日粮粗蛋白质和代谢能水平对1~21日龄黑羽公番鸭的影响

 探讨日粮粗蛋白质和代谢能水平对1~21日龄黑羽公番鸭生长性能、屠宰指标和血液生化指标的影响。试验选取1日龄黑羽公番鸭378羽,采用3×3因子设计,随机分为9个处理,每处理设6个重复,每重复7只鸭,分别饲喂3个粗蛋白质水平和3个代谢能水平不同的9种日粮。试验全期21 d。结果显示：日粮粗蛋白质水平显著影响21 d体重（P<0.05）;粗蛋白质与代谢能水平间的互作显著影响14、21 d体重（P<0.05）;日粮粗蛋白质和代谢能水平、粗蛋白质与代谢能水平间的互作对屠宰率、全净膛率、葡萄糖、甘油三酯、总蛋白、白蛋白、总胆固醇和尿酸影响均不显著（P>0.05）。结果表明：日粮粗蛋白质和代谢能水平分别为17%和12.55 MJ/kg时,黑羽公番鸭生长性能、屠宰指标和血液生化指标为最佳。     

丁酸梭菌后期干预对番鸭回肠和盲肠菌群结构的影响

本试验旨在通过16S r RNA基因测序技术研究饲料中添加丁酸梭菌对番鸭后期回肠和盲肠菌群结构的影响。试验选取49日龄番鸭360羽,随机分为两个组,每组9个重复,每个重复20羽。对照组饲喂基础饲粮（C组）,试验组饲喂基础饲粮添加2×109CFU/kg丁酸梭菌（CB组）,试验期为21 d。试验结束后,每个重复随机取1羽番鸭进行屠宰并测定腹脂、胸肌、腿肌重量,采集回肠和盲肠内容物,采用16S rRNA基因测序技术分析其菌群结构。结果表明：与C组相比,CB组番鸭的体重无显著变化（P> 0.05）,腹脂率与C组相比显著上升19.5%(P <0.05)。16S rRNA基因测序结果表明,α多样性中各组差异并不显著。在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）为番鸭回肠和盲肠的优势菌门;与C组相比,CB组回肠中厚壁菌门、梭杆菌门相对丰度增加,而拟杆菌门相对丰度减少;此外,在盲肠中变形菌门丰度有减少的趋势。在属水平上,回肠优势属...     

不同蛋白水平对1～21日龄黑羽番鸭生长性能的影响

1材料与方法1.1试验设计选用镇江市黑羽番鸭养殖场同批出壳的1日龄黑羽番鸭162只。试验鸭随机分成3组,每组3个重复,每个重复18只。日粮各设高、中、低3种CP水平,根据分组情况饲喂试验日粮,自由饮水。3种CP水平的日粮营养成分见表1。     

全基因组关联分析揭示白羽肉鸡孵化性状的遗传基础

旨在揭示白羽肉鸡孵化性状的遗传基础。本试验以白羽肉鸡A、B两个公鸡群体为素材,测定A群体5个世代(556只)、B群体3个世代(398只)的40周龄种蛋受精率和孵化率,并利用55K SNP芯片对两个群体共954个健康个体进行基因分型。基于系谱和基因型信息计算的A群体的受精率遗传力分别为0.21和0.14。利用混合线性模型对受精率和孵化率进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)。全基因组关联分析共关联到12个显著SNPs,分布在1、9、11、12、20号染色体上,其中有9个SNPs与受精率显著关联,有3个SNPs与孵化率显著关联,对A群体受精率高、低组各4只公鸡睾丸组织进行转录组测序,实时荧光定量PCR验证两个差异表达基因。全基因组关联分析筛选出9个与受精率相关的候选基因COPG1、ADAMTS18、FABP2、CDH8、SLCO4A1、ATP13A3、NELL2、VEZT和IGHMBP2;3个与孵化率相关的候选基因TMEM、SCO1和MYH1A。转录组测序与荧光定量PCR验证了两个与受精率相关的候选基因HMGCLL1和COA6。本研究...     

冷处理对民猪皮下脂肪组织基因表达模式的影响

民猪具有不同于我国其他地方猪种的耐寒特性,但其具体耐寒机制未知。本研究构建了民猪15 d冷处理模型,检测了冷处理后的血液生化指标;RNA-seq技术测定了背部皮下脂肪的基因表达变化模式,qRTPCR技术检测了与脂肪代谢、细胞分化、应激、炎症和信号传递等相关基因的表达水平。结果发现,冷处理后民猪血液中的谷草转氨酶、乳酸脱氢酶、血皮质醇、白细胞总数和血小板总数显著升高,而超氧化物歧化酶和肌酸激酶显著下降。背脂的2 141个基因表达水平发生了1倍以上的变化,其中1 435个为上调表达,706个为下调表达,差异倍数多集中在1～3倍。差异基因显著富集于其他次生代谢产物的生物合成通路和折叠、分类和降解通路。差异最显著的ATP6V0A4、TAP2基因和NOX1基因在背脂、颈脂、腹股沟脂以及腹脂等部位高表达。背脂内C/EBPβ和TNF-α发生了极显著上调,CD137、Tbx1、HSPA6和CIRBP发生了显著上调;PPARα发生了极显著下调。     

从罗氏沼虾肝胰腺转录组角度阐述罗氏沼虾对动植物蛋白利用的差异

为了探究罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）对动植物蛋白利用的差异,从肝胰腺转录组角度出发,采用IlluminaHiSeqTM4000高通量测序平台对罗氏沼虾肝胰腺组织进行转录组测序。然后将所测序列经质控,组装后对比到GOKEGG等数据库中进行注释（梁华芳等,2013）,并对其进行差异基因等的聚类分析。试验将健康的初始均重为0.448g的罗氏沼虾分为两组,分别以鱼粉为动物蛋白源（FP组）,豆粕、玉米蛋白粉和谷朊粉为植物蛋白源（PP组）进行饲喂,每组3个重复,养殖周期为8周。结果显示,两组样本6个样品共产生160783350个Cleanreads,分别对两组样本6个样品进行两两比较,一共检测到518个差异表达基因,其中显著上调基因有460个,显著下调基因有58个,GO功能分析表明,差异表达的基因对比到GO数据库共37098个GOterm,这些term分别对应细胞组分,分子功能以及生物过程等三大类59个分支,差异基因主要涉及到糖类转运、氨基酸合成、酶活性细胞膜组成等。通过KEGG富集分析结果表明,两组样本之间的差异表达基因主要富集在139条通路上,主要涉及代谢、遗...     

SLC45A2基因在“豫粉1号”浅芦花羽色中的表达及酪氨酸对其在黑色素细胞中表达量的影响

SLC45A2是羽色遗传的重要候选基因,本实验以"豫粉1号"H系为研究对象,其颈部背侧具有黑白相间的芦花色羽毛,颈部腹侧为白色羽毛,利用qRT-PCR技术测定SLC45A2在颈部不同部位(颈部背侧和颈部腹侧)的相对表达量,并研究了在黑色素细胞中添加不同浓度(0、10-9、10-8、10-7、10-6 mol/L)的酪氨酸对SLC45A2表达量的影响。结果表明:SLC45A2在颈部背侧浅芦花和腹侧白色中的表达量差异显著;黑色素细胞添加不同浓度的酪氨酸可以显著影响SLC45A2的表达量,生物信息学分析表明,该基因编码蛋白为跨膜蛋白、不可溶性蛋白。由此表明,SLC45A2可以通过调控黑色素细胞的合成,进而影响"豫粉1号"H系浅芦花羽色的形成。     

外源注射miR-499-5p对肉鸡腓肠肌转录组的影响

旨在探讨外源注射miR-499-5p对肉鸡腓肠肌肌纤维直径及基因表达的影响,完善miR-499-5p对肉鸡骨骼肌发育的分子调控机制。本研究选用14日龄健康大恒肉鸡公鸡16只,随机分为2组,每组8个重复,均正常饲喂日粮,分别在腓肠肌部位肌肉注射agomiR-NC（对照组,5 nmol）和agomiR-miR-499-5p（注射组,5 nmol）,为保证试验效果,每3 d注射1次,共注射6次。注射完成后将16只肉鸡屠宰,采集腓肠肌组织进行肌纤维直径测定和转录组学（RNA-seq）分析。结果显示,注射miR-499-5p可导致肉鸡腓肠肌肌纤维直径显著减小（P<0.05）。转录组测序结果显示,注射组和对照组分别获得308 263 164和316 696 152条clean reads,与鸡参考基因组的比对率分别为90.29%和89.57%。与对照组相比,注射组共有差异表达基因18个,其中上调基因12个,下调基因6个（P<0.05）。其中差异表达最大的两个基因分别是原癌基因FOS（fos proto oncogene,FOS）和早期生长应答蛋白基因（EGR1）。GO富集分析发现,差异表达基因显著富集于跨膜受体蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶信号通路、转录调控、脂质合成和骨骼肌再生等过程。KEGG富集分析结果显示,差异表达基因显著富集于丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路和Wnt信号通路。利用生物信息学软件预测到miR-499-5p的靶基因共78个,GO富集分析发现,靶基因也显著富集于丝氨酸/苏氨酸激酶活性的负调控和转录因子活性等过程。本研究表明,注射miR-499-5p可改变肉鸡腓肠肌肌纤维直径从而影响肌纤维特性,差异表达基因中的FOS、EGR1、CYR61和WNT7A基因可能在miR-499-5p的作用下通过上述通路参与了脂肪沉积和肌肉发育的调控。