吉林省玉米新品种SSR标记指纹数据库的构建及其分析

以SSR标记为技术手段,利用20对核心引物,构建吉林省2005～2009年审定的174份普通玉米新品种的DNA指纹数据库,同时分析不同年份间审定品种的等位基因频率、等位基因数目、多态性信息指数的变化.结果表明,2005～2009年供试174份材料的平均等位基因数目略有下降,但平均多态性信息指数没有明显变化,不同年份间玉米品种的个别等位基因频率变化比较明显,分析可能在育种过程中人为施加了较强的定向选择而保留了下来,说明随着年份的变化,个别稀有等位基因可能在减少,但遗传多样性并没有降低.同时说明在评价玉米品种遗传多样性变化时,多态性信息指数反映的应该更加客观-些.吉林省玉米品种不同年度间的遗传多样性无明显变化,说明近些年吉林省审定的品种在育种资源、育种模式以及育种方向上变化较小,没有较大的突破.     

基于SSR标记的向日葵DNA指纹图谱构建

本研究利用SSR分子标记技术对124份向日葵参试材料和育成品种进行遗传多样性、亲缘关系分析及指纹图谱构建,旨在为向日葵育种、品种纯度鉴定提供参考。利用19对条带清晰、多态性稳定的SSR引物对群体材料进行扩增分析,发现这些引物的多态信息含量变化范围为0.30~0.62,平均值为0.41。聚类分析结果表明,参试材料间遗传多样性相对较低,其最小遗传相似系数为0.62,亲缘关系与地理来源关系不明显。构建了124份材料的指纹图谱,结果表明除SPQ3和SY7外,19对引物能很好地将其余122份材料鉴别出来,但部分位点具有高度的一致性,基因来源范围较小。以上研究结果表明,参试向日葵材料遗传背景较为狭窄,在育种中应拓宽亲本来源,提高遗传多样性。     

我国玉米DNA指纹数据库管理系统的建立

经过3年的开发研究,初步构建了我国玉米DNA指纹数据库管理系统(http://www.maizeDNA.com),该系统具有数据管理、数据浏览和数据分析3部分功能,通过将品种的基本信息、形态数据和图片、DNA指纹数据和指纹图谱等各种数据信息汇总起来,建立强大的联合查询系统。该网站将为国家品种管理工作提供有效的手段。     

高淀粉玉米自交系SSR标记遗传多样性分析

利用70对扩增产物稳定的SSR引物对23份高淀粉玉米自交系的遗传多样性进行研究。结果表明,23份高淀粉自交系被划分为4个类群,高淀粉玉米自交系中含Reid种质的数量12份,含国内种质6份,含有Lancaster种质和PB种质的高淀粉玉米自交系最少。在聚类分析的基础上对高淀粉玉米育种进行初步探讨。     

基于SSR标记的玉米自交系遗传多样性分析

为了合理利用国内外玉米种质资源进行玉米品种改良,利用40个核心SSR标记对31份玉米自交系的遗传多样性进行分析.结果表明:40个核心SSR标记在31份不同来源的玉米自交系中共检测出190个等位变异,每个SSR标记检测得出的等位变异总数为3～11个,平均6个;有效等位基因数(Ne)为1.841～9.191,平均3.987...     

利用SSR标记分析热带、亚热带玉米自交系的遗传多样性

从本实验室确定的核心引物中筛选出39对扩增产物具有稳定多态性的引物,利用这39对SSR标记引物研究了35份热带、亚热带玉米自交系的遗传多样性。39对引物在供试材料中共检测到153个等位位点的变异,每对引物检测等位位点2～8个,平均3.92个;引物的多态性信息量(PIC)变化范围为0.27～0.79,平均0.59。聚类结果表明,41份自交系划分为3个类群,分类结果与系谱基本一致。     

SSR标记在玉米遗传育种中的应用

微卫星标记(SSR)是一种共显性标记,具有重复性好、可靠性高和多态性丰富等优点,在玉米的遗传育种中具有重要的作用。阐述了SSR标记的原理与方法,概括了其在玉米种质资源多态性、遗传图谱构建及基因定位、品种纯度检测方面的应用。     

42个花生品种的SSR标记指纹图谱构建

以不同地区的42个花生品种为材料,利用23对SSR引物进行分析。23对SSR引物在42个花生品种中共检测到92个等位变异,平均每对引物4个等位基因,平均PIC值为0.49。进一步分析表明,8对引物就可以将42个花生品种完全区分开,8对引物共产生40个等位变异,利用这40个等位变异构建了42个花生品种的DNA指纹图谱。聚类分析结果显示,在相似系数0.74处,可将42个供试品种分为4个类群。本研究结果为花生品种保护和育种实践提供了理论依据。     

玉米SSR指纹技术反应体系的优化

SSR指纹技术是一种非常有效的遗传分析技术,在生物遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定和品种保护等方面有着广泛的用途。SSR技术简单、重复性高、采用银染显色技术等优点,为SSR的广泛应用奠定了良好的基础和可行性。在SSR扩增过程中,影响因素很多,如Mg2 、dNTPs、Taqpolymeras、引物等。本实验通过对各种影响因素不同浓度梯度的比较,得出优化后的SSR扩增的反应体系为:20μL的反应体积中包括2.0mmol/LMg2 ,0.1mmol/LdNTPs,0.25μmol/L引物,0.5UTaqDNA聚合酶,10×PCRbuffer2.0μL和40ng模板DNA。扩增条件为94℃预变性5min,94℃1min,60℃2min,72℃2min,35个循环,最后72℃5min。     

利用SSR标记研究85个玉米自交系的遗传多样性

利用均匀分布在玉米基因组上的70对SSR引物研究了73个国内外早熟类群玉米自交系、6份CIMMYT标准测验种和6份国内标准测验种的遗传多样性。研究结果表明，70对引物在供试材料中共检测出286个等位基因变异，每对引物检测出2～8个等位基因，平均4.1个。每个位点的多态性信息量(PIC)变化为0.18～0.81，平均为0.58。85个自交系之间的遗传相似系数变化范围在0.43～0.93之间，平均为0.66。UPGMA聚类分析表明，85份供试自交系划分为6个亚群合并后为A、B两大类群，主坐标分析结果与聚类分析结果相似，均与自交系系谱来源关系基本一致。外来种质和未知自交系被划分到相应的杂种优势类群。     

基于iPBS标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

以48份石斛兰种质资源为对象,采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱.结果表明:从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共获得279条谱带,其中多态性条带279条,多态性比例为100％;采用GenAlE...     

中国玉米新品种DNA指纹库建立系列研究Ⅲ.多重PCR技术在玉米SSR引物扩增中的应用

根据21对玉米SSR引物扩增片段大小范围组成不同的引物组合进行多重PCR反应的研究。在与单一PCR相同的反应条件下，47个两重PCR组合出现5种不同的扩增情况，其中30个组合扩增正常；10个三重PCR组合中有9个组合扩增正常；两个四重PCR组合中有1个扩增正常，这些筛选出的正常扩增的组合可应用于今后玉米DNA指纹库构建研究中。研究表明，应用与单一PCR完全相同的反应条件，大部分能够获得正常扩增的多重PCR组合，在此基础上提出了简化的多重PCR优化程序。     

基于EST-SSR标记的云南无性系茶树良种遗传多样性分析及指纹图谱构建

分析茶树品种遗传多样性和构建茶树品种分子指纹图谱对茶树育种、品种鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。利用SSR标记对28份无性系茶树品种遗传多样性和指纹图谱进行了研究。22对引物共检测到等位位点56个,平均每对引物产生2.55个;共检测到97个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有4.41个,遗传多态性信息含量为0.279~0.709,平均0.527,表明SSR标记具有较高的多态性。品种间的遗传相似系数为0.642~0.973之间,平均为0.797,表明品种间的遗传差异较小,遗传多样性较低,遗传基础较窄。根据SSR标记特点,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了云南无性系茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了1个22位数的指纹图谱号码,进而可将不同品种完全区分鉴别。     

SSR标记在玉米遗传多态性及杂种优势群划分中的应用

描述了SSR分子标记的基本概念,简述了SSR标记在玉米遗传多态性分析、杂种优势群划分以及玉米轮回选择群体的遗传多样性方面的应用,同时展望了其应用前景。     

SSR-based and grain yield-based diversity of hybrid maize in Thailand

Commercial hybrid maize varieties are often used to extract new inbred lines in hybrid breeding programs. Seven commercial hybrid maize varieties were crossed in a diallel design, and the resulting hybrids and selfed progeny were evaluated for yield and adaptability grown in six locations in Thailand. The parental varieties were analyzed with a set of 64 Simple Sequence Repeat (SSR) loci, spanning all 10 chromosomes. The average number of alleles per SSR locus was 4.98 with a range of 2–11. The polymorphic information content (PIC) varied from 0.24 to 0.89, with an average of 0.69. Using SSR-based genetic distance (GD), an UPGMA dendrogram showed seven field corn varieties classified into three distinct groups. Troyer's genetic distance (TGD) calculated from yield data, which is a function of inbreeding depression, varied from 0.493 to 1.015 between different parental combinations. A significant positive correlation was found between the GD and TGD across the six locations (0.66^**). The GD correlated positively with specific combining ability (SCA) as well across all locations (r = 0.76^**) heterosis was significant for grain yield and SCA, accounting for 47% of the sum of the square among entries. Therefore, we suggest that broad base populations derived from each of the distinct groups can be formed using combined criteria of SSR-based GD, TGD, grain yield, GCA and SCA.     

玉米种质资源对瘤黑粉病的抗性鉴定与遗传多样性分析

以丹340、Mo17、B73和O201等73份玉米自交系为材料,采用注射法接种黑粉菌,鉴定玉米种质的抗病性,对遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,接种第10天时发病率为0～54.67%,第20天时发病率为2.67%～85.90%。根据抗性评价标准统计,表现为高抗的有5份材料,表现为中抗的材料有5份,表现为抗病的材料有4份,其余59份表现为感病。供试材料共有216个等位基因变异,每对引物检测出等位基因数2～5个,平均3.13个,多态性信息量变化范围0.2516～0.7808,平均0.5858,说明遗传变异丰富,进化潜能大。73份种质资源的遗传相似系数的变异范围为0.59～0.99,当遗传相似系数为0.54时,将73份玉米种质资源分为6类。筛选出来的5份高抗材料主要集中在第Ⅰ类和第Ⅵ类,通过聚类分析划分到旅大红骨群和PB群。根据这些高抗材料之间的亲缘关系,可以拓宽抗瘤黑粉病种质资源的遗传背景。     

11个芒果品种SSR指纹图谱的构建与品种鉴别

以11个有一定代表性的芒果品种为试材,从16对SSR引物中筛选14对多态性引物构建11个品种的指纹图谱.结果共检测出61个片段,其中多态性片段56个,每对引物可以检测到2～10个数目不等的片段,平均为4.4个,片段大小介于100～540 bp之间.11个芒果品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种的特定图谱,单一多态性引物能将11个芒果品种区分为2～5个类型.平均为3.3个类型.14对多态性引物中不同的4对核心引物指纹图谱可以将11个品种区分开.     

SSR技术分析玉米群体遗传变异的最优取样方法

针对单株DNA、多株叶片混合DNA和单株DNA混合的DNA取样方法,利用SSR技术对蒙A群和C群1进行遗传变异分析,探讨建立玉米群体遗传多样性分析的技术体系.采用均匀分布在玉米10条染色体上的34对SSR引物对不同处理的DNA样本进行扩增,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,对60个单株进行多态性信息量与遗传相似系数分析,比较不同处理的DNA样本扩增的等位基因数目.结果表明,2个供试群体均具有较丰富的遗传变异,建立的技术体系可用于群体的遗传多样性研究,采用12株叶片混合、5次重复提取的DNA样本可以代替相同数目的单株DNA混合的DNA样本,为最优取样方法.     

微胚乳超高油玉米和高油115玉米的油脂积累规律研究

研究了油脂含量在微胚乳超高油玉米和高油115玉米的胚、非胚部位以及整粒玉米中的变化规律。结果表明：两种玉米胚中油脂含量的变化趋势比较一致,微胚乳超高油玉米单粒胚油重稍低于高油115;微胚乳超高油玉米非胚部位及整粒玉米的油分百分含量明显高于高油115;微胚乳玉米的非胚油重在授粉后21～28 d之后有明显的消减,最终降到其峰值的77.25%～87.71%;微胚乳超高油玉米最终整粒油重稍低于高油115;微胚乳超高油玉米胚油重比低于高油115,表明在微胚乳玉米中有更多的油脂分配在非胚部位。     

利用SSR标记分析玉米P-162近缘系的遗传多样性

利用SSR标记技术分析47个玉米P-162近缘系的亲缘关系及遗传多样性,研究P-162自交系的亲缘关系。结果表明,22对多态性较好的随机引物中共检测到154个等基因变异,每对引物检测到等位基因3~12个,平均7.48个。利用UPGMA聚类分析法将供试自交系划分为7类,47个玉米P-162近缘系材料之间具有一定的遗传差异,总体供试材料遗传基础相对较狭窄。