鱼源嗜水气单胞菌aopB-/aopD-/aroA-缺失株的构建及鉴定

嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)能引起多种鱼类暴发性出血性败血症,为研制更加安全的嗜水气单胞菌口服活疫苗,构建了鱼源嗜水气单胞菌aopB-/aopD-/aroA-缺失株。首先构建含缺失369 bp的aopB/aopD基因(编码嗜水气单胞菌外膜蛋白B、D)与蔗糖敏感基因(sacB)的重组自杀性质粒pREaopB/aopD,与嗜水气单胞菌Ah2056接合转移,应用二步法筛选aopB-/aopD-缺失株,PCR证实aopB/aopD基因的缺失突变。在此基础上,构建另一个含缺失1 290 bp的aroA基因(编码5-酸烯醇式丙酮酸莽草酸-3-磷酸合酶)与庆大霉素抗性片段（aacC1片段）的重组自杀性质粒pSUParoA,与aopB-/aopD-缺失株接合转移,利用庆大霉素抗性筛选aopB-/aopD-/aroA-缺失株,用PCR证实aroA基因的缺失突变。进一步对aopB-/aopD--/aroA-缺失株进行生长特性、对鱼的毒力等生物学特性鉴定。结果表明,aopB-/aopD-/aroA-缺失株构建成功,且该缺失株为毒力丧失、营养缺陷株。     

甘蔗茎成熟相关基因的分离与分析

随着甘蔗的成熟,甘蔗茎秆中积累的糖分在不断增加,其薄壁细胞的渗透压也在不断增加,这意味着大量与糖分积累和抗逆相关的基因也得到了大量的表达,对这些基因进行分离和鉴定有助于了解甘蔗茎成熟的分子机制。本研究以果蔗品种拔地拉（Badila）的成熟茎节与未成熟茎节为材料,利用抑制差减杂交技术（suppression subtractive hybridization,SSH）构建了甘蔗茎成熟相关基因的差减cDNA文库。挑取200个重组子进行测序,其中与甘蔗茎成熟相关基因片段有22个,包括2个与信号转导相关的cDNA片段,5个转录翻译相关蛋白,2个光合系统蛋白,8个物质能量代谢cDNA片段,抗逆、糖转运相关蛋白5个,另外还有一些片段通过GenBank搜索未发现有相关的同源序列,推测这些片段可能是功能未知的新基因。这些基因的获得为进一步提高甘蔗的糖分和抗逆性打下了良好的基础。     

嗜水气单胞菌转录调控蛋白基因(ahyR)突变株的构建及特性分析

根据GenBank公布的嗜水气单胞菌(Aeromonashydrophila,Ah)转录调控蛋白基因ahyR序列设计1对特异性引物,利用PCR方法扩增AhJ-1株ahyR的部分片段。PCR产物克隆入pMD18-T载体,经序列测定后定向连接入含有卡那霉素抗性(Kanr)基因的自杀性质粒pJP5603中,构建重组质粒pJP-ahyR。将鉴定为阳性的重组质粒转化嗜水气单胞菌J-1株感受态细胞,获得1突变株细菌。PCR方法鉴定该突变株为J-1株ahyR基因同源突变株,命名为J-1△ahyR。与J-1株相比,突变株的外膜蛋白图谱和部分生化特性发生改变;胞外蛋白酶、淀粉酶、DNA酶、溶血素等几种主要毒力因子同时丧失;致病力明显降低,对小白鼠的半数致死量大于1.0×108CFU(colonyformingunits)。该研究为ahyR基因功能的探讨及嗜水气单胞菌弱毒疫苗的研制奠定了基础。     

丝毛乌骨鸡胸肌和肝脏cDNA文库的构建与鉴定

摘要：了解肌肉组织和肝脏组织的基因类型，构建鸡肌肉组织和肝脏组织的功能基因表达谱在动物遗传育种中具有重要的意义。为比较基因组学的研究、功能基因组学的研究、QTLs定位等的动物分子育种做前期基础科研工作，研究以丝毛乌骨鸡(Gallus gallus )的胸肌和肝脏为实验材料，以Lambda ZAPⅡ为载体，构建了胸肌和肝脏的cDNA文库。同时，对这两个cDNA文库进行了噬菌体PCR鉴定和所提质粒的Eco RⅠ和XhoⅠ的双酶切鉴定。结果表明，胸肌和肝脏mRNA的OD260/OD280 分别为1.92和1.90。胸肌cDNA文库的滴度在3.6× 107 pfu/mL以上，重组率92%以上，插入片段平均大于1.5 kb。肝脏cDNA文库的滴度在3.4× 107 pfu/mL以上，重组率90%以上，插入片段平均大于1.4 kb。     

草鱼α2巨球蛋白部分序列的扩增和序列分析

α2巨球蛋白（α2M）是存在于动物血浆中的一种非特异性的蛋白酶抑制剂（Mutsureo et al．，2000）。有关鱼类α2M的研究很少，到目前为止还未见有关草鱼α2M基因方面的报道。本课题组在研究嗜水气单胞菌时发现，鲫鱼易感嗜水气单胞菌，草鱼不易感，在几种常见淡水养殖鱼中，草鱼血浆中α2M含量较高（黄素文和陆承平，2003）。为从基因水平探明其不易感的基础，本实验扩增草鱼α2M部分基因，并对其诱导区基因序列进行了分析和比较。     

丝毛乌骨鸡胸肌和肝脏cDNA文库的构建与鉴定

了解肌肉组织和肝脏组织的基因类型,构建鸡肌肉组织和肝脏组织的功能基因表达谱在动物遗传育种中具有重要的意义.为比较基因组学的研究、功能基因组学的研究、QTLs定位等的动物分子育种做前期基础科研工作,研究以丝毛乌骨鸡(Gallus gallus)的胸肌和肝脏为实验材料,以Lambda ZAPⅡ为载体,构建了胸肌和肝脏的cDNA文库.同时,对这两个cDNA文库进行了噬菌体PCR鉴定和所提质粒的EcoRⅠ和XhoⅠ的双酶切鉴定.结果表明,胸肌和肝脏mRNA的OD260/OD280分别为1.92和1.90.胸肌cDNA文库的滴度在3.6× 107 pfu/mL以上,重组率92%以上,插入片段平均大于1.5 kb.肝脏cDNA文库的滴度在3.4× 107pfu/mL以上,重组率90%以上,插入片段平均大于1.4kb.     

镉诱导的蚯蚓全长cDNA文库的构建与初步鉴定

采用人工土壤法，研究重金属镉(Cd2+)对成熟赤子爱胜蚓（Eisenia fetida）的急性毒性,表明蚯蚓对镉具有较强的耐受性。Trizol法提取蚯蚓RNA后，采用Clontech公司的CreatorTM SMARTTM cDNA文库构建试剂盒，成功构建了低剂量Cd2+（200 mg•kg-1）诱导的蚯蚓cDNA文库，其库容量为3.02×105 pfu/mL,扩增后滴度为8.67×109 pfu/mL，重组率为97.3％, 绝大多数的cDNA插入片段≥0•5 kb,平均长度≈1•0 kb。所够建的cDNA质粒文库容量及插入片段大小符合合格文库要求, 为进一步筛选蚯蚓体内解毒、免疫相关基因，寻找生物标志物奠定了基础。     

患病大鲵中嗜水气单孢菌的分离鉴定及其防治

2009年5月,贵州省贵定县人工饲养的大鲵（娃娃鱼）发生了以四肢和腹侧的皮肤溃烂、口腔粘膜弥漫性出血以及肝脏肿大为临床病理特征的传染病。本研究对该传染病进行了病原分离、动物回归、菌株16S rRNA基因测序检测、药物敏感性、药物治疗及灭活乳化疫苗免疫保护方面的实验研究。试验结果表明,动物回归分离菌株与病原分离菌株其形态特征及理化特性一致,分离菌基因16S rRNA测序检测与嗜水气单胞菌的同源性达到99.57%以上,因此确诊该病为鱼类嗜水气单孢菌感染。致病株具有较强的耐药性,敏感药物治疗能抗菌,但皮肤溃烂组织、深部肌肉组织抗炎效果较差。经致病菌株灭活乳化免疫和免疫保护攻毒试验表明,灭活乳化疫苗免疫平均保护率达83.33%。     

盐生植物海马齿盐胁迫全长cDNA文库的构建与分析

为了研究盐生植物耐盐基因表达调控,本实验以海水浇灌的海马齿植株为供试材料,构建了盐胁迫下的全长cDNA文库。构建方法如下：采用改良的CTAB法提取总RNA,SMART法反转录合成cDNA,LD-PCR方法合成双链cDNA。LD-PCR产物经蛋白酶K消化和SfiⅠ酶切后,经CHROMA SPIN＋TE-1000分离柱子除去小片段DNA后,回收0.5kb以上的片段,按照适当的比例连接λTripIEX2载体。连接产物利用MaxPlaxTMLambda Packaging Extracts进行体外包装,得到海马齿初级cDNA文库。初始文库的独立克隆数为2.4×106pfu,初级文库滴度大于4.80×106pfu/mL,重组率为93.75%,插入片段为0.5～5kb,扩增文库的滴度为1.21×109pfu/mL,所得文库质量较高。本研究表明该cDNA文库适合于盐生植物海马齿相关基因的克隆和分析。     

绿色荧光蛋白标记可移动载体质粒的构建及其在嗜水气单胞菌的表达

以多寄主可移动载体质粒ｐＳＵＰ１０１１为基础载体,构建了绿色荧光蛋白（ＧＦＰ）标记的重组质粒,通过细菌接合,将重组质粒转移到嗜水气单胞菌Ｊ－１中。经紫外光检测和ＳＤＳ－ＰＡＧＥ电泳分析,证实重组粒在该 可表达ＧＦＰ。在无选择压力的培养条件下,２４小时后,重组质粒的稳定率在７２．２％,３６小时后,稳定率在５０％。显示ＧＦＰ作为报告基因在嗜水气单胞菌致病机理研究的应用前景。     

水稻白叶枯病菌GX1329基因组文库的构建及含编码TAL效应物基因的克隆的分离

由革兰氏阴性细菌水稻白叶枯病菌引起的水稻白叶枯病是亚洲、北美以及非洲部分地区最严重的水稻病害之一,水稻白叶枯病可使水稻减产高达50％以上。研究表明水稻白叶枯病菌的毒力主要依靠三型分泌系统所分泌的效应物。为了解水稻白叶枯病菌广西菌株GX1329中含有avrBs3／pthA家族基因的情况,本研究应用Alu I部分酶切其基因组DNA,构建了含有736个克隆的菌株GX1329的基因组文库。BamHI酶切分析随机挑取的15个文库克隆表明,克隆的外源DNA随机性良好,克隆的最小片段为27．7kb,最大为58．5kb,平均大小为39．9kb,文库克隆容量约为2．8×10^3Mb,该文库中包含基因组中任一个基因的概率为99．4％。利用来自水稻白叶枯病菌菲律宾菌株PX086的无毒基因avrXa10的第252位～第486位核苷酸序列作为探针,通过菌落原位杂交从GX1329基因组文库中筛选到37个含avrBs3／pthA家族基因的克隆。再通过Southern杂交分析,得到了17个独立克隆。这17个克隆中至少含有13个不同的avrBs3／pthA家族基因。这些基因在GX1329基因组中有的单独存在,有的两个或两个以上串联存在。本工作基本上明确了菌株GX1329基因组中avrBs3／pthA家族基因的数量,为进一步研究菌株GX1329中avrBs3／pthA家族基因的功能奠定了基础。     

华东葡萄白河-35-1株系抗霜霉病基因cDNA文库构建及EST分析

以中国原产抗霜霉病葡萄野生种华东葡萄（Vitis pseudoreticulata）白河-35-1为材料,用SMARTTM技术构建葡萄霜霉菌（Plasmopara viticola）诱导的葡萄叶片cDNA文库。经检测,原始文库滴度0.92×106 pfu/mL,重组率97%,插入片段500～2 200 bp,扩增文库滴度为5×109 pfu/mL。随机挑取克隆5'端测序,获得254条有效EST序列（GenBank登录号：FG269201~FG269449和FG396006~FG396010）。经BlastX分析,有56.3% ESTs与GenBank中功能已知基因有较高同源性,14.6%ESTs与功能尚未确定的假设蛋白或未知蛋白同源性很高,20.9%ESTs在GenBank中无匹配的同源产物。     

黑籽南瓜基因组可转化人工染色体(TAC)文库的构建及分析

黑籽南瓜(Cucurb ita ficifolia)具有很强的抗逆能力,对低温、干旱、贫瘠土壤以及瓜类枯萎病等逆境均具有较强的抗性,这些优良的抗性基因很难通过有性杂交转移到其它瓜类作物上,但可通过可转化人工染色体(TAC)以大片段的形式转化到其它瓜类作物中.本研究利用TAC载体构建了黑籽南瓜基因组DNA文库,该文库包含57 560个克隆,保存在150块384孔板中,其库容量相当于黑籽南瓜基因组的7倍.TAC文库克隆插入片段大小分布范围为20～100 kb,超过40 kb插入片段克隆占40％以上,插入片段平均大小为45kb.在挑取的15个TAC克隆中无空克隆;细菌继代培养30、60和100代后质粒的酶切鉴定表明,TAC克隆可以在大肠杆菌(Escherichia coli) DH 10B中稳定复制和保存,说明本研究构建的文库质量较高.该研究结果表明,TAC文库为黑籽南瓜抗性基因的克隆、功能验证、物理图谱的构建和基因组测序等有关研究提供了基础资料.     

松墨天牛幼虫cDNA文库的构建及EST分析

松墨天牛（Monlchamus alternatus Hope）是林业重大害虫。本研究运用SMART技术构建了松墨天牛幼虫cDNA文库,库容量为1.09×10^6,文库滴度为5.45×10^6 pfu/mL,重组率为97.8%,平均插入片段大小约为1 000 bp,构建的文库质量较好。随机选取1 022个克隆进行测序,获得了1 012条表达序列标签（ESTs）,序列在GenBank中登录号为JZ143720～JZ144731。EST序列经过聚类拼接得到411条非重复单一序列,其中216条序列有功能注释。在216条有功能注释的序列中,有181条（83.80%）参与＂分子功能＂,122条（56.48%）参与＂细胞成分＂,168条参与＂分子生物学过程＂（77.78%）。研究结果为克隆和分析松墨天牛新的功能基因奠定了基础。     

海岛棉纤维均一化酵母双杂交文库的构建与GbTCP5互作蛋白的筛选

为探究转录因子在海岛棉纤维中的生物学功能,以海岛棉8个时期的纤维为研究对象,利用SMART技术合成ds-cDNA,经DSN进行均一化处理,构建以pGADT7为载体的海岛棉纤维均一化酵母cDNA文库,利用酵母双杂交系统筛选与海岛棉GbTCP5互作的蛋白。根据克隆得到的GbTCP5基因的CDS区设计含有NcoⅠ、EcoRI酶切位点的引物,构建诱饵载体pGBKT7- GbTCP5。经自激活和毒性检测后共转化酵母菌株Y2HGold,筛选与GbTCP5互作的蛋白。实时荧光定量PCR显示,GbTCP5基因在纤维发育起始期和伸长期的表达量较高,且在花瓣和花萼中的表达量高于其他组织。文库的质量检测显示,构建的均一化cDNA文库库容为9.15×10⁷ cfu·mL^-1,重组率为100%,插入片段大小在500~2 000 bp之间。诱饵载体pGBKT7-GbTCP5通过酵母双杂交系统多次筛选、回转验证,最终确定了4个互作的蛋白,分别是GbTCP20、GbTCP42、GbTCP45和GbAHP1蛋白。海岛棉纤维均一化cDNA文库的构建和筛选,为进一步研究海岛棉TCP转录因子及其互作蛋白在纤维发育时期中的作用机制奠定了基础。     

紫花苜蓿铝胁迫抑制消减文库的构建和初步分析

为了分离和鉴定铝诱导基因，以紫花苜蓿小冠品种为对象，以经过40μM铝离子胁迫的紫花苜蓿幼根为实验方，未胁迫的为驱赶方，用抑制消减杂交法（SSH）构建了一个紫花苜蓿铝胁迫消减文库。菌落PCR显示插入片段在250bp到1200bp之间，文库质量良好。通过对文库阳性克隆随机测序和BLASTX分析表明,文库中包含了许多在铝胁迫中发挥作用的基因，涉及到抗氧化作用、信号的传导、发育和能量代谢等多种生理过程，比如过氧化物酶、钙依赖蛋白激酶、蔗糖转化酶、蛋白磷酸脂酶调节因子等。而且许多EST序列与其他生物性和非生物性胁迫诱导相关。为了解紫花苜蓿的耐铝机制和抗性相关基因的克隆奠定了基础。     

中华鳖胃的显微和亚显微结构

中华鳖的胃壁由粘膜层、粘膜下层、肌层和浆膜组成。肌层较厚,环形肌特别发达。胃腺为 单管状或分支管状腺。仅由壁细胞和粘液细胞组成,壁细胞数量很多,在贲门腺和幽 门腺也有大量分布,壁细胞的亚显微结构和特征是：有明显的细胞内小管;滑面内质网十分发达,有许多微管泡系;细胞的侧面还见到细胞间小管;线粒体,高尔基复合体、粗面内质网也十分丰富,而且胞质中有大而圆的分泌颗粒。