沙门菌肠毒素基因克隆及序列分析

研究常见的不同血清型沙门菌肠毒素(stn)基因核苷酸序列之间的差异及其分布情况。根据沙门菌的stn核苷酸序列设计一对引物,应用PCR技术,分别对肠炎沙门菌、鼠伤寒沙门菌和鸡白痢沙门菌进行PCR扩增,对扩增产物进行克隆及序列分析,并用所设计的引物检测7种血清型沙门菌(42株)。结果显示,3种沙门菌经PCR均扩增出749 bp的特异条带,DNA序列分析证实,沙门菌的stn核苷酸序列比较保守,42株沙门菌stn的检出率为100%。本试验成功克隆出沙门菌的stn,调查其在不同血清型沙门菌中的分布及序列分析,为进一步研究stn致病机理及研制减毒沙门菌活菌疫苗奠定了基础。     

鸡白痢与鸡伤寒沙门菌双重PCR方法的建立和初步应用

分析不同血清型/生物型沙门菌全基因组序列筛选出鸡白痢和鸡伤寒沙门菌特异性基因组序列,设计两对引物,建立双重PCR方法鉴别检测鸡白痢和鸡伤寒沙门菌不同生物型,并进行初步的临床应用。双重PCR方法结果显示,鸡白痢沙门菌显示417 bp条带,鸡伤寒沙门菌显示417 bp和636 bp两个条带,而阴性对照未出现条带,与预期设计相符。双重PCR体系对56株不同血清型沙门菌鉴定结果与细菌学分离的血清型鉴定结果完全一致,说明本试验建立的双重PCR体系特异性良好,应用上述方法检测鸡场疑似20份临床样本,结果发现8株鸡白痢沙门菌阳性,1株鸡伤寒沙门菌阳性。上述结果表明,已建立双重PCR方法特异性检测鸡白痢和鸡伤寒沙门菌。本试验为鸡白痢和鸡伤寒不同生物型沙门菌的检测提供了一种简洁、敏感、特异的新方法。     

进口鱼粉和肉骨粉病原性沙门菌的分离鉴定及其16SrRNA序列的同源性分析

从进口的17批饲料用鱼粉、肉骨粉样品中分离得到4株细菌，采用生化和血清学方法鉴定，提取其DNA，用细茵16SrRNA基因通用引物进行PCR扩增，并对PCR扩增产物测序，将测定的16SrRNA序列在NCBI数据库中进行序列同源性比较，确证为沙门菌，其中样品2、8与鼠伤寒沙门菌的序列同源性大于999／6，样品10、11与伤寒沙门菌的序列同源性大于99％。由此可以认定样品2、8为鼠伤寒沙门菌，样品10、11为伤寒沙门菌。     

RHDV CD株VP60主要抗原表位基因的克隆与序列分析

本实验用RHDV CD株人工感染家兔,发病死亡后,取肝脏匀浆,用Trizol试剂从匀浆上清中提取病毒RNA。根据Genbank已发表序列保守区设计并合成引物,采用RT-PCR方法扩增了RHDV衣壳蛋白VP60主要抗原表位基因。PCR产物纯化后,进行序列测定。测序结果表明,VP60主要抗原表位基因长525bp。该序列与已发表的其它13株RHDV VP60同一核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行同源性比较。结果显示,CD株核酸序列与WX-84株同源性最高为97.5%,与其它毒株的同源性在92.0%～96.6%之间。氨基酸序列与WX-84株、墨西哥Mexi-co-89株同源性最高为99.4%,与其它毒株的同源性在96.6%～98.3%之间。     

鸡大肠埃希菌Ⅰ型菌毛pilA基因的克隆与序列分析

根据已公布的鸡大肠埃希菌pilA基因序列,在其保守区设计一对引物,以提取的3株鸡大肠埃希菌基因组DNA为模板,进行PCR扩增,获得3个克隆片段。经序列测定和分析表明,3株克隆片段均含有Ⅰ型菌毛pilA基因的全序列及完整的开放性阅读框架,片段大小为549bp,编码信号肽和结构蛋白;3株鸡大肠埃希菌分离菌株与其他菌株pilA基因之间核苷酸同源性为87.25%～98.36%,氨基酸同源性为87.36%～98.35%;系统进化分析表明,大肠埃希菌各菌株之间的pilA基因遗传相关性与其宿主来源及血清型之间没有显著的相关性;3株鸡大肠埃希菌I型菌毛间具有一定的结构相似性,并存在一定的共同抗原位点。     

鸡白痢沙门菌和鸡伤寒沙门菌PCR-RFLP鉴别

根据鸡白痢沙门菌和鸡伤寒沙门菌flic基因可变区两端的保守序列设计1对引物,PCR扩增出约866 bp的产物,用HinplI对PCR产物进行酶切,经RFLP分析区分鸡白痢沙门菌和鸡伤寒沙门菌.利用该技术对1株鸡白痢沙门菌标准株及2株鸡伤寒沙门菌标准株进行分子鉴别,结果与预计的RFLP模式相符,证明该方法可行.在此基础上...     

鼠伤寒沙门菌5'-nucleotidase基因的序列特征及其蛋白核酸酶活性分析

为研究鼠伤寒沙门菌5'-nucleotidase基因的序列特征,本研究应用PCR扩增得到鼠伤寒沙门菌SL1344株的5'-nucleotidase基因片段,利用在线网站和DNAMAN 6.0.3.48软件进行其核苷酸和氨基酸序列的同源性分析。然后将目的基因亚克隆至原核表达载体p ET32a构建重组表达质粒(pET32a-5'-nucleotidase),转入大肠杆菌Rosetta中经IPTG诱导表达,亲和层析法纯化后采用SDS-PAGE和western blot进行分析。采用酶切活性试验分析重组蛋白的核酸酶活性。结果显示,鼠伤寒沙门菌SL1344株5'-nucleotidase基因为1 482 bp,5'-nucleotidase核苷酸序列与其它22种微生物的5'-nucleotidase及其类似物的同源性较低,最高仅为52.8%。理论上蛋白的分子量为57.18 ku,编码523个氨基酸。SDS-PAGE和western blot结果显示5'-nucleotidase重组蛋白约72 ku,且以可溶性和包涵体两种形式表达。同时,酶切活性试验结果显示重组5'-nucleotidase蛋白具有降解DNA的能力。本实验克隆了鼠伤寒沙门菌5'-nucleotidase基因,并表达得到了具有核酸酶活性的重组蛋白,为进一步研究5'-nucleotidase基因在鼠伤寒沙门菌感染中的作用奠定基础。     

禽巴氏杆菌C48-1外膜蛋白H基因克隆及序列分析

根据已发表的外膜蛋白基因核苷酸序列设计一对特异性引物，应用PCR方法扩增出禽巴氏杆菌5：A C48-1株的ompH全长片段，将ompH进行T—A克隆、序列测定和分析。结果表明，ompH全长1597bp，含有一个1056bp的开放性阅读框架（ORF），编码352个氨基酸，前20个氨基酸组成信号肽。与已知的15个血清型及痘苗株CU的ompH的核苷酸及其推导的氨基酸序列比较，核苷酸同源性在51．5％～98．7％之间，氨基酸同源性在39．3％～98，7％之间。氨基酸多序列比较显示，血清型特异性抗原表位位于60～80位和200～220位氨基酸处。     

RHDVCD株VP60主要抗原表位基因的克隆与序列分析

本实验用RHDVCD株人工感染家兔,发病死亡后,取肝脏匀浆,用Trizol试剂从匀浆上清中提取病毒RNA。根据Genbank已发表序列保守区设计并合成引物,采用RT-PCR方法扩增了RHDV衣壳蛋白VP60主要抗原表位基因。PCR产物纯化后,进行序列测定。测序结果表明,VP60主要抗原表位基因长525bp。该序列与已发表的其它13株RHDVVP60同一核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行同源性比较。结果显示,CD株核酸序列与WX-84株同源性最高为97．5％,与其它毒株的同源性在92．0％～96．6％之间。氨基酸序列与WX-84株、墨西哥Mexi—co-89株同源性最高为99．4％,与其它毒株的同源性在96．6％N98-3％之间。     

鸡白痢沙门菌基因组差异片段的筛选与分析

采用抑制性消减杂交技术（SSH）对鸡白痢沙门菌C79-13株与鸡伤寒沙门菌Sg9株进行了基因组差异片段分析.结果,从C79-13株中共检出13个特异性差异片段.经同源分析,这些序列可分为3类：噬菌体相关序列、质粒相关序列和已知功能序列.这些差异片段包含一些重要的沙门菌毒力相关基因,如编码大肠杆菌素、IpaJ蛋白、尾突蛋白、切除酶的基因.结果表明,鸡白痢沙门菌C79-13株与鸡伤寒沙门茵Sg9株基因组问存在较多差异基因,这些差异片段为确定鸡白痢沙门菌特异性遗传标志,建立分子鉴别新体系提供了基础.     

副鸡嗜血杆菌16 S rDNA PCR检测方法的建立

根据副鸡嗜血杆菌的16 S rDNA基因序列设计一对特异性引物XZIC1和XZIC2,对6株副鸡嗜血杆菌进行PCR扩增。结果显示,该对引物对6株副鸡嗜血杆菌均扩增出与预期大小相一致的282bp片段,而对鸡毒支原体、禽巴氏杆菌、鸡传染性支气管炎病毒、鸡新城疫病毒、大肠埃希菌、鸡白痢沙门菌、禽流感病毒(H9)、鸡喉气管炎病毒及葡萄球菌等9种病原体的扩增结果均为阴性。该PCR敏感性结果表明,本方法可以检测到10pg的副鸡嗜血杆菌DNA模板。采用引物XZIC1和XZIC2,对分别用副鸡嗜血杆菌ctcc253、ctcc255、ctcc257、ctcc269株感染SPF鸡的临床病料DNA进行PCR扩增,均可扩增出单一的282bp的片段。     

兔巴氏杆菌和波氏杆菌多重PCR检测方法的建立

参考GenBank中兔巴氏杆菌16SrRNA和波氏杆菌的fim2的基因序列,应用Premier 5.0软件在二者高度保守区设计了2对引物,建立了适合巴氏杆菌和波氏杆菌快速检测的多重PCR检测方法。以该方法对巴氏杆菌和波氏杆菌参考菌株进行PCR扩增,分别能从各自的基因组中扩增出与试验设计相符的644bp和425bp的特异性DNA片段。将扩增所得的DNA片段进行克隆测序,测序结果表明分别为巴氏杆菌16SrRNA和波氏杆菌fim2基因序列。该方法对波氏杆菌的检测下限为4×102 CFU,对巴氏杆菌的检测下限为6×101 CFU。对兔源性沙门菌、葡萄球菌、大肠杆菌、魏氏梭菌扩增结果为阴性。表明所建立的RT-PCR检测技术具有特异、快速和敏感的特点,可用于鉴别诊断兔巴氏杆菌和波氏杆菌以及2者混合感染。     

鸡白痢沙门氏菌PCR检测技术的建立与应用

为鸡沙门氏菌的临床检测提供了一种更快速、敏感、特异的诊断,参照GeneBank中已公布的的鸡白痢沙门氏菌fliC基因序列,合成出了一对引物,使用PCR法对1株沙门氏标准菌株和其他3株非沙门氏菌标准菌株进行DNA抽提扩增并检测其敏感度。采用上述技术,对12份可疑病料及10份饲料进行PCR检测,同时与传统检测方法进行比较。结果表明1株沙门氏菌PCR产物出现600 bp的特异性DNA扩增带,而非沙门氏菌均未出现扩增条带,证明所设计引物具有沙门氏菌特异性;通过敏感度检测,此PCR体系能检出50 pg以上的细菌DNA,敏感性较高。运用PCR法阳性检出率及敏感性均高于常规检测方法。由此可见,沙门氏菌PCR检测是一种快速、敏感和高度特异的诊断方法。     

禽流感病毒H9N2亚型三重PCR检测方法的建立

为建立简便快速检测禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)并同时区分出H9、N2亚型的方法,本试验根据基因库中H9亚型AIV的HA基因、N2亚型AIV的NA基因及AIV的M基因序列,分别设计了3对针对这3种基因保守序列的引物,建立了AIV H9N2亚型的三重PCR检测方法。应用该方法对H9N2亚型AIV模板进行PCR扩增,可得到3条与试验设计相符的目的条带,分别为313 bp (HA基因)、451 bp (NA基因)和667 bp(M基因);对非H9亚型的N2亚型AIV模板进行扩增,出现2条特异性扩增条带,即451 bp (NA基因)和667 bp(M基因);对非H9、N2亚型AIV模板进行扩增则只出现一条目的条带,即667 bp(M基因);对其他禽呼吸道病原体进行PCR扩增,结果均为阴性。敏感性试验结果显示此三重PCR方法最低检出限为10^-2 ng/μL。应用所建立的三重PCR方法对120份临床病料进行检测的结果与病毒分离鉴定结果一致。各项试验结果均表明,该方法对于禽流感病毒尤其是H9、N2亚型禽流感病毒的检测具有快捷、特异、灵敏的特点。     

鸭新城疫病毒与番鸭细小病毒二重PCR方法的建立

根据GenBank中新城疫病毒(NDV)L基因和番鸭细小病毒(MDPV)Vp3基因的保守序列,采用Primer Premier 5.0软件设计并合成了2对引物。通过优化反应条件及特异性、敏感性评价,建立了能同时检测鸭源NDV和MDPV的二重PCR方法。该方法对鸭源NDV和MDPV的检测敏感性分别为30和16 fg。同时使用该方法对鸭瘟病毒、鸭肝炎病毒、鸭圆环病毒、H9亚型禽流感病毒、鸭黄病毒、沙门氏菌、大肠杆菌和禽多杀性巴氏杆菌进行检测,结果显示全为阴性。本研究建立的鸭源NDV和MDPV的二重PCR检测方法,具有特异、敏感、快速、重复性好等优点,可用于鸭源NDV和MDPV感染的快速鉴别检测。     

沙门氏菌耐药株gyrA基因和parC基因突变特征分析

提取沙门氏菌染色体DNA，设计引物扩增gyrA基因和parC基因片段，克隆测序寻找耐药菌株的突变位点，通过系统的比较，分析氟喹诺酮类药物（以环丙沙星为代表）对各沙门氏菌MIC和耐药突变位点之间的关系。通过对耐药突变位点的研究，可以为下一步研究耐药性监测的快速方法提供理论基础。     

PCR和核酸探针检测猪源沙门氏菌四环素耐药基因tetC的研究

对沙门氏菌的四环素耐药性进行了检测，结果表明，沙门氏菌对四环素类抗生素产生了广泛的耐药性，耐药率达100％，对其四环素耐药基因tetC进行了扩增，结果获得以质粒为模板的特异性产物，与药敏试验结果阳性符合率75％，具有较高的检出率。用光生物素对PcR产物进行标记，制备核酸探针，采用菌落原位杂交的方法对沙门氏菌进行检测，结果表明13株阳性、3株阴性，杂交结果与PCR结果阳性符合率为93．75％，具有较高的特异性。通过条件的优化，建立的四环素耐药基因tetC的PCR和核酸探针检测技术，为四环素耐药性的分子流行病学监测提供了有效的途径。     

大肠杆菌菌毛基因多重PCR检测方法的建立与初步应用

为建立一种可以同时扩增大肠杆菌(E.coli)F4、F5、F6、F41和F18菌毛基因保守序列的多重PCR检测方法,本研究设计合成5对分别针对F4、F5、F6、F41和F18菌毛基因的特异性引物,以具有相应菌毛基因的E.coli参考菌株DNA为模板,通过对多重PCR反应条件的优化,建立了检测F4、F5、F6、F41和F18菌毛基因的多重PCR方法。所建立的多重PCR方法能够特异性扩增F4、F5、F6、F41、F18菌毛基因的目的片段,大小分别为770 bp、533 bp、422 bp、643 bp和1140 bp,该方法对沙门氏菌、猪丹毒杆菌、巴氏杆菌以及无菌毛基因的E.coli等参考菌株均无特异性扩增片段,检出F4、F5、F6、F41和F18菌毛基因的最低活菌浓度分别为5.3×10^5cfu/mL、3.7×10^6cfu/mL、3.1×10^5cfu/mL、3.7×10^7cfu/mL、6.9×10^5cfu/mL。用不同批次的引物和试剂进行3次多重PCR检测均能扩增出目的条带,表明建立的多重PCR方法有很好的批内和批间重复性。对90株大肠杆菌临床分离菌株菌毛基因进行检测,F4阳性率为3.33%,F5阳性率为2.22%,未检测到F6、F41和F18阳性菌株,其检测结果与常规单一PCR的检测结果一致。研究表明:建立的E.coli菌毛基因多重PCR分型方法具有很好的特异性、敏感性和重复性,可用于E.coli分离菌株菌毛基因型的快速鉴定,同时提高了检测效率。     

牛瑟氏泰勒虫吉林株ITS基因的克隆与系统进化分析

本研究根据GenBank上的牛瑟氏泰勒虫内转录间隔区基因(ITS基因)设计合成1对特异性引物,以采自吉林省珲春市某养牛场的血液样本为试验材料,PCR扩增牛瑟氏泰勒虫ITS基因,克隆至pMD-18T Simple载体,进行序列测定,将该基因序列与GenBank上9种已知的泰勒虫相应序列进行比较分析,建立系统进化树。结果表明:牛瑟氏泰勒虫吉林株与美国株亲缘关系较近,其次是水牛泰勒虫,与其他泰勒虫亲缘关系较远。