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相似文献
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1.
运用PCR法扩增湛江沿海海域7种龙虾的线粒体COⅠ和Cytb基因并对其序列进行分析,以分析7种龙虾的分子系统关系。从7种龙虾中扩增到的COⅠ基因片段长度均为650bp,共存在224个核苷酸位点变异,变异率为35.22%,简约信息位点161个;扩增到的Cytb基因片段长度均为536bp,共存在148个核苷酸位点变异,变异率为29.48%,简约信息位点66个。所有的扩增序列中,没有发现碱基的缺失以及插入,序列中的转换大于颠换,且碱基替换多发生于密码子的第3位。以帝加洛真龙虾(Palinurus delagoae)、普通真龙虾(Palinurus elephas)、吉氏真龙虾(Palinurus gilchristi)为外群,对COⅠ和Cytb两个基因序列采用最大简约法(maximum parsimony,MP)和贝叶斯推论法(bayesian inference,BI)构建龙虾类分子系统树。结果显示:日本龙虾和密毛龙虾亲缘关系比较近,而其它5种龙虾与真龙虾属的3种关系较近,与传统的分类存在一定分歧。  相似文献   

2.
中国家鸭的分子遗传多样性及其起源探讨   总被引:1,自引:0,他引:1  
本研究测定了我国重点保护的8个家鸭品种及斑嘴野鸭的线粒体DNA D-loop区667bp序列,分析了这8种家鸭的遗传多态性和起源。遗传多态性分析结果显示A、G、C、T碱基平均含量分别为25.5%,15.3%,33.4%,25.8%;变异类型为转换和颠换,未发现缺失与插入。确定了20种单倍型,Hap2(A7)为家鸭的主体单倍型型,平均单倍型多样度为0.67136,平均核苷酸多样度为0.00192,攸县麻鸭单倍型多样度、核苷酸多样度最高,8个品种之间双参数遗传距离为0.00056-0.00414,其中连城白鸭和攸县麻鸭之间遗传距离最大。38种单倍型系统发生研究表明,8种家鸭都单一地起源于绿头鸭。  相似文献   

3.
参照水貂(Mustela vison)近缘物种线粒体基因组序列设计引物,通过克隆、测序、再拼接的方法获得6个水貂品种和左家型水貂线粒体Cytb基因全序列.用DNAstar v6.13和DnaSP4.0分析显示,水貂Cytb基因全长为1140 bp,平均碱基含量为29.8%A、13.0%G、30.3%T及26.9%C,检测到12个多态位点,全为转换.用Clusta1X1.8进行多序列比较分析表明,水貂个体间Cytb基因相似性非常高.结合GenBank检索到的14种鼬属动物同源序列,用MEGA4.0基于邻接法分别构建鼬属动物核苷酸序列和氨基酸序列系统进化树,两种进化树得出相似的拓扑结构.结果表明:我国水貂与美洲水貂亲缘较近,与欧洲水貂(M.lutreola)亲缘较远,推算美洲水貂与欧洲水貂分歧时间在中新世.  相似文献   

4.
为了提供我国多刺蚁属(Polyrhachis)昆虫的分子系统学资料,我们对9种多刺蚁的mtDNA的Cytb部分序列进行测定和分析。在所得465个位点的序列中,变异位点152个,占32.7%,碱基T、C、A和G的平均含量分别为42.0%、19.6%、29.2%和9.2%,A+T平均含量71.2%。在氨基酸组成上,共编码155个氨基酸。碱基替换主要发生在密码子第三位点,转换频率大于颠换频率,转换主要发生在T与C之间,颠换主要发生在T与A。以弓背蚁属(Camponotus)的黄斑弓背蚁(C. albosparsus)和浅毛弓背蚁(C.albivillosus)为外群,用NJ、MP及贝叶斯推论法构建系统发育树。本研究结果与经典分类结果相符:在9种多刺蚁中,Myrmhopla亚属的双齿多刺蚁(P. dives)独立成为一支,分化较早,位于系统进化树的最底部,最早分化出来;而Myrma亚属的亚毛多刺蚁(P. subpilosa)、梅氏多刺蚁(P. illaudata)、警觉多刺蚁(P. vigilans)以及拟梅氏多刺蚁(P.proxima)聚合成一支,位于系统进化树的最顶端,它们的亲缘关系相近,属于较进化的类群。但是Polyrhachis亚属的叶形多刺蚁(P. lamellidens)和Cyrtomyrma亚属的结多刺蚁(P. rastellata)的进化关系仍需要进一步探讨。  相似文献   

5.
山羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及其序列分析   总被引:4,自引:0,他引:4  
利用PCR-SSCP技术检测山羊(Caprahircus)包括西农萨能奶山羊、关中奶山羊、陕南白山羊、安哥拉山羊和波尔山羊173个个体FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性(SNP)。结果未发现SNP位点。测序后获得山羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,并在NCBI数据库中获得GenBank登录No.DQ069909和DQ069910。通过DNA序列分析发现,FSHR基因第10外显子第120位碱基不存在C→T的转换,也不存在颠换等其它遗传变化。山羊、绵羊(OvisariesL.)和普通牛(Bostaurus)FSHR基因第10外显子序列同源性比较和聚类分析结果表明,山羊、普通牛和绵羊该部分序列的相似性最高为99.3%;在物种间比较中,绵羊和普通牛纯合子该基因外显子序列的不相似性最高为3.4%;据FSHR基因外显子序列构建的分子系统树结果显示,山羊、绵羊和普通牛物种内的个体各自聚为一类;山羊和绵羊先聚为一类,然后再与普通牛聚为一类。提示FSHR基因第10外显子的核苷酸序列适合于物种间的动物分子树的构建。  相似文献   

6.
利用PCR-SSCP技术检测山羊(Capra hircus)包括西农萨能奶山羊、关中奶山羊、陕南白山羊、安哥拉山羊和波尔山羊173个个体FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性 (SNP)。结果未发现SNP位点。测序后获得山羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列, 并在NCBI数据库中获得GenBank登录No.DQ069909和DQ069910。通过DNA序列分析发现, FSHR基因第10外显子第120位碱基不存在C→T的转换,也不存在颠换等其它遗传变化。山羊、绵羊 (Ovisaries L.) 和普通牛( Bos taurus) FSHR基因第10外显子序列同源性比较和聚类分析结果表明,山羊、普通牛和绵羊该部分序列的相似性最高为99.3%;在物种间比较中,绵羊和普通牛纯合子该基因外显子序列的不相似性最高为3.4%;据FSHR基因外显子序列构建的分子系统树结果显示,山羊、绵羊和普通牛物种内的个体各自聚为一类;山羊和绵羊先聚为一类,然后再与普通牛聚为一类。提示FSHR基因第10外显子的核苷酸序列适合于物种间的动物分子树的构建。  相似文献   

7.
利用一对特异性引物MHC 2b-snp-sf和MHC 2b-snp-sr,从广东省3个不同罗非鱼养殖地区(以下分别称高要群体,茂名群体,惠州群体)采集的137尾尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus,GIFT strain)的个体基因组中扩增出长度为775-796 bp的片段。克隆后测序,序列分析结果显示:775-796 bp的核苷酸序列中共检测出62个简约信息位点,49个单碱基突变位点。112个多态位点中,增添/缺失位点34个,转换位点44个,颠换位点33个,另外一个位点既出现转换(C/T)又出现颠换(A/T)。137尾个体的751个阳性克隆的测序结果分析表明,751条序列分属于4个等位基因。其中,等位基因Orni-DAB*0101在3个群体中所占比例最高(85.2%)。等位基因的分布及群体内遗传多样性参数分析表明:高要、茂名群体遗传多样性较丰富,惠州群体遗传多样性较低。群体间的分化指数(FST值)、平均基因流(Nm)、分子方差分析(AMOVA)和平均K2-P遗传距离均表明3个养殖群体间存在广泛的基因交流,未发生群体间的遗传分化。该研究结果提供了广东地区养殖尼罗罗非鱼MHCⅡB基因的部分遗传信息,为尼罗罗非鱼抗病品系的选育提供理论依据。  相似文献   

8.
为明确口蹄疫病毒(Foot-and-mouthdisease virus,FMDV)持续感染与病毒基因变异潜在关系,研究FMDV持续感染分离株结构蛋白VP1和非结构蛋白3ABC基因在牛体内的动态变化.实验用O/Akesu/58毒株以104ID50/mL剂量舌面穿刺接种5头黄牛,出现临床或亚临床症状后痊愈动物会成为可能的FMDV带毒牛.用探杯定期采集实验牛咽喉部黏性液体(O/P液),接种BHK-21细胞增殖病毒后共分离到12株毒株.RT-PCR扩增持续感染分离毒株VP1和3ABC基因,克隆测序发现,所有持续感染分离毒株的VP1基因核苷酸和氨基酸同源性都在98%以上,且没有碱基缺失或插入现象;但与O/Akesu/58的核苷酸同源性仅为85%左右,氨基酸同源性也仅为90%.持续感染分离株VP1基因有多处位点发生突变,其中有16个核苷酸位点发生一致突变,但只有两个位点造成氨基酸突变(I56→T、A210→E);在所有FMDV持续感染分离毒株之间有4个核苷酸位点和3个氨基酸位点发生了颠换.非结构蛋白3ABC基因较为稳定,仅有13个核苷酸位点和5个氨基酸位点的颠换,与宿主嗜性相关的3A基因也没有缺失.推测FMDV持续感染的形成与主要结构抗原基因VP1和宿主嗜性相关基因3ABC变异的关系不显著.  相似文献   

9.
为了从母系遗传角度深入阐明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛的群体遗传多样性以及起源进化,本研究采用PCR测序法测定了9头中国荷斯坦牛和11头鲁西黄牛的线粒体DNAD-loop区的部分序列,并经剪切后进行生物信息学软件分析。结果表明,20个个体D-loop区共711bp,共检测到19种单倍型和50个多态位点。核苷酸多样性(Pi)为0.02133±0.00454,单倍型多样性(Hd)为0.994±0.019,平均核苷酸差异数(k)为15.14620。构建的NJ网络进化树共分为两大支系,其中部分鲁西黄牛与瘤牛聚为一支,而中国荷斯坦牛和部分鲁西黄牛与普通黄牛聚为一支。说明中国荷斯坦牛和鲁西黄牛群体遗传多样性均较高;鲁西黄牛同时含有瘤牛和普通黄牛的血统,而中国荷斯坦牛只含有普通黄牛的血统。  相似文献   

10.
牛、羊促卵泡素受体(FSHR)基因转录调控区的序列特征   总被引:7,自引:0,他引:7  
测定了山羊、绵羊和牛的FSHR基因启动子区序列。比较发现序列长度存在差异,碱基变异率分别为3.14%、6.12%和6.72%。有2处较大的碱基插入/缺失突变。在检索出的转录调控元件(或潜在调控元件)中,3畜种在7个元件序列有碱基突变。与人和大鼠FSHR基因不同的是,在牛羊的FSHR基因启动子区检索出了TATA盒基元和多个类CAAT盒序列,且在山羊、绵羊和牛之间没有碱基差异。分析认为:(1)牛羊的FSHR基因启动子属TATA启动子型,而不是InR型。(2)尽管目前在绵羊的FSHR基因只发现1个转录起始点,但启动子区的序列特征表明牛羊可能存在第2转录起始点。(3)3畜种在转录调控元件的碱基变异和在不同位点的较大插入/缺失突变,可能影响基因的转录,从而造成双胎率的差异。因此,对牛羊FSHR基因转录启动和表达调控值得作进一步研究。  相似文献   

11.
鲤鱼品系的部分线粒体序列的遗传变异   总被引:1,自引:0,他引:1  
运用PCR测序法,以9个我国常见鲤鱼(Cyprinus carpio)养殖品种和2个野生群体为研究材料,分析线粒体DNA的16S rRNA、Cyt b和D-loop序列片段,用于分析的序列共有1 457 个位点,其中变异位点32个,简约信息位点21个,共有单倍型16个。分别利用以上3个基因片段以及合并后的序列, 构建NJ和MP进化树。由不同方法获得相似的进化树,由不同基因片段得到的进化树均为两支,其中贝尔湖野鲤(BE)单独成支,其它群体聚为1支,只是由D-loop得到的进化关系更为详细,而由合并后的序列构建的进化树也与利用不同基因序列所得到的进化树并不矛盾。各品系间的分化时间约为3.03×104~1.21×105年前。根据序列的特征,16S rRNA的1个变异位点、Cyt b基因的4个变异位点和D-loop的14个变异位点可以作为鉴定不同的养殖品系和野生群体的SNP,证明mtDNA序列分析可以应用于品系的鉴定。  相似文献   

12.
A study was conducted to determine the extent of genetic diversity among African cassava (Manihot esculenta Crantz) accessions resistant to the cassava mosaic virus disease (CMD), using simple sequence repeat (SSR) markers. The accessions included a breeding stock (clone 58308), five improved lines, 62 CMD resistant and 10 CMD susceptible landraces. Genetic diversity was assessed among accessions in five cluster groups derived from UPGMA analysis on data from 18 SSR primer pairs. Average gene diversity, He, was high in all cluster groups, with an average heterozygosity of 0.591 ± 0.061. The estimator of inbreeding Fis revealed a low level of inbreeding within groups and averaged −0.262 ± 0.142. Gene diversity among all accessions was 51.4% and gene diversity within cluster groups was 46.6%, while 4.8% was due to diversity between the different cluster groups. The amount of genetic differentiation measured by Gst and Fst were 9.6% and 12.1% respectively, indicating a weak genetic structure.  相似文献   

13.
采用mtDNA D-环序列和微卫星DNA两种标记方法,对9个绵羊群体225只个体进行遗传多样性和系统发育分析。结果表明:两种方法在遗传多样性分析中得出的结论一致,即在研究的9个绵羊群体中青海藏羊的遗传多样性最丰富,而湖羊和岷县黑裘皮羊遗传多样性都较低。但在系统发育分析中,通过mtDNA D-环序列和微卫星DNA座位数据构建系统发育树,结果表现为很大的不同。由于微卫星DNA符合孟德尔遗传规律,能够反映群体间的亲缘关系,构建的系统发育树结构可靠。mtDNA是核外遗传物质,具有母系遗传的特点,在反映群体间的亲缘关系上不具优势。此外,青海细毛羊和甘肃高山细毛羊的育种实践表明它们的遗传来源相似,亲缘关系相近,这与微卫星DNA座位数据构建系统发育树反映的结果一致,因此,在群体的亲缘关系研究上,微卫星DNA数据分析的结果比mtDNA序列分析结果更可信。172个单倍型序列网络关系分析表明研究的9个绵羊群体可能有三个母系起源。  相似文献   

14.
利用ISSR分析栗疫病菌群体遗传多样性   总被引:4,自引:0,他引:4  
本研究利用ISSR分子标记技术,对中国、日本、意大利及美国等四个栗疫病菌群体的遗传多样性和遗传分化进行了分析。自53个ISSR引物中筛选出11个引物,对以上四个群体的栗疫病菌11个子群体的220个菌株进行扩增,共检测到177个位点,其中多态位点为174个,多态位点百分率(P)为98.31%。11个栗疫病菌子群体的P平均值为20.43%;群体水平的Shannon信息指数(I)和Nei指数(h)分别为0.1769和0.7386;各个子群体I的平均值为0.0943,h的平均值为0.0614。比较表明,中、日、意、美栗疫病菌群体间具有较高的遗传多样性。栗疫病菌群体间的基因分化系数(Gst)为0.7386,其基因流(Nm)为0.1769,11个子群体间的遗传距离平均为0.2289。利用算术平均数的非加权成组配对法(UPGMA)对栗疫病菌11个子群体进行聚类,结果可分为3大类群。  相似文献   

15.
具选择性蛋白质降解功能的泛素在昆虫生长发育过程中起着重要的调控作用。本研究采用电子克隆的方法钓取家蚕基因组中多聚泛素基因序列,命名为Bm-polyUB(GenBank登录号:AADK01019318),并进行序列分析和电子表达谱预测。序列分析表明,该编码区长3426bp,编码1141个氨基酸残基的15聚体,预测分子量和等电点分别为127.97kD和7.33,二级结构中α-螺旋、延伸带、β-转角和无规则卷曲各占17.09%、32.78%、14.37%和35.76%,亚细胞定位于细胞质、细胞核和线粒体各占43.5%、34.8%和21.7%,无前导肽、信号肽和跨膜区;多重序列比对显示,15个泛素单体基因序列间同源性和遗传距离分别介于89.0%~100.0%和0.000~0.120,其中Bm-UB3与Bm-UB10、Bm-UB5与Bm-UB7及Bm-UB10与Bm-UB14的序列相同;遗传多样性分析可见,共检出33个多态性位点,共生成12个单倍型,单倍型多样性(Hd=0.962)、平均核苷酸差异数(K=7.495)、核苷酸多样性(Pi=0.03287)、密码子有效值(ENC=41.623〈61)、偏爱指标(CBI=0.496〉0)和χ2检验计算(χ2=0.713)显示泛素单体间遗传多样性较丰富且呈现较强的密码子偏爱性;电子表达谱预测结果表明Bm-polyUB基因在家蚕中高表达的组织和发育阶段所占比例显著高于低表达。本文的研究结果可为进一步开展该基因进化机制、表达特性和生理功能等方面的实验研究提供基础资料。  相似文献   

16.
运用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和PCR产物测序技术检测斑点叉尾鮰CC趋化因子基因SCYA113 内含子1的序列长度和多态性。在3个群体的60个个体中,斑点叉尾鮰CC趋化SCYA113 内含子1存在15种单元型和8种长度类型,长度类型分别为A、B、C、D、E、F、G和H型。对这8种序列进行比对分析发现,斑点叉尾鮰SCYA113 内含子1长度为395~443 bp, 8种长度类型中A、G、T、C的平均百分比为30.01%、15.43%、38.37%、16.19%,而且G+C(31.62%)含量明显小于A+T(68.38%)含量,内含子1与外显子1和2的连接处存在真核基因中mRNA剪接的识别信号GT/AG;引起长度变化的主要原因是短串联重复序列(微卫星序列)TTC和TTA引起的;除了微卫星序列以外,共检测到6个突变位点,其中3个转换位点为118(C→T),209(G→A),250(T→C),3个颠换位点为266(T→A),289(G→T),387(G→C),核苷酸多样性指数(π)为0.004,平均核苷酸差异(K)为1.576;在变异水平上,3个群体表现出一定的遗传差异,84群体中检测到8种长度类型和14种基因型,97群体中检测到8种长度类型和10种基因型,04群体中6种长度类型和10种基因型(缺少A、B等位基因)。从3个群体60个个体拥有22种频率较低(0.017~0.150)的基因型可以看出,斑点叉尾鮰的遗传基因资源较为丰富。  相似文献   

17.
对常年发情的绵羊品种小尾寒羊和季节性发情的绵羊品种多赛特羊共20只母羊的褪黑激素受体1A(melatonin receptor 1A,MTNR1A)基因外显子2的824 bp扩增产物进行了克隆测序及序列比较分析。结果表明, 小尾寒羊MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列与已发表的绵羊序列(GenBank登录号U14109)完全相同。小尾寒羊与多赛特羊MTNR1A基因外显子2的差异由5个变化的核苷酸(分别为C329T、G355T、C566T、C580A和A675G)组成,核苷酸同源性为99.4%。小尾寒羊与山羊、母牛、猪、人、小鼠、挪威大鼠、西伯利亚仓鼠和鸡之间MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列同源性为73.2%~98.5%,氨基酸序列同源性为78.5%~98.5%。  相似文献   

18.
19.
运用ISSR标记对来自深圳、北海和防城港的三个细基江蓠繁枝变种群体进行遗传多样性检测,筛选出的16条ISSR引物共扩增出111条带,引物平均多态位点比例为54.95%。三个群体的多态位点比例深圳群体最高为23.42%,北海群体最低为4.50%;群体平均多态位点比例为11.12%,平均基因多样性(Hs)为0.051 3,表明细基江蓠繁枝变种群体遗传多样性较低。群体遗传分化指数为0.756 5,说明遗传变异主要存在于群体间且群体间的遗传分化水平较高。Mantel检验发现遗传距离与地理距离无关。适应生态环境选择无性繁殖模式可能是细基江蓠繁枝变种群体遗传多样性较低、群体间遗传分化大的重要因素。  相似文献   

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