清远麻鸡线粒体DNA细胞色素b基因遗传多样性分析

为了更好地对清远麻鸡种质资源进行保护和开发利用,以线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b (cytochrome b, Cytb)基因为分子标记,检测了80只清远麻鸡的遗传多样性,并探讨了清远麻鸡在5个红色原鸡亚种的进化地位。结果显示：清远麻鸡mtDNA Cytb基因序列全长为1 143 bp,碱基T、C、A和G的平均比例分别是24.08%、36.38%、27.46%和12.08%。单倍型多样性(Hd)为0.585±0.038,核苷酸多样性(Pi)为0.000 87±0.000 59,平均核苷酸差异(K)为0.995。80条序列共发现13个多态位点,其中11个为单变异位点,2个为简约信息位点;基于多态位点定义了7种单倍型,系统发育树显示清远麻鸡与红色原鸡既有独立分支,又有相互交叉。清远麻鸡在mtDNA水平上呈中度遗传多样性,研究结果为清远麻鸡种质资源遗传评估、有效保种和选育利用提供了理论依据。     

基于mtDNA Cytb基因序列分析广东省东方蜜蜂遗传多样性

采用PCR产物直接测序法对广东省3个地区的89群东方蜜蜂线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)序列进行了变异检测,并利用相关软件对所得数据进行群体遗传变异和遗传分化分析。所得序列长度为420bp,序列中的A,T,C,G平均含量分别为33.2%,44.0%,14.3%,8.5%;共检测到13个变异位点,其中转换变异位点12个,颠换变异位点1个,并且变异位点大多数发生在密码子第三位,无碱基插入或缺失;碱基组成A+T含量高,占77.2%,呈现明显的A+T偏倚性;3个地区种群间的遗传距离为0.0023、0.0020、0.0019;共定义14种单倍型,单倍型多样度为0.781±0.032,核苷酸多样度为0.004±0.0003。结果揭示广东省东方蜜蜂遗传多样性较为丰富,且存在一定的遗传分化。     

崇仁麻鸡mtDNA D-loop区遗传结构与遗传多样性分析

为研究崇仁麻鸡线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区遗传多样性和遗传结构,试验采用PCR产物直接测序的方法,测定崇仁麻mtDNA D-loop区的全序列,并与其他5个红色原鸡亚种进行系统进化关系分析。结果显示：30个样本的mtDNA D-loop区序列长度范围为1 231～1 232 bp,共发现27个多态位点,单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异（K）数值分别为0.947、0.006 89和8.476。群体中16种单倍型划分为A、B、C和E单倍型类群。研究表明,崇仁麻鸡具有较高的线粒体遗传多样性,可能来源于不同的母系。     

甘南牦牛线粒体DNA?Cytb基因序列分析

为深入研究线粒体DNA Cytb基因对牦牛在低氧环境适应性中的作用,本研究克隆获得甘南牦牛线粒体DNA Cytb基因全序列,并对其理化性质进行分析。获得甘南牦牛线粒体DNA Cytb基因全序列1 140 bp,编码379个氨基酸,编码产物分子质量98.5 KD,理论等电点为4.98,是亲水性的稳定蛋白,存在明显的碱基AT使用倾向性,该序列在哺乳动物中具有很高的保守性。     

基于线粒体Cytb基因的贵州野猪(Sus scrofa)群体遗传多样性分析

【目的】评估贵州地区野猪(Sus scrofa)的遗传多样性和遗传结构,为进一步开展保护遗传学研究和种群生态管理提供理论依据,进而为研究野猪的保护生物学及其对环境的适应奠定基础。【方法】对野猪线粒体Cytb基因进行PCR扩增及测序,结合从GenBank中下载的国内其他9个地区的55条野猪线粒体Cytb基因序列,利用Mega 7.0软件进行碱基组成和遗传距离分析,并使用DnaSP 6.0软件进行遗传多样性分析。【结果】贵州野猪Cytb基因(1 140 bp)碱基组成与其他地区野猪种群相似,AT含量高于GC含量;贵州采集的11头野猪的Cytb基因共有6个变异位点,4种单倍型,单倍型多样性为0.600,核苷酸多样性为0.00118;单倍型多样性与核苷酸多样性仅高于江西和东北地区的野猪种群;种内遗传距离较小,亲缘关系较近;中性检验Tajima’s D值和Fu’s Fs值均为负值且差异不显著,错配分布分析呈单峰分布,表明贵州野猪种群在历史上较为稳定。使用Network构建单倍型网络图,结合Mega 7.0软件构建的单倍型系统发育树分析结果表明,贵州野猪单倍型与其他地区种群存在共享单倍型(Hap＿...     

兰州大尾羊mtDNA D-loop和Cytb区序列分析与多态性研究

利用mtDNA序列分析技术对20只兰州大尾羊遗传多态性进行分析,兰州大尾羊mtDNA D-loop区序列长度为1 210 bp,碱基组成分析发现,A、T、G、C碱基含量分别为29.0%、32.3%、23.5%、15.2%,其中A＋T为61.3%,G＋C为38.7%,G＋C含量明显低于A＋T。通过对兰州大尾羊线粒体DNA D-loop区的碱基突变和同源性比较分析得出兰州大尾羊D-loop区核苷酸多样度（Nucleotide diversity）Pi为0.037 85,7只兰州大尾羊来自3个不同母本。兰州大尾羊mtDNA Cytb区序列长度为1 580 bp,其中A、T、G、C碱基含量分别为27.2%、33.7%、26.7%、12.4%;A＋T为60.9%,G＋C为39.1%,G＋C含量明显低于A＋T。应用计算机软件DNAsp4.10进行单倍型分析,17个兰州大尾羊个体mtDNA Cytb区序列共发现了12个单倍型（Haplotype）,其中第1号和第10号、第2号和第5号共用一种单倍型,单倍型比例在兰州大尾羊群体中较高,遗传多态性较低。     

基于Cytb基因部分序列分析巴州牦牛遗传多样性及其系统地位

对20头巴州牦牛Cytb基因部分序列550 bp进行分析,共发现7个变异位点,定义了4种单倍型;结合GenBank中bos属普通牛、瘤牛、牦牛、印度野牛和爪洼野牛5个近缘种以及沼泽水牛的Cytb基因同源区序列进行分析,以绵羊作为外群,分别采用邻接(NJ)法和最大简约(MP)法构建分子系统发育树,得到基本一致的拓扑结构。结果表明:推测巴州牦牛的系统地位在牛亚科中介于属与种之间,将其定义为bos属或者Poephagus属均有其一定的依据,但是本研究认为将其归属为bos属中的一个亚属可能更为合理,巴州牦牛可能具有2种母系起源。     

中国西南马mtDNA ND4基因遗传多样性研究

本研究旨在分析mtDNA ND4基因在中国西南马的遗传多样性.对中国西南马6个品种(类群)142个个体的线粒体DNA ND4基因部分序列进行PCR-SSCP和序列分析.结果表明,拼接后的西南马mtDNA ND4基因序列大小为679 bp,A+T含量(55.7%)高于G+C含量(44.3%).共检测到11个核苷酸变异位点,这些变异位点可归纳为6种单倍型.核苷酸平均多样度为0.638%,表明受试西南马mtDNA遗传多样性并不十分丰富.对各单倍型进行聚类分析,结果提示中国西南马起源于2个母系祖先.     

鸽mtDNA遗传多样性及系统进化研究

利用mtDNA Cytb基因为标记,研究不同鸽种的亲缘关系和遗传多样性。研究结果:通过对6个鸽种样本Cyt b基因进行PCR扩增和测序,采用生物信息学方法进行数据处理分析,结果显示所有样本中A、G、C、T碱基平均含量分别为26.5%、13.4%、34.8%、25.3%;共发现变异位点数为371个,变异类型为转换和颠换;共发现38个单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.997,平均核酸多样性(Pi)为0.11373;6个品种之间双参数遗传距离为0.000~0.018,其中王鸽与石岐鸽之间遗传距离最小,岩鸽与蓝环鸽及卡奴鸽间遗传距离最大。结合NCBI上已发表的34个鸠鸽科同源序列进行聚类分析,表明6个家鸽品种只有一个单一的起源。     

陆川猪mtDNA D-loop序列遗传多样性分析

本研究测定了陆川猪17个个体mtDNA D-loop高变区序列,共检测到5个单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.640和0.0074,表明陆川猪有较高的遗传多样性。结合已报道的中国地方猪种的mtDNA D-loop序列进行分析,结果发现,陆川猪和属于华中型的宁乡猪、大花白猪有很近的遗传关系,但与传统上同属华南型的香猪和滇南小耳猪的遗传关系较远,这与传统的分类方法不一致。     

麋鹿mtDNA控制区序列遗传多样性分析

为研究北京南海子麋鹿苑麋鹿的遗传多样性和进化系统,采用聚合酶链式反应(PCR)技术对13头麋鹿mtDNA控制区(D-环区)进行全序列扩增,对所得PCR产物进行测序,获得1 199 bp核甘酸序列片段,G+C含量占39.1%,其中仅有6个位点存在变异和转化,3种单倍型多样性为0.295,核苷酸多样性为0.039%。证明麋鹿的遗传多样性较低。将所测的麋鹿样本的mtDNA控制区序列与马鹿、坡鹿等鹿亚科动物进行比较,构建NJ分子系统发育树,研究其种间亲缘关系最近的为坡鹿、泽鹿。     

新疆密点麻蜥mtDNA Cytb基因系统进化分析

试验对新疆南部5个地区密点麻蜥线粒体DNA (Mitochondrial DNA, mtDNA)细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因序列进行PCR扩增和测序,采用邻接法和最大似然法分别构建系统进化树进行系统发育分析。结果表明:南疆沙蜥独立于1个分支;所有麻蜥在1个分支上,与山地麻蜥(Eremias brenchleyi)的亲缘关系最远,与荒漠麻蜥(Eremias przewalskii)的亲缘关系最近;密点麻蜥种群间每个地区样本几乎均是独立分支,喀什地区的密点麻蜥与民丰的密点麻蜥亲缘关系最远,乌恰次之,与同市叶城和塔什库尔干的密点麻蜥亲缘关系最近,但喀什地区的M13稍有偏离,与乌恰的密点麻蜥属于同1个分支,表明这两地区的密点麻蜥存在基因交流。文章基于Cytb基因对新疆南部5个地区密点麻蜥进行系统发育分析,补充和丰富了新疆部分地区密点麻蜥的基础遗传数据。     

寿光鸡遗传多样性及其起源进化的研究

为了更好地对寿光鸡种质资源进行保护和开发利用,以线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA) D-loop区为分子标记,检测了58只寿光鸡的遗传多样性,同时探讨了寿光鸡在5个红色原鸡亚种的进化地位。结果显示:寿光鸡mt DNA D-loop区全长1 231～1 232 bp,核苷酸多样性(Pi)为(0. 005 3±0. 001 35),单倍型多样性(Hd)为(0. 864±0. 018),平均核苷酸差异(K)为6. 525;群体共发现23处单核苷酸变异位点,并由此界定了8种单倍型;系统发育分析发现,寿光鸡主要分布在A、B、C和E 4个进化分支,构成比分别为43. 1%、36. 2%、12. 1%和8. 6%。结果表明:寿光鸡在线粒体水平上具有很高的遗传多样性,有4个母系来源,本研究为寿光鸡种质资源遗传评估、有效保种和选育利用提供了理论依据。     

华坪乌骨鸡mtDNA D-loop遗传多样性分析

为了阐明华坪乌骨鸡群体遗传背景信息,采用PCR产物直接测序技术对36只华坪乌骨鸡样品的线粒体DNA控制区高变区Ⅰ(长520 bp)进行了测序和序列分析。结果:在所检测华坪乌骨鸡序列中,碱基T、C、A和G平均含量分别为30.1%、29.8%、27.4%和12.6%;共检测到31个核苷酸多态位点,占检测核苷酸位点总数的5.96%,其中22个为简约信息位点,9个为单一信息位点。在该群体中共检测到12种单倍型,单倍型多样度(H)为(0.867±0.038),核苷酸多样度(π值)为(0.01547±0.00085),群体内遗传距离和序列间平均核苷酸差异数分别为(0.016±0.004)和8.044。系统发育分析显示,华坪乌骨鸡包含A、B、C、E、F和G等6个mtDNA世系。结果揭示华坪乌骨鸡群体内遗传变异较丰富,在遗传组成上具有6个母系血统来源。     

中甸牦牛mtDNA Cytb基因遗传多样性及系统进化分析

为从分子水平上探究中甸牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析中甸牦牛15个个体细胞色素b基因(Cytb)全序列,分析多态性及构建系统进化树。结果表明,中甸牦牛Cytb基因全序列长度为1 140bp,T、A、G和C含量分别为26.3%、31.8%、13.1%和28.8%;在15个个体中鉴定出3种单倍型,3个变异位点,其中2个转换、1个颠换,单倍型多样性(Hd)为0.2571,核苷酸多样性(Pi)为0.00035。系统进化树中,中甸牦牛首先与野牦牛聚为一类,之后与美洲野牛聚为一类,说明中甸牦牛与野牦牛和美洲野牛的亲缘关系较近、遗传相似性高,而与其他牛属的遗传相似性相对较低。遗传距离分析结果发现,中甸牦牛和野牦牛的遗传距离最近,结合分子生物学、古生物学等学科知识进一步支持了牦牛和野牦牛划为牛亚科牦牛属的观点。     

河北省山羊品种mtDNA遗传多样性研究

用 1 2种识别 6碱基的限制性内切酶ApaⅠ、BamHⅠ、Bg1Ⅰ、DraⅠ、EcoRⅠ、EcoRⅤ、KpnⅠ、PvuⅡ、PstⅠ、SacⅠ、SmaⅠ和XhoⅠ研究了河北省 5个山羊品种和类群共计 61个个体mtDNA的RFLP。结果检测到 3 3个酶切位点 ,1 4种限制性态型 ,3种基因单倍型 ,其中EcoRⅠ和CalⅠ表现出多态。基因单倍型间平均遗传距离为 0 .0 0 3 9,群体平均遗传多态度π值为 0 .1 2 %,表明其遗传分化程度较低     

野牦牛mtDNA Cytb基因全序列测定及系统进化关系

为从分子水平探究牦牛的分类地位和遗传多样性,试验测定了野牦牛细胞色素b基因全序列,并以绵羊为外群,构建野牦牛、家牦牛、大额牛、普通牛、瘤牛、水牛、非洲野牛、欧洲野牛、美洲野牛、非洲水牛等牛亚科种间系统进化树.结果表明:野牦牛细胞色素b基因全序列长1 140bp,序列间共有13个SNP多态位点,核苷酸变异类型包括转换和颠换,无插入和缺失,表明野牦牛具有较丰富的遗传多样性.研究结果支持将牦牛划分为牛亚科中一个独立属(即牦牛属)的观点.     

滩羊mtDNA Cytb和COⅡ基因遗传多样性研究

为了分析滩羊线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)和细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ(COⅡ)基因的遗传多样性,试验采用PCR扩增、12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、Sanguinetti银染法显色的方法对宁夏地区3个品种绵羊(滩羊、小尾寒羊和蒙古羊)群体遗传多样性进行检测,统计各群体的等位基因组成,利用等位基因频率计算各群体的多态信息含量(PIC)。结果表明:Cytb和COⅡ基因在3个绵羊群体中具有多态性,Cytb基因出现CC、CD、DD 3种基因型,C等位基因频率为0.34,D等位基因频率为0.66,PIC为0.348 1,达到中度多态;COⅡ基因出现EE、EF、FF、EH、FH 5种基因型,E等位基因频率为0.34,F等位基因频率为0.47,H等位基因频率为0.19,PIC为0.625 6,达到高度多态。将滩羊、小尾寒羊和蒙古羊Cytb基因与COⅡ基因序列进行分析对比,分别在202 bp、47 bp、157 bp处发现变异位点。     

绵羊线粒体DNA细胞色素B基因特异性片段PCR反应条件优化

根据绵羊线粒体DNA的序列设计引物,试用PCR扩增细胞色素b基因的一段序列,退火温度、Mg2+浓度对扩增体系没有影响,只有引物浓度对扩增产物有影响,说明引物的特异性和灵敏性较好,可初步用作绵羊的种属鉴别.