一份安康野桑蚕线粒体COI序列的克隆和分析

对1份安康野桑蚕线粒体进行了克隆分析,获得了一段长度为1 873 bp的线粒体序列,包含COI基因及其侧翼序列。序列比对表明其与石泉的2份野桑蚕存在48处碱基差异,聚类分析表明其与岚皋县、山东青州共同聚类,与家蚕亲缘关系较近。对6份安康野桑蚕在内的19份不同地域来源的野桑蚕及31份家蚕线粒体COI序列进行了单位点多态性和聚类分析。结果表明:17份中国野桑蚕在67个位点上存在多样性,平均核苷酸差异为25.596,2份日本野桑蚕之间的多态性位点为10个,平均核苷酸差异为10.000;6份安康野桑蚕可分为两大类,其一是石泉县2份野桑蚕与湖南、四川、江苏、湖北等地野桑蚕聚为一大类群,与家蚕亲缘关系较远,其二是包括本次研究在内的4份安康野桑蚕及山东青州野桑蚕与家蚕聚为一大类群,与家蚕亲缘关系较近,显示出安康野桑蚕复杂多样的遗传特性。研究为深入分析安康野桑蚕的遗传多样性,发掘安康野桑蚕种质资源提供理论依据。     

基于叶绿体DNA序列atpI-rsp2和psbC-trnS的山药种质资源遗传多样性分析

【目的】基于叶绿体DNA（cpDNA）序列atpI-rsp2和psbC-trnS分析山药种质资源的遗传多样性,为山药种质资源鉴定、创新利用及新品种选育提供理论依据。【方法】以来自14个省（区）的64份山药种质为材料,对其atpI-rsp2和psbC-trnS序列进行多态性扩增并测序,经拼接、比对后,利用MEGA 7.0计算种质间的遗传距离并构建系统发育进化树,并利用DNAsp 5.0分析核苷酸多态性,采用NET Framework 4.6.1绘制单倍型间的中介邻接网络结构。【结果】atpIrsp2和psbC-trnS序列合并序列长度为1938 bp,共有117个插入/缺失位点（I_S）和14个变异位点（V_s）,转换率（S_i） 为49.1%,总体转换/颠换偏倚率（R）为0.928,共产生30种单倍型,其中有21种为独享单倍型,9种为共享单倍型,单倍型多样性（H_d）和核苷酸多样性（π）分别为0.9206和0.00139。atpI-rsp2序列和psbC-trnS序列及合并序列的Tajima’s D、Fu and Li’s D*和F*均为负值,其差异均未达显著水平（P>0.10）,说明这2个序列在进化上符合中性进化模式。64份山药种质的遗传距离为0~0.003865,平均遗传距离均为0.001400。中介邻接网络结构分析结果显示,30种单倍型可分为3类,其中,H5为较原始单倍型。【结论】64份山药种质资源的遗传距离较近,遗传背景相似,可能是由于长期地区间引种导致,与地理距离不完全相关。atpI-rsp2和psbC-trnS序列可用于山药物种鉴定和系统进化分析等研究领域。     

甘肃河西走廊苹果蠹蛾种群遗传分化研究:基于COI基因序列分析

【目的】揭示河西走廊苹果蠹蛾不同地理种群间的联系,分析地理种群间的序列变异、遗传多样性和遗传分化。【方法】采用PCR和基因测序技术,扩增并分析了河西走廊8个地理种群132个苹果蠹蛾个体的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COI)基因片段,应用DnaSP 5.10计算单倍型多样性指数(Hd)、核甘酸多样性指数(Pi)和Tajima’s D值,采用ZT软件包进行Mantel检验,分析种群间遗传距离与地理距离的相关性,利用软件Arlequin 3.11计算成对种群间的固定系数(Fst)。【结果】在获得的132条序列中共发现了8个变异位点和5个单倍型,其中3个单倍型为种群共享单倍型。总体单倍型多样性指数为0.578,种群内单倍型多样性为0.000~0.700。各种群的Tajima’s D值中性检验符合中性突变,说明河西走廊苹果蠹蛾在历史上没有出现群体扩张,群体大小稳定。Fst值表明,河西走廊苹果蠹蛾种群间具有一定程度的遗传分化,而各地理种群的遗传距离与地理距离无显著的相关性。【结论】河西走廊苹果蠹蛾遗传多样性较低,且地理种群间有一定程度的遗传分化。     

中国地方品种黄鸡线粒体DNA D-loop遗传多样性研究

【目的】 地方品种黄鸡是中国重要的家禽遗传资源,系统评估其遗传多样性水平,为提高利用率和制定科学的保护策略提供依据。【方法】 对新测的694份样本和下载的589份样本,合计28个中国南方地方品种黄鸡共1 283份的线粒体DNA片段（D-loop,519 bp）遗传多样性进行整合分析,构建单倍型中介网络图,通过单倍型地理分布格局、主坐标分析、分子变异分析和中性检测,确认其内部的群体遗传结构和群体历史。通过分析亚洲和太平洋地方鸡线粒体DNA地理分布格局,推测中国南方地方品种黄鸡稀有单倍型类群的来源。【结果】 从1 283份样本检测到101个变异位点,其中92个为多态位点。定义了169种单倍型,归属于6个单倍型类群A-E和G,其中A-C和E为优势单倍型类群,D和G为稀有单倍型类群,占总体样本比例分别为15.43%、49.26%、18.55%、16.37%、0.31%和0.08%。河南省单倍型类群最丰富（6个）;广东省单倍型数量最多（61）,浙江省（19）和海南省（12）较少。单倍型类群A和B在28个黄鸡品种中均有分布;D只分布于淮南麻黄鸡、固始鸡、宁都黄鸡和霞烟鸡中;G只分布于固始鸡中。从单倍型类群D的分布频率和单倍型数量来看,中国南方地方品种黄鸡单倍型类群D可能来源于东南亚地区。从单倍型类群G的地理分布和中介网络图来看,河南和南亚的单倍型类群G可能来源于中国西南地区。中国南方地方品种黄鸡总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.903±0.005和0.01269±n.d.。河南省和湖南省的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.916±0.011、0.01358±0.00039和0.913±0.012、0.01345±0.00042;海南省的单倍型多样性最低（0.736±0.076）,江西省的核苷酸多样性最低（0.00981±0.00072）。在不同地方品种间,淮南麻黄鸡、固始鸡和郧阳大鸡的单倍型多样性最高,江汉鸡、淮南麻黄鸡和黄郎鸡的核苷酸多样性最高,洪山鸡、广西三黄鸡和萧山鸡的单倍型多样性和核苷酸多样性最低。文昌鸡与河田鸡的遗传关系最近,与历史记载相吻合。地方品种黄鸡群体遗传分化不明显,分子变异主要来源于品种内。中性检测显示黄鸡在品种水平上近期未经历明显种群扩张,但单倍型类群A、B和E经历明显的扩张历史。【结论】 结果表明地方品种黄鸡总体上保留着较高的遗传多样性水平,处于较好的保种状态,但洪山鸡、萧山鸡和广西三黄鸡应加强保护。地方品种黄鸡存在杂交现象,整体上经历了群体扩张历史。东南亚和西南地方鸡对中国南方地方品种黄鸡有一定的遗传贡献。     

宁强矮马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

【目的】研究宁强矮马线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）D-loop区的遗传多样性及其母系起源进化,为其遗传资源保护提供理论数据。【方法】采用PCR和测序技术分析12匹宁强矮马mtDNA D-loop区的600 bp核酸序列,并基于mtDNA D-loop区序列将宁强矮马和NCBI公布的其它马种进行系统树构建。【结果】宁强矮马群体存在9种单倍型,检测到34处SNP位点,占所分析位点总数的5.67%,各单倍型间的遗传距离为0.002—0.035,单倍型多样性为0.978±0.054,核苷酸多性为0.01988±0.00818。聚类分析表明宁强矮马分布在4个支系中,与胡克尔马、设特兰马、德保马、蒙古马和车巨马亲缘关系较近,与纯血马、云南马和韩国济州岛本土马的亲缘关系较远。【结论】宁强矮马具有比较丰富的遗传多样性,在进化的历史过程中受到其它马种的影响较大。     

桑蟥DNA条形码与系统进化分析

动物的线粒体细胞色素酶C亚基Ⅰ基因(COI)是进行种质资源鉴定的DNA条形码序列。本文利用PCR扩增和DNA测序技术获得桑蟥 (Rondotia menciana Moore) COI 5′端618 bp的基因片段(GenBank登录号：JX195182),与家蚕和野桑蚕该段线粒体基因序列的一致性达99%,但更偏好于使用碱基T。在所分析的蚕类昆虫中,桑蟥与野桑蚕、家蚕的遗传距离最小,与栗蚕的遗传距离最大。构建的NJ和UPGMA分子树中,与蚕蛾科昆虫野桑蚕、家蚕聚合在同一分支。     

西藏牦牛mtDNA COⅢ全序列测定及系统进化关系

 【目的】探讨西藏牦牛的遗传多样性和类群间的系统进化关系,为西藏牦牛遗传资源的合理保护和利用提供理论依据。【方法】对11个西藏牦牛类群111个个体的mtDNA COⅢ的全序列进行测定,用多种生物信息学软件分析牦牛类群的遗传多样性和它们间的亲缘关系及分类。【结果】①西藏11个牦牛类群的mtDNA COⅢ全序列长度均为781 bp,基因间没有内含子,共编码260个氨基酸,启始密码子AUG(ATG),含一个游离碱基。4种核苷酸的平均比例分别为29.2%（T）、29.4%（C）、26.1%（A）和15.2%（G）,有一定的偏倚性。②发现西藏牦牛的mtDNA COⅢ共有18种单倍型,11个牦牛类群的单倍型多样性值在0.378—0.844。表明,西藏牦牛具有较丰富的mtDNA COⅢ遗传多样性。③在mtDNA COⅢ的20种氨基酸组成中,亮氨酸平均含量最多,为11.92%,赖氨酸和半胱氨酸平均含量最少,为0.77%。碱性氨基酸、酸性氨基酸、亲水性氨基酸和疏水性氨基酸的含量分别为11.15%、4.62%、29.61%和54.61%。④从mtDNA COⅢ来看,西藏11个牦牛类群可分为3大类,即帕里牦牛（PL）系、巴青牦牛（BQ）系、斯布牦牛（SB）系。【结论】西藏牦牛有丰富的遗传多样性,可分为3大类;结果支持将牦牛划分为牛亚科中一个独立属（牦牛属,Poephagus）的观点。     

基于线粒体 DNA D-loop 全序列的麒麟鸡遗传多样性研究

【目的】从线粒体DNA(mtDNA) D-loop全序列角度评估麒麟鸡的遗传多样性水平,以期阐明麒麟鸡的品种形成。【方法】通过PCR产物直接测序法对麒麟鸡保种群的黄羽、白羽和黑羽3个资源群及8个地方鸡品种进行mtDNA D-loop全序列测定,分析遗传变异,并进行中性检测,构建单倍型中介网络图,探究麒麟鸡的群体历史。【结果】麒麟鸡mtDNA D-loop全序列为1 231～1 232 bp,C+G含量（39.8%）低于T+A含量（60.2%）,总体核苷酸多样性为0.00630±0.00054,明显高于其他8个地方鸡品种。3个资源群黄羽、白羽和黑羽麒麟鸡的单倍型多样性分别为0.777±0.076、0.816±0.060、0.710±0.057,核苷酸多样性分别为0.00699±0.00115、0.00662±0.00090、0.00546±0.00062,遗传多样性水平基本上与群体规模呈正相关。麒麟鸡与8个地方鸡的双参数遗传距离为0.008～0.009,净遗传距离为0.003～0.005,均大于其他地方鸡之间的遗传距离。90份麒麟鸡样本共检测到45个突变位点,定义了17个单倍型,其中独享...     

泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析

[目的]通过克隆泰山螭霖鱼的COⅠ基因序列,研究其与鲤科几属鱼类的进化关系,确定泰山螭霖鱼的分类地位。[方法]以泰山螭霖鱼30个个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的部分序列进行PCR扩增和序列对比,检测泰山螭霖鱼的遗传多样性;计算泰山螭霖鱼不同单倍型与Gen Bank中鲤科5个属鱼类的遗传距离,采用聚类分析方法,构建NJ和UPGMA系统进化树。[结果]30个个体泰山螭霖鱼线粒体COⅠ基因片段长度约1 600 bp,无碱基的插入和缺失,纯化并去除引物序列后获得约1 493 bp的核苷酸序列,存在6种单倍型,共检测到6个多态位点,包括4个转化、2个颠换,其单倍型多样性(Hd)为0.460,核苷酸多样性(Pi)为0.000 78,平均核苷酸差异数(K)1.163。遗传距离和NJ和UPGMA系统进化树表明,泰山螭霖鱼与多鳞白甲鱼的COⅠ序列一致,泰山螭霖鱼所在的突吻鱼属与光唇鱼属的亲缘关系最近,与金线鲃属、倒刺鲃属、华鲮属的亲缘关系较远。[结论]该研究为其种质资源的管理与保护及遗传育种提供分子生物学依据。     

中国主要东方蜜蜂种群的遗传多样性分析

对中国具代表性的东方蜜蜂遗传资源中7个种群的线粒体DNA tRNA~(leu)~COⅡ基因进行扩增和测序,并进行遗传多样性比较及亲缘关系分析。结果表明,共发现43个单倍型,其中10个单倍型在GenBank数据库对比确认属于新发现单倍型;7个群体中,阿坝中蜂、滇南中蜂和海南中蜂遗传多样性水平较高,长白山中蜂遗传多样性水平较低,其他群体遗传多样性居中;不同种群间遗传距离变化较大,其中海南中蜂与滇南中蜂、阿坝中蜂间的遗传距离最大,长白山中蜂与云贵中蜂、北方中蜂、华南中蜂间的遗传距离最小;聚类分析显示7个种群可聚为4个类群。     

基于线粒体COI基因序列探讨广西钦州湾牡蛎的遗传分化

【目的】初步了解我国广西钦州湾牡蛎的遗传多样性及其分类和系统进化情况。【方法】以采自广西钦州湾的37个白肉牡蛎和29个红肉牡蛎个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)的部分序列进行PCR扩增和序列比对,检测牡蛎的遗传多样性;计算牡蛎不同单倍型及GenBank中已登载的4种牡蛎间的遗传距离,采用聚类分析方法,构建其NJ和UPGMA系统进化树。【结果】66个白肉牡蛎和红肉牡蛎线粒体COI基因片段的PCR产物大小约为600 bp,扩增产物纯化并去除引物序列后获得约535 bp的核苷酸序列;碱基组成平均为:T 37.5%,C18.2%,A 23.8%,G 20.5%,A+T 60.5%,C+G 39.5%,A+T含量高于G+C含量。运用DNAStar软件对66个钦州湾牡蛎序列进行比对,白肉牡蛎中共检测到4个多态位点,包括3个转换位点和1个颠换位点,有4种单倍型;红肉牡蛎中共检测到26个多态位点,转换位点和颠换位点各13个,有3种单倍型。GenBank中香港牡蛎COI序列与白肉牡蛎的遗传距离为0.000,有明巨牡蛎COI序列与红肉牡蛎的遗传距离为0.011,白肉牡蛎与红肉牡蛎的遗传距离为0.146;NJ和UPGMA系统进化树表明,白肉牡蛎与红肉牡蛎亲缘关系较远,白肉牡蛎与香港牡蛎聚为一支,红肉牡蛎与有明巨牡蛎聚为一支。【结论】序列特征、遗传距离和系统进化树分析结果表明,COI基因可用于牡蛎的种类鉴定和系统发育分析。     

新疆地方绵羊品种Cytb基因遗传多样性与系统进化分析

【目的】为全面了解新疆地方绵羊品种的遗传多样性和系统发育关系,为后期选种、保种和种质资源合理利用提供理论依据。【方法】对新疆13个地方绵羊品种线粒体DNA细胞色素b(cytochrome b, cytb)基因序列进行PCR扩增和测序分析。【结果】除和田羊外,其余12个品种遗传多样性均较丰富;中性检验显示和田羊经历过种群扩张;遗传距离和聚类分析显示和田羊与策勒黑羊遗传距离最近,与巴尔楚克羊遗传距离最远,其它品种与巴尔楚克羊的遗传距离均较远;单倍型网络图分析显示,13个地方品种分为3个分支;分子方差分析表明,群体内变异占91.33%,群体间变异占8.67%,品种间分化不明显。【结论】新疆13个地方绵羊品种有3个母系起源,其亲缘关系与育成史和地理分布基本一致,和田羊的遗传多样性较低,需要加强遗传资源保护。     

青海骆驼线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

旨在研究青海骆驼遗传多样性,揭示青海骆驼的母系起源进化。采集柴达木地区3个青海骆驼类群耳组织样品88份并提取基因组DNA,利用PCR扩增和基因测序分析线粒体DNA D-loop序列,并与蒙古、内蒙古双峰驼进行比较。结果表明：D-loop序列中共检测到96个多态位点,定义了27种单倍型。3个青海骆驼类群占有16个单倍型,而蒙古双峰驼独有7个单倍型,内蒙古双峰驼独有4个单倍型。系统发育分析显示出两个独立的分支：第一支为青海骆驼3个类群与蒙古双峰驼,且德令哈双峰驼与其他两个类群间存在明显界限;第二支为内蒙古双峰驼。青海骆驼与内蒙古双峰驼的遗传距离均较远,但与蒙古双峰驼的遗传距离较近。因此,青海骆驼母系起源更倾向于蒙古双峰驼而非内蒙古双峰驼。     

2份野桑蚕材料线粒体ATPsynthase F0 subunit 6基因的克隆及遗传进化分析

本研究对2份野桑蚕材料(ws-aksq和ws-akhb)线粒体atp6基因进行了克隆和序列分析。克隆结果表明,2株野桑蚕atp6基因ORF框全长678bp,编码225个氨基酸残基。序列联配比对结果表明2株野桑蚕atp6基因之间存在6处碱基的差异。ws-aksq野桑蚕atp6基因与家蚕c108、野桑蚕Qingzhou系、野桑蚕日本系的相似度分别为0.9926、0.9912和0.9690;ws-akhb野桑蚕与上述3者的相似度分别为0.9926、1.0000、0.9676。系统发生分析表明,鳞翅目下7个亚科的昆虫atp6基因分别聚为7枝,2份野桑蚕atp6基因与中国系野桑蚕亲缘关系较为接近,与日本株较远。本研究为深入利用线粒体基因组开展野桑蚕分类及与其它昆虫的遗传进化研究提供了理论基础。     

骆马湖大银鱼、太湖新银鱼线粒体Cytb和COⅠ基因序列多态性分析

为了解江苏省骆马湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)和太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)遗传多样性水平,科学管理保护大银鱼和太湖新银鱼种质资源,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列作为分子标记,研究了骆马湖大银鱼和太湖新银鱼的遗传多样性。采用PCR扩增和序列测定获得长度为1 141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。64条大银鱼Cytb基因序列检出10个多态性位点,定义9个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.824±0.025和0.001 49±0.000 13,碱基平均差异数为1.696;64条大银鱼COⅠ基因序列检出5个多态性位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.753±0.025和0.001 98±0.000 13,碱基平均差异数为1.247。大银鱼遗传多样性具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。35条太湖新银鱼Cytb基因序列检出11个多态性位点,定义8个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.449±0.103和0.000 92±0.000 30,碱基平均差异数为1.045;35条太湖新银鱼COⅠ基因序列检出5个多态性位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.361±0.103和0.000 62±0.000 20,碱基平均差异数为0.393。太湖新银鱼遗传多样性具有低单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。大银鱼及太湖新银鱼的Cytb和COⅠ基因单倍型间的遗传距离较小,分子系统进化树聚为一支,说明大银鱼和太湖新银鱼单倍型未出现遗传分化。大银鱼和太湖新银鱼的Tajima’s D和Fu’s F_s中性检测结果为负值,且核苷酸错配分布图呈现单峰型,表明骆马湖大银鱼和太湖新银鱼进化历史上经历过种群扩张,研究结果为骆马湖银鱼资源可持续发展和利用提供了科学依据。     

基于线粒体COⅠ和COⅡ基因的沙果小食心虫与梨小食心虫的分子鉴定

【目的】建立基于线粒体COⅠ和COⅡ基因序列的沙果小食心虫、梨小食心虫分子鉴定方法。【方法】田间采集试虫,利用PCR和基因测序技术,扩增2种食心虫的线粒体COⅠ和COⅡ基因,将获得的COⅠ和COⅡ基因序列在GenBank中进行BLAST比对,并通过GeneDoc软件分析基因序列相似性,利用Mega 5.05软件分别计算基于COⅠ和COⅡ基因序列的遗传距离,并分别构建COⅠ和COⅡ基因的系统发育树。【结果】在分析的2种食心虫样本中,沙果小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.4%以上,梨小食心虫COⅠ基因的种内相似度在99.6%以上,2种食心虫COⅠ基因的种间相似度为95.0%~95.6%;沙果小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.0%以上,梨小食心虫COⅡ基因的种内相似度在99.3%以上,2种食心虫COⅡ基因的种间相似度为94.6%~95.5%;2种食心虫COⅠ基因种间存在30个稳定变异位点,COⅡ基因种间有26个稳定变异位点。2种食心虫种内遗传距离为0.001~0.006(COⅠ)和0.001~0.010(COⅡ),种间遗传距离为0.046~0.052(COⅠ)和0.047~0.057(COⅡ),基于COⅠ和COⅡ基因的种间遗传距离均显著大于种内遗传距离。分别构建COⅠ和COⅡ基因单倍型的系统发育树,结果显示,在2个基因的系统发育树上,2种食心虫的基因序列分别位于不同的进化支,且置信度均达到100%,同种食心虫的基因序列位于相同的进化枝。【结论】可以根据本研究所用的COⅠ和COⅡ基因序列的差异性,进行沙果小食心虫和梨小食心虫的分子鉴定。     

基于线粒体COⅠ基因和D-Loop区序列的7个鲤群体遗传差异分析

[目的]从分子水平探究不同鲤群体的遗传进化差异,明确金边鲤线粒体基因的遗传进化多样性,为深入开展其遗传资源保护及综合利用提供理论依据.[方法]采用PCR直接测序分析金边鲤、晒江鲤、太湖鲤、福瑞鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等7个鲤群体的线粒体COⅠ基因和D-Loop区序列,通过MegAlign 7.0和DnaSP 5.0对多态位点数(S)、单倍型数(H)、核苷酸多样度(Pi)、单倍型多样度(Hd)、平均核苷酸差异(K)及群体内和群体间的遗传距离等遗传信息进行分析,运用Arlequin 3.5进行基因AMOVA分析,并以MEGA 7.0的邻接法(NJ)构建遗传进化树.[结果]获得7个鲤群体的COⅠ基因序列长787 bp和D-Loop区序列长878 bp.7个鲤群体间的COⅠ基因平均遗传距离为0.0035,其中金边鲤与晒江鲤的群体遗传距离最大(0.0011),与建鲤的群体遗传距离最小(0.0004);D-Loop区序列平均遗传距离为0.0292,其中金边鲤与黑龙江野鲤的群体遗传距离最大(0.0269),与福瑞鲤和建鲤的群体遗传距离最小,均为0.0102.在161份样品中,COⅠ基因共检测到12种单倍型,以单倍型HAP2最多;D-Loop区序列共检测到41种单倍型,其中HAP1、HAP2、HAP3、HAP4、HAP6、HAP7、HAP13和HAP15为金边鲤的特有单倍型.COⅠ基因的群体间变异贡献率为19.27%,群体内变异贡献率为80.73%;D-Loop区序列的群体间变异贡献率为20.29%,群体内变异贡献率为79.71%.从基于K2P遗传距离构建的遗传进化树可看出,建鲤、福瑞鲤和太湖鲤3个群体的亲缘关系最近,且同时与金边鲤聚为一小支.[结论]金边鲤的遗传多样性处于较高水平,可进一步选育获得金边鲤独有的优良性状品系,或通过基因辅助技术与其他鲤品种进行杂交而获得更优秀的新品系.     

基于叶绿体基因trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的甘薯种质遗传多样性分析

【目的】利用叶绿体基因组（cpDNA）的间隔区序列（trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL）对甘薯种质进行遗传多样性分析,为其种质保护及开发利用提供理论依据。【方法】以从我国12个省份收集的52份甘薯种质为材料,从10个cpDNA间隔区序列的引物中筛选出能扩增单一、清晰明亮且稳定的序列引物,利用其PCR扩增筛选出间隔区序列,并进行测序及序列拼接。利用DnaSP 5.0进行序列特征分析,采用MEGA X计算52份甘薯种质材料的遗传距离,并构建系统发育进化树。【结果】筛选获得7对扩增结果较理想的引物,其PCR扩增产物经测序分析,共获得3个有效标记（trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL）。三者的拼接序列长度为2239 bp,共有7个变异位点,2个单一突变位点,5个简约信息位点,11个插入/缺失位点。在52份甘薯种质材料中,trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的变异位点数量（Vs）分别为1、1和5个,单倍型数目（H）分别为2、4和5个,拼接序列的单倍型数目为10个;核苷酸多样性（π）和单倍型多样性（H_dπ）最高的序列分别为trnT-trnL（π=0.00052）和trnH-psbA（H_d=0.535）。trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列的Tajima’s D、Fu and Li’s D*和Fu and Li’s F*均无显著差异（P>0.05）,符合中性进化模式。基于拼接序列构建的系统发育进化树显示,52份甘薯种质材料的遗传距离为0~1.1848,平均遗传距离0.1018,其分为五大类,其中第Ⅰ类~Ⅳ类仅含有少量种质,其余41份种质归为第Ⅴ类。【结论】52份甘薯种质材料的遗传变异较为丰富,但种质材料间的遗传多样性低,与cpDNA特性和甘薯遗传背景狭窄有关。基于trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL的拼接序列更能准确分析甘薯种质的遗传多样性,且有效划分不同类群,为甘薯集团育种提供候选材料。     

基于线粒体COⅠ基因15个鸡种的DNA编码研究

 【目的】探明地方鸡种与引进鸡种遗传多态性特点,探讨COⅠ这一特定基因的特定区段作为DNA条形码在识别鸡种方面的可行性和有效性。【方法】以13个中国地方鸡种和2个国外引进品种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ）基因部分序列。【结果】选择的这段COⅠ基因序列有38个突变位点,15个鸡种单倍型多样度平均为0.963,核苷酸多样度平均为0.00518,其中引进鸡种明显低于地方鸡种（除藏鸡外）;15个鸡种品种间Kimura双参数遗传距离为0.056%—0.917%,种内遗传距离为0—0.346%,15个鸡种的DNA分类和形态学分类基本一致,引进鸡种与地方鸡种分歧较远。【结论】利用线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ（COⅠ）这一特定基因的特定区段来做DNA条形编码的基础,进行不同鸡品种鉴定,具有可行性和有效性。     

基于CO Ⅰ和Cytb基因的浙江不同抗性水平二化螟种群的遗传结构分析

本研究利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)基因的遗传学方法分析了浙江省8个不同抗性水平二化螟地理种群的遗传多样性及种群遗传结构。种群遗传多样性分析表明：PCR扩增测序分别获得长度为627 bp的COⅠ基因片段和长度为455 bp的Cytb基因片段。355条同源COⅠ序列监测出了68个多态性位点,其中单突变位点22个,简约突变位点46个,共定义了85个单倍型,每个群体的平均单倍型为18.25个,其中瑞安(RA)种群中单倍型最多,为27个单倍型。326条Cytb同源序列监测出了45个多态性位点,其中单突变位点19个,简约突变位点26个,共定义了64个单倍型,每个群体的平均单倍型为14.375个,其中乐清(YQ)种群中单倍型最多,为25个单倍型。此外,各群体中最高的单倍型多样度h分别为0.896 3和0.934 4,反映出二化螟群体较低的遗传多样性水平。种群遗传结构分析表明：二化螟不同地理种群间遗传变异大多数来自于群体内个体间,占80.30%(COⅠ基因)和78.16%(Cytb基因)。较少部分的遗传差异来自于组间,仅占19.43%(COⅠ基因)和21.22%(C...