不同基因型大豆Fd-GOGAT基因cDNA序列的克隆与分析

克隆了6个不同基因型大豆的Fd-GOGAT基因,序列比对分析结果表明:不同基因型大豆的Fd-GOGAT基因序列相似性很高,可设计出通用Real-time PCR引物,检测Fd-GOGAT基因的表达规律.在东农42 Fd-GOGAT基因序列的编码区内出现了1个8核苷酸的缺失,产生了移码突变,导致其C端缺失了79个氨基酸的...     

RT-PCR克隆人血清白蛋白cDNA及其序列分析

为了构建人血清白蛋白cDNA橡胶树乳管特异性表达载体，提取人工流产胎儿肝脏组织总RNA，采用RT—PCR法得到其改良cDNA，T／A测序后，采用NCBI BLASTn软件分析测得的序列及由此推导的氨基酸序列，与NCBI数据库中公布的HSA cDNA及氨基酸序列比较其同源率。结果表明，两者分别达到99．6％和99．5％。这为后期橡胶树乳管特异表达载体的构建和以转基因橡胶树来表达人血清白蛋白的研究打下了坚实的前期技术工作基础。     

油菜叶片衰老相关基因的分离：ATP硫化酶cDNA的克隆和序列分析

通过筛选缩减ｃＤＮＡ文库中在油菜叶片衰老阶段表达而在绿叶中不表达的ｃＤＮＡ克隆,分离了与油菜叶片衰老有关的基因ＬＳＣ６６。ＤＮＡ序列测定和分析结果表明,ＬＳＣ６６的全长可读框架由１３８０个碱基组成,编码４６０个氨基酸,它的核昔酸序列与拟南芥菜ＡＴＰ硫化酶基因有８６．６７％的同源性,其推导的氨基酸序列与拟南芥菜ＡＴＰ硫化酶的氨基酸序列有９１．７４％的同源性。对ＬＳＣ６６基因产物在植物叶片衰老过程中的作用进行了讨论。     

茶树巯基蛋白酶抑制剂基因的cDNA克隆与序列分析

对多种已知植物巯基蛋白酶抑制剂(cystatin)基因的氨基酸序列进行比对分析,根据其高度保守的氨基酸序列设计一对简并引物,并从茶树品种龙井43鲜叶中提取总RNA,用RT-PCR法扩增出一204bp的cDNA特异片段,然后通过3’/5’RACE的方法,分别扩增出3’端和5’端的序列,从而获得茶树巯基蛋白酶抑制剂基因的cDNA全长序列,所得序列全长627bp,编码101个氨基酸,分子量约11.062KDa。该基因在推测的氨基酸序列中含有巯基蛋白酶抑制剂家族中高度保守的、与其活性有关的QXVXG结构,且经Blast分析表明,该基因序列与其他植物巯基蛋白酶抑制剂基因的氨基酸序列同源性为54%~77%。     

辣椒CaERF4的全长cDNA克隆及其表达分析

通过筛选辣椒均一化cDNA文库,获得一个具有AP2结构域的辣椒CaERF4全长cDNA序列,含有一个编码250个氨基酸序列的开放阅读框,与拟南芥等其它植物ERF蛋白之间有35%~38%的氨基酸序列相似性。该基因在辣椒不同器官中均有不同程度的组成型表达,在根系中表达量略低。此外,还发现CaERF4的转录受到茉莉酸甲酯(MeJA)和乙烯利(ETH)等外源激素处理以及青枯菌接种的诱导,但水杨酸(SA)处理作用不明显,高温处理也可诱导其转录表达增强。说明CaERF4可能在辣椒应答病原菌和高温等逆境胁迫中起调节作用。     

康乃馨ACC氧化酶cDNA的克隆及其序列分析

以康乃馨(DianthuscaryophyllusL.)花瓣为材料,用改进的异硫氰酸胍一步法提取总RNA,根据已报道的康乃馨ACC氧化酶(1-aminocyclopropane-1-carboxylicacidoxidase,ACO)基因的序列设计并合成一对引物,通过RT-PCR方法获得一约1.2kb特异片段,把该片段连接到PGEM-Teasyvector上进行测序,其全长共1156bp,编码区915bp,共编码304个氨基酸残基。序列分析结果表明该序列与国外SavinKw报道的康乃馨ACC氧化酶基因的cDNA序列完全相符。推断该基因在康乃馨种内可能是完全或高度保守的。      

多花水仙HDS基因cDNA全长克隆与序列分析

以‘黄花水仙2号’和‘金盏银台’为材料,水仙各自花瓣的cDNA为模板,采用RT-PCR和RACE技术克隆出2个HDS基因,分别命名为NtHDSY和NtHDSJ,测序结果表明,NtHDSY和NtHDSJ基因全长分别为2 592 bp和2 599 bp,2个基因均含有1个2 178 bp的开放阅读框（ORF）,编码745个氨基酸。同源性分析表明,黄花水仙2号与金盏银台、铁皮石斛、长春花、大豆、葡萄和苹果的相似系数分别为：97.77％、79.29％、75.29％、75.51％、75.02％和74.40％。Real-time PCR分析表明：NtHDS基因在花瓣和副冠内的表达量在开花过程的花蕾期与盛花期存在明显差异,推测该基因可能与多花水仙香气物质的合成有关。     

大豆细胞质COXⅡ基因的分离及序列分析

目前关于细胞质雄性不育的机理研究主要集中在植物线粒体上,通过参考大豆线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ(COX Ⅱ)基因序列,合成保守基因引物,从供试材料中克隆到了COXⅡ基因,对基因序列分析表明:该基因编码了一个有280个氨基酸组成的蛋白,推测其可能与大豆细胞质不育有关.     

苎麻纤维素合成酶基因BnCesA4 cDNA序列的克隆与表达分析

利用本地BLAST工具,从先期获得的苎麻转录组数据中发掘出与多种植物纤维素合成酶基因有较高同源性的序列CL6473.以苎麻（Boehmeria nivea）栽培种湘苎3号为材料,根据CL6473设计引物,先采用PCR扩增克隆了苎麻一个纤维素合成酶基因cDNA的核心片段,再运用5′及3′RACE获得该基因全长cDNA,序列分析表明该cDNA为一个新的苎麻纤维素合成酶基因cDNA,命名为BnCesA4.BnCesA4cDNA序列全长4008bp,其中编码区全长3270bp,编码一个含1090aa的多肽,具有植物纤维素酶的保守结构域及特征氨基酸序列.根据该cDNA高可变区序列设计其特异性引物,采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）对BnCesA4基因在几个代表性苎麻品种：湘苎3号、湘苎1号、湘潭大叶白及城步青麻的木质部和韧皮部两种组织中的表达情况进行了定量分析.qRT-PCR显示BnCesA4基因在不同品种苎麻的木质部及韧皮部均有表达,表达量差异不大.     

一个辣椒倍半萜环化酶cDNA克隆及其经紫外线和CuCl2处理后的表达特征

从经紫外线处理的辣椒（Capsicum annuum)叶片mRNA建立的cDNA库中筛选出1个长度为1955bp的克隆，SCCCA＃2。该cDNA编码560个氨基酸的蛋白，与SCCCA＃1分别有80．0％和77．2％的核苷酸和推测氨基酸序列同源性，但在3′非翻译区核苷酸同源性很小，此外，还与烟草的TEAS，天仙子的CVS，辣椒的EAS（can5588),番茄的germacrene合成酶基因，棉花的（＋）-delta-cadinene合成酶基因等倍半萜环化酶基因分别有78．0％，71．6％，74．8％，74．6％，40．0％－50．0％的氨基酸序列同源，认为这是1个辣椒倍半萜环化酶的cDNA，Northern blot分析表明，正常情况下SCCCA＃2在辣椒叶片中不表达，而在紫外线，CuCl2作用下有不同程度的表达。     

辣椒新叶斑病病原鉴定及其生物学特性

2015—2019年,笔者在对海南地区的辣椒病害进行调查时,发现一种和常见病害症状不同的新叶斑病。田间采集病样后,经病原菌分离、显微形态观察和分子生物学鉴定,证明该病由新月弯孢[(Curvularia lunata (Wakker) Boedijin]侵染引起,这是该种病原菌在中国危害辣椒的首次报道。生物学特性研究结果表明,玉米粉、30 ℃、pH 7.0、连续光照或光暗交替、麦芽糖和酵母提取物为病原菌最适培养条件,分生孢子最适萌发温度和致死温度分别为22~33 ℃和60 ℃（10 min）。12种杀菌剂的室内药剂筛选结果表明,45%咪鲜胺EW抑菌效果最好,浓度为1.0 mg/L时抑菌率达97.8%。16%乙霉威·10%嘧霉胺WP、25%三唑酮WP、65%代森锌WP和80%代森锰锌WP也有较好的抑菌效果,而70%甲基硫菌灵WP、80%多菌灵WP几乎无抑菌作用。     

辣椒花器性状的遗传分析

估算辣椒(Capsicum annuum L.)花器性状的遗传变异系数和遗传力,结果表明,柱头外露长、柱头宽和花宽的遗传变异系数较大,花宽、花长/花宽、花药长和柱头宽的遗传力较大,且遗传型变异系数较大的性状,它的遗传力不一定大。相关和通径分析结果表明,辣椒柱头外露长与花长、柱头长和花长/花宽间的遗传相关达显著或极显著水平,大多数情况下都是遗传型相关系数绝对值大于表型相关系数绝对值,花宽和花长/花宽对柱头外露长的直接作用较大。估算26个辣椒品种、9个花器性状的主成分值,并将其分为6类,数量分类的结果符合实际情况。当主成分的特征值的累计贡献率接近85%时,主成分值就能基本反映花器性状的遗传特征。比较不同的系统聚类方法,离差平方和法较好地适合用于辣椒品种花器性状的数量分类。     

茶树新梢cDNA文库的构建和ESTs测序成功率初步分析

报道了国内第一个茶树cDNA文库的构建及其EST测序成功率分析。以Trizol一步法从龙井43春茶新梢中提取总RNA,分离纯化富含Poly (A)的mRNA,LD-PCR反转录合成双链cDNA,以λTripEX2为载体,构建了龙井43新梢cDNA文库。以XL1-Blue为受体菌测定原始文库的滴度为6.8×10⁵ pfu/ml,总克隆数为3.5×10⁵个,重组率为98.05%,扩增后文库总滴度为7.2×10⁹ pfu/ml。对随机挑取的噬菌斑进行PCR鉴定,表明插入片段大多分布在0.5-2.0 kb之间,绝大部分在1.0-1.5 kb左右。文库质量鉴定结果表明,构建的茶树新梢cDNA文库具有较好的库容量、较高的重组率以及较大的插入片段。对4320个克隆的序列测定表明,获得有用序列2963个,测序成功率为68.5%,剔除短序列后,首批共获得1687个茶树ESTs。     

辣椒几丁质酶类基因家族的全基因组鉴定和表达特征分析

几丁质酶（chitinase, EC 3.2.1.14）是一种降解几丁质的糖苷酶,在植物应对非生物和生物胁迫中起重要作用。本研究对辣椒几丁质酶类（Capsicum annuum chitinase-like, CaCTL）基因家族成员进行了全基因组注释、进化分析和基因表达模式分析。从最新的辣椒基因组数据库中鉴定出31个CaCTL成员。根据系统发育进化树将这些成员分为GH18和GH19亚家族,并进一步分为5个亚类（Ⅰ~Ⅴ类）。保守基序分析结果表明,每个亚类中的成员存在功能相关性。对辣椒、矮牵牛以及番茄的CTL基因家族成员同源性分析表明,在矮牵牛和番茄中分别有7个和11个辣椒CaCTL的同源基因。通过qRT-PCR分析发现,在正常环境生长的辣椒植株中,64.2%的GH18亚家族的CaCTL成员表达水平很低,有64.7%的GH19亚家族成员在不同组织中存在差异表达。顺式作用元件分析表明,CaCTL成员启动子区域存在许多激素反应以及生物和非生物应激相关元件。当植物遭受不同的非生物胁迫时,qRT-PCR结果显示,多数CaCTL成员表达上调。当植物遭受高温干旱条件时,多个CaCTL成员的表达上调明显。上述结果丰富了CTL基因家族进化的研究,为探索CaCTL成员的功能提供了数据基础。     

辣椒基因组中XTH基因家族的鉴定与表达特征分析

为全面了解木葡聚糖内转糖苷酶/水解酶(xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase,XTH)基因在辣椒基因组中的特征,利用生物信息学方法鉴定出了所有辣椒XTH基因家族成员,并对基因的结构、染色体定位、系统进化关系和保守结构域等进行了预测,同时基于转录组数据集分析了XTH基因在辣椒不同器官、不同发育时期果实中的表达特征。结果表明,辣椒XTH家族包含23个基因成员,不均衡分布在除10号染色体外的其余11条染色体上;23个基因包含1~5个不等的内含子;系统进化分析表明,辣椒XTH蛋白可分为3个亚家族;基因表达特征分析显示,大多数辣椒XTH的表达具有组织特异性,CaXTH2、CaXTH21、CaXTH13和CaXTH23极有可能与辣椒果实的膨大与成熟相关。本研究为深入了解辣椒XTH基因的功能奠定了基础。     

甘蔗铁氧还蛋白基因cDNA的克隆及序列分析

以甘蔗叶片总RNA为模板,通过RT-PCR扩增铁氧还蛋白(ferredoxin,Fd)基因的cDNA,构建到pMD18-T载体后进行序列测定和序列分析.结果表明:①克隆得到的cDNA片段长度为688 bp,包含甘蔗Fd基因完整的开放读码框,编码151个氨基酸,其中酸性氨基酸残基较多,76～101的氨基酸序列高度保守;②...     

辣椒DNA甲基化修饰酶基因的鉴定与表达特征分析

DNA甲基化与去甲基化是表观遗传修饰中一种保守的分子机制,参与植物生长发育、次生代谢和逆境胁迫响应等多种生物过程,受DNA甲基化修饰酶基因的调控.为了解DNA甲基化修饰酶基因在辣椒基因组中的特征,利用生物信息学手段鉴定出14个辣椒DNA甲基转移酶和去甲基化酶基因,并对其进行系统分析.结果表明:辣椒基因组中含10个DNA...     

胶孢炭疽菌T-DNA插入突变体库的构建及其分子分析

利用根癌农杆菌介导的T-DNA插入遗传转化体系转化杞果炭疽菌SC2菌株,共获得抗潮霉素B突变体4 680个,平均每转化1.0×106个炭疽菌分生孢子可得到300～980个突变体,且潮霉素抗性在多次传代实验中得到稳定遗传.随机挑取38个突变体进行PCR检测,均可扩增出1条约1.2 kb的目标谱带,说明突变体为T-DNA插入引起:进一步的Southern blot杂交分析结果表明,在随机挑选的20个突变体中,有1个(5%)为三拷贝T-DNA插入,4个(20%)为双拷贝插入,剩余的15个(75%)为单拷贝插入.     

彩椒的离体快繁研究

以红盾彩椒为试材,进行组培快繁,研究不同激素类型与配比组合对愈伤组织诱导、不定芽分化及芽的伸长的影响,并初步建立彩椒的组培快繁体系。 结果表明：子叶愈伤诱导最适培养基为：MS＋0.3 mg/L 6-BA＋1.0 mg/L NAA;不定芽诱导最适培养基为：MS＋3.0 mg/L 6-BA＋0.5 mg/L IAA＋4.0 mg/L AgNO3;芽伸长最适培养基为：MS＋2.0 mg/L 6-BA＋0.2 mg/L IAA＋2.0 mg/L ZT＋2.0 mg/L GA3;最后在1/2MS＋0.5 mg/L IBA(或 0.5 mg/L NAA)培养基上进行生根培养。