基于网络药理学的苦参止痢颗粒治疗仔猪腹泻机理探究

探究苦参止痢颗粒治疗仔猪腹泻的作用机理。通过BATMAN数据库检索苦参止痢颗粒中化学成分与作用靶点,利用STRING 11.0、DAVID数据库和Cytoscape 3.7.2软件从苦参止痢颗粒中筛选出丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、TP53、ESR1、PPP2CB、PRKCA、PRKCD、PGR和AR等关键靶点;GO富集发现1条细胞组成条目,2条分子功能条目以及5条生物过程条目;6条KEGG通路,包括心肌细胞中肾上腺素能信号、血管平滑肌收缩、钙信号通路、精氨酸生物合成、唾液分泌和cGMP-PKG信号通路。说明苦参止痢颗粒可通过壬酸、月桂酸、殷金醇棕榈酸酯、22,23-二氢豆甾醇、白桦脂醇以及没食子酸等成分调控基因靶点,并通过信号转导、神经调节、酶活性调节以及内分泌调节等生物过程来调控仔猪腹泻。     

基于网络药理学和分子对接探究黄连解毒散治疗猪传染性胃肠炎的作用机制

为探究黄连解毒散(HLJDS)治疗猪传染性胃肠炎(TGE)的作用靶点及作用机制,本研究通过中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索HLJDS中的所有化学成分,以口服生物利用度(OB≥30%)、类药性(DL≥0.18)为条件筛选HLJDS的活性化合物及HLJDS活性化合物潜在靶点的数量和名称。利用Gene cards数据库和CTD数据库检索与筛选TGE的相关靶点和HLJDS作用于TGE的相关靶点。采用微生信在线Venn图制作工具分析HLJDS活性化合物和TGE的共同靶点。将上述数据采用Cytoscape 3.9.1软件构建中药-活性化合物-靶点的网络,其中度值>32的化合物可能是关键的化合物或者作用靶点。将HLJDS作用于TGE的相关靶点上传至STRING数据库,获得HLJDS作用于TGE的PPI网络。利用Cytoscape软件中的相关工具分析靶点的网络拓扑学参数,并通过这些参数筛选HLJDS作用于TGE的关键靶点。结果显示,从HLJDS共筛选到77个活性成分和825个药物作用靶点,并筛选到950个TGE相关靶点,其中HLJDS的活性成分与TGE交集的靶点有202个。中药-...     

基于网络药理学探讨苦白石颗粒治疗仔猪细菌性腹泻的作用机制

[摘要]: 目的 基于网络药理学研究苦白石颗粒治疗仔猪细菌性腹泻的主要化学成分及其作用机理,利用分子对接技术进行初步验证。方法 通过TCMSP和BATMAN数据库检索苦白石颗粒中苦参、白头翁、石榴皮、仙鹤草、肉桂和木香的化学成分,TCMSP数据库获取其潜在靶点,在GEO数据库使用R语言获得仔猪细菌性腹泻的疾病靶点,映射后得到苦白石颗粒治疗仔猪细菌性腹泻的交集靶点,String构建PPI网络并可视化,Cytoscape构建药物-活性成分-交集靶点-疾病网络图,通过Metascape 对交集靶点基因进行GO 富集以及KEGG 通路分析,并对主要活性成分和关键蛋白进行了分子对接。结果 通过数据库检索和文献补充,获得苦白石颗粒88个活性成分以及269个相对应靶点,仔猪细菌性腹泻相关的基因479个,经过映射获得靶点32个。其中潜在活性成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚等,关键仔猪腹泻蛋白是肿瘤坏死因子、白介素6和8、金属蛋白酶和表皮生长因子等。KEGG 通路显示苦白石颗粒主要富集在IL-17、 HIF-1等信号通路。分子对接结果显示苦白石颗粒中的主要活性成分与关键蛋白有较好的亲和作用。结论 苦白石颗粒可能主要通过抑制炎症反应,调节免疫细胞因子和直接的抗感染等对仔猪细菌性腹泻发挥潜在的防治作用。     

基于网络药理学和分子对接探究莱菔子的抗菌作用机制

本研究旨在通过网络药理学方法来探讨莱菔子的抗菌作用机制。利用中药系统药理学数据库、分析平台TCMSP以及GeneCards数据库获得莱菔子发挥抗菌作用的有效成分以及潜在抗菌靶点;利用Cytoscape3.8.0软件构建药物-成分-靶点-疾病网络图,并使用STRING数据库以及Cytoscape3.8.0软件构建蛋白质相互作用网络图;利用DAVID数据库对靶点进行基因本体（GO）富集分析和KEGG通路富集分析;使用AutoDock软件对关键靶点与活性成分进行分子对接,选择最佳的结合靶点。结果显示：莱菔子14个活性成分作用于36个抗菌靶点。GO功能富集分析得到185个条目,KEGG通路富集分析得到48条信号通路。分子对接显示,芥子酸、邻苯二甲酸二丁酯、亚麻子油酸等成分与细胞肌动蛋白基因（ACTB）、一氧化氮合酶基因（NOS3）等关键靶点有较强亲和能力。本试验结果表明,莱菔子可能通过参与调节磷脂酰肌醇3激酶（Phosphatidylinositol 3-Kinase,PI3K）/蛋白激酶B(Akt)信号通路（PI3K-Akt）、钙离子信号通路等发挥其抗菌作用,体现了莱菔子多成分、多靶点、多通...     

基于网络药理学探究苦参止痢颗粒治疗湿热泄泻的有效成分及作用机制

利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对苦参止痢颗粒3味中药的化学成分及其作用靶点进行挖掘,通过Uniport数据库标准化.从GeneCards数据库和OMIM数据库获取泄泻的相关基因,将苦参止痢颗粒与泄泻的基因靶点进行映射取交集,利用STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络,通过DAVID数据库进行...     

基于生物网络功能模块整合组方规律分析四黄止痢颗粒治疗仔猪腹泻的作用机制

从功能模块水平研究中药复方四黄止痢颗粒治疗仔猪腹泻的分子作用机制,并阐释其配伍规律。使用TCMSP、TCMID、HERB数据库筛选方中黄连、黄柏、大黄、黄芩、板蓝根、甘草6味中药的有效成分,收集相关药物靶点;使用GeneCards、NCBI、OMIM数据库获取仔猪腹泻的疾病靶点;比较分析药物靶点和疾病靶点的交集并用韦恩图表示,将其上传至STRING数据库进行蛋白相互作用分析;采用Cytoscape软件绘制靶点蛋白相互作用网络图(protein-protein interaction network, PPI);应用MCODE插件对PPI网络进行功能模块识别;运用David数据库对功能模块进行KEGG通路富集分析。结果表明：1)网络分析筛选活性成分180个,主要包括生物碱、黄酮、蒽醌、苷类成分;药物靶点蛋白88个,猪腹泻相关靶点470个,二者的交集靶点35个。2)蛋白互作网络分析表明,由17个靶点蛋白组成的模块1是中药复方四黄止痢颗粒的功能模块。3)KEGG富集分析表明,模块1主要涉及的通路包括TNF、IL-17以及NF-κB等17个信号通路。4)归经分析表明,四黄止痢颗粒主要作用于脾、...     

基于网络药理学和分子对接探究山楂调节氧化应激的作用机制

【目的】运用网络药理学和分子对接方法研究山楂调节氧化应激的活性成分及潜在作用机制。【方法】通过TCMSP数据库检索山楂的化学成分及其作用靶点;在Uniprot数据库中对所得靶点进行标准基因名转化。利用GeneCards和OMIM数据库筛选氧化应激相关靶点。通过Venny 2.1.0软件获得山楂和氧化应激的交集靶点;借助STRING数据库和Cytoscape 3.8.0软件构建山楂-主要活性成分-靶点网络和蛋白-蛋白互作网络,筛选核心靶点,随后利用AutoDockTools 1.5.7和AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接。应用DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG通路注释分析,结果由Pymol软件进行可视化作图。【结果】筛选获得槲皮素、山奈酚、异鼠李素、豆甾醇、谷甾醇、表儿茶素等山楂的主要活性成分。基于主要活性成分和氧化应激分别筛选获得185和9 647个靶点,其中山楂与氧化应激交集靶点共171个,如丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶AKT(serine/threonine-protein kinase AKT,AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(cellular tumor a...     

基于网络药理学和分子对接探究马齿苋治疗溃疡性结肠的作用机制

为探究马齿苋治疗溃疡性结肠炎的作用机制,本试验采用网络药理学联合分子对接技术对其作用机制进行初步预测。利用TCMSP数据库,寻找马齿苋的活性成分及其作用靶点,使用Uniprot对靶点名称进行规范。溃疡性结肠炎的相关靶点来自Genecard、OMIM、Malacards疾病数据库,随后与马齿苋的靶点取交集,得到马齿苋治疗溃疡性结肠炎的关键靶点。网络药理学分析结果显示,马齿苋可能通过槲皮素、山萘酚、β-谷甾醇等10个活性成分作用于IL-1β、IL-6、VEGF等76个核心靶点发挥作用。通过对上述76个核心靶点进行富集分析后,发现癌症通路(Pathway in cancer)、PI3K-Akt通路及MAPK通路参与了马齿苋的治疗。分子对接结果也显示,马齿苋的活性成分与关键靶点均具有良好的连接活性,证明了网络药理学预测结果的准确性。本试验结果初步表明,马齿苋可以通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗溃疡性结肠炎的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨郁金散加减方治疗猪传染性胃肠炎的作用机制

【目的】基于网络药理学和分子对接技术探讨郁金散加减方治疗猪传染性胃肠炎(TGE)的作用靶点及机制。【方法】在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索郁金散加减方的活性成分及靶点并经UniProt平台转换,在比较毒理基因组学数据库(CTD)中搜索TGE相关靶点,将两者交集靶点导入Cytoscape 3.9.1软件中构建郁金散加减方-成分-靶点-疾病网络关系图,在STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件中进行蛋白互作(PPI)网络分析,在DAVID数据库中进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,用AutoDock软件进行分子对接。【结果】共收集到郁金散加减方包括槲皮素、芒柄花黄素在内的126个活性成分,得到郁金散加减方治疗TGE的相关靶点74个。郁金散加减方-成分-靶点-疾病网络关系图结果显示,郁金散加减方治疗TGE的核心成分为槲皮素、山奈酚等;PPI结果表明,郁金散加减方治疗TGE的核心靶点为抑癌基因P53(TP53)、癌基因FOS、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)及胱天蛋白酶3(CASP3)等;GO功能和KEGG信号通路分析结果显示,郁金散加减...     

基于网络药理学探讨葛根芩连汤治疗猪腹泻的靶点与通路

本研究旨在探讨葛根芩连汤治疗猪腹泻的靶点与通路。利用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检测葛根芩连汤的化学成分和靶点,运用cytoscape 3.7.1软件构建并分析化合物-靶点网络、蛋白相互作用（PPI）网络和核心靶点通路网络。结果显示,经筛选后,共获得大豆苷元（daidzein）、葛根素（puerarin）、汉黄芩苷（oroxindin）、芒柄花素（formononetin）等60个活性成分,这些成分作用206个靶点,其中,TP53、TNF、IL-6、IL-8、JUN、STAT3等为核心靶点,这些核心靶点涉及磷脂酰肌醇3-激酶／蛋白激酶B信号通路、病毒致癌机制等。基于网络药理学分析结果,葛根芩连汤可能是通过TP53、TNF、IL-6、IL-8、JUN、STAT3等靶点调控腹泻与发热,本文为葛根芩连汤在猪腹泻治疗中的深入研究提供理论依据与线索。     

基于网络药理学探讨白龙散治疗鸡腹泻的作用机制

【目的】采用网络药理学技术与方法预测白龙散治疗鸡腹泻的物质基础、作用靶点和通路。【方法】通过中药系统药理学分析数据库TCMSP筛选中药复方白龙散中的白头翁、黄连、龙胆的有效活性成分及其潜在作用靶点。通过GeneCards和OMIM数据库检索鸡腹泻的相关疾病靶点。利用Venny平台获得药物和疾病的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库进行分析,构建蛋白互作(PPI)网络图并获得关键靶点,并进一步对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】共筛选得到活性成分27个,药物靶点57个,疾病靶点4 207个;药物与疾病交集靶点45个。PPI网络发现原癌基因蛋白质C(MYC)、雌激素受体1(ESR1)、白细胞介素-6(IL-6)、G1/S-specific周期蛋白D1(CCND1)等45个蛋白可能是白龙散治疗鸡腹泻的关键靶点。GO功能富集分析确定了112个条目,KEGG通路富集分析确定了22条通路。【结论】中药复方白龙散主要通过槲皮素、山奈酚、异鼠李素等多个化学成分调控转录因子AP-1(JUN)、MYC、ESR1、IL-6等靶点,作用于细胞因子-细胞因子受体相互作用、肿瘤抑制蛋白(...     

基于网络药理学及分子对接技术研究黄芪调控仔猪肠道菌群失调性腹泻的作用

【目的】基于网络药理学及分子对接技术研究黄芪调控仔猪肠道菌群失调性腹泻的有效活性成分及其作用机制。【方法】从TCMSP数据库搜集黄芪中药化合物成分,并获取其潜在靶点。利用GeneCards和OMIM数据库搜集肠道菌群失调性腹泻(flora imbalance diarrhea)的作用靶点,将两者预测的潜在作用靶点进行映射,获得共同作用靶点。运用STRING数据库构建靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)关系,用Cytoscape_3.8.0软件对其网络进行拓扑分析,用DAVID数据库对共同作用靶点进行富集分析,用AutoDuck_4.2.6软件对其核心成分与核心靶点进行分子对接。【结果】黄芪含有11个调控仔猪肠道菌群失调性腹泻核心成分,其对应靶点基因65个,疾病靶点854个,交集靶点25个。PPI网络中显示肿瘤坏死因子(TNF)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)、白细胞介素-6(IL6)、NF-κB抑制剂α(NFKBIA)、IL1B、IL10、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、C-C基序趋化因子2(CCL2)为关键靶点。GO功能和KEGG通路富集分析发现,黄芪有效成分主要通过美国锥虫病、炎症性肠病、阿米巴病、细胞因子-细胞因子受体相互作用、A型流感、疟疾、T细胞受体信号通路、沙门菌感染等信号通路参与转录调控、免疫反应、细胞对脂多糖的反应等生物过程。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚、芒柄花素等核心成分与TNF、IL1B等关键靶点结合紧密,亲和力较好。【结论】黄芪可能通过槲皮素、山奈酚、芒柄花素等主要活性成分作用于TNF、IL1B等靶点,通过参与美国锥虫病、炎症性肠病、疟疾、T细胞受体信号通路、沙门菌感染等信号通路进而治疗仔猪肠道菌群失调性腹泻。     

The Target and Pathway of Gegen Qinlian Decoction in Treating Swine Diarrhea Based on Network Pharmacology

This experiment was conducted to explore the mechanism of Gegen Qinlian decoction in treating swine diarrhea. The chemical composition and targets of Gegen Qinlian decoction were searched by the analysis of the traditional Chinese medicine system pharmacology platform (TCMSP). The software of Cytoscape 3.7.1 was used to construct and analyze compound-targets networks, protein-protein interaction (PPI) network and key targets-signaling pathway network. The results showed that 60 active compounds including daidzein, puerarin, oroxindin and formononetin were obtained after screening. The compounds acted on 206 targets, among which TP53, TNF, IL-6, IL-8, Jun and STAT3 were the key targets. These key targets involve in PI3K-Akt signaling pathway, Viral carcinogenesis, and so on. Based on the results of network pharmacological analysis, Gegen Qinlian decoction may regulate diarrhea and fever through TP53, TNF, IL-6, IL-8, Jun, STAT3 and other targets. The paper provides theoretical basis and clues for the further study of Gegen Qinlian decoction in the treatment of swine diarrhea.     

基于网络药理学分析白龙散治疗仔猪腹泻的机制

基于网络药理学预测白龙散治疗仔猪腹泻的活性成分、潜在靶点和相关通路。分析结果显示,白龙散可能通过槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、小檗碱等活性成分作用TNF、MAPK14、VEGFA、IL16、CASP3等关键靶点,调节IL-17等信号通路来调控炎症反应和免疫应答从而发挥治疗仔猪腹泻的作用。     

基于网络药理学分析白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制

试验利用网络药理学研究方法尝试揭示白头翁汤治疗猪腹泻的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。首先在中药系统药理学分析数据库中检索白头翁汤的所有化学成分、作用靶点,进而利用STRING、DAVID、NCBI数据库,Cytoscape软件构建化合物-靶点网络、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络、靶点-通路网络,研究白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制。通过化合物的口服利用度和类药性筛选得出白头翁汤11个活性化合物,化合物-靶点网络结果显示,11个活性化合物含有63个相应靶点;白头翁汤作用于猪腹泻的PPI网络图包含45个靶点,主要靶点是雌激素受体1（estrogen receptor,ESR1）、CREB结合蛋白（CREB binding protein,CREBBP）、丝裂原活化蛋白激酶1（mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1）、雄激素受体（androgen receptor,AR）等,与猪腹泻靶点基因直接相关的靶点是拓扑异构酶Ⅱβ（DNA topoisomerase Ⅱ,TOP2B）、ESR1、ESR2、糖皮质激素受体（glucocorticoid receptor,NR3C1）、AR和细胞核受体共激活剂2（nuclear receptor coactivator 2,NCOA2）;白头翁汤-猪腹泻PPI网络图关键靶点GO富集条目为5个,其中生物过程、分子功能、细胞组成相关的条目分别有3、1、1个;白头翁汤作用于猪腹泻PPI网络图KEGG信号通路有1条。白头翁汤可能主要通过金鱼草素、掌叶防己碱、8-异戊烯基二氢茆酚-7-葡糖苷、延胡索乙素、足叶草脂素、黄麻苷和8-羟基松脂醇等调控TOP2B、ESR1、ESR2、NR3C1、AR和NCOA2等靶点,基因功能富集于磷脂酶C激活G蛋白偶联受体信号通路、腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、DNA模板转录、类固醇结合、细胞膜的组成部分,以及通过KEGG信号通路中神经活性的配体-受体相互作用信号通路来治疗猪腹泻。     

基于网络药理学和分子对接探究归芪益母口服液治疗猪气虚血瘀证的作用机制

【目的】运用网络药理学和分子对接技术探讨归芪益母口服液治疗猪气虚血瘀证的有效活性成分及其作用机理。【方法】通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)获取归芪益母口服液主要活性成分及其靶点,通过GeneCards、OMIM和Malacards数据库获得母猪气虚血瘀证的作用靶点。使用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-成分-靶点网络图,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建靶点蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,采用DAVID数据库对共同作用靶点进行GO功能和KEGG信号通路富集分析。通过Autodock Tools 1.5.7软件对其核心成分与核心靶点进行分子对接。【结果】归芪益母口服液筛选得到主要的有效活性成分为槲皮素、山奈酚和异鼠李素,其对应76个关键作用靶点,6 335个疾病靶点,41个交集靶点;PPI网络显示肿瘤坏死因子(TNF)、白介素-6(IL6)和IL10为关键靶点。GO功能富集分析共筛选出12条目,其中生物过程7条目,包括免疫应答、STAT蛋白酪氨酸磷酸化的正向调节、对糖皮质激素的反应等;细胞组分2条目,包括细胞外组分和细胞外空隙;分子功能3条目,包括细胞因子、生长因子活性和IL2受体结合。KEGG信号通路富集分析显示,归芪益母口服液主要通过细胞因子受体互作、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路发挥作用。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚、异鼠李素等核心成分与母猪气虚血瘀证关键靶点的结合能均＜0 kJ/mol。【结论】归芪益母口服液可能通过槲皮素、山奈酚、异鼠李素等主要活性成分作用于核糖体结合蛋白(RPN1)、胰核糖核酸酶(RNASE1)、血管生成蛋白抑制因子1(RNH1)等靶点,通过参与细胞因子受体互作、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路等治疗猪气虚血瘀证。     

基于网络药理学和分子对接分析苦参碱抗PRRSV的作用机制

本研究旨在利用网络药理学及分子对接技术从抗炎角度探讨苦参碱抗猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的作用机制.利用PharmMapper 服务器和Genecards疾病数据库获得苦参碱发挥抗炎作用的潜在靶点;使用STRING在线分析平台结合Cytoscape软件构建靶蛋白相互作用(protein-protein inte...