利用巢式PCR检测玉米细菌性枯萎病菌

利用通用引物扩增了玉米细菌性枯萎病菌及其近似种的转录间隔区并进行了序列测定.通过序列比较,设计了一对玉米细菌性枯萎病菌的专化性引物,并对所有参试菌株进行扩增.结果显示:该对引物能从参试的玉米细菌性枯萎病菌中特异性地扩增出1条299 bp的条带,而其他参试菌株没有扩增信号.与扩增细菌ITS区域的通用引物结合使用,建立了检测和鉴定玉米细菌性枯萎病菌的巢式PCR技术,其检测灵敏度可达到4个细菌细胞,可以准确、灵敏地检测和鉴定玉米细菌性枯萎病菌.     

利用巢式PCR检测玉米细菌性枯萎病菌

利用通用引物扩增了玉米细菌性枯萎病菌及其近似种的转录间隔区并进行了序列测定。通过序列比较,设计了一对玉米细菌性枯萎病菌的专化性引物,并对所有参试菌株进行扩增。结果显示：该对引物能从参试的玉米细菌性枯萎病菌中特异性地扩增出1条299bp的条带,而其他参试菌株没有扩增信号。与扩增细菌ITS区域的通用引物结合使用,建立了检测和鉴定玉米细菌性枯萎病菌的巢式PCR技术,其检测灵敏度可达到4个细菌细胞,可以准确、灵敏地检测和鉴定玉米细菌性枯萎病菌。     

利用巢式PCR检测花生青枯病菌

为建立花生青枯病菌的快速检测技术,本研究利用细菌16S-23SrDNA内源转录间隔区(ITS)通用引物L1/L2扩增花生青枯病菌基因组DNA并对其扩增序列进行克隆测序,通过与其同属近缘种做比较,设计1对特异性引物W1/W2,利用该对引物与细菌通用引物L1/L2建立了花生青枯病菌的巢式PCR检测方法。结果显示,引物W1/W2只能从花生青枯病菌中扩增出374bp的特异片段;巢式PCR检测灵敏度可达10fg·μL-1基因组DNA,较常规PCR提高1000倍;该技术可用于花生青枯感病期或者发病潜伏期时的病害检测。     

巢式PCR检测油茶根腐病菌的研究

为建立油茶Camellia oleifera根腐病菌层生镰刀菌Fusarium proliferatum的巢式聚合酶链式反应（PCR）快速检测体系．扩增层生镰刀菌核糖体DNA基因间隔序列（ITS）区并测定其序列,比较该序列与GenBank中近似种的ITS序列差异．设计了特异性引物GF1和GR2,利用该对引物与ITS1和ITS4进行巢式PCR扩增检测层生镰刀菌。结果显示,巢式PCR对层生镰刀菌的检测灵敏度可达100ag基因组DNA,比常规扩增方法提高了1万倍。利用设计的GF1／GR2特异性引物与ITS区通用引物进行巢式PCR扩增．可灵敏地扩增出油茶根腐病菌层生镰刀菌DNA。     

杨树枯萎病菌实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立荧光定量PCR检测杨树枯萎病的方法和明确前期分离的拮抗菌N6-34对杨树枯萎病致病菌尖孢镰刀菌的作用,本试验采用常规PCR法扩增尖孢镰刀菌的特异性片段,将此片段与载体连接构建质粒,提取质粒DNA在实时荧光定量PCR仪上采用两步法进行扩增并绘制实时荧光定量PCR标准曲线,同时对杨树进行不同灌根处理(T1:1×10~6 cfu/mL的尖孢镰刀菌孢子悬液和未接N6-34菌株的发酵培养液各20 mL;T2:1×10~6 cfu/mL的尖孢镰刀菌孢子悬液和灭活的N6-34菌株发酵培养液各20 mL;T3:1×10~6 cfu/mL的尖孢镰刀菌孢子悬液和N6-34菌株的发酵培养液各20 mL),并于10、20、30 d取样检测杨树根际尖孢镰刀菌数量。结果表明:本研究建立的方法能应用于土传尖孢镰刀菌导致的杨树枯萎病的检测;T1处理的尖孢镰刀菌的数量随处理时间的延长呈先下降后上升的趋势,T2和T3中的尖孢镰刀菌数量则呈下降趋势,表明N6-34能够抑制尖孢镰刀菌。本研究对指导杨树种植和病害预报具有极为重要的应用价值,能够为杨树病害管理提供科学依据。     

应用巢式PCR检测葡萄根癌病菌

为建立葡萄根癌病菌的分子检测方法,应用细菌核糖体基因间隔片段(16S～23S ribosomal DNA intergenic spacer,ITS)通用扩增引物1405f/456r和葡萄根癌病菌ITS特异引物fI/rI,采用巢式PCR(Nested-PCR)技术对2株葡萄根癌病菌[即葡萄土壤杆菌(Agrobacterium vitis)]和10株非葡萄根癌病菌进行扩增,并且对接种葡萄根癌病菌的匍萄植株进行检测.结果表明,仅有葡萄根癌病菌能扩增出1条长度为607 bp的片段;巢式PCR检测方法可从接种15 d后的葡萄植株中特异性检测出病原菌,而病症的出现需要30～35 d的时间.说明该研究建立的巢式PCR方法可用于快速检测葡萄根癌病菌.     

鹿人五毛滴虫巢式PCR检测方法的建立

为了建立鹿人五毛滴虫巢式PCR检测方法并进行验证,根据人五毛滴虫18S r RNA基因的特异性片段设计巢式PCR特异性引物,对两轮PCR反应的退火温度和反应体系中Mg2+浓度进行探索和优化,在此基础上,进一步通过灵敏性和特异性的检测。采用建立的巢式PCR检测方法对68份鹿粪便样品进行检测。结果表明,建立的巢式PCR方法,第一轮PCR最适退火温度为53℃,第二轮PCR最适退火温度为53℃;镁离子浓度为2.5 mmol·L-1。对鹿人五毛滴虫的检测精度可达每毫升10个虫体DNA;对犬贾第虫、阴道毛滴虫、弓形虫、柔嫩艾美尔球虫、大肠杆菌、旋毛虫基因组DNA的扩增的结果均为阴性;68份鹿粪便样品鹿人五毛滴虫的检出率为50%。由此可见,建立的巢式PCR检测方法具有较高的灵敏度和特异性,可用于鹿人五毛滴虫感染的临床检测。     

绵羊支原体肺炎病原巢式PCR检测方法的建立与应用

[目的]建立一种诊断绵羊支原体肺炎病原的巢式PCR方法,确定肺炎支原体感染的靶器官。[方法]根据GenBank网站上登录的绵羊支原体16S rRNA基因序列,设计并合成2对引物,以肺炎支原体菌株基因组DNA为模板,经过PCR反应条件的优化,通过测序验证扩增产物的正确性,建立了绵羊支原体肺炎病原的巢式PCR检测方法,进而应用建立的方法完成临床阳性病料肺脏、肺淋巴、心脏、肾脏、肝脏、脾脏、皮肤、小肠和外周血检测以及疑似样本肺脏组织的检测。[结果]建立的巢式PCR方法可扩增出864 bp的特异性目的片段,肺脏和肺淋巴为绵羊肺炎支原体感染的靶器官,临床样本巢式PCR检出率与支原体培养鉴定结果的符合率为100%。[结论]建立的绵羊支原体肺炎病原巢式PCR检测方法可用于临床样本的实验室诊断。     

一步双重PCR检测香蕉枯萎病菌

摘要：通过设计尖孢镰刀菌ITS区特异引物PR1/PR2和SCAR特异引物ST1/ST2,优化检测体系中反应参数,建立了双重PCR检测香蕉枯萎病菌1号生理小种和4号生理小种的方法。结果表明：引物PR1/PR2和ST1/ST2能明确鉴别香蕉枯萎病菌1号生理小种和4号生理小种,检测体系的最佳退火温度为56 ℃,检测灵敏度的最低起始DNA为20 ng。     

芒果畸形病的巢式PCR检测

建立了检测芒果畸形病的有效方法。利用Fusarium proliferatum的钙调蛋白基因序列设计外侧引物PRO1/PRO2和内侧引物O1/O2,采用引物PRO1/PRO2可以从芒果畸形病病原菌基因组中扩增出527 bp的特异性基因片段,采用引物O1/O2可获得477 bp的基因片段。巢式PCR的检测灵敏度达5×10-5ng/μL,是常规PCR的100倍。此法具有良好的特异性和检测灵敏度,为芒果畸形病的早期诊断和及时有效的防治提供技术方法和理论依据。     

向日葵白锈病菌巢式PCR检测方法的研究

[目的]建立向日葵白锈病菌(Albugo tragopogi(Persoon)Schruter var helianthi Novotlenova)的巢式PCR检测方法.[方法]用通用引物NL1/NL4对采自伊犁的向日葵白锈病菌进行PCR扩增、克隆、酶切和测序,设计该病菌的特异性引物,用巢式PCR法检测供试样品.[结果]序列测定和比对结果表明,该病菌的核酸序列与GeneBank公布的向日葵白锈病菌核酸序列同源率为97;.针对该段基因设计向日葵白锈病菌的特异性引物ATHP3/ATHP4,用巢式PCR法对供试样品进行扩增,扩增片段为370bp.[结论]成功建立了向日葵白锈病菌巢式PCR检测方法.     

犬细小病毒巢式PCR诊断方法的建立及应用

[目的]以期建立犬细小病毒巢式PCR诊断方法.[方法]根据基因库已发表的CPV VP2基因序列设计二对巢式引物,以临床上疑似CPV感染的犬粪样品中提取的总DNA作为模板,用巢式PCR方法扩增出CPV VP2基因的目的条带.[结果]扩增出的目的基因与国际标准序列的同源性为99.3;～ 100;.特异性试验发现该引物不能启动犬其它常见病毒基因的扩增.敏感性试验表明该引物能检测到10-9的CPV总RNA量.重复性试验显示该引物具有良好的稳定性.对采集的26份样品进行CPV巢式PCR检测,20份样品为阳性,阳性率为76.9;.[结论]建立的CPV的RT - PCR检测方法可于临床CPV的快速诊断和小规模的分子流行病学调查.     

鸭黄病毒巢式PCR检测方法的建立和应用

参照GeneBank已登录的黄病毒基因序列设计通用引物,建立基于黄病毒通用引物的巢式PCR检测体系,为黄病毒特别是新发黄病毒提供了高效的检测方法。该方法通过基因组的比对,选择NS5基因保守区设计了4条通用简并引物Flav P1～Flav P4,在此基础上建立了巢式PCR反应体系,并应用到鸭黄病毒的检测中。该体系仅能扩增鸭黄病毒目的基因而不能扩增其他病毒,且敏感性达到90copies.μL-1,比普通PCR高出1 000倍。同源性和进化分析表明,鸭黄病毒属蚊媒黄病毒类恩塔亚病毒群,与坦布苏病毒及近期发现的BYD病毒关系最近。以上结果表明,设计的黄病毒引物具有良好的通用性和特异性,其巢式PCR敏感性高,该体系成功地进行了鸭黄病毒的检测,验证了该方法的敏感性和特异性。     

香蕉细菌性枯萎病菌实时荧光PCR检测方法的建立

根据香蕉细菌性枯萎病菌与其它细菌菌株16SrDNA序列差异，设计并合成一对引物和一条具有稳定点突变特异性探针，建立了对香蕉细菌性枯萎病菌的实时荧光PCR检测方法。除烟草青枯病菌和马铃薯青枯病菌外，还对其它属细菌菌株进行了荧光PCR检测。结果表明，只有香蕉细菌性枯萎病菌产生荧光，其它细菌都没有荧光产生。从而证明此方法特异性强，灵敏度高，适合病害的快速诊断和口岸检验检疫应用。     

用SSR标记和巢式PCR快速检测大豆疫霉菌

 【目的】建立快速、准确的大豆疫霉菌检测和病害早期诊断分子技术。【方法】基于大豆疫霉菌SSR标记Psc239设计两对引物Psc239EF/Psc239ER和Psc239F/Psc239R,建立特异性检测大豆疫霉菌的巢式PCR方法。【结果】用36个大豆疫霉菌分离物和25个其他卵菌和真菌分离物基因组DNA评价引物及巢式PCR的专化性,引物对Psc239EF/Psc239ER、Psc239F/Psc239R和巢式PCR反应只在大豆疫霉菌中分别扩增出519、242和242 bp的特异片段,在其它卵菌和病原真菌中不扩增片段;用两对引物进行常规PCR扩增,检测大豆疫霉菌DNA的灵敏度均为50 pg?μl-1,而巢式PCR的灵敏度为50 fg?μl-1;巢式PCR检测土壤中卵孢子的灵敏度为每克土壤0.4个卵孢子;巢式PCR能够特异地从大豆病株和土壤中检测到大豆疫霉菌。【结论】基于SSR标记建立的巢式PCR方法能够用于大豆疫霉菌的快速检测和病害诊断。     

一种快速、特异性检测小麦中链格孢菌（Alternaria alternata）的巢式 PCR 方法

为建立检测小麦中链格孢菌（Alternaria alternata ）的方法,从河南省小麦黑胚籽粒上分离得到7个优势 A．alternata 病原菌株,对其 rDNA 的内部转录间隔区序列（ITS）进行测序,序列比较表明,分离到的病原菌株与 GenBank 公布的 A．alternata 的 ITS 区序列一致性达到99％～100％。根据 Alternaria 属菌株（A．alternata、A．tenuis、A．tenuissima）和麦类根腐离蠕孢菌（Bipolaris sorokiniana ）的 ITS 序列比对结果,设计出1对 A．alternata 特异性引物 Aa1F/Aa1R。利用多种河南省小麦的主要病原真菌对该引物的特异性进行验证,只有在 A．alternata 中能特异性地扩增出1条443 bp 的 DNA 片段。以真菌通用引物 ITS1/ITS4为外侧引物、特异性引物Aa1F/Aa1R 为内侧引物进行巢式 PCR 扩增,能检测到 A．alternata DNA 的最低质量浓度为50 pg/μL。因此,建立的巢式 PCR 方法能够快速、特异地检测小麦中的 A．alternata。     

牛环形泰勒虫巢式PCR诊断方法的建立

根据GenBank上发表的环形泰勒虫Tams1基因序列设计2对巢式引物,成功建立了环形泰勒虫病的巢式PCR快速检测方法.验证试验结果表明,PCR扩增产物测序结果与GenBank收录的Tams1序列同源性在92%～99%,对环形泰勒虫检测具有良好的特异性、重复性以及灵敏度.对新疆焦虫病疫区牛群血样检测发现,巢式PCR检出率为62.2%(61/98),高于常规PCR检出率(58.2%,57/98)和血涂片镜检检出率(35.7%,35/98),提示该巢式PCR方法可用于大规模的环形泰勒虫病的流行病学调查.     

食物源SARS病毒的巢式PCR检测研究

本研究利用巢式RT-PCR技术,针对SARS病毒RNA序列保守区域设计并筛选出实用、可靠、灵敏度高、忠实性好的引物,对食品中的所有RNA进行扩增,并对扩增产物进行分析检测,从而确定食品中是否被SARS病毒污染。通过研究发现建立的巢式RT-PCR检测技术方法可以检测到10-6μg／μL的RNA量水平,并且,通过限制性酶切分析,表明RT-PCR扩增产物具有很好的忠实性;在研究中还发现,用普通RT-PCR对食品进行检测时,会有非特异扩增条带的产生,而用RT-nested PCR方法可以消除这些非特异扩增条带的产生,从而消除由于非特异扩增条带干扰造成的假阴性结果。通过对食品样品的检测没有发现这些食品受到SARS病毒的污染。     

应用巢式PCR检测黄瓜尖镰孢菌(Fusarium oxysporum f．sp．cucumbrum)

文章应用BIK2/BIK3和BIK1/BIK4两对引物,采用巢式PCR(Nested-PCR)技术对镰孢菌属26个菌株(代表了6个镰孢菌种)以及从黄瓜根际分离的20株真菌、6株细菌和7株放线菌共计59个菌株进行了扩增。结果显示,只有3个黄瓜尖镰孢菌的致病菌株能产生一条长度大约为800bp的片断。对接种黄瓜尖镰孢菌的黄瓜植株进行检测结果表明,巢式PCR能从接种5d后的黄瓜病样中特异性地检测出病原菌,而症状的出现需要10～13d时间。该项技术具有较高的灵敏度,适用于黄瓜枯萎病早期侵染检测研究。     

番茄环斑病毒的普通RT-PCR和巢式PCR检测方法

根据番茄环斑病毒（ToRSV）外壳蛋白（CP）基因的保守序列设计了2对引物（引物对Ⅰ和Ⅱ）,利用RT—PCR分别扩增出预期大小的800bp和580bp的条带,其中引物对Ⅱ扩增效率较高、特异性较好。以引物对Ⅰ和Ⅱ进行2轮PCR扩增,建立了巢式PCR检测方法,其灵敏度比普通RT-PCR提高100～200倍。序列测定和分析表明所测定的序列为ToRSVCP基因的部分序列,在系统关系树上与ToRSV的其他分离物形成一簇,亲缘关系很近。