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【目的】基于重测序数据开发一种快速筛选样品间SSR标记多态性的方法。【方法】通过基因组重测序技术对2个砂梨品种'早生新水’和'秋水’、1个西洋梨栽培品种'早红考密斯’以及3个梨属野生种豆梨、川梨和杜梨进行重测序,对已报道的446对梨SSR引物和新开发16对引物进行多态性测试,使用Magicblast匹配测序产生的Reads到上述SSR位点序列,获得SSR两侧保守序列之间的长度,筛选出多态性的引物。使用荧光PCR对部分筛选出的多态性引物进行验证。【结果】单个SSR位点在不同样品间获得匹配的平均Reads数能够超过16条,每个样品均获得了220个以上位点的信息,380对引物在不同样品间能够获得多态性的片段。精确分析了梨LG3早熟候选区域29个SSR位点在'早生新水’和'秋水’中的扩增情况,共鉴定出9个多态性表现好的位点。荧光PCR验证结果显示,通过预备筛选的引物表现出良好的多态性。【结论】本研究的方法一次能够筛选多对SSR引物,在常规PCR前可以预先获得不同引物的多态性信息,从而提高引物筛选效率。本方法不仅能应用于梨重测序数据快速筛选SSR引物,对其他动植物上的类似研究同样适用。 相似文献
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核桃早实性相关性状的SCAR标记 总被引:4,自引:0,他引:4
用RAPD技术对新疆核桃早实特性的分子标记进行了研究。用180个10-mer随机引物分别扩增早实和晚实近等基因池DNA筛选出5个多态性引物,结果只有引物OPG15(5′-ACTGGGACTC-3′)扩增得到1条约710bp的早实核桃特异片段。对该片段进行克隆和序列分析,并根据序列分析结果将该RAPD标记转化为重复性和特异性更好的SCAR标记。研究设计出了1对早实核桃特异SCAR引物P1(5'-ACTGGGACTCCAATTGTATC-3')和P2(5'-ACTGGGACTCTCAACTAT-3'),用这对特异引物对14份材料进行PCR扩增,结果所有晚实核桃材料无任何扩增,但早实材料均扩增出了预期大小759bp的特异带。 相似文献
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为了明确马铃薯杂种F_1单株的真实性,利用SSR分子标记技术对‘H-027'ב陇薯6号'和‘H-027'ב陇薯7号'这2个马铃薯杂交组合F_1的优良单株进行鉴定。试验从87对SSR引物中筛选出3对适宜引物S7,S1 70和S174;用引物S7和S170从马铃薯‘H-027'ב陇薯6号'的杂种F_1的30个优良单株鉴定出25个真实杂交种单株;用引物S170和S174鉴定出‘H-027'ב陇薯7号'杂种F_1的14个优良单株均为真实杂交种。 相似文献
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为了建立一套丝瓜种子纯度的快速鉴定方法,采用SSR分子标记对丝瓜杂交一代品种“中丝2号”的纯度进行鉴定,利用24对SSR引物对“中丝2号”丝瓜及其亲本的DNA进行扩增。结果表明:从24对引物中筛选出1对特异性引物ZS-SSR24,能够分别在“中丝2号”母本和父本中扩增出特异的2条多态性条带,大小分别为220 bp和250 bp,F1继承双亲的特异性条带,利用此标记能够鉴定出混在F1中的父本或母本。经田间鉴定,供试丝瓜种子纯度为91.3%,这与分子标记的结果完全吻合,故该标记能够用于“中丝2号”丝瓜品种的纯度鉴定。 相似文献
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建兰38个品种的RAPD分析 总被引:1,自引:0,他引:1
应用RAPD标记对建兰38个品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。用筛选的18个10 bp随机引物对其DNA进行PCR扩增,共扩增出116个位点,其中多态位点103个,多态位点比率占88.79%,表明建兰38个品种具有丰富的遗传多样性。38个品种间的遗传距离为0.0420~0.5385(均值0.2902)。基于RAPD标记的建兰38个品种的UPGMA聚类结果支持将建兰分为彩心和素心两个变种,以及素心多由彩心变异而来的传统分类观点。研究发现:引物S153-650 bp位点是'闽西鱼魫'、 '鱼魫大贡'、 '鱼魫'和'银边鱼魫'的特异标记,引物S38-1 200 bp位点是'十六罗汉'和'鱼魫'的特异标记,引物S38-800 bp位点缺失是'马耳四季'的特异标记。 相似文献
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随机扩增多态性DNA(Random AmplifiedPolymorphism DNA,RAPD),是Williams等于1990年发展起来的以PCR为基础的新型分子标记技术。基本原理是:利用一系列(通常数百个)不同碱基序列的随机引物(8~10bp)对基因组DNA进行PCR扩增,通过凝胶电泳分析扩增产物DNA片段的多态性。其中,每个扩增片段代表基因组上的一个位点,这些扩增片段多态性反映了基因组相应区域DNA多态性。RAPD所用一系列引物DNA序列各不相同,每一特定引物,在基因组DNA上都有其特定的结合位点;如果基因组在这些区域发生DNA片段插入、缺失或碱基突变,特定结合位点的… 相似文献
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新疆桃树上苹果锈果类病毒(ASSVd)的检测与全序列分析 总被引:4,自引:0,他引:4
在以往研究苹果和梨ASSVd的基础上,利用RT-PCR技术对新疆的桃树进行了检测,检测过程中首次发现桃树上有ASSVd类病毒的存在,利用RT-PCR技术分别获得了其全长序列,通过回收克隆测序,发现桃树苹果锈果类病毒基因组长为331 nt,将克隆测序结果在GenBank中登录,获得了桃树上的10条ASSVd的序列登录号为:EU031477~EU031486。为快速鉴定桃树苹果锈果类病毒奠定了良好基础。 相似文献
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蟠桃种质SSR标记的遗传多样性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
以38个蟠桃品种和9个其他类型桃品种为试材,利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物进行了蟠桃种质资源遗传多样性研究。24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.242 5,平均Shannon信息指数(I)为0.379 8;南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.203 8,Shannon信息指数为0.316 3;北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.244 9,Shannon信息指数为0.382 4。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.065 9),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.086 1有关。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.66~0.95,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,北方品种除新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠外也聚于同一类群,聚类结果支持蟠桃多起源假说。 相似文献
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核桃早实性状的RAPD分析 总被引:18,自引:0,他引:18
用BSA (Bulked Segregant Analysis) 法获得了与核桃早实性状相关的RAPD 标记OPB208900。混合分离群体的混合样来自早实品种辽1 的自然授粉实生后代。用220 个随机引物扩增早实和晚实混合样, 只有引物OPB208 ( 5. GTCCACACGG 3. ) 在早实混合样及其个体上扩增出了约900 bp 的特异带OPB208900, 而在晚实混合样及其个体上无此特异带。用OPB208 为引物, 以19 个品种和3 个株系的DNA 为模板进行扩增,特异带OPB208900在17 个早实品种中的12 个个体上出现, 而5 个晚实品种( 系) 上均无此带。 相似文献
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通过测定17个早熟大白菜品种的早熟性、耐热性、丰产性、营养品质等各项指标,以及观察这些品种在武汉地区栽培所表现出的性状优劣,筛选出适宜该地区种植的综合性状较好的品种 相似文献
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苹果3个早熟品种果实发育后期硬度及其相关生理指标的初步研究 总被引:7,自引:1,他引:6
以‘泰山早霞’、‘极早红’和‘辽伏’3个早熟苹果品种为试材,研究果实发育期间果实硬度、细胞壁水解酶及淀粉酶活性、乙烯释放量的变化,旨在为探讨果实软化机理提供基本资料,并为早熟苹果品种软化的调控奠定基础。结果表明:① 3个参试品种果实发育过程中果实硬度基本均呈下降趋势,但品种间下降的幅度存在明显差异,其中‘辽伏’花后75 d硬度的下降幅度为35%,‘泰山早霞’50%,‘极早红’53%;② 3个品种果胶甲酯酶(PE)和淀粉酶(Amylase)活性差异不明显,‘泰山早霞’、‘极早红’的多聚半乳糖醛酸酶(PG)、纤维素酶(Cx)活性明显高于‘辽伏’,3个品种PG酶、Cx酶活性变化与其果实硬度变化呈显著负相关;③ 3个参试早熟苹果品种果实发育过程中,乙烯释放量与PG酶、Cx酶活性呈显著正相关。 相似文献