甘薯种质资源遗传多样性的ISSR分析

[目的]利用ISSR分子标记分析不同类型甘薯种质的遗传多样性,为甘薯种质资源的传播途径分析、分类鉴定、有效利用及杂交亲本选择等提供参考依据.[方法]从100条ISSR引物中筛选出多态性好、扩增条带清晰且重复性好的ISSR引物,利用其对129份甘薯种质材料进行扩增,通过DPS 7.05计算不同种质间的遗传距离,并采用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类分析.[结果]以筛选获得的20条ISSR引物对129份甘薯种质材料进行扩增,共获得232条条带,其中多态性条带230条,多态性条带比例达99.14%,平均每条ISSR引物扩增出11.60条条带.基于ISSR分子标记的5份野生种平均遗传距离为0.4637,124份甘薯栽培种平均遗传距离为0.1805.野生种与地方品种、引进品种和育成品种间的平均遗传距离分别为0.4688、0.4618和0.4643;而在124份栽培种中,地方品种与引进品种间的平均遗传距离最大(0.2024),引进品种与育成品种间的平均遗传距离最小(0.1673),地方品种与育成品种间的平均遗传距离为0.1978.聚类分析结果表明,当在遗传距离为0.3200时可将野生种与栽培种完全区分开;5份野生种在遗传距离为0.3200时又被划分为4个类别;124份栽培种在遗传距离为0.2000时可划分为6个类别,其中,新种花、福菜薯18号和黄皮9号3个品种各自单独组成一个类群(第Ⅰ、Ⅱ和Ⅴ类),金山57、豫薯8号和瑞薯1号组成第Ⅲ类;第Ⅳ类包含93个地方品种和育成品种;第Ⅵ类由25个地方品种和育成品种组成.[结论]不同类型和不同来源地的甘薯种质资源间存在较大遗传差异,以野生种与栽培种间的遗传差异最大,而栽培种间又以地方品种和引进品种间差异较大,即地方品种资源在我国甘薯育种亲本选择利用方面还具有很大的应用潜力.ISSR分子标记是一种适用于甘薯资源遗传多样性分析的理想分子标记.     

不同类型甘薯品种遗传多样性的ISSR分析

为了丰富甘薯育成品种的遗传背景,筛选优良亲本,对来自全国各地的37份不同类型（鲜食型,淀粉型和兼用型等）的甘薯品种进行遗传多样性分析,选取的品种在薯皮、薯肉颜色方面有较大差异,采用ISSR分子标记对其多样性及亲缘关系进行分析。结果表明：100条引物中共筛选出19条ISSR多态性引物,共扩增出118条带,其中多态性条带115条,多态性位点频率为97.50%,供试甘薯品种的遗传距离介于0.04~0.36之间。台薯66和红东的遗传距离最近（0.04）,观赏型甘薯紫罗兰与花青素加工型徐紫薯8号聚为一类。花青素加工型与菜用型和水果型的遗传距离较远,分别为0.43和0.40,与观赏型遗传关系最近（0.08）;水果型与其他8种类型遗传距离较远,均大于0.30,而鲜食型与其他类型的遗传距离均较近。分析了不同类型甘薯品种的遗传关系,相对于形态学标记,ISSR能较好地区分37份甘薯种质资源,其聚类分析结果能更客观地反映不同甘薯类型之间的遗传关系,可为不同用途品种选育的亲本选配提供参考。     

青花菜种质资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对来自国内外的33个青花菜(Brassica oleracea var. italica)材料进行遗传多样性研究。从100条通用ISSR引物中筛选出15条用于PCR扩增,共得到可重复的211条清晰谱带,其中多态性谱带180条,多态性条带比率(PPB)为8531%,平均Neis基因多样性指数与Shannons信息指数为0332 7和0487 7;材料间遗传距离范围为009～045,平均028;聚类分析表明,33份青花菜种质可分为4组,没有明显的地域分布规律。结果表明,ISSR标记可用于青花菜种质的分子鉴定;青花菜供试材料具有一定的遗传多样性。     

新疆核桃种质资源遗传多样性的ISSR分析

[目的]通过ISSR标记技术,对新疆核桃种质资源的遗传多样性及遗传结构进行分析,为该资源的保护与利用提供理论依据和技术支持.[方法]采用ISSR标记对5个居群和1个栽培类型共163份样品进行遗传多样性分析.[结果]用13条引物对163份样品进行扩增,共检测扩增位点117个,其中多态性位点98个.在物种水平上,多态性位点百分率(PPL)为83.76%,Nei's基因多样性(H)为0.3010,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4182;在居群水平上,多态性位点百分率平均为68.36%,Nei's基因多样性(H)平均为0.1 265,Shannon信息指数(Ⅰ)平均为0.1651.基于Nei's遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数(Gst)为0.6425,表明有64.25%的遗传变异存在于居群间.居群间的遗传一致度平均为0.7499,估测的居群问基因流(Nm)为0.2782,表明核桃采集的6个居群或类型之间存在较小的基因流.AMOVA方差分析也表明居群间的核桃遗传变异大于居群内.Mantel检测与UPGMA聚类均表明居群间的遗传距离与居群的地理距离之间具有较高的相关性.[结论]新疆核桃遗传多样性水平较高,居群之间遗传分化大,种质资源保护和利用策略首选就地保护;在就地保护过程中,通过监测遗传多样性水平可评价其保护的有效性.     

43份菊芋种质资源遗传多样性的ISSR分析

【目的】探明国内外菊芋(Helianthus tuberosus L.)资源间的亲缘关系远近及遗传多样性。【方法】以40份国外菊芋资源与3个国内栽培品种为材料,选用14条引物进行ISSR分子标记分析,分析他们的遗传多样性,利用POPGENE32软件计算多态位点比率(PPB)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I)。采用NTSYS 2.10软件计算品种间的相似系数,进行聚类分析,并对不同类群的形态学主要特点进行分析。【结果】采用14条引物对43份菊芋资源进行PCR扩增,共获得203个标记,其中多态性标记199个,多态性比率为98.0%。采用POPGENE32软件分析,供试的43份菊芋资源平均有效等位基因数为1.894 8,平均Nei’s基因多样性指数为0.467 7,平均Shannon’s信息指数为0.659 0。43份菊芋资源间的相似系数为0.443~0.955。聚类结果显示,供试的43个菊芋资源可聚为2个类群,能很好地将国外菊芋资源与国内品种区分开来。不同类群菊芋的块茎形态及颜色有明显差异。【结论】国内外菊芋资源间遗传关系较远,且国外资源间存在丰富的遗传多样性。     

美洲南瓜种质资源遗传多样性的ISSR分析

【目的】解决武威地区美洲南瓜品种归类不明确的问题.【方法】利用ISSR标记对28份美洲南瓜材料进行了遗传多样性的研究.【结果】从48条ISSR引物中共筛选出7条重复性高和扩增条带清晰的引物,PCR扩增共获得56条条带,平均每条引物扩增条带数为8条,多态性条带54条,多态性比率为96.43%,材料间遗传相似系数为0.60~0.93,表现出丰富的遗传多样性,并通过UPGMA分子系统聚类法,将28份美洲南瓜材料分为5个大类群.【结论】本研究为拓展美洲南瓜种质资源和发掘新种质提供了理论基础.     

利用ISSR标记分析青麻种质资源遗传多样性

【目的】利用分子标记分析来自中国11个省（市）的48份青麻种质资源的遗传多样性,为青麻资源利用和育种提供分子生物学依据。【方法】利用内部简单重复序列多态性（ISSR）分子标记检测青麻种质资源的遗传多样性。【结果】在48份青麻种质资源中,9条ISSR引物扩增出82条带,多态条带比率（PPB）为88.89%,扩增产物片段大小在0.1～3.0 kb。基于UPGMA聚类,将青麻分为3大类。【结论】中国青麻的遗传多样性水平较高,实验结果支持青麻起源于中国。     

基于ISSR标记的杜鹃花种质资源遗传多样性分析

采用ISSR分子标记对25份杜鹃花种质的遗传多样性进行了分析。用筛选出的15条引物扩增得到210条多态性条带,多态性位点百分比为100%。杜鹃花在物种水平上表现出较高的遗传多样性,其Nei’s基因多样性指数为0.4096,Shannon’s多样性指数为0.5932,遗传相似系数为0.467⁰.810。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,将25份杜鹃花样品聚为2大类群,其中睫毛萼杜鹃单独为一类,其他杜鹃样品为另一类。杜鹃花突变体‘胭脂蜜’与‘大鸳鸯锦’间的遗传相似系数最高。     

基于ISSR标记的杜鹃花种质资源遗传多样性分析

采用ISSR分子标记对25份杜鹃花种质的遗传多样性进行了分析。用筛选出的15条引物扩增得到210条多态性条带,多态性位点百分比为100%。杜鹃花在物种水平上表现出较高的遗传多样性,其Nei’s基因多样性指数为0.4096,Shannon’s多样性指数为0.5932,遗传相似系数为0.467~0.810。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,将25份杜鹃花样品聚为2大类群,其中睫毛萼杜鹃单独为一类,其他杜鹃样品为另一类。杜鹃花突变体‘胭脂蜜’与‘大鸳鸯锦’间的遗传相似系数最高。     

基于ISSR标记的韭菜种质资源遗传多样性初探

为深化韭菜种质资源遗传多样性研究,应用ISSR分子标记方法,进行韭菜资源遗传多样性和亲缘关系分析。筛选15条多态性好的ISSR引物,对36份韭菜种质资源建立起DNA指纹库,扩增指纹多态性比率达96.3%,是韭菜种质资源研究的一种有效分子标记;应用Nei-li相似系数法估算出36份材料间的遗传相似系数(genetic similarity)为0.60～0.82,遗传多样性比较丰富。可见,ISSR分子标记是进一步开展韭菜种质资源DNA指纹库构建与分子标记辅助育种技术研究的有效手段。     

巴戟天遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR技术对福建和广东7个种源的巴戟天材料进行遗传多样性及亲缘关系分析.从100条ISSR引物中筛选出16条能产生稳定多态性的引物用于ISSR分析,共扩增出151个位点,其中多态性位点119个,占总数的78.81％.结果表明,7个种源的巴戟天在分子水平上具有较高的遗传多样性.使用POP-GENE32软件进行聚类分...     

资源冷杉遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记方法对采自湖南和广西的6个资源冷杉野生群体共243个个体进行了遗传多样性分析.8个ISSR引物共扩增到了108个位点,其中84个是多态性位点,总的多态位点百分率（PPL）为77.78%.Nei’s基因多样性指数（He）为0.234 4,Shannon信息指数（I）为0.376 4. 6个不同群体的遗传多样性水平差异较大,群体多态位点百分率在22.22%～70.37%之间,Nei’s基因多样性指数为0.092 0～0.219 5,Shannon信息指数为0.134 4～0.339 1.香菇棚群体和银竹老山群体的遗传多样性水平较高,舜皇山群体的遗传多样性最低.资源冷杉自然群体间的遗传分化系数Gst为0.377 7,说明自然群体间存在一定程度的遗传分化;群体间基因流Nm为0.411 9,相对较弱,可能对自然群体的遗传分化有一定影响.基于Nei’s遗传距离进行了UPGMA聚类分析,6个群体的个体按群体各自聚在一起.      

木荷种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对木荷种群的遗传多样性和遗传分化进行分析.用12个引物对9个木荷种群共180个个体的样品进行扩增,共测到245个位点,其中多态位点221个,多态位点百分率(P)为90.20%.9个种群的P平均为53.02%.木荷种水平的Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4548,Nei指数(h)为0.3016.各种群Ⅰ平均为0.2914,h平均为0.1974.表明木荷物种以及种群水平均具有较高的遗传多样性.AMOVA分子差异分析表明木荷种群的遗传变异34.37%存在于种群间,65.63%存在于种群内,种群间的基因分化系数(Gst)为0.3454.木荷种群间的基因流(Nm)为0.9476.木荷9个种群间的遗传距离平均为0.1547.利用算术加权平均数法(UPGMA)对木荷9个种群进行聚类,结果可分为3大类群.     

22个非洲菊品种遗传多样性ISSR分析

[目的]从分子水平上了解非洲菊主栽品种的亲缘关系及遗传多样性,为选配非洲菊杂交育种亲本提供参考.[方法]设计100条ISSR引物,利用ISSR分子标记技术对外引的22个非洲菊品种进行遗传多样性及聚类分析.[结果]筛选的9个ISSR引物共扩增出139条清晰带,其中多态性带127条,多态性比率91.37%.品种间的遗传相似系数在0.5095~0.8889,平均为0.7230.UPGMA聚类分析结果可将供试材料分为4组,其中第1组又可分为两个亚组.[结论]非洲菊品种间具有较丰富的遗传多样性,花瓣及花心颜色可以作为区分非洲菊品种分类及分析亲缘关系的初步依据.     

白芨种质资源遗传多样性的ISSR分析

近年来，由于过度采挖和自然繁殖困难，野生白芨资源正面临着灭绝的危险，因此很有必要了解白芨资源的遗传多样性现状。本文采用简单重复序列区间（issa）标记对14份小白芨（Bletilla fornwsoana）、5份白芨（B．striata）、2份黄花白芨（B.ochracea）和4份未确定种进行了遗传多样性的研究，从35个引物中筛选出12个能扩增出清晰带型并具多态性的引物，共扩增出了124条DNA片段，分子量在259—2200bp，平均每条引物扩增出10．33条DNA片段，多态性比率为87．90％，采用POPGENE软件，计算了种间的Nei氏距离，并用UPGMA法构建了系统树，这25份供试材料明显聚为3大类：即小白芨、黄花白芨、白芨，与形态学的分类结果一致，其中根据4份未确定种的亲缘关系初步将其归入了不同的类群。25份白芨种质间的遗传距离为0．4483—0．7903。另外，UPGMA聚类结果表明，不同地理位置采集到的3种白芨样品种内和种间的遗传亲缘关系有明显的差异。     

优良红锥种质资源遗传多样性的ISSR分析与聚类

利用ISSR分子标记对来自10个不同生态地区的红锥优良种质进行基因组遗传多样性分析.从20条引物中筛选出11条具有扩增多态性的引物用于ISSR-PCR扩增,共扩增出435条带,其中多态性条带325条,占总扩增条带的74.7%,平均每个引物扩增3.95条.ISSR标记分析揭示出红锥10个优良种质的遗传相似系数介于0.473 7~0.808 1之间,平均值为0.728 7.用STATIS统计软件的欧氏可变类平均法构建类型之间的分子系统树,聚类分析结果将10个优良红锥种质分为4个类群.     

麂角杜鹃遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对浙江省大明山4个麂角杜鹃种群的遗传多样性和遗传分化进行分析.用12个引物对84个麂角杜鹃个体的样品进行扩增,共检测到176个可重复位点,其中多态位点155个,总多态位点百分率为88.07%,4个种群平均多态位点百分率为64.35%.采用Shannon信息指数计算的4个种群总的遗传多样性为0.464 0,平均为0.394 9;采用Nei指数计算的4个种群总的基因多样性为0.309 9,平均为0.273 3,表明麂角杜鹃种群遗传多样性处于较高水平.AMOVA分子分析显示,94.66%变异来源于种群内,5.34%变异来源于种群间.4个麂角杜鹃种群间的遗传分化系数为0.112 4,基因流为3.946 9,遗传相似度平均为0.936 8,遗传距离平均为0.065 4.利用算术加权平均数法(UPGMA)对麂角杜鹃4个种群进行聚类,结果可分为2大类群.     

30个香蕉品种遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR技术对香蕉30个品种的遗传多态性进行了分析。从60个随机引物中筛选出8个多态性引物,共扩增出54条DNA带,其中44条为多态性带,占81.5%,平均每个引物扩增的DNA带数为6.75条。按照相同迁移位上有扩增带记为1、无带为0的方法构建ISSR表型数据矩阵,用MEGA2.0软件对香蕉30个品种进行UPGMA聚类分析,计算出30个品种间的平均距离系数为0.313,并在此基础上建立了聚类分析树状图,将香蕉30个品种划分为A、B、C、D4大聚类组。     

14份杏种质的ISSR分析

以冀光为试材,研究了PCR反应体系的主要成分及退火温度对杏ISSR扩增结果的影响。同时,从42对ISSR引物中筛选出12对扩增条带清晰、多态性好的引物进行扩增,并运用UPGMA聚类分析法,分析了12份杏种质的亲缘关系及多样性。结果表明:在20μL的反应体系中,模板DNA含量在10~80 ng均能得到较好的扩增;dNTP用量对扩增无明显影响;而引物、Mg2+的最适浓度分别为0.25μmol/L、0.25 mmol/L;Taq酶在0.5~4 U均能得到好的扩增条带;退火温度在50~52.1℃范围内均能得到清晰的条带;并在此基础上建立了杏ISSR反应体系。当相似系数在0.444~0.452之间时,将12份杏材料划分为3类:①普通杏(Amentacavulgaris),西伯利亚杏(A.sibirica),辽杏(A.mandshurica),藏杏(A.holosericea)类型;②仁用杏品种一窝蜂;③紫杏(A.dasycarpa)。     

米槁天然种群遗传多样性的ISSR标记分析

【目的】评价米槁(Cinnamomum migao H.W.Li)天然种群的遗传多样性,为其遗传资源的保护和利用提供理论依据。【方法】采用ISSR分子标记,对采自贵州的8个米槁天然种群及其62株个体的遗传多样性和遗传结构进行分析,基于遗传相似系数和遗传距离对8个种群进行UPGMA聚类分析,并对62株米槁建立PCoA散点聚类图。【结果】米槁8个天然种群通过19条引物扩增出167个多态性条带,多态性条带比例为89.78%。米槁种群间平均观测等位基因数为1.572 6,有效等位基因数为1.390 9,Nei’s基因多样性指数为0.223 3,Shannon’s多样数指数为0.328 2,多态性条带比例为57.26%,基因分化系数为0.263 6,米槁不同天然种群上述遗传多样性指标均显示为物种水平种群水平;8个米槁种群的遗传距离均不高(0.046 4~0.241 3),种群间的遗传变异程度较低;米槁种群间的基因流为1.396 81,说明种群间存在基因流动,但种群间的遗传分化较小。UPGMA聚类结果显示,8个种群中镇宁(ZN)单独为一类,罗甸1(LD1)、罗甸2(LD2)、望谟1(WM1)、望谟2(WM2)聚为一类,册亨(CH)、荔波(LB)、贞丰(ZF)聚为一类,聚类结果反映出地理距离近的种群聚在一起;PCoA散点聚类图显示,62株米槁明显分为2个谱系,谱系1为罗甸2个种群,谱系2包含镇宁(ZN)、贞丰(ZF)、册亨(CH)、荔波(LB),望谟2个种群兼具2个谱系的遗传信息。【结论】米槁种群间和种内遗传多样性丰富,具有进一步改良的潜力。