11个芒果品种SSR指纹图谱的构建与品种鉴别

以11个有一定代表性的芒果品种为试材,从16对SSR引物中筛选14对多态性引物构建11个品种的指纹图谱.结果共检测出61个片段,其中多态性片段56个,每对引物可以检测到2～10个数目不等的片段,平均为4.4个,片段大小介于100～540 bp之间.11个芒果品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种的特定图谱,单一多态性引物能将11个芒果品种区分为2～5个类型.平均为3.3个类型.14对多态性引物中不同的4对核心引物指纹图谱可以将11个品种区分开.     

利用SSR荧光标记构建37个中国橡胶树栽培品种指纹图谱

以37个橡胶树栽培品种为材料,利用SSR荧光标记技术进行DNA指纹图谱的构建和遗传关系分析,构建我国橡胶树栽培品种的SSR指纹图谱。共计筛选和确定出34对SSR引物作为构建橡胶树品种DNA指纹图谱库的核心引物,其中30对SSR引物可用于品种鉴定,4对SSR引物可作为备选引物用于后续新选育品种的鉴定。筛选和确定出的核心SSR引物表现出较高的多态性信息含量（PIC值）,其中PIC值高于0.5的引物高达97%,PIC值大于0.7的引物多达12对,PIC值大于0.8的引物有2对。引物rbm28的多态性最高,可作为最佳引物用于鉴定中国橡胶树主栽品系的遗传多样性,其他4条引物HESR025、HESR163、H-084、H-122同时具备较高的杂合率和多态性,可考虑作为备选引物。34对核心SSR引物在37个橡胶树品种中共检测到161个等位变异,平均每对引物检测到5.4个等位基因,平均PIC值为0.65,表现出高度多态性。利用30对核心SSR引物对37份橡胶树品种进行扩增,得到相关品种的准确SSR位点信息,获得包含37个橡胶树品种的标准DNA指纹图谱库,其中33个橡胶树品种均具有唯一的DNA特征指纹,可作为各品种特定的图谱,为橡胶树品种鉴定和育种实践提供依据。     

中国玉米新品种DNA指纹库建立系列研究Ⅱ.适于玉米自交系和杂交种指纹图谱绘制的SSR核心引物的确定

本项研究利用60个玉米自交系对初选出的158个SSR引物对进行进—步筛选，综合考虑PIC值大小、扩增带型统计的难易及引物的重复性高低，确定bn1g439、bnlg125、phi053、bnlgl97、phi072、bnlg238、phi126、bnlg161、bnlg240、bnlg619共10个引物对作为构建玉米自交系和杂交种指纹库的核心引物；同时提出适用于计算玉米SSR指纹图谱概率的公式：P=1／N，对自交系N=n；对杂交种，N=Cn^1 Cn^2。n为所用引物的等位基因数。     

SRAP和SSR标记构建的甘蓝型油菜品种指纹图谱比较

利用SRAP ( sequence - related amp lified polymorphism)和SSR标记构建了甘蓝型油菜品种指纹图谱,并对 两种标记方法进行了比较。结果表明: (1)每对SRAP引物扩增出20. 36个条带,其中4. 44个是清晰、易于辩认的 多态性带;每对SSR引物扩增出3. 88个条带,均为多态性条带。(2)采用25对SRAP和SSR引物分别构建40个和 75个品种的特异指纹图谱, SRAP指纹中具有特异图谱的比例(82. 5%和50. 7% )高于SSR指纹图谱的结果( 60. 0%和44. 4% ) 。品种数越多具有特异指纹的品种越少。(3)运用引物组合法构建品种指纹图谱,大大地提高了指 纹图谱的特异性。25对SSR引物组合扩增97个多态性谱带,两个不同的品种具有相同谱带的概率只有6. 3108 × 10 - 30。组合指纹图谱比组合数码图谱更直观。与SRAP标记相比, SSR标记以其扩增谱带少、易于识别和统计而 更适合用于引物组合法构建品种指纹图谱。     

利用SSR分子标记鉴定中棉所63的真实性和纯度

为了保护中棉所63的品种权,减少棉种企业的经营风险,保障棉农选用真实的杂交种,选择了30对SSR核心引物构建中棉所63的指纹图谱,并利用指纹图谱检测中棉所63的真实性和纯度。经其他3个国审棉花品种验证,这30对核心引物多态性好,鉴别能力强,适应性好。     

基于SSR标记的菠萝种质DNA指纹图谱构建

以来自9个国家或地区的26份菠萝种质为材料,利用SSR标记进行了DNA指纹图谱的构建。筛选出多态性高、稳定性好的8对SSR引物共检测到35个多态性位点,每对引物的多态性位点数平均为4.38,引物的多态性条带百分比平均高达92.92％,PIC值介于0.26～0.39之间,平均为0.33。利用这8对SSR引物构建了26份菠萝种质的指纹图谱,并对菠萝种质做遗传相似性分析和聚类分析。结果表明,菠萝种质遗传相似系数分布在0.421～0.974之间,平均为0.689,26份菠萝种质在遗传相似系数0.633处被划分为3类。该研究结果将为菠萝种质鉴定、分类及分子育种提供重要科学依据。     

利用SSR标记构建水稻核心亲本指纹图谱

利用农业行业标准(NY/T 1433-2014)中公布的48对SSR引物构建27个水稻核心亲本指纹图谱,并获得所有亲本的SSR分子身份证号。48对SSR引物在27个亲本中共扩增到162个多态性片段,平均每对引物可检测到3.53个等位基因。能扩增到2个以上等位基因的SSR引物共45对,PIC值变化范围0.07~0.80,平均0.46。聚类分析结果表明,27个亲本的遗传相似性系数在0.593~0.944之间,基本上反映了不同材料间的亲缘关系。核心亲本SSR分子身份证的确定,不仅为品种鉴定提供了一个平台和标尺,便于建立品种的遗传指纹档案,还为保护品种知识产权,鉴定品种真伪及纯度提供了可靠依据。     

巴西橡胶树主栽品种指纹图谱构建

以24个橡胶树主栽品种为试材,从75对SSR引物中筛选到14对多态性引物,构建了24个品种的指纹图谱。结果每对引物可以检测到2～5个数目不等多态性等位基因,平均为4.00个等位基因,PIC 平均值为0.48。聚类分析可将24份主栽品种分为三大类,具有相同来源的多数品种聚为一类。24个橡胶品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种的特定图谱。     

喀斯特高海拔山区玉米骨干自交系SSR指纹图谱的构建

利用86对SSR引物分析了36份喀斯特高海拔山区玉米骨干自交系的多态性,从中确立了多态性、重复性均较好的34对核心引物。利用其中6对引物Phi072、Bmc1108、Phi080、Bmc1614、Bnlg2144、Zct161可将36份自交系完全区分,表明SSR标记可有效地用于喀斯特高海拔山区玉米骨干自交系的真实性和纯度鉴定。     

三个高含油量甘蓝型油菜新品系SSR指纹图谱的构建

在80对SSR引物中筛选到9对多态性好,条带清晰,重复性高的引物构建三个高含油量甘蓝型油菜新品系的指纹图谱。结果显示,9对SSR引物构建的指纹图谱可以区分开三个保护品系和其他138个对比品种;运用引物组合法构建3个保护品系的指纹图谱,大大提高了图谱的特异性;虽然同一品系不同单株间在DNA水平上存在微弱差异,但利用UPGMA法聚类分析表明,三个保护品系各自聚类在一组并与其他对比品种区分开。     

西北旱区主要优质蛋白玉米自交系的遗传多样性研究

采用SSR标记技术对30个已知来源的优质蛋白玉米自交系的遗传背景进行了遗传多样性分析。结果表明,从筛选出的29对有多态性的SSR引物中共检测出141个等位位点,每个位点检测到等位基因3～8个,平均4.86个。SSR标记聚类将这些材料分为4个类群,主坐标分析将其分为8组。2种分类方法所得结果基本一致,主坐标分析更能详细反映30个自交系间的亲缘关系。     

利用SSR标记分析高油玉米与普通玉米自交系间的遗传关系

利用120对SSR引物分析10个高油玉米自交系及其与21个属于不同优势类群普通玉米自交系间的遗传关系,并初步进行了种质类群划分。结果表明,供试自交系共检测到429个等位基因变异,平均每个位点的等位基因数为3.56个,多态性信息量为0.12～0.85;遗传距离为0.10～0.72,平均为0.57。聚类结果表明,两类自交系间遗传差异明显;高油玉米自交系与各普通玉米自交系以及不同优势类群普通玉米自交系间均存在较大遗传差异;普通玉米自交系聚类结果与生产上利用高优势杂交种的组配效果相吻合,高杂种优势组合的双亲自交系均属于不同类群,而在同一类群自交系间尚未组配出具有高杂种优势的组合。     

我国北方部分玉米自交系的遗传多样性分析

利用SSR分子标记技术,分析我国北方部分玉米自交系的遗传多样性。从79对SSR核心引物目录中,选出43对引物对52份玉米自交系进行遗传多样性研究,共检测到174个等位基因位点,每对引物检测到2～8个等位基因,平均每个位点的等位基因数4.35个,平均多态性信息量为0.593。UPGMA聚类分析结果表明,52份自交系划分为兰卡斯特群、瑞德群、旅大红骨群、塘四平头群和综合种群5个类群。生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的类群。     

利用SSR标记分析玉米P-162近缘系的遗传多样性

利用SSR标记技术分析47个玉米P-162近缘系的亲缘关系及遗传多样性,研究P-162自交系的亲缘关系。结果表明,22对多态性较好的随机引物中共检测到154个等基因变异,每对引物检测到等位基因3~12个,平均7.48个。利用UPGMA聚类分析法将供试自交系划分为7类,47个玉米P-162近缘系材料之间具有一定的遗传差异,总体供试材料遗传基础相对较狭窄。     

玉米DUS测试标准品种的SSR分子指纹图谱的构建

研究了39个玉米DUS测试标准品种的SSR分子指纹图谱的构建方法。结果显示:①用改良CTAB法得到的玉米DNA的A260/A280为1.82,A260/A230为2.02,其条带清晰,降解少,质量明显优于SDS法;②从所用的国内外63对核心引物中筛选出PIC值高、条带清晰、稳定性好的20对玉米SSR核心引物;③用8%聚丙烯酰胺电泳在20对引物扩增产物中检测出了171个位点,PIC值为0.855 4,远远高于3%琼脂糖电泳,更适合DUS测试;④建立了DUS标准品种SSR分子指纹图谱,为DNA检测方法在玉米新品种DUS测试中的运用奠定了基础。     

利用SSR标记分析35份糯玉米种质的遗传多样性

以引进的35个糯玉米自交系和5个我国普通玉米杂种优势群的标准检验种为供试材料,利用SSR标记分析他们的遗传多样性和亲缘关系.结果表明,30对SSR引物共检测到140个等位基因变异,每对引物的等位变异数为2～8个,平均为4.67个;SSR标记的多态性信息量在0.198 6～0.794 7之间,平均为0.584 0;材料间的遗传距离在0～0.923 1之间,平均值为0.645 3.40份材料可以分为4个类群,与可追踪的系谱信息基本一致.     

利用SSR标记划分玉米自交系杂种优势群的研究

利用SSR标记对64个玉米自交系进行了杂种优势群的划分。20对SSR引物在供试材料中共检测出96个等位基因的变异,每对引物检测出等位基因数2～9个,平均4.36个。多态信息量变化范围为0.22～0.86,平均多态信息量为0.61。UPGMA聚类分析结果表明,供试自交系可分为8大类群,分类的结果与系谱关系基本一致。     

利用SSR标记划分黑龙江省中早熟玉米自交系杂种优势群的研究

利用SSR标记研究了25个玉米自交系的遗传变异,初步进行了杂种优势群划分。从100对SSR引物中筛选出80对扩增产物具有稳定多态性的引物,80对引物在供试材料中共检测出361个等位基因变异,平均每对引物检测到等位基因数位4.513个,变化范围在2～8个,多态性信息含量变化范围为0.298～0.827,平均多态性信息量为0.615。25个自交系之间的遗传相似系数变化范围为0.554～0.939。UPGMA聚类分析结果表明,供试自交系可分为4大类群(6个亚群),分类结果与系谱基本一致。     

利用SSR 标记分析12 个玉米群体的遗传关系

以12个玉米群体为实验材料,6个玉米自交系为对照,利用SSR标记分析群体的遗传多样性,并进行聚类分析。结果表明,利用56对SSR引物在12个玉米群体中共检测到202个等位基因,每个位点检测到的等位基因数为2～9个,平均为3.61个,说明12个群体的遗传变异较丰富;12个群体的等位基因数目变化范围在112～143个,平均每个位点有2～2.55个,黄金群变异最丰富,辽旅综的变异最小。根据估算的遗传距离进行聚类分析结果表明,12个群体可分为金皇后、Reid、塘四平头、旅大红骨、Tuxpeno和热带亚热带种质6个杂优类群,杂优类群划分结果与已知来源和系谱关系基本一致。