西农莎能奶山羊和波尔山羊GDF9基因多态性与产羔数的相关分析

为了研究西农萨能奶山羊和波尔山羊生长分化因子9(GDF9)基因遗传多态性及其与产羔数和生长体重的相关性。根据绵羊GDF9基因序列设计4对引物,采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数和生长体重的关系。所研究的西农萨能奶山羊群体和波尔山羊群体P1扩增片段存在多态性,分别定义为AA、AG和GG3种基因型;P2、P3和P4扩增片段均不存在多态性,只出现一种带型。通过测序发现:GG型与AA型相比在外显子2的792 bp处有1个G→A的单碱基突变,结果导致第396位氨基酸由缬氨酸变为异亮氨酸。在西农莎能奶山羊群体中,AA基因型产羔数最小二乘均值均极显著高于AG基因型和GG基因型;AG基因型显著高于GG基因型。此外,在西农莎能奶山羊中还发现AA基因型的个体各个生长阶段的体重和GG型和AG型的相比差异均不显著。在波尔山羊群体中,AA基因型产羔数最小二乘均值均极显著高于AG基因型和GG基因型,AG基因型的高于GG型,但没达到显著水平。结果表明,GDF9基因对西农莎能奶山羊和波尔山羊的产羔数均有显著影响,因此认为GDF9基因外显子2第792 bp处G→A的突变可作为西农莎能奶山羊和波尔山羊多胎性状的有效分子标记。     

PRLR基因外显子10多态性与西农萨能奶山羊产奶性能的相关分析

设计4对引物,采用PCR—SSCP技术检测催乳素受体（PRLR）基因外显子10在西农萨能奶山羊群上的单核苷酸多态性,同时研究该基因对其产奶性能的影响。结果表明：引物P2、P3与P4扩增片段具有多态性,P1的扩增片段不存在多态性。应用P2扩增片段,在西农萨能奶山羊中仅检测到AA和AB基因型,纯化测序表明AA与AB基因型相比有2处突变,C27T的突变没有导致氨基酸变化,第189处的碱基缺失导致氨基酸由组氨酸变为酪氨酸和苏氨酸。AA和AB基因型之间产奶量的最小二乘均值差异显著（P〈0．05）,AA基因型在各胎次产奶量和平均产奶量等指标上均高于AB基因型,其中第3胎的产奶量达到显著水平（P〈0．05）;应用R扩增片段,在西农萨能奶山羊中检测到3种基因型（CC、CD、DD）,纯化测序表明CC与DD基因型相比有2处突变（C103A和T106C）,分别导致氨基酸由赖氨酸变为苏氨酸、苏氨酸变为异亮氨酸;3种基因型之间产奶量的最小二乘均值差异不显著（P〉0．05）。应用P。扩增片段,在西农萨能奶山羊中也只检测到EE和EF基因型,纯化测序表明EE与EF基因型相比有1处突变（A114G）,该突变导致氨基酸由蛋氨酸变为缬氨酸;EE和EF基因型之间产奶量差异显著（P〈0．05）。EE基因型的个体各胎次产奶量均比EF型高,其中在第3、4胎产奶量和前4胎平均产奶量3项指标上都达到显著水平（P〈0．05）。研究结果提示：PRLR基因对奶山羊产奶量有显著影响,因此认为PRLR基因外显子10位点可作为奶山羊高产奶量的标记辅助选择的有效分子标记。     

促黄体素β基因多态性及其与济宁青山羊产羔数的关系

为了解促黄体素β基因多态性与济宁青山羊产羔数的关系,采用PCR-SSCP技术检测促黄体素v亚基(Luteinizing hormone beta-subunit,LHβ)基因5'调控区和3个外显子在高繁殖力(济宁青山羊)、中等繁殖力(波尔山羊)和低繁殖力山羊品种(辽宁绒山羊和安哥拉山羊)中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响.结果表明:山羊与绵羊的LHB基因核苷酸序列相似性为98%.6对引物中,仅引物P1和P5扩增片段存在多态性.对于P1扩增片段,在4个山羊品种中均检测到AA、AB和BB 3种基因型;测序分析发现BB与AA基因型相比在5'调控区存在2处突变202C→A和210C→T;济宁青山羊3种基因型之间产羔数差异均不显著(P>0.05).对于P5扩增片段,在济宁青山羊中检测到CC、CD和DD 3种基因型,辽宁绒山羊中检测到CC和CD2种基因型,波尔山羊和安哥拉山羊中都只检测到CC基因型;测序分析发现DD与CC基因型相比在外显子2存在单碱基突变1124C→T;济宁青山羊CC、CD和DD基因型频率分别为0.38、0.44和0.18;DD和CD基因型济宁青山羊平均产羔数分别比CC基因型的多0.99(P<0.01)和0.87只(P<0.01).济宁青山羊在P1、P5两个座位上都处于哈迪-温伯格平衡状态(P1座位:X2=1.66,P=0.437;P5座位:X2=1.22,P=0.544).     

云上黑山羊28号染色体上3个SNPs位点多态性与产羔数性状的关联分析

为验证和挖掘山羊产羔性状的分子标记和主效基因,选取前期研究获得的位于云上黑山羊28号染色体上3个与产羔数性状存在潜在关联的SNPs位点（rs268286450、rs268286391和rs268244272）,采用MassARRAY飞行质谱列阵技术对541个云上黑山羊DNA样本进行SNP分型,并结合其产羔数进行关联分析。结果显示,3个SNPs位点均存在多态性,rs268286450位点在28号染色体第28 498 787 bp处发生C→T碱基突变,rs268286391位点在28号染色体第30 971 277 bp处发生A→C碱基突变,rs268244272位点在28号染色体第2 707 491 bp处发生T→C碱基突变,3个位点多态信息含量（PIC）分别为0.36、0.32和0.21;rs268286450和rs268286391位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P<0.01）,而rs268244272位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;rs268244272位点存在3种基因型CC、TT和TC,TT基因型频率为0.75,为野生基因型,TC基因型频率为0.22,为突变基因型,3种基因型最小二乘均值比较显示,TC基因型产羔数最小二乘均值与TT基因型差异极显著（P<0.01）,与CC基因型差异不显著（P>0.05）,TT与CC基因型产羔数最小二乘均值差异也不显著（P>0.05）,TC基因型云上黑山羊产羔数上调。关联分析结果显示,rs268286450和rs268286391位点多态性与云上黑山羊产羔数关联不显著（P>0.05）,rs268244272位点多态性与产羔数性状存在显著相关（P<0.05）。综上,云上黑山羊28号染色体上rs268244272位点多态性与产羔数性状显著相关,可作为云上黑山羊产羔数性状的分子标记在其高繁品系选育中加以应用。     

2个山羊品种多胎性状的微卫星标记研究

根据比较基因组学原理,选择与绵羊高繁殖力紧密关联的4个微卫星标记OarAE101、OarHH55、BM1329、BMS2508,分析其在波尔山羊和西农莎能奶山羊中的多态性分布情况。结果表明,4个微卫星标记在波尔山羊中的多态信息含量（PIC）分别为0.834 0、0.722 2、0.802 1、0.685 5,有效等位基因数（Ne）分别为6.719、4.098、5.610、3.542;在莎能奶山羊中的PIC分别为0.765 5、0.738 7、0.670 1、0.682 0,Ne分别为4.849、4.360、3.520、3.609。4个微卫星基因座对波尔山羊和莎能奶山羊的产羔数效应分析表明,在波尔山羊群体中,OarAE101基因座126 bp等位基因对产羔数具有正效应,而134 bp则呈负效应;OarHH55基因座120和124 bp等位基因对产羔数具有正效应,而130 bp/140 bp基因型则呈负效应;BM1329基因座185 bp等位基因对产羔数具有正效应,而176 bp等位基因和215 bp/240 bp基因型均呈负效应;BMS2508基因座118 bp等位基因对产羔数具有正效应,而122 bp/141 bp基因型和148 bp等位基因均呈负效应。在西农莎能奶山羊群体中,OarAE101基因座108 bp等位基因和114 bp/126 bp基因型对产羔数均呈正效应,而124 bp等位基因则呈负效应;OarHH55基因座120 bp等位基因对产羔数呈正效应,而150 bp/165 bp基因型呈负效应;BM1329基因座185 bp等位基因对产羔数呈正效应,而176 bp等位基因和215 bp/240 bp基因型则均呈负效应;BMS2508基因座118 bp等位基因对产羔数呈正效应,而141 bp等位基因和153 bp/160 bp基因型均呈负效应。     

促性腺激素释放激素受体(GnRHR)基因多态性及其与山羊产羔数的相关性分析

本研究采用候选基因法对与繁殖性能有关的遗传标记进行筛选,旨在为山羊高产仔数的标记辅助选择提供确切的遗传依据。参考牛的促性腺激素释放激素受体(Gonadotropin releasing hormone receptor,GnRHR)基因序列设计4对引物,采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术检测GnRHR基因在波尔山羊以及我国西南地区9个地方山羊品种中的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP),同时在川东白山羊、古蔺马羊和贵州白山羊3个群体中研究该基因多态性与山羊产仔数之间的相关性。结果显示,4对引物中只有引物P1扩增片段检测出多态性。对于P1的扩增片段,在不同的山羊品种中检测到AA、GG和AG 3种基因型,测序分析表明GG与AA型相比有一处单碱基突变(154G→A)。AA基因型个体在3个群体中产羔数最小二乘均值都显著高于GG和AG基因型个体(P<0.05),GA基因型个体在古蔺马羊中的产羔数显著高于GG型个体(P<0.05),而在其它2个品种中差异不显著(P>0.05)。本研究结果初步表明山羊GnRHR基因的突变与其繁殖性能有关,可能是影响山羊繁殖率的一个因素。     

大白猪BMPR-ⅠB基因多态性及其与繁殖性状的相关性研究

试验旨在研究不同品系大白猪骨形态发生蛋白受体ⅠB(bone morphogenetic protein receptor-ⅠB,BMPR-ⅠB)基因多态性及其与繁殖性状的相关性。采用Hi-SNP中高通量基因分型技术对BMPR-ⅠB基因多态位点进行分型,利用SPSS统计软件,采用最小二乘法将各位点不同基因型与总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形头数进行相关性分析。结果显示,不同品系大白猪在BMPR-ⅠB基因746AG和852GA位点均未检测到多态性,804GC位点上均表现为GG基因型为优势基因型,G为优势等位基因;960CT位点在美系大白猪中以CC基因型频率较高,而在英系大白猪中以TT基因型频率较高,在加系大白猪中CT基因型频率较高,3个不同品系大白猪群体在804GC和960CT位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。804GC位点在3个不同品系大白猪中对总产仔数、产活仔数、死胎数、畸形数等繁殖性状均无显著影响(P0.05)。960CT位点在美系大白猪群体中TT基因型死胎数极显著低于CC基因型1.027头(P0.01);英系大白猪群体中TT基因型总产仔数显著高于CC基因型1.976头(P0.05),极显著高于CT基因型2.118头(P0.01);加系大白猪中TT基因型产活仔数显著高于CC基因型0.886头(P0.05),死胎数、畸形头数显著低于CC基因型0.707和0.337头(P0.05)。960CT位点中TT基因型可作为3个不同品系大白猪繁殖性状的标记基因型。     

山羊乳中上皮黏蛋白MUC1遗传多态性与产羔数的相关性研究

采用SDS-PAGE法分析9个山羊群体乳中上皮黏蛋白MUC1遗传多态性,并通过构建的线性模型,采用最小二乘法分析乳MUC1位点遗传多态性与产羔数的相关性。结果表明:(1)9个山羊群体中,乳MUC1在SDS-PAGE上均呈现出了丰富的遗传多态性,表现为1条或2条迁移率不同的区带,317个个体共检测到7个不同分子质量的MUC1区带,分别代表A、B、C、D、E、F、G7个等位基因,共有17种基因型。(2)乳MUC1位点对山羊产羔数的影响达到显著水平(P<0.05);基因型为CC、EE和FF的个体产羔数的最小二乘均值显著大于基因型为BB、BD和CF的个体最小二乘均值(P<0.05)。因此,说明山羊乳MUC1遗传多态性有望作为产羔数的有效遗传标记。     

奶牛PRL基因CRS-PCR多态性与产奶性状的关联分析

采用CRS-RFLP技术对中国荷斯坦牛PRL基因第4外显子C8377G位点及第4内含子T8510C位点进行单核苷酸多态性分析。最小二乘分析表明：在8377位点GG基因型个体产奶量最小二乘均值显著高于CC基因型（P〈0.05）,GC基因型个体乳蛋白率最小二乘均值显著高于CC基因型（P〈0.05）;在8510位点CC基因型个体产奶量最小二乘均值显著高于TT基因型（P〈0.05）。     

TGF-β1基因多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为研究波尔山羊和陕南白山羊转化生长因子β1(TGF-β1)基因遗传多态性及其与产羔数的相关性,根据绵羊TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子1和内含子2的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系.结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第2内含子(P2)存在多态位点,分别定义为MM、LM和LL基因型.MM型与LL型相比在内含子2的790bp处碱基发生G→C的突变.多态位点均以L为优势等位基因,基因频率分别为0.540和0.659,在波尔山羊的3～4胎和平均产羔数中,MM型个体的产羔数显著高于LM和LL型个体(P＜0.05);LM型个体的第2胎产羔数显著高于LL型个体(P＜0.05);在陕南白山羊的2～4胎和平均产羔数中,MM型个体显著高于LM和LL型个体(P＜0.05),TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因.     

微卫星DNA标记在三个山羊品种中的遗传多态性研究

利用四个微卫星标记对波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数和杂合度进行了遗传检测。结果表明：四个微卫星位点在波尔山羊、太行山羊和河北奶山羊三个品种中存在多态性。可以用于山羊遗传多样性的评估；位点OarFCB11变异最大，位点MCM38变异最小，从不同品种来看，太行山羊的遗传变异程度最大，而波尔山羊的遗传变异程度相对较小。     

自贡黑山羊品种选育报告

通过对自贡黑山羊4年的品种选育,建立了核心群、基础群和扩繁群三级繁育体系。选育结果表明自贡黑山羊外貌特征一致,具有优良的生产性能,早期生长快、产肉力高、性成熟早、繁殖力高;性能测定表明自贡黑山羊能将典型的优良性状稳定地遗传给后代。通过PCR—RELP技术对自贡黑山羊GOLA—DRB3基因(山羊主要组织相容性复合体)多态性的研究,表明自贡黑山羊GOLA—DRB3基因第二外显子具有独特的遗传特性,与金堂黑山羊、乐至黑山羊、成都麻羊的亲缘关系远．是一个独立的品种类群。     

江苏地方山羊品种H-FABP基因的SNPs检测及群体遗传学分析

采用PCR-SSCP和DNA测序技术对2个江苏地方山羊品种的心脏型脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid binding protein,H-FABP)基因进行单核苷酸多态性(SNP)检测和群体遗传学分析。结果表明,在所扩增的片段中,仅在H-FABP基因外显子2的第132位检测到G/C碱基突变,形成GG和GC基因型,2个山羊群体均是纯合GG基因型占主导优势,且该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态;黄淮山羊群体的杂合度、有效等位基因数和多态信息含量指标均高于长江三角洲白山羊群体,表明其群体内的遗传变异程度相对较大、遗传多样性也更为丰富。     

中国6个山羊群体微卫星标记的遗传多样性分析

利用30个微卫星座位，对中国6个群体山羊（阿尔巴斯、二狼山、乌珠穆沁、阿拉善、辽宁绒山羊和陕南白山羊），共计240个个体的遗传多样性进行了分析。计算了各群体的等位基因频率，并以其为基础获得了各群体的平均杂合度（He）、平均多态信息含量（PIC）和平均有效等位基因数（Ne），分别为0．367～0．467、0．533～0．639、2．571～4．915。分析了群体内和群体间的遗传变异，并根据遗传距离，进行了NJ聚类，结果将6个山羊群体分为两大类。为进一步对山羊品种的保存和利用提供科学的依据。     

利用微卫星标记对7个山羊品种的遗传多样性研究

为了研究小香羊与相邻产区山羊品种之间的亲缘关系,利用7个微卫星位点,以波尔山羊为对照,对中国6个山羊群体进行了遗传检测,计算了各品种群体的等位基因频率、平均杂合度(He)、平均多态信息含量(PIC)和平均有效等位基因数(Ne),同时分析了各品种群体内和群体间的遗传变异,并根据遗传距离进行了NJ聚类。结果表明,各群体的He、PIC、Ne分别为0.778~0.823、0.766~0.809、4.707~5.767;川东黑山羊和川东白山羊聚为一类,乌羊和南江黄羊聚为一类,其次是马头山羊、小香羊,最后是波尔山羊。微卫星标记分析结果与它们的地理分布及品种形成相一致。     

Comparison of casein haplotypes between two geographically distant European dairy goat breeds.

The aim of this paper was to characterize the diversity among haplotypes based on 22 single nucleotide polymorphisms (SNPs) and one deletion within four casein genes in two geographically distant goat populations, the Sicilian Girgentana breed and the Norwegian goat breed. Forty Girgentana goats were genotyped for the aforementioned polymorphisms and the resulting data set was compared with 436 goats from the Norwegian population previously genotyped for these markers. Several casein gene polymorphisms were not in Hardy-Weinberg equilibrium either in Girgentana, or in the Norwegian breed. The SNP haplotype frequencies for the four casein genes were calculated and despite the large geographical distance and phenotypic divergence between these breeds, a proportion of casein loci haplotypes were found to be identical between both Norwegian and Girgentana goats. However, for the CSN2 gene there were no common haplotypes between the two populations. The level of linkage disequilibrium between the casein genes was less in the Girgentana population than in the Norwegian population.     

Polymorphism of caprine milk alphas1-casein in relation to performance of four Polish goat breeds

Polymorphism of goat milk alphas1-casein was determined and potential relations between genetic variants of this protein fraction and goat performance were evaluated. The investigations were performed on 598 goats assigned to of 4 breed groups (White improved 254 units, Coloured improved--124, White non-improved--146 and Coloured non-improved--74). For each goat, alphas1-casein polymorphism was determined in polyacrylamide gel by the PAGE-SDS method and percentage of milk alphas1-casein and gene frequency established. There was evaluated goat performance at successive lactations. In the goat population investigated, AA, AB, BB, AE, BE and EE alphas1-casein genotypes were identified. In all four breeds, alphas1-casein genotype EE clearly predominated (27.2-39.2%), recognized as "medium" and its share was higher in the groups of non-improved goats. It was conditioned by high frequency of gene E alphas1-casein (0.419-0.622). Generally, EE genotype percentage was higher in the non-improved goat groups. The improved goats, though, obtained higher productivity in each of the lactation studied. Analysis of relationships between alphas1-casein genetic variants and goats performance confirmed a significant influence on milk, protein and fat yields only in the Coloured improved goat group. There was revealed a more general tendency indicating a significant impact of "strong" alphas1-casein genotypes on a concentration of basic milk components, i.e. fat and protein, especially casein. In a group of goats producing milk of the highest casein content (over 2.4%) and protein (over 3.0%), the animals showing "strong" alphas1-casein variants dominated (85 and 70 %).     

D‐loop sequence mitochondrial DNA variability of Sarda goat and other goat breeds and populations reared in the Mediterranean area

To provide useful knowledge on goat breed origin and history, we studied the mitochondrial DNA (mtDNA) of 69 goats from five different breeds, Camosciata delle Alpi, Maltese, Nubian, Saanen and Sarda, and one population, the Tunisian. All goats analysed displayed a moderate haplotype and nucleotide diversity. The highest was in the Sarda – the autochthonous breed reared in Sardinia. On the basis of mtDNA control region sequences, animals showed a high genetic haplotype diversity, 35 haplotypes were each represented by a single sequence and only a few haplotypes were shared among the animals. New haplotypes of goats reared in the Mediterranean area were identified and the majority of Italian goats belonged to haplogroup A. This result confirmed worldwide distribution and diversity of haplogroup A.     

波尔山羊和山西省地方山羊品种微卫星DNA多态性分析及群体间杂种优势预测

（方法）利用5个微卫星标记对山西省5个山羊品种遗传多态性进行分析,（目的）以预测波尔山羊与地方山羊品种的杂种优势,为山西省肉用山羊新品种培育及波尔山羊在山西省合理杂交利用提供理论依据。（结果）5个山羊品种共检测到70．0个等位基因,各位点的等位基因数在9．0～21．0之间;经群体遗传统计分析,5个山羊品种平均有效等位基因数4．94～6．05个,平均多态信息含量0．7053～0．7982,平均基因杂合度0．7592～0．8316。5个山羊品种间遗传分化系数0．0607;波尔山羊与吕梁黑山羊的标准遗传距离最大（0．5083）,其余依次为阳城白山羊（0．4474）、洪洞奶山羊（0．4332）、黎城大青羊（0．3301）。（结论）5个微卫星位点均为高度多态位点,可用于5个山羊品种遗传多样性评估;5个山羊品种在5个微卫星位点多态性丰富,遗传变异大,品种间遗传分化小。据品种间遗传距离推测,波尔山羊与吕梁黑山羊的杂种优势最大,与阳城白山羊和洪洞奶山羊的杂种优势次之,与黎城大青羊的杂种优势最小。     

自贡黑山羊产肉性能研究

对自贡黑山羊4月龄、6月龄、12月龄和成年羊进行了屠宰测定。4月龄羯羊的屠宰率、净肉率分别为47％、34％;6月龄自贡黑山羊公羊、母羊和羯羊的屠宰率、净肉率分别为45．43％、34．17％,47．13％、35．04％,47．60％、35％。12月龄自贡黑山羊公羊、母羊和羯羊的屠宰率、净肉率分别为48.11％、37．53％,47.27％、36．53％,48％、38.47％。成年自贡黑山羊公羊、母羊的屠宰率、净肉率分别为49．4％、38．2％,45.6％、35．9％。比较分析,表明自贡黑山羊早期产肉性能高于国内其它中小型山羊品种。