基于网络药理学探究乌梅散加减方治疗猪传染性胃肠炎的作用机制

【目的】 借助网络药理学手段探究乌梅散加减方治疗猪传染性胃肠炎（TGE）的作用机制。【方法】 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、Swiss TargetPrediction获取乌梅散加减方的活性成分与作用靶点，应用公共比较毒理基因组学数据库（CTD）获取TGE的相关靶点，使用STRING数据库绘制乌梅散加减方与TGE交集靶点的蛋白互作（PPI）网络图，利用DAVID对交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析，探究乌梅散加减方治疗TGE的作用机制。【结果】 从乌梅散加减方中共筛选到槲皮素、山柰酚、芒柄花素等125种活性成分和JUN原癌基因（JUN）、肿瘤坏死因子（TNF）、信号传导与转录激活因子3（STAT3）等58个作用靶点。GO功能富集分析显示，共得到生物过程138个条目，涉及免疫反应、血管内皮因子生成、RNA聚合酶Ⅱ启动子对pri-miRNA转录的正调控等；细胞组分13个条目，涉及胞外区、细胞外空间、膜筏等；分子功能32个条目，涉及细胞因子活性、生长因子活性、白细胞介素2（IL2）受体活性等。KEGG通路富集分析显示，共得到135条信号通路，其中IL17信号通路、Th17细胞分化、TNF信号通路、HIF-1信号通路是乌梅散加减方治疗TGE的主要信号通路。【结论】 乌梅散加减方主要通过槲皮素、山柰酚、芒柄花素等多个活性成分调控JUN、TNF、STAT3等靶点，通过参与IL17信号通路、Th17细胞分化等治疗TGE。     

基于网络药理学及分子对接技术研究黄芪调控仔猪肠道菌群失调性腹泻的作用

【目的】基于网络药理学及分子对接技术研究黄芪调控仔猪肠道菌群失调性腹泻的有效活性成分及其作用机制。【方法】从TCMSP数据库搜集黄芪中药化合物成分,并获取其潜在靶点。利用GeneCards和OMIM数据库搜集肠道菌群失调性腹泻(flora imbalance diarrhea)的作用靶点,将两者预测的潜在作用靶点进行映射,获得共同作用靶点。运用STRING数据库构建靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)关系,用Cytoscape_3.8.0软件对其网络进行拓扑分析,用DAVID数据库对共同作用靶点进行富集分析,用AutoDuck_4.2.6软件对其核心成分与核心靶点进行分子对接。【结果】黄芪含有11个调控仔猪肠道菌群失调性腹泻核心成分,其对应靶点基因65个,疾病靶点854个,交集靶点25个。PPI网络中显示肿瘤坏死因子(TNF)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)、白细胞介素-6(IL6)、NF-κB抑制剂α(NFKBIA)、IL1B、IL10、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、C-C基序趋化因子2(CCL2)为关键靶点。GO功能和KEGG通路富集分析发现,黄芪有效成分主要通过美国锥虫病、炎症性肠病、阿米巴病、细胞因子-细胞因子受体相互作用、A型流感、疟疾、T细胞受体信号通路、沙门菌感染等信号通路参与转录调控、免疫反应、细胞对脂多糖的反应等生物过程。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚、芒柄花素等核心成分与TNF、IL1B等关键靶点结合紧密,亲和力较好。【结论】黄芪可能通过槲皮素、山奈酚、芒柄花素等主要活性成分作用于TNF、IL1B等靶点,通过参与美国锥虫病、炎症性肠病、疟疾、T细胞受体信号通路、沙门菌感染等信号通路进而治疗仔猪肠道菌群失调性腹泻。     

基于网络药理学探究芪翁黄柏散治疗仔猪腹泻的有效成分及作用机制

【目的】基于网络药理学预测芪翁黄柏散治疗仔猪腹泻的有效成分，并探究其作用机制。【方法】通过TCMSP数据库筛选芪翁黄柏散潜在的有效成分和靶标蛋白，利用Cytoscape 3.9.1软件构建药物成分-靶点网络；通过GeneCards和OMIM数据库检索腹泻靶点并去重，获得疾病与药物的共同靶点，导入STRING数据库并构建蛋白互作（PPI）网络，对共同靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】共获得芪翁黄柏散37个有效成分和74个靶点，其中与疾病相交的共同靶点有68个；GO功能注释得到生物过程147个条目，细胞组分15个条目，分子功能32个条目；KEGG通路富集分析获得98个通路。槲皮素、山奈酚、豆甾醇、四氢小檗碱、小檗碱等为其有效成分，肿瘤坏死因子（TNF）、肿瘤蛋白P53（TP53）、血管内皮生长因子A （VEGFA）、白细胞介素6（IL6）、IL10、C-C基序趋化因子配体2（CCL2）、上皮生长因子（EGF）、核因子κB抑制剂α（NFKBIA）等为药物关键靶点，癌症、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B （PI3K-Akt）、丝裂原激活的蛋白激酶（MAPK）、IL17、炎症性肠病等信号通路为关键通路，还涉及到免疫应答、转录、细胞凋亡、细胞因子活性、细胞外等方面。【结论】本研究预测了芪翁黄柏散治疗仔猪腹泻的有效成分及作用机制，体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点，并为后续研究提供方向和参考。     

基于网络药理学探讨白龙散治疗鸡腹泻的作用机制

【目的】 采用网络药理学技术与方法预测白龙散治疗鸡腹泻的物质基础、作用靶点和通路。【方法】 通过中药系统药理学分析数据库TCMSP筛选中药复方白龙散中的白头翁、黄连、龙胆的有效活性成分及其潜在作用靶点。通过GeneCards和OMIM数据库检索鸡腹泻的相关疾病靶点。利用Venny平台获得药物和疾病的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库进行分析,构建蛋白互作（PPI）网络图并获得关键靶点,并进一步对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】 共筛选得到活性成分27个,药物靶点57个,疾病靶点4 207个;药物与疾病交集靶点45个。PPI网络发现原癌基因蛋白质C （MYC）、雌激素受体1（ESR1）、白细胞介素-6（IL-6）、G1/S-specific周期蛋白D1（CCND1）等45个蛋白可能是白龙散治疗鸡腹泻的关键靶点。GO功能富集分析确定了112个条目,KEGG通路富集分析确定了22条通路。【结论】 中药复方白龙散主要通过槲皮素、山奈酚、异鼠李素等多个化学成分调控转录因子AP-1（JUN）、MYC、ESR1、IL-6等靶点,作用于细胞因子-细胞因子受体相互作用、肿瘤抑制蛋白（p53）信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等信号通路来治疗鸡腹泻。     

药用槐花抗炎活性的网络药理学分析

【目的】 基于网络药理学方法探究中药槐花主要活性成分的抗炎作用机制。【方法】 依托TCMSP数据库筛选槐花有效成分及相应靶点，利用Uniprot数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建有效成分-靶点网络图；结合NCBI、GeneCards、OMIM等数据库检索槐花抗炎相关靶点，上传至STRING平台，构建蛋白互作网络图；利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】 槐花中主要有槲皮素、异鼠李素、山奈酚、β-谷甾醇、N-[6-9-吖啶基氨基己基]苯甲酰胺和槲皮素-3-甲基醚6种有效成分，可作用于IL10、NFKBIA、ICAM1、MMP2、BCL2L1、STAT1、VCAM1、IFNG、MAPK14和IL2等152个抗炎靶点。与生物过程相关的条目16个，即RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、正调控转录DNA模板、凋亡过程的负调控、基因表达的正调控、炎症反应和细胞对脂多糖的反应等；与分子功能相关的条目6个，即酶结合、转录因子结合、蛋白结合等；与细胞组分相关的条目2个，即细胞外间隙和细胞质基质；21条相关信号通路，即TNF信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、NOD样受体信号通路、癌症通路、乙型肝炎、HTLV-Ⅰ感染、甲型流感等。【结论】 槐花可能通过槲皮素、异鼠李素、山奈酚、β-谷甾醇等活性成分作用于RB1、CDKN1A、IKBKB、CHUK、IL2和CXCL10等关键靶标，参与TNF信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、NOD样受体信号通路联合发挥抗炎作用，揭示了槐花多成分、多靶点、多通路的抗炎作用机制。     

基于网络药理学和分子对接探究归芪益母口服液治疗猪气虚血瘀证的作用机制

【目的】运用网络药理学和分子对接技术探讨归芪益母口服液治疗猪气虚血瘀证的有效活性成分及其作用机理。【方法】通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)获取归芪益母口服液主要活性成分及其靶点,通过GeneCards、OMIM和Malacards数据库获得母猪气虚血瘀证的作用靶点。使用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-成分-靶点网络图,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建靶点蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,采用DAVID数据库对共同作用靶点进行GO功能和KEGG信号通路富集分析。通过Autodock Tools 1.5.7软件对其核心成分与核心靶点进行分子对接。【结果】归芪益母口服液筛选得到主要的有效活性成分为槲皮素、山奈酚和异鼠李素,其对应76个关键作用靶点,6 335个疾病靶点,41个交集靶点;PPI网络显示肿瘤坏死因子(TNF)、白介素-6(IL6)和IL10为关键靶点。GO功能富集分析共筛选出12条目,其中生物过程7条目,包括免疫应答、STAT蛋白酪氨酸磷酸化的正向调节、对糖皮质激素的反应等;细胞组分2条目,包括细胞外组分和细胞外空隙;分子功能3条目,包括细胞因子、生长因子活性和IL2受体结合。KEGG信号通路富集分析显示,归芪益母口服液主要通过细胞因子受体互作、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路发挥作用。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚、异鼠李素等核心成分与母猪气虚血瘀证关键靶点的结合能均＜0 kJ/mol。【结论】归芪益母口服液可能通过槲皮素、山奈酚、异鼠李素等主要活性成分作用于核糖体结合蛋白(RPN1)、胰核糖核酸酶(RNASE1)、血管生成蛋白抑制因子1(RNH1)等靶点,通过参与细胞因子受体互作、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路等治疗猪气虚血瘀证。     

基于生物网络功能模块整合组方规律分析四黄止痢颗粒治疗仔猪腹泻的作用机制

从功能模块水平研究中药复方四黄止痢颗粒治疗仔猪腹泻的分子作用机制，并阐释其配伍规律。使用TCMSP、TCMID、HERB数据库筛选方中黄连、黄柏、大黄、黄芩、板蓝根、甘草6味中药的有效成分，收集相关药物靶点；使用GeneCards、NCBI、OMIM数据库获取仔猪腹泻的疾病靶点；比较分析药物靶点和疾病靶点的交集并用韦恩图表示，将其上传至STRING数据库进行蛋白相互作用分析；采用Cytoscape软件绘制靶点蛋白相互作用网络图(protein-protein interaction network, PPI);应用MCODE插件对PPI网络进行功能模块识别；运用David数据库对功能模块进行KEGG通路富集分析。结果表明：1)网络分析筛选活性成分180个，主要包括生物碱、黄酮、蒽醌、苷类成分；药物靶点蛋白88个，猪腹泻相关靶点470个，二者的交集靶点35个。2)蛋白互作网络分析表明，由17个靶点蛋白组成的模块1是中药复方四黄止痢颗粒的功能模块。3)KEGG富集分析表明，模块1主要涉及的通路包括TNF、IL-17以及NF-κB等17个信号通路。4)归经分析表明，四黄止痢颗粒主要作用于脾、...     

基于网络药理学分析白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制

试验利用网络药理学研究方法尝试揭示白头翁汤治疗猪腹泻的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。首先在中药系统药理学分析数据库中检索白头翁汤的所有化学成分、作用靶点,进而利用STRING、DAVID、NCBI数据库,Cytoscape软件构建化合物-靶点网络、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络、靶点-通路网络,研究白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制。通过化合物的口服利用度和类药性筛选得出白头翁汤11个活性化合物,化合物-靶点网络结果显示,11个活性化合物含有63个相应靶点;白头翁汤作用于猪腹泻的PPI网络图包含45个靶点,主要靶点是雌激素受体1（estrogen receptor,ESR1）、CREB结合蛋白（CREB binding protein,CREBBP）、丝裂原活化蛋白激酶1（mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1）、雄激素受体（androgen receptor,AR）等,与猪腹泻靶点基因直接相关的靶点是拓扑异构酶Ⅱβ（DNA topoisomerase Ⅱ,TOP2B）、ESR1、ESR2、糖皮质激素受体（glucocorticoid receptor,NR3C1）、AR和细胞核受体共激活剂2（nuclear receptor coactivator 2,NCOA2）;白头翁汤-猪腹泻PPI网络图关键靶点GO富集条目为5个,其中生物过程、分子功能、细胞组成相关的条目分别有3、1、1个;白头翁汤作用于猪腹泻PPI网络图KEGG信号通路有1条。白头翁汤可能主要通过金鱼草素、掌叶防己碱、8-异戊烯基二氢茆酚-7-葡糖苷、延胡索乙素、足叶草脂素、黄麻苷和8-羟基松脂醇等调控TOP2B、ESR1、ESR2、NR3C1、AR和NCOA2等靶点,基因功能富集于磷脂酶C激活G蛋白偶联受体信号通路、腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、DNA模板转录、类固醇结合、细胞膜的组成部分,以及通过KEGG信号通路中神经活性的配体-受体相互作用信号通路来治疗猪腹泻。     

基于网络药理学探讨苦白石颗粒治疗仔猪细菌性腹泻的作用机制

[摘要]: 目的 基于网络药理学研究苦白石颗粒治疗仔猪细菌性腹泻的主要化学成分及其作用机理,利用分子对接技术进行初步验证。方法 通过TCMSP和BATMAN数据库检索苦白石颗粒中苦参、白头翁、石榴皮、仙鹤草、肉桂和木香的化学成分,TCMSP数据库获取其潜在靶点,在GEO数据库使用R语言获得仔猪细菌性腹泻的疾病靶点,映射后得到苦白石颗粒治疗仔猪细菌性腹泻的交集靶点,String构建PPI网络并可视化,Cytoscape构建药物-活性成分-交集靶点-疾病网络图,通过Metascape 对交集靶点基因进行GO 富集以及KEGG 通路分析,并对主要活性成分和关键蛋白进行了分子对接。结果 通过数据库检索和文献补充,获得苦白石颗粒88个活性成分以及269个相对应靶点,仔猪细菌性腹泻相关的基因479个,经过映射获得靶点32个。其中潜在活性成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚等,关键仔猪腹泻蛋白是肿瘤坏死因子、白介素6和8、金属蛋白酶和表皮生长因子等。KEGG 通路显示苦白石颗粒主要富集在IL-17、 HIF-1等信号通路。分子对接结果显示苦白石颗粒中的主要活性成分与关键蛋白有较好的亲和作用。结论 苦白石颗粒可能主要通过抑制炎症反应,调节免疫细胞因子和直接的抗感染等对仔猪细菌性腹泻发挥潜在的防治作用。     

基于网络药理学和分子对接探究山楂调节氧化应激的作用机制

【目的】运用网络药理学和分子对接方法研究山楂调节氧化应激的活性成分及潜在作用机制。【方法】通过TCMSP数据库检索山楂的化学成分及其作用靶点;在Uniprot数据库中对所得靶点进行标准基因名转化。利用GeneCards和OMIM数据库筛选氧化应激相关靶点。通过Venny 2.1.0软件获得山楂和氧化应激的交集靶点;借助STRING数据库和Cytoscape 3.8.0软件构建山楂-主要活性成分-靶点网络和蛋白-蛋白互作网络,筛选核心靶点,随后利用AutoDockTools 1.5.7和AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接。应用DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG通路注释分析,结果由Pymol软件进行可视化作图。【结果】筛选获得槲皮素、山奈酚、异鼠李素、豆甾醇、谷甾醇、表儿茶素等山楂的主要活性成分。基于主要活性成分和氧化应激分别筛选获得185和9 647个靶点,其中山楂与氧化应激交集靶点共171个,如丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶AKT(serine/threonine-protein kinase AKT,AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(cellular tumor a...     

基于网络药理学探讨麻黄甘草汤治疗肺水肿的作用机制

【目的】预测麻黄甘草汤治疗肺水肿的潜在作用靶点及作用机制,并通过动物体内试验加以验证,为深入研究麻黄甘草汤的药理作用提供参考依据。【方法】通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取麻黄、甘草的活性成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库收集肺水肿疾病的作用靶点,将麻黄甘草汤的成分作用靶点和肺水肿疾病靶点取交集,基于STRING数据库构建蛋白相互作用网络(PPI),使用Cytoscape 3.6软件构建成分-靶点网络图。利用DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。对获得的关键成分和核心靶点通过AutoDock Vina进行分子对接,用以佐证网络药理学预测结果。选用2%氯化铵构建小鼠肺水肿模型,分为空白对照组、氯化铵模型组及麻黄甘草汤治疗组;空白对照组每日上午腹腔注射200μL生理盐水,氯化铵模型组和麻黄甘草汤治疗组腹腔注射200μL 2%的氯化铵溶液;氯化铵模型组和空白对照组每晚灌胃200μL生理盐水,麻黄甘草汤治疗组灌胃200μL 1 g/mL麻黄甘草汤,连续处理5 d后采用实时荧光定量PCR检测白细胞介素-6(IL6)、诱导型一氧化氮合酶(NOS2)、丝裂原...     

基于网络药理学探讨五参顺脉汤对动脉粥样硬化AopE-/-小鼠的作用机制

【目的】预测五参顺脉汤治疗动脉粥样硬化的潜在靶点及作用机制，为五参顺脉汤临床应用提供参考依据。【方法】通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库筛选五参顺脉汤抗动脉粥样硬化活性成分及作用靶点，通过GeneCards、OMIM数据库获取动脉粥样硬化靶点并统一使用UniProt数据库进行标准化，使用R语言脚本获取两者交集靶点；采用Cytoscape 3.9.1软件建立药物-成分-靶点网络图并进行拓扑学属性分析；将交集靶点上传至STRING数据库获得蛋白-蛋白互作（PPI）关系网络，并在DAVID平台中进行GO功能和KEGG通路富集分析。采用AopE^-/-雄鼠进行试验验证，HE染色观察主动脉病变情况，ELISA检测单核细胞趋化因子-1（MCP-1）、白细胞介素-6（IL6）、IL1B、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）水平。【结果】五参顺脉汤中共有活性成分124个，获得靶点122个，动脉粥样硬化靶点4 711个，两者交集靶点98个。拓扑学分析显示，五参顺脉汤治疗动脉粥样硬化的核心成分为槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、木犀草素，核心靶点为环氧合酶-1（PTGS1）、类固醇受体激活蛋白2抗体（NOCA2）、猴丝氨酸蛋白酶1（PRSS1）等。GO功能富集分析中生物过程得到321个条目（P<0.01），主要涉及对脂多糖的反应、对肿瘤坏死因子的反应、脂肪酸代谢过程等；分子功能得到93个条目（P<0.01），主要涉及膜筏、膜微域、突触膜等；细胞组分得到45个条目（P<0.01），主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、核受体的活动等。KEGG通路富集分析中共得到129条信号通路（P<0.01），如癌症通路、脂质和动脉粥样硬化通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化通路等，大多与调节免疫性炎症和动脉粥样硬化有关。血脂四项检测结果显示，与模型组相比，药物组小鼠血清中胆固醇（TC）、甘油三酯（TG）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）水平显著下降（P<0.05），HDL-C升高（P>0.05）；HE染色结果显示，给药组主动脉斑块明显减少，脂质侵润减轻，泡沫细胞数量减少；ELISA检测结果显示，在药物作用下主动脉组织匀浆中炎症因子MCP-1、IL6、IL1B、TNF-α含量均显著降低（P<0.05）。【结论】五参顺脉汤可通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗动脉粥样硬化的作用，其活性成分槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、木犀草素可能通过作用于PTGS1、乙酰胆碱酯酶（ACHE）、腺苷（AR）等靶点产生炎性控制及免疫调节作用。