六个猪种群ME1基因的遗传多态性

本试验采用PCR-SSCP技术,对6个猪种群的ME1基因进行研究,从分子水平上研究其多态性.结果表明,307个样本中检测到5种单倍型,其中,长白猪和大白猪各检测出5种单倍型;马身猪、杜洛克猪和山西白猪分别检测出3种单倍型;山西黑猪检测出4种单倍型.大白猪、长白猪、马身猪和山西黑猪均属于高度多态性.研究结果可为寻找与繁殖性能相关遗传标记的研究提供一定的理论参考.     

6个猪种FUT1基因的多态性分析

α(1,2)岩藻糖转移酶基因1(α-1,2-Fucosyltransferase gene,FUT1)是可以调节大肠杆菌F18侵染猪小肠、并引起仔猪水肿和腹泻的一个抗性基因。采用PCR-SSCP方法,检测了FUT1基因在大白猪、长白猪、杜洛克、马身猪、山西黑猪、晋汾白猪6个猪种中的多态性。结果表明:在大白猪、长白猪和杜洛克这3个引进品种中,存在A、B、C 3种单倍型,A单倍型的平均分布频率为0.58;而在地方品种马身猪及其培育品种山西黑猪和晋汾白猪中只发现了单倍型A。经测序比对发现B单倍型第5位碱基发生了C→A的转换,第145个碱基处发生了T→C的突变;而单倍型C的第372位碱基A发生缺失。大白和杜洛克2个种群Hardy-Weinberg不平衡,FUT1基因在国外引进猪种大白、长白、杜洛克种群多态性丰富。     

确山黑猪种质资源的亲缘关系研究

基于线粒体DNA的D-loop区段的多态性,通过与主流商业猪种杜洛克猪、长白猪、大白猪,以及邻近地区的淮南黑猪、南阳黑猪、豫西黑猪、二花脸猪、莱芜猪相比较,探讨确山黑猪现存38头公猪个体的亲缘关系。结果表明,与参考序列(NC_000845.1NCBI)相比,确山公猪存在17个单核苷酸位点变异,转换数(si)与颠换数(sv)的比值(R)为10,碱基替换尚未饱和。确山黑猪共有9种单倍型,聚为7个分支,其中,Hap 1为优势单倍型,存在于21个个体中。同时,提示确山黑猪品种内存在母系血缘分离,但与临近地区猪种相比,则相对集中。河南地方猪种南阳黑猪与Hap1相同。河南地方猪种淮南黑猪及豫西黑猪和Hap4相同。确山黑猪关系整体与中国地方猪较近,与西方商业猪种关系较远。相对于莱芜黑猪,确山黑猪与二花脸关系稍近;相对于杜洛克猪和长白猪,确山黑猪与大白猪关系稍近。     

猪钙蛋白酶抑制蛋白基因外显子9多态性检测及其对山西白猪背膘厚的影响

本研究采用PCR-SSCP方法检测了杜洛克猪、大白猪、长白猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个品种共416头个体的钙蛋白酶抑制蛋白(calpastatin,CAST)基因外显子9的多态性,在扩增片段内检测到5个SNPs,分别是第37位的T→G突变、150位的A→G突变、167、193和256位点的C→T突变,其中第193和256位点的C→T突变位于外显子9内,为错义突变,分别引起苏氨酸→异亮氨酸和苏氨酸→蛋氨酸的转变;5个SNPs位点形成A、B、C、D、E、F和G 7种单倍型,其分布与猪的经济类型相一致。在引入猪种大白猪和杜洛克猪群体中,有3种单倍型A、B和C,单倍型B频率较高,分别为0.40和0.53;长白猪群体中只有B和C 2种单倍型,单倍型C频率较高,为0.72;马身猪除含有A、B、C 3种单倍型外,还含有单倍型E,频率为0.16。统计分析结果表明,CAST基因单倍型类型对山西白猪6月龄活体背膘厚无显著影响。     

广西5个猪种和国外3个猪种mtDNA D-loop序列遗传多样性及进化分析

为了比较广西猪种和国外3个猪种的遗传资源多样性和进化关系,利用文献报道的1对引物测定了广西5个地方猪种(巴马香猪、东山猪、桂中花猪、陆川猪、环江香猪)共85个样本的mtDNA D-loop序列,结合已报道的国外3个猪种(杜洛克猪、大约克猪和长白猪)的45条mtDNA D-loop序列,进行单倍型、遗传多样性和系统发育树分析。结果表明,8个群体样本的130条序列共定义38种单倍型;广西各猪种之间遗传距离较小,远小于其与国外猪种杜洛克猪、长白猪间的遗传距离;构建的NJ分子系统进化树将所分析样本分为2个独立的支系:一支包含了所有广西地方猪种和部分大约克猪的单倍型,另一支则全部是3个国外猪种的单倍型,广西猪种和3个国外猪种有着两个明显不同的母系起源。陆川猪在系统树上分布较为紧密,其他4个猪种都很分散,表明陆川猪母源血统单一,其他4个猪种母源血统遗传背景比较复杂,彼此之间有基因交流。广西猪种母系资源没有受到国外引进猪种资源的影响,在其开发利用中依然适合用作母本。     

北京黑猪PPARD基因G32E多态位点与脂肪沉积相关性状的关联分析

试验旨在研究猪过氧化物酶体增殖物激活受体δ(PPARD)基因第1外显子上的错义突变位点G32E(g.61399G>A)多态性与北京黑猪脂肪沉积相关性状的关联。利用Sequenom质谱检测平台检测北京黑猪及多个中外猪种群体G32E位点的基因型,并分析该位点多态性与北京黑猪背膘厚及肌内脂肪的关联性。结果发现,在北京黑猪中,G32E位点GG基因型个体背膘厚性状极显著高于GA和AA基因型个体(P<0.01),与肌内脂肪含量的关联未达到显著水平(P>0.05)。在梅山猪和二花脸猪中,主要以A等位基因为主;而在中国地方猪种民猪、莱芜黑猪、丫杈猪及国外商品猪种杜洛克猪、长白猪和大白猪中,G等位基因频率高。初步认为PPARD基因G32E位点多态性对背膘厚性状有显著影响,对肌内脂肪含量性状没有影响。     

安徽地方猪种染色体Ag-NORs分析研究

对安徽省皖南花猪、皖南黑猪、定远猪、圩猪、安庆六白猪等五个地方猪种Ag-NOR s多态性进行了分析,结果显示Ag-NOR s均数分别为3.69、3.67、3.17、3.73、3.50,众数为4;2个引进品种大约克夏和长白Ag-NOR s均数分别为2.14、2.11,众数为2。Ag-NOR s均定位于10号和8号染色体次缢痕区。从研究结果可以推断皖南花猪和圩猪的品种纯度较高,聚类分析可将5个地方猪种分为2类:皖南花猪、皖南黑猪和圩猪为第1类,定远猪和安庆六白猪为第2类。此外5个地方猪种和2个引进品种Ag-NOR s多态性还为中国猪种起源于亚洲野猪,欧洲猪种起源于欧洲野猪提供了进一步的依据。     

阿坝藏族羌族自治州若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop的遗传多样性分析

旨在通过获得和对比若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区的部分序列,为该地区藏猪遗传资源的保护与利用提供参考。本试验收集了若尔盖地区9个乡镇共80头藏猪耳组织,以甘南州藏猪mtDNA D-Loop基因序列为模板设计引物,采用PCR扩增测序技术获得了80条核苷酸序列,并采用生物信息学的数据处理方法进行分析。结果表明,若尔盖地区藏猪mtDNA D-Loop高变区（435 bp）的A+T含量（56.46%）明显高于G+C含量（43.54%）,存在碱基偏倚性现象;在80条长度为435 bp的序列中,共检测到14个变异位点,鉴定了17个单倍型,单倍型多样度（Hd）、核苷酸多样度（Pi）和平均核苷酸差异数（k）分别为0.881、0.004 66和2.028,其中Hd、Pi和k在降扎乡藏猪群体中最高,Pi和k在占哇乡藏猪中最低;共享单倍型8个,特有单倍型9个,且若尔盖地区不同藏猪群体间特有单倍型数差异较大,其中,降扎乡藏猪的特有单倍型数量最多,占单倍型总数的17.65%（3/17）;Hap_1和Hap_15单倍型是4个乡镇（降扎乡、益哇乡、热尔乡和冻列乡）群体的共享单倍型,表明这4个乡镇藏猪群体存在两个共同的母系祖先单倍型。若尔盖地区藏猪的平均遗传距离为0.004 66,其中降扎乡和冻列乡藏猪间的遗传距离最大为0.006 90,包座乡和益哇乡藏猪间的遗传距离最小为0.002 16;构建的NJ分子系统进化树将若尔盖地区藏猪分为2支,而加入中国地方家猪、野猪和引种猪后,若尔盖地区藏猪在进化树中比较分散,说明该地区藏猪母源血统遗传复杂,彼此之间基因交流多。本研究进一步证实了若尔盖地区藏猪比西藏林芝、山南、日喀则、甘孜州、阿坝州藏猪的遗传多样性程度高,受到人工选择强度低,应强化对若尔盖地区藏猪遗传资源的保护与利用。     

七个贵州地方猪种RYR1基因突变的分布

兰尼定受体1(Ryanodine Receptor1,RYR1)基因中的单个氨基酸(R615C)是导致猪应激综合征、影响肉质的重要原因。采用RFLP方法,以大白猪、二个杂交猪群(杜洛克×长白猪×大白猪和长白猪×大白猪)为对照,研究了糯谷猪、萝卜猪、柯乐猪、宗地花猪、香猪、关岭猪和黔南黑猪7个贵州地方猪种RYR1基因突变的分布类型。结果表明,从柯乐猪中检测到一例杂合基因型RYR1Nn,杂合基因型的发生频率为2.08%,其余6个贵州地方猪种糯谷猪、萝卜猪、宗地花猪、香猪、关岭猪和黔南黑猪均为正常的基因型RYR1NN,对照组中,外三元、外二元杂交猪和大白猪中均检测到RYR1Nn基因型,杂合基因型的发生频率分别为11.11%、12.12%和5.77%,说明贵州地方猪种中RYR1基因的突变频率低于商品猪,但也存在一定的比例,应加强对地方猪种的利用和保护。     

9个猪种H-FABP基因5''-上游区和第二内含子的遗传变异

以 8个中国地方猪种和引进品种大白猪共 40 9头猪为实验动物 ,利用PCR RFLP技术研究了H FABP基因的 5’ 上游区和第二内含子内的遗传变异。结果在 9个品种的 5’ 上游区中都验证了一个HinfⅠ RFLP ,变异的酶切位点在 132 2位 ,等位基因H ,在皖南花猪 ,二花脸猪 ,金华猪 ,小梅山猪 ,滇南小耳猪 ,香猪 ,荣昌猪 ,北京黑猪和大白猪中的频率分别为 0 36 ,0 34 ,0 6 0 ,0 6 6 ,0 80 ,0 73,0 76 ,0 70和 0 90。大白猪和滇南小耳猪的HinfⅠ RFLP的基因型分布相似 ,二者分别与其它 7个猪种之间存在着极显著的差异 ;皖南花猪和二花脸猪相近 ,二者与另外 7个品种之间的差异也达到极显著水平。在第二内含子中 ,验证了一个HaeⅢ RFLP ,该多态性只出现在皖南花猪和大白猪中 ,等位基因D的频率分别为 0 99和 0 6 1。另外 ,发现一个新的多态HinfⅠ 酶切位点 ,测序结果表明 ,该多态位点的产生是由于 1970位碱基C突变为T造成的。该多态位点只在皖南花猪和大白猪中出现 ,等位基因B的频率在两品种中分别为 0 86和 0 5 8。在所有测定的猪种中 ,都没有发现MspⅠ RFLP。     

不同猪种肉质相关基因Hal、RN和FTO的多态性研究

为了明确肉质相关基因氟烷基因(Hal)、酸肉基因(RN)和脂肪肥胖相关基因(FTO)在国内外不同猪种群体间的遗传变异特性,本研究以大约克、长白、杜洛克和金华猪等猪种群体为研究对象,应用PCR-RFLP技术分别检测了Hal、RN和FTO基因的多态性,并分析了FTO基因上2个多态位点g.276G＞T和c.594C＞G的遗传变异情况.结果表明:(1)在杜洛克猪中发现了Hal的基因型HalN Haln,其频率为0.166,但未发现基因型Haln Haln,其它猪种群体中仅检测到了基因型HalN HalN;(2)在已检测的所有猪种群体中只检测到RN基因的rn/rn基因型,未发现rn/RN和RN/RN基因型;(3)在FTO的g.276G＞T位点上,金华猪呈现单态,其它猪种群体均呈现多态.在FTO的c.594C＞G位点上,4个猪种群体均呈现多态,3个外来猪种群体均以CC基因型频率较高,而金华猪则以GG基因型频率较高.研究结果提示,由于Hal基因在养猪生产中的利弊双重性,因此在某些猪种群体中仍然存在较高频率的HalN Haln基因型.此外,结合FTO基因的生理功能和已有的研究结果,可在特定的猪群中将其作为影响猪肉质性状的候选基因.本研究发现FTO的基因型分布在我国优良地方猪种金华猪与国外3个种猪群间存在较大差异,为深入研究不同品种猪的肉质形成机理提供了基础数据.     

不同猪种5-羟色胺受体基因的表达及其与肉质的相关性分析

为研究5-羟色胺（5-HT）受体基因在不同猪种的表达及其与肉质的关系,试验选取淳安花猪与杜长大三元猪各12头,同时饲喂,达上市体重时分别屠宰,测定胴体、肉质性状及肌肉、脂肪中的5-HT受体基因表达量。结果表明：淳安花猪、杜长大三元猪的平均屠宰体重分别为88.1、102.4kg;淳安花猪的板油率、背膘厚、肌内脂肪等指标均显著高于杜长大三元猪（P〈0.05）;屠宰率、眼肌面积杜长大三元猪显著高于淳安花猪（P〈0.05）。5-HT2A、5-HT7受体基因在2个猪种脂肪组织中的表达量均显著高于肌肉组织（P〈0.05）,杜长大三元猪的肌肉中5-HT2A、5-HT7表达量显著低于淳安花猪（P〈0.05）,而脂肪中表达量两猪种间差异不显著。5-HT2A、5-HT7受体基因表达量与屠宰肉质指标之间基本呈负相关,尤其是肌肉中的5-HT2A表达量,呈较强负相关（杜长大三元猪）或显著负相关（淳安花猪）。研究初步认为,5-HT受体基因在中外猪种之间存在表达差异,并与屠宰肉质性状具有相关性。     

The Genetic Diversity and Phylogenetic Relationships of Five Guangxi Pig Breeds and Three Exotic Pig Breeds by Analysis of mtDNA D-loop Sequences

In order to compare the genetic diversity and phylogenetic relationships between Guangxi pig breeds and three exotic pig breeds,one pair of primers was used to amplify 85 mtDNA D-loop sequences of five Guangxi pig breeds (Bama Xiang pig,Dongshan pig,Guizhong spotted pig,Luchuan pig,Huanjiang Xiang pig),and we downloaded 45 mtDNA D-loop sequences of three exotic pig breeds (Duroc,Yorkshire,Landrace) from GenBank.Then the haplotype,genetic diversity and phylogenetics analysis were carried out.The results showed that 38 haplotypes were identified in 130 sequences,and the mean distances among Guangxi pig breeds were smaller than that among Duroc,Landrace and Guangxi pig breeds.The NJ phylogenetic tree classified all samples into two clusters.One contained all of Guangxi pig breeds and partial Yorkshire,the other was composed wholly of exotic pig breeds,which mean there were two distinct maternal origins.In the cluster of Guangxi pig breeds,Luchuan pig were clustered,and the others were rather dispersive.It indicated that Luchuan pig had simple maternal bloods,and the other breeds had complex maternal bloods,and they had gene flow with each other.The maternal pig resources in Guangxi were not affected by the introduction of exotic pig breeds,and they were still suitable for use as a female parent in their development and utilization.     

Haplotype diversity in MC1R locus between the Min and white-haired pig breeds

In this article, we investigated the genetic variations in the coding region of porcine melanocortin receptor 1 (MC1R) gene in three pig breeds (Min, Yorkshire and Landrace) with black and white coat colors. Six polymorphic sites were found to be significantly associated with coat color. Two blocks were identified in the linkage disequilibrium map, the haplotypes in the first block are nt67/68indelCC and nt67/68indel--, and the haplotypes in the second block are ACCGA and GTTAG. The median-joining network diagram of MC1R haplotypes showed most Min pigs and other Asia domestic breeds own similar haplotypes to ACCGA, while the haplotypes of Europe pig breeds are similar to GTTAG. The phylogenetic analysis of the MC1R CDS further showed Min pigs are close to Laiwu pigs (Shandong, China), which indicated that the black coat color trait of Min pig might be originated and evolved from the black pig breed in Shandong Peninsula of China.     

不同猪种ESR基因多态性的PCR-RFLP分析

运用PCR-RFLP方法,检测了杜洛克、约克夏、长白猪、皮特兰、梅山猪、二花脸猪、枫泾猪、荣昌猪、苏太猪等9个国内外猪种的ESR基因PvuⅡ位点多态性。结果表明,在约克夏猪、二花脸猪、枫泾猪和苏太猪中检测到了AA、AB、BB 3种基因型,在杜洛克猪、皮特兰猪中检测到AB、BB 2种基因型,在长白猪、梅山猪、荣昌猪中只检测到了AB基因型。在本研究中不同品种的A、B基因频率差异显著,总体上在国外猪群体中A等位基因为优势等位基因,而地方猪种中B等位基因为优势等位基因。     

不同品种猪α1-岩藻糖转移酶基因遗传变异初析

本实验采用PCR RFLP方法对 5个瘦肉型猪种杜洛克、长白猪、大白猪、汉普夏猪和皮特兰猪共计 2 5 0头猪的α1 岩藻糖转移酶基因 (FUT1)进行多态性分析。结果表明 :本研究中的 5个猪种在该FUT1基因座位存在多态性 ,均分布着三种基因型 (AA ,AG和GG) ,抗性基因型AA分布频率为 0 .0 2 8,易感基因型AG与GG分布频率分别为0 .2 4 4和 0 .72 8。卡方检验结果表明 ,长白猪与大白猪基因型频率差异极显著 (P <0 .0 1) ,与皮特兰猪之间差异显著(P <0 .0 5 ) ,其它猪种之间差异均不显著。     

金华猪和长白猪粪便微生物移植小鼠的肠道古菌结构分析

本试验旨在比较肥胖型的金华猪和瘦肉型的长白猪肠道古菌结构的差异,分析菌群移植小鼠肠道古菌结构。采集金华猪和长白猪的新鲜粪便,通过灌胃移植到经广谱抗生素处理过的小鼠肠道中,提取2种猪粪便及其移植小鼠的盲肠内容物总基因组DNA,使用古菌通用引物对古菌16S rRNA的V4区进行PCR扩增,通过Illumina Hiseq测序平台对扩增产物进行高通量测序,使用QIIME等软件对测序序列进行分析统计。结果表明:金华猪和长白猪粪便及其移植小鼠盲肠内容物中的古菌主要包含3个门,分别为奇古菌门(Thaumarchaeota)、广古菌门(Euryarchaeota)和泉古菌门(Crenarchaeota),其中金华猪粪便中广古菌门的丰度高于长白猪;在属水平上主要包含4个已知属,优势属为餐古菌属(Cenarchaeum)。二者移植小鼠的盲肠内容物古菌结构,在门水平上,移植小鼠的奇古菌门比例占70%以上;奇古菌门的古菌几乎全部来源于餐古菌属;在门和属的水平上,金华猪和长白猪粪便移植小鼠的盲肠古菌结构无显著差异(P0.05),但基于操作分类单元(OTU)水平的主成分分析显示出很好的组内聚集。由此可见,奇古菌门的餐古菌属是金华猪和长白猪粪便和其移植小鼠盲肠中的优势古菌;金华猪粪便中广古菌门的丰度高于长白猪粪便,且二者移植小鼠盲肠内容物之间古菌结构在OTU水平上存在一定的差异。     

焦磷酸测序鉴别猪线粒体细胞色素b基因单倍型

为了鉴别猪线粒体细胞色素 b(cytochrom e B,cyt b)基因单倍型 ,选择 9个不同品种共 4 15头猪作为试验材料 ,采用实时 DNA测序新方法焦磷酸测序 ,分析了 cyt b单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism s,SNPs)。分析结果显示 3种不同单倍型 E、A1和 A2。除 1头临高猪属于单倍型 A2外 ,其他 6个中国地方品种猪均属于单倍型A1;瑞典长白猪和大白猪存在单倍型 E和 A1,而皮特兰猪存在单倍型 E和 A2。此外 ,基于焦磷酸测序 ,在通城猪中发现了 1个新的 SNP位点。