部分常用水稻品种的指纹图谱构建和遗传多样性分析

以不同类型的90份常用水稻品种为材料,利用筛选的19对SSR多态性引物构建了其指纹图谱,并分析了其遗传多样性。结果表明,19对SSR引物在90份水稻材料中共扩增出71个多态性片段,每个SSR位点可检测到2~7个等位基因,平均为3.74个;多态信息含量(PIC)值在0.228 3~0.790 6之间,平均值为0.542 1;Shannon信息指数(I)在0.244 9~1.796 1之间,平均值为1.021。聚类分析表明,90份材料的遗传相似系数在0.59~1之间,以遗传相似系数值0.66为阈值,可以将供试材料分成5个群,聚类结果较好地体现了各品种之间的亲缘关系。     

火龙果主要商业品种SSR指纹图谱构建和遗传多样性分析

为了准确鉴定火龙果主要商业品种和评估其遗传多样性,本研究利用20对火龙果SSR核心引物对58个火龙果品种进行遗传多样性分析,采用毛细管电泳技术进行多态性位点检测,共检测到116个多态位点,平均每个位点等位基因数(Na)为5.8个,有效等位基因数(Ne)为2.0519,观测杂合度(Ho)为0.3318,期望杂合度(He)...     

基于SSR标记的向日葵DNA指纹图谱构建

本研究利用SSR分子标记技术对124份向日葵参试材料和育成品种进行遗传多样性、亲缘关系分析及指纹图谱构建,旨在为向日葵育种、品种纯度鉴定提供参考。利用19对条带清晰、多态性稳定的SSR引物对群体材料进行扩增分析,发现这些引物的多态信息含量变化范围为0.30~0.62,平均值为0.41。聚类分析结果表明,参试材料间遗传多样性相对较低,其最小遗传相似系数为0.62,亲缘关系与地理来源关系不明显。构建了124份材料的指纹图谱,结果表明除SPQ3和SY7外,19对引物能很好地将其余122份材料鉴别出来,但部分位点具有高度的一致性,基因来源范围较小。以上研究结果表明,参试向日葵材料遗传背景较为狭窄,在育种中应拓宽亲本来源,提高遗传多样性。     

睡莲种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

利用ISSR分子标记技术对从国内外引种的46份睡莲种质资源进行遗传多样性分析,并对其中的原生种及原生变种构建DNA指纹图谱,旨在阐明其亲缘关系基础上,为睡莲分类鉴定、杂交育种、功能基因的挖掘和利用及图位克隆等提供理论依据。结果表明：从100条ISSR引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在46份睡莲种质资源中共扩增出281条带,平均每条引物扩增条带数为28.1条,多态性条带281条,多态性比例为100%;平均Shannon信息指数（I）为0.4197,平均Nei’s基因多样性指数（H）为0.2657,平均有效等位基因数（N）1.4139,表现出丰富的遗传多样性;遗传相似系数值在0.51~0.98之间,基于遗传相似系数建立了聚类树状图,揭示了46份睡莲种质资源的亲缘关系,并在相似系数水平为0.68时,可将所有供试材料聚为6类。对总计24个睡莲原生种及原生变种构建了DNA指纹图谱,依据图谱差异可鉴定不同的睡莲种质。     

基于iPBS标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

以48份石斛兰种质资源为对象,采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱.结果表明:从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共获得279条谱带,其中多态性条带279条,多态性比例为100％;采用GenAlE...     

利用SSR标记构建湖南省审杂交水稻品种DNA指纹图谱

筛选出48对SSR引物对湖南省审定的77个杂交水稻品种进行了DNA分子指纹图谱构建和品种鉴定,成功建立了品种指纹图谱数据库,可有效进行杂交水稻品种鉴定.     

104个甘薯品种的cpSSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

基于甘薯叶绿体基因组,利用cpSSR分子标记,对104份甘薯栽培品种和地方品种进行遗传多样性分析并构建指纹图谱,为甘薯资源的保护鉴定和遗传改良提供参考.使用了11对cpSSR引物,在104个甘薯材料中总共扩增得到58条条带,多态性条带为47条,单条引物平均扩增的条带数为5.27,平均多态性百分率为81.03％.根据引物...     

新疆彩色棉品种指纹图谱构建与遗传多样性分析

棉花是重要的纤维作物,天然彩色棉具有环保、健康等优点。为保障新疆彩色棉品种权益,快速准确鉴定品种,加快品种选育进程,本研究利用分子标记技术为27份新彩棉品种构建DNA指纹图谱和专属二维码,并进行遗传多样性分析。利用筛选出的52对多态性高、带型清晰稳定的分子标记,在27份彩色棉品种共扩增出155个多态性带型,每对引物检测到的多态性带型个数变幅为2～7,平均为2.98;52对引物的多态性信息含量（Polymorphism information content,PIC）值为0.137 1～0.776 4,平均值为0.454 3。27份新彩棉品种中,12个品种具有特征SSR（Simple sequence repeat,简单重复序列）引物,7对SSR引物组合可将其他15个品种区分开;用9对引物组合即可将27个新彩棉品种完全区分开。利用NTSYS 2.1软件聚类分析显示,27个新彩棉品种遗传相似系数为0.573 3～0.955 9,平均值为0.764 6,表明现有新彩棉品种遗传基础较丰富,绿色棉遗传多样性较棕色棉更高;聚类分析显示27个新彩棉品种可分为3类,品种间的亲缘关系与原品种选育系谱较为吻合。     

大麦DUS测试标准品种的遗传多样性分析及指纹图谱的构建

为对大麦种子的真伪进行有效监控,防止假冒伪劣品种进入市场,也为新品种登记测试以及种质资源遗传多样性分析提供参考,采用SSR标记技术对29个大麦DUS测试标准品种进行了遗传多样性分析和指纹图谱的构建.利用筛选出的28对有多态性的SSR引物共扩增出125个等位基因,每对引物可扩增出3～7个等位基因,平均4.46个等位基因,每对引物在29个品种中的PIC值为0.25～0.81,平均为0.62.聚类分析表明,29个大麦DUS测试标准品种可聚成4类,具有较远的亲缘关系,这些材料首先按照穗棱型进行聚类,表明不同穗棱型品种间存在较大遗传差异.构建了29个大麦DUS测试标准品种在28个SSR位点上的指纹图谱.     

43份茶树品种资源遗传多样性的SSR研究

采用SSR分子标记技术对43个茶树品种(系)进行了遗传多态性分析。用37对可扩增引物对43个茶树品种(系)扩增,经8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,其中有34对引物产生多态性,不同引物扩增带数分布在1～11条之间,扩增片段大小介于150～350bp。应用DPS软件,进行遗传距离和相似性系数计算,43份材料遗传距离的变化范围在0.059～0.820之间,说明供试茶树资源间的遗传变异十分宽广。根据UPGMA法构建聚类树状图,在平均遗传距离水平上,可将43份材料划分为7个类群。     

基于SSR标记的花生品种遗传多样性分析

本研究从212对SSR标记引物中筛选出48对引物对63份花生品种进行遗传多样性分析,共得到251个等位变异,变异范围为2~13个,平均每个标记位点有5.23个变异;48个SSR标记的多态性信息含量为0.252~0.873,平均为0.647;63份材料的遗传多样性指数为0.508~2.243,平均值为1.272;品种间的遗传相似系数在0.657~0.960之间,不同类型的花生品种间的遗传相似性较小,不同来源花生品种间的亲缘关系也较远;聚类分析结果表明,63个花生品种在遗传相似系数为0.74处分为4大类,聚类分析结果与传统的花生分类结果吻合。     

蓖麻种质资源遗传多样性与群体结构的SSR分析

为明确蓖麻种质资源的遗传多样性和群体遗传结构,利用SSR分子标记结合PopGene1.32软件、MEGA7.0软件和Structure2.3.4软件等,对来源于国内5个地区(16个省市)和国外3个国家的191份蓖麻种质进行遗传多样性和群体遗传结构分析.结果表明:86对SSR引物共检测出194个等位变异,其中平均等位基因...     

甘蓝型黄籽油菜SSR标记遗传多样性

利用 42对SSR引物对19个甘蓝型黄籽油菜品种(系)进行遗传多样性分析,共检测出336个等位基因,每对引物在不同品系间的等位基因数在2～21之间,平均位点为8个.位点多态性信息含量为0.17～0.85,平均为0.73.对SSR扩增结果进行UPGMA分析,可将19个品种(系)分为4个群体,聚类结果与系谱来源比较一致.并且只需NAS99、NAS98、NAS91及NAS31 4对多态性高的引物即可将19个材料区分开来.     

春性与半冬性甘蓝型油菜的SSR标记多样性分析比较

通过42个单位点SSR标记分析59个甘蓝型油菜品种,比较春性和半冬性甘蓝型油菜品种间的遗传差异。结果表明,不同位点上存在2～6个等位基因,平均每位点检测到4.29个等位基因。不同位点的遗传多样性指数在0.40～0.70之间,所有供试位点平均遗传多样性指数为0.50,表明甘蓝型油菜品种资源中存在丰富的遗传变异。春性和半冬性油菜品种间的等位基因总数相差不大,主要等位基因的类型和频率存在明显的差异,而且春性和半冬性品种中分别存在相当数量的特异稀有等位基因。春性和半冬性油菜品种在27个位点上的遗传分化水平很小,仅在2个位点上存在明显的遗传分化,这些分化主要是由品种的春化特性差异造成。聚类分析表明春性和半冬性品种之间存在广泛的亲缘关系。     

SRAP和SSR标记构建的甘蓝型油菜品种指纹图谱比较

利用SRAP ( sequence - related amp lified polymorphism)和SSR标记构建了甘蓝型油菜品种指纹图谱,并对 两种标记方法进行了比较。结果表明: (1)每对SRAP引物扩增出20. 36个条带,其中4. 44个是清晰、易于辩认的 多态性带;每对SSR引物扩增出3. 88个条带,均为多态性条带。(2)采用25对SRAP和SSR引物分别构建40个和 75个品种的特异指纹图谱, SRAP指纹中具有特异图谱的比例(82. 5%和50. 7% )高于SSR指纹图谱的结果( 60. 0%和44. 4% ) 。品种数越多具有特异指纹的品种越少。(3)运用引物组合法构建品种指纹图谱,大大地提高了指 纹图谱的特异性。25对SSR引物组合扩增97个多态性谱带,两个不同的品种具有相同谱带的概率只有6. 3108 × 10 - 30。组合指纹图谱比组合数码图谱更直观。与SRAP标记相比, SSR标记以其扩增谱带少、易于识别和统计而 更适合用于引物组合法构建品种指纹图谱。     

甘蓝型油菜2009-2010年候选品种遗传多样性及群体结构

利用45对SSR(简单序列重复)和5对EST (表达序列标签)-STS（序列标签位点)标记对2009-2010年度165份新育成甘蓝型冬油菜进行遗传多样性及群体结构分析。50个标记检测到131个多态性片段,每个标记等位变异数由1至7不等,平均为2.62,多态性比率为95.83％,PIC均值0.519。165份品种在遗传相似系数0.519 0～0.938 0范围内聚类,平均为0.721 4。全部品种多样性指数Shannon（H）0.314 4,Simpson（I）0.470 3。杂交种整体多样性水平要高于常规种,细胞质不育杂交种略高于细胞核不育杂交种。4个生态区域中华东地区所育品种的两种指数最高,分别为0.314 0（H）和0.466 3（I）,西北地区最低,为0.271 1（H）和0.405 9（I）。主成分（PCA）以及群体结构分析均显示细胞核不育杂交种与细胞质不育杂交种两种类型间以及中南与西北区域细胞质不育杂交种间存在遗传差异。165份材料群体结构分为8个组。组Ⅰ中质不育杂交种占50%,核不育杂交种和常规种各占近25%。组Ⅱ、Ⅳ、Ⅵ、Ⅶ基本为细胞质不育杂交种,Ⅲ、Ⅴ、Ⅷ三个组以细胞核不育杂交种为主。在细胞质不育杂交种为主的组中,西北区域与中南区域育成品种存在较明显的遗传差异。细胞核不育类型品种为主的3个组显示出更为复杂的遗传背景。     

北方地区白菜型冬油菜与春油菜的SSR和InDel遗传多样性分析

为了合理评价北方地区白菜型油菜种质资源,为抗寒育种及组合配制提供依据,从252对标记中筛选出9对SSR和36对In Del标记对感温性、抗寒性、品质等性状差异明显的19份白菜型油菜品种的遗传多样性和亲缘关系进行了分析。结果表明,共检测到95个等位变异,平均每个标记2.15个;有效等位基因变幅为1.05~3.27个,平均为1.70个。Shannon指数的变幅范围在0.121 7~1.269 5间,平均值为0.580 3;多态性信息量PIC变幅范围为0.049 9~0.637 7,平均值为0.308 1。通过NTSYS计算遗传相似系数GS并按加权配对法(UPGMA)聚类,结果表明19份材料的GS变异在0.52~0.86之间。在GS为0.605水平上可将19份材料按两室与多室性划分为I-1和I-2两大类群,I-1类群在GS为0.655水平上可按冬春性分为II-1、II-2两个亚类群。在GS为0.71水平上,可将冬性材料划分为4个小群。聚类结果表明北方地区白菜型油菜的遗传多样性丰富,冬、春性品种间及春性品种间亲缘关系较远,存在较大遗传差异。     

可可核心种质遗传多样性及果实性状与SSR标记关联分析

利用15对SSR引物,分析具有广泛来源的70份可可资源的遗传多样性。结果表明,15对引物共扩增出76个条带,其中50个多态性条带,占总带数的65.8%。70份可可资源间遗传相似系数(SM)在0.341~0.943之间,平均值为0.625,说明可可资源具有丰富的遗传多样性。在相似系数为0.65水平上,可将70份可可资源分成10类。利用Structure 2.3.2软件分析群体结构,结合可可果实相关性状的表型数据,采用Tassel 2.1的一般线性模型(General linear model,GLM)进行关联分析;结果表明18个位点与果重、果壳重、果长、果径围、果壳厚显著相关(p0.05),各位点对表型变异贡献率为5.5%~13.1%。     

不同地域和寄主来源的核盘菌遗传多样性分析

菌核病是由核盘菌[Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary]侵染寄主植株所引起。对核盘菌分离物进行遗传多样性和进化关系进行分析,可为抗菌核病育种及制定防控策略提供依据。本研究利用SSR分子标记对采自不同地区和寄主来源的32个核盘菌分离物进行遗传多样性分析,17对SSR引物共检测到69个多态性位点,平均每对引物检测到4.06个位点。其中,引物AF377908-1/AF377908-2和AF377922-1/AF377922-2的等位变异数目最多,高达8个,而引物AF377903-1/AF377903-2和 AF377925-1/AF377925-2的等位变异数目最少,为2个。17个SSR 引物的多态性信息量（PIC）的平均值为0.56,引物AF377922-1/AF377922-2的PIC最高,为0.78。聚类分析显示,32个核盘菌分离物可划分为5个组群,来自同一地区的大部分核盘菌分离物聚在相同或相近的组内,表明核盘菌群体内的SSR遗传背景基本一致,而群体间的遗传变异较大。     

利用微卫星标记分析核盘菌遗传多样性

利用微卫星(SSR)标记,分析来自欧洲和中国的30个核盘菌菌株的遗传多样性和群体结构。结果表明,3对微卫星引物共扩增出21条清晰的谱带,平均每对引物扩增7条谱带,片段长度为158bp～358bp。根据SSR分析结果,30个核盘菌分离物具有较高的遗传相似性。物种水平的Nei遗传多样性指数为0.139 3,Shannon多样性指数为0.248 8。不同菌株群体的Nei遗传距离都较小,为0.009 6～0.049 6。其中俄罗斯群体和奥地利及英国群体之间的遗传距离最大。从30个菌株的UPGMA聚类分析结果看,核盘菌群体结构与地理来源没有明显的直接关系。许多地理来源相同的菌株分散在不同的组里。仅第三组组内的菌株地理来源一致,均来自于中国,且遗传距离比其他菌株的远。群体遗传分析显示,总群体的基因流比较高（2.111 6）,基因分化系数比较低（0.191 5）。