鸡MHC基因多态性与抗病性状的相关性研究进展

鸡主要组织相容性复合体(MHC)基因具有高度多态性和稳定性,与多种疾病抗性和生产性能紧密相关。本文介绍了国外有关鸡MHC与传染病、寄生虫病和自体免疫病的抗性相关性以及抗性基因的研究进展,并讨论了其在鸡抗病育种中的应用前景。     

尼罗罗非鱼β2m基因的克隆、多态性分析及组织表达特征

β2-微球蛋白(β2-microglobulin,β2m)是主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)Ⅰ分子的亚基之一,与MHC-Ioα链非共价结合构成MHC Ⅰ分子.本实验通过反转录PCR(RT-PCR)和cDNA末端快速扩增技术(rapid-amplification of cDNA ends,RACE)克隆了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus) β2m基因的全长cDNA序列及基因组序列,并对cDNA多态性、mRNA组织分布及感染链球菌后表达的变化进行了分析.结果共获得尼罗罗非鱼2条β2m基因cDNA,全长分别为900和906 bp.两cDNA均包括351 bp的ORF,共编码116个氨基酸残基,还包含68 bp的5'非编码区(5'-UTR)和486(492) bp的3'-UTR.两条cDNA对应各自不同的基因组序列.基因组序列分析发现,β2m基因含3个外显子和2个内含子.尼罗罗非鱼β2m基因推测氨基酸序列与其他物种的β2m基因相似性在39.20％～89.80％之间.β2m基因cDNA多态性分析表明,尼罗罗非鱼中共有2种不同类型的β2m cDNA,每种类型cDNA又有3种不同的亚型.定量PCR分析表明,β2m基因在尼罗罗非鱼脾脏、心脏和肾脏中表达量最高,鳃与肠中的表达量较高,在皮肤和肌肉中的表达量最低.腹腔注射无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)后,尼罗罗非鱼β2mmRNA表达量在4个所检测组织(鳃,肾脏,心脏和脾脏)中均出现了先上升后下降的变化趋势.本实验结果表明,β2m基因可能参与尼罗罗非鱼的免疫应答,在免疫反应中发挥重要功能.本研究有助于进一步了解尼罗罗非鱼的免疫调节机制和更好地理解鱼β2类m的生理功能.     

2个中国藏獒群体遗传多样性及遗传分化的研究

本研究以青海土种犬和藏狮犬为对照,采用RAPD技术对河曲藏獒和青海藏獒群体的遗传多样性及遗传分化进行了分析。研究结果表明,河曲藏獒和青海藏獒群体的多态性位点百分率分别为85.53%和98.16%,平均多态性位点百分率为91.85%。藏獒群体遗传变异分析显示两个藏獒群体的有效等位基因数(Ne)、Nei氏平均预期基因杂合度(H)和Shannon遗传信息指数(I)的平均值分别为1.5354、0.3191和0.4807;且两个藏獒群体93.09%的变异来自群体内,仅6.91%变异来自群体间;两个群体间的基因流为3.3679。研究还发现两个藏獒群体之间的Nei氏标准遗传距离(D)为0.0505。本研究结果说明藏獒群体内遗传变异丰富,不同地域的藏獒群体之间存在广泛的基因交流,群体之间遗传分化程度很低,这为藏獒品种资源保护与合理开发利用提供了参考。     

泰国产方斑东风螺养殖群体遗传多样性的RAPD分析

用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对泰国产方斑东风螺养殖群体的遗传多样性进行检测,从100个随机引物中筛选出21个引物对方斑东风螺的DNA进行扩增,结果表明:21个引物共检测到222条清晰且重复性好的条带,每个引物可扩增出4~16条带,分子量在200~2200bp之间,其中多态位点为156个,占70.27%;群体的Shannon多样性指数为0.2818,Nei基因多样性指数为0.2491;个体间最大遗传距离为0.291,最小遗传距离为0.066。通过与其他贝类遗传多样性的研究结果比较,可初步判断泰国产方斑东风螺养殖群体的遗传多样性比较丰富。     

蒙古牛MHC—DRB3和DQB基因的PCR—RFLP多态性分析

采用限制性内切酶BstYI,HaeⅢ和TaqⅠ,RsaⅠ,HaeⅢ分别对蒙古牛BoLA-DRB3基因和DQB基因的第二外显子的PCR产物进行消化，结果表明二者均为多碱基突变；x^2适合性检验结果表明蒙古牛BoLA-DRB3的第二外显子的第70，182位的碱基以及DQB基因的第二外显子的第24，38，74，108，122，138，177位的碱基已经达到了Hardy-Weinberg平衡状态。     

湖北乌羊与3个地缘邻近山羊品种间的遗传趋异性研究

本研究以波尔山羊(Capra hircus)为外缘,研究湖北乌羊与地缘邻近的酉州乌羊、麻城黑山羊、南江黄羊3个山羊品种间的遗传分化程度及基因流动情况。利用14对单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点对5个品种的基因杂合度(allele heterozygosity,h)、香农指数(Shannon-Weiner index,S)和有效等位基因数(the efficient allelic number,Ne)等反映群体遗传多样性的数据进行分析;通过分析湖北乌羊与其他3个地方山羊品种的基因流动(Nm)、遗传分化(genetic differentiation)情况,研究遗传分化和地理距离(D)之间的关系,并利用遗传距离(Ds)构建5个山羊群体的聚类图。结果表明,在5个山羊品种中,湖北乌羊具有最高的遗传多样性,与其他4个品种间的Nm大小在1.571 6~3.178 7之间,表明基因流动较大;群体间分化系数(Fst)在0.072 9~0.137 2之间,呈中度分化。非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)构建的聚类图表明,湖北乌羊与其地缘临近的3个品种间存在较大的遗传分化而自成一支。研究还发现,湖北乌羊与其他3个地方品种间的标准遗传距离与地理距离间存在相关(r=0.934),遗传分化程度与地理距离存在直线相关性。研究结果提示,湖北乌羊与其地地缘临近的3个品种间仍存在较大的遗传分化,且遗传变异丰富,但该种群的快速扩散使其与其他品种间有着较大的基因流动,因此有必要采取保种措施以防止该种质遗传资源被杂交、稀释而丢失。本研究结果为湖北乌羊的保护和选育工作提供了参考依据。     

AFLP分析江西省4个斑点叉尾鮰养殖群体遗传多样性

本文运用AFLP分子标记技术,对江西省4个斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)养殖群体(GZ、XJ、PYA和PYB)进行遗传多样性分析。结果表明,在64对引物组合中,E3/M2、E4/M7、E3/M8和E5/M5引物从4个群体72个体中共扩增出179个位点,其中多态位点为109,占60.89%。其中,PYA、GZ、XJ和PYB群体的多态位点比例(P)分别为56.54%、56.47%、56.32%和56.14%。Shannon多样性指数(I)分别为0.2890、0.3003、0.2896和0.2852,平均杂合度(H)分别为0.1935、0.2027、0.1938和0.1898。4个群体间的遗传分化系数(Gst)为0.1314,说明群体间发生了一定程度的遗传分化,但分子方差分析(AMOVA)显示,群体的遗传变异90.98%来源于群体内的个体间,9.02%来源于群体间。聚类分析也表明,4个群体所产生的遗传分化主要也来源于群体内。本研究为斑点叉尾鮰种质资源的调查和保护提供参考,为斑点叉尾鮰优良品种的选育提供科学依据。     

利用目标起始密码子多态性(SCoT)分子标记分析梨遗传多样性

目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,SCo T)是一种新型的遗传分子标记技术。本研究采用单因素水平设计方法,优化并建立梨的适宜SCo T分子标记体系,通过SCo T标记技术,分析了安徽省砀山县的43份梨(Pyrus spp.)的遗传多样性和亲缘关系。结果表明,优化后梨SCo T-PCR反应体系:10×Easy Taq Buffer(含2 mmol/L Mg2+)2.5μL,模板DNA终浓度30 mg/L,上下游引物终浓度1.0μmol/L,d NTPs终浓度0.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0 U,总体积为25μL。随机选取2个DNA模板进行引物筛选,最终从67条引物中筛选出16条扩增条带清晰且有差异性的引物,共扩增出145条带,其中多态性条带有126条,多态性比率为86.1%,每条引物平均扩增出9.1条带。SCo T标记的43个梨材料遗传相似性系数为0.517~0.931,平均值为0.685。聚类分析表明,在遗传相似系数为0.610的水平上,43份梨材料分为A和B两组;在遗传相似系数为0.746的水平上,A组又分为6个亚组(Ⅰ~Ⅵ)。所研究的43份梨材料具有丰富的遗传多样性,且能够被SCo T分子标记有效地检验,为进一步研究利用安徽省砀山县梨种质资源提供了依据。     

猪乳上皮黏蛋白（MUC1）和一组高分子量蛋白遗传多态性的研究

为了从乳特异蛋白水平上研究猪的生物多样性,采用电泳方法对大约克猪(Sus scrofa)乳上皮黏蛋白MUC1和一组高分子量蛋白(HMWP)的多态性进行了检测.结果在42头猪中检测到3种MUC1类型,分子量大于普通牛(Bos taurus),依次为230 kD、217 kD、212 kD,形成5种蛋白表型;检测到4种HMWP类型,分子量依次为123 kD、109 kD、107 kD、101 kD,形成5种蛋白表型.猪乳中的MUC1和HMWP表达量在1～3 d的初乳中明显低于常乳;猪常乳中MUC1的浓度高于牦牛(Bas grunniens)和山羊(Capra hircus)乳.研究结果表明,猪乳MUC1和HMWP均存在多态性,但他们的基因杂合度和有效等位基因数相对较低.     

牛糖基化依赖细胞黏附分子1基因(G1yCAM1)的遗传多态性分析

以中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛为研究材料.利用CRS-PCR、PCR-SSCP及DNA测序技术检测了糖基化依赖细胞黏附分子l基因(GlyCAMl)的遗传多态性.结果表明,在牛ClyCAMl基因外显子3的第2081(A/C)和内含子3的2417(C/T)位点存在突变.两位点在3个牛群中的等位基因频率A/B分别为0.7525/0.2475、O.6112/0.3888和0.3375/0.6625;0.9046/0.0954、O.8383/0.1617和0.7875/0.2125;经х2适合性检验,3个牛群在内含子3的突变达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>O.05),在外显子3鲁西黄牛和渤海黑牛达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>O.05),中国荷斯坦牛的突变在此位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P相似文献   

山羊生长激素释放激素(GHRH)和抑制素βA(INHβA)基因多态性

用PCR-SSCP和测序技术研究了波尔山羊(Capra hircus)和徐淮白山羊(C.hircus)2个群体共147个个体生长激素释放激素(GHRH)和抑制素βA(INHβA)基因座位的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),结果表明,GHRH基因在第4411处(按GenBank登录号AF242855)丢失了一个碱基G,在2个山羊群体检测到3种基因型(AA、AB和BB);NHβA基因在第995处(按GenBank登录号U16239)丢失了一个碱基T,在2个山羊群体检测到2种基因型(AA和AB),没有检测到BB型个体。这2个位点的突变属首次在山羊中发现,并且均以A等位基因为优势等位基因。同时,计算了2个基因座的杂合度(H)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)和固定指数(F)。结果显示,在2个山羊群体中,2个基因座均符合Hardy-Weinberg平衡。     

上海白猪(上系)遗传多样性和群体结构分析

上海白猪(上系)(Sus scrofa)是上海市闵行区的地方培育品种,近年来,由于引进品种的冲击,其各项生产指标严重衰退,且对其种质特性、遗传基础和杂交性能等缺乏应有的了解.本研究应用全基因组范围内的遗传标记,对上海白猪(上系)群体进行了遗传多样性和群体结构的分析.首先对反映群体内遗传多样性的3个重要指标-等位基因的丰度(allelic richness,AR)、标记多态性的比例(proportion of polymorphic markers,PN)和期望杂合度(expected heterozygosity,He)进行了分析和计算.结果表明,上海白猪(上系)与太湖和西方猪种对比,其遗传多样性最高(PN=0.731,AR=1.709,He=0.221).上海白猪(上系)与太湖品种之间的遗传分化程度(0.237±0.007)大于其与西方品种之间的遗传分化程度(0.219±0.008).另外,用主成分分析(principal components analysis,PCA)、STRUCTURE和系统进化树等对群体结构进行了分析.结果显示,上海白猪(上系)群体内的遗传多样性比太湖猪种和西方猪种高;群体间遗传距离显示上海白猪(上系)相对于太湖猪种更接近西方猪种;主成分分析、聚类分析与群体结构分析皆显示上海白猪(上系)能够形成独立的分组.以上结果表明,从分子水平上看,将上海白猪(上系)作为一个独立的培育品种是合理的,特别是其具有独特的遗传结构,应进一步加强其保护、开发和利用.     

鸭Toll样受体4基因(TLR4)第3外显子的多态性及其与免疫性状的关联分析

Toll样受体4(TLR4)是Toll样受体家族中重要的模式识别受体之一。为分析蛋鸭TLR4基因单核苷酸多态性(SNPs)及其免疫性状相关的分子标记,本研究采用直接测序方法在绍兴鸭与缙云麻鸭(Anas platyrhyncha domestica)TLR4基因第3外显子的2254bp序列搜寻,结果共发现10个SNP位点,χ2检验表明,其中7个SNP位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。采用最小二乘法对基因型与蛋鸭部分免疫性状关联分析发现,T141G与T398C位点AB基因型个体的法氏囊指数与白细胞介素-2(IL-2)水平显著高于BB基因型个体(P<0.05),A661G位点AA和AB基因型个体的胸腺指数极显著高于BB基因型个体(P<0.01),而BB基因型个体的IL-2水平显著高于AA基因型个体(P<0.05);T699C位点AB基因型个体的胸腺指数显著高于BB基因型个体(P<0.05);A1563G位点AA基因型个体的胸腺指数极显著高于AB和BB基因型个体(P<0.01),研究结果提示,这5个SNPs可能是蛋鸭免疫性状的重要分子标记,可尝试作为蛋鸭免疫性状的候选分子标记。     

不同肉牛品种中乙酰辅酶A:二酰甘油酰基转移酶基因(DGAT1)遗传多态性及对胴体性状的影响

本研究采用PCR-SSCP方法研究了3个黄牛(Bos taurus)品种(鲁西牛、晋南牛和秦川牛)及4个杂交肉牛(夏洛莱×鲁西牛、安格斯×鲁西牛、利木赞×鲁西牛和西门塔尔×鲁西牛)群体乙酰辅酶A:二酰甘油酰基转移酶基因(DGAT1)第17 exon和3'UTR的多态性.在3'UTR有5个碱基突变位点,分别位于8 402 bp(C→T)、8 414 bp(A→C)、8 445 bp(T→C)、8 465 bp(A→G)和8 545 bp(G→A),并且8 402 bp处碱基突变属首次发现.x2检验的结果表明,在该基因座位7个群体均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05或P<0.01).经DUNCAN'S检验表明在该基因座位上BB基因型个体的宰前体重、胴体重、眼肌面积、膘度和日增重均显著高于CC基因型的个体,而CC基因型个体的大理石花纹、背膘厚度和肌内脂肪含量均显著高于BB型个体.研究表明,DGAT1基因的等位基因B与肉牛的眼肌面积等胴体性状相关,等位基因C与大理石花纹、背膘厚度、肌内脂肪含量等肉质性状相关.     

7个牛品种对氧磷酶1基因(PON1)的EcoRV和Alu Ⅰ酶切多态性及其与部分性状的关联分析

应用RFLP技术对7个牛品种进行了对氧磷酶1(paraoxonase 1,PON1)基因的EcoRV和Alu Ⅰ酶切多态性检测;SAS 9.1的GLM过程中的Duncan's检验对不同基因型与部分性状之间进行了关联分析.结果表明,EcoR Ⅴ位点与体重、日增重、眼肌面积和嫩度之间存在显著相关,AG基因型个体与其它基因型相比在日增重和嫩度上存在显著差异(P<0.05),而AA基因型个体相对于其它基因型具有较大的眼肌面积(P<0.05);Alu Ⅰ位点则与体重、净肉重和嫩度之间具有显著的生物学意义(P<0.05),AA型个体相对来说均优于其它基因型个体(P<0.05).品种间的比较表明,除实验牛始重相对趋于一致外,国外肉牛专门化品种在其它方面均优于国内品种.研究结果提示两个位点可尝试作为牛肉多汁性(嫩度)的标记.