应用多重RT-PCR检测甘蔗黄叶病毒和高梁花叶病毒

建立了多重RT-PCR同时检测甘蔗黄叶病毒(Sugarcane yellow leaf virus,ScYLV)和高梁花叶病毒病毒(Sorghum mosaic virus,SrMV)的技术体系,该体系可有效地对甘蔗田间植株和试管苗进行检测.根据引物之问的互补性及引物的Tm值筛选多重PCR引物.确定适宜的PCR缓冲液的...     

侵染果蔗的甘蔗黄叶病毒RT-PCR检测鉴定

根据GenBank登录的SCYLVCP基因序列,设计特异性引物,应用RT-PCR方法从黑皮果蔗病株中克隆甘蔗黄叶病毒外壳蛋白基因,扩增出608个核苷酸(nt)的特异片段。核苷酸和氨基酸序列分析结果表明,该片段包含甘蔗黄叶病毒(SCYLV)外壳蛋白基因的全长,编码196个氨基酸,与国内外已报道的SCYLV分离物同源性达96%以上;从构建的来自不同地区18个分离物的系统进化树得出本研究分离到的SCYLV-FJ Badila属于BRA-PER基因型;对福建省果蔗种植区长泰、龙文、同安等地的果蔗进行采样检测,结果表明,福建省果蔗普遍受到SCYLV的侵染。     

广西地区甘蔗黄叶病病毒分子鉴定

[目的]为广西甘蔗黄叶综合征（YLS）的分子检测和抗病育种提供参考。[方法]采集显症甘蔗叶样本,通过提取总RNA,利用引物P1／P2对样本递行反转录RCR（RT-PCR）扩增,对广西地区甘蔗黄叶病的病原体进行分子鉴定。[结果]经引物P1／P2扩增出630 bp的目的片段。氨基酸和核苷酸序列分析结果表明,该片段是甘蔗黄叶病毒（SCYLV）外壳蛋白基因的一部分,与其他国家SCYLV分离物同源性达95％-99％。[结论]广西甘蔗黄叶病病原确是SCYLV,该病毒可能是近年从区外或境外传入的。     

甘蔗花叶病毒复制酶基因的克隆及序列分析

以甘蔗花叶病毒(SCMV)福建分离物(FJ)的总RNA为模板,用RT-PCR方法扩增了含有复制酶(NIb)基因的DNA片段,将其克隆到质粒pGM-T载体上并进行了序列分析。结果表明,NIb基因由1563个碱基组成,编码521个氨基酸并含有高度保守序列GDD。NIa/NIb和NIb/CP交界处的蛋白酶切割位点分别为Q/C和Q/A。与国外报道的SCMV亚组几个株系分离物相比,NIb基因(福建分离物)的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为57.8%~86.9%和60.9%~95.2%,其中与SCMV-SA株系的核苷酸及氨基酸序列同源性则高达86.9%和95.2%。     

甘蔗花叶病毒南城分离物外壳蛋白基因序列测定及分析

从江西南城甘蔗病株中获得1个甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)分离物,命名为SCMV-NCH。根据SCMV外壳蛋白(CP)基因N-端和C-端保守序列设计引物,对SCMV-NCH的CP基因进行RT-PCR扩增、克隆和测序,获得924个核苷酸(nt),推断编码308个氨基酸(aa)的近全长CP基因序列。与SCMV亚组SCMV、高粱花叶病毒(SrMV)、玉米矮花叶病毒(MDMV)、约翰逊草花叶病毒(JGMV)、玉米花叶病毒(ZeMV)、白草花叶病毒(PenMV)等6种病毒代表性株系外壳蛋白氨基酸序列同源性比较结果显示,SCMV-NCH与SCMV的同源性最高(86.2%),与其他5种病毒同源性相对较低(56.4%~72.2%)。与SCMV13个分离物外壳蛋白氨基酸序列进行同源性比较并构建关系树,结果显示SCMV-NCH与我国浙江2个分离物(Yuhang和Xiaosh)具有最近的亲缘发生关系。     

应用多重SYBR Green-Ⅰ实时荧光定量PCR检测甘蔗黄叶病毒和高粱花叶病毒

基于已报道的甘蔗黄叶病毒(Sugarcane Yellow Leaf Virus,ScYLV)cp基因和高粱花叶病毒(Sorghummosaic virus,SrMV)NSP基因序列设计特异性引物,建立了针对这两种病毒的实时荧光定量PCR(real time-quantitative,RT-qPCR)检测方法。在此基础上,利用扩增产物Tm值的不同,建立了可区分ScYLV与SrMV的多重SYBR Green-Ⅰ实时荧光定量PCR方法,两种病毒扩增产物的Tm值分别为80.8～82.8℃和84.6～86.6℃。检测数据显示:SrMV和ScYLV均有各自的特异性峰值出现,而健康植株无特异性峰值;在单独检测中的检出水平分别可达500和250 copy/μL;两种病毒Tm值的批内变异系数分别为0.03%和0.02%,批间变异系数分别为2.06%和3.12%。综上所述,所建立的多重SYBR Green-Ⅰ实时荧光定量PCR方法在对以上两种病毒的检测中具有较好的特异性、敏感性和稳定性。     

甘蔗杂交种子传播甘蔗花叶病毒、高粱花叶病及黄叶病的检测

[目的]探究甘蔗杂交种子对甘蔗花叶病毒、高粱花叶病及黄叶病的传播性,为甘蔗抗病育种提供参考.[方法]采集父本或母本感染花叶病或黄叶病的甘蔗杂交种子样品10份,分别以SCMV、SrMV和SCYLV特异性引物进行一步法RT-PCR扩增、克隆和测序分析.对田间实生苗进行生物学观察,并采用RT-PCR检测其叶片SCMV、SrMV和SCYLV携带性.[结果]经特异性引物检测,10份杂交种子中仅有样品H4显示SrMV阳性,扩增的特异片段大小为828 bp,其核苷酸序列与GenBank中已报道的SrMV基因序列同源性达99％.聚类分析结果表明,样品H4的SrMV和GenBank中SrMV外壳蛋白序列的自举水平达100％,证实H4样本感染的病毒为SrMV.田间连续45 d观察均未发现出现病毒症的甘蔗幼苗;经RT-PCR检测,均未在10个样品实生苗叶片中发现此3种病毒.[结论]甘蔗种子可携带高粱花叶病(SrMV),但未能通过种子传播至实生苗.     

马铃薯Y病毒黑龙江分离株外壳蛋白基因克隆及序列分析

为研究马铃薯Y病毒的检测方法,参考GenBank中马铃薯Y病毒的全基因序列,应用Primer 6.0引物软件设计并合成了一对特异性引物PVYF、PVYR,利用RT-PCR方法对PVY病毒黑龙江分离株CP基因进行特异性扩增,对扩增片段进行序列测定并进行序列比对。结果表明:引物PVYF、PVYR可以扩增出包含PVY病毒CP基因全长的cDNA特异性片段,序列分析结果表明PVY病毒黑龙江分离株CP基因与GenBank上的40个不同PVY病毒分离株的CP基因氨基酸序列同源性为92.1%~97.4%,说明PVY病毒CP基因保守性较高,可以用作制备PVY病毒血清型检测方法的抗体基因。     

韭葱黄条病毒六安分离物CP基因原核表达与抗体制备

根据已报道的韭葱黄条病毒(LYSV)序列设计引物,扩增LYSV六安分离物的外壳蛋白(CP)基因,序列同源性分析结果表明,与目前已报道的LYSV不同分离物CP基因核苷酸序列同源性为84.0%～95.8%,相应推测出的氨基酸序列同源性为86.8%～97.6%.将CP基因插入原核表达载体pSBET后在大肠杆菌BL21(DE3)Plys S中诱导表达.通过12%SDS-PAGE和5%～20%梯度SDS-PAGE两次制备电泳纯化诱导产物,免疫家兔获得抗CP血清.Western blot分析对CP具有高度特异性.硫酸铵沉淀法与Protein A-Red Sepharose亲和层析相结合提取IgG,获得效价达1:3 700的一抗,可用于田间LYSV病样检测.     

广西南部地区甘蔗黄叶病毒病的研究

[目的]明确甘蔗黄叶病毒病SCYLV在广西南部蔗区的发生情况,为广西健康种苗的推广和抗病育种提供科学依据。[方法]在广西南部蔗区对不同甘蔗品种采集显症或不显症甘蔗叶片,采用引物（P1：5＇-aatcagtgcacacatccgag-3＇/P2：5＇-ggagcgtcgcctacctatt-3＇）进行RT-PCR检测。[结果]对经P1、P2扩增获得的PCR产物进行直接测序,所得序列在NCBI中比对确认均为SCYLV CP序列。黄叶病调查结果发现,钦州蔗区感病最严重,品种感病率达80%;扶绥蔗区的5个品种中,检出黄叶病毒的有3个品种,感病率为60%;凭祥蔗区感病的品种占60%;北海蔗区的品种感病率为50%;宁明东安乡蔗区6个品种中1个品种检出SCYLV,感病率为17%;驮卢镇渠立村和崇左江州2个地方11个品种均未检测出SCYLV。[结论]甘蔗黄叶病毒病已在广西南部大部分蔗区发生且蔓延。     

侵染中国甘蔗和玉米的SCMV CP基因序列多样性分析

【目的】揭示侵染中国甘蔗及玉米的甘蔗花叶病毒（Sugarcane mosaic virus,SCMV）的遗传多样性，为抗病品种培育及病害综合防治提供依据。【方法】以病株叶组织总RNA抽提物为模板，通过RT-PCR扩增及扩增产物直接测序获得了华南地区SCMV 26个甘蔗及玉米田间分离物的近全长CP基因序列，结合GenBank中已公布的部分相应序列，采用序列比对及分子系统进化树重建方法，对SCMV CP基因序列的变异性进行分析。【结果】中国SCMV可分为3个分子组群，各组群分别对应于各自来源的寄主，即杂种甘蔗(糖用甘蔗, Saccharum interspecific hybrids)、玉米(Zea mays)和高贵甘蔗（果用甘蔗,Saccharum officinarum）。CP基因核苷酸同一性，不同组群之间为78%～84%，同一组群内部各分离物之间大于91%。在分子系统进化树中，这3个分子组群各自聚集成簇，前两个组群分别隶属于Alegria等（2003）建立的甘蔗组（sugarcane group，SCE 组）和玉米组（maize group，MZ组），第3个组群为本研究首次发现，命名为高贵甘蔗组（noble sugarcane group，NSCE组）。侵染杂种甘蔗的SEC组不存在明显的地域分化，而侵染玉米和高贵甘蔗的MZ组和NSEC组则可对应地理来源分为若干亚组，前者可分为华东华中亚组、西北西南亚组及华南亚组，后者至少包括华南亚组和浙江亚组。在玉米、杂种甘蔗及高贵甘蔗混栽区，不同作物上的SCMV可以通过蚜虫传播而交叉侵染，但各组群间依寄主种类存在相对隔离现象。本研究还发现中国华南地区，SCMV可自然侵染甘蔗近缘属杂草河八王（Narenga sp.）和芒（Miscanthus sp.）。【结论】在中国，SCMV存在丰富的遗传多样性，其分化与寄主类型密切相关，可分为杂种甘蔗组、玉米组和高贵甘蔗组，其中玉米组和高贵甘蔗组又可根据地理来源分为若干亚组。在抗病品种的选育及病害综合防治中，必须充分考虑到病毒的这种分化现象。     

华南地区甘蔗黄叶病发生及甘蔗绵蚜传毒特性研究

近年华南多个蔗区发生由甘蔗黄叶病毒(Sugarcane yellow leaf virus, SCYLV)引起的甘蔗黄叶病。田间调查显示，华南地区果蔗和糖蔗均已受到该病毒的侵染，被侵染的品种有黑皮果蔗、黄皮果蔗、ROC16、ROC22、ROC25、粤糖93-159、127Q、Q174、粤糖8388和HOCP91-555等。大多田块病株零星分布，病株率0.5%～10%，但少数田块病株率超过80%。RT-PCR扩增及扩增产物序列分析揭示，华南地区大多数SCYLV分离物 CP基因核苷酸序列(591bp)与SCYLV巴西分离物(SCYLV-B1)相应基因同一率为100%，仅少数分离物与SCBV-B1存在1至3个核苷酸的差异。本文还首次证实华南地区甘蔗上普遍发生的甘蔗绵蚜为SCYLV传毒媒介。建立了能够检出单头蚜虫及侵染早期未现症植株体内SCYLV的巢式RT-PCR技术，在超过80%的饲毒2周以上的甘蔗绵蚜无翅成虫体内检测到病毒的存在。甘蔗绵蚜除能在甘蔗植株间高效地传播SCYLV外，还可将SCYLV传至高粱、水稻及玉米幼苗，每株接种15头饲毒甘蔗绵蚜，传毒成功率分别为100%（9/9）、75%（6/8）和50%（4/8）；本试验中，甘蔗绵蚜未能将SCYLV传至小麦和香蕉。     

大麦黄矮病毒合肥分离物的鉴定及CP基因进化分析

[目的]为了明确合肥地区大麦黄矮病毒株系种类及分子变异情况。[方法]利用生物学手段和RT-PCR方法鉴定了2009年采自合肥地区的19个分离物,并测定了分离物的外壳蛋白基因（CP基因）的序列。[结果]合肥地区的12个分离物被鉴定为BYDV-PAV,CP基因序列比对发现核苷酸一致性为95.8%～99.7%。系统进化树分析得知,12个合肥分离物序列聚类到一个分支上,它们与中国分离物PAV-CN（AY855920）的CP基因亲缘关系最近。[结论]掌握合肥地区大麦黄矮病毒的株系分布及分子变异情况,对指导该地区小麦黄矮病的抗性育种和防治工作有着非常重要的意义。     

猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒河南09分离株ORF5基因的克隆及结构分析

参照GenBank上登录的猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)美洲型AF494042株ORF5基因序列,设计1对特异性引物,应用RT-PCR扩增出PRRSV河南09分离株(HN-09)的ORF5基因,经与pGEM-T Easy载体连接后,筛选出阳性重组质粒进行序列测定,并利用DNASTAR软件对序列进行分析.结果表...     

广西甘蔗黄叶病调查及3种病毒基因型在广西的分布

[目的]探明甘蔗黄叶病在广西蔗区的发生情况,明确甘蔗黄叶病毒（SCYLV）基因型类型和地理分布,为甘蔗抗病育种和健康种苗生产提供科学依据.[方法]从广西蔗区采集不同品种（品系）显症或不显症甘蔗样品,采用特异引物（P1/P2）进行RT-PCR检测.甘蔗黄叶病病毒基因型鉴定采用3对特异引物BRA-PER-F/BRA-PER-R、REU-F/B-REVd和CUB-F/CUB-R进行RT-PCR鉴定.[结果]SCYLV RT-PCR检测结果,124个样品中有57个样品可扩增出大小约630 bp的目的条带,扩增产物与GenBank中已报道的SCYLV CP基因序列同源性达95％～99％.甘蔗黄叶病调查结果,124个样品中57个样品检测出SCYLV,感染率为46.0％.广西北部蔗区黄叶病感染最严重,SCYLV检出率为76.0％;桂西、桂中、桂南蔗区分别有50.0％、40.0％和36.8％的品种检出SCYLV;桂东蔗区SCYLV阳性检测率最低,为16.6％.在所调查的甘蔗品种中以柳城03-182、桂糖21、粤糖55和粤糖93-159感染SCYLV比较严重,主栽品种ROC22在柳城、宜州、钦州和金光农场均检测出阳性.病毒基因型调查结果,广西甘蔗黄叶病病毒基因型存在巴西-秘鲁（BRA-PER）、留尼汪岛（REU）和古巴（CUB）基因型等3种.主要以CUB型为主,占63.2％,除东部和西部蔗区外其他蔗区均有分布;其次是BRA-PER基因型,占56.1％,每个生态蔗区均有分布;REU基因型占5.3％,分布于柳州、凭祥、南宁蔗区.[结论]甘蔗黄叶病SCYLV已在广西各主要蔗区发生且蔓延,其病毒基因型存在3种且有不同程度分布.     

甘蔗花叶病毒株系研究初报

以甘蔗品种CP31/294、CP3 1/588和 Co281,甜高粱品种 Rio 和 Atlas 为鉴别寄主,测定出福建、广西主要蔗区甘蔗花叶病的10个供鉴病毒分离物中,有8个与 Abbott 鉴别系统描述的 SCMV-A 株系一致;1个与 SCMV-D 株系一致;1个与已知的14个株系都不相同,表现弱毒性,可能是新株系。应用辅助鉴别寄主甘蔗品种 F134,在鉴定为 SCMV-A 株系的8个分离物中,区分出一个新的分离物。     

番红花种球中虎眼万年青花叶病毒的分子鉴定与序列分析

【目的】对一批荷兰进境番红花种球(Crocus sativus)进行病毒鉴定,以防止危险性病毒传入危害。【方法】根据已报道的马铃薯Y病毒科(Potyviridae)通用引物(Sprimer和M4T),采用RT-PCR方法对一批番红花种球样品进行检测,取其中一个RT-PCR产物进行克隆测序,利用Gen Bank上的基本局部比对搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool,BLAST)和MEGA 6中的基于对数期望的多重序列比较(Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation,MUSCLE)进行序列比对分析,并根据外壳蛋白基因(coat protein,CP)序列利用最大似然法(maximum likelihood method)进行系统发育分析。【结果】RT-PCR检测结果显示该批样品扩增到一条约1.7 kb的预期大小片段,说明该批番红花种球样品中存在Potyviridae科病毒。测序获得长度为1 666bp的序列(命名为2677-NL),含有部分核内含体b基因(nuclear inclusion b,NIb)、完整的CP和3′端非编码区(3′-UTR),其核苷酸序列与虎眼万年青花叶病毒(Ornithogalum mosaic virus,Or MV)的SW3.3分离物具有最高序列一致性(99.6%),与Or MV参考基因组序列(Reference genomic sequences,Ref Seq;NC_019409)的序列一致性为99.1%。该分离物的CP与6个Or MV印度分离物(JQ686722、JQ686720、JN692498、JN692497、JN692496、JF682235)的核苷酸和氨基酸序列一致性分别为71.5%—77.3%和65.7%—79.7%,与其他32个Or MV分离物的核苷酸和氨基酸序列一致性分别为77.9%—99.5%和82.9%—99.2%。基于CP进行的系统发育分析表明,Or MV可分为两个类群,而2677-NL与5个澳大利亚分离物(JQ807995、JQ807996、NC_019409、AF185964、AF185965)相聚成簇,表明其在系统发育关系上与Or MV澳大利亚分离物的亲缘关系最近。【结论】根据国际病毒分类委员会(ICTV)关于Potyviridae科病毒种类的分类标准,2677-NL为Or MV的一个分离物,证实该批番红花种球受到Or MV的侵染。这是世界上首次在番红花中发现Or MV的报道。