鸭脂联素基因多态对肉质和血清生化指标的影响

脂联素在调控动物脂质代谢过程中起着重要作用。根据鸭脂联素基因序列设计1对特异引物扩增兴义鸭和三穗鸭脂联素基因内含子1和部分外显子2,采用SSCP法和DNA直接测序技术检测其多态,分析多态对鸭肉质和血清生化指标的影响。结果显示,在2个鸭群体中均检测到3种基因型BB、BC和CC,等位基因B和C,B均为优势等位基因,多态信息含量均表现为中度多态,卡方检验显示基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态（p〉0.05）;不同基因型序列比对发现2个SNPs：内含子1的295C〉T突变和外显子2的456T〉C沉默突变;最小二乘分析显示,BB基因型个体的肌内脂肪、血清白蛋白、血清甘油三酯和血清总胆固醇显著高于CC基因型个体（p〈0.05）,表明该多态座位可能对鸭脂肪沉积有一定影响。     

垂体腺苷酸环化酶激活多肽基因(PACAP)G3909A突变对秦川牛部分生长性状的影响

利用PCR-SSCP技术检测垂体腺苷酸环化酶激活多肽基因（PACAP）在257头秦川牛（Bos tarurs）群体中的多态性,并构建最小二乘分析模型,分析基因型与部分生长性状的相关性。结果表明,在该基因3909bp处发生G/A突变,基因型检测结果共发现3种基因型,AA、AB和BB,A和B等位基因的频率分别为0.5992和0.4008。卡方检测结果显示该位点在所检测秦川牛群体中处于Hardy-Weinbery平衡状态。方差分析结果显示：体斜长,AA、AB和BB基因型个体之间差异均达到极显著（P〈0.01）;体高,AA和AB基因型个体极显著高于BB基因型个体（P〈0.01）,AA基因型个体显著高于AB基因型个体（P〈0.05）;体重,AA和AB基因型个体极显著高于BB基因型个体（P〈0.01）;胸围,AA基因型极显著高于BB基因型个体（P〈0.01）,AA基因型个体显著高于AB基因型个体（P〈0.05）,AB基因型个体显著高于BB基因型个体（P〈0.05）;胸宽,AB基因型个体显著高于BB基因型个体（P〈0.05）;而其它性状差异均不显著。该位点可能是影响秦川牛体斜长、体高、体重、胸围和胸宽的主效QTN或与之紧密连锁,可作为秦川牛选育的侯选分子标记。     

五指山猪GH、IGFBP3基因SNPs检测及与生长性状的关联分析

以五指山猪为试验材料,采用PCR-SSCP和测序相结合技术,对GH基因和IGFBP3基因进行多态性检测,并分析其与生长性状（体质量,体高,体长和胸围）的相关性。结果表明,GH基因第2外显子存在一处G→A转换,属沉默突变,该位点与生长性状关联分析显示,BB基因型的体重显著高于AA基因型和AB基因型;IGFBP3基因第2外显子存在一处G→C颠换,属沉默突变,该位点与生长性状关联分析显示,AA基因型的体高显著高于BB基因型;IGFBP3基因第4内含子存在一处碱基C缺失,该位点与生长性状关联分析显示,AA基因型体重显著高于AB基因型和BB基因型。研究将为五指山猪生长发育规律、系统选育及矮小机制等方面研究提供了遗传学依据。     

蛋鸭骨桥蛋白基因OPN的多态性与蛋品质性状的相关性研究

骨桥蛋白(osteopontin,OPN)是一种分泌型磷酸化蛋白,其可能在蛋壳形成过程中发挥作用。为了分析蛋鸭OPN基因单核甘酸多态性(SNPs)及其与蛋品性状的相关性,本研究以山麻鸭和绍兴鸭(Anas platyrhyncha domestica)各100个个体为研究材料,采用直接测序法进行OPN基因外显子7 SNPs的筛选。结果显示,山麻鸭中共发现8个突变位点,绍兴鸭有9个突变位点。在山麻鸭群体中,G544C、A671G,G672C、T761C和T873C 5处SNPs对部分蛋品性状有极显著或显著作用。而绍兴鸭群体中,A671G、G672C和T761C 3处SNPs对部分蛋品性状有极显著或显著作用。其中,山麻鸭A671G及G672C位点有3种基因型,对蛋壳厚度,BB型个体均值极显著高于其他基因型,对哈氏单位,AA型个体均值显著高于其他基因型。T761C位点有3种基因型,BB基因型对300日龄蛋壳厚度极显著优于AB/AB基因型。T873C位点,BB基因型在300日龄蛋壳厚度和蛋壳强度及500日龄蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋壳重均高于其他基因型。因此推断,位点T761C的B等位基因和T873C的B等位基因为改善蛋品性状的有利基因。绍兴鸭A671G和G672C位点在500日龄蛋形指数方面,AB基因型均值极显著高于AA和BB基因型。在T761C位点,BB型和AB型的300日龄蛋壳强度和蛋壳厚度均值显著高于AA基因型,在500日龄蛋形指数、蛋重、蛋壳重和蛋内容物重4个性状上,AB基因型均值略高于AA基因型,极显著高于BB基因型。结果表明,OPN基因可作为蛋品性状分子标记,为蛋鸭的标记辅助选择育种提供基础资料。     

牛过氧化物酶体增殖激活受体α(PPARα)基因第5外显子多态性与胴体、肉质性状的相关性

利用PCR-SSCP结合DNA测序方法对牛（Bostaurus）6个品种（秦川牛、南阳牛、郏县红牛、鲁西牛、安格斯和夏南牛）共计717个个体的过氧化物酶体增殖激活受体α（PPARα）基因第5外显子的SNP位点进行检测,并分析了该SNP位点与秦川牛的部分胴体、肉质性状的相关性。结果显示,在PPARα基因第5外显子的138bp处发生T→C突变。卡方检验结果显示,秦川牛和南阳牛处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P〈0.05）;南阳牛、郏县红牛、安格斯和鲁西牛处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）。多态信息含量（PIC）显示,这6个品种均属于中度多态（0.25〈PIC〈0.50）。相关分析结果显示,在背膘厚和眼肌面积指标中AA型个体对于秦川牛肉质有显著影响（P〈0.05）;而在系水力指标中BB型个体显著优于AA和AB型个体（P〈0.05）。这些结果提示,该位点突变可能是影响牛肉背膘厚、眼肌面积和系水力的主效QTN或与之紧密连锁,可作为肉牛产肉性状的辅助选择标记。     

荷斯坦母牛DNA依赖性蛋白激酶基因(PRKDC)多态性及其与体细胞评分的关系

设计5对引物P1～P5,采用PCR-SSCP技术检测210头荷斯坦母牛DNA依赖性蛋白激酶(DNA-dependent protein kinase,PRKDC)基因部分序列的多态性.结果发现P2扩增的外显子区域存在G34126A 1个突变位点,导致丝氨酸变为天冬酰胺;P3的扩增产物存在C77353T、T77384G、C77406T和77 408bp处C缺失4个突变位点.P2扩增产物经SSCP分析有AA、AB和BB 3种基因型,其频率分别为0.186、0.433和0.381;P3扩增片段经SSCP分析有CC、CD、DD、CE和DE 5种基因型,其频率分别为0.786、0.129、0.009、0.067和O.009.用最小二乘法分析PRKDC基因多态性与荷斯坦母牛体细胞评分(somatic cell score,SCS)的关系,结果表明:对于P2扩增产物多态位点,AA基因型SCS最小二乘均值显著低于AB和BB基因型所对应的值(均为P＜0.05),AB和BB基因型SCS最小二乘均值差异不显著(P＞0.05);对乳房炎抗性,AA是最有利基因型,BB是最不利基因型;对于P3扩增产物多态位点,CC、CD、DD、CE和DE基因型SCS最小二乘均值差异均不显著(P＞0.05).研究结果初步表明PRKDC基因G34126A多态位点的A等位基因是提高奶牛乳房炎抗性的一个潜在的DNA标记.     

贵州本地山羊STAT5A基因多态性及其与生长性状关联分析

本研究通过探讨STAT5A基因SNP与山羊生长性状关联性,旨在为山羊选种选育提供更好的科学依据。实验以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测STAT5A基因单核苷酸多态性。结果发现,在贵州白山羊和贵州黑山羊STAT5A基因内含子10均检测到1个SNP位点G127A,表现为3种基因型,分别命名为GG、GA和AA。基因型与生长性状关联分析显示,贵州黑山羊基因型GA个体的胸围和体重指标显著高于基因型GG个体（p〈0.05）,而其余3个指标均差异不显著（p〉0.05）;贵州白山羊基因型GA个体的体斜长、胸围和管围指标显著高于基因型GG个体（p〈0.05）,而其余指标均差异不显著（p〉0.05）。研究结果提示：STAT5A基因可能是影响山羊体重、体斜长、管围和胸围的主效基因或与主效基因连锁,G127A位点可望作为提高山羊个体生长性状的分子遗传标记。     

兴义鸭LPL基因外显子8多态性与生长和肉质性状的关联性分析

脂蛋白脂酶（LPL）是动物脂质沉积和新陈代谢的关键酶,对生长和肉质发挥着重要作用。试验采用PCR-SSCP法和DNA直接测序技术相结合对兴义鸭LPL基因外显子8进行多态性检测,并分析其多态与生长和肉质性状的关联性。结果表明,在兴义鸭LPL基因外显子8首次检测到1个T1251C同义突变,产生三种基因型TT、TC和CC,2个等位基因T和C,基因型TT和等位基因T的频率分别为0．8077和0．8750,多态信息含量为0．1948,表现为低度多态,卡方（X2）检验表明T1251C位点的基因型分布在兴义鸭中未偏离Hardy-Weinberg平衡。最小二乘分析显示,TT基因型个体的宰前体重显著低于CC基因型（p〈0．05）,胸宽显著低于TC基因型白〈0．05）,推测等位基因C可能是兴义鸭生长性状的有利等位基因,可作为生长性状的一个标记性辅助选择位点。     

鸭Toll样受体4基因(TLR4)第3外显子的多态性及其与免疫性状的关联分析

Toll样受体4(TLR4)是Toll样受体家族中重要的模式识别受体之一。为分析蛋鸭TLR4基因单核苷酸多态性(SNPs)及其免疫性状相关的分子标记,本研究采用直接测序方法在绍兴鸭与缙云麻鸭(Anas platyrhyncha domestica)TLR4基因第3外显子的2254bp序列搜寻,结果共发现10个SNP位点,χ2检验表明,其中7个SNP位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。采用最小二乘法对基因型与蛋鸭部分免疫性状关联分析发现,T141G与T398C位点AB基因型个体的法氏囊指数与白细胞介素-2(IL-2)水平显著高于BB基因型个体(P<0.05),A661G位点AA和AB基因型个体的胸腺指数极显著高于BB基因型个体(P<0.01),而BB基因型个体的IL-2水平显著高于AA基因型个体(P<0.05);T699C位点AB基因型个体的胸腺指数显著高于BB基因型个体(P<0.05);A1563G位点AA基因型个体的胸腺指数极显著高于AB和BB基因型个体(P<0.01),研究结果提示,这5个SNPs可能是蛋鸭免疫性状的重要分子标记,可尝试作为蛋鸭免疫性状的候选分子标记。     

边鸡胰岛素样生长因子1基因（IGF-1）外显子3的多态性及其与繁殖性能的关系

根据GenBank中发表的鸡胰岛素样生长因子1基因(IGF-1)的序列针对外显子2和外显子3分别设计1对引物,采用PCR-SSCP技术检测边鸡(Gallus gallus)及2个对照群体(京海黄鸡(Gallus gallus)和尤溪麻鸡(Gallus gallus))的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性能进行相关性分析.结果表明,3个品种在IGF-1外显子2中未检测到多态,而在外显子3中都检测到3种基因型(AA,AB和BB).在边鸡和京海黄鸡中A等位基因为优势等位基因,而在尤溪麻鸡中B等位基因为优势等位基因.克隆测序表明,AA型与BB型相比有两处突变(93A→G和148G→A),其中148 bp处的突变导致氨基酸由谷氨酸变为赖氨酸,通过与Gen-Bank中的鸡IGF-1基因序列比对,发现两处突变分别位于IGF-1基因外显子3的62 bp和117 bp.最小二乘分析表明,AA与BB基因型个体300日龄的产蛋数存在显著差异(P<0.05).     

转化生长因子β1基因(TGF-β1)外显子2的单核苷酸多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为寻找与山羊(Capra hircus)产羔数密切相关的分子标记,加快山羊育种进程,研究转化生长因子β1基因(TGF-β1)遗传多态性与山羊产羔数的相关性,根据牛的TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP.和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子2和内含子3的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系。结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第二外显子148bp位点碱基发生A→G的突变,导致苏氨酸(Thr)变为丙氨酸(Ala);多态位点均以A为优势等位基因,基因频率分别为0.530和0.648。在波尔山羊的1～3胎产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于BB和AA型个体(P<0.05);在第四胎产羔数和平均产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于AA(P<0.05),显著高于BB(P<0.05);BB型个体的平均产羔数显著高于AA型(P<0.05)。在陕南白山羊中,AB型个体的2～4胎产羔数和平均产羔数显著高于AA和BB型个体(P<0.05);在第一胎中,AB型个体显著高于AA型个体(P<0.05)。研究结果表明TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因。     

小尾寒羊BMP4基因多态性及其与高繁殖力关系的研究

采用PCR-SSCP技术检测骨形态发生蛋白4（bone morphogenetic protein 4,BMP4）基因外显子2、3和4在高繁殖力绵羊品种（小尾寒羊）和低繁殖力绵羊品种（中国美利奴绵羊、考力代绵羊、南非肉用美利奴绵羊）中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对小尾寒羊高繁殖力的影响。结果表明：外显子2和4在4个绵羊品种中都不存在多态性,外显子3则都存在多态性。对于外显子3的引物,在4个绵羊品种中都检测到3种基因型(AA、AB、BB);统计结果表明：小尾寒羊、中国美利奴绵羊、考力代绵羊、南非肉用美利奴绵羊AA基因型频率分别为0.017、0.216、0.115、0.429,AB基因型频率分别为0.102、0.317、0.269、0.500,BB基因型频率分别为0.881、0.467、0.616、0.071;测序结果表明：BB型和AA型相比在BMP4基因外显子3第305位碱基处发生C→A的突变,该突变导致氨基酸由丙氨酸改变为天冬氨酸;BB型小尾寒羊平均产羔数分别比AB型和AA型多0.61只（P<0.05）和1.01只（P<0.05）。     

奶牛IGFBP-3基因PCR-SSCP多态性与产奶量和生长性能相关性

采用PCR-SSCP技术,对荷斯坦奶牛及荷斯坦公牛冻精杂交改良的黄牛后代(回交二代)共105头奶牛IGFBP-3基因第3外显子进行了多态性研究, 分析了该基因与奶牛生产性状的相关性。结果表明：IGFBP-3基因第3外显子共存在2个等位基因3种基因型,A、B基因频率及AA、AB、BB基因型的频率分别为0.7667 、0.2333和0.6000、0.3333、0.0667。该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态,遗传杂合度（He）和多态信息含量(PIC)分别为0.3578和为0.2937。测序结果显示: 与AF305712相比,B等位基因在第8515碱基处发生了G-A的转换,而A等位基因在此处与AF305712序列相同;此外,A、B等位基因在AF305712的第8634碱基处均发生了T-C的无义突变。最小二乘法分析表明：AA基因型305天产奶量、12月龄体重极显著高于AB和BB基因型( P < 0.01);AA型12月龄体长和体高均极显著高于AB型（p<0.01）,而BB型与AB型和AA型差异不显著;不同基因型的胸围、腹围差异不显著。     

六个候选基因多态性与母猪繁殖性状关联分析

在同一个大白猪猪群中采用PCR-RFLP法进行了雌激素受体（ESR）基因、催乳素受体（PRLR）基因、卵泡促激素β亚基（FSHβ）基因、核受体辅激活蛋白1（NCOA1）基因、催乳素（PRL）基因、备解素（OPN）基因等6个与繁殖性能相关的基因多态性检测并对不同基因型的总产仔数、产活仔数及出生窝重进行了相关分析。结果表明：大白猪群体ESR、PRLR、FSHβ 和 OPN 基因的优势基因是B等位基因; NCOA1 和PRL 基因的优势基因是A等位基因。对初产母猪,NCOA1基因AB基因型个体总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）和出生窝重（BLW）分别比AA基因型个体少1.12 头、1.08 头和1.71 kg,差异显著（P　<　0.05）;PRL基因AA型个体TNB、NBA和BLW分别比AC基因型个体多3 头、3.23 头和5.13 kg,BC基因型个体TNB、NBA和BLW分别比AC基因型个体多3.37 头、3.84头和4.75 kg。对经产母猪,PRLR基因各基因型个体之间在TNB和BLW上存在显著差异（P　<　0.05）,杂合型个体比纯合型个体TNB和BLW分别少1.0～1.5头和1.0～1.4 kg;PRL基因AA和BC基因型个体分别比AC基因型个体BLW重1.08和1.05 kg（P　<　0.05）;OPN基因BB基因型个体比AA基因型个体TNB多2.13 头（P　<　0.05）。在对合并基因型结果分析中发现,ESR和PRLR基因的A等位基因对TNB表现出正效应,OPN基因的B等位基因对TNB、NBA和BLW都表现出正效应。     

皖西白鹅Pit-1基因插入/缺失多态性及其对早期体重的影响

本文根据鸡Pit-1基因mRNA 序列设计一对引物,以皖西白鹅DNA为模板,扩增鹅Pit-1基因的部分片段,结果发现该片段存在2个插入/缺失突变,共出现3种基因型,分别为AA、AB和BB,与AA型相比BB型分别在扩增片段的132和148bp后插入3 bp和13 bp。卡方检验结果表明,皖西白鹅的基因型分布符合哈代温伯格平衡。不同基因型之间各期体重比较的结果表明,AB型、BB型个体3-11周龄体重均显著高于AA型（P<0.05）;BB型个体3-11周龄体重高于AB型,但差异不显著（P>0.05）,表明就影响鹅早期体重而言,B等位基因为有利基因。     

牛LPL基因的遗传变异与肉品质性状的关联分析

脂蛋白脂肪酶(lipoprotein lipase，LPL)是脂肪代谢过程中的关键酶，LPL基因被确定为影响相关肉质性状的重要候选基因。本研究利用PCR-RFLP技术对安格斯牛、海福特牛、中国西门塔尔牛、夏洛来牛、鲁西牛和西门塔尔×蒙古牛杂交牛6个品种的238头个体LPL基因进行多态性分析。结果表明，扩增片段大小为378bp的片段存在MspⅠ酶切多态性，263bp处发生A/G突变。 实验中所有牛品种在该基因座位都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。除安格斯牛外，其它群体均处于中度多态（0.250.05）     

猪OPN基因与繁殖性状的关联分析

摘要：OPN（osteopontin）基因是近年来在猪的繁殖性状上发现的一个候选基因,本试验以长白猪,大白猪和北京黑猪为研究对象,研究OPN基因多态性与猪的繁殖性状之间的关联。经特异性产物的扩增,结合测序发现,OPN基因的第6内含子存在305bp的缺失突变,从而产生多态。在长白猪和大白猪中发现了AA、AB和BB 共3种基因型,在2个群体中处于中度多态,且已达到Hardy-Weinberg平衡状态。而在北京黑猪群体中没有多态,只有BB基因型。利用SAS 8.0 软件采用最小二乘法拟合线性模型,将不同基因型与总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和初生重(WB)进行了关联分析,结果表明：长白猪初产母猪AA型个体的TNB、NBA显著的高于AB和BB型个体(P＜0.05),经产母猪AB型个体的TNB和NBA显著的高于AA型与BB型个体(P＜0.05),A等位基因对TNB、NBA和WB均表现为正效应。在大白猪中,不论是初产母猪还是经产母猪,其BB和AB型个体的TNB、NBA高于AA型个体,但其差异不显著(P＞0.05),B等位基因对TNB、NBA都表现为正效应。