香猪对氧磷酯酶基因家族的克隆及序列分析

采用RT-PCR技术,从香猪的肝脏总RNA中克隆了3个对氧磷酯酶(paraoxonase,PON)基因:PON1、PON2、PON3,其cDNA分别长1164、1212和1080 bp,各包含1个完整的开放阅读框,分别编码355、354、354个氨基酸组成的前体,其N-端的15、23、23个氨基酸为信号肽。香猪PON1基因中有1个碱基变异,不改变编码的氨基酸,为无义突变;香猪PON2基因中有2个碱基改变,导致成熟肽发生Q234R、V269I替换;香猪PON3基因中有1个碱基变化,使成熟肽出现R127H替换。经三维结构预测分析,这3个氨基酸位点的变化将影响蛋白质内部区域的微环境,影响对氧磷酯酶的功能,可能与香猪的抗逆性有一定的联系。     

贵州地方猪品种对氧磷脂酶1基因的多态性研究

本试验以欧洲猪种为参照,研究贵州地方猪对氧磷脂酶1(paraoxonase,PON1)基因的多态性,探讨基因多态性与地方猪的脂肪沉积之间是否存在相关性。研究采用锚定聚合酶链反应技术对香猪、糯谷猪、萝卜猪和可乐猪共138个贵州地方猪品种PON1基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)进行研究。结果表明,猪群PON1基因的163/165位点出现A/T、G/A变异,515位点检测到C/T突变,均以3种基因型存在。经卡方(χ²)检验,贵州地方猪群PON1基因515位点的基因型频率和基因频率与欧洲猪品种间的差异不显著(P>0.05);163/165位点中,贵州地方猪种A等位基因的频率为83.7%,明显高于欧洲猪品种(25.2%)。贵州地方猪品种PON1基因的163/165位点A等位基因占优势,编码的第55位氨基酸为甲硫氨酸(Met55),与脂代谢异常人群的基因型相同;欧洲猪种以B等位基因为主(P<0.01),编码的第55位是亮氨酸(Leu55),与正常人群的基因型一致。以人PON1蛋白的晶体结构为模板,推导出香猪PON1蛋白的三维结构。地方猪PON1基因变异导致的Met55突变可能影响PON1水解酶活性中心的疏水环境,可能使蛋白的水解酶活性下降,使得地方猪品种的脂肪沉积量和肉质不同于欧洲猪种。由此推测,贵州地方猪品种PON1基因163/165位点存在多态性,可能与地方猪种的脂肪沉积和肉质有一定的相关性。     

猪圆环病毒3型近五年的研究进展

猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)属于圆环病毒科，是一种无包膜、环状、单链DNA病毒。猪圆环病毒属成员最初于2016年被报道，能够感染猪，其结构特征、临床症状、发病机制和猪感染后的免疫反应在之后的研究中得到了进一步的阐述。本综述旨在总结PCV3相关研究在病毒基因组特征、流行病学、发病机制、免疫应答和诊断方法方面的进展。PCV3在全球各年龄段的猪上均有检出，并与一系列临床症状相关，包括多系统炎症综合征、繁殖障碍、猪皮炎与肾病综合征以及亚临床感染。实验性研究发现猪感染PCV3后成功地再现了多系统炎症，但并未暴发临床疾病。这些发现，再加上大量关于PCV3并发感染的报道，表明仅感染PCV3可能不足以导致猪出现明显的临床疾病。目前尚未充分阐明PCV3的发病机制，也未能确定促进病毒入侵细胞的受体，但已证实PCV3可在受感染猪的滋养层细胞、心肌细胞、皮肤脂肪细胞和神经元等多种类型的细胞中复制。PCV3似乎可以逃避宿主的免疫反应，在实验性和田间研究中，猪感染病毒42 d后会出现持续性毒血症就证明了这一现象，不过感染猪有强烈的体液反应。已经观察到宿主细胞因子谱...     

野猪、家猪及野家杂种猪calpain3基医的多态性分析

Calpain3（CAPN3）在肌肉组织中特异表达，其活性显著影响宰后肉的嫩化，研究以野猪、家猪及野家杂种猪为研究对象，对其上的一个点突变进行了基于限制性内切酶Hinc Ⅱ的PCR-RFLP分析。结果表明：2个等位基因在野猪、家猪中的分布存在着极显著的差异，在长白、大白、杜洛克这3个欧洲引进猪种中没有检测到B等位基因；民猪共检测了35头，只发现了3个AB杂合体，其余都是AA型；而野猪却以B为优势基因，B等位基因频率明显高于A等位基因，结合品种（品系）特性说明该突变可能与瘦肉率和嫩度有关。     

3个中国实验用小型猪品种血液生化指标分析

用全自动生化分析仪检测了五指山小型猪近交系、贵州小型猪和广西巴马小型猪封闭群25个血液生化指标，统计分析结果显示，3个品种间无差异的指标有1项，差异极显著（P＜0.01）的指标有7项；3个品种中所有指标的变异系数平均值依次为：0.18、0.21和0.17。通过3个小型猪品种间同一指标的比较，以及与人类参考值、国外著名的哥廷根小型猪、地方猪品种和引进大型猪品种比较，为小型猪用于人类医学研究应用提供参考。     

猪CD3ε分子的cDNA 克隆与序列分析

应用RT-PCR和3′RACE技术，本研究从猪外周血淋巴细胞总RNA中扩增克隆了猪CD3ε基因并进行了序列分析。序列分析结果表明，猪CD3ε cDNA序列长1241nt，其中5′非翻译区80nt，3′非翻译区570nt，开放阅读框591nt，该开放阅读框编码196个氨基酸残基的CD3ε前体蛋白(无糖基化位点)；在猪CD3ε蛋白的胞外区，Cys^49、Cys^91、Cys^108和Cys^111为保守性氨基酸残基，它们与CD3ε免疫球蛋白样结构的形成有关。在猪CD3ε蛋白胞浆区，存在免疫受体酪氨酸活化基序(ITAM)、内质网潴留基序和1个SH3结合基序，其中ITAM基序含有2个SH2结合基序和2个潜在酪氨酸磷酸化位点Tyr^177和Tyr^188，这些基序是猪CD3分子参与T细胞活化信号转导和TCR-CD3复合体装配的结构基础。推导氨基酸序列分析结果表明，猪与人、鼠、狗、牛和绵羊CD3ε蛋白的氨基酸同源性分别为61．2％、58．7％、58．7％、65．1％和65．6％。     

牛对氧磷酶1基因和对氧磷酶2基因原核表达载体的构建及其表达分析

为制备和纯化对氧磷酶(PON1和PON2)蛋白做准备，对牛的PON1和PON2基因进行克隆并在大肠杆菌中表达。从牛肝脏组织中用RT-PCR扩增PON1和PON2 cDNA的全长编码序列，连接到原核表达载体pET28a中，构建重组表达质粒并转化到大肠杆菌BL21（DE3）中，以IPTG诱导表达目的蛋白，SDS-PAGE分析表达情况。 结果表明，成功克隆了PON1和PON2两个基因的cDNA的全长编码序列，酶切及测序鉴定证明，获得含有目的基因片段的重组质粒，表达的牛的PON1和PON2融合蛋白以可溶性的形式存在。这为进一步制备和纯化PON1和PON2蛋白，以及探索其在家畜使用寿命中的研究和提高犊牛初生重的作用等方面提供依据。     

TAP1基因外显子3在9个不同猪群体中的遗传多态性分析

本研究利用PCR-RFLP法检测了TAP1基因在4个中国地方猪品种、1个培育猪品种、3个引进猪品种和亚洲野猪等9个群体中的遗传多态性。结果表明:TAP1基因外显子3发现1处SNP位点G729A,并且在所有群体中均检测到3种基因型(AA、AB和BB型),其中引进猪品种B等位基因频率较高,地方猪品种和亚洲野猪的A等位基因频率相对较高。G729A位点上不同基因型的分布在多数群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态,但在苏太猪群体中发生了极显著偏离(P0.01)。群体内变异分析表明,地方猪品种和亚洲野猪的杂合度、有效等位基因数以及Shannon’s信息指数都普遍高于引进猪品种。UPGMA法聚类分析结果表明,9个群体共出现3个分支,3个外来猪品种聚为一类,苏太猪、梅山猪与二花脸猪聚为一类,淮猪、亚洲野猪与荣昌猪聚为一类。     

FASN基因在保山猪3个组织中的表达量与背肌营养物质含量的关联分析

为了探索FASN基因在保山猪肝脏、背肌及背脂中的表达量与背肌营养物质含量的相关性，实验采用实时荧光定量PCR技术检测FASN基因在保山猪背肌、背脂、肝脏中的相对表达量，并与保山猪背肌营养物质含量进行关联分析。结果表明，FASN基因在保山猪3个组织中的表达趋势为：背脂>肝脏>背肌，各组织间的表达量均呈差异极显著；保山猪3个组织中FASN基因的表达量与背肌中氨基酸含量均呈不显著相关。保山猪在肝脏中FASN基因表达量与背肌中饱和脂肪酸含量呈极显著负相关，与不饱和脂肪酸含量呈极显著正相关，与棕榈酸呈显著负相关，与二十碳三烯酸、花生四烯酸和二十四烷酸均呈显著正相关。保山猪FASN基因的表达量对保山猪氨基酸含量的形成没有调控作用，对不饱和脂肪酸含量的形成具有调控作用，可作为影响保山猪不饱和脂肪酸含量的候选基因。     

猪14-3-3蛋白家族基因生物信息学分析

14-3-3蛋白在哺乳动物中均有表达,是一类高度保守的酸性蛋白家族,广泛参与各种信号传导途径,具有十分重要的功能。本研究以猪的14-3-3蛋白家族为研究对象,运用生物信息学方法,首先对猪(Sus scrofa)14-3-3蛋白家族基因组数据库进行搜素,获得猪14-3-3蛋白家族的7个亚型。然后通过对所有的猪14-3-3蛋白家族的DNA序列及各种表达序列标签(Expression Sequence Tags,ESTs)作进一步比对分析。结果表明:猪14-3-3蛋白家族的7个亚型在猪中均有表达;蛋白质多序列匹配分析表明猪14-3-3蛋白存在多个保守结构域,在各功能区段相当保守;通过基因结构分析、ESTs表达分析和蛋白质预测分析表明,14-3-3蛋白质家族均为亲水性蛋白,且不同亚型在猪体内不同组织表达,参与不同的生物学功能。本文将为猪14-3-3蛋白家族进一步的功能分析提供研究基础。     

野猪、家猪及野家杂种猪calpain3基因的多态性分析

Calpain3(CAPN3)在肌肉组织中特异表达,其活性显著影响宰后肉的嫩化,研究以野猪、家猪及野家杂种猪为研究对象,对其上的一个点突变进行了基于限制性内切酶HincⅡ的PCR-RFLP分析.结果表明:2个等位基因在野猪、家猪中的分布存在着极显著的差异,在长白、大白、杜洛克这3个欧洲引进猪种中没有检测到B等位基因;民猪共检测了35头,只发现了3个AB杂合体,其余都是AA型;而野猪却以B为优势基因,B等位基因频率明显高于A等位基因,结合品种(品系)特性说明该突变可能与瘦肉率和嫩度有关.     

TGFβ3基因多态位点及其与猪脊椎数性状的关联分析

本研究旨在探索转化生长因子β3（transforming growth factor beta 3，TGFβ3）基因在大白猪×民猪构建的F2代资源群体内的多态性，并分析其多态性与猪脊椎数性状的关系。试验采用PCR技术，以F0代个体的DNA为模板，筛选TGFβ3基因外显子区的SNP，并将筛选到的SNP在F2代群体中进行验证，进而分析SNP与猪脊椎数性状的关联性。结果发现，TGFβ3基因在F0代个体中仅筛选到1个SNP位点，即SSC7：105179474 G > A，表现为两种基因型GG和GA。TGFβ3基因不同基因型与F2代个体脊椎数性状的关联分析表明，SSC7：105179474 G > A与猪肋骨数、胸腰椎数之和呈极显著相关（P < 0.01），与猪腰椎数无显著相关（P > 0.05）。χ²适合性检验发现，该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）。综上所述，TGFβ3基因可能是影响猪脊椎数性状的主效基因或与主效基因连锁，SSC7：105179474 G > A位点有望作为提高猪脊椎数性状的分子遗传标记。     

3β-HSD在初情期从江香猪附睾中的特异性表达模式

3β-羟基甾脱氢酶（3β-HSD）特异性表达于从江香猪的附睾组织中，并且在初情期时表达量最高。而目前对3β-HSD在初情期附睾不同区段的研究未被报道，因此本实验以香猪不同区段的附睾组织作为实验对象，通过使用免疫组织化学（IHC）与蛋白质免疫印迹（WB）分析3β-HSD在初情期香猪附睾5个区段（Ⅰ-Ⅴ区）的具体表达位置和表达量。IHC结果显示3β-HSD定位于香猪附睾的5个区段，且主要定位于附睾管上皮周围的平滑肌、管腔内附睾液及管腔微绒毛中。WB结果显示3β-HSD在Ⅳ区的表达量最高，并且显著高于Ⅰ区、Ⅱ区、Ⅲ区及Ⅴ区。此外，Ⅲ区的表达量显著高于Ⅰ区，但3β-HSD在Ⅰ区、Ⅱ区和Ⅴ区的各组之间并无统计学差异。综上，本研究发现3β-HSD在初情期香猪附睾定位于附睾管管周平滑肌、管腔内附睾液及管腔微绒毛，表达量以Ⅳ区最高，并且以区段特异性表达。     

猪UCP3基因的分离与多态分析

解偶联蛋白3是一种线粒体内膜上的转运蛋白,可以使氧化过程与ADP磷酸化过程解偶联。本研究分离了猪UCP3基因的外显子2~3和外显子6。经过序列分析,发现猪UCP3基因共有3处框移突变和18个SNP位点。在猪UCP3片段中分别包含一个SmaⅠ和SduⅠ酶切位点。UCP3片段SmaⅠ位点在大白×梅山F2家系中经PCR-RFLP分析,表现为AA、AB和BB 3种基因型,A基因频率为0.57,B基因频率为0.43。因此,可以将UCP3基因作为猪分子遗传育种的候选基因。     

野猪黑素皮质素受体3基因的克隆及变异初步研究

为了揭示黑素皮质素受体3群体遗传变异,寻找新的遗传标记,对野猪黑素皮质素受体3基因进行了克隆和序列分析,并对发现的突变位点进行PCR—SSCP多态性检测。序列分析结果表明：野猪与家猪相比存在5个SNPs,其中有3个是在家猪中没有发现的;利用PCR—SSCP方法在各多态位点均检测到3种基因型,且基因型分布符合Hardy-weinberg定律,说明野猪具有独特的遗传信息。     

猪CD3∈分子的cDNA克隆与序列分析

应用RT-PCR和3′RACE技术,本研究从猪外周血淋巴细胞总RNA中扩增克隆了猪CD3ε基因并进行了序列分析。序列分析结果表明,猪CD3εcDNA序列长1241nt,其中5′非翻译区80nt,3′非翻译区570nt,开放阅读框591nt,该开放阅读框编码196个氨基酸残基的CD3ε前体蛋白(无糖基化位点);在猪CD3ε蛋白的胞外区,Cys49、Cys91、Cys108和Cys111为保守性氨基酸残基,它们与CD3ε免疫球蛋白样结构的形成有关。在猪CD3ε蛋白胞浆区,存在免疫受体酪氨酸活化基序(ITAM)、内质网潴留基序和1个SH3结合基序,其中ITAM基序含有2个SH2结合基序和2个潜在酪氨酸磷酸化位点Tyr177和Tyr188,这些基序是猪CD3分子参与T细胞活化信号转导和TCR-CD3复合体装配的结构基础。推导氨基酸序列分析结果表明,猪与人、鼠、狗、牛和绵羊CD3ε蛋白的氨基酸同源性分别为61.2%、58.7%、58.7%、65.1%和65.6%。     

猪APOBEC3F基因外显子6单核苷酸多态性及其与PRRSV易感性的关联分析

载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽3F(APOBEC3F)是有效阻止内源性与外源性反转录病毒复制的新型宿主细胞因子。本文对猪APOBEC3F基因外显子6序列进行扩增和测序,筛选多态性位点,并分析其与PRRSV易感性的相关性。测序发现外显子6存在3个单碱基突变(g.337 T/G、g.341 G/A和g.343 T/C)。针对g.341 G/A建立CRS-PCR-RFLP方法,检测9个猪群193个样本,发现仅在姜曲海猪和梅山猪中有GG(0.79/0.80)和GA(0.21/0.20)基因型,其他7个猪群体只检测到GG基因型。GG基因型猪肺泡巨噬细胞中PRRSV拷贝数在接毒后18h显著高于GA基因型个体(P<0.05)。表明APOBEC3F基因外显子6与猪种PRRSV抗性相关,外显子6的341位点A等位基因更有利于抵抗PRRSV的感染,这为进一步探讨APOBEC3F基因作为猪种PRRSV抗性辅助选育标记提供了试验依据。     

PCV3自然感染仔猪病例的病理学观察及体内分布

为探究猪圆环病毒3型(PCV3)在感染猪组织器官中的分布规律及其对猪组织产生的病理损伤变化,对广西某地区PCV3感染猪进行临床症状和病理学观察,发现单独感染PCV3病猪呈现典型的断奶仔猪多系统衰弱综合征(PMWS)症状,镜检发现病例呈现坏死性心肌炎、间质性肺炎、轻度的淋巴细胞性肝炎及免疫器官淋巴细胞消耗型炎症。免疫组化法检测结果发现淋巴组织中信号最强,PCV3阳性信号主要位于单核和巨噬细胞胞质中;PCV3可单独引发仔猪断奶衰竭综合征且23个组织中均有病毒分布。     

不同品种猪IGFBP-3启动子区突变位点筛查及分析

以军牧1号白猪、大白猪、东北野猪、巴马香猪和西藏小型猪为研究对象,通过PCR扩增5个品种猪IGFBP-3基因5′调控区序列(约2 000bp)并进行测序分析,来研究不同品种猪IGFBP-3基因启动子区序列的差异。同源性比对分析发现5个品种猪IGFBP-3基因5′调控区存在约50处突变;启动子预测发现在-185bp附近为核心启动子区的几率最大;突变共导致9处转录因子结合位点发生改变,其或可造成不同品种猪IGFBP-3表达量的差异,进而影响不同品种猪的体型大小。