绒山羊KAP13-1基因在毛囊中的表达

绒山羊绒毛的主要结构蛋白是角蛋白和角蛋白关联蛋白(KAP).对绒山羊13-1的序列分析可知,其与人、鼠的KAP13家族cDNA同源性较高,但氨基酸序列同源性较低,而且丝氨酸含量高,半胱氨酸及甘氨酸/酪氨酸的含量远低于其他品种,分类上属于高硫KAP家族;绒山羊兴盛期毛囊KAP13-1的mRNA原位杂交也显示,KAP13-1只在毛母质上部和皮质层起始部分表达,且表达强烈.     

西藏绒山羊KAP6.2基因SNPs位点的检测及分析

旨在研究绒毛品质相关基因KAP6.2在西藏绒山羊群体中的多态性,分析KAP6.2在不同山羊中的差异。采用聚合酶链反应-单链构象多态性和DNA测序等技术对随机选取的127只西藏绒山羊的 KAP6.2 基因进行突变位点检测及多态性指标分析。结果表明,西藏绒山羊 KAP6.2 基因存在两种基因型 AA和AB,其中等位基因A 为优势等位基因,多态信息含量为0.196 (属低度多态)。经测序并与GenBank中山羊KAP 6.2(No.AY316158)基因序列比对后共发现4处变异,分别为:178nt处24个碱基的缺失导致Ser48>Gly55氨基酸的丢失;113 nt处GT>CC突变导致氨基酸P.19Ser>Trp;121 nt处A>G突变为同义突变;168nt处C>T突变导致氨基酸P.41Thr>Tyr。这些氨基酸的突变很可能导致结构蛋白功能的改变,进而对西藏绒山羊的绒毛品质产生影响。通过研究影响西藏绒山羊绒毛品质的 KAP6.2 基因的多态性,深入了解其分子遗传基础,有利于利用分子遗传标记技术进行西藏绒山羊的选育。     

牦牛KAP3.3基因的克隆及生物信息学分析

本研究以牦牛的角蛋白关联蛋白3.3(KAP3.3)基因作为研究对象,通过查询GenBank中收录的黄牛KAP3.3基因的mRNA序列设计1对特异性引物,通过逆PCR、PCR以及基因克隆测序的方法首次获得牦牛的KAP3.3基因完整的CDS区序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明:牦牛KAP3.3基因的CDS区为297 bp,编码98个氨基酸;编码的蛋白质属于亲水性蛋白。二级结构含有延伸链、β转角以及无规卷曲3种。氨基酸序列与黄牛的完全一致,具有Keratin,high sulphur matrix protein家族的完整结构域。     

牦牛KAP1家族基因长度多态研究

试验旨在研究牦牛角蛋白关联蛋白1（keratin associated protein 1,KAP1）家族基因长度多态与重复序列特点。研究对牦牛和黄牛KAP1家族基因进行测序,并与绵羊已知序列进行比较分析。结果发现,牛KAP1家族位于19号染色体,根据绵羊KAP1家族基因在染色体上的位置与相似性,重新命名了牛KAP1家族基因B2D、B2A、KAP1-1和B2C为KAP1-4、KAP1-1、KAP1-2、KAP1-3（按照染色体上的基因顺序）。KAP1家族基因之间在3'和5'端区域高度保守,中间有重复序列长度差异,其中牦牛KAP1-KAP4基因发现有30 bp的长度多态。研究其蛋白序列发现5个氨基酸为基序的重复序列B（CCQTS）A₁（CCQPT）,以及一个新的重复序列C（SIQTS）。本研究结果说明重复序列是KAP1家族基因间和基因内的主要差异区域,这可能与其角蛋白结合螺旋数相关。     

鄂尔多斯细毛羊KAP15-1和KAP27-1基因多态性及其与羊毛性状的关联分析

本研究旨在鉴定细毛羊主要经济性状相关的分子标记,以462只1岁鄂尔多斯细毛羊母羊为实验动物,联合DNA混池测序和Snapshot技术,检测KAP15-1基因和KAP27-1基因多态性。采用SAS 9.2对非同义突变位点和鄂尔多斯细毛羊羊毛性状进行相关性分析,利用DNASTAR软件预测蛋白质二级结构。结果显示：KAP15-1基因的SNP1突变位点对羊毛纤维直径标准差和纤维直径变异系数有显著影响;SNP1突变位点对蛋白质二级结构的影响集中在60～80号氨基酸之间。KAP27-1基因的SNP3突变位点对羊毛平均纤维直径有显著影响,对纤维直径标准差和剪毛前体重影响极显著;SNP3突变导致的蛋白质二级结构变化分布在整个氨基酸序列上,但是集中在Beta、Turn、Coil Regions和Antigenic Index部分。综上,KAP15-1基因的SNP1突变和KAP27-1基因的SNP3突变影响鄂尔多斯细毛羊羊毛纤维直径,在实际育种中可作为该性状的潜在分子标记。     

西藏绒山羊KAP7.1和KAP8.2基因多态性及其对部分生产性状的影响

为分析西藏绒山羊角蛋白关联蛋白(KAP)7.1基因和8.2基因与生产性状的关系,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对340只西藏绒山羊KAP7.1基因和KAP8.2基因编码区序列进行多态性分析,并与体长、体高、胸围、产绒量、羊绒长度、羊毛长度等生产性状进行关联分析。结果显示:PCR-SSCP检测发现KAP7.1基因只有1种带型,KAP8.2基因有6种带型;KAP7.1基因扩增产物序列中未发现碱基变化;KAP8.2基因扩增产物序列中存在5个SNPs位点,分别为C115T、A207G、A214G、G216A和A278T,除了A278T外都位于编码区;对KAP8.2基因的基因型1、基因型2和基因型3与生产性能进行关联分析发现,基因型1个体的胸深和产绒量显著高于基因型3个体(P<0.05)。结果表明:KAP8.2基因可作为影响西藏绒山羊胸深和产绒量的分子辅助选择标记。     

KAP6基因家族成员在胚胎期山羊皮肤中的表达

为研究KAP6家族成员在内蒙古阿尔巴斯白绒山羊胚胎期皮肤毛囊中的表达,在体外合成用地高辛标记的阿尔巴斯白绒山羊KAP6基因家族成员的cRNA探针,通过原位杂交法在山羊皮肤组织切片上进行定位,检测KAP6 mRNA在绒山羊胚胎期皮肤组织中的表达情况.结果发现,KAP6mRNA在初级毛囊和次级毛囊的皮质层有强烈的表达信号,表明KAP6是绒山羊毛和绒皮质蛋白的组成成分,是皮质层中起角质化作用的重要蛋白质,直接参与了绒毛和粗毛的合成,对毛发的理化性质有重要作用.     

绵羊毛角蛋白Ⅱ型中间丝9基因的扩增及表达

本试验旨在构建绵羊毛角蛋白Ⅱ型中间丝9(keratin type Ⅱ intermediate filament 9,KIF Ⅱ-9)基因cDNA的毛囊特异性表达载体,转染辽宁绒山羊胎儿成纤维细胞,筛选出稳定表达外源基因并可用于核移植的转基因细胞克隆。通过PCR扩增得到的KAP6-1基因启动子,然后与RT-PCR扩增得到的KIFⅡ-9 cDNA 序列连接构成皮肤特异性表达载体pcDNA3.1-KK,将重组表达载体以脂质体介导转染胎儿成纤维细胞,通过G418筛选获得转基因细胞克隆,结果显示,外源KAP6-1启动子序列和KIF Ⅱ-9 cDNA整合到细胞基因组中,为下一步通过核移植方法获得转基因绒山羊提供了条件。     

内蒙古白绒山羊编码HGT-Ⅰ型蛋白的特征分析

对内蒙古白绒山羊毛囊兴盛期的表达序列标签(EST)进行生物信息学方法的分析,通过在Genbank核酸数据库的Blastn相似性检索后发现有22个ESTs与小鼠的HGTproteintypeIE5mRNA基因有很高的同源性,进一步地分析发现这22个ESTs可分为两种不同的序列。经ORF(开放读码框)的预测共编码2种不同的蛋白质。这2个蛋白质的氨基端和羧基端的氨基酸残基都十分得相似,其甘氨酸、酪氨酸的含量达到了71.93%,而苯丙氨酸的含量达到了10.18%。并对其进行了二级结构的预测,发现它们在二级结构上有着很高的相似性。这2个蛋白质家族成员与小鼠的HGT蛋白质在氨基酸的组成和结构上都有很高的保守性。     

内蒙古白绒山羊编码HGT-I型蛋白的特征分析

对内蒙古白绒山羊毛囊兴盛期的表达序列标签(EST)进行生物信息学方法的分析，通过在Genbank核酸数据库的Blastn相似性检索后发现有22个ESTs与小鼠的HGT protein type I E5 mRNA基因有很高的同源性，进一步地分析发现这22个ESTs可分为两种不同的序列。经ORF(开放读码框)的预测共编码2种不同的蛋白质。这2个蛋白质的氨基端和羧基端的氨基酸残基都十分得相似，其甘氨酸、酪氨酸的含量达到了71．93％，而苯丙氨酸的含量达到了10.18％。并对其进行了二级结构的预测，发现它们在二级结构上有着很高的相似性。这2个蛋白质家族成员与小鼠的HGT蛋白质在氨基酸的组成和结构上都有很高的保守性。     

内蒙古白绒山羊经济性状与候选基因分析

以120只内蒙古白绒山羊为研究对象,利用PCR-SSCP技术,选取编码羊毛纤维组成蛋白基因中KAP1.3和KAP6.1的部分序列作为候选基因,通过对其多态性的研究,探索将该基因作为候选基因来间接选择绒山羊经济性状的可行性.结果表明,应用分析软件中的单因素方差分析中,角蛋白辅助蛋白的多基因家族中的甘氨酸酪氨酸角蛋白辅助蛋白(KAP6.1)中,位点S2与产绒量有显著的相关性(P<0.05);多重比较发现S2住点的AA基因型和BB基因型与产绒量之间有显著的相关性(P<0.05);AB基因型和BB基因型的绒细度之间差异显著(P<0.05).     

KAP6.1基因在两个山羊品种间的表达差异

KAP6.1基因是编码羊绒的结构蛋白基因之一,以辽宁绒山羊和岢岚本地山羊作为研究对象,利用FQRT-PCR技术对KAP6.1基因在2个品种皮肤中的表达差异进行了研究.结果显示:KAP6.1基因在两个山羊品种皮肤中均有表达.辽宁绒山羊的表达量是岢岚当地山羊表达量的1.3倍.品种内部,公山羊的表达量都高于母山羊,其中,辽宁绒山羊公羊的表达量是母羊的2.5倍,岢岚当地山羊公羊的表达量是母羊的1.8倍.     

内蒙古绒山羊KAP16-10家族全长cDNA的特征分析

在构建内蒙古绒山羊次级毛囊兴盛期皮肤组织cDNA文库的基础上,随机挑取636个克隆从5'端开始测序,对序列进行特征分析.分析结果表明有22个ESTs与小鼠KAP16-10基因同源性大于95%,且期望值小于le-10,进一步分析可被分为2个Clusters.从每个Cluster中挑取一个全长cDNA序列,其核苷酸序列和预测编码的蛋白质序列进行分析.     

内蒙古绒山羊KAP 9-2 cDNA的特征分析

内蒙古绒山羊是自治区的优良家畜品种.选择内蒙古白绒山羊毛囊兴盛期角蛋白关联蛋白第九家族的一个成员gKAP9-2的cDNA序列为研究材料,进行了基因序列和氨基酸序列比对,并且对其空间结构和功能位点进行了预测,对于研究其他的角蛋白关联蛋白有重要的参考价值.     

HGT KAPs基因家族在辽宁绒山羊皮肤毛囊中的表达研究

为进一步探索高甘氨酸/酪氨酸角蛋白关联蛋白基因家族(HGT KAPs)与辽宁绒山羊羊绒品质——绒毛纤维直径的关系,本研究运用半定量RT-PCR检测KAP6-1.2、KAP6.2、KAP7.1、KAP8.1和KAP8.2在皮肤及各组织中的表达,通过原位杂交对其进行定位分析,采用实时荧光定量PCR检测兴盛期、退行期基因的相对表达量。结果表明:5个基因特异地表达于皮肤,在初、次级毛囊的皮质层、内根鞘中有明显的表达信号。KAP6-1.2和KAP8.1在兴盛期初次级毛囊的表达量差异不显著,KAP6.2在兴盛期、退行期初级毛囊的表达量均高于次级毛囊,而KAP7.1、KAP8.2在兴盛期次级毛囊的表达量高于初级毛囊,而退行期与之相反。因此推测,HGT KAPs基因家族在调控辽宁绒山羊绒毛纤维直径方面具有重要的作用,是编码羊绒结构蛋白的基因。     

山羊KAP9.2基因多态性研究

KAP基因家族角蛋白相关蛋白9.2(KAP 9.2)是超高硫角蛋白相关蛋白基因家族中的一员,可能在连接中间微丝角蛋白中起重要作用.研究通过DNA测序和PCR-RFLP技术对KAP9.2基因进行了研究.结果表明:KAP9.2基因在286位存在T/C突变,该突变位点能够被Pst Ⅰ识别并切割,在785个内蒙古白绒山羊、212个陕北白绒山羊及239个奶山羊个体中均出现TT、TC、CC三种基因型,其频率分别为0.047,0.519,0.434;0.180,0.592,0.228;0.431,0.544,0.025 1.T和C的等位基因频率分别为0.307,0.476,0.703和0.693,0.524,0.297.X2检验表明3个山羊品种在KAP9.2位点上均处于HardyWeinberg不平衡状态(P＜0.05),T和C等位基因的频率在绒山羊和奶山羊中差异显著(P＜0.05),C等位基因为绒山羊的优势基因,揭示该等位基因可能与绒性状有关.     

3个山羊品种角蛋白辅助蛋白7基因的遗传多态性分析

本研究采用PCR-SSCP方法对陕北白绒山羊、太行黑山羊及南疆绒山羊的角蛋白辅助蛋白(keratin-associated proteins,KAP)7基因进行遗传多态性研究。结果显示,KAP7基因在3个山羊品种中有多态性,有AA和AB 2种基因型,AA基因型均为其优势基因型。测序结果发现,KAP7基因在129 bp处存在C→G的突变,突变的位置位于5'调控区。     

KAP6.3基因与西藏绒山羊生产性状关系的研究

研究采用PCR-SSCP及DNA测序技术,对西藏绒山羊KAP6.3基因编码区和3＇-UTR区进行多态性检测;利用SPSS13.0软件对发现的多态位点与体尺和产绒性能进行了相关性分析。结果发现,西藏绒山羊KAP6.3基因扩增区存在7个SNPs,分别为C134T、G148A、G170A、T210C、A217G、A229C和T284G。分别导致了Cys30Tyr、Ser51Pro、Tyr53Cys和Tyr57Ser共4处错义突变。数据统计结果表明,母羊在体高、十字部高等体尺性状方面显著优于公羊（P〈0.05）,而公羊在产绒性能如毛长和产绒量方面显著高于母羊（P〈0.05）。由此可见,KAP6.3基因可能是影响西藏绒山羊生产性能的主效基因或与之紧密连锁,可作为西藏绒山羊生产性状的辅助选择标记。     

KAP6.1基因在两个山羊品种间的表达差异

KAP6.1基因是编码羊绒的结构蛋白基因之一,以辽宁绒山羊和岢岚本地山羊作为研究对象,利用FQRT-PCR技术对KAP6.1基因在2个品种皮肤中的表达差异进行了研究。结果显示：KAP6.1基因在两个山羊品种皮肤中均有表达。辽宁绒山羊的表达量是岢岚当地山羊表达量的1.3倍。品种内部,公山羊的表达量都高于母山羊,其中,辽宁绒山羊公羊的表达量是母羊的2.5倍,岢岚当地山羊公羊的表达量是母羊的1.8倍。     

KAP8.1基因多态对内蒙古绒山羊绒毛性状的影响

以角蛋白关联蛋白8.1(KAP8.1)基因为候选基因,采用PCR-SSCP技术,在内蒙古绒山羊群体中进行基因多态性检测.结果检测到AA、AB、AC、BB、BC和CC六种基因型,A、B和C三种等位基因;测序结果验证融P8.1基因编码区存在T113G和G116C两个SNP位点(GenBank accession no.AY510122),这两个突变未改变KAP 8.1蛋白氨基酸序列;关联分析结果表明,不同基因型对产绒量、绒长度和毛长度有显著影响(P＜0.05),但对绒细度没有影响(P＞0.05);AB基因型和BB基因型产碱量显著高于其它基因型.分析认为该效应是由于T113G突变所造成,表明KAP8.1基因多态性可能是缄山羊产绒量的一个分子标记.