鱿鱼肌肉组织细菌基因组DNA提取方法的优化

采用十二烷基苯磺酸钠（SDS）法结合十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法、SDS法结合溶菌酶法和CTAB法结合溶菌酶法对鱿鱼肌肉组织中细菌基因组DNA的提取效果进行比较。结果表明,SDS法结合CTAB法和SDS法结合溶菌酶法提取细菌总DNA的效果相近,CTAB法结合溶菌酶法提取细菌总DNA的效果相对较差,3种方法所提取的细菌总DNA纯度均较高,无需纯化即可进行进一步PCR扩增试验。变性梯度凝胶电泳结果说明,SDS法结合CTAB法较另两种方法能更真实地揭示待测样本中微生物的实际组成。     

不同破壁方法对大肠杆菌DNA提取的影响

为了解不同细胞破壁方法对大肠杆菌总DNA提取效果的影响,分别采用CTAB/溶菌酶/蛋白酶K法、溶菌酶/SDS法、CTAB/SDS法对大肠杆菌进行破壁提取DNA,比较了3种方法从大肠杆菌中提取DNA的效果.结果表明:3种方法都可以从大肠杆菌中提取到分子量大于21.2 kb的DNA片段,1 mL菌液DNA的提取量为14.3～43.6 μg,不同方法间在DNA产量及纯度等方面存在较大差异.     

毛霉型豆豉中总DNA提取的比较研究

[目的]对毛霉型豆豉中总DNA的提取方法进行比较。[方法]选用常用的3种DNA提取方法(溶菌酶法、蛋白酶K-CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法和改良溶菌酶法)提取发酵豆豉中的总DNA,并测定总DNA的纯度,比较3种方法的优劣。[结果]通过琼脂糖凝胶电泳对提取效果进行观察比较发现,蛋白酶K-CTAB法提取豆豉中微生物的宏基因组DNA的纯度最好,质量最高。[结论]蛋白酶K-CTAB法更适合豆豉这类发酵食品宏基因组DNA粗提取,可以作为豆豉宏基因组学研究的基础。     

单增李斯特菌基因组DNA提取方法比较

为了选择一种简单、快速、有效的单增李斯特菌基因组DNA的提取方法,采用溶菌酶-蛋白酶K法、氯仿/异戊醇法、液氮冻融法提取单增李斯特菌基因组DNA,利用PCR扩增结果判断所得DNA样品的质量.结果为,3种不同方法均能扩增出234 bp条带,溶菌酶一蛋白酶K法提取的DNA模板检出限最低,为1.25 x 10,CFU/mL.结论为,溶菌酶-蛋白酶K法提取的DNA模板进行PCR扩增检出限最低,该方法提取的基因组DNA适用于PCR扩增和其他分子生物学研究.     

5种金边瑞香基因组DNA提取方法比较研究

[目的]研究不同提取方法对金边瑞香基因组DNA提取质量的影响,筛选最佳提取方法。[方法]以金边瑞香叶片为试材,以SDS法、改良CTAB法、SDS-CTAB法、高盐低pH法和尿素法5种方法提取基因组DNA,并从DNA纯度、浓度、酶切电泳结果和ISSR-PCR扩增产物电泳等方面进行比较分析。[结果]高盐低pH法和尿素法提取的金边瑞香基因组DNA富含蛋白质和多糖等杂质,DNA纯度低;SDS法提取的基因组DNA含有一些酚类物质和盐等杂质,DNA纯度较低;改良CTAB法提取的基因组DNA纯度较高,但浓度和产率低。SDS-CTAB法提取的基因组DNA纯度、浓度和产率最高,酶切和ISSR-PCR产物电泳检测效果最好。[结论]SDS-CTAB法提取的金边瑞香基因组DNA质量与产量最佳,可以满足后续分子生物学研究的需求。     

玉米基因组DNA不同提取方法及提取部位的比较研究

分别探讨CTAB法和SDS法对玉米不同部位基因组DNA的提取效果。综合比较了2种方法提取的DNA浓度、纯度及完整性,结果表明SDS法是比较适合玉米基因组DNA提取的方法;同时比较了以玉米叶片、幼根和成熟胚为材料提取的DNA质量,发现以新鲜叶片为材料提取的DNA浓度和纯度较高,更适合用于玉米基因组DNA的提取。     

几种橡胶基因组DNA提取方法的比较

[目的]比较4种提取橡胶叶基因组DNA方法,为后续研究根据需要采用不同的DNA提取方法提供依据。[方法]分别采用TIANGEN新型植物基因组DNA提取试剂盒提取法、E.Z.N.A.TMHigh Performance（HP）Plant DNA Kit提取法、CTAB法、改良的CTAB法提取橡胶基因组DNA,通过紫外分光光度计测定不同方法所提取DNA的纯度和浓度,并通过电泳和酶切检测。[结果]采用改良的CTAB法提取的橡胶基因组DNA纯度最高,质量最好;采用其他方法所得的基因组DNA均有不同程度的多糖多酚以及蛋白的污染。[结论]采用改良的CTAB法所提取的橡胶基因组DNA因其完整性好、浓度高、纯度高可用于对DNA质量要求高的试验中。若是后续研究对DNA质量要求不高,则可以选择试剂盒,省时省力。     

DNA不同提取方法对养殖池塘底泥细菌多样性PCR-DGGE检测的影响

应用PCR-DGGE技术研究了养殖池塘底泥中细菌DNA 5种提取方法对细菌多样性检测的影响。结果显示:(1)DNA粗提液中腐殖酸与蛋白的纯度无正相关;(2)5种方法提取的DNA粗提液经过纯化后进行PCR均取得良好结果;(3)采用复合破壁方法提取养殖池塘底泥细菌DNA有利于显示细菌多样性;(4)DNA提取方法是影响池塘底泥细菌多样性PCR-DGGE结果的关键因素,与DNA的产量、纯度关系甚微;(5)5种方法相似性高达0.79,在对养殖池塘底泥细菌多样性进行粗略分析时均可使用;(6)本试验中,基于改进的Martin-Laurent法是用于养殖池塘底泥细菌多样性PCR-DGGE研究的较好的总DNA提取方法。     

4种高梁基因组DNA快速提取方法的比较

[目的]寻找快速、简单、成本低的高粱基因组DNA提取方法。[方法]首先,分别使用液氮研磨法、缓冲液研磨法、烘干研磨法和直接研磨法这4种方法从高粱叶片中提取基因组DNA,然后,通过凝胶电泳、SSR分析和SRAP分析检测所提DNA的浓度和纯度。[结果]采用4种方法提取高粱基因组DNA时的产量相差不大;采用前2种方法提取的DNA降解少、纯度高,可进行有效的SRAP-PCR和SSR-PCR,但缓冲液研磨法的SRAP-PCR结果稍差;而采用后2种方法提取的DNA降解严重、纯度低,但可进行有效的SSR-PCR。[结论]采用4种方法均可在短时间内提取到足够几十次PCR反应的高粱基因组DNA,液氮研磨法和缓冲液研磨法所提取的DNA应用范围更大,而烘干研磨法和直接研磨法所提取的DNA只能用于对片段较小的目的DNA进行特异性PCR。     

苦瓜DNA提取方法的比较

采用CTAB法、SDS法、SDS-CTAB法、试剂盒法4种方法提取苦瓜(Momordica charantiaL.)叶片基因组DNA,并使用分光光度法和琼脂糖凝胶电泳检测提取所得DNA的纯度和浓度.结果表明,SDS-CTAB法和试剂盒法提取的基因组DNA纯度高于CTAB法和SDS法,其中SDS-CTAB法提取的DNA浓度和产率高于其他方法.     

4种高粱基因组DNA快速提取方法的比较

[目的]寻找快速、简单、成本低的高粱基因组DNA提取方法。[方法]首先,分别使用液氮研磨法、缓冲液研磨法、烘干研磨法和直接研磨法这4种方法从高粱叶片中提取基因组DNA,然后,通过凝胶电泳、SSR分析和SRAP分析检测所提DNA的浓度和纯度。[结果]采用4种方法提取高粱基因组DNA时的产量相差不大;采用前2种方法提取的DNA降解少,纯度高,可进行有效的SRAP-PCR和SSR-PCR,但缓冲液研磨法的SRAP-PCR结果稍差;而采用后两种方法提取的DNA降解严重,纯度低,但可进行有效的SSR-PCR。[结论]采用4种方法均可在短时间内提取到足够几十次PCR反应的高粱基因组DNA,液氮研磨法和缓冲液研磨法所提取的DNA应用范围更大,而烘干研磨法和直接研磨法所提取的DNA只能用于对片段较小的目的DNA进行特异性PCR。     

3种试剂盒提取烤后烟叶DNA的效果比较

【目的】筛选出简单、快速及高效的烤后烟叶DNA提取试剂盒。【方法】选用3种不同的DNA提取试剂盒提取烤后烟叶DNA,通过比较DNA的纯度和浓度、实时荧光定量PCR扩增Ct值以及凝胶电泳图谱分析的方法,综合评价DNA提取效果。【结果】AxyPrep基因组DNA小量试剂盒所提取的DNA,其纯度和浓度较高,用时短,DNA质量好,适用于小量DNA的提取;磁珠法植物基因组DNA试剂盒提取DNA,其浓度和纯度虽然略高于前者,但用时很长,比较适用于批量DNA的提取;Gene Pure新型植物基因组DNA快速提取试剂盒提取DNA,其纯度高、但浓度低。【结论】烤后烟叶DNA的提取推荐使用AxyPrep基因组DNA小量试剂盒。     

苹果轮纹病菌DNA提取方法的比较

采用尿素提取法、氯化苄提取法以及SDS-CTAB提取法对苹果轮纹病菌的基因组DNA进行了提取和比较.结果表明,3种方法均能提取到苹果轮纹病菌的基因组DNA.其中,SDS-CTAB法效率最高,提取的DNA质量最好,但是耗时较长;尿素提取法操作简单快速,但是提取的DNA质量较低;氯化苄提取法提取的DNA纯度最低,蛋白质污染严重.将所提取的DNA经ITS试验检测与电泳检测,证明3种方法提取的DNA扩增效果良好,均可满足该真菌rDNAITS分析的要求.     

3种DNA提取方法对养殖池塘不同生境菌群PCR-DGGE分析的影响

比较3种DNA提取方法(溶菌酶法、CTAB法及珠磨法)对养殖池塘几种生境(底泥、饲料、草鱼肠道内容物及肠道壁)菌群PCR-DGGE分析的影响。结果表明,以3种提取方法获得的DNA为模板均能进行16S rDNA V3区特异性片段扩增;但不同DNA提取方法对池塘不同生境菌群DGGE指纹图谱存在显著影响。DGGE指纹图谱显示草鱼肠道内容物菌群(溶菌酶法)与肠道壁菌群(溶菌酶法)存在较高一致性,底泥菌群(CTAB法)及饲料菌群(溶菌酶法)与鱼体肠道菌群(包括内容物菌群和肠道壁菌群)则存在明显差异,但肠道菌群与底泥菌群的相似度相对更高。研究提示采用微生物分子生态学工具对养殖池塘不同生境进行菌群结构分析时,需提前优化DNA提取方法;在以投饲为主的养殖鱼塘中,草鱼肠道菌群更多源自于池塘底泥。     

全血DNA提取方法的改进及PCR检测

采用TritonX-100和SDS破碎红细胞和白细胞,氯仿抽提,无需苯酚和蛋白酶K,在30 min内可提取一定量的基因组DNA.结果显示,DNA纯度约1.8;电泳检测条带清晰;使用PCR扩增评价提取核酸的质量,得到预期的目的条带.说明该方法具有安全、快速、经济的特点,是一种理想的提取血液基因组DNA的方法.     

燕麦种子基因组DNA不同提取方法的比较

为缩短DNA提取时间,省去种子萌发到幼苗培养等一系列过程,以燕麦种子为材料,用5种方法提取其基因组DNA,通过紫外分光光度法检测DNA的浓度和纯度,琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性,以ITS2为引物将燕麦种子基因组DNA进行PCR扩增。结果表明:5种方法中除了传统CTAB法,其余方法都可以提取到燕麦种子基因组DNA,但不同方法提取到的基因组DNA的纯度、浓度存在差异,试剂盒法提取的DNA质量最好、纯度最高,但提取的DNA量少且成本高,改良CTAB法和高盐低pH法提取的DNA的纯度相近,都有少量的蛋白质和糖类的污染,改良SDS法提取的DNA纯度最低。     

羊肺炎支原体基因组DNA几种提取方法的比较

为了筛选支原体基因组DNA最优提取方法以便用于支原体的检测和分子鉴定,本试验采用两种试剂盒、CTAB法、高盐法、酚/氯仿/异戊醇法和煮菌法对3批两种支原体液体培养物进行总DNA提取,通过检测基因组DNA纯度和PCR产物比较其提取效果。结果显示:6种方法提取的支原体基因组DNA均能用于PCR。进口试剂盒和CTAB法获得的DNA纯度最高,酚/氯仿/异戊醇法、高盐法和国产试剂盒次之,煮菌法省时但质量较差,酚/氯仿/异戊醇法较慢。CTAB法和高盐法可快速获得优质的基因组DNA,可作为提取支原体基因组DNA的首选方法。     

高盐低pH值法提取大豆不同组织DNA的效果

以大豆品种吉农18和吉林47的叶片、种子和鼓粒期鲜豆荚为材料,利用优化的高盐低pH值法提取大豆基因组DNA,同时采用改良的SDS法和CTAB法进行提取,并对DNA的纯度、浓度及提取质量进行比较分析。结果表明,在以大豆种子和鼓粒期鲜豆荚为材料时,高盐低pH值法提取基因组DNA的效果最佳,其纯度及浓度均高于改良的SDS法和CTAB法,且该方法具有成本低、步骤简单、时间短、不使用或少用有毒试剂等优点,是一种高效、快速、经济的大豆基因组DNA提取方法。     

荧光定量PCR检测猪肝中猪链球菌2型的基因组DNA提取方法的比较

[目的]在人工布菌猪肝中评估溶菌酶-苯酚法和柱式纯化试剂盒法提取猪链球菌2型基因组DNA在荧光定量检测中的应用效果,为猪链球菌2型的荧光定量检测选择合理的基因组DNA提取方法提供试验依据。[方法]采用溶菌酶-苯酚法和柱式纯化试剂盒法分别提取人工布菌猪肝样本中猪链球菌2型基因组DNA,通过荧光定量PCR技术检测猪链球菌2型的相对含量。[结果]利用荧光定量方法能够检测到猪链球菌2型。该方法可以最低检测到12 CFU/g的猪链球菌,特异性良好,标准曲线方程为y=-3.185 9x+39.901 0。在人工布菌猪肝样本中,溶菌酶-苯酚法在q PCR实验中检测猪链球菌2型较灵敏。[结论]溶菌酶-苯酚法在猪肝样品中提取基因组DNA效果较好;试剂盒法在细菌纯培养物中提取基因组DNA具有安全、高效等优点。     

4种镰刀菌基因组DNA提取方法的比较研究

[目的]寻找一种简便、高效的基因组DNA提取方法,为进一步开展镰刀菌等丝状真菌的分子生物学研究提供科学基础。[方法]采用改良的CTABS、DS、高盐沉淀和SDS-CTAB 4种方法提取8个镰刀菌菌株的基因组DNA,并对其进行质量测定及PCR分析,比较不同提取方法的效果。[结果]4种提取方法均可提取到基因组DNA,其抽提质量优劣依次为SDS、SDS-CTAB法、高盐沉淀法和CTAB法。其中采用SDS法可成功提取到所有供试菌株基因组DNA,而且DNA浓度和纯度均较高,RNA及其他杂质污染少。而高盐沉淀法和CTAB法提取到的基因组DNA不够完整或浓度较低。[结论]SDS法更适合于镰刀菌等丝状真菌基因组DNA的提取。