贵州瑶山鸡线粒体DNA D-loop区序列的多态性

为从母系遗传角度探明贵州瑶山鸡的群体遗传背景,采用PCR产物直接测序技术对124只贵州瑶山鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行分析。结果表明:所分析的D-loop区部分序列(570bp)中,A、G、C、T核苷酸平均含量分别为30.1%、13.5%、29.5%和26.9%;有26个核苷酸多态位点,其中转换位点24个,颠换位点1个,转换和颠换同时存在位点1个;核苷酸多样度(Pi)平均为0.013 5;核苷酸平均差异数(k)为6.457;单倍型21种,多样度(Hd)平均为0.793。通过群体构建的NJ聚类图分子系统树发现,贵州瑶山鸡起源于红原鸡。     

巨魾线粒体12SrRNA 和16SrRNA 基因克隆及多态性分析

运用酚-氯仿方法提取12尾采集于云南省境内河口县的巨魾DNA,利用GenBank中鮡科种类设计特异性引物进行PCR扩增和克隆,利用DNAMAN软件进行序列比对以及采用软件MEGA 4.0来分析巨魾的碱基含量、遗传距离和系统进化树.结果显示:(1)得到954bp的12S rRNA基因序列和535bp的16S rRNA基因序列各12条;(2)12尾巨魾的12S rRNA基因、16S rRNA基因以及12S rRNA基因和16S rRNA的合并基因序列的相似性分别为99.89%,99.95%,99.89%;(3)12尾巨魾的12S rRNA,16S rRNA均表现出A+T碱基含量高于G+C碱基含量;(4)12尾巨魾的平均遗传距离为0.002,转换比颠换的平均值为3.065;(5)利用Neighbor-Joining(NJ)法构建的系统进化树表明魾属单独成一支,支持率达到99%,这一结果与传统的形态学分类基本相似.     

3种中国鲤mtDNA D—Loop序列的多态性与系统进化研究

【目的】探讨长江野生鲤、荷包红鲤和兴国红鲤3种中国鲤的遗传变异、亲缘关系及系统进化。【方法】对3种鲤的D-Loop序列进行扩增并测序,分析其遗传多样性,并与GenBank中获取的另外5种鲤鱼的D-Loop序列一起构建进化树。【结果】3种鲤的碱基组成中A+T含量均高于C+G含量;T碱基含量最高,平均为33.5%;C碱基最低,平均为13.7%。在检测的3种鲤上共发现37个突变位点,其中有2个插入,28个转换,7个颠换,碱基的替换有明显偏倚。单倍型多样性指数最高的是长江野生鲤(0.984±0.019),最低的是荷包红鲤(0.113±0.072);核苷酸多样性指数以长江野生鲤最高,为0.00623,荷包红鲤最低,为0.00012。长江野生鲤的遗传多样性较兴国红鲤和荷包红鲤丰富,荷包红鲤的遗传多样性最低。聚类分析表明,8种鲤属鱼聚为2大支,德国鲤单独为一类,其余7种聚为一类。【结论】荷包红鲤和兴国红鲤虽都原产于江西省,但2种鲤最初是独立从野生鲤中通过体色变异分化而来的。     

普安银鲫mtDNA D-loop序列多态性分析

为从分子水平探讨普安银鲫遗传多样性,运用PCR扩增和DNA直接测序技术,对25尾鱼的线粒体DNA的D-loop区段序列进行分析。结果表明:80%的普安银鲫mtDNA D-loop区全序列长度为923 bp,少数个体由于碱基缺失及插入为920 bp和924 bp;其序列中A+T平均含量(53.36%)高于G+C含量(46.64%);共发现36个变异位点,定义了10种单倍型,单倍型间的平均遗传距离为0.017,单倍型多样度(Hd)为0.850,核苷酸多样性(Pi)为0.01376,平均核苷酸差异数(K)为12.660,普安银鲫存在丰富的遗传多样性。     

太湖鲢鱼mtDNA D-loop区遗传多样性

为深入研究太湖鲢鱼的种群遗传结构及进化过程,有效的保护和利用太湖鲢鱼种质资源,作者采用聚合酶链式反应(PCR)技术对太湖鲢鱼的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了大小约为500 bp的扩增产物.PCR产物经纯化后克隆到pMD19-T Vector进行序列鉴定测序,得到了520 bp的核苷酸片段(除去引物及部分端部序列).用CLUSTAL X(1.83)软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到52个变异位点,包括1个碱基缺失、36个转换位点、15个颠换位点及1个转换与颠换同时存在的位点.运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树.用DNASP软件计算出的多态位点数(S)为52、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为1.24%0.35%和6.368.研究结果表明,太湖鲢鱼的mtDNAD-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富.     

陕西省羚牛mtDNA控制区序列结构和种群遗传多样性分析

为给羚牛(Budorcas taxicolor)秦岭亚种的保护和管理提供有用的信息,调查陕西省秦岭羚牛3个野生种群线粒体DNA(mtDNA)控制区357bp片段的遗传多样性和种群结构。结果显示,67个羚牛个体碱基组成为A+T的平均含量(56.3%)高于G+C含量(43.7%),3个群体mtDNA控制区的变异位点为60个(约占总位点数的17.29%)。核苷酸多样性(Pi)为0.007 48,平均核苷酸差异数(K)为2.052。67个个体分属4个单倍型,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.127。说明秦岭羚牛群体mtDNA控制区序列遗传多样性较低,群体间的基因交流较少,有可能出现近亲繁殖的情况。     

基于线粒体DNA D-loop 序列的五华三黄鸡遗传多样性及其品种起源研究

通过PCR产物直接测序法对五华三黄鸡保种群120个个体进行线粒体DNA(mt DNA)D-loop序列测定,研究该品种的遗传多样性和系统进化。结果显示,五华三黄鸡保留着较高水平的遗传多样性。mt DNA D-loop的C+G含量(42.5%)低于T+A含量(57.5%),核苷酸多样性和核苷酸差异均数分别为0.01298±0.00051和6.750。共检测到33个突变位点,均为转换突变,包括23个TC转换和10个AG转换,占分析位点的6.35%。定义了32种单倍型,其中独享型单倍型19个,单倍型多样性为0.913±0.012,遗传距离为0.013±0.003。单倍型类群主要分布在进化枝A、B、C和E,其中B为优势单倍型类群。系统进化分析和进化枝地理分布特征表明,五华三黄鸡有4个母系来源,可能受北方家鸡南迁的影响。     

9个地方绵羊品种mtDNA D-loop高变区序列分析

对中国9个绵羊品种的103个个体mtDNA D-loop高变区(763 bp)进行了研究,结果表明:获得的序列长度范围为522～683 bp,可归为21种分子类型,各分子类型在绵羊品种间分布趋于一致,不存在特异性,而在品种内却存在异质性;绵羊mtDNA D-loop区序列长度变异主要是由于75 bp基元重复序列重复次数的不同(2、3或4个)和少数碱基的插入或缺失造成的;103个个体mtDNA D-loop区序列中A T碱基组成比例(64.7%)明显高于G C碱基组成比例(35.3%),说明了绵羊mtDNA D-loop区是A、T碱基富集区,且为高突变区,碱基突变类型包括转换、颠换、插入和缺失,且碱基转换频率远高于碱基颠换频率.     

中华豆蟹与太平大眼蟹ITS区比较研究

[目的]为蟹类的分子进化研究积累资料。[方法]采用酚-氯仿抽提法从中华豆蟹和太平大眼蟹的肌肉组织中提取总基因组DNA,对其ITS基因片段进行PCR扩增和测序,同时对其序列同源性、碱基组成和变异情况进行初步研究。[结果]中华豆蟹与太平大眼蟹ITS序列片段分别为739和769 bp,存在明显长度差异。中华豆蟹的AT含量和GC含量分别为49%和51%,而太平大眼蟹分别为40.79%和59.3%。4种碱基(A、T、G、C)在2种蟹中ITS序列的平均含量基本相当。中华豆蟹与太平大眼蟹ITS序列片段共有777位点,其中变异位点346个,碱基转换与颠换比约为0.8。颠换数大于转换数,表现为较高的颠换偏岐。[结论]中华豆蟹和太平大眼蟹间的平均遗传距离为0.603。     

贵大白香猪线粒体D-loop区遗传研究

为了解贵大白香猪的遗传多样性及其遗传背景,本文采用PCR测序技术测定了30个个体线粒体DNAD-loop全序列。检测到3种单倍型,包括4个多态位点,其中2次T/C转换、2次A/G转换,其A、T、G、C碱基的平均含量分别为32.9%、24.8%、15.7%和26.6%,A＋T含量（57.7%）明显高于G＋C含量（42.3%）。D-loop区核苷酸多样性（Pi）为0.00155,平均核苷酸差异数（k）为1.949。与GenBank上收录的其它猪种线粒体DNAD-loop序列比对,未发现共享单倍型,证明贵大白香猪具有独立的母系遗传。     

大鲵野生亲代与人工繁育子二代的随机扩增多态DNA分析(英文)

用15个能稳定扩增的随机引物对大鲵亲代与子二代各7个个体进行RAPD分析,结果表明,大鲵人工繁育子二代与野生亲代群体间具有较高的遗传相似度,其平均值为0.9515,这说明子二代群体在基因型上并没有发生明显的变异。遗传相似性和遗传多样性分析的结果表明,大鲵亲代与子二代的平均遗传距离分别为0.0497和0.0166,Shannon多样性指数分别为0.237和0.078,经t检验差异均极显著(P<0.01),这说明大鲵子二代遗传多样性水平低于亲代,因此必须加强谱系建立与繁育管理。     

大鲵野生亲代与人工繁育子二代的随机扩增多态DNA分析

用15个能稳定扩增的随机引物对大鲵亲代与子二代各7个个体进行RAPD分析,结果表明,大鲵人工繁育子二代与野生亲代群体间具有较高的遗传相似度,其平均值为0.9515,这说明子二代群体在基因型上并没有发生明显的变异。遗传相似性和遗传多样性分析的结果表明,大鲵亲代与子二代的平均遗传距离分别为0.0497和0.0166,Shannon多样性指数分别为0.237和0.078,经t检验差异均极显著(P<0.01),这说明大鲵子二代遗传多样性水平低于亲代,因此必须加强谱系建立与繁育管理。     

基于线粒体12SrRNA序列研究凤鲚两个野生群体的遗传多样性

对凤鲚Coilia mystus长江群体和珠江群体的线粒体DNA(m itochondrial DNA,m tDNA)的12SrRNA基因片断序列进行分析。排列比对后,获得该基因365 bp的一致序列。在所测得的42个序列中,共检测到6种单倍型,其中长江群体有2种,珠江群体有4种。长江群体和珠江群体的单倍型多样性指数分别为0.5263和0.6104,核苷酸多样性指数分别为0.144%和0.192%。凤鲚长江群体内部的遗传距离为0.3%,珠江群体内部的遗传距离为0.3%～0.5%,长江群体与珠江群体之间的遗传距离为0.8%～1.4%。邻接树显示长江凤鲚和珠江凤鲚各自形成一个单系类群。AMOVA分析显示群体间的变异占总变异的82.80%,提示两者可能有相互隔离的遗传结构。     

大鲵油对嗜水气单胞菌的抑菌效果研究

[目的]研究大鲵油脂对嗜水气单胞菌的抑菌作用及其抑菌效果。[方法]用乙醚萃取大鲵油脂后,采用滤纸片琼脂扩散法研究大鲵油脂对嗜水气单胞菌的抑菌作用。[结果]大鲵油对嗜水气单胞菌有抑制作用,其抑菌圈直径为（8．10±0．55）mm。[结论]大鲵油脂对嗜水气单胞菌有抑菌作用,但与其他生物来源的油脂相比,其抗菌作用较差。     

间接酶联免疫吸附法测定大鲵凝集素

[目的]建立基于大鲵凝集素多克隆抗体酶联免疫定量分析的方法。[方法]以大鲵凝集素为抗原,免疫新西兰白兔获得多克隆抗体,建立间接非竞争酶联免疫检测方法,并对该方法的精密度及准确度进行了测试。[结果]获得的抗血清效价为1∶16 000,多克隆抗体血清的最佳稀释度为1∶3 000,辣根过氧化物酶(HRP)标记的羊抗兔二抗最佳稀释度为1∶30 000,抗原浓度在31.25~1 000.00 ng/m L范围内呈良好的线性关系,相关系数R~20.99,板内及板间变异系数范围分别为2.50%~9.88%和2.69%~11.59%,回收率为91.5%~109.5%。分布结果显示,大鲵凝集素在躯干部肌肉组织中的含量较高。[结论]成功建立了大鲵凝集素间接非竞争酶联免疫检测方法,该方法灵敏度高,重复性好,可用于实际检测大鲵肌肉组织中的凝集素含量。     

大鲵2个Sox基因HMG–box的克隆及分析

为探明Sox基因在物种进化中的保守性及其性别分型,以大鲵雌、雄个体为材料,参照Sox基因HMG-box保守区的序列,设计简并引物扩增,两因子均在雌、雄个体内得到217 bp PCR扩增产物,不存在性别差异.将二者编码的氨基酸序列与NCBI中其他物种Sox基因编码的氨基酸序列进行比对,其中一个基因与人、斑马鱼、家鼠、鸡、热带爪蟾、扬子鳄Sox11基因的同源性均为90％.另一个基因与罗非鱼、鸭嘴兽、家鼠、红鳍东方鲀、斑马鱼、鸡、人、非洲爪蟾和大鲵Sox14基因的同源性均为90％,故根据大鲵的学名,将这2个基因分别命名为adSox11和adSox14c.adSox11和adSox14c在大鲵精巢、卵巢、肾脏和心脏中均有不同程度表达,而在胃和肝脏中几乎不表达.     

珠江和长江水系赤眼鳟D-loop基因序列遗传变异分析

利用PCR技术扩增得到珠江和长江水系共29个赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)线粒体DNA D-loop基因片段,并测定其序列。对599 bp的D-loop基因序列进行分析,共检测到24个单倍型,25个单突变位点,39个简约信息位点。在81个突变位点中,转换位点50个,颠换位点14个,插入或缺失位点17个;A+T的含量(68.8%)明显高于C+G的含量(31.2%)。5个水域个体间的遗传变异率在0到6.03%之间。单倍型多样性(H)为0.977 8,平均核苷酸差异数(K±SD)为17.271 0,核苷酸多样性(π)为0.029 7。对5个群体D-loop序列进行分化指数分析,结果表明:不同水系群体间有显著的遗传差异,而同一水系内的不同群体间差异不显著。对5个群体进行分子方差分析,结果表明:5个群体间存在显著性遗传差异。分子系统树显示:两大水系5个不同水域赤眼鳟29个个体的系统树明显分为两支:珠江15个个体聚为一支,长江14个个体聚为另一支,且都有较高的置信度。可见,长江和珠江群体间已经出现了明显的遗传变异,是因珠江和长江的地理隔离导致的生殖隔离。但在同一水系内,群体间的遗传距离和群体内的遗传差异不显著,系统树也是两大水系内的不同水域混杂在一起,说明同一水系不同水域间没有出现遗传分化,分属"长江群体"或"珠江群体"。     

运用TRAP标记分析5个鲤群体的遗传多样性

运用TRAP标记技术,选取10个多态性较好的引物组合对荷包红鲤、黄河鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等5个鲤群体进行遗传多样性分析,其中固定引物是根据目标候选基因GHR基因的序列设计。结果表明,共扩增出168个位点,其中多态性位点134个,平均多态位点比例为80.41%,平均多态性信息含量为0.29。分子变异方差分析(AMOVA)结果显示群体内的方差贡献率达96.97%,表明各个鲤群体内存在较大的遗传变异。种群再分效应固定指数(FST=0.030 26,P<0.05)表明不同鲤群体间有显著的遗传分化。基于目标候选基因的TRAP标记对5个鲤群体进行聚类分析,结果表明建鲤和兴国红鲤首先聚成一类,然后黄河鲤和黑龙江野鲤聚为一类,再与荷包红鲤聚为一类。     

银杏核糖体DNA内转录间隔序列初步分析

为研究银杏Ginkgo biloba种内核糖体DNA内转录间隔（ITS）区序列的多样性，以具有代表性的10个银杏嫩叶样本为材料，提取基因组DNA后用特异性引物进行PCR扩增，并直接测定其ITS区序列。结果表明，银杏ITS区（内含5．8S）总长度为1224～1226bp，其中ITS-1长度为821—823bp，5．8S长度为162bp，ITS-2长度为241bp。在全序列范围内，可变位点有28个，占总核苷酸的2．3％，但简约信息位点仅6个，变异量仅有0．5％。银杏的不同样本之间ITS区序列表现出高度一致。     

大鲵脂肪组织分布及其理化特性

从大鲵的尾部开始,每隔1 cm切取大鲵肉块,观察其脂肪组织分布;通过石蜡切片、HE染色后观察脂肪细胞;通过流变仪测定大鲵脂肪粘度;通过气相色谱/质谱联用技术分析大鲵脂肪的脂肪酸组成。结果表明,大鲵脂肪主要集中于尾部2/3处至尾尖,尾部2/3处至尾鳍部脂肪含量显著减少,尾鳍部只存在极少量的皮下脂肪;脂肪细胞有较强的流动性,易变形、易碎;脂肪具牛顿流体特性,粘度为0.0289Paos;大鲵脂肪主要含13种脂肪酸(C18:124.2%,C16:015.4%,C16:113.7%,C18:28.2%,C20:56.7%,C18:34.5%,C22:64.3%,C14:13.0%,C18:02.8%,C22:52.6%,C20:42.2%,C17:02.0%,C17:11.9%)。