基于SNP芯片对陆川猪进行遗传多样性与遗传结构分析的研究

陆川猪是我国优良的地方品种,但由于非洲猪瘟的影响导致其养殖量急剧下降,对其进行种质资源保护刻不容缓。本研究旨在通过SNP芯片分析陆川猪遗传结构和遗传多样性,为该群体后续保种策略提供一定的参考。本研究基于269头能繁公母猪SNP芯片信息,分析该群体遗传结构、亲缘关系、家系划分以及近交系数。结果显示,该群体部分个体遗传关系较近,IBS遗传距离在0.09～0.31,平均值为0.25;通过聚类分析和G矩阵结果,将269头陆川猪分为3个家系,分别有9、3、6头公猪,母猪在家系间存在交叉;ROH分析发现该群体平均ROH长度为（503.77±8.89）Mb,主要分布在388～475 Mb,FROH主要分布在0.13～0.23,其平均FROH为0.21±0.004。研究表明,该群体陆川猪家系较少,ROH数量多且较长,近交风险较大,急需引入外源血统丰富其遗传多样性,并根据芯片结果,合理规划配种策略,降低群体近交水平。     

利用高密度SNP芯片分析杭猪的群体遗传结构

旨在更好地了解杭猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构，有效保护和利用杭猪遗传资源。本研究使用50K SNP芯片对30头杭猪（4头公猪，26头母猪）保种个体进行了单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）测定，通过Plink软件对获得的基因型数据进行质控，用于最小等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量的计算，分析杭猪保种群的遗传多样性；使用Plink计算连续性纯合片段（runs of homozygosity，ROH）、构建状态同源（identity by state，IBS）距离矩阵，并计算得到基于连续性纯合片段的近交系数；采用Gmatrix软件构建G矩阵，分析杭猪保种群的亲缘关系；使用Mega X软件构建公猪进化树，分析保种群体的家系结构。结果表明，30头杭猪共得到57 466个SNPs标记，平均检出率为0.988 3±0.000 4，通过质检SNPs数为34 156；平均最小等位基因频率为0.228±0.137，平均多态信息含量为0.255±0.098；平均观察杂合度为0.359±0.181，平均期望杂合度为0.314±0.140。杭猪保种群体平均IBS遗传距离为0.241 7±0.033 6，公猪平均IBS遗传距离为0.178 3±0.025 5；G矩阵分析结果与IBS距离矩阵一致，两个结果均表明杭猪保种群部分个体之间亲缘关系较近。30头杭猪个体共检测到828个ROHs，83.33%的ROH长度在10 Mb以内，平均长度为（6.96±9.62） Mb，个体ROH平均总长度为（191.95±201.56） Mb。基于ROH的平均近交系数为0.078±0.082，其中公猪平均近交系数为0.219±0.082，说明杭猪保种群整体的近交程度不严重，但公猪存在近交。进化树结果表明，杭猪保种群体目前只有2个家系，其中1个家系包含4头公猪，另一个家系不含公猪。综上所述，杭猪保种场的保种群公猪的血缘数量少，母猪近交程度低，公猪存在近交，需要引入新血统或创建新血统来维持家系结构的平衡以利于杭猪遗传资源的长期保存，防止杭猪遗传多样性的丢失。     

基于SNP芯片分析安庆六白猪群体遗传结构

为了更好地保护和利用安庆六白猪这一优良种质资源,本实验使用“中芯一号”（Illumina CAUPorince50KSNP）芯片对118头健康成年安庆六白猪个体进行了SNP分型,其中包括18头公畜,100头母畜,平均检出率达98.86%。首先通过Plink(V1.90)与R语言软件对该群体进行主成分分析,发现18头公畜大致形成4个群落,100头母畜随机分布。其次,利用Gmatrix(V2)与R语言软件进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析。118头安庆六白猪群体中个体间平均IBS遗传距离值为0.276 9±0.041 7,公猪个体间平均遗传距离值为0.273 8±0.042 0。通过对群体中每个个体的ROH统计,共检测出3 847个ROH片段,平均每个个体中大约有33个ROH片段且ROH总长度约为255.19 Mb,群体的平均近交系数值为0.107,证明该群体近交积累较多。最后使用邻接（Neighbor-Joining, NJ）法并且基于G矩阵结果对该群体进行了家系划分,将18个公畜样本划分为5个家系。通过上述多种分析发现该群体内个体间有一定的近交趋势,所以之后在针对该群体的育种与保种上尽...     

运用SNP芯片评估马身猪保种群体的遗传结构

旨在研究马身猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究利用Illumina CAUPorince 50 K SNP芯片检测39头保种马身猪的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）；采用Plink软件计算最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度和期望杂合度，分析保种群体的遗传多样性；采用Plink软件构建状态同源（identity by state，IBS）距离矩阵和分析连续性纯合片段（runs of homozygosity，ROH），采用Gmatix软件构建G矩阵，分析保种群体的亲缘关系；采用Mega X软件构建群体进化树，分析保种群体的家系结构。结果显示，39头保种马身猪中共检测到43 832个SNPs位点，平均基因型检出率为0.980 1；通过质控的SNPs位点有28 859个，其中72.4%具有多态性，该款SNP芯片适用于分析马身猪的遗传多样性。有效等位基因数为1.563 4，多态信息含量为0.412，最小等位基因频率为0.258，表明马身猪保种群体的遗传多样性比较丰富；平均观察杂合度为0.354 1，平均期望杂合度为0.349 9，说明马身猪保种群体出现了分化；平均IBS遗传距离为0.284 2，其中公猪为0.285 2，IBS距离矩阵和G矩阵结果均表明部分种猪之间存在亲缘关系；ROH共有8 131个，其中46.15%的长度在400～600 Mb之间，平均近交系数为0.237，说明保种群体的近交程度高；群体进化树结果表明，马身猪保种群体来源于3个家系，各家系的个体数量差异明显。马身猪保种群体的遗传多样性较丰富，但近交程度高，家系少，各家系的个体数量差异大，容易引起遗传多样性的丢失，因此，需从原种场引入新的血统，扩大保种群体数量，降低近交系数。     

基于70 K SNP芯片分析济宁青山羊保种群体的遗传结构

旨在探究山东济宁青山羊保种群体的遗传多样性、亲缘关系及家系结构。本研究利用Illumina 70 K Goat SNP芯片对40只成年济宁青山羊全基因组范围内的SNP进行检测，利用Plink软件、GCTA工具和R语言，对济宁青山羊的遗传结构、亲缘关系和近交系数进行分析，以期揭示个体之间的亲缘关系。结果共得到67 088个SNPs,个体的基因型检出率达到了98%以上；通过Plink(V1.90)软件质控，过滤掉一个样本，剩余的SNPs有57 991个，其中85.5%的SNPs具有多态性；各位点平均有效等位基因数为1.697,平均多态信息含量(PIC)为0.283,最小等位基因频率(MAF)为0.293,群体平均观察杂合度(Ho)为0.409,平均期望杂合度(He)为0.418;济宁青山羊保种群体的平均状态同源(IBS)遗传距离为0.333 4。23只种公羊的平均IBS遗传距离为0.330 3,IBS遗传距离和G矩阵结果均表明部分种羊之间有亲缘关系。在40只个体中共检测到347个长纯合片段(ROH),基于ROH值计算的群体平均近交系数为0.047 9,近交程度低，群体遗传多样性丰富。基于I...     

基于SNP芯片监测通城猪的保种效果

旨在基于SNP芯片信息分析通城猪保种群的群体结构和遗传多样性,对保种效果进行监测。本研究利用“中芯一号”50K SNP芯片对68头通城猪的全基因组SNP进行扫描,通过以下两方面评估保种效果：1）群体结构。通过群体分层、遗传距离、亲缘关系以及公猪基因组家系等分析,研究通城猪个体间的群体结构;2）遗传多样性。估算等位基因频率、有效等位基因数、多态信息含量、多态性标记比例、杂合度、核苷酸多样性等多态性和杂合性相关参数估计遗传多样性,分析有效群体含量和连续性纯合片段（runs of homozygosity,ROH）,综合评估保种效果。结果显示：1）保种群无明显分层,遗传距离为0.27,亲缘系数为0.17;2）基因组等位基因频率为0.77,有效等位基因数为1.52,多态信息含量均值为0.31,多态性标记比例为88.28%,观测杂合度为0.32,期望杂合度为0.31;20世代前通城猪有效群体含量为105头,当前世代有效群体含量为94头;ROH共计有184个,平均ROH长度为23.71 Mb,其中28.80%的长度在15~20 Mb之间;基因组近交系数为0.04%,具较低水平的近交程度。通城猪保种群是一个没有分层的纯种群体,具有丰富的遗传多样性,得到了有效保护。     

基于SNP芯片的丫杈猪保种群体遗传结构研究

旨在研究丫杈猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究采用“中芯一号”芯片检测了166头丫杈种猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);利用Plink软件计算观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量、最小等位基因频率，分析丫杈猪群体的遗传多样性；采用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH),采用GCTA软件构建G矩阵，分析丫杈猪群体的亲缘关系；采用Mega X软件构建群体进化树，分析丫杈猪群体的家系结构。结果显示，166头丫杈猪共检测到45 211个SNPs位点，通过质量控制的SNP位点有36 243个；有效等位基因数为1.529,多态性信息含量为0.254,多态性标记比例为0.875,最小等位基因频率为0.233;期望杂合度为0.329,观察杂合度为0.344;状态同源平均遗传距离为0.259 5,状态同源距离矩阵和G矩阵结果均表明大部分丫杈猪呈中等程度的亲缘关系；ROH片段共有3 226个，其中40.96%的长度...     

基于SNP芯片分析青峪猪保种群体的遗传结构

为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头(26头公猪,115头母猪)健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为(0.260 4±0.025 2),26头种公猪的遗传距离为(0.263 3±0.023 7)。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1 481个基因组上长纯合片段(runs of hemozygosity, ROH),78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。     

基于SNP芯片分析青峪猪保种群体的遗传结构

为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头（26头公猪,115头母猪）健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为（0.260 4±0.025 2）,26头种公猪的遗传距离为（0.263 3±0.023 7）。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1 481个基因组上长纯合片段（runs of hemozygosity,ROH）,78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。     

基于SNP芯片分析邓川牛保种群体的遗传结构

为评价邓川牛保种个体之间的遗传结构，有效保护和利用纯种邓川牛种质资源，本研究使用牛100K SNP芯片对100头邓川牛（46头公牛和54头母牛）保种个体进行了单核苷酸多态性（SingleNucleotide Polymorphism, SNP）测定，通过Plink(V1.90)、GCTA(V1.94)、Mega X(V10.0)和R等软件对邓川牛遗传多样性、亲缘关系、近交程度及家系结构进行分析。结果表明，100头邓川牛保种群体的有效群体含量、平均最小等位基因频率、平均多态信息含量分别为2.6、0.221±0.145、0.244±0.117；邓川牛保种群体的平均观察杂合度、平均期望杂合度分别为0.313±0.147、0.321±0.145。群体平均遗传距离为0.263 8±0.024 4,46头公牛的平均遗传距离为0.264 8±0.021 9；状态同源（Identity by State,IBS）距离矩阵与基因组亲缘关系矩阵（G矩阵）分析结果均表明，邓川牛保种群大多数个体之间具有中等程度的亲缘关系。100头邓川牛个体共检测到3 999个连续性纯合片段（Runs of Homozygos...     

基于GBS简化基因组测序数据重建麦洼牦牛保种群系谱

旨在利用简化基因组测序技术(genotyping-by-sequencing, GBS)构建四川省龙日种畜场的3个麦洼牦牛保种群(全黑群、粉嘴群和弗洛群)系谱，为麦洼牦牛保种选育工作打下基础。本研究从3个保种群选取406头麦洼牦牛(全黑群211头、粉嘴群140头、弗洛群55头),采血提取DNA后进行GBS测序，利用获得的SNP对保种群亲缘关系展开研究，并初步构建系谱。结果：GBS测序后获得高质量SNP位点126 122个。PCA分析(principal component analysis, PCA)表明粉嘴群和全黑群有明显的分化趋势，弗洛群与全黑群、粉嘴群部分个体聚类紧密。本研究共计算出164 836个亲缘关系对，依据个体间的亲缘系数，判定出134个全同胞关系，912个半同胞关系，136个疑似亲子关系或全同胞关系，520个疑似半同胞关系或叔侄关系，205个疑似半同胞关系或叔侄关系或祖孙关系。结合群体进化树和亲缘关系分析，将保种群划分为12个家系(G1～G12)。家系遗传多样性分析结果表明，12个家系的观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)为0.288 9～...     

利用SNP标记进行上杭槐猪群体系谱构建研究

为了对新组建的上杭槐猪保种群实施有效管理，维持群体遗传多样性，本研究通过“中芯一号”50K芯片对229头上杭槐猪DNA样本进行基因分型，并下载杜洛克猪、大白猪、长白猪等西方商业猪种60K芯片数据，合并后进行群体遗传结构分析，重构上杭槐猪保种群系谱并对上杭槐猪公猪群进行家系划分。结果显示：该上杭槐猪保种群与西方商业猪种群体在遗传结构上有明显区别，其个体种质资源纯正，是良好的保种材料。在5次重复系谱构建中，229个基因型个体亲缘关系均相同，系谱早期的22个虚拟个体及其所属亲缘关系在5次重复中均保持一致从而被保留。上杭槐猪保种群中公猪个体之间的亲缘关系较远，可划分为8个家系进行保种管理。本研究表明，通过数量丰富的SNP数据对多世代上杭槐猪群进行系谱构建与公猪家系划分以进行群体保种管理，可为上杭槐猪群体的保种工作提供科学的指导与建议。     

基于SNP芯片的浦东鸡保种分析

为了解上海市优质地方品种浦东鸡的保种效果,采用"京芯一号"SNP芯片对现有60个家系的浦东鸡群体进行了群体结构分析。结果显示:浦东鸡群体的基因型检出率平均为0.9914,说明该SNP芯片适用于浦东鸡遗传多样性的评价与分析;浦东鸡群体期望杂合度为0.3786、观察杂合度为0.3805,说明该群体的遗传多样性较低,选育程度较高;G矩阵基因组亲缘关系表明,该群体存在近交趋势;ROH分析结果显示,群体中含有23～28个ROH的个体数最多,个体ROH总长度在70～80 Mb内的个体数最多,该群体平均近交系数为0.089;根据聚类分析,将120只公鸡划分为38个家系,并将180个母鸡划分入不同家系,其中F52_3号母鸡与所有公鸡亲缘系数均小于0.1,将其归入"其他"分类中。综上,建议在今后的浦东鸡配种选留工作中:①同一家系的公母鸡避免配种;②F52_3号母鸡可与任一只公鸡配种;③注意3、11、26、27、38家系的选留,避免造成优良家系丢失。     

杜洛克猪全基因组ROH检测及候选基因鉴定

为了研究高强度人工选育下杜洛克猪群的近交情况和鉴定与经济性状相关的基因,本研究采用“中芯一号”50K SNP芯片对96头杜洛克猪进行全基因组检测。利用全基因组单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)数据,计算多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC)、基于SNP分子信息的近交系数(FGRM);统计长纯合片段(Runs of Homozygosity,ROH)长度、数量及分布,计算基于ROH的近交系数(FROH)、在高频ROH区域鉴定候选功能基因。结果显示：多态信息含量为0.27,最小等位基因频率(Minor Allele Frequency,MAF)为0.26,平均观察杂合度(Observed Heterozygosity,Ho)为0.35,平均期望杂合度(Expected Heterozygosity,He)为0.34,F_HOM为0.023,FGRM为-0.023。共检测到ROH3151个,平均长度4.08Mb,F_ROH＿tatol为0.059。在...     

合川黑猪保种群遗传结构及选择信号分析

旨在研究合川黑猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系、近交系数、家系结构和选择信号,以期更好地保护和利用合川黑猪这一遗传资源。本研究利用猪50K SNP芯片,对合川黑猪保种群内所含的58头健康成年种猪进行SNP检测;计算群体的有效含量、多态信息含量、多态标记比例、期望杂合度、观测杂合度、有效等位基因数以及最小等位基因频率,分析保种群体的遗传多样性;利用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)矩阵和分析每个样本的连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH),Gamatrix(V2)软件构建基因组关系G矩阵,分析合川黑猪保种群的亲缘关系;利用Mega X(V10.0)软件进行群体聚类分析,研究合川黑猪保种群的家系结构;运用Tajima’s D和iHS方法分析合川黑猪群体基因组上受选择的信号区域,挖掘潜在的候选基因。结果表明,合川黑猪保种群体的群体有效含量、平均多态信息含量、多态标记比例、平均有效等位基因数、最小等位基因频率分别为4.2、0.156、0.534、1.38、0.141,说明合川黑猪保种群体的遗传多样性较丰富;群体的平均期望杂合...     

基于SNP芯片分析瑶鸡2个群体亲缘关系

试验旨在揭示瑶鸡2个群体YA(贵州瑶山鸡)和YB(南丹瑶鸡)之间的遗传距离和亲缘关系,为培育市场需求的瑶鸡配套系提供参考和帮助。从YA和YB群体中分别随机抽取25只鸡,利用"京芯一号"鸡55K芯片对瑶鸡2个群体的亲缘关系进行遗传分析。通过主成分分析,瑶鸡2个群体个体随机聚在一起,没有出现明显的分别聚类现象,遗传背景相似。G矩阵和IBS矩阵表明瑶鸡2个群体大多数个体间亲缘关系较远。使用邻接(Neighbor-Joining,NJ),基于IBS遗传距离分析结果对2个群体样本进行聚类,结果表明YA和YB分别聚为一大类,说明两个群体遗传距离较远,群体间亲缘关系相对较远。瑶鸡2个群体基于长纯合片段(Runs of homozygosity,ROH)的平均近交系数(FROH)为0.031 21,YA和YB群体近交系数分别为0.032 75和0.029 66,近交系数都很低。瑶鸡YA、YB群体的期望杂合度(He)分别为0.388 9、0.388 3,YA和YB群体观察杂合度(Ho)分别为0.400 1、0.400 3,说明瑶鸡两个群体的遗传多样性较低,群体的选育程度较高,整齐度较好。综合分析表明,瑶鸡两个群体近交系数很低,亲缘关系较远,遗传多样性较低。     

基于SNP芯片挖掘伍隍猪新遗传材料

为进一步了解伍隍猪与内江猪在群体结构、基因组信息、遗传进化上的差异，本研究主要利用50K SNP基因芯片，分别对131头伍隍猪个体和156头内江猪个体进行基因分型。结果表明：2个品种群体间的亲缘关系相对较远但存在一定的遗传联系。伍隍猪保种群的多态性标记比例（0.641 9）大于内江猪保种群（0.506 0）；且伍隍猪的LD衰减速度大于内江猪；群体有效含量分析表明2个品种在219世代内相对缩减了96.68%；进化树显示出伍隍猪、内江猪与四川其他猪种分离，但在2个群体内部有明显区分；ROH鉴定与选择信号分析发现伍隍猪在繁殖性能与耐受性等方面受到了正向选择。该结论为伍隍猪种质资源开发、利用提供了重要理论依据。     

近交陆川猪的遗传稳定性研究

旨在探讨高度近交陆川猪的遗传稳定性。本试验采集20头近交和6头非近交陆川猪的耳组织样品进行个体基因组重测序,通过扫描全基因组SNPs分析近交陆川猪群体的遗传多样性,并基于基因组纯合度挖掘近交陆川猪群体中特异的纯合区域(region of homozygosity, ROHs)及相关基因。结果表明,近交陆川猪群体的观察杂合度(0.373)小于期望杂合度(0.491),推测其发生了选择或者近交;系统进化树和群体遗传结构分析发现,近交陆川猪群体在近交过程中分化成为两个近交家系,且230、236、239、132、130及126号个体亲缘关系最近;在近交群体中,基因组纯合度和基因组长纯合片段比例的均值分别为59.64%和0.12,都极显著高于非近交群体53.18%和0.05(P0.01),说明该近交陆川猪群体已达到高度近交;近交群体和非近交群体中分别有1 250和633个ROHs,重叠分析结果显示,特异存在于近交群体中的阳性纯合区域(positive region of homozygosity, pROHs)有224个,其中由于近交产生的纯合突变可能影响参与激素合成过程、胰液分泌、膜脂代谢过程、IgA产生的肠道免疫网络及纹肌细胞分化等相关的1 322个基因。结果提示,近交陆川猪群体的遗传多样性低、基因组纯合度高且已达到高度近交,说明该群体的遗传稳定性高。此外,近交陆川猪群体在近交过程中产生的纯合突变可能与机体的免疫、生长等生产性状相关。     

民猪保种群体的遗传基础分析

为了科学准确地划分现有民猪保种群体的亲缘关系及家系结构,试验采用猪的"中芯一号"育种芯片检测了70头民猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);使用MEGAX(V10.0)和R软件进行公畜样本及全部样本的聚类分析,使用Plink(V1.90)和R软件等进行近交系数的计算及因果突变分析,并统计分析影响猪的肉质性状、生长和体型性状、繁殖性状和抗病性性状等11个基因的基因型。结果表明:民猪保种群内的20头公猪可划分为5个血统,49头母猪可分别划入这5个血统,但有1头个体与这5个血统均不存在亲缘关系,而被归为"其他"。群体平均近交系数为0.11,属于中度近交。在因果突变分析中,该群体内氟烷基因和酸肉基因还未得到净化;采食量、抗仔猪腹泻和料肉比的优势等位基因占比较高,但影响多肋骨数和多胸椎数的优势等位基因占比非常低,还有较大的选择空间。说明未来该民猪保种群体要尽量避免近交,考虑引入新的公猪血统,尽快剔除携带有劣势基因型的个体,提升种群的生产性能。     

基于简化基因组测序的娄门鸭遗传多样性评价

旨在通过分析娄门鸭保种群体的遗传多样性和群体结构来评估保种效果。本研究在娄门鸭保种群中随机选择同一世代163只90日龄的健康个体(39公，124母)，翅静脉采血后提取基因组DNA，利用简化基因组测序技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性(SNPs); 利用R软件计算个体水平的多态信息含量(PIC)、固定指数(Fix-index)、香农信息指数(SHI)、基因多样性指数(Nei)、有效等位基因数(Ne)以及本研究自创的相对多态信息含量(rPIC)等6个遗传多样性指标，并比较分析了不同染色体水平的遗传多样性指标; 同时利用admixture软件分析群体遗传结构，gcta软件分析群体主成分和个体间的亲缘关系，并分析连续性纯合片段(runs of homozygosity，ROH)以及基因组近交系数F_ROH，评估保种效果。结果显示，163只娄门鸭个体共检测到622 205个SNPs位点，质控过滤后得到374 455个高质量SNPs位点，其中50.70%的位点分布在NC_040046、NC_040047、NC_040048和NC_040049四个染色体中。娄门鸭群体PIC、Nei、Ne、SHI和rPIC指标值分别为0.154 1、0.192 9、1.336、0.296 9和0.410 9，对于SNPs而言，该群体38.80%的SNPs位点属于高度多态性位点，遗传多样性较为丰富; Fix-index值为0.320 8，说明娄门鸭群体出现了分化，这与遗传结构、PCA和亲缘关系分析将娄门鸭群体划分为3个群体的结果一致。PIC、Nei、Ne和SHI四个指标分别在不同染色体上的分布规律均一致，且4个指标两两相关性均达到0.97以上，而Fix-index与其他4个指标的相关性较低，在0.23以下，说明可以选择Fix-index以及PIC等少数指标来评估娄门鸭群体的遗传多样性。163只娄门鸭个体共检测到2 966条ROH，ROH片段长度主要集中在0~2 Mb区间; 基于ROH得到的基因组近交系数F_ROH在公、母鸭中分别为0.027 5和0.043 3，说明娄门鸭保种群近交程度较低; 具体到染色体水平，NC_040068、NC_040074染色体的F_ROH值分别达到0.352 4和0.319 3。结果提示，娄门鸭保种群的遗传多样性较丰富，群体基因组近交系数较低，但个别染色体的近交系数较高，且群体出现了部分分化。后续保种中可以将遗传结构分析得到的3个分化的亚群个体之间进行适当的非随机交配，消除目前的群体分化现象，并重点监测染色体近交系数较高的基因组区域，避免个别染色体近交系数上升过快。