Ⅰ型鸭肝炎病毒SG株的分离鉴定及全基因组序列测定与分析

自山东寿光地区疑似鸭病毒性肝炎的病鸭肝组织中分离到一株鸭肝炎病毒,命名为SG株DHV-Ⅰ.该病毒能被DHV-Ⅰ标准抗血清中和,该病毒第5代病毒尿囊液对12日龄鸭胚的ELD50为10-5.58/0.2 mL,对7日龄雏鸭的LD50为10-4.68/0.2 mL.全基因组序列比较分析发现,SG株DHV-Ⅰ基因组结构为5' UTR-VP0-VP3-VP1-2A1-2A2-2B-2C-3A-3B-3C-3D-3' UTR,与A型DHV-Ⅰ毒株的核苷酸同源性为94.9%～99.7%,氨基酸同源性为94.5%～99.7%,表明SG株DHV为一株A型DHV-Ⅰ强毒.     

狂犬病毒分离株N基因的分析

运用RT-PCR和动物接种的方法从广东省东莞市正常犬只的唾液中分离获得1株狂犬病毒,编号为GD33.为了解析该毒株与兽用狂犬病弱毒疫苗的关系,对该分离株的N基因进行了克隆和测序,并将N基因的序列与GeneBank上已发表的狂犬病毒N基因核苷酸和推导的氨基酸序列进行比较.结果发现:该分离株仅能引起乳鼠发病,对6周龄成鼠无致病性,说明该毒株不是强毒.该分离株N基因与弱毒疫苗HEP-Flury N基因的相似性最高,达99.7%,并且同处系统发育树的最近分枝.因此,推测该分离株源自接种的弱毒疫苗.     

鸭肠炎病毒强毒和疫苗弱毒鉴别诊断PCR方法的建立

为建立鸭肠炎病毒(duck enteritis virus,DEV)强毒和疫苗弱毒的鉴别诊断方法,通过分析比较GenBank数据库中上传的DEV强毒株和疫苗弱毒株UL2基因核苷酸序列,分析DEV疫苗弱毒和DEV强毒在UL2基因上的核苷酸序列,利用引物设计软件Oligo 7.0,设计一组可对DEV强毒株和疫苗弱毒株UL2基因进行编码区全长扩增的特异性引物,经条件优化后建立DEV强毒和疫苗弱毒鉴别诊断的PCR方法。结果表明,DEV疫苗弱毒和DEV强毒在UL2基因上存在528bp的连续核苷酸序列缺失。优化后的PCR方法最佳退火温度为55℃,对DEV强毒和疫苗弱毒扩增片段大小分别为1 019bp和491bp;敏感性强,最低检测限为15.3pg;特异性好,对鸭源常见传染病(如番鸭细小病毒、鸭圆环病毒、鹅细小病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌和鸭源禽多杀性巴氏杆菌)均无特异性扩增。     

犬瘟热病毒貉、狐、貂分离株N蛋白基因的遗传多样性和功能分析

为分析从不同地区分离的犬瘟热病毒(CDV)毒株的抗原性差异,对5个CDV分离株和1个CDV弱毒疫苗株的N蛋白基因进行了核苷酸测序,并与11个参考毒株进行了比较。结果表明,5个分离株之间核苷酸序列同源性达94.5%-99.8%。China(国内疫苗株)与分离株的核苷酸序列同源性普遍较低(90.9%-93.5%)。分离株之间氨基酸序列同源性差别大(87.9%-100%),其中,HT-P与THD1的氨基酸序列同源性为100%;而与China疫苗株氨基酸同源性普遍较低,为89.7%-91.8%。China疫苗株与Onderstepoort有着很高的同源性,同源性比例分别为97.1%。分析结果显示,最近CDV的流行和免疫失败现象发生,与国内所用疫苗毒株和野毒株的遗传关系甚远有关。     

鸭Ⅰ型禽副粘病毒YH99V株F基因的克隆和序列分析

从患病鸭群中分离到一株引起鸭产蛋锐减而不死亡的病毒,经鉴定该病毒属于Ⅰ型禽副粘病毒,命名为YH99V株。以YH99V株的基因组RNA为模板,用RT-PCR一步法扩增出其F基因的cDNA序列,然后将其克隆至pMD18-T载体中,对其进行序列测定。结果表明,所克隆的基因片段长度为1 750 bp,含有1个1 662bp的开放式阅读框架(ORF),编码553个氨基酸。将YH99V株F基因序列和推导的氨基酸序列与国内外新城疫毒株的F基因相应序列比较后发现,它们的核苷酸序列同源性分别在82.7%-99.6%,氨基酸序列同源性为87.2%-99.3%。YH99V株在F蛋白裂解位点区的氨基酸序列与弱毒株在这一区域的序列完全相同,表明为弱毒株。根据F基因的全核苷酸序列,进一步绘制了Ⅰ型禽副粘病毒株F基因的系统发育树。分析结果显示YH99V株与Lasota等参考毒株同属于基因Ⅱ型,表明它们具有较近的亲缘关系。     

鸭肝炎病毒Ⅰ型的RT—PCR诊断方法的建立

根据Genebank上发表的鸭肝炎病毒Ⅰ型（DHV-1）的部分序列设计了1对引物D1／D2,通过对反应条件的优化,建立起了有效的鸭肝炎病毒Ⅰ型的RT—PCR诊断方法。并应用此方法对近年在上海及周遍地区分离到的2株DHV-1分离毒进行了检测和测序鉴定,结果证实此株分离毒为DHV-1病毒。结果显示建立的DHV—1的PER诊断方法具有快速、准确的优点。     

貂、狐、貉源犬瘟热病毒分离株H和N基因的遗传多样性分析

为研究鼬科动物犬瘟热病毒(CDV)毒株的变异特性,对来自不同地区的貉、狐、貂的5个CDV分离株(其中HD-m、LN-m为貂源,HTp-r、THD1-r为貉源,HB-f为狐源)和1个CDV国内弱毒疫苗株(vCh)的N基因和部分H基因进行了核苷酸测序,并构建系统发生树.结果表明,5个分离株之间H基因核苷酸序列同源性均达到97.5%以上,而N基因为94.5%～99.8%.vCh与5个分离株的H基因和N基因核苷酸序列同源性普遍较低(H基因:90.5%～91.8%;N基因:90.9%～93.5%),而与国外疫苗株vCon和vOnder的H基因核苷酸同源性达96.8%和97.2%.分离株之间H蛋白氨基酸同源性差别不大(97.1%～100%),而N蛋白氨基酸同源性差别较大(91.6%～100%).5个CDV分离株与vCh疫苗株H蛋白和N蛋白同源性均普遍较低,H蛋白为89.7%～91.8%,N蛋白为92.8%～96.8%.vCh与vOnder、vCon有很高的同源性,其H蛋白氨基酸同源性分别为97.1%和95.6%,vCh与vOnder N蛋白氨基酸同源性达97.3%.结果显示,最近犬瘟热的流行和免疫失败现象的发生与国内所用疫苗毒株和野毒株的遗传关系甚远有关.     

貂、狐、貉源犬瘟热病毒分离株H和N基因的遗传多样性分析

为研究鼬科动物犬瘟热病毒(CDV)毒株的变异特性,对来自不同地区的貉、狐、貂的5个CDV分离株(其中HD-m、LN-m为貂源,HTp-r、THD1-r为貉源,HB-f为狐源)和1个CDV国内弱毒疫苗株(vCh)的N基因和部分H基因进行了核苷酸测序,并构建系统发生树.结果表明,5个分离株之间H基因核苷酸序列同源性均达到97.5%以上,而N基因为94.5%～99.8%.vCh与5个分离株的H基因和N基因核苷酸序列同源性普遍较低(H基因:90.5%～91.8%;N基因:90.9%～93.5%),而与国外疫苗株vCon和vOnder的H基因核苷酸同源性达96.8%和97.2%.分离株之间H蛋白氨基酸同源性差别不大(97.1%～100%),而N蛋白氨基酸同源性差别较大(91.6%～100%).5个CDV分离株与vCh疫苗株H蛋白和N蛋白同源性均普遍较低,H蛋白为89.7%～91.8%,N蛋白为92.8%～96.8%.vCh与vOnder、vCon有很高的同源性,其H蛋白氨基酸同源性分别为97.1%和95.6%,vCh与vOnder N蛋白氨基酸同源性达97.3%.结果显示,最近犬瘟热的流行和免疫失败现象的发生与国内所用疫苗毒株和野毒株的遗传关系甚远有关.     

鸭肝炎病毒Ⅰ型基因片段的原核表达及单克隆抗体的制备

根据Genebank上已报道的鸭肝炎病毒Ⅰ型基因的全长序列,设计了1对引物,通过RT-PCR方法扩增出特异的DHV-Ⅰ基因片段;将该片段克隆入原核表达载体pET-28a,转化大肠杆菌Rosetta-gami(DE3),并用IPTG诱导表达后,通过Ni柱纯化,获得了表观分子量在20kD左右的融合表达蛋白;将表达纯化后的蛋白作为抗原,免疫BALB/c健康小鼠,筛选和制备了1株DHV-Ⅰ单克隆抗体细胞株。Western-blot及ELISA分析表明:表达的重组蛋白均能与鸭DHV-Ⅰ阳性血清和制备的DHV-Ⅰ单克隆抗体产生反应。同时,制备的DHV-Ⅰ单克隆抗体除了能与重组蛋白反应,还能识别天然的DHV-Ⅰ病毒蛋白。     

鸭瘟病毒的分离鉴定及其UL2、TK基因序列分析

2015年,福建省福州地区2个鸭场(M18肉鸭场及蛋鸭场)发生大量鸭死亡,初诊疑似鸭瘟。为明确其病原,分别采集病死鸭肝脏、食道样品进行鸭瘟病毒特异性PCR检测和病毒分离,对获得的2株病毒分离株分别进行鸭已知病原的检测,确定均为鸭瘟病毒。对新分离鉴定的2株鸭瘟病毒株的UL2基因进行序列测定及分析发现,均具有强毒株的分子特征;经TK基因序列测定及分析表明,2株新分离的鸭瘟病毒株与强毒代表株、弱毒疫苗株的TK基因核苷酸同源性均高达98.7%。     

1株鸭病毒性肝炎病毒的分离与鉴定

从南京江浦某鸭场发病死亡的8日龄雏鸭肝脏中分离到1株病毒,该病毒耐氯仿,无血凝性,RT - PCR鉴定及序列分析结果表明,该分离病毒为Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒.该毒株的病毒含量为107ELD50/0.1 mL,病毒回归鸭出现与临床发病鸭相同的症状,从攻毒死亡鸭体内分离到Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒.     

犬瘟热病毒小熊猫株核蛋白和融合蛋白基因克隆及序列分析

根据GenBank中报道的CDV核苷酸序列,设计合成了2对特异性引物,对犬瘟热病毒小熊猫株(CDVLP)核蛋白(N)和融合蛋白(F)两种主要结构蛋白基因进行了克隆、测序及序列分析。结果表明,CDVLP株N蛋白基因全长1571bp,预测编码523个氨基酸;F蛋白基因全长1989bp,预测编码662个氨基酸,F蛋白氨基酸序列中含有5个潜在的N-联糖基化位点。聚类分析提示,CDVLP株是一株与CDV强毒株亲源关系很近的毒株。用DNAstar软件对CDVLP株和Onderstepoort弱毒株N蛋白和F蛋白进行了疏水性及抗原表位预测分析。抗原表位差异提示CDVLP毒株N和F蛋白的免疫原性可能要优于Onderstepoort弱毒株。在分子水平上阐明了CDVLP株的N和F蛋白基因更适合作为构建基因疫苗和重组活载体疫苗的目的基因。     

貂、貉源犬瘟热病毒流行毒株H基因的克隆及遗传多样性分析

为研究鼬科动物犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)毒株的变异特性,对分离自不同地区貉、貂的5个CDV毒株和1个CDV国内弱毒疫苗株(vacChina)的H基因进行了核苷酸测序,并与12个参考毒株构建系统发生树。结果表明:5个流行毒株之间H基因核苷酸序列同源性均达到97.5%以上,vacChina与5个流行毒株的H基因核苷酸序列同源性普遍较低(90.5%～91.8%),而与国外疫苗株Convac和Onderstepoort的H基因核苷酸同源性达96.8%和97.2%。流行毒株之间H蛋白氨基酸同源性差别不大(97.1%～100.0%),流行毒株与vacChina疫苗株H蛋白氨基酸同源性普遍较低(89.7%～91.8%),vacChina与Onderstepoort、Convac有着很高的同源性,其H蛋白氨基酸同源性分别为97.1%、95.6%。结果分析显示,CDV的流行和免疫失败现象的发生与国内所用疫苗毒株和野毒株的遗传关系甚远有关。     

3株鸽源新城疫病毒陕西分离株F基因的克隆与序列分析

对3株鸽源性新城疫病毒F基因进行扩增和序列分析,探讨分离毒株相互之间以及与疫苗毒之间的遗传进化关系.采集病料,通过非免疫鸡胚接毒传代分离病毒,HA及HI试验鉴定其为ND病毒;设计特异性引物,RT-PCR扩增分离ND病毒F 基因的重要功能区片段(1 395 bp),并对其进行克隆、测序及序列分析.结果表明:3株鸽源NDV陕西分离株相互之间F 基因核苷酸序列的同源性在98.0%～99.3%,氨基酸序列同源性为98.5%～99.1%;其F 基因裂解位点的氨基酸组成与NDV 强毒株的特征性结构(112 R-R-Q-K-R-F117 )一致.系统发育进化树表明,此3 株强毒株与某贵州分离株(登录号:EF589137) 高度同源,处于进化树的同一分支,属于基因Ⅵ型.分离到的3株鸽源NDV之间同源性较高,鸡胚病变和序列分析表明其为强毒,与传统的La Sota,B1等疫苗株同源性很低.     

猪瘟病毒流行株与疫苗株E~(rns)基因的序列分析

 采用RT-PCR技术扩增了HCV 10个野毒株、4批不同厂家生产的兔化弱毒疫苗株和1个标准SM株Erns基因的cDNA片段并对其进行了序列测定。应用DNAstar序列分析软件对所测的15个HCV毒株与国内外6个参考毒株Alfort、Ald、Brescia、Gpe、C、CW株的相应片段进行了同源性比较分析。15株HCV Erns基因长度均为696 bp,其核苷酸及氨基酸的同源性分别为83.0%~100.0%和87.9%~100.0%。系统发生分析可将这些毒株分为Ⅰ和Ⅱ两大基因群及4个亚群,Erns基因与E2、     

新城疫病毒长春株5种结构蛋白基因序列分析

根据已发表的新城疫病毒 (NDV)的核苷酸序列设计了 5对引物 ,采用RT PCR技术 ,分别扩增新城疫病毒长春株基因组中的F、HN、M、P及NP基因 ,并克隆和测定序列。与新城疫弱毒LaSota株和V4株进行同源性比较 ,并对NDV长春株、LaSota株及F48E9株F蛋白分子结构的疏水性及抗原表位分析 ,表明NDV长春株具有新城疫病毒弱毒株的特性。     

犬瘟热疫苗株CDV3核蛋白基因全序列测序及分析

根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)核蛋白(N)蛋白基因序列,设计合成了1对寡聚核苷酸引物,提取犬瘟热病毒疫苗株CDV3的RNA为模板,采用RT-PCR扩增病毒的N蛋白基因,并进行产物克隆和序列分析。将CDV3疫苗株N基因与GenBank数据库中的疫苗株Onderstepoort及中国、美国和德国等分离的疫苗株或毒株共14株CDV N基因序列进行同源性分析,发现CDV3 N基因序列与疫苗株Onderstepoort的同源性为97.1%,与其他分离毒株的核苷酸同源性为92.8%～94.0%,其中与中国分离的TN株同源性为93.6%;然而,CDV3 N蛋白与它们的氨基酸同源性却基本都为96.6%～97.3%。这说明虽然犬瘟热弱毒株CDV3在核苷酸水平上与其他疫苗株毒株的差异较大,但是在氨基酸水平上的比较差异较小。     

Ⅰ型鸭肝炎病毒F株基因组测序及其结构分析

通过鸭肝炎病毒F株的测序分析研究了鸭肝炎病毒基因组间的变异情况,为鸭肝炎病毒病的防治提供线索.结果表明DHV-F具有DHV-Ⅰ所具有的基本特征此外还有如下特点:1)DHV-F 5′UTR含有8个茎环结构,且有2个GNRA基序、A/C富含区、U/C富含区、A富含环和U富含环;2)2C蛋白基序DDLxQ中的亮氨酸被苯丙氨酸(192～196 aa)所替代;3)3D蛋白基序PSG中的脯氨酸被半胱氨酸(280～282 aa)所替代;4)预测表明3D蛋白具有"指、拇指和掌"的空间构象,且具有一个大的开放性的中间槽;5)3D蛋白所有保守基序位于蛋白亚基的内层;6)DHV-F的多聚蛋白P2和P3与DHV-Ⅰ的相应蛋白片段有较高的同源性,而与P1的同源性相对较低.说明鸭肝炎病毒DHV-F有抗原性变异.     

新城疫病毒V4株NP和P基因及其间隔区序列的克隆与分析

采用RT-PCR技术克隆了新城疫病毒(NDV)V4株长约4 200 bp的核苷酸序列,并进行了序列测定与分析。结果表明,该序列中包含有NDV V4株NP基因编码区、NP和P基因间隔区以及P基因的全部核苷酸序列。NDV V4株NP和P基因与其他8个NDV毒株相应部分进行同源性比较,与Quuesland V4株的同源性最高。NDV V4株NP和P基因间隔区序列与其他13株NDV毒株相应部分的比较结果表明,F48E9等强毒株较La sota等弱毒、无毒毒株和试验用V4株在这个区域多了6个碱基,这6个碱基插入的位置在La sota等弱毒、无毒毒株全基因组序列的1647-1648 nt处;参比的14株NDV在这个区域的同源性为63．9％-100％,弱毒株之间的同源性较高,弱毒株与强毒株之间及强毒株之间的同源性差异较大。