中越金柑种质资源的ISSR分析

为了更好地利用和创新金柑种质资源,用ISSR分子标记技术分析了25份来自中越金柑属种质资源与金弹变异系的亲缘关系及特异性。从100条引物中筛选出10条多态性好、扩增清晰的引物。结果显示,10条引物共扩增出120条带,其中102条具有多态性,多态性带比率为85%。用UPGMA软件进行聚类分析,25份金柑种质资源的遗传相似...     

金柑果实的综合开发利用

金柑属芸香科(Rutaceae)柑橘亚科(Aurantioideae)柑橘族(Citreae)金柑属(Fortunella)植物,原产我国,主要分布在南岭山脉以南的东南沿海诸省。浙江北仑、江西遂川、湖南浏阳、广西阳朔为我国的四大金柑产地。 金柑属有圆金柑、罗浮、金弹、长寿金柑、长叶金柑和山金柑等六个种。主要供加工种是圆金柑、罗浮和金弹。     

基于SSR标记技术的南丰柑橘种质资源亲缘关系研究

【目的】从分子水平探究南丰柑橘种质间的亲缘关系。【方法】应用SSR技术对28份南丰柑橘种质进行基因组的多态性分析。【结果】从91对引物中筛选得到13对SSR引物,可区分全部供试材料。共扩增得到64个等位基因,平均每个位点4.92个等位基因。以遗传相似系数0.18为界,金柑属金柑单独聚为1类,柑橘属27份供试样品聚为1类。以相似系数0.59为阈值,27份柑橘属供试种质分为5个类群,其中南丰蜜橘品种群(包含小果系、大果系、桂花蒂系、早熟系)所有20份供试种质与‘蜜广’聚为一类,‘小叶广’‘火广’‘火橘’聚为一类,‘红广’‘红橘’‘本地早橘’各为一类。【结论】南丰广橘品种群中‘蜜广’与南丰蜜橘品种群有较近的亲缘关系,而‘红广’与亲本南丰蜜橘和‘红橘’的亲缘关系均较远。‘小叶广’‘火广’和‘火橘’亲缘关系较近。     

云南蔷薇属部分种质资源的SSR遗传多样性研究

利用简单重复序列SSR（Simple Sequence Repeat）标记技术对42份蔷薇属（Rosa L.）种质资源（包括13份野生种、变种、变型及29份栽培品种）的遗传多样性进行了研究。用筛选出的18对SSR引物对42份材料DNA进行PCR扩增,在18个位点共检测到148个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6~14个,平均8.2个。材料间遗传相似系数变化范围为0.282~0.892,表明在分子水平上云南省蔷薇属植物具有丰富的遗传多样性。本研究发现,在相似系数为0.456时,基于SSR标记的聚类分析可以将 13个蔷薇野生种明显分为5个组,这与植物形态学分类结果大体一致。在遗传相似系数为0.43水平上,聚类分析将42份供试材料分为5大组群;同时初步探讨了野生种之间以及野生种与栽培品种之间的遗传亲缘关系。     

浙江部分柿属植物鉴定及亲缘关系的SSR分析

应用SSR对浙江省分布的部分柿属植物(包括柿、浙江柿和金枣柿在内的3种46个基因型)进行了种质鉴定和亲缘关系分析。从已公开序列的20对柿属植物SSR引物中筛选出扩增谱带清晰和多态性丰富的引物11对;应用建立的技术体系,可将同物异名和同名异物的试材得以系统整理,一般认为是同一品种的兰溪大红柿与永康方柿,玉环长柿与永嘉长柿指纹图谱各有不同,应为不同种质。聚类分析结果表明,金枣柿(Diospyros sp.)与其他供试试材间的亲缘关系较远,支持其可能为一新种的观点;浙江柿(D.glaucifolia Metc.)与金枣柿的亲缘关系较远但与柿(D.kaki Thunb.)较近;部分供试日本柿种质与浙江省柿种质的亲缘关系较近。研究结果可为浙江省柿属植物种质资源保护和利用提供一定的科学依据。     

国产石斛属植物亲缘关系的AFLP分析

采用AFLP技术对我国38种石斛属植物进行亲缘关系分析,从64对选择性引物中筛选出8对引物组合,共扩增出1 644个位点,其中多态性位点1 639,占总扩增位点的99.7%,说明我国石斛属植物遗传多态性水平很高。聚类分析结果表明,石斛组和黑毛组并没有形成独立的分支;剑叶组和圆柱叶组植物共同构成一个分支,并与其它组之间的相似度较低,说明该两组与其它组之间的亲缘关系较远;禾叶组、草叶组和叉唇组均形成独立的分支, 有向各自的演化方向发展的趋势。国产石斛属植物亲缘关系比较复杂,并非是一个单系类群,可能存在一些并系类群或多系类群。     

云南蔷薇属部分种质资源的SSR遗传多样性研究

利用简单重复序列SSR标记技术对蔷薇属（Rosa L．）13份野生种、变种、变型及29份栽培品种的遗传多样性进行了研究。用筛选出的18对SSR引物对42份材料DNA进行PCR扩增,在18个位点共检测到148个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6～14个,平均8．2个。材料问遗传相似系数为0．282—0．892,表明在分子水平上具有丰富的遗传多样性。在相似系数为0．456时,基于SSR标记的聚类分析将13个蔷薇野生种分为5个组,这与植物形态学分类结果大体一致。在遗传相似系数为0．43水平上,聚类分析将42份供试材料分为5大组群。初步探讨了野生种之间以及野生种与栽培品种之间的亲缘关系。     

苹果品种的SSR分析

 利用SSR方法对苹果25个品种进行了基因组多态性分析, 从20对引物中筛选出10对多态性引物用于正式扩增, 一共扩增出97个位点, 平均每对引物扩增出917个位点, 扩增条带的多态性百分率在56.4%～100%之间。用两对引物(GD142和02b1) 即可区分全部供试品种。根据SSR 分析结果, 应用NTSYS软件进行相似性系数计算, 利用UPGMA法构建聚类树状图。其结果表明, 供试苹果品种分为4个类群, 与传统系谱基本一致。     

基于cpSSR和nSSR标记的地方柑橘资源‘枳雀’亲本分析

【目的】分析地方柑橘资源‘枳雀’的亲本类型和来源,为进一步改良、开发与利用地方柑橘资源提供理论依据。【方法】以包含‘枳雀’在内的分属于柑橘属、枳属、金柑属的21份柑橘种质为材料,运用cpSSR和nSSR标记计算各SSR位点等位基因数(Na)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Shannon信息指数(I)、多态性信息含量(PIC),构建基于DICE相似系数的UPGMA(非加权配对算术平均法)聚类树,进而分析‘枳雀’的亲本来源。【结果】10对cpSSR引物扩增出37个多态性条带,平均每个位点3.70个,平均Shannon信息指数(I)为0.98;14对nSSR引物扩增出62个多态性条带,平均每个位点4.43个,平均多态性信息含量(PIC)为0.57,平均期望杂合度(He)为0.63。【结论】根据cpSSR和n SSR分析,结合形态学证据,认为‘枳雀’的母系亲本为柚类或者具有柚类母本血缘的杂交柑橘品种,父本是一个具有枳的血缘的杂交柑橘品种。cpSSR与nSSR结合使用可比较准确地鉴定柑橘杂种。     

金柑栽培史考

一、概述 金柑为我国特产佳果,其栽培历史悠久,为芸香科金柑属(Fortunella Swingle)植物。本属植物在我国野生或栽培的有山金柑(金豆)、罗浮、圆金柑、长叶金柑等四个种和金弹、长寿金柑等两个杂种,其中在生产上主要有金弹、圆金柑、罗浮、长寿金柑四种。目前我国金柑栽培面积和产量属世界首位,年产量近20万担,以浙江镇海县最多,年产量近6万担;其次为广西融     

Variety identification and comparative analysis of genetic diversity in yardlong bean (Vigna unguiculata spp. sesquipedalis) using morphological characters,SSR and ISSR analysis

Genetic diversity and relatedness of 23 yardlong bean (Vigna unguiculata spp. sesquipedalis) accessions and 7 accessions of a hybrid between cowpea (V. unguiculata spp. unguiculata) and yardlong bean (dwarf yardlong bean) in Thailand were estimated using morphological characters, simple sequence repeat (SSR) and inter-simple sequence repeat (ISSR) markers. In addition, two mungbean (Vignaradiata (L.) Wilczek) and two blackgram (Vigna mungo (L.) Hepper) accessions were also used as outgroup species for molecular analysis. Five morphological characters were diverse among most accessions. However, five groups of 2–3 accessions could not be distinguished from one another based on these morphological characters alone. Unweighted pair-group arithmetic average (UPGMA) analysis of these characters separated these 30 accessions into 2 major groups; the yardlong bean group and the dwarf yardlong bean group. Eleven of the sixteen SSR primers yielded clear SSRs, ten of which were polymorphic (90.91% polymorphism), detecting a total of 54 alleles with an average of 4.91 alleles per locus. These 10 polymorphic SSR markers successfully distinguished 28 yardlong bean and dwarf yardlong bean accessions. The polymorphic information content (PIC) among genotypes varied from 0.251 to 0.752 with an average of 0.597. Among the 16 ISSR primers used, a total of 312 ISSR fragments were amplified for these three Vigna species, revealing the polymorphism percentage of 91.03%. The average ISSR PIC value (0.197) with the range of 0.137–0.276 was lower than that of SSR. Nevertheless, the average marker index of this multilocus marker was 3.495, which was higher than that of SSR (0.669), owing to the differences in the effective multiplex ratio. In addition, Mantel test cophenetic correlation coefficient was higher for ISSR (0.566) than that of SSR (0.198). These results indicated higher efficiency of ISSR for estimating the levels of genetic diversity and relationships among yardlong beans and dwarf yardlong beans in this study. Pair-wise coefficients of SSR- and ISSR-based genetic similarity among all yardlong bean and dwarf yardlong bean accessions averaged 0.87 and 0.91, respectively, suggesting a narrow genetic base that emphasizes the need to broaden genetic diversity to ensure continued breeding success. Clustering of genotypes within groups was not similar when SSR and ISSR derived dendrograms from UPGMA analysis were compared. It appeared that ISSR was the most effective marker system in determining the genetic variability and relationships among yardlong bean and dwarf yardlong bean accessions and differentiating three Vigna species. In addition, ISSR was also most useful for variety identification since all 30 yardlong beans and dwarf yardlong bean accessions can be effectively distinguished by only four ISSR primers with the highest PIC values.     

利用苹果SSR引物分析山楂属植物遗传关系

SSR引物在不同物种间具有通用性,从141对苹果属(Malus spp.)SSR引物中筛选出10对适合于山楂属(Crataegus spp.)植物的SSR引物,并对8个种37份山楂种质资源的遗传关系进行了分析。10对SSR引物共检测到91个多态性谱带,每个位点的等位基因数为3～13个,平均为9.1个。位点杂合度为0.432～0.790,平均为0.688。10对SSR引物可以将20份山楂资源区分开,17份不能区分的资源分为3组,第1组为3个伏山楂品种,第2组和第3组分别包括大果山楂的2个和12个品种。基于SSR标记构建的聚类树状图将供试37份山楂资源分成2个类群,第1类群包括6个山楂野生种,第2类群包括供试的所有伏山楂、山楂和大果山楂资源。该聚类结果与传统形态学分类一致。     

化州橘红种质资源的SSR标记分析

利用核基因组简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）DNA标记,对11份化州橘红及其相关种质的遗传多样性进行了研究。结果表明：6对SSR分子标记引物共扩增出32个等位基因,每对引物可扩增3～8个等位基因;11份种质在SSR位点上的PIC值介于0.1763到0.4400之间,平均为0.2761。聚类分析表明,在Nei s遗传相似系数0.85处,可将所研究的种质分为6组,其中有5组分布有化州橘红种质,表明化州橘红不同种质间有较大的遗传差异。     

应用cpSSR和EST-SSR标记进行柑橘特异种质资源遗传背景研究

将叶绿体SSR 和EST-SSR 标记用于揭示柑橘及其近缘属的系统发育关系,并阐明保存在重庆国家果树种质柑橘圃内一些特异种质资源的遗传背景。其中50 份材料和44 份材料分别用cpSSR 和EST-SSR 分析。22 对cpSSR 引物产生146 个多态性条带,平均检测到6.64 个多态性条带,平均Shannon’s多样性指数为0.32;18 对EST-SSR 引物产生240 个多态性条带,平均检测到 13.3 个多态性条带,平均多态信息含量（PIC）为0.73,平均期望杂合度为0.78。根据cpSSR 和EST-SSR 分析,结合形态学证据,阐明一些特异柑橘种质资源的遗传背景,同时证明莽山野橘、元橘、宜昌橙有较近的亲缘关系。     

二倍体马铃薯栽培品种遗传多样性的SSR标记分析

二倍体马铃薯基因组相对简单,借助二倍体进行育种可以加速马铃薯的育种进程,因此评价二倍体马铃薯种质的遗传多样性,挖掘和有效利用优良性状显得非常必要。为了筛选多态性的SSR标记,用55对SSR引物扩增39个遗传关系相对较远的二倍体马铃薯材料。选取分布在12条染色体上的12个具有高多态性的SSR标记评价192份二倍体马铃薯栽培品种的遗传多样性,共检测到98个等位位点,其中97个为多态性位点;每对SSR引物扩增出的等位位点为6~18个,平均8.2个。用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类,显示出所有供试材料的遗传关系:12对SSR引物可以将192份材料中的186份区分开;这192份材料被划分为11个组群,其中第一个组群包含了83.3%的材料。     

厚皮甜瓜遗传多样性的SSR分析

采用61对SSR特异引物对46份厚皮甜瓜材料进行分析,其中52对扩增出条带,47对引物具有多样性,扩增带分子量在150～1500bp,187条谱带中154条谱带具有多态性,多态率占82.35%,平均每个引物可扩增出3.60条带。同时,对材料网纹、果形、单果质量、有无条带、果皮颜色、果肉颜色、肉质、种子、有无麝香味、裂叶、是否自落和花性型等12个性状进行了田间调查,经过phylip软件和NTSYS软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记和性状2个聚类图。结果显示,46份材料的遗传距离在0.0188～1.2119,而单一性状气味、果皮颜色、果肉颜色和表面网纹的遗传距离都小于0.1,十分接近;2种聚类分析结果存在较大差异,这与供试材料的亲缘关系十分复杂,大部分材料来源相近,具有相同的亲本,和回交亲本存在一定关系。     

AFLP and SSR marker analysis of grape rootstocks in Indian grape germplasm

Twenty-one rootstock accessions were analyzed with seven grape microsatellite (SSR) primers and seven AFLP primer combinations. SSR primers detected 56 alleles across 21 genotypes and primer heterozygosity varied from 0.617 to 0.856. Similarly 252 AFLP bands were obtained with seven primer pairs. The average similarity index for different rootstocks was relatively low and ranged from 0.068 to 0.36 for AFLP data and from 0.13 to 0.36 for SSR data. A combination of three SSR primers was sufficient to distinguish 21 rootstocks. In cluster analysis majority of rootstocks belonging to same species grouped together. Although the dendrograms obtained with two marker systems were not identical, rootstocks belonging to same species or having common parents were grouped together in both the dendrograms.     

利用TP-M13-SSR标记构建苹果栽培品种的分子身份证

以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的314份来自19个国家的苹果栽培品种为试材,利用TP-M13-SSR标记,基于TP-M13-SSR指纹图谱构建苹果种质分子身份证。16对SSR引物在供试种质间共检测出等位基因357个,平均每对引物检测到22.3个。根据引物扩增等位基因数和Shannon’s指数,从1对引物开始逐步增加引物数量筛选可将供试材料全部区分的引物组合,最终确定6对核心引物可以区分全部供试苹果种质。基于供试苹果种质在6个SSR位点的指纹图谱,将等位基因编码成字符串获得分子身份证,利用条码技术其进一步转化成可被机器快速扫描的条码分子身份证,使每份种质具有可辨的分子身份证,达到利用最少、最特异引物区分最多苹果种质的目的。