SMAD4基因在藏猪卵巢组织中的表达分析

藏猪是我国青藏高原特有的珍贵品种，但因其繁殖能力低下，使得藏猪产业的发展受到严重阻碍，影响农牧民经济效益。为探究藏猪繁殖性状效应的基因分子机制，本文以藏猪及大约克猪的卵巢组织为研究对象，利用RT-q PCR技术从m RNA层面对调控藏猪繁殖性状的SMAD4基因的表达情况进行分析。结果表明，在卵巢组织中，藏猪SMAD4基因的表达量高于大约克猪，两者间差异极显著（P<0.01），推测SMAD4基因可能是参与调节藏猪繁殖性能的重要功能基因。本研究可为下一步开展SMAD4基因对藏猪繁殖性能的影响提供参考依据。     

部分河南地方猪与藏猪选择信号分析

本实验旨在对部分河南地方猪和藏猪筛选全基因组选择信号,研究它们之间的遗传分化情况和基因交流情况。实验基于淮南猪、南阳黑猪、确山黑猪、河南野猪、藏猪以及中国野猪6个猪品种共计66个个体的全基因组重测序数据,通过多种软件对重测序数据进行群体结构分析和选择信号分析,同时利用TreeMix软件对河南地方猪与藏猪进行基因流分析。结果显示：河南地方猪、藏猪与野猪的遗传关系比较远,而河南地方猪和藏猪之间的遗传关系较近。通过群体分化指数（Fixation indices,Fst）方法进行选择信号分析,并对分析结果进行基因功能注释和富集分析,共找到369个基因,GO和KEGG富集分析显示,这些基因主要富集于RNA聚合酶II对转录的负调控通路、神经营养因子信号通路等通路,通过查阅文献得到47个与重要性状相关的候选基因。基因流分析显示藏猪与确山黑猪有基因交流情况。     

藏猪引入北京后血液生理生化指标的分析

藏猪是在高海拔、气候严酷、自然环境相对原始的条件下以自然选择为主而形成的高原小型原始猪种,是我国小型猪种中优秀的地方品种之一,主要分布于青藏高原。由于受营养、环境条件、自然灾害和野生动物侵袭等因素的影响,藏猪在原产地的繁殖性能较低,严重阻碍了藏猪的资源保护和利用。据报     

藏猪EPAS1基因低氧适应相关位点与表达量研究

为了研究EPAS1基因编码区的遗传变异与藏猪高海拔低氧适应的相关性,选取藏猪、撒坝猪、滇南小耳猪和欧系杜洛克猪各10头,提取血液DNA筛选EPAS1基因低氧优势位点,利用实时荧光定量PCR方法和免疫组织化学试验技术检测EPAS1基因mRNA和蛋白表达量。基因频率检测确定藏猪优势SNP有21个,其中6个呈现海拔趋势,但连锁不平衡程度并未呈现海拔趋势,位点间未检测到正选择的搭载效应,结果提示EPAS1基因在藏猪群中可能不受低氧正选择。藏猪EPAS1基因mRNA和蛋白表达水平正常,未呈现低氧适应性表达。研究结果表明藏猪具有不同于其他高原动物的低氧适应机制,有待进一步研究。     

石河子地区引入藏猪血液生理生化指标的初步研究

藏猪是青藏高原特有的地方种猪。为了了解石河子地区引入的藏猪对本地区的环境适应性,本研究利用全自动血球计数仪和全自动生化仪对2~3月龄引入藏猪血液的部分生理和生化指标进行测定,并与原产地饲养的高原藏猪血液指标进行比较。结果显示,引入藏猪的血小板、葡萄糖水平远高于高原藏猪;红细胞数、血红蛋白、白细胞数、红细胞比容、谷丙转氨酶、总蛋白、白蛋白、总胆固醇高于高原藏猪;引入藏猪谷草转氨酶远低于高原藏猪;尿素氮、肌酐、三酰甘油略低于高原藏猪。引入藏猪已经基本适应本地区的环境。     

藏猪与大约克猪EDN1基因多态性与表达差异分析

为探究EDN1基因在猪脂肪沉积机制中所发挥的作用,本实验利用RT-qPCR技术对藏猪及大约克猪心脏、背脂及背最长肌组织中EDN1基因的mRNA表达量进行检测,并采用Sanger测序法对藏猪和大约克猪EDN1基因3'UTR和5'UTR区域进行了单核苷酸多态性(SNPs)筛选与基因分型.结果表明:在不同品种猪中,藏猪心脏组...     

猪DECR1基因在不同猪种及组织中的差异表达研究

DECR1是脂肪酸代谢途径中的关键限速酶,可作为猪脂肪沉积和肉质性能的候选基因。本研究采用实时荧光定量PCR技术测定了藏猪、滇南小耳猪和大约克夏猪肌肉、背膘和腹脂组织中DECR1基因mR NA表达量。结果表明:藏猪和滇南小耳猪脂肪组织中DECR1基因表达显著高于大约克猪(P<0.05),而肌肉组织中该基因表达品种间差异不显著(P<0.05)。研究结果表明,猪DECR1基因在脂肪组织中的表达量可能与该品种脂肪沉积能力和肉质性能有关。     

藏猪促红细胞生成素的表达与低氧适应分析

为了解藏猪肾脏中促红细胞生成素（erythropoietin,EPO）的表达与其低氧适应之间的关系,采用Western blotting技术检测西藏林芝地区（海拔约3000 m）的高海拔藏猪（ZZ）和高海拔大约克夏猪（YZ）、北京中顺景盛养殖场（海拔约100 m）的低海拔藏猪（ZB）和安徽合肥市（海拔约为36 m）的低海拔大约克夏猪（YH）肾脏组织EPO蛋白的表达量。结果发现,ZZ、ZB、YZ、YH的EPO表达量,在A组试验中,高海拔藏猪与高海拔大约克夏猪差异显著（P<0.05）,高海拔大约克夏猪与低海拔藏猪、低海拔大约克夏猪差异极显著（P<0.01）;B组试验中,高海拔藏猪与低海拔藏猪差异不显著（P>0.05）,高海拔藏猪与高、低海拔大约克夏猪差异显著（P<0.05）;C组试验中,高、低海拔藏猪间差异显著（P<0.05）,低海拔藏猪与高、低海拔大约克夏猪差异极显著（P<0.01）。当大约克夏猪处在高海拔应急状态下时,EPO的表达量高于藏猪。而长期生活在高原的大约克夏猪EPO的表达量较藏猪低,但高于低海拔大约克夏猪。EPO的稳定表达是藏猪适应高原低氧环境的一个重要因素,而高原大约克夏猪肾脏组织内EPO的高表达,则是大约克夏猪适应高原低氧环境的生理调节过程。     

藏猪促红细胞生成素的表达与低氧适应的研究

为了分析藏猪促红细胞生成素(EPO)的表达与低氧适应的关系,对高海拔藏猪(ZZ)和大约克夏猪(YZ),低海拔藏猪(ZB)和大约克夏猪(YH)的肾脏组织EPO蛋白的表达量进行了检测分析。结果表明,当大约克夏猪处在高海拔应急状态下时,EPO的表达量高于藏猪;长期生活在高原的大约克夏猪EPO的表达量较藏猪低,但高于低海拔大约克夏猪。说明藏猪适应高原低氧环境的主要因素为EPO的稳定表达,高原大约克夏猪肾脏组织内EPO的高表达,是其对高原低氧环境适应的生理调节过程。     

基于iTRAQ技术挖掘猪肾组织高原低氧适应性关键蛋白

旨在探究高原低氧环境下藏猪与大约克猪肾组织中低氧适应的差异表达蛋白(differentially expressed protein,DEPs).本试验选择藏猪与大约克猪两个品种无亲缘关系的去势公猪,饲养于海拔3000 m的高原,按自由采食方式饲养至180日龄,每个品种随机选择生长情况相近的9头猪采集肾组织.利用同位素...     

藏猪雌激素受体(ESR)基因PvuⅡ多态性分析

藏猪是世界上分布在海拔最高地区的放牧型猪种,能适应高原的恶劣气候和低劣饲料环境,具有体型小、鬃毛发达、体质结实紧凑、皮薄、肌纤维细、肌间脂肪含量高、肉质好等特点。据《四川家畜家禽品种志》记载,在放牧条件下藏猪的繁殖性能较低,初产母猪产仔数平均 ( 4. 5±0. 1 )头,第 2胎平均(5. 4±0. 2)头, 3胎以上平均(5. 6±0. 2)头。但据作者在四川省稻城县走访调查结果表明,藏猪繁殖性能不亚于四川其他猪品种,经产母猪平均窝产仔数也能达 10头以上。现对藏猪雌激素受体基因进行PvuⅡ酶切多态性分析,旨在从分子水平上研究藏猪繁殖性…     

利用宏基因组学鉴定藏猪腹泻粪便病毒种群

为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群，从青藏高原地区16个藏猪场采集腹泻粪便样本146份，将样本混合成一个pool样，提取RNA反转录成cDNA，建库后利用TruSeq Illumina测序，对测序的序列进行整理分析及相关病毒的分子特征进行研究。数据分析结果表明：藏猪腹泻粪便样本病毒种群包括11个病毒科的19种病毒，主要以线性和环状的小DNA病毒为主，如猪粪相关环状病毒7型、猪腺病毒和猪博卡病毒（PBoV）等；与腹泻相关的病原有猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪圆环病毒2型（PCV-2）和牛病毒性腹泻病毒1型（BVDV-1）3种；与腹泻相关的新发病原有porcine bufavirus、rabovirus和pasivirus 3种。利用SOAP软件组装出猪细小病毒6型（PPV-6）、PCV-2、PBoV-2完整或接近全长的基因组和戊型肝炎病毒（HEV）完整的ORF2基因序列，系统发育结果显示PPV-6和PCV-2与参考毒株有较近的遗传进化关系，PBoV-2与参考毒株有较远的遗传进化关系，单独聚为一簇，可能是一个全新的基因型。为进一步调查PCV-2在藏猪腹泻粪便中的检出率，对采集146份样本进行检测，检出率为10.96%（16/146，95% CI：6.4%~17.2%），且与四川地区PCV-2流行株有较近的亲缘关系。本研究发现藏猪腹泻粪便中病毒种类复杂多样，且可能存在与其他动物和人交叉感染情况，具有重要的公共卫生学意义，也为藏猪腹泻病防控提供一定的理论依据。     

石河子地区引入藏猪血液生理生化指标的初步研究

藏猪是青藏高原特有的地方物种,为了解石河子地区引入的藏猪对本地区的环境适应性,本研究利用全自动血球计数仪和全自动生化仪对2~3月龄引入藏猪血液的部分生理和生化指标进行测定,并与原产地饲养的高原藏猪血液指标进行比较。结果显示,引入藏猪的血小板、葡萄糖水平远高于高原藏猪;红细胞数、血红蛋白、白细胞数、红细胞比容、谷丙转氨酶、总蛋白、白蛋白、总胆固醇高于高原藏猪;引入藏猪谷草转氨酶远低于高原藏猪;尿素氮、肌酐、三酰甘油略低于高原藏猪,引入藏猪已经基本适应本地区的环境。     

营养素改善藏母猪繁殖性能的可能性分析

在高原缺氧和高辐射条件下,生活在青藏高原及周边地区的藏母猪繁殖性能较弱,主要表现为产仔数低,仔猪断奶时间长、生长速度缓慢等,因此难以扩大生产规模。与此同时,国内外对藏母猪的营养学研究比较匮乏,尤其欠缺对改善藏母猪繁殖性能的理论指导。本文从藏母猪的生理特点入手,结合近年来对藏猪和其他高原生物基因测序的研究结果,分析了蛋白质(氨基酸)、碳水化合物、脂肪和维生素等营养素对其繁殖性能的可能作用,以期为未来藏母猪的营养学研究和繁殖性能的改善提供理论帮助。     

系统分析肝脏转录组解析猪脂肪沉积的分子调控机制

肝脏是调控猪能量平衡和代谢的重要器官。本研究选择松辽黑猪和长白猪背膘厚度显著差异的个体（每个品种内高、低各3头）为研究对象，利用高通量转录组测序技术鉴定其肝脏组织中基因的表达水平并进行差异表达分析，进一步对差异表达基因进行生物学功能分析。结果表明，在不同背膘厚度的比较中，共发现差异表达基因395个，其中部分参与了花生四烯酸代谢、谷胱甘肽代谢、P450细胞色素代谢过程、脂肪酸代谢、胰岛素抵抗、皮质醇的合成和分泌等通路。ACACA、ELOVL6、OGDHL、GSTO2、GGT5、CREB3L1等基因是肝脏中调控脂肪合成和代谢的关键基因。在不同品种猪中，鉴定出458个差异表达基因，显著富集在PPAR信号通路、细胞色素P450代谢通路、甘油三酯代谢通路、胆汁酸合成、MAPK信号通路、免疫相关通路等通路。PPAR信号通路和CD28、CD59、ICOS、CXCR4、FOS、INF等基因是影响不同品种猪生长性能和免疫性状差异的关键通路和基因。品种内与品种间脂肪沉积差异的分子机制并不相同。本研究对猪脂肪性状的遗传改良、肝脏功能解析有一定意义。     

藏猪和大约克猪ACADM基因表达量与脂肪沉积性状的相关性分析

为探究中链酰基辅酶A脱氢酶(ACADM)基因在不同品种猪组织中的表达水平,并分析其与猪脂肪沉积性状的相关性,采用Sange测序法对藏猪(58头)和大约克猪(60头)ACADM基因起始密码子上游1 kb区域进行了单核苷酸多态性(SNPs)筛选与基因分型,选取180日龄藏猪和大约克猪各10头屠宰后分别采集肝脏、背脂、心脏和...     

藏猪EGLN1基因exon 4及部分内含子变异研究

青藏高原的高寒低氧极端环境影响动物的正常生存和物种繁衍,藏猪在长期的适应性驯化中对低氧环境有着更强的适应能力。本研究对高海拔猪种藏猪(甘孜藏猪、迪庆藏猪、西藏藏猪和合作藏猪)和八眉猪以及低海拔猪种烟台黑猪、长白猪和大白猪EGLN1基因exon 4及部分内含子的核苷酸序列进行测定和分析。结果表明:在EGLN1基因exon 4序列的266bp处发生了C→T的颠换,藏猪和八眉猪在该位点均为C,而烟台黑猪和引入的选育猪种长白猪、大白猪在该位点出现了C/T杂合现象;基于变异位点的等位基因C和T共界定了3种基因型(CC、CT、TT),C和CC分别是高海拔地方猪种藏猪和八眉猪的唯一等位基因和基因型;而在低海拔选育猪种中,CC基因型频率仅为0.20,其他2种基因型均为0.40,T为优势等位基因,频率达到0.60,而等位基因C的频率仅为0.40。本研究认为,高海拔猪种(2 300 m以上)藏猪和八眉猪与低海拔猪种烟台黑猪、长白猪和大白猪在EGLN1基因上存在特征性遗传变异,根据等位基因(C和T)及基因型(CC、CT、TT)在海拔上的特征差异,推测可能与不同地理区域条件下的长期适应性驯化有关。     

11个猪群体BPI基因第10外显子HpaⅡ遗传变异分析

本研究旨在对猪杀菌性/通透性增加蛋白(BPI)基因的多态性进行系统分析,为今后探讨猪BPI基因与疾病抗性的关系提供理论依据。采用PCR-RFLP方法对野猪和国内外10个猪品种BPI基因第10外显子HpaⅡ遗传变异进行检测及序列分析。结果表明:11个猪品种中共检测到AA、BB和AB 3种基因型,2个等位基因,其中野猪、藏猪、荣昌猪和淮猪群体中AA基因型为优势基因型,A等位基因为优势等位基因;外来商业化猪品种中,杜洛克群体AA基因型频率较高。序列分析表明AA基因型与GenBank中的序列一致,BB基因型存在A27G同义突变位点和T118G错义突变位点。基于BPI基因的等位基因频率构建11个猪群体的系统发生树,第1类群包括野猪、淮猪、藏猪、荣昌猪、杜洛克;第2类包括约克夏、长白猪、枫泾猪、梅山猪、二花脸、苏太猪。本研究结果显示,猪群体间基于BPI基因多态性上存在的差异与体型、生产类型及地理分布等因素没有显著的联系。     

利用宏基因组学鉴定藏猪腹泻粪便病毒种群

为进一步了解藏猪腹泻粪便中病毒种群,从青藏高原地区16个藏猪场采集腹泻粪便样本146份,将样本混合成一个pool样,提取RNA反转录成cDNA,建库后利用TruSeq Illumina测序,对测序的序列进行整理分析及相关病毒的分子特征进行研究。数据分析结果表明:藏猪腹泻粪便样本病毒种群包括11个病毒科的19种病毒,主要以线性和环状的小DNA病毒为主,如猪粪相关环状病毒7型、猪腺病毒和猪博卡病毒(PBoV)等;与腹泻相关的病原有猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)和牛病毒性腹泻病毒1型(BVDV-1) 3种;与腹泻相关的新发病原有porcine bufavirus、rabovirus和pasivirus 3种。利用SOAP软件组装出猪细小病毒6型(PPV-6)、PCV-2、PBoV-2完整或接近全长的基因组和戊型肝炎病毒(HEV)完整的ORF2基因序列,系统发育结果显示PPV-6和PCV-2与参考毒株有较近的遗传进化关系,PBoV-2与参考毒株有较远的遗传进化关系,单独聚为一簇,可能是一个全新的基因型。为进一步调查PCV-2在藏猪腹泻粪便中的检出率,对采集146份样本进行检测,检出率为10.96%(16/146,95%CI:6.4%～17.2%),且与四川地区PCV-2流行株有较近的亲缘关系。本研究发现藏猪腹泻粪便中病毒种类复杂多样,且可能存在与其他动物和人交叉感染情况,具有重要的公共卫生学意义,也为藏猪腹泻病防控提供一定的理论依据。     

ADD1基因多态性位点与猪肌内脂肪含量、嫩度及背膘厚的关联性研究

将82头藏猪和84头其他品种猪屠宰后测定背膘厚,采集背部最长肌测定肌内脂肪含量和嫩度。采集血样提取DNA,利用PCR-RFLP分析ADD1基因的基因型,发现藏猪和其他猪种中均能检测到三种基因型AA、AB和BB。三种基因型的肌内脂肪含量和嫩度存在差异(P<0.05),而背膘厚不存在差异(P>0.05)。ADD1基因在藏猪和其他猪种中存在多态性位点,可以作为肌内脂肪选育的标记辅助选择位点。