新疆早熟陆地棉SSR标记遗传多样性分析及指纹图谱构建

采用SSR分子标记对41份北疆地区早熟陆地棉品种进行遗传多样性分析,并构建其DNA指纹图谱。最终100对引物筛选出8对多态性较好引物,共检测50条带,其中多态性33条,多态性比率66%,每对引物平均扩增到6.25条条带。多态信息含量(PIC)为0.568 0~0.784 6,平均值为0.646 2。聚类分析表明,供试材料在遗传距离为0.42时可划分为3类,第3大类又可以划分为2大亚类,多数品种属于第3大类。利用其中7个特异性标记引物获得的数据构建供试材料的分子指纹图谱。新陆早系列在选育过程中亲本的来源较为广泛,遗传背景较复杂,获得的SSR分子指纹图谱能够用于新疆早熟陆地棉品种及相关材料的鉴定。     

新疆主栽骨干棉花品种指纹图谱构建及纯度鉴定

【目的】构建新疆主栽骨干棉花品种的指纹图谱,分析棉花品种纯度,为棉花品种提供分子鉴定依据。【方法】以典型代表性的新疆北疆早熟棉花主推骨干棉花品种为材料,利用SSR分子标记技术从1 000多对SSR引物中筛选出稳定性好、多态性高的25对核心引物构建指纹图谱,从核心引物中筛选10对引物作为标记,分析4个棉花品种的纯度。【结果】检测到等位基因数70个,每个标记检测到的等位基因数介于2~7个,平均2.8个;引物多态信息量(PIC)值介于0.169 0~0.872 9,平均值为0.688 3;利用4个特征引物将4个棉花品种一次性完全区分开,构建供试品种的指纹图谱;利用10对引物检测4个品种的纯度,新陆早6号纯度变化范围85%~100%,系62纯度变化范围95%~100%。【结论】构建了4个棉花品种的指纹图谱及鉴定纯度,系62号纯度最高,为99.5%,新陆早6号纯度最低,为92.0%。     

优良玉米杂交种金玉818指纹图谱构建及其纯度鉴定

为构建优良杂交玉米新品种金玉818的指纹图谱,筛选适用于该品种真实性和纯度鉴定的SSR引物,利用SSR分子标记技术构建指纹图谱,筛选引物对金玉818种子进行纯度鉴定,并对鉴定结果进行验证。结果表明:在40对标准SSR引物中筛选出25对多态性好、清晰稳定的引物构建金玉818指纹图谱,筛选出15对适用于该品种真实性和纯度鉴定的引物,其中最佳引物是bnlg16lk8、umc1125y3、umc1429y7、phi053k2、umc1147y4和bnlg2305k4;利用phi053k2、bnlg16lk8和umc1429y7鉴定金玉818种子的纯度分别为92.5%、92%和93.5%,引物间鉴定结果吻合度高,结果可靠。     

西南常用玉米自交系SSR指纹图谱构建

本文对西南地区目前在生产上正在使用的73份(次)玉米自交系进行了SSR分析。从96对引物中筛选到多态性较丰富的20对引物，利用其中的233、250、265、277、286、290等6个核心引物的指纹组合将供试自交系完全区分开来，构建了西南地区常用玉米自交系的DNA指纹图谱。实验表明。利用SSR技术进行玉米自交系鉴定是可行、有效的。     

基于SSR分子标记技术的长豇豆种子纯度快速鉴定技术

当前生产上应用的长豇豆品种众多,且商业品种间的遗传相似性愈来愈高,种子质量纠纷时有发生。本研究以44份核心长豇豆种质为试材,利用普通豇豆DNA序列信息,通过生物信息学方法自主设计开发适用于长豇豆研究的SSR引物,从中筛选出10对诊断性引物,在此基础上建立基于SSR分子标记技术的长豇豆种子纯度快速检测方法,可满足长豇豆种子产业化的需要。     

SSR分子标记技术在瓠瓜种子纯度快速鉴定中的应用

当前生产上应用的瓠瓜品种众多,且商业品种间的遗传相似性愈来愈高,种子质量纠纷时有发生。为提供一种快速、准确、可靠的瓠瓜种子纯度检测方法,本研究以44份瓠瓜种质为试材,通过高通量测序自主设计开发适用于瓠瓜研究的SSR引物,从中筛选出8对诊断性引物,在此基础上建立基于SSR分子标记技术的瓠瓜种子纯度快速检测方法。根据本方法建立的瓠瓜主栽品种标准DNA指纹可高效鉴别瓠瓜种子真伪及纯度,满足瓠瓜种子产业化健康发展的需要。     

20个花生品种的SSR标记指纹图谱构建

为了保护农民以及育种者的利益,发展稳定可靠的品种鉴定方法具有重要意义。对南方花生主产区20个品种进行了SSR标记指纹图谱研究,从64对SSR标记引物中筛选出4对构建了20个花生品种的指纹图谱,该图谱能使19个品种相互区分。     

玉米杂交种SSR标记纯度鉴定方法研究

以常规种子贮藏蛋白质电泳技术难以鉴定纯度的4个玉米杂交种、21个自交系和9对玉米SSR位点引物为材料,运用SSR分子标记技术分别筛选出适合这些不同杂交种纯度鉴定的SSR位点引物,建立了一套仪器设备要求相对较低、程序简单、较为快速地利用SSR标记进行玉米杂交种纯度鉴定的技术规程,并对利用SSR标记进行玉米杂交种纯度鉴定的可行性进行了分析。     

甜樱桃品种SSR指纹图谱的构建

采用SSR标记技术构建甜樱桃品种的分子指纹图谱,为甜樱桃品种鉴定提供依据。以“泰山朝阳”、“泰山红日”和“红南阳”等品种为试材,从38对引物中筛选出5对多态性及稳定性高的SSR引物进行PCR扩增。5对引物扩增出的多态性带数在10—15条,平均为12．6条;引物的多态信息量（PIC）在0．8347—0．9020,平均0．8708。依据甜樱桃SSR带型特征,对每对引物生成的不同带型直接编号,简化甜樱桃SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA指纹图谱。表明SSR标记技术可用于鉴定甜樱桃种质。     

杂交水稻种子SSR分子标记纯度鉴定

该研究优化了SDS的DNA提取方法,采用SSR分子标记技术建立了一种准确、稳定、快捷、规模化的杂交水稻种子纯度检测流程,为大规模杂交水稻种子纯度检测提供了高效简便的方法.     

利用SSR标记鉴定郑单958杂交一代种子纯度的研究

以郑单958玉米杂交种及其亲本和12对玉米SSR位点引物为材料,筛选出适合该杂交种纯度鉴定的SSR引物,并对利用嫩芽和干种子为材料提取DNA的效果进行了比较,建立了一套利用SSR标记技术快速、简便进行玉米杂交种纯度鉴定的技术规程。     

棉花纤维品质性状与SSR标记的关联分析

为了评价棉花资源的群体结构,利用65个SSR标记对81份栽培棉花材料进行扫描,分析了该资源的群体结构,并对8个棉纤维品质性状数据/基因型数据进行关联分析。结果表明,该群体分为两个亚群。关联分析发现,以两年表型平均值检测到18个位点与棉纤维品质性状相关,其中5个位点与两个以上（含两个）性状相关。在这18个位点中Satt8、Satt12、Satt35、Satt105和Satt109这5个位点同时与两年表型值显著关联。明确了由81份材料组成的自然群体的群体结构,并获得了18个与目标性状相关联的SSR位点,其中5个位点同时与两年表型值显著相关,为纤维品质性状的分子标记辅助选择提供依据。     

陆地棉芽黄基因应用于杂种棉的研究

为了检测棉花芽黄基因能否作为遗传标记基因用于杂种棉制种,在１９８９－１９９７年间,鉴定了芽黄基因对其转育系经济性状的可能影响,以及芽黄转育系与陆地棉推广品种杂交的Ｆ１,Ｆ２的产量优势。初步结果表明：（１）２６个供式陆地棉芽黄突变系中,ｖ１０,ｖ１５,ｖ２０对其轮回亲本的经济性太无不良影响,证明了上述３个芽黄基因有可能作为标记用于杂种棉制种;（２）６个芽黄转育系与陆地栽培品种的杂种组合,其Ｆ１及Ｆ２     

利用SSR标记鉴定玉米杂交种南校18号种子纯度

以南校18号玉米杂交种及其亲本自交系为材料,对胚芽和干种子的DNA进行提取,对24对SSR引物进行筛选,获得适合该杂交种纯度鉴定的SSR引物。结果表明,在快速检测中,从干种子胚提取DNA更加便捷、快速,无DNA降解,可用于PCR扩增反应;24对SSR引物中,有3对特异性引物6mmc0241、umc2025、phi323152可用于南校18号杂交种和亲本自交系的纯度鉴定。因此,应用SSR标记结合单籽粒DNA快速提取方法,可以快捷、准确地鉴定玉米杂交种种子纯度。     

茄子SSR多态性标记筛选及杂交种纯度鉴定

[目的]建立一套快速、准确、高效的茄子杂交种纯度鉴定方法,为其制种过程中除伪存真及大面积推广应用提供技术支持.[方法]挑选已公布的48对SSR引物对2个茄子杂交种15-16和1-7的亲本进行多态性标记筛选,选取有效引物对茄子杂交种进行纯度鉴定,并结合田间植株纯度鉴定,验证SSR分子标记纯度鉴定的有效性.[结果]在48对SSR引物中,有12对引物在杂交种15-16亲本材料中存在多态性,其多态性引物带型呈互补带型的有8对(SM14、SM15、SM17、SM20、SM29、SM30、SM34和SM45);有5对引物在杂交种1-7亲本材料中存在多态性,其多态性引物带型呈互补带型的有4对(SM15、SM20、SM24和SM29).分别选取2对呈互补带型的SSR引物进行杂交种纯度鉴定,结果显示杂交种15-16和1-7的纯度分别为99%和100%,与田间种植鉴定结果一致.[结论]采用SSR分子标记检测茄子杂交种纯度具有准确、高效的特点,可为茄子杂交制种过程中真假杂种鉴定提供技术支持.     

SSR标记技术在甘蓝型油菜杂交种纯度鉴定中的应用

利用简化的SSR标记技术对甘蓝型油菜杂交种丰油701、丰油730和湘杂油4号的制种样进行纯度分析,并将丰油701收获样各单株的SSR分析结果与其育性表现进行了比对.结果筛选了38对SSR引物,其中引物Na10-D09在3个品种的不育系与恢复系间的扩增片段大小均存在差异.种植鉴定和SSR鉴定的纯度比较分析表明,SSR技术得到的纯度鉴定结果较种植鉴定的结果更为可靠.     

番茄微卫星标记(SSR)反应体系的优化研究

利用番茄材料研究了番茄SSR技术中PCR体系的主要成分对SSR扩增结果的影响,并比较了采用聚丙烯酰胺凝胶和琼脂糖电泳检测扩增产物多态性的差异。结果表明:番茄SSR的反应程序为94℃预变性2min;94℃变性30s,50℃复性30s,68℃延伸30s,35个循环;最后72℃延伸8min为佳。反应体系中,模板DNA的适宜浓度为20～40ng,适宜的引物浓度为0.4μmol·L-1,dNTP的适宜浓度为200μmol·L-1,Mg2+的最适浓度范围为2.0mmol·L-1,Taq聚合酶在15μL反应体系中宜加入0.65U。PCR产物检测时聚丙烯酰胺凝胶的分辨率显著高于琼脂糖电泳。     

杂交稻种子纯度的SSR分子检测及应用研究

利用SSR标记构建了15份恢复系和11份不育系共26份籼型杂交水稻亲本的DNA指纹图谱,筛选出了冈优725和Ⅱ优838两个杂交种亲本的共显性SSR标记。同时对四川省6家种子企业生产的两个杂交水稻品种冈优725、Ⅱ优838及其亲本进行田间和SSR标记纯度鉴定。结果表明两种鉴定方法无显著差异,均可应用于种子纯度检测,但分子标记纯度检测的结果更准确、可靠。不同来源的种子纯度存在显著差异,6家种子企业提供的亲本及杂交种的纯度普遍较低,多数未达国家标准。     

基于黄地老虎转录组测序的SSR和SNP特征分析

【目的】基于黄地老虎转录组测序结果,对其SSR及SNP位点信息进行分析。【方法】对黄地老虎总RNA进行提取,使用Illumina平台对转录组进行测序,利用MISA和GATK软件分别对黄地老虎转录组的SSR和SNP位点特征信息进行分析。【结果】黄地老虎转录组数据库包含66 469条Unigene序列。利用MISA对Unigene序列进行搜索,得到SSR位点4 438个,分布于4 048条Unigene序列上,占总序列的6.09%。其中,以单碱基和三碱基重复为主,分别占总重复类型的54.73%和29.29%。A/T基元是黄地老虎SSR的优势基元。SSR基元包含4～24次重复,以5次重复（21.67%）为主。SSR位点序列长度为12～127 bp,包含3 493个中等多态性位点、820个高度多态性位点。利用GATK对Unigene序列SNP位点进行搜索,得到转换类型（237 619个）和颠换类型（133 529个）共371 148个。C/T占SNP位点总数的18.61%,比率最高;G/A位居其次（18.28%）,均属于转换类型。转换类型（64.02%）显著高于颠换类型（35.98%）。【结论...     

巴西橡胶树SSR反应体系的优化

以巴西橡胶树无性系针选2号为试验材料,对橡胶树SSR-PCR反应的5个主要因素:TaqDNA聚合酶、Mg2 、引物、DNA模板及dNTPs进行优化试验。筛选出了各反应因素的最佳水平,建立了橡胶树SSR-PCR最佳反应体系(20μl):TaqDNA聚合酶0.8U;Mg2 浓度为1.5mmol/L;引物浓度0.5μmol/L;模板DNA含量50ng;dNTPs浓度0.25mmol/L。并利用此反应体系,用引物1对14个巴西橡胶树品种进行SSR分析,8%的非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳检测显示不同品种间DNA谱带多态性丰富。结果证明,此反应体系是稳定可靠的。这为下一步进行的遗传多样性分析、指纹图谱构建等研究奠定基础。