辽宁省野生大豆种质资源的SSR遗传多样性分析

以30份2007年辽宁省的野生大豆种质资源为材料,利用40对SSR引物进行遗传多样性分析。结果表明:18对SSR引物扩增出129个等位变异,平均每个位点等位变异7.22个,Shannon-Weaver指数变化范围为1.1753~2.1234,平均为1.7285。中部平原半湿润区内的种质数、平均等位变异数和遗传多样性指数最高,其次为东部山地湿润区,西部丘陵半干旱区内分布种质数最少,其平均等位变异数和遗传多样性指数均最低。中部平原半湿润区和东部山地湿润区之间的遗传相似性最高(0.6496),遗传距离最近(0.4314),而西北部平原低丘半湿润区和西部丘陵半干旱区之间的遗传相似性最低(0.4326),遗传距离最远(0.8379)。聚类结果看到SSR分子标记的结果与品种的地理来源没有明显的相关性。     

中俄大豆种质遗传多样性分析

种质资源的扩增、改良和创新是解决大豆遗传基础狭窄的主要途径.利用SSR分子标记技术对来自俄罗斯和黑龙江省的82份野生大豆和东北四省区的39份栽培大豆材料进行遗传多样性分析,为种质资源利用和创新提供分子依据.在所合成的45对SSR引物中,12对引物扩增结果表现出良好的多态性,多态性位点共检测到50个等位基因,每个位点2～7个,平均4.17个,平均多态性信息量为0.595.聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.734处,野生大豆和栽培大豆被明显的分开,与以往大豆属Soja亚属的形态学分类结果相一致,为野生大豆和栽培大豆分为两个种提供了分子水平上的依据.野生大豆和栽培大豆的平均遗传距离分别为0.2595和0.1895,表明野生大豆的遗传多样性比栽培大豆丰富.因此,可以利用俄罗斯和东北地区的野生大豆特有等位变异来扩大东北栽培大豆遗传多样性,进而拓宽东北大豆遗传基础.     

东北野生大豆遗传多样性分析

对东北三省15个小区3 069份大豆种质资源的11个主要性状进行遗传多样性分析。结果表明:黑龙江省野生大豆资源的多样性指数在0.580~0.952;吉林省野生大豆资源的多样性指数在0.757~0.865;辽宁省野生大豆资源的多样性指数在0.666~0.922。多样性最丰富的地区集中在黑龙江南部、中部及辽宁辽中地区;而黑龙江极早熟地区的多样性较贫乏。研究表明松嫩平原东北部、三江平原及辽河平原北部为东北野生大豆遗传多样性富集区。15个小区11个主要性状的多样性均以蛋白含量的多样性指数最大,脐色和花色的多样性指数最小。东北三省野生大豆资源综合变异系数辽宁最高(35.03)、吉林次之(33.31)、黑龙江略低(30.23)。     

山西省野生大豆资源遗传多样性分析

以山西省100份野生大豆资源为试验材料,对其10个质量性状和9个数量性状进行了遗传多样性分析和农艺性状聚类分析,为山西省野生大豆资源的利用提供理论依据。结果表明:山西省野生大豆资源遗传变异丰富,9个数量性状的多样性指数(Shannon-H)都大于1.8。基于农艺性状的聚类分析结果表明:100份野生大豆可分为2大组群,第一组群主要为山西中部和北部资源,品种生育期短,株高较矮,单株荚数、单株粒数较少,百粒重和单株粒重低,第二组群为山西中部和南部资源,品种生育期长,株髙较高,单株荚数、单株粒数、百粒重和单株粒重明显髙于第一组群。本研究结果表明山西省野生大豆资源变异类型丰富,遗传多样性程度高。     

基于SSR标记分析山西地方花生种质遗传多样性

用90对多态性SSR引物评价了山西省不同地理来源的72份花生地方种质资源的遗传多样性，结果表明，90对多态性引物共扩增出317个等位基因，平均每对引物3.5222个；基因多样性指数变化幅度0.1823~0.7711，平均0.4537；多态信息含量指数变异范围0.3283~0.7378，平均0.4047；Shannon's信息指数变异范围0.1657~1.6734，平均0.8092。聚类分析结果表明，72份种质资源可分为三大类群，类群Ⅰ 以多粒型为主，类群Ⅱ 以普通型为主， 类群Ⅲ 以珍珠豆型为主，聚类结果与花生的植物学分类基本一致。进一步对不同类型种质差异进行分析，结果表明，珍珠豆型的遗传多样性最为丰富，其次是多粒型，普通型最小。该结果从分子水平上揭示了山西省花生地方种质资源的遗传多样性，为花生优异种质发掘及资源高效利用提供理论基础。     

利用SSR标记分析木薯遗传多样性

应用简单重复序列(SSR)标记对国家木薯种质资源圃195 份国内(外)品种(系)进行遗传多样性分析。结果表明：44对引物共扩增出186个等位基因,每对引物平均扩增出2～8个等位基因,平均Shannon's信息指数I为1.01,平均多态性信息量(PIC)为0.49。195个品种(系)的遗传相似系数(GS)分布在0.57～0.99。聚类分析结果表明,在遗传距离0.71处,可将供试材料分为7个类群。     

基于SSR标记的不同地理生态型野生大豆遗传多样性分析

为充分了解野生大豆的遗传进化特征,促进资源保护及高效利用,本研究利用29对SSR引物对6个不同地理生态型的126份野生大豆资源进行遗传多样性和遗传结构分析.结果 表明:共测到635个等位基因,平均等位基因数为21.897个,平均引物多态性信息含量为0.883,Shannon指数和预期杂合度分别为2.586和0.890.STRUCTURE遗传结构预测将6个群体分为2个类群,东北区来源的野生大豆资源与西北、黄淮海、长江流域和南方来源归属不同类群.F-统计和AMOVA分子方差分析显示,总体变异的88％发生在个体间,8％发生在群体间,并且异交率呈现由北向南逐渐增加的趋势.Mantel检测显示,遗传距离与地理距离显著相关(r=0.468,P＜0.01),与生育期不相关(P＞0.05).综上,野生大豆群体的分化是自然选择和"邻近效应"共同作用的结果,异交率水平和距离隔离是野生大豆遗传结构形成的重要因素.     

基于SRAP的辣木种质资源遗传多样性和亲缘关系分析

为探讨辣木（Moringa spp.）种质资源间的遗传关系,采用相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism, SRAP）分子标记方法对18份辣木种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从170对引物中筛选出13对多态性较高的引物组合,共扩增出104条清晰稳定的条带,平均多态性条带百分率达62.50%。遗传多样性参数分别为等位基因数（Na）为1.6250,有效等位基因数（Ne）为1.4777,基因多样性指数（H）为0.2632,香农信息指数（I）为0.3797,说明18份辣木种质资源间有较高的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,18份辣木种质资在遗传相似系数0.732水平上,可分了3个群,来自非洲卢旺达的狭瓣辣木[M. stenopetala (Baker f.) Cufod.]具有较远的亲缘关系,单独聚类为一个类群Ⅲ;其余样品则分别聚类为类群Ⅰ和类群Ⅱ,类群Ⅰ共11份材料,主要为来源于印度的多油辣木（M. oleifera Lam.）及其改良种‘PKM1’和‘PKM2’,类群Ⅱ共6份材料,主要为来源于我国云南和海南的多油辣木及其改良种‘PKM1’和’PKM2’。SRAP标记反映了辣木种质资源间的遗传关系,本研究结果为辣木杂交育种的亲本选择提供了科学基础。     

菠萝蜜种质资源遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记技术,对46份菠萝蜜种质资源进行遗传多样性研究。结果表明：20对SRAP引物组合共扩增出257条带,其中多态性条带194条,多态位点比率为75.5％,平均每对引物扩增条带数和多态性条带数分别为12.9条和9.7条。Shannon 遗传多样性指数I为0.365 7,Nei’s基因多样性指数H为0.241 4,表明供试样品遗传多样性不丰富。46份菠萝蜜种质间的遗传相似系数在0.674 8～0.975 5之间,平均为0.775 8,说明种质资源的亲缘关系较近。通过UPGMA构建树状图,当相似系数为0.771 0时,菠萝蜜种质资源可分为6个类群,我国的种质资源和东南亚来源的种质相对分开聚类,来源地相同或较近的种质表现出了较为亲密的亲缘关系。     

用SSR标记划分云南糯玉米地方品种资源遗传类群的研究

利用SSR标记对37个云南糯玉米地方品种遗传多样性和遗传关系进行研究,和5个国内主要自交系进行优势群的划分。结果表明:从国内外所用的63对核心引物中筛选出PIC值高、稳定的20对玉米核心SSR引物扩增出225个等位基因,平均多态信息量PIC值为0.87、标记索引系数MI值9.91、Shannon多样性指数I为0.54;37个云南糯玉米地方品种可划分为5大类群13个小类群;少数的云南糯玉米种质资源与常见的5大杂种优势群的遗传距离较近,而大多数资源则较远,可形成多个单独的类群,云南糯玉米地方种质资源具有广泛的遗传基础;来自不同地区或来自同一地区不同云南糯玉米资源与5大优势群之间的遗传相似度均有很大差异。     

中国吉林省和韩国野生大豆的遗传多样性及遗传关系分析

利用9对多样性较高的SSR引物分析了来自中国吉林省(36份)和韩国(40份)野生大豆材料的遗传多样性,结果表明:在全部76份材料中,共检测到172个等位基因,每对引物平均获得19.1个.其中,在韩国的野生大豆资源中,每对引物检测到等位基因数11-18个,平均13.7个.中国吉林省的野生大豆资源中,每对引物检测到等位基因数5～16个,平均12.3个.不论中国吉林省还是韩同的野生大豆都具有较高的多态性信息含世(PIC),分别为0.821和0.868,两者遗传多样性并没有明显差异,聚类分析结果表明可将中国吉林省与韩闻的野生大豆分为两大类群.     

黄淮海地区新育成大豆品系SSR标记多样性分析

分子标记基因型分析是作物品种多样性评估、优异种质发掘与有效利用的重要手段。本研究利用覆盖大豆全基因组的60个微卫星(SSR)分子标记对以黄淮海地区新近育成品系为主的284份大豆材料进行基因型分析,以揭示我国黄淮海地区近期大豆育成品系的遗传多样性特点。结果表明:在供试群体中,60个标记共检测出363个等位变异,每个位点平均有6.05个;PIC指数变异范围为0.297~0.849,平均为0.614。黄淮海地区大豆新品系平均每个位点等位变异为5.75,PIC指数平均为0.604,表现出较高的多样性水平;不同省区中,北京、河北材料多样性最高。基于SSR数据的聚类分析,可将供试材料分为5大类,聚类结果与品系的地理来源相关。进一步选出8对SSR引物能够区分供试材料,可用于构建指纹图谱。     

基于SSR标记的四川大豆与引进大豆资源遗传多样性和群体结构分析

利用均匀分布于20条染色体的53对SSR标记(每条染色体上2~5对),对190份大豆资源进行遗传差异检测,随后根据标记试验结果进行遗传多样性分析、聚类分析、PCA分析和群体结构分析。53对SSR标记共检测到159个等位变异,每个位点等位基因范围为2~6个,平均每个位点的等位基因为3个,有效等位基因数Nei为1.474 4±0.237 5,多态性信息含量PIC为0.305 0±0.105 6;Shannon-Weaver指数值为0.476 2±0.124 9。这些参数显示了190份大豆资源异质程度不是很高,遗传多样性丰富程度一般,总体遗传多样性处于中等水平。UPGMA聚类分析结果显示190份大豆资源(群体1:P1)被分为3个大类,且四川审定大豆品种与野生大豆资源、国外引进资源亲缘关系较远,随后将四川审定大豆品种31份、国外资源13份和野生大豆资源8份共52份材料(群体2:P2)单独进行聚类分析,52份材料也被分成3个大类。群体1和群体2分别在K=3,K=2时得到合理群体结构。群体1的3个亚群分别是:亚群I由地域来源丰富的78份材料组成,不包含野生大豆资源;亚群II 59份材料中含7份野生大豆资源;亚群III 53份材料只包括1份野生大豆资源zy05292。群体2分成两个亚群:亚群Ⅰ26份材料中含24份四川审定大豆品种和2份国外资源;亚群II包含了6份审定大豆品种。供试的190份大豆资源蕴含了比较丰富的遗传变异,显示了较高水平的基因多样性。群体结构不能严格地按照地域、来源国家的划分而区分,这一现象显示了大豆资源存在着广泛的基因交流。从分析结果来看,四川大豆资源的种质创新可以充分地利用国外引进资源与直立型野生大豆资源,进而丰富四川大豆的基因多样性。     

云南白莺山地区茶树遗传多样性研究

云南省云县白莺山地区是大理茶（Camellia taliensis）、阿萨姆茶（C. sinensis var. assamica）及中间过渡形态茶树广泛分布的区域。本研究利用30个SSR核心标记分析了130份白莺山地区茶树种质资源的遗传多样性,共检测到202个等位基因,平均每个位点的等位基因数（A）为6.73,期望杂合度（H_E）为0.6135,近交系数（Fis）为–0.1745,多态信息含量（PIC）为0.5652,基因多样性（H）为0.6112。通过模拟不同样本数量,计算遗传多样性参数与样本量变化的回归曲线,发现样本量在40个时,能较好地反映白莺山茶树资源的遗传多样性。研究白莺山地区茶树的遗传多样性及取样策略,对茶树种质资源的保护与利用具有积极意义。     

广东地区野生狗牙根遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记,对广东地区30份野生狗牙根进行遗传多样性研究。从50个ISSR引物中筛选出15个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出151条谱带,平均每个引物能扩增出10.07条带,其中多态性条带总数为142条,多态性条带比率达93.7%。材料间遗传相似系数GS=0.58278～0.92715。基于遗传相似系数,利用UPGMA聚类分析表明,供试材料可聚为4类。POPGENE分析软件结果表明,平均Shannon信息指数I=0.5689,平均Nei's基因多样性h=0.3813,每位点平均有效等位基因数ne=1.6196。     

江苏淮北地区小麦品种资源遗传多样性的SSR分析

为明确江苏淮北地区小麦品种资源的遗传基础,选用31对SSR标记对107份近年来淮北地区所育小麦材料进行了遗传多样性分析,共检测出170个等位变异,单个引物的等位变异数为3~8个,平均为5.48个;位点多态性信息含量变幅为0.176~0.791,平均为0.543;3个基因组的平均等位变异丰富度及遗传多样性指数均为DBA;江苏淮北5个地区中以徐州小麦材料的平均遗传多样性指数最高(0.613),以淮安小麦材料与江苏淮北另外4个地区的平均遗传距离最小(0.282)。聚类结果表明,品种间遗传距离变幅为0~0.935,平均为0.586,除淮麦20与华瑞0049外,SSR标记能将其他供试材料相互区分开;所有供试材料被聚为3大类,聚类结果与品种(系)的系谱来源比较吻合。     

基于SSR标记的海南栽培槟榔遗传多样性分析

槟榔是海南重要的热带特色经济作物,具有很高的药用价值,被列为“四大南药”之首。但其基础研究落后,缺乏对种质资源的系统研究,遗传多样性尚不明确。利用SSR分子标记技术对海南岛58份栽培槟榔资源进行遗传多样性分析,旨在明确槟榔栽培种的亲缘关系,为槟榔杂交育种、功能基因的挖掘提供理论依据。结果表明：从500对SSR引物中筛选出32对多态性好、条带清晰的引物,在58份种质资源中共检测到79个等位基因,每个SSR位点2~5个,平均2.4688个,其中有效等位变异占观测等位变异的58.92%。各引物PIC值变幅为0.0169~0.5969,平均值为0.2254,Shannon信息指数（I）为0.0496~1.2552,平均值为0.4496;Nei’s遗传多样性指数（Nei）变幅为0.0171~0.6492,平均值为0.2596,说明所选SSR引物在供试样品中检测等位基因遗传多样性偏低。利用UPGMA构建58份栽培槟榔的遗传聚类树状图,第V组材料遗传多样性最丰富,其他分组群体遗传多样性较低,聚类结果说明海南栽培槟榔品种无明显的区域划分,表明海南槟榔不同地区间的种苗交流频繁,总体遗传多样性水平较低,该研究为槟榔遗传育种亲本选择提供依据,也为今后引进种质增补差异资源提供参考。     

东南亚与南亚稻属AA基因组种间的遗传多样性差异

选用36对水稻微卫星（SSR）引物,对稻属428份东南亚及南亚AA组种进行遗传多样性分析。试验结果显示选取的SSR标记均具有多态性,多态性位点百分率（P）达100%。36个多态位点共扩增出311个等位基因,每个位点3～17个,平均8.6。Nei基因多样性指数（He）平均为0.650,变幅为0.337（RM455）～0.865（RM169）。东南亚稻属AA组的SSR多样性大于南亚,两地区又以普通野生稻的多样性指数（He）最大。种（类型）间遗传分化东南亚小于南亚,其中以尼瓦拉野生稻与亚洲栽培稻的遗传分化程度最大。特异等位基因的数量、涉及的位点数及频率均表明东南亚及南亚稻属AA组间具有较大的遗传差异,而某些特异位点（如RM161）等位基因所显示的较高频率,则表明该位点较高的鉴别效率。