新疆甘草内生细菌的分离及其系统发育分析

采用组织分离法和研磨分离法从甘草的根、茎、叶中共分离到129株内生细菌,经鉴定属于13个属,分别为芽孢杆菌属、伯克霍尔德氏菌属、棒杆菌属、柠檬酸细菌属、肠杆菌属、库克菌属、微杆菌属、类芽孢杆菌、叶杆菌属、假单胞菌属、沙雷氏菌属、葡萄球菌属和寡养单胞菌属.同时运用纯培养法和基于16S rRNA 基因序列的系统发育分析对新疆胀果甘草中可培养内生细菌进行了研究.     

黄瓜种子及幼苗内生细菌分离鉴定

分离不同品种黄瓜种子和幼苗中内生细菌,共得到79个菌株,经鉴定分属于芽孢杆菌属、土壤杆菌菌属、黄单胞菌属、假单胞菌属、欧文氏菌属及短小杆菌属。内生细菌数量测定表明,不同组织中内生细菌的数量不同,根中最多,平均含量2.63×105CFU/g鲜组织,其次为茎,再次为子叶,种子中较少;品种间内生细菌优势种群结构相同,但细菌数量略有不同。     

星点东方鲀及共生细菌河鲀毒素的提取与检测

从福建东山县附近海域捕获3尾野生星点东方鲀(Takifugu niphobles),采用液相色谱-串联质谱法检测了其组织及从组织分离到的细菌发酵产物的河鲀毒素(Tetrodotoxin,TTX)含量,结果显示星点东方鲀卵巢、肝脏和肌肉组织的TTX含量分别是56.247、0.380和0.118μg/g。根据16S r DNA测序的结果,从星点东方鲀的肠道中分离到一株鳗利斯顿氏菌属(Listonella sp.)细菌,从肝脏中分离到两种不动杆菌属(Acinetobacter sp.)细菌,从肌肉中分离到一株肠杆菌属(Enterobacter sp.)细菌,从卵巢组织中分离到一株牡蛎弧菌(Vibrio crassostreae),其中,除牡蛎弧菌和一株不动杆菌属细菌外,其他细菌的发酵液提取物中均检测到TTX。这是首次在河鲀鱼类组织中分离到产TTX的鳗利斯顿氏菌属细菌和不动杆菌属细菌。     

山东省植物上冰核活性细菌种类与分布研究

从山东省25种植物上分离到60株冰核活性细菌，鉴定结果为：假单胞菌属有37株，其中非荧光假单胞菌10株，占16.7%；丁香假单胞菌11株，占18.3%；荧光假单胞菌2株，占3.3%；菜豆荚斑假单胞菌14株，占23.3%。欧文氏菌属有23株，其中菠萝欧文氏菌21株，占355；草生欧文氏菌2株，占3.3%。INA细菌的种类和分布受季节、环境、地域和植物种类等多种因素的影响，这是山东省关于冰核细菌研究的首次报道。     

水草组培中常见污染菌的初步鉴定分析

本研究以红丝青叶为例,对其组培过程中出现的典型污染菌进行分离与鉴定,并通过系统进化树明确了各菌种的进化关系。结果表明,在红丝青叶组培过程中出现的污染菌种类繁多,包含细菌和真菌,细菌归类于芽孢杆菌属、肠杆菌属、泛菌属、科萨克氏菌属、剑菌属和克雷伯菌属,真菌归类于寡营养丛孢霉属、枝孢霉属和隔孢伏革菌属。本研究结果可为后期组培培养基的优化及污染菌的防治提供参考。     

庐山野生锥栗根际解磷菌组成及解磷能力的研究（英文）

为探究锥栗外生菌根际可培养解磷细菌的组成及其对不同难溶性磷源的降解能力，揭示外生菌根对解磷细菌的调控作用。该文采用稀释涂布平板法和16S rRNA基因测序法分析庐山野生锥栗外生菌根际及其周边土壤解磷细菌的数量和组成特征。通过测定解磷细菌在平板上形成透明圈直径大小，进行半定量分析菌株对磷酸三钙、正磷酸铁、卵磷脂和植酸钙的降解能力。外生菌根际解磷细菌数量显著高于相应周边土壤。外生菌根际分离的解磷菌株隶属于伯克氏菌属和类伯克氏菌属，而周边土壤分离获得的菌株隶属于芽孢杆菌属、伯克氏菌属和类伯克氏菌属。不同分离源的解磷菌株对不同磷源总的降解能力没有显著差异。且所有菌株都不能利用正磷酸铁，但外生菌根际获得的细菌中有41.67%的菌株对磷酸三钙、卵磷脂和植酸钙均具有降解能力，明显高于周边土壤。锥栗外生菌根具有上调外生菌根际解磷细菌数量和富集具有多种磷源降解能力细菌的作用，这表明外生菌根具有选择多功能细菌促进土壤中营养元素吸收的潜能。     

2种立地条件下沙棘林地土壤中细菌多样性比较

利用高通量测序技术对陕西省中部和北部2个中国沙棘林地（永寿县马坊镇马坊林场和榆林市榆阳区转龙湾乡）表层（5~20 cm）土壤中细菌的特征区域进行检测,对比分析了2个林地土壤细菌群落结构和组成,并分析弗兰克氏菌科各细菌属的相对丰度与年平均降雨量和主要土壤营养因子之间的关系,以阐明环境条件对沙棘林地表层土壤中弗兰克氏菌群落的影响。结果表明,转龙湾林地土壤中细菌菌群丰富度指数（Ace指数和Chao1指数）高于马坊林地,而2个地区的细菌群落多样性指数（Shannon指数和Simpson指数）差异不大。从马坊和转龙湾林地土壤中分别获得89 467条和85 279条测序序列,可归类为2 658条和2 887个操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）,其对应的细菌分属于26个门66个纲144个目275个科474个属和30个门75个纲164个目322个科584个属;2个林地在门和纲组成上的一致性分别达到83%和78%;在细菌目和科的分类水平上,2个林地土壤细菌群落中相对丰度较高的细菌目的组成、以及这些目所含的主要细菌科的组成高度相似,但各菌目以及同一菌目中各菌科的相对丰度在不同林地之间存在明显差异。弗兰克氏菌目（Frankiales）细菌在马坊和转龙湾2个林地中的相对丰度均比较低,分别只有0.44%和0.76%;从2个林地土壤中共获得弗兰克氏菌目下的 20条OTU代表序列（其中共有序列19条）,分属于7个科12个属;弗兰克氏菌科（Frankiaceae）弗兰克氏菌属（Frankia）在土壤营养条件较好、降雨量较多的马坊林地土壤中的相对丰度占该目细菌的5.57%,显著高于土壤营养条件较差、降雨量较少的转龙湾林地（相对丰度在该目中为0.77%）。据此,可计算出弗兰克氏菌属在2个沙棘林地土壤整个细菌群落中的相对丰度分别仅为0.011%和0.002%。弗兰克氏菌属的相对丰度与土壤全N和碱解N含量以及年平均降雨量呈显著正相关。综上所述,不同立地条件下沙棘林地表层土壤中细菌群落组成差别不大,但各类细菌的相对丰度差别较大;具有固N能力的弗兰克氏菌属细菌的相对丰度很低,而在降雨较为充沛、以及土壤有机质和矿质营养条件较为丰富的立地条件下,其相对丰度显著高于降雨较为稀少和土壤较为贫瘠的立地条件。     

东山湾海带养殖区海洋浮游细菌的群落结构变化

对福建省东山湾一处海带养殖区海水中浮游细菌群落进行考察，以了解在海带生长不同阶段海洋浮游细菌的群落结构变化特征。结果表明，在未挂养海带前，海水中的优势浮游细菌为亚硫酸杆菌属细菌，在海带生长的凹凸期、薄嫩期、厚成期、成熟期，海水中优势浮游细菌分别为假单胞菌属、普里斯特氏菌属、假交替单胞菌属、假交替单胞菌属细菌。该研究深化了对海洋细菌与海带相互作用的认识，为海带生长过程中的科学管理提供了理论依据。     

玉米青贮中细菌多样性分析

[目的]揭示玉米青贮过程中细菌的多样性,为玉米青贮菌剂的优化和有害菌的抑制提供理论参考.[方法]构建细菌16S rDNA克隆文库,ARDRA(核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析)等方法.[结果]采用ARDRA方法将289个阳性克隆子归类为35个OTU,克隆文库覆盖率达到98.62;,其中细菌有11个属,包括明串珠菌属(肠膜明串珠菌Leuconostoc mesenteroides ATCC 8293、假肠膜明串珠菌Leuconostoc pseudomesen-teroidesR-31687)、魏斯氏菌属(Weissella sp.MVP03)、片球菌属(Pediococcus pentosaceus MY-800)、乳杆菌属(Lactobacillus plantarum IMAU70023)、乳球菌属(Lactococcus lactis HDDMM12、Lactococcus lactis KLDS、Lactococcus lactis SL3、Lactococcus lactis subsp.lactis MR17)、拉恩氏菌属(RahneUa sp.N2-2)、埃希氏菌属(Escherichiacoli strain NBRI1707)、克雷伯氏菌属(Klebsiella pneumoniae strain K30)、葡萄球菌属(Staphylococcus kloosii strainIv8)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas mahophilia IdR)、芽孢杆菌属(Bacillus licheniformis).其中明串珠菌属所占比例最高26.6;,其次是乳球菌属23.5;,再者是克雷伯氏菌属22.5;,乳杆菌属8.6;,片球菌属4.2;,拉恩氏菌属2.4;,葡萄球菌属2.0;,芽孢杆菌属2;,魏斯氏菌属1.7;,寡养单胞菌属1.7;,埃希氏菌属0.3;,除此之外还有4.1;的不可培养细菌.[结论]建立的青贮玉米细菌文库中70;的转化子属于乳酸菌类,但在文库中同时也有一定比例的致病或有害菌,因此开展发酵助剂或者有害菌抑制剂的研究及应用研究尤为重要.     

冻干/新鲜青稞老面发酵青稞面团的细菌群落结构比较分析

为初步探讨青稞老面冻干粉作为发酵剂,发酵生产青稞馒头的可行性,本研究分别以冻干青稞老面(QKDG)与新鲜青稞老面(QKXX)发酵生产青稞面团,同时利用高通量测序技术对青稞面团细菌群落结构进行比较分析。结果表明:细菌门水平上,在QKDG和QKXX中硬壁菌门都是优势种群,分别占到各时期菌落种群的81.76%和92.47%;细菌科水平,在QKDG和QKXX中明串珠菌科都是优势种群,分别占到各时期菌落种群的70.29%和48.24%;细菌属水平,在QKDG和QKXX中魏斯氏菌属都是优势种群,分别占到各时期菌落种群的68.41%和44.39%。从细菌群落热图可以看出,QKDG和QKXX细菌分布有一定的差别,但样品之间微生物群落结构差距不大,有一定的相似性;系统进化树表明在QKDG和QKXX两个样本中的优势菌群为魏斯氏菌属、乳杆菌属、明串珠菌属和蓝细菌,其进化关系是魏斯氏菌属和明串珠菌属的进化关系最近,其次为乳杆菌属、蓝细菌与其他属之间的进化关系最远。通过比较初步确定冻干青稞老面可以作为青稞馒头生产的发酵剂。     

鸡粪好氧堆肥中温期效应细菌及放线菌的筛选及属别鉴定

文章对鸡粪好氧堆肥中温期细菌、放线菌的组成及作用进行了探索。结果表明,细菌具有群体数量优势;整体分解有机物的效果也是细菌强于放线菌;经筛选鉴定效应菌株分别为芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、变形菌属(Proteus sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)、克雷伯氏菌属(Klebsiella sp.)、螺孢菌属(Spirillospora sp.)、链霉菌属(Streptomyces sp.)和指孢囊菌属(Dactylosporangium sp.),其中假单胞菌属、克雷伯氏菌属、芽孢杆菌属、链霉菌属和指孢囊菌属对淀粉多糖类有机质具有分解能力,芽孢杆菌属、假单胞菌属、变形菌属、葡萄球菌属、螺孢菌属、链霉菌属和指孢囊菌属对蛋白类有机物具有分解作用,芽孢菌属、葡萄球菌属、克雷伯氏菌属、螺孢菌属和指孢囊菌属对脂肪类有机物具有分解能力。     

植物病原细菌分类最新进展

随着人们对植物病原细菌研究的不断深入,细菌分类一直处于一个变化的过程。除了传统的属被拆分成若干个属以外,新属也不断增加,植物病原细菌属的数量已增至近40个。革兰氏阴性细菌中,传统的欧文氏菌属(Erwinia)又分出了4个属:果胶杆菌属(Pectobacterium)、迪基氏菌属(Dickeya)、泛菌属(Pantoea)和布伦纳氏属(Brenneria),导致作物软腐病的胡萝卜果胶杆菌(Pectobacterium carotovorum)和黑腐果胶杆菌(P.atrosepticum)最初分别归在胡萝卜欧文氏菌胡萝卜亚种(Erwinia carotovora subsp.carotovora)和黑腐亚种(subsp.atroseptica);从假单胞菌属(Pseudomonas)中分出了雷尔氏菌属(Ralstonia)、伯克氏菌属(Burkholderia)和噬酸菌属(Acidovorax)。新种的命名更是层出不穷,迪基氏菌属中已陆续增至8个种,导致玉米细菌性茎腐病和水稻细菌性基腐病的病菌现名为玉米迪基氏菌(Dickeya zeae)。有些亚种或致病变种上升为种,导致西瓜细菌性果斑病的病原菌由燕麦噬酸菌西瓜亚种(Acidovorax avenae subsp.citrulli)变为西瓜噬酸菌(Acidovorax citrulli)。很多病原菌的学名经历了数次变更,棉花角斑病的病原原名为野油菜黄单胞菌锦葵致病变种(Xanthomonas campestris pv.malvacearum)和柑橘黄单胞菌锦葵致病变种(X.citri pv.malvacearum),现为地毯草黄单胞菌锦葵致病变种(X.axonopodis pv.malvacearum)。革兰氏阳性细菌家族的成员也在不断壮大。国内学者在学名使用上存在落伍和不规范现象。论文对近年来植物病原细菌分类体系的变化进行了梳理,并呈现了新老拉丁文学名的变化过程。关注植物病原细菌分类学的变化,有助于我们的研究工作与国际接轨。     

白粉病对大叶黄杨叶片内生细菌群落的影响

【目的】研究白粉病对大叶黄杨（Euonymus japonicus）叶片内生细菌群落结构特征、互作关系及群落关键种的影响,为大叶黄杨白粉病的生物防治提供参考。【方法】以北京市大叶黄杨绿化带的健康叶片（HL）及感染白粉病叶片（DL）为材料,测定其硝酸盐、可溶性糖、可溶性蛋白及叶绿素含量。采用Illumina MiSeq测序技术测定叶片内生细菌群落特征,用ADONIS、MRPP和PERMANOVA方法分析细菌群落不相似性,采用典范对应分析（CCA）和Mantel分析研究细菌群落结构与叶片理化指标的相关性,通过细菌群落的分子生态网络分析（MENA）确定群落互作关系及关键种。【结果】大叶黄杨DL的叶绿素含量显著低于HL,而可溶性蛋白质含量显著高于HL。大叶黄杨HL和DL叶内生细菌群落的多样性及群落结构无显著差异。HL优势菌门为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、蓝细菌门、拟杆菌门,DL优势菌门为变形菌门、放线菌门、厚壁菌门、蓝细菌门。HL优势属相对丰度从高到低依次为罗尔斯通氏菌属、无色杆菌属、贪铜菌属、类芽孢杆菌属、盐孢菌属、芽孢杆菌属、伯克霍尔德菌属、土单胞菌属、节杆菌属;DL优势属为罗尔斯通氏菌属、盐孢菌属、伯克霍尔德菌属、芽孢杆菌属、罗河杆菌属。大叶黄杨叶片的叶绿素含量显著影响细菌群落结构,主要影响HL的变形菌门和放线菌门相对丰度。MENA结果显示,DL内生细菌群落的互作关系比HL更复杂,竞争关系更强。HL内生细菌群落中未发现关键种,而DL中发现了5个细菌群落关键种,分别为放线菌门的诺卡氏菌科红球菌属、类诺卡氏菌科和鱼孢菌科及变形菌门的生丝微菌科丝微菌属和华杆菌科。【结论】白粉病感染对大叶黄杨叶片内生细菌群落结构及多样性无显著影响,但改变了细菌群落的互作关系,说明大叶黄杨叶片内生细菌对白粉病的感染具有响应效应。     

从流产母猪群中检出的两株伪结核耶尔赞氏菌鉴定

 本文报道了从流产母猪胎盘中分离出的两株细菌。经鉴定,这两个菌株均为伪结核耶尔赞氏菌。该菌为G^-球杆菌,有的呈两极染色。菌体多分散存在。少数呈短链,能运动,无荚膜。结果表明,伪结核耶尔赞氏菌是引起母猪流产的病原之一。鉴于该菌属于人畜共患病原,故应引起重视。     

茶树根际土壤解磷细菌的筛选及解磷活性分析

为了获得具有高效解磷活性和应用潜力的根际促生菌,从河南省信阳黄棕壤茶区采集茶树根际土壤样品,采用选择性培养基,以稀释培养法筛选具有解磷能力的细菌。结果表明,共筛选获得具有较强解磷能力的根际细菌36株,其中,解无机磷细菌23株,解有机磷细菌13株;解磷细菌主要分布于芽孢杆菌属、类芽孢杆菌属、伯克氏菌属、肠杆菌属、不动杆菌属和假单胞菌属,其中,芽孢杆菌和类芽孢杆菌为优势种群。解磷特性和活性测定结果表明,蜡样芽孢杆菌、类芽孢杆菌和伯克氏菌兼具解无机磷和有机磷的作用,而假单胞菌仅具有解有机磷的作用;23株解无机磷细菌中,18株的解磷活性大于100μg/mL,13株解有机磷细菌的解磷活性均大于40μg/mL。     

鳗鲡病原菌16SrRNA基因序列测定及系统进化分析

对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。     

周年生长特性（大小年）下毛竹根际细菌和内生细菌群落结构及其多样性特征

【目的】研究大小年毛竹林毛竹根际细菌和内生细菌群落多样性及其结构差异。【方法】采集I度、II度和IV度的大年和小年毛竹林中毛竹的竹鞭、鞭根、根际土壤和林间土壤，提取样本基因组DNA，利用Illumina高通量测序技术分析毛竹根际细菌和内生细菌群落结构多样性。【结果】各组样本总共鉴定出31个门、49个纲、108个目、212个科、472个属细菌。从优势菌群及丰度来看，大年竹鞭和鞭根的优势菌纲为α-变形菌纲，优势菌目为根瘤菌目；小年竹鞭和鞭根的优势菌纲为γ-变形菌纲，优势菌目为芽孢杆菌目。在门水平上，大年竹鞭样本放线菌门的丰度高于小年竹鞭样本，大年毛竹鞭根酸杆菌门和变形菌门的丰度大于小年毛竹鞭根样本，厚壁菌门和拟杆菌门的丰富度小于小年毛竹鞭根样本。在纲和目水平上，大年竹鞭和鞭根样本与小年样本相比较，主要优势菌群为弗兰克氏菌目和α-变形菌纲下属的根瘤菌目。在科水平上，大年毛竹鞭根样本在黄杆菌科的丰度都大于小年样本。在属水平上，大年毛竹鞭根样本在慢生根瘤菌属的丰度大于小年毛竹鞭根样本，而大年毛竹竹鞭和鞭根样本细菌在伯克氏菌科的丰度都低于小年毛竹竹鞭和鞭根样本。从多样性来看，大小年毛竹根际土壤在各...     

基于宏基因组学的茅台酒酒曲细菌的多样性分析

为了解茅台酒酒曲微生物的菌群组成结构,为其制曲工艺的稳定及质量评估提供理论依据,利用宏基因组学方法分别提取2011—2013年的茅台酒酒曲微生物总基因组 DNA,经 PCR 扩增16S rDNA V4区构建文库并测序,进行茅台酒酒曲细菌群落多样性的研究。结果表明：茅台酒酒曲微生物群落构成较稳定,主要分布于γ-变形菌纲（50％以上）和芽孢杆菌纲（30％以上）,分属于魏斯氏菌属、片球菌属、明串球菌属、糖多孢菌属、欧文氏菌属、真丝菌属、短状杆菌属、鞘氨醇杆菌属、醋酸杆菌属、糖单孢菌属、盐单胞菌属和德库菌属;各年茅台酒酒曲细菌群落结构差异不大。     

子宫内膜炎母猪子宫内细菌分离和鉴定

为探讨子宫内膜炎母猪子宫内细菌感染的情况及其致病性,试验采用常规细菌分离培养、ATB自动细菌鉴定及ATB自动药敏测试法,对40头子宫内膜炎淘汰母猪和15头无子宫内膜炎母猪的子宫体和子宫角样品进行细菌分离和鉴定。结果从40头子宫内膜炎母猪样品共分离到70株细菌,分离率100%,其中从子宫体共分离到47株,子宫角分离到23株;从15头无子宫内膜炎母猪中1份子宫体样品分离到2株菌,其余均未分离到细菌,分离率6.67%。72株分离菌,经鉴定主要为大肠杆菌、铜绿假单胞菌、恶臭假单胞菌、嗜水气单胞菌等16种。分离菌中铜绿假单胞菌、嗜水气单胞菌对小白鼠有较强致病力,并对28种抗生素都有不同程度的耐药性。结果表明,生产母猪高淘汰率与母猪子宫内膜炎发生率有关;环境中常在的条件性致病菌是母猪子宫内膜炎的主要感染菌,并对多种抗生素有耐药性。     

凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死综合症病虾与健康虾肠道优势菌群比较分析

为研究急性肝胰腺坏死综合征(Acute hepatopancreatic necrosis syndrome,AHPNS)病原对凡纳滨对虾肠道菌群的影响,获取更多的AHPNS防治基础资料,采用PCR-RFLP方法比较了江苏地区患AHPNS病虾和健康对虾肠道微生物群落。结果发现,不同生长阶段病虾肠道中均只有弧菌属细菌;对照的健康对虾中,幼虾肠道优势菌为假单胞菌属、食酸菌属和固氮螺菌属细菌;养殖中期对虾肠道优势菌为发光杆菌属、弧菌属和希瓦氏菌属细菌;养殖后期对虾肠道优势菌为弧菌属、红杆菌属、莱茵海默氏菌属细菌。研究结果表明,凡纳滨对虾患AHPNS后肠道微生物群落明显不同于健康对虾,肠道菌群多样性遭到破坏,弧菌为肠道内绝对优势细菌,不同生长阶段健康对虾的肠道优势菌存在差异。本研究探究了AHPNS病原对于凡纳滨对虾肠道菌群的影响,并为认识和防控AHPNS提供试验基础。