正交设计优化辣椒SRAP-PCR反应体系及引物筛选

以辣椒基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计,对SRAP反应体系中的5种关键因素(Taq DNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、引物、模板DNA)进行优化,结果表明,辣椒SRAP-PCR最佳反应体系为:Taq DNA 聚合酶0.75 U、Mg2+ 0.6 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、引物0.8 μmol/L、模板DNA 50 ng,总体积为10 μL.运用该体系对辣椒3份种质材料进行验证,证明该体系稳定可靠,并从198个SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的35个引物组合.该体系的建立与多态性引物组合的筛选为SRAP标记技术在辣椒分子遗传学中的应用提供科学依据.     

应用二次通用旋转组合设计优化黄绿绿僵菌固相培养基配方

在真菌孢子粉大规模生产中,筛选生防真菌最佳产孢培养基是提高产孢量的先决条件。选用廉价易得的实验材料作固体培养基,在单因素试验的基础上,采用二次通用旋转组合设计,对影响黄绿绿僵菌Mf82菌株固相发酵阶段产孢量的固体培养基组分及其配比进行了优化,并检测了所获孢子粉的质量指标。结果表明,单因素试验,从大米粉、面粉、玉米粉、豆角壳和黄粉虫蜕中选择面粉、豆角壳与黄粉虫蜕以4:1:0.2配比混合作为固体培养基配方时,该菌产孢量最高;优化实验,固相培养基中面粉、豆角壳和黄粉虫蜕的配比为4:1:0.25时,该菌产孢量高达2.39×10¹²个·kg^-1;孢子粉的指标检测,显示用该培养基配方生产的黄绿绿僵菌孢子粉达到了真菌孢子粉生产的企业标准。     

大白菜SRAP-PCR反应体系的优化

对大白菜DNA的SRAP-PCR扩增体系进行优化,为大白菜抗软腐病基因图谱的构建和分子标记奠定基础。以大白菜基因组DNA为模板,对PCR反应体系的各影响因子进行梯度试验,筛选可扩增多态性高、重复性好、带型清晰的最佳体系。该体系(25μL)为:Mg2+3.0 mmol·L-1、dNTPs 0.3 mmol·L-1、Taq酶1.5 U、引物0.2μmol·L-1、模板DNA 60 ng。该体系能很好地满足大白菜基因组SRAP扩增的要求,SRAP标记应用于大白菜遗传研究是可行的。     

二次回归正交旋转组合设计优化大肥蘑菇液体培养基

为优化大肥蘑菇液体培养基,通过单因子试验确定大肥蘑菇最佳碳源(葡萄糖)、最佳氮源(蛋白胨)及矿物质的适宜浓度(用量)范围,采用二次回归旋转组合设计研究3个参数对大肥蘑菇菌丝生物量的影响,建立数学模型,以获得适宜的配方组合。结果表明,葡萄糖浓度、蛋白胨浓度对大肥蘑菇菌丝体生物量的影响达极显著水平,矿物质添加剂用量达显著水平。最优培养基参数为葡萄糖浓度33.26 g/L、蛋白胨浓度4.24 g/L、矿物质添加剂1.82 mL/L,在该参数组合下,28℃振荡培养8 d,菌丝干重可达16.44 g/L,且经反复试验验证可行。     

利用正交设计优化亚麻SRAP-PCR反应体系

为亚麻分子标记及分子育种提供可靠的理论依据,利用正交试验设计对亚麻SRAP-PCR反应体系中的4因素(模板DNA、引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度)在3个水平上进行正交优化,确立了适合亚麻SRAP-PCR反应的20μL体系:75ng模板DNA、0.75μmol.L-1引物、1.5mmol.L-1 Mg2+、0.40mmol.L-1dNTPs和1.5UTaqDNA聚合酶。     

马铃薯SRAP-PCR反应体系的优化

[目的]建立马铃薯大西洋SRAP—PCR反应体系,为今后的研究奠定基础。[方法]以马铃著大西洋基因组DNA为模板,从Mg^2＋浓度、Taq酶浓度、dNTPs浓度、引物浓度和模板DNA浓度5个方面对大西洋SRAP-PCR反应体系进行优化。[结果]适合大西洋的SRAP-PCR反应体系为：模板DNA1．0μl（50ng／μl）,Vaq酶1．7μl（1U／μl）,引物对1．5μl（1μmol／L）×2,MgCl2 2．4μl（25mmol／L）,dNTPs0．6μl（10mmol／L）,10×Buffer3．0μl,ddH2O18．3μl,总体积30μl。[结论]建立的SRAP-PCR反应体系是稳定可靠的。     

二次通用旋转组合设计频数分析方法的改进

在农业多因素试验中,应用二次通用旋转组合设计与频数分析方法寻找最佳农艺措施应注意两点:①如果回归剩余标准差远远小于约束条件的长度,那么统计区域必须选在单位球体内部(包括球面),或者选在外部的一个确定“球面”上.②如果回归剩余标准差与约束条件长度相差不大,则应以实际产量的置信区间和约束条件相比较进行频数统计,这样才能保证统计结论有较高的可靠性.     

甜瓜SRAP-PCR程序和反应体系的优化

mmoL/L,primer 0.24 μmol/L,Taq polymerase 1.5 U.结果表明,该程序和体系能够较好的满足甜瓜基因组SRAP扩增的要求.     

利用二次正交旋转组合设计优化芍药胚苗快繁的培养基

为探究芍药胚苗快繁的合适培养基,在初步明确6-BA用量为0.5 mg.L^-1的前提下,采用二次正交旋转组合设计法探讨3个因素（赤霉素、蔗糖、葡萄糖）对芍药胚苗快繁的影响。结果表明：在试验浓度范围内,葡萄糖用量对腋芽诱导的影响最大,其次是赤霉素和蔗糖,且葡萄糖和蔗糖的用量存在互作效应。芍药腋芽诱导3因子的最优组合是：赤霉素为1.84 mg.L^-1、蔗糖为11.02 g.L^-1、葡萄糖为17.13 g.L^-1,在该组合的培养基上,腋芽的诱导系数在接种40 d时可以达到理论最大值3.05。     

三因素二次通用旋转组合设计统计分析微机程序

本文介绍了三因素二次通用旋转组合设计统计分析的BASIC语言微机程序及其设计依据和使用方法。分析结果以数据和图形两种形式输出。     

通用旋转组合设计法优化白灵菇菌丝体多糖提取工艺

为了提高白灵菇菌丝体多糖的提取率,采用二次通用旋转组合设计试验方法,建立了具有良好预测性能的提取时间、液固比、提取温度与白灵菇菌丝体多糖提取工艺参数间关系的经验数学模型,得出了提取白灵菇菌丝体多糖的最佳工艺条件为:提取时间3.8 h,液固比52.5倍,提取温度95℃.在此条件下,白灵菇菌丝体多糖得率可以达到6.39%.     

均匀设计优化猕猴桃SRAP体系

采用均匀设计对影响猕猴桃SRAP-PCR体系的5种因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA)进行5因素5水平和5因素3水平的两轮优化,建立猕猴桃SRAP-PCR的最佳体系(25μL):Mg2+2.50 mmol·L-1,dNTPs 0.25 mmol·L-1,引物0.2μmol·L-1,Taq DNA聚合酶1.25 U,模板DNA 150 ng.扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,35℃复性1 min,72℃延伸1 min,5个循环;94℃变性1 min,53℃复性1 min,72℃延伸1 min,33个循环,72℃延伸10 min.     

桑树SRAP-PCR反应体系的建立与优化

以广西地方桑树种质资源＂平武1号＂为材料,以引物组合Me8/Em3对其SRAP反应体系的模板DNA、引物、dNTPs和Taq DNA聚合酶等条件进行优化。结果表明,最优反应体系为：在25.0μL反应体系中含模板DNA 45.0 ng,引物1.0μmol/L,dNTPs 0.3 mmol/L,Taq酶1.0 U。用42个引物组合对6份桑树二倍体品系（农桑8号、璜桑37号、湖桑197号、湖桑32号、湖桑199号、育711、桐乡青、国桑20号）及其同源四倍体进行扩增,其中引物组合Me6/Em2的扩增条带清晰,品种间有不同程度的多态性。该研究建立的反应体系应用于桑树遗传多样性研究,重复性好,稳定性强,结果可靠,可用于下一步研究。     

番茄SRAP-PCR体系优化与品种分子鉴定

对番茄基因组DNA的SRAP-PCR体系中Mg2 、dNTPs和引物浓度进行了优化,结果表明反应体系中适宜浓度为Mg2 1.5～3.0 mmol·L-1,dNTPs 0.05～0.20 mmol·L-1,引物0.25 μmol·L-1;模板DNA为10～20 ng(10 μL反应体系).运用优化的体系,筛选获得3个合作906与其父母本多态性标记引物组合.利用15个引物组合对11个番茄主要品种以及1个近缘野生种进行种质鉴定的SRAP标记分析,10个多态性的引物组合共检测到55个多态性位点,平均每个引物可鉴别3.7个品种,双引物组合me8/em8-1与me6-1/em14-1可以区分所有供试材料.应用NTSYS-pc软件进行聚类分析(UPGMA),园艺性状相似的品种在较近的遗传距离聚类,表明SRAP可有效用于番茄品种资源鉴定与遗传多样性分析.     

均匀设计优化杨属的SRAP—PCR反应体系

采用均匀设计方法,对影响杨属SRAP-PCR体系的MgCl2、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶和模板浓度等因素分别进行了U16(45)和U12(35)两轮优化,建立了适用于杨属的SRAP-PCR反应体系。在25μL反应体系中,MgCl23.5mmol/L、dNTPs0.20mmol/L、引物0.44μmol/L、TaqDNA聚合酶1.50U、模板浓度28ng/L为最适条件。在此基础上又对退火温度进行了摸索,结果发现,扩增结果对退火温度变化不敏感。最后运用优化体系对杨属3派10个种共16个单株的DNA进行扩增验证,结果获得的DNA条带清晰,多态性比较丰富。说明这一优化的SRAP-PCR反应体系可用于杨属不同种间亲缘关系、系统进化和遗传多样性等方面的研究。     

暗纹东方鲀SRAP-PCR体系的建立与优化

以暗纹东方鲀基因组DNA为材料,利用正交设计L16(45)对影响暗纹东方纯SRAP-PCR反应的5个因素(Mg2、Taq酶、dNTPs、模板DNA、引物)在4个水平上进行正交组合,确立了暗纹东方鲀SRAP反应最佳体系为:20 μL的PCR体系中含有Mg2+ 1.5 mmol·L-1、Taq酶0.5U、模板DNA 75 ng、dNTPs 0.15 mmol·L-1、引物0.2 μmol·L-1.利用30个暗纹东方纯样本对该体系进行验证,结果表明该体系稳定可靠.     

芒果SRA P-PCR反应体系的优化与退火温度的筛选

以芒果为材料,通过单因子模板DNA含量、引物含量、2× Taq PCR Master Mix含量3种因素水平进行试验,建立了SRAP反应的优化体系。结果表明：最佳反应体系为20μL ,包括24 ng 模板DNA ,8 pmL引物,2× Taq PCR Master Mix 10.0μL。该体系对芒果扩增效果好,电泳结果显示扩增条带清晰,多态性高,而且操作简单。从81对引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的29对引物组合。在此基础上对退火温度进行探索,发现扩增结果对退火温度变化不敏感。