副猪嗜血杆菌OMP5 基因的克隆及生物信息学分析

根据GenBank 上公布的副猪嗜血杆菌外膜蛋白OMP5 基因的核苷酸序列,设计1 对特异性引物,对贵州省HPS 分离株OMP5 基因进行扩增。结果表明所扩增的OMP5 基因的长度为1116 bp,与SH0165 株对应的核苷酸序列和氨基酸同源性均为100%。生物信息学分析结果表明,OMP5 基因所编码的外膜蛋白P5 的理论等电点pI为9.34,不稳定系数为20.44,推测其为稳定性蛋白;脂肪指数为83.94,总体平均亲水性为-0.172,推测该蛋白是一种亲水性蛋白;该蛋白含有丰富的α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,无跨膜区,最前端的21 个N-末端氨基酸残基为信号肽序列并且主要为疏水性氨基酸,最佳切割位点在第21～22 个氨基酸之间;结构位点预测表明该蛋白含有多个不同的糖基化和磷酸化位点。     

副猪嗜血杆菌OMP2基因的克隆及蛋白结构预测

根据GenBank上发表的副猪嗜血杆菌（HPS）全基因组序列中的外膜蛋白OMP2基因的核苷酸序列,利用Premier Primer5.0和Oligo6.0软件设计1对特异性引物,对从贵州省分离的HPS的OMP2基因进行扩增、克隆、测序和生物信息学分析。测序结果比表明,扩增的HPS分离菌株目的基因长度为1092bp,共编码363个氨基酸,与GenBank上公布的SH0165株（NC₀11852）中对应的核苷酸序列同源性为99.8%,氨基酸同源性100%。生物信息学分析结果表明,OMP2外膜蛋白的分子质量为39087.45Daltons,理论等电点pI为9.21,不稳定系数为16.73,推测其为稳定性蛋白;脂肪指数为70.63,总体平均亲水性为-0.494,推测该蛋白是一种亲水性蛋白;该蛋白含有α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,柔性区域较多,呈散在分布,有8个主要的抗原表位;OMP2外膜蛋白序列最前端的19个N-末端氨基酸残基为信号肽序列,最佳切割位点在19～20个氨基酸,且信号肽区域主要为疏水性氨基酸;该蛋白无跨膜区;预测OMP2外膜蛋白可能含有4个N-糖基化位点、1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点、8个蛋白激酶C磷酸化位点、7个酪蛋白激酶II磷酸化位点、1个酪氨酸激酶磷酸化位点、9个N-肉豆蔻酰化位点。     

副猪嗜血杆菌OMP P2基因的克隆与表达

利用已分离的菌株HB070412,根据NCBI上GenBank中的HPS序列（ZP_02477753）设计了1对引物,用PCR方法扩增了副猪嗜血杆菌外膜蛋白中的穿孔素前体蛋白P2基因（OMP P2）,并克隆到载体pMD18-T（T-Vec-tor）,序列测定结果表明OMP P2基因全长1 077bp,序列同源性分析表明该基因相当保守,与所报道的HPS OMPP2基因之间的核苷酸序列同源性为98.1%,氨基酸序列同源性为95.5%。用pGEX-6p-1构建了原核表达载体pGEX-P2,在大肠杆菌中进行了高效表达,表达蛋白约占菌体总蛋白的50%,主要为包涵体形式。SDS-PAGE电泳结果显示表达的融合蛋白约为65 000,Western blot结果表明该表达蛋白具有抗原性。     

副猪嗜血杆菌丝氨酸蛋白酶基因的克隆及生物信息学分析

为研究副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)丝氨酸蛋白酶(espP)作为疫苗候选抗原的可能性,根据GenBank中Hps espP基因(登录号:HAPS_1381)设计引物,以Hps血清11型(H456)菌株的DNA为模板,PCR扩增目的基因并测序。将该基因核苷酸序列翻译成氨基酸序列后,对Hps espP蛋白的信号肽、亲水性区域和B细胞抗原表位进行预测,并预测了该蛋白C端的3D结构。结果显示,Hps espP基因序列全长2 343 bp,共可编码781个氨基酸,其中氨基酸序列的1—23位预测为信号肽。Hps espP蛋白含有12个亲水性区域,并预测含有12个B淋巴细胞抗原表位。构建Hps espP蛋白3D结构显示,该蛋白C端是由12个β折叠层围成的桶状结构。本试验为进一步研制新型副猪嗜血杆菌Hps espP蛋白多肽疫苗奠定基础。     

副猪嗜血杆菌sapA基因克隆与生物信息学分析

试验旨在克隆副猪嗜血杆菌（Haemophilus parasuis,Hps）sapA基因,并对其进行生物信息学分析,以期为sapA基因缺失疫苗的开发与应用提供理论依据。以71株临床菌株为研究对象,经PCR扩增鉴定其中的阳性菌株;将扩增得到的sapA基因片段与pGEM-T载体连接,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,经PCR和双酶切鉴定为阳性克隆后进行测序;用生物信息学软件进行核苷酸与氨基酸序列比对、系统进化树分析、蛋白二级和三级结构预测、疏水性预测、柔性区域位预测、B细胞抗原表位预测和Jameson-Wolf抗原指数预测。试验结果显示,在71株临床菌株中,有29株成功扩增出sapA基因,29株Hps的sapA基因核苷酸序列与已公布的SH0165菌株相似性为96.5%~98.8%,除H88菌株外,氨基酸序列与SH0165菌株相似性为98.9%~100%。sapA蛋白二级结构主要有α-螺旋、β-转角和无规则卷曲,有13个亲水区、38个柔性区和23个B细胞潜在抗原表位。以上结果表明,Hps的sapA基因是一个保守基因,各菌株间核苷酸序列、氨基酸序列都有很高的相似性,sapA蛋白具有较强的抗原性。     

副猪嗜血杆菌OMP5单克隆抗体的制备与鉴定

用副猪嗜血杆菌（HPS）血清5型灭活菌液免疫BALB/c小鼠,取其脾细胞与Sp2/0骨髓瘤细胞融合,以HPS外膜蛋白5（OMP5）为抗原,经间接ELISA法筛选阳性融合孔,并用有限稀释法对筛选的阳性孔进行亚克隆,获得2株分泌抗HPS OMP5单克隆抗体的杂交瘤细胞株1E2和8D9;间接ELISA法效价检测,1E2和8D9细胞培养上清抗体效价均为1∶2 560,纯化后腹水抗体效价分别为1∶204 800和1∶51 200;抗体型别鉴定,1E2和8D9分别分泌IgG2b、IgG2a型抗体;特异性检测表明,2株单抗均能特异识别OMP5。将2株杂交瘤细胞反复冻融3次复苏后仍能稳定分泌抗体。2株抗HPS OMP5单克隆抗体的成功制备,将为HPS感染快速检测方法的建立以及检测试剂的研制奠定基础。     

广东与四川地区发病猪副猪嗜血杆菌分离株omp5基因的克隆及序列分析

为了比较副猪嗜血杆菌(HPS)外膜蛋白P5(omp5)基因的同源性及抗原性,试验设计合成1对特异性引物,通过PCR方法从广东省和四川省发病猪的30株分离菌中扩增出HPS omp5基因,然后将PCR产物克隆至pMDTM18-T载体上,转化大肠杆菌DH5α,并进行序列测定与分析.结果表明:30株HPS omp5基因的完整序...     

副猪嗜血杆菌OmpP2基因的克隆及生物学信息分析

为了研究副猪嗜血杆菌外膜蛋白OmpP2基因的结构特征及编码蛋白的功能,根据GenBank中HPS OmpP2基因的DNA序列设计引物,以HPS血清13型江西分离株的基因组为DNA模板,利用PCR扩增OmpP2基因,并将其克隆到pMD18-T载体,进行测序及生物信息学分析。结果表明,此序列编码364个氨基酸,与GenBank上登录的OmpP2序列核苷酸同源性为98.7%~100%,其中与湖北F641株的同源性最高,达到100%;蛋白质的分子理论值为39.14ku,理论等电点为9.14;第1位~第20位氨基酸残基组成信号肽,属于分泌型蛋白;所编码的蛋白属于亲水性蛋白,二级结构以无规则卷曲为主。研究获得了HPS OmpP2基因,为今后研究此基因的生物学功能奠定了基础。     

副猪嗜血杆菌分离株hhdA和hhdB基因的克隆及同源性分析

用预先设计好的hhdA和hhdB基因的PCR扩增引物,扩增不同血清型的副猪嗜血杆菌分离株中的hhdA和hhdB基因,将扩增产物与克隆载体pMD ^TM18-T连接,转化入感受态细胞DH5α,通过PCR、双酶切及序列测定,测序结果表明：扩增的16株HPS菌中有11株能扩增出hhdA基因,其中10株有测序结果,该10株菌的hhdA基因全基因序列有7种长度,分别为1754、1755、1758、1759、1760、1761和1762bp。另外,16株HPS菌中有9株能扩增出hhdB基因,该9株菌的hhdB基因全基因序列有7种长度,分别为1628、1637、1639、1640、1641、1646和1647bp。对于相同血清型的不同菌株来说,它们的2段目的基因序列长度两两不一致。强毒株中,71％的菌株均能扩增出hhdA和hhdB基因;中毒型菌株也基本可以扩增出hhdA和hhdB基因;而无毒型菌株均没有扩增出目的基因。同源性比对可知：所分离菌株的hhdA之间和hhdB基因之间,以及它们分别与GenBank中副猪嗜血杆菌SH0165的hhdA和hhdB基因之间序列同源性都在98％以上,说明所分离的菌株中均含有hhdA和hhdB基因序列。同源系统进化树分析可知,hhdA和hhdB基因在分离菌菌株间具有良好的保守性,可作为研制HPS新型疫苗的候选基因。     

副猪嗜血杆菌外膜蛋白OmpP2基因的克隆及表达

为了获得副猪嗜血杆菌外膜蛋白OmpP2分泌性蛋白分子,克隆了该蛋白编码序列,约1 081bp,成功构建pET28a-OmpP2原核表达质粒,并将其转化到大肠埃希菌BL21(DE3)菌株.经0.4 mmol/L终浓度IPTG、32℃诱导5 h后,目的蛋白表达量最高.Western blot检测表明,该蛋白与副猪嗜血杆菌阳性血清发生特异性反应,说明该蛋白有良好的反应原性,为今后研究OmpP2的生物学特性及对HPS的血清学诊断、亚单位疫苗的开发奠定了基础.     

副猪嗜血杆菌rfaD基因的克隆及原核表达

rfaD基因编码ADP-L-甘油-D-甘露庚糖-6-异构体酶,缺失该基因会导致LOS糖链缩短和疏水性增强,从而影响细菌的致病性。为进一步探索副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)ADP-L-甘油-D-甘露庚糖-6-异构体酶的功能,本研究对Hps SC096 株rfaD基因进行克隆及原核表达。根据GenBank上登录的NC_011852序列,设计引物扩增rfaD基因,获得927 bp目的片段,将其克隆至pMD19-T载体。经送样测序鉴定正确后,连接到pET-32a(+)上进行原核表达,并用IPTG诱导,将诱导产物进行SDS-PAGE和Western blotting分析。SDS-PAGE结果显示,H.parasuis rfaD基因能在E.coli BL21(DE3)中表达,重组蛋白分子质量约为50 ku,与预期分子质量大小一致。Western blotting分析结果表明,该蛋白质能与H.parasuis血清4型阳性高免血清产生特异性结合反应,具较好的反应原性。     

副猪嗜血杆菌ompP2基因的克隆鉴定及序列分析

用PCR技术对华南地区分离的17株不同血清型副猪嗜血杆菌菌株ompP2基因进行克隆鉴定,并以CLUSTALS1和PHYLIP-3.68软件将ompP2基因序列进行比对和遗传进化分析.17株副猪嗜血杆菌茵株中均能扩出ompP2基因,克隆测序结果发现ompP2基因大小有所不同,与参考序列ABKM01000007的同源性在92％～99％之间.序列比较结果显示,ompP2基因与GenBank公布的副猪嗜血杆茵全基因组测序中的ompP2基因序列具有较高的同源性,不同菌株ompP2基因序列大小存在差异,为进一步验证ompP2蛋白的功能及相关研究奠定了基础.     

副猪嗜血杆菌OMP P2基因PCR检测方法的建立与应用

通过反应条件的优化、特异性和敏感性的测定,建立了一种快速、简便、准确的PCR方法,用于检测副猪嗜血杆菌(HPS)OMP P2基因。PCR扩增片段大小为1 080 bp左右,最小检测量为1 000个HPS。与胸膜肺炎放线杆菌、多杀性巴氏杆菌、大肠杆菌、肠沙门菌、金黄色葡萄球菌和链球菌无特异性反应。用该法检测人工感染猪的肺脏、心脏和肾脏抽提的DNA,结果为阳性;检测肝脏、脾脏、脑组织样品抽提的DNA,结果为阴性。用该法检测人工感染发病仔猪及自然感染仔猪肺组织,并结合细菌分离培养,证明以肺脏组织为病料,通过细菌分离培养,再用PCR法鉴定分离菌体,可有效地用于HPS的特异诊断。检测116份来自发病猪场的患病仔猪肺脏病料,其中有110份为阳性,与16S rRNA PCR检测结果一致,表明HPS所致发的Glsser's病已在我国广泛发生和流行。     

副猪嗜血杆菌thyA基因的序列分析

为探究副猪嗜血杆菌thyA基因的遗传特性,针对于分离的副猪嗜血杆菌辽宁分离株的thyA基因进行测序,并运用软件对基因序列及氨基酸序列的同源性等进行分析研究。结果显示,thyA基因在副猪嗜血杆菌辽宁株亲缘性较高,其中基因序列与已公布的参考菌株同源性为95.7%~100%,氨基酸序列同源性为97.2%~100%,预测thyA基因编码蛋白的三级结构,发现thyA毒力基因在副猪嗜血杆菌中保守存在,为揭示thyA基因在副猪嗜血杆菌中功能奠定了一定基础。     

副猪嗜血杆菌病疫苗新制苗菌株FS0307的毒力和OMP P5基因研究

为了进一步研究副猪嗜血杆菌FS0307株的特性,本研究对该菌株的外膜蛋白P5基因进行测序分析,并进行其对豚鼠的致病力研究。结果显示,Hps FS0307株的序列与相同血清型的国际标准株SW124的同源性为98.3%,与多数国内分离株的同源性在98%以上,与美国分离株2170B的同源性为95.6%,而与3株其他血清型国际标准株的同源性在89.5%~95.1%之间;遗传系统进化树显示与4型国内分离株SC085(HM747106)在同一分支上。且能引起豚鼠100%发病,100%死亡。说明Hps FS0307株与国内流行菌株更相似,是1株优良的副猪嗜血杆菌病疫苗的制苗菌株。     

副猪嗜血杆菌OMP P5间接ELISA抗体检测方法优化

利用副猪嗜血杆菌(HPS)OMP P5基因表达并纯化复性后蛋白作为包被蛋白,通过对最佳加样作用时间的确定和最佳酶标二抗反应时间等条件的探索优化,建立针对副猪嗜血杆菌外膜蛋白P5(OMPP5)的间接ELISA抗体检测方法,通过对进行和未进行HPS免疫的健康猪血清的检测,证实了建立的间接ELISA方法具有敏感性高、特异性强、反应快速准确等特点,可用于HPS的快速诊断     

副猪嗜血杆菌OMP5的克隆表达及其对豚鼠免疫保护作用

根据GenBank中登录的副猪嗜血杆菌外膜蛋白P5(outer membrane protein P5,OMP5)基因序列设计1对特异性引物,以江西分离株NC0807基因组DNA为模板,扩增出OMP5基因。将其克隆到pET-28a(+)中,构建重组表达质粒pET-28a-OMP5,质粒转化大肠杆菌BL21(DE3),通过SDS-PAGE和Western blotting分析重组蛋白的表达情况和反应原性。重组蛋白经镍柱亲和层析纯化后免疫豚鼠,测定其免疫原性和保护效率。结果表明,重组蛋白在大肠杆菌中获得了高效表达。表达的蛋白分子质量约为43 ku,能被副猪嗜血杆菌阳性血清识别。动物试验结果表明,重组蛋白免疫后能诱导产生高水平的OMP5特异性抗体,并可显著保护豚鼠抵抗副猪嗜血杆菌强毒菌株的攻击,提示OMP5是副猪嗜血杆菌的保护性抗原。     

副猪嗜血杆菌广东分离株外膜蛋白P5基因的克隆及蛋白结构预测

根据GenBank上发表的副猪嗜血杆菌(HPS)外膜蛋白基因的核苷酸序列设计并合成1对特异性引物,从广东省HPS分离株外膜蛋白P5基因中扩增出与预期设计的1116bp大小相符的片段,将扩增产物连接到pMD18-T载体上,进行序列测定和分析。结果表明,克隆出HPS广东分离株的目的基因,核苷酸长为1116bp,共编码371个氨基酸,与已发表的HPS(SH0165)外膜蛋白基因核苷酸序列同源性100%,氨基酸同源性100%。生物学预测分析结果显示,HPS外膜蛋白是一种混合型结构蛋白,含有α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,其β-转角和无规则卷曲区域可能形成抗原表位;其N端含有1个信号肽,最佳切割位点在21～22个氨基酸;有15个抗原决定簇;无跨膜区;同源建模分析,未见相似三维结构。     

副猪嗜血杆菌部分16S rRNA基因的克隆及序列分析

副猪嗜血杆菌(Haenophilus parasuis,Hps)为副猪嗜血杆菌病的病原体。目前,副猪嗜血杆菌地方分离株基因背景研究国内报道不多,试验针对临床分离的2株Hps进行16S rRNA基因片段的扩增、克隆、测序及同源性比较,以期在分子水平对副猪嗜血杆菌进行鉴定。1材料与方法1.1菌种和质粒副