One tube nested-PCR在SNP基因型分型中的应用

nested–PCR是一种在普通PCR基础上发展起来的专门用于检测单核苷酸多态性(SNP)的技术。结合nested–PCR技术在水稻中检测SNP的研究,以1个水稻香味基因Fgr和3个稻瘟病基因Pi–ta、Pi9、Pigm为例,把nested–PCR的4条引物同时加在一管PCR反应中进行扩增,在其序列内针对SNP位点设计功能标记,用来扩增含有突变位点的DNA片段。通过优化引物浓度梯度和改良反应程序,达到了一步快速检测SNP基因型的目的。     

KASP技术及其在牛SNP分型中的应用研究进展

竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(kompetitive allele specific PCR,简称KASP)是一种基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,简称SNP)的新型基因分型技术,可从基因组水平对SNP和插入缺失多态性(insertion and deletion,简称Indel)进行精准分型,被广泛应用于生命科学研究以及医学领域。KASP与其他分型技术相比,支持低、中、高通量SNP检测,具备成本低、特异性好、准确性高等优势,可通过分子检测手段对家畜功能基因进行准确分型,从而达到优良性状的定向改良育种目标。目前,KASP技术已在牛功能基因相关SNP检测、疾病分型等方面应用起来,本文对近年来KASP技术及其在牛SNP基因分型中的应用研究进展进行概述,以期为该技术在牛的产乳、产肉等性状的改良应用方面提供借鉴。     

SNP在农作物遗传分析中的应用

SNP技术自1996年出现后,很快发展成为第三代分子标记技术,相较于传统分子标记技术,SNP技术具有数量多、分布广等特点,在农作物遗传分析的相关研究中,具有强大的开发与利用潜能。为促进该技术在农作物遗传分析中的进一步应用,综述了SNP分子标记技术在农作物遗传分析中的研究应用情况,以供参考。     

SNP在动植物遗传育种中的应用

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)作为第三代分子标记,具有数量多、分布广、代表性强和遗传稳定性好等特点.目前已经在人、家畜、作物和蔬菜的遗传多样性分析、基因作图、分子标记辅助育种和功能基因组学的研究中得到了广泛的应用.基于PCR技术为基础,结合电泳技术、荧光、质谱等方...     

弓形虫基因型分型研究新进展

弓形虫是一种专性细胞内寄生的人兽共患寄生原虫,能够感染包括人、家畜、家禽及野生动物在内的几乎所有的温血动物,可引起严重的人兽共患弓形虫病。该病主要引起孕妇或孕畜流产、早产、死胎、畸胎甚至胎儿死亡。免疫功能低下或免疫缺陷者感染弓形虫是导致死亡的一个主要原因。弓形虫的基因分型和遗传多态性的发现是近些年弓形虫研究的重要进展,具有重要的生物学意义和临床意义。本文主要针对弓形虫基因分型进行归纳和总结,以期为今后弓形虫的基因型研究提供理论参考。     

SNP标记技术及其在农作物育种中的应用

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是指DNA序列上的单个碱基变异,它具有分布广、多态信息量大和易于检测等优点,被称为继RFLP和微卫星标记后的第三代基因遗传标记。本文就SNP标记方法的结构特征、特点、识别与检测技术和应用等几个方面对其进行了简要介绍。     

SNP及其在分子植物育种中的应用

对于多基因控制的数量性状而言,分子标记的数量影响基因的精细定位。在全基因组内进行性状分析的关键是获得大量高通量基于标记的序列。SNP(单核苷酸多态性)是基因组中分布最广的序列变异。本文综述了QTL鉴定的必需元件和基于SNP基因分型的5个中心生化反应原理。     

ARMS-PCR对棉花SNP分型的研究

[目的]在已知SNP的情况下,找到适合棉花SNP的简便验证方法.[方法]利用四引物扩增突变体系(tetra-primer amplification refractory mutationsystem PCR,Tetra-primer ARMS-PCR)对槔花SNP分型进行验证.[结果]根据深圳华大基因已组装的棉花转录本做为参考,分别将新海21号和新陆中36号的转录组测序样品比对到参考基因,通过SOAPsnp技术检测样品的单核苷酸多态性.棉花海陆杂交亲本的38个单核苷酸多态性位点设计出的66组SNP引物进行验证.通过优化PCR反应体系,反应条件,调整内外引物浓度和PCR体系的优化,从66组引物中扩增出11组引物,得到了良好的分型效果.[结论]四引物扩增受阻突变体系聚合酶链式反应是一种简单快捷而有效的SNP基因分形方法.     

番茄Mi-1基因的SNP分型

SNP分型是SNP分子标记辅助育种,以及分子遗传作图等研究的重要基础技术。试验利用在番茄Mi-1基因中开发出的一个A/T型SNP位点,应用等位基因聚合酶链式反应技术,成功的对438个F2群体进行了SNP分型。结果表明,这一F2群体中有72个纯合T/T基因型,175个杂合A/T基因型,70个纯合A/A基因型,以及121个不明原因缺失的F2单株,已得基因型经卡方测验符合1:2:1分离比例;同时,试验通过在下游引物3′末端第二、三位点引入错配碱基,以及优化PCR反应体系为Mg2+1.875 mmol.L-1,dNTP 100μmol.L-1,提高了反应的准确性,为番茄抗根结线虫辅助育种打下了基础。     

SNP技术在预防奶牛乳房炎中的应用

奶牛养殖业的发展是衡量一个国家畜牧业及农业发展水平的重要指标,而奶牛乳房炎是制约奶业发展的一种重要疾病,因此,找到一种较为有效且能彻底解决乳房炎的方法至关重要。近年来,随着分子生物学技术和统计分析方法的发展,动物学家们提出了动物育种新的策略,即动物分子育种,其中SNP技术作为分子育种技术中的一种,本文主要介绍了SNP技术在预防乳房炎中的应用。     

SNP分子标记及其在水稻研究中的应用

SNP作为第3代分子标记,具有高密度、高遗传性、高稳定性、高通量、二态性等特点,是目前被广泛研究和应用的分子标记。本文介绍了SNP在不同研究工作中可采用的不同检测平台,同时探讨了SNP在水稻功能标记、图位克隆、等位基因、物种进化等方面的发现和应用,以期为读者今后的研究提供参考。     

SNP标记在小麦遗传育种中的应用研究进展

小麦遗传育种对于小麦产量的提高意义重大。高密度单核苷酸多态性(SNPs)广泛应用于小麦数量性状位点(QTL)定位和标记性状关联分析,这极大推动了小麦遗传学和基因组学领域的发展,并有助于阐明表型和基因型之间的复杂关系,提高了小麦的育种效率。通过综述SNP在小麦遗传育种中的研究进展,为小麦育种提供进一步理论指导。     

农作物SNP芯片技术及其在分子育种中的应用

分子育种是世界农作物育种的发展方向。综述了利用第3代新型分子标记研制的SNP芯片所具有的高集成、高通量、微型化和自动化等优点,介绍了基于Illumina公司的BeadArray技术和Affymetrix公司的Axiom技术开发的相应芯片鉴定平台及其在水稻、小麦、玉米等粮食作物和棉花、花生、向日葵等经济作物育种过程中的应用情况,讨论了SNP芯片技术在应用中存在的问题,并对其前景进行了展望。     

用生物合成的长链开环探针进行SNP分型

由于化学合成长链开环探针面临许多困难,因此需要开发一种长链开环探针的生物合成方法.该研究利用生物合成的146 bp长链开环探针进行单核苷酸多态性(SNP)分型,以验证长链开环探针生物合成的可行性.结果表明:长链开环探针能够特异地与目的DNA结合,完美配对的长链开环探针能够被DNA连接酶连接,形成环状单链DNA分子,不能...     

STR分型技术在马亲子鉴定中的应用

利用STR分型技术进行马亲子鉴定。取VHL20、HTG4、AHT4、HMS7、HTG6、HMS6、AHT5、ASB2、HTG7、HMS3、HMS2共11个STR(短串联重复序列)基因座,运用PCR技术对争议小马、嫌疑母马以及无关对照马的DNA进行扩增,扩增产物经遗传分析仪检测,用GeneMap-per片段分析软件对检测结果进行分析。结果表明,争议小马与嫌疑母马无亲子关系,STR基因分型技术能够准确、快速地进行马亲子鉴定,所用的STR位点具有较高的鉴别效率。     

基于SNP分子标记的玉米杂交种基因型分析与纯度鉴定

为研究SNP 分子标记鉴定玉米杂交种纯度的方法,选用甘肃省推广的6 份玉米杂交种为试验材料,通过应用SNP 分子标记的KASP 技术鉴定玉米杂交种的基因型和纯度,试验结果为95.83%-98.96%之间,说明SNP 分子标记KASP 技术结果可靠,实现了高效率、高灵活性、简便快捷、低成本的技术优势,可以作为玉米杂交种纯度检测的新方法,并在今后基于SNP 标记的玉米品种分子鉴定中发挥越来越重要的作用,能够有效为我省乡村振兴战略背景下玉米制种品种质量监测技术研究提供技术参考。     

不同基因型及培养基在燕麦花药组织培养中的应用

以JA3、M44、19A647燕麦资源为试验材料,采用花药离体培养方法,将3种材料的花药接种于C17、W14培养基上,研究3种基因型在2种培养基上反应率、出愈率、转移率和再生率的差异,以期筛选出适合燕麦花药培养的基因型和诱导培养基.结果表明,在3个基因型中,JA3的反应率、出愈率、转移率都是最高的,分别达到36.29％、26.95％、86.93％,只有JA3获得了再生植株,其绿苗率为0.10％,可见JA3适合用于花药组织培养,可以作为燕麦花药培养的桥梁材料;C17培养基中的愈伤组织比较紧凑,质量较好,W14培养基中的愈伤组织不易聚集长大,质量较差,从W14培养基中共获得6株白化苗,从C17培养基中获得2株白化苗、2株绿苗.由研究结果可以看出,燕麦花药愈伤组织诱导和再分化在基因型之间的差异显著,JA3适合作为燕麦花药培养的桥梁品种,相较于W14培养基,C 17为燕麦花药培养的最佳培养基.     

SNP芯片在油菜分子育种的应用

油菜是我国最主要的油料作物之一, 肩负着国内植物油供给的重任,所产菜油占国产油料作物产油的57%以上。近年来,中国面临严重的食用油供给安全问题,国产植物油短缺,进口依赖度达60%以上。我国的油菜产量低、生产成本高、市场竞争力相对较弱是制约我国油菜生产的主要原因之一。努力提高我国油菜育种水平是促进油菜产业发展、保障我国食用油供给安全的有效途径。新型高通量分子育种技术-SNP育种芯片的开发与利用为快速高效油菜育种带来了生机。在油菜及其基本种的基因组测序、SNP分子标记的开发等方面我国已具有良好的研究基础。我国油菜科技工作者正在致力于引进和建立国内自己的油菜育种SNP芯片,为提高油菜育种效率提供技术支撑。     

STR分型技术在牛亲子鉴定中的应用实例

分别以争议小牛和嫌疑母牛的基因组总DNA为模板,运用STR复合扩增技术对TGLA227、BM2113、TGLA53、ETH10、SPS115、TGLA126、TGLA122、INRA23、ETH3、ETH225、BM1824共11个STR(短串联重复序列)基因座进行扩增,扩增产物经遗传分析仪检测,检测结果通过GeneM...     

SNP标记在玉米研究上的应用进展

SNP(Singlenucleotide polymorphism,单核苷酸多态性)是指在基因组水平上因单个核苷酸的转换、颠换、缺失和插入导致的4种变异。SNP标记技术作为继SSR等标记之后的第三代新型分子标记,具有分布密度高;与功能基因的关联度高,更容易开发与性状相关的SNP功能标记;遗传稳定性强,突变率低,一般仅为10～9;检测通量高,易于实现自动化分析等优点。本文论述目前SNP标记技术在玉米研究中的进展,为其在玉米分子育种中的研究奠定基础。