36株鸡传染性法氏囊病病毒中国分离株(2009~2012)VP2基因高变区的序列分析（英文）

[目的]鸡传染性法氏囊病(IBD)是由传染性法氏囊病病毒(IBDV)引起的一种高度接触性免疫抑制性传染病。IBDV易变异,给防控提出了挑战。持续监测IBDV的流行十分必要。[方法]对36株源于2009~2012年我国10个省的IBDV毒株的VP2部分基因(包含高变区)进行了扩增、测序。将其与本实验室早期分离的18株IBDV,以及源自我国和世界其它地区的24株参考毒株,进行序列比对分析。[结果]IBDV经典毒株、变异毒株、弱毒株和超强毒株(vv IBDV)在我国同时存在。vv IBDV仍然是我国的主要流行毒株,而且新的亚群正在形成。序列比对分析显示,这些毒株中存在可能与毒力和抗原变异相关的氨基酸突变。[结论]该研究有助于笔者进一步认识IBDV的遗传变异。     

广东省狂犬病病毒分离株N基因的序列分析

[目的]确定广东地区狂犬病毒流行毒株,更好地防控狂犬病。[方法]对2009年从广东省各地采集的犬脑和对应唾液腺进行直接免疫荧光和巢式RT-PCR检测,并通过颅内接种乳鼠进一步鉴定毒株。PCR扩增分离株的N基因,测定其核苷酸序列,并将其与广西地区的流行毒株和疫苗株进行了比对。[结果]分离到2株狂犬病毒毒株,其N基因序列与广西分离到的病毒具有极高的相似性（97.9%～99.4%）,与狂犬病毒疫苗株的相似性为87.7%～88.1%。[结论]外表健康犬只可能携带狂犬病毒,且狂犬病毒的流行存在明显的地域差异。     

日本乙型脑炎病毒分离株E基因的克隆及序列分析

[目的]对日本乙型脑炎病毒分离株E基因进行克隆及序列分析。[方法]根据乙型脑炎病毒SA14和SA14-14-2株序列,设计并合成一对E基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增出JEV分离株E基因片段,将其与pMD19-T载体连接,应用DNAStar、Clustal_1.81和Mega序列分析软件进行同源性比较。[结果]分离株E基因的cDNA长1 500 bp,可编码500个氨基酸;分离株E基因与VN50/Viet Nam/1989/Hu-man brain株、SA14株、Whe株、Benjing 1株、P3株、KV1889株J、aGAr01株和SA14-14-2株的核苷酸同源性为88.0%～99.1%,氨基酸同源性为97.8%～99.8%;分离株为乙型脑炎病毒强毒株。[结论]该研究为乙脑病毒基因工程疫苗的研发奠定了一定的基础。     

不同来源的5株新城疫病毒的分离·鉴定与基因型分析

[目的]分离鉴定不同来源的5株新城疫病毒（NDV）,并对其基因型进行分析。[方法]从江苏和广西发病孔雀、鸡、鹅群分离到5株NDV。参照文献合成1对引物P1和P2,用于扩增基质蛋白基因（M）1161nt至融合蛋白基因（F）889nt之间长约970nt的片段。用TrizolRNA试剂盒抽提5株NDV基因组,再按照Promega说明书,用上游引物P1合成F基因cDNA,合成的cDNA作为聚合酶链式反应（PCR）的扩增模板,用PCR反应扩增F基因目的片段。将所得产物进行序列测定,获得这5株NDVF基因5′端约890nt序列。采用DNAMAN软件对F基因47～420nt间的片段进行序列分析,并推导出相应的氨基酸序列。在此基础上,从GenBank中选取32个参考毒株与这5个分离株进行遗传变异分析,并绘制系统发育进化树。[结果]同源性分析比较表明,5株NDV分离株之间的差异性很小,它们之间的同源性为95.00%～97.00%,其中2株广西分离株之间的同源性为97.07%,3株鹅源分离株之间的同源性为96.43%。所有毒株F蛋白裂解区氨基酸序列均为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株裂解区位点特征。这5株NDV分离株均属于基因Ⅶ型和Ⅶd亚型。[结论]近几年流行的NDV的主导基因型为基因Ⅶ型,且来自不同宿主的毒株之间的差异性较小。     

30株鸡传染性支气管炎病毒标准株与分离株SJ基因的克隆及序列分析

利用IBV S1基因特异性引物对30株IBV毒株进行RT-PCR扩增,产物经纯化后进行测序,并利用ONAstar MegAlign软件分析S1基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列。结果表明,广西分离株GXIB／02与Mass41、Conn、Ark、PA、Del、JMK、H52参考株的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性均较低,与美国80年代分离的毒株MW34、hotle、call5、AustT株的序列同源性也很低。这一结果与血清学试验结果相吻合,说明广西分离株GXIB／02与当今流行的标准株以及过去流行的毒株都不相同,是一个新的变异株,由此推断广西已有不同血清型IBV毒株存在,可能导致新的变异株流行。     

30株鸡传染性支气管炎病毒标准株与分离株S1基因的克隆及序列分析

利用IBVS1基因特异性引物对30株IBV毒株进行RT-PCR扩增,产物经纯化后进行测序,并利用DNAstar MegAlign软件分析S1基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列。结果表明,广西分离株GXIB/02与Mass41、Conn、Ark、PA、Del、JMK、H52参考株的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性均较低,与美国80年代分离的毒株MW34、hotle、cal15、AustT株的序列同源性也很低。这一结果与血清学试验结果相吻合,说明广西分离株GXIB/02与当今流行的标准株以及过去流行的毒株都不相同,是一个新的变异株,由此推断广西已有不同血清型IBV毒株存在,可能导致新的变异株流行。     

I群禽腺病毒血清4型广东株的分离鉴定及分子特性

[目的]对广东地区疑似心包积液–肝炎综合征患病鸡进行腺病毒分离鉴定并研究其分子特征.[方法]采集的病料样品,通过鸡胚有限稀释法经SPF鸡胚传代分离纯化病毒,进行致病性试验,并对病毒的hexon、fiber-2、ORF19和ORF29基因进行PCR扩增,分析其分子特征.[结果]hexon基因序列分析显示此次分离的毒株为Ⅰ群禽腺病毒血清4型(命名为WM-XC株),SPF鸡接种分离毒株后,致死率达90%,死亡鸡只出现明显的心包积液、肝炎等变化,肝脏病理切片可观察到明显的嗜酸性包涵体,显示分离毒株具有致病性.fiber-2基因序列同经典毒株ON1和KR5相应序列的相似性达96.1%和97.0%,与2015年以来国内分离的毒株序列相似性则达到100%;ORF29序列与2013年国内分离到的毒株JSJ13和JN13的相应序列相比存在33个碱基的缺失;WM-XC分离株与2015年以来国内分离毒株序列相同,但相比经典株ON1和KR-5,缺失ORF19序列.[结论]此次从广东地区分离到的血清4型Ⅰ群腺病毒,和近年国内其他地区分离的流行毒株一样,其fiber-2、ORF19和ORF29基因序列与经典毒株差异明显.     

广西家蚕核型多角体病毒株gp64基因 克隆与序列分析

[目的]了解广西家蚕核型多角体病毒(Bombyxmori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)毒株gp64基因的保守性,并掌握其具体的突变位点,为研究核型多角体病毒(NPV)种内的微进化模式提供参考依据.[方法]对广西不同桑蚕产区的19株BmNPV毒株进行gp64基因克隆与测序,分析完整开放阅读框(ORF)序列的同源性和单核苷酸多态性,并构建基于gp64基因的遗传进化树.[结果]广西BmNPV毒株的gp64基因ORF序列不一致,存在1590、1593和1599 nt三种类型,是由于第94~96位缺失GCG或第97~102位插入GCGCCG所致,且插入核苷酸突变仅在广西BmNPV毒株中出现.仅GXSL毒株与T3毒株的核苷酸及其推导氨基酸序列同源性均达100.0%,其余18株毒株与T3毒株的核苷酸序列同源性在98.5%~99.2%,其推导氨基酸序列同源性在98.7%~99.6%.19株广西BmNPV毒株被分为两个亚群(cladeⅠ和cladeⅡ),其中11株独立形成cladeⅡ,7株独立形成cladeⅠ中的一个亚群;广西毒株在多个位点出现同义核苷酸突变,呈一定的规律性.[结论]广西BmNPV毒株的gp64基因具有遗传多样性,在遗传进化上较独立,插入突变显示出地域特点.     

猪流行性腹泻病毒流行株M基因的克隆与序列分析

采用RT-PCR方法对收集的2株猪流行性腹泻病毒(PEDV)临床毒株(D1、D3)的M基因进行克隆,并对其核苷酸和推导的氨基酸序列进行分析。结果表明:2株PEDV流行毒株M基因间核苷酸序列同源性为98.1%,氨基酸序列同源性为97.8%。流行毒株D1与参考株EAS1、SM98、CHM2013分离株亲缘性较近,流行毒株D3与参考株PEDV-LY、PEDV-WS、CH22分离株亲缘性较近。与参考株CV777相比,D1株M蛋白有4个抗原决定簇的位置和序列组成发生了变化。     

REV分离株囊膜糖蛋白基因的克隆及序列分析

根据网状内皮组织增生症病毒（REV）SNV株env基因的序列，设计并合成了2对引物，利用该引物，以中国地方分离株SD9901、HA9901前病毒基因组cDNA为模板，通过PCR技术，成功地从国内分离的2株REV毒株中扩增出env基因，并将其克隆到pUCm-T载体中测序。将所得序列与SNV株进行比较，分析其同源性。结果表明：在核苷酸水平上，参考株SNV株的env基因与2株中国分离株的同源性分别为97.7%和95.0%；在氨基酸水平上，其同源性分别为96.9%和92.7%。分析进化关系，HA9901变异较大。     

禽网状内皮增生病毒囊膜基因gp90的克隆表达及ELISA方法的初步建立

根据禽网状内皮组织增生症病毒( reticuloendotheliosis virus,REV) SNV株前基因组cDNA序列,经生物信息学分析,设计并合成引物,以四川分离株REV-SC1为模板,扩增囊膜基因gp90抗原性、亲水性较高的121～1 023 bp基因片段;将目的基因克隆至pMD-19T载体,进行测序和比对;将基因片段按正确的阅读框架定向克隆至pET-32a(+),转化大肠杆菌BL21( DE3),以IPTG诱导表达,包涵体洗涤纯化,探讨以重组gp90蛋白为包被抗原初步建立检测REV的间接酶联免疫吸附试验(ELISA)方法.结果表明:1)REV-SC1株gp90核苷酸序列与在GenBank上已发表序列的同源性最高为99%,于231位、870位发生了2个碱基突变;2)SDS-PAGE分析表明表达蛋白分子质量约为45 ku,与预期分子质量大小相符;免疫印迹(Western-blot)结果表明重组蛋白具有生物学活性;3)间接ELISA检测方法的最佳抗原包被质量浓度为1.5 mg.mL-1,一抗稀释度为1:320,临界值为0.126;特异性、敏感性试验结果良好.综上,本试验成功表达了REV gp90蛋白,并对其在ELISA检测方面的应用作了初步探讨.     

鸡痘病毒整合禽网状内皮组织增生病病毒基因的分子生物学鉴定及致病机理研究

 【目的】验证FPV野毒株是否存在REV基因整合现象,初步研究整合毒株致病鸡群REV的抗体变化规律、FPV感染组织细胞的病变及发病鸡的病理组织学变化特征。【方法】自泰安及周边地区搜集的9例典型FP临床病例取其病变组织分离FPV,电镜观察FPV形态特征、PCR扩增REV-env和LTR序列、ELISA检测FP发病鸡群血清REV抗体变化特征及病理组织学检查病鸡的病理学变化。【结果】9株FPV野毒株均有REV基因片段的整合,整合毒株使感染组织细胞的核由原来紧密球状变成较松散的螺旋状;FP患病鸡REV抗体阳性率显著升高;发病鸡除FP的一般病变外,同时显示脾脏、胸腺、法氏囊等免疫器官的淋巴组织严重萎缩,网状内皮细胞增生;肝脏、十二指肠、肺脏等器官内的淋巴组织亦表现相应的病理变化;用分离纯化整合REV基因的FPV毒株对SPF鸡试验性感染表明：整合REV基因的FPV毒株试验性感染SPF鸡患痘后期REV抗体水平的变化及组织器官的病理变化与野毒株FPV自然感染鸡所致病变相同。【结论】泰安及周边地区流行的FPV野毒株普遍存在REV基因的整合现象,整合有REV基因的FPV野毒株的致病性已发生改变,具有REV的某些致病特征。     

鸭源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因floR的流行调查

[目的]了解我国部分地区鸭源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因floR在临床菌株中的流行情况。[方法]采用美国临床实验室标准化委员会(CLSI)推荐的肉汤微量稀释法测定22株鸭大肠杆菌对氟苯尼考等9种药物的敏感性,并应用PCR方法检测氟苯尼考耐药基因floR。[结果]22株鸭源大肠杆菌对氟苯尼考和四环素全部耐药,耐药率达100%,呈现多重耐药性特点;其氟苯尼考耐药基因floR检出率为90.9%,与耐药表型基本一致。[结论]氟苯尼考在我国部分地区呈现高耐药性,对其耐药基因的监测为临床抗菌药物的合理使用提供了理论依据。     

木薯炭疽病病原鉴定及其生物学特性研究（摘要）（英文）

[目的]分离鉴定木薯炭疽病菌,并进行生物学特性研究。[方法]从我国海南木薯发病叶片上分离到2株木薯炭疽病菌CCGHN01和CCGHN03,分离物的致病性采用针刺法进行确认,通过分生孢子形态观察和ITS序列分析进行鉴定。采用CTAB法提取2个木薯炭疽病菌菌株的基因组DNA,用通用引物ITS1和ITS4进行PCR扩增。扩增产物克隆后各挑3个阳性克隆测序后进行比对以确认其序列,序列在http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/上进行比较分析。研究2个木薯炭疽菌株的生物学特性,各影响因子包括：培养基种类（马铃薯琼脂葡萄糖、马铃薯琼脂蔗糖、玉米粉、燕麦、麦芽、胡萝卜培养基）,菌落生长温度（5、10、15、20、24、26、28、30、33、37、40℃）、pH值（4.0、5.0、6.0、7.0、8.0、9.0、10.0、11.0、12.0）、光照（完全黑暗、完全光照和光暗交替）,分生孢子萌发温度（5、10、15、20、24、26、28、30、33、37和40℃）、致死温度（40、45、50、55、60和65℃）。[结果]分生孢子形态观察和ITS序列分析表明2株病原菌为胶孢炭疽菌。生物学特性研究表明,2个菌株生长最适培养基为马铃薯琼脂蔗糖培养基,最适温度分别是26和30℃,最适pH值为8.0,最适光照条件分别是光暗交替和完全黑暗。2个菌株孢子萌发最适温度分别是28和30℃,致死温度为55℃ 10 min。[结论]该研究为进一步防治木薯炭疽病提供了基础。     

斑点叉尾鮰鲇鱼爱德华氏菌的分离与鉴定

[目的]研究爱德华氏菌的鉴定方法,为爱德华菌病的快速诊断及防治提供参考依据。[方法]选取患病斑点叉尾鮰的表皮、肝脏和肾脏组织进行细菌分离,对选择性培养基上生长出来的疑似菌株进行革兰氏染色、氧化酶试验、葡萄糖发酵及生化特性试验鉴定菌株。[结果]共分离得到3株形态不同的肠杆科细菌,经过鉴定其中1株为鲇鱼爱德华氏菌。[结论]患病斑点叉尾鮰感染了爱德华氏菌。     

2株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列测定及遗传性分析（摘要）

[目的]了解2株H9N2分离毒株与其他参考毒株的全基因组遗传变异关系。[方法]采用RT-PCR技术扩增了2株H9N2亚型禽流感病毒分离株8个基因片段的全基因序列,并对所得序列与6个参考毒株进行了同源性比较及遗传进化树分析。[结果]2个毒株与6个参考毒株全基因组同源性在91.1%～95.4%,PG08与C/BJ/1/94的全基因序列的核苷酸同源性最高为91.3%;而ZD06与D/HK/Y280/97最高为92.3%。2个分离株的HA基因裂解位点均为PARSSR/GLF,所以均为H9N2低致病力禽流感病毒。[结论]ZD06株与C/Pak/2/99的亲缘关系最近,属欧亚种系;PG08株与其他毒株亲缘关系稍远,它可能是不同亚支基因重排的产物。     

牛源MRSA新疆流行株的分离鉴定及spa基因多态性分型

[目的]明确新疆地区牛源耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)流行株的流行特点,为有效防控新疆奶牛乳房炎和子宫内膜炎提供参考依据.[方法]采用分离培养、生化鉴定、药敏试验等方法对牛源MRSA进行鉴定,并以PCR扩增牛源MRSA新疆流行株spa基因的X区,测序结果列提交至spa分型数据库(http://www.ridom.de/spaserver/)进行spa基因多态性分型.[结果]从221份样品中共检测出71株金黄色葡萄球菌,其中对苯唑西林抑菌直径小于10 mm的有8株;而以mecA引物进行PCR扩增,发现扩增结果呈阳性的有13株,MRSA检出率为18.3%.spa基因分型有4种,分别为t779、t2883、t13751和t1939,其中5株为t779(r08),4株为t2883(r07-r23-r21-r17-r34),2株为t13751(r07-r23-r12-r21-r17-r12),2株为t1939(r07-r23-r02-r34),即t779(r08)为MRSA新疆流行株的主要spa基因分型.[结论]MRSA在新疆不同地区均有分布,且其耐药情况不断变化,以t779(r08)为MRSA新疆流行株的主要spa基因分型.     

锦鲤维氏气单胞菌感染症及其病原生物学特性研究

[目的]报道锦鲤的发病情况及其病原的主要生物学性状。[方法]对5尾发病及新鲜病死的锦鲤病变组织进行细菌检查及分离,对分离菌进行形态特征、理化特性等表观分类学指征鉴定;同时择代表菌株进行16S rRNA基因的分子鉴定、健康锦鲤的人工感染试验和药敏试验。[结果]根据2株分离菌的形态特征及理化特性,结合16S rRNA序列测定与系统发育分析结果,判定其为气单胞菌属的维氏气单胞菌,其代表菌株HC050630A-1的16S rRNA基因序列长度为1457bp。人工感染试验表明,HC050630A-1株具有较强的致病作用。药敏试验结果显示,HC050630A-1菌株对供试37种抗菌药物中的头孢拉定等16种高度敏感,对头孢唑啉等13种敏感,对青霉素G等8种药物耐药。[结论]该研究为对该病的有效检验与防制等提供参考。