鸡CAPN1基因3'-UTR多态性及其与肉质性状的关联分析

试验利用PCR-SSCP技术对寿光鸡CAPN1基因3'-UTR的多态性进行了检测,并进一步分析了其与肉质性状的相关性.结果显示,在寿光鸡群体中检测到AA、AB2种基因型,基因型频率分别为0.43、0.57,AB为优势基因型;A、B等位基因频率分别为0.715、0.285,A为优势等位基因;群体中未检测到BB基因型个体.经x2检验,群体处于Hardy-weinberg非平衡状态(P＜0.05).CAPN1基因3'-UTR的多态性对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量和胸肌剪切力有显著性影响(P＜0.05);对腿肌剪切力、失水率、胸肌蒸煮损失和腿肌蒸煮损失无显著性影响(P＞0.05).     

西门塔尔牛CS基因多态性与肉质性状的相关性分析

以柠檬酸合成酶基因（citrate synthetase,CS）为候选基因,分析了该基因外显子3的遗传多态性与西门塔尔牛肉质性状的相关关系。选用95头西门塔尔牛为试验材料,采用PCR-RFLP的方法对该基因的外显子多态性进行检测,并利用SPSS软件对该外显子多态性与肉质性状的相关性进行分析。结果表明：CS基因第三外显子第206bp处存在G/A突变,该基因多态性与脂肪颜色呈显著相关,AA型显著高于BB型。对其他性状的影响差异不显著。通过研究CS基因外显子的多态性,为西门塔尔牛利用该基因的多态性进行分子育种提供了试验依据。     

芦花鸡PRKAG3基因单核苷酸多态性及与肉质性状的相关性分析

为研究芦花鸡PRKAG3基因的多态性及与肉质性状相关性,采用PCR-SSCP方法检测PRKAG3基因外显子11的遗传多态性。结果检测到TT、TG和GG三种基因型,测序结果证实在2832位点存在T→G突变,为有意突变,统计分析表明,此多态位点与芦花鸡呈显著相关,pH值为GG基因型极显著低于TG基因型和TT基因型(P<0.01),而TG基因型显著低于TT基因型(P<0.05);其它肉质性状在不同基因型间差异不显著。此结果提示,PRKAG3基因对芦花鸡pH值具有较大的遗传效应,可以初步推断PRKAG3是控制这一性状的众多基因之一,可能是影响芦花鸡pH值的一个主效基因或与主效基因相连锁,可作为选育芦花鸡pH值的分子标记,用于标记辅助选择意义重大。     

CAPN1基因PCR-SSCP多态性对鸡肉质性状的影响

为了分析寿光鸡CAPN1基因的多态性与部分肉质性状的关系,试验采用PCR-SSCP方法对CAPN1基因外显子2,3及其侧翼序列进行多态性检测.结果表明:CE2引物扩增的座位在群体检测到3种基因型即AA型、AB型和BB型,基因型频率分别为0.531,0.327,0.143;CE3引物扩增的座位在群体也检测到3种基因型即C...     

PLIN基因多态性与秦川牛胴体、肉质性状的相关性研究

旨在研究PLIN基因第3、4外显子多态性与秦川牛部分产肉性状的关系。以相同饲养条件下18~24月龄的405头秦川牛为研究对象,利用PCR-SSCP方法和测序技术,对PLIN基因第3、4外显子进行SNPs位点检测,并将发现的SNPs位点与部分产肉性状进行关联性分析。结果,在第3外显子的156 bp处发生T→C突变,第4外显子的14 bp处发生C→T突变。方差分析表明:AB基因型个体的宰前活体质量、胴体质量、背膘厚和眼肌面积显著高于AA和BB基因型个体(P0.05),而且相对于AA基因型个体达到差异极显著水平(P0.01);DE基因型个体的胴体长、胴体胸深和背膘厚显著高于DD和EE基因型个体(P0.05),DD基因型个体的肌肉嫩度极显著高于EE和DE基因型个体(P0.01)。研究显示,PLIN基因单核苷酸多态性对秦川牛脂肪沉积有一定的影响,可作为影响胴体和肉质的候选基因,指导肉牛的育种工作。     

鸡CAPN1基因3′-UTR多态性及其与肉质性状的关联分析

试验利用PCR-SSCP技术对寿光鸡CAPN1基因3′-UTR的多态性进行了检测,并进一步分析了其与肉质性状的相关性。结果显示,在寿光鸡群体中检测到AA、AB 2种基因型,基因型频率分别为0.43、0.57,AB为优势基因型;A、B等位基因频率分别为0.715、0.285,A为优势等位基因;群体中未检测到BB基因型个体。经χ2检验,群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P0.05)。CAPN1基因3′-UTR的多态性对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量和胸肌剪切力有显著性影响(P0.05);对腿肌剪切力、失水率、胸肌蒸煮损失和腿肌蒸煮损失无显著性影响(P0.05)。     

松辽黑猪L-FABP基因外显子2多态性及与肉质性状的相关性分析

以松辽黑猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测了肝脏脂肪酸结合蛋白(L-FABP)基因外显子2的多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关性分析.结果表明,在外显子2发现多态性位点,有AA、AT和TT三种基因型;测序发现在1760 bp处存在T→A的碱基突变.并导致了苯丙氨酸变为亮氨酸;该位点的多态性对松辽黑猪的大理石纹和IMF含量均有显著影响(P<0.05),大理石纹为AA型显著高于TT型(P<0.05),AT型与AA型,AT型与TT型之间差异均不显著(P>0.05);IMF含量为AA型和AT型显著高于TT型(P<0.05),AA型和AT型之间差异不显著(P>0.05);其他内质性状的不同基因型之间差异不显著(P>0.05).因此推断L-FABP基因可能是影响猪肉质性状的主效基因或是与影响肉质性状的QTL连锁的基因.     

延边黄牛PRKAG3基因多态性及其与肉质性状的相关分析

采用PCR-SSCP方法对120头延边黄牛PRKAG3基因的多态性进行检测,共发现C6529T、T6605C、A6608G和G6685A4个SNPs;单倍型分析产生4种单倍型H1(CCGA)、H2(CCGG)、H3(TCGA)、H4(TCGG),其中H1为优势单倍型,其频率为0.590。结果表明:单倍型H3与蒸煮损失存在负相关(P0.05);单倍型H1与pH1、pH24呈正相关(P0.05),与L*24值负相关(P0.05);单倍型H4与油酸存在负相关(P0.05),与谷氨酸、丝氨酸、苏氨酸、精氨酸、丙氨酸和脯氨酸存在正相关(P0.05)。     

延边黄牛骨骼肌特异性钙蛋白酶基因多态性及其与肉质性状关系的研究

Calpain3(CAPN3)在肌肉组织中特异表达,其多态位点与畜禽诸多生产性状相关。本研究采用PCR-SSCP方法,设计2对基因特异性引物CAPN3-1、CAPN3-3,对96头延边黄牛CAPN3基因进行了SNPs检测,并将其与部分肉质性状进行了方差分析。试验结果显示,分别在CAPN3基因54982bp处发现A→G突变,56094bp处发现G→A突变。方差分析结果表明,2个位点中各个基因型与肉质嫩度、蒸煮损失均无显著相关性,CAPN3-3片段BB基因型仅在第3天时的pH显著高于AA纯合型个体(P0.05)。2个位点与肉质色度方差分析结果显示,2个位点中各个基因型黄色度呈显著相关(P0.05),与肉色中其他色度无相关性。CAPN3-1位点处,BB基因型较AA、AB基因型具有更高的黄色度值,此规律并不随时间的延续而改变,而在CAPN3-3位点处则无此规律。     

草原红牛CAPN1基因第5外显子多态性与肉质性状的相关研究

本研究以草原红牛为研究对象，对CAPN1基因的第5外显子进行SNP分析，发现第5外显子存在A3717G突变，同时与肉质性状进行相关分析发现其与pH及嫩度相关。这将为系统的研究草原红牛以及其他肉牛品种的肉质特性提供分子生物学依据。     

鸡钙蛋白酶抑制蛋白基因多态性及其与肉质性状的相关性

为探讨钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)基因作为影响鸡肉质性状候选基因的可能性,本研究以8个优质鸡新品系为试验材料,采用PCR-SSCP方法对CAST基因的部分编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果发现了CAST基因1个多态性位点(G→T),使试验鸡群表现出AA、BB和AB这3种基因型。利用SAS(8.01)软件统计分析了3种基因型与优质鸡肉质性状的相关性,结果表明,CAST基因的多态性对鸡肌内脂肪含量、肌纤维密度和直径有显著的影响(P0.05),对其他肉质性状无显著影响(P0.05);推测CAST基因可能对鸡肉质性状具有很大的影响或与控制肉质性状的主基因连锁。     

牛MC4R基因多态性与体尺性状的相关分析

以西门塔尔牛、日本和牛、皖东黄牛、皖南牛和广丰牛为试验对象,利用PCR-RLFP技术检测牛MC4R基因1069C〉G的遗传突变,并采用SPSS软件分析MC4R基因的遗传多态性与牛体尺性状的关系。结果表明,该位点所对应不同基因型的个体,其体斜长在西门塔尔牛群体中存在显著差异,体斜长和胸围在皖东黄牛群体中存在显著差异。因此可以把MC4R基因作为肉牛生长发育的辅助选择的分子标记。     

Study on association of single nucleotide polymorphism of CAPN1 gene with muscle fibre and carcass traits in quality chicken populations

This study was aimed at investigating the effect of the calpain 1 (CAPN1) gene on carcass and meat quality traits in eight meat-type chicken populations, including five pure lines (developed from Chinese local breeds) and three cross-breeds. Primer pairs for the Coding Sequence (CDS) region in CAPN1 were designed from the chicken genomic sequence database. Polymorphisms were detected by polymerase chain reaction (PCR)-Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP) and DNA sequencing. Three single nucleotide polymorphisms (SNP; C2546T, G3535A and C7198A) were detected among individuals in each population. The associations of their haplotypes (H1 = CGA, H2 = CGC, H3 = CAA, H4 = CAC, H5 = TGA and H7 = TAA) with chicken breast muscle fibre and carcass traits were analysed. Results showed that the haplotypes were associated with live weight (LW), carcass weight (CW), breast muscle weight (BMW) and leg muscle weight (LMW) (p < 0.05), and were also related to eviscerated percentage (%EP) and breast muscle fibre density (p < 0.01). H1H3 haplotype was dominant for LW, CW and BMW; H1H5 haplotype was dominant for EP; H3H4 haplotype was dominant for LMW and H1H1 haplotype was dominant for BFD. It was concluded that the CAPN1 gene may be a major gene affecting meat quality traits of chicken or it is linked with the major gene. H1H3, H1H5 and H3H4 were the most advantageous haplotypes for carcass traits whereas H1H1 was the positive haplotype for breast muscle fibre trait.     

早胜牛A-FABP基因SNPs与胴体品质和肉质性状的关系

为研究早胜牛（Bos taurus）A-FABP基因多态性与胴体品质和肉质性状的相关性,采用PCR-SSCP方法对5个早胜牛群体（庆阳群体、平凉群体、南德温与庆阳杂种群体、西门塔尔与平凉杂种群体、秦川与平凉杂种群体）A-FABP基因型进行了测定,并分析其多态性与胴体品质和肉质性状的相关性。结果表明,A-FABP基因第2外显子区c.280AG,并检测到3种基因型AA、AG和GG。对屠宰后胴体和肉质性状相关分析表明,基因型AG屠宰率极显著高于AA（P0.01）,而净肉率GG极显著高于AA（P0.01）;基因型AG剪切力显著低于AA（P0.05）。由此认为A-FABP基因突变位点可作为早胜牛胴体性状和肉质性状遗传标记。     

黔北麻羊FABP3基因多态性及其与生长性状的相关性研究

旨在探究脂肪酸结合蛋白(FABP3)基因在黔北麻羊中的遗传多态性,进一步揭示FABP3基因与黔北麻羊生长性状间的关联性,为今后运用分子标记辅助育种方法提高黔北麻羊的生长性状提供理论依据。本研究以120只6月龄黔北麻羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术检测FABP3基因全部外显子区的遗传多态性,并与体重、体高、体斜长、胸围、管围等生长性状进行关联性分析。结果:在黔北麻羊FABP3基因第5外显子和3′非翻译区筛选出2个SNPs位点,分别为g.13665051C>T和g.13664737G>A,其中g.13665051C>T位点为同义突变,产生3种基因型:CC、CT和TT,g.13664737G>A位点产生3种基因型:GG、AG和AA,卡方(χ²)检验结果显示,这2个SNPs位点处于中度多态且在黔北麻羊群体中均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联分析显示,g.13665051C>T位点中CT基因型个体的体高、体斜长、胸宽和管围显著高于CC和TT基因型个体(P<0.05);CT基因型个体的胸深、胸围显著...     

Association of ADSL gene polymorphisms with meat quality and carcass traits in domestic pigeons (Columba livia)

ABSTRACT

1. Adenylosuccinate lyase (ADSL) plays an important role in the synthesis of inosine monophosphate (IMP). In this trial, a total of 200 pigeons were sampled and slaughtered. Seven meat quality traits and 11 carcass traits were measured. DNA sequencing was used to detect nucleotide mutations, and associations between ADSL gene polymorphisms and meat quality and carcass traits were analysed.

2. Sequencing results showed that 9 nucleotide mutations were found in the exons of the ADSL gene. All the mutations were synonymous except C13065G, which caused a change in amino acids (Ser to Arg). In addition, two of the detected single nucleotide polymorphisms (SNPs) had significant associations with meat quality and carcass traits.

3. For the C13065G SNP located in exon11, the IMP content of breast muscle in AA and AB genotype was higher than in the BB genotype (P < 0.01). The SNP G10696A located in exon10 was significantly associated with carcass rate, in which AA and AB genotype were higher than the BB genotype (P < 0.01).

4. The results indicated that the ADSL gene has a close association with meat quality and carcass traits in domestic pigeons, and G10696A and C13065G SNPs could be applied as genetic markers in molecular marker-assisted breeding of pigeons.     

钙蛋白酶3(CAPN3)基因多态性与牛胴体性状的关联分析

为了探讨钙蛋白酶3(Calpain3,CAPN3)基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记,对CAPN3基因的5′端区域进行SNPs检测,分析不同基因型在不同品种或者组合群体间的分布规律。利用测序和PCR-RFLP的方法进行SNPs检测和基因型分析,计算等位基因频率、各位点多态信息含量。结果发现,2546位处发生点突变C→T。各位点的3种基因型与牛生产性状的最小二乘分析结果表明,AB与BB基因型个体在胴体质量指标上存在显著差异(P0.05)。初步推断CAPN3基因可能是影响牛肉质性状潜在的主效基因或与主效基因连锁,并且这个位点具有成为分子标记的潜在可能。     

肉牛生长性状和肉质性状全基因组关联分析的研究进展

全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)是研究家畜复杂经济性状和疾病遗传变异的有效方法,GWAS的核心是挖掘遗传变异与目标表型性状间的关系.随着牛全基因组测序工作完成,海量单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点被标记...