牦牛CAPN1基因部分序列的SNPs研究

本研究采用PCR-SSCP技术,设计了2对引物分别对牦牛钙激活蛋白酶基因内含子8、外显子9、内含子9和外显子10部分序列以及第12内含子和13外显子部分序列进行单核苷酸多态性分析.结果表明:与牛基因序列(AF252504S2)相比,牦牛基因在10 581bp处发生了G→A转换,位于第12内含子,表现出3种基因型,其中A、B基因频率分别为0.698 9和0.301 1,AA、AB和BB基因型频率分别为0.475 1、0.447 5和0.077 3,遗传杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.420 9和0.332 3;在5 837bp处发生G→T的转换,位于第9内含子,表现出3种基因型,A、B基因频率分别为0.908 8和0.091 2,AA、AB和BB基因型频率分别为0.828 7、0.160 2和0.011 1,遗传杂合度(He)多态信息含量(PIC)分别为0.165 7和0.152 0;牦牛在这2个位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态.     

牦牛GH基因多态性的PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术对天祝白牦牛和青海高原牦牛的生长激素基因(GH基因)5个外显子及部分内含子序列进行遗传变异分析,以探讨牦牛GH基因的遗传特性.结果表明:2个牦牛群体GH基因第1、第2和第4外显子无多态性,第3内含子1694bp处均发生T→C转换,形成A、B2个等位基因,并检测到AA、AB和BB共3种基因型;天祝白牦牛第5外显子2373bp处发生G→T碱基颠换,形成C、D2个等位基因,检测到CC和CD2种基因型,但碱基改变并未引起氨基酸变化,因此这种碱基转换为沉默突变;天祝白牦牛和青海高原牦牛均为低度多态,经Hardy-Weinberg平衡检验2个牦牛群体均处于非平衡状态.     

牦牛MSTN基因第2外显子的遗传变异分析

研究采用PCR-SSCP方法分析了牦牛MSTN基因第2外显子遗传变异特征.结果表明:在第2外显子以及80bp的部分第1内含子和102bp的部分第2内含子,共556bp的区域中存在5处点突变,表现AA、BB、AB、AC 4种基因型,由A、B和C 3个复等位基因控制.各基因型频率分别为0.884 0、0.001 4、0.106 0和0.008 6.序列分析表明等位基因B在位于第2外显子411bp处发生A→G突变,导致编码的第235位氨基酸由组氨酸突变为精氨酸,其余4处突变位于等位基因C上,即位于第1内含子31bp处的G→A突变和65bp处的核苷酸缺失以及第2内含子529bp处的A→G突变,还有一处是位于第2外显子第121bp处的T→C沉默突变.     

牦牛IGF2内含子8的遗传多态性及其遗传效应分析

【目的】研究牦牛胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子8的多态性与生长发育性状的相关性,探索其对开展牦牛分子育种的影响。【方法】以天祝白牦牛、甘南牦牛、大通牦牛、青海高原牦牛和新疆牦牛为供试动物,采集牦牛血样,提取其DNA,采用PCR-SSCP方法检测牦牛IGF2基因内含子8的多态性,并分析其对体质量、体高、胸围和体长的遗传效应。【结果】扩增到牦牛IGF2基因内含子8的部分序列,其长度为438bp,存在AA、AB、BB3种基因型,其中AA型是由BB型330位G→C和358位A→G转换造成的。除新疆牦牛以外,以上3种基因型在其他牦牛群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态。AA和AB基因型个体体质量极显著高于BB基因型个体(P<0.01),AA与BB基因型个体在体高、体长和胸围性状上差异不显著。【结论】IGF2基因有可能作为体质量性状的候选基因用于标记辅助选择,且其有不依赖于骨骼增长而增加体质量的作用机制。     

无角牦牛FTO基因多态性与生长性状的关联性分析

【目的】探究无角牦牛脂肪和肥胖相关基因(FTO)多态性与生长性状之间的关联性,以期找到与无角牦牛生长相关的分子标记。【方法】参考GenBank中野牦牛的FTO基因序列,针对其第4内含子和第8内含子设计引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对354头无角牦牛的FTO基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件分析各基因与体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状的相关性。【结果】在无角牦牛FTO基因的第4内含子区域检测出A164506C突变位点,有2个等位基因A和C,有3种基因型(AA、AC和CC),优势等位基因和基因型分别是A和AA,其频率分别为0.694 9和0.485 9;在第8内含子区域检测出G309000A突变位点,共有2个等位基因A和G,有3种基因型(GG、GA和AA),优势等位基因和基因型分别是G和GG,其频率分别为0.926 3和0.858 4。A164506C突变位点为中度多态位点,纯合度较低,处于Hardy-Weinberg平衡状态;G309000A突变位点为低度多态位点,纯合度较高,处于Hardy-Weinberg不平衡状态。A164506C位点与无角牦牛的体高和体斜长具有显著或极显著相关性,AC基因型个体优于AA基因型个体。G309000A位点与无角牦牛的胸围和体斜长具有显著或极显著相关性,GA基因型个体优于GG基因型个体。【结论】FTO基因第4内含子区域A164506C突变和第8内含子区域G309000A突变均与无角牦牛生长性状具有相关性。     

甘南牦牛CYGB基因第4外显子的多态性分析

为研究甘南牦牛CYGB基因第4外显子的遗传多态性及变异特征,本实验采用PCR-SSCP方法检测了300头甘南牦牛的CYGB基因。结果显示,甘南牦牛CYGB基因第4外显子存在AA、AB和AC 3种基因型,其基因型频率分别为0.800、0.100和0.100,由A、B和C 3个等位基因控制。序列分析表明,甘南牦牛CYGB基因第4外显子3'UTR区的等位基因B处发生了A→C突变;在外显子4的第25bp的等位基因C处发生了A→G突变,但该突变发生并未引起氨基酸水平的变化。统计结果表明,甘南牦牛CYGB基因呈低度多态,该牦牛群体处于平衡状态。     

黄淮山羊FSHβ基因第2外显子SSCP多态性研究

采用PCR-SSCP技术检测分析黄淮山羊FSHβ(follicle-stimulating hormone β)基因第2外显子多态性.结果显示,黄淮山羊FSHβ基因有AA、AB和AC 3种基因型,基因型频率分别为O.851 4,0.121 6和0.027 0:AB型与AA型相比在47 bp和147 bp两处发生C→T突变,AC型与从型相比在147 bp和156 bp两处分别发生C→T和G→A突变.     

西藏牦牛IGF2基因内含子8遗传多态性及其遗传效应分析

以胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子8作为影响西藏牦牛生长性状的候选基因,研究并分析其与生长性状的相关性,以期利用分子标记辅助选择等育种措施为我国西藏高山牦牛进行种质资源保种选育提供理论根据。本研究采用PCR产物直接测序法对帕里牦牛、申扎牦牛、斯布牦牛和类乌齐牦牛4个品种(类群)共151个样本的胰岛素生长因子2(IGF2)基因内含子8部分序列进行了单核苷酸多态性研究,并分析候选基因不同基因型与体重、体高、体斜长、胸围和管围等生长性状的相关性。结果表明:①西藏牦牛IGF2基因内含子8部分序列长度为412 bp,在帕里牦牛和申扎牦牛中发现AA、AB、BB 3种基因型,与AA型相比,BB型在307位发生G→C转换,335位发生A→G突变;②对标记基因型生长发育指标(体高、体斜长、胸围、管围、体重)进行差异显著性检验,帕里牦牛BB基因型个体的体重显著高于AB、AA基因型个体(P0.05),申扎牦牛BB基因型个体的体重极显著高于AA基因型个体(P0.01),显著高于AB基因型个体,而在斯布牦牛和类乌齐牦牛中未发现有BB基因型个体。③4个牦牛品种(类群)的BB与AB、AA基因型个体在体高、体斜长、胸围和管围性状上差异不显著;④适合性检验表明3种基因型在西藏牦牛群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态。由此可得,IGF2基因可能在不依靠骨骼增长的条件下而增加体重量,可作为辅助选择来标记体重量的候选基因。     

牦牛PRKAG3基因部分序列多态性分析

采用PCR-SSCP技术,对甘南牦牛、大通牦牛和天祝白牦牛的PRKAG3基因第3、第9内含子的多态性进行检测.结果表明,牦牛PRKAG3基因在第3、第9内含子中均存在多态位点,2个位点分别存在AA、AB和EE、EF基因型.其中,A和E为优势等位基因,2个位点在3个牦牛群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态.独立性检验结果表明,在1806 bp处天祝白牦牛与甘南牦牛之间差异显著(P＜0.05),大通牦牛与甘南牦牛、天祝白牦牛之间差异不显著(P＞0.05);在4487 bp处大通牦牛和天祝白牦牛、甘南牦牛之间差异极显著(P＜0.01),天祝白牦牛与甘南牦牛之间差异不显著(P＞0.05).     

生长素基因Ghrelin对高邮鸭产蛋性能的遗传效应

运用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测高邮鸭Ghrelin基因多态性,分析其对产蛋性能的遗传效应。结果表明:①Ghrelin基因内含子1的157 bp处发生了9 bp缺失,发现了AA、BB、AB 3种基因型,A、B等位基因频率分别为0.24和0.76。B等位基因对产蛋数、开产体重表现为正效应,BB、AB基因型个体的产蛋数显著高于AA基因型个体(P<0.05)。②内含子2的431 bp处发生了T→C的突变,发现了CC、DD、CD 3种基因型,C、D等位基因频率分别为0.41和0.59。C等位基因对开产体重具有正效应,CD基因型个体开产体重显著高于DD基因型(P<0.05)。③外显子3的909 bp处发生了A→G的突变,同时产生了苏氨酸→丙氨酸的变化,发现了EE、FF、EF 3种基因型,E、F等位基因频率分别为0.33和0.67。F等位基因对开产体重、蛋重、最大连产天数具有正效应,EF基因型个体的最长连产天数显著高于EE、FF基因型(P<0.05)。     

湖羊高繁殖力候选基因ESR的研究

利用 PCR-SSCP技术对高繁殖力绵羊品种湖羊雌激素受体（estrogen receptor,ESR）基因第一外显子的部分序列进行单核苷酸多态性研究。结果表明,湖羊ESR基因中存在 3 种基因型 AA,BB,AB,且A等位基因频率为0.554,B 等位基因频率为0.446。经测序,BB型与AA型相比在外显子 1 第 363 位发生 1 处C→G的碱基突变。据产羔数统计,AB 基因型和 BB 基因型的湖羊产羔数分别比 AA 基因型多0.98只（P<0.01）、1.47只（P<0.01）。说明ESR基因可能是控制湖羊多羔性能的一个主效基因或与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

湖羊GnRH受体基因的单核苷酸多态性研究

对高繁殖力绵羊品种(湖羊)和低繁殖力绵羊品种(陶赛特、特克赛尔和哈萨克)促性腺激素释放激素受体(GnRH-R)基因的5′非翻译区、外显子1和外显子2部分序列进行了PCR-SSCP分析,结果发现在5′非翻译区发生3处碱基突变(552T→G、653C→G、654G→A);在第二外显子区发生1处碱基突变(230G→C),该突变导致了第66位氨基酸的改变(精氨酸→丝氨酸)。并对这4个位点在4个绵羊品种间的基因频率进行了初步分析:对于引物1,4个绵羊群体均检测到AA基因型,AB基因型只出现在湖羊、陶赛特羊和特克塞尔羊中,仅在哈萨克羊中检测到CC基因型。对于引物2,4个绵羊群体均检测到DD基因型;DE基因型只出现在湖羊和哈萨克羊中;仅在湖羊中检测到EE基因型。     

三个牦牛群体激素敏感脂肪酶（HSL）基因外显子Ⅰ的多态性

 【目的】探究激素敏感脂肪酶（HSL）基因在牦牛内的遗传多态性,为进一步揭示牦牛群体间遗传分化、开展牦牛肉质性状的关联分析以及HSL基因在牦牛物种中的定位、表达调控等研究提供依据。【方法】采用PCR-RFLP方法对九龙牦牛、麦洼牦牛和巴州牦牛共92头牦牛的HSL基因部分外显子I进行SmaI酶切多态性分析;统计基因频率、基因型频率大小,进行卡方（χ2）适合性、独立性检验,并计算纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量等遗传多态参数。【结果】3个牦牛群体在HSL基因外显子I具有SmaI酶切多态性,在该酶切位点存在AA、AB和BB 3种基因型。3个牦牛群体均检测到AA和AB基因型,而BB基因型只在巴州牦牛中检测到。九龙牦牛和麦洼牦牛的AA基因型频率最高,而巴州牦牛AB基因型频率最高;A等位基因频率在3个牦牛群体中均高于B等位基因频率,为优势等位基因。适合性检验表明3个牦牛群体在该酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态;独立性检验表明九龙牦牛与麦洼牦牛、巴州牦牛之间表现为差异显著（0.01＜P＜0.05）和差异极显著（P＜0.01）,而麦洼牦牛与巴州牦牛之间表现为差异不显著（P＞0.05）。测序分析表明,HSL基因外显子I第70位（从PCR产物测序片段的5′端计数）发生了单碱基突变（G→A）,并导致了编码氨基酸由甘氨酸（G）变为精氨酸（R）。【结论】牦牛在HSL基因外显子I内具有SmaI酶切多态性,其多态性是因所分析序列内一单碱基突变（G→A）所致,该碱基转换导致了氨基酸由甘氨酸（G）变为精氨酸（R）;在该酶切位点,九龙牦牛、麦洼牦牛和巴州牦牛均处于Hardy-Weinberg平衡状态。九龙牦牛与麦洼牦牛、巴州牦牛之间表现为差异显著（0.01＜P＜0.05）和差异极显著（P＜0.01）,而麦洼牦牛与巴州牦牛之间表现为差异不显著（P＞0.05）。     

猪NCOA1基因PCR-RFLP多态性分析（摘要）（英文）

[目的]研究猪NCOA1基因的PCR-RFLP多态性,为猪的分子育种和标记辅助选择提供理论依据。[方法]以81头山东寿光六和原种猪场的长白猪为研究对象,采取常规酚-氯仿抽提法从猪耳组织提取基因组DNA,以基因组DNA为模板进行PCR扩增获得440 bp的NCOA1基因目的片段,利用限制性内切酶RsaⅠ对PCR产物进行酶切和琼脂凝胶电泳检测,并计算各等位基因频率和基因型频率。[结果]琼脂糖电泳检测酶切产物出现3种基因型：AA型（1条带：440 bp）、AB型（3条带：440、282、158 bp）、BB型（2条带：282、158 bp）;基因型频率分别为0.54、0.43和0.03;A和B 2个等位基因的基因频率分别为0.76和0.24。[结论]该研究猪群中,A为优势等位基因,AA基因型频率较高。     

高坡猪GH基因不同基因型对其部分生产性能的影响

采用PCR-RFLP-ApaⅠ方法检测高坡猪GH基因-119~ 486 bp片段的多态性,探讨了不同基因型对其部分生产性能的影响。结果表明:产生2个等位基因A(449 bp)和B(316 133 bp),其频率分别为0.54和0.46;3种基因型:AA、AB和BB,其频率分别为0.26、0.56和0.18;除6月龄腹围和背膘厚外,其余指标值均以BB基因型最高,AA基因型的6月龄腹围和瘦肉率与BB基因型相比差异显著(P<0.05),其他指标在各基因型间差异均不显著(P>0.05)。表明,A可能是小型猪的有利等位基因,B则可能是大型猪的有利等位基因。     

欧拉型藏羊Callipyge基因多态性与生长性状相关性研究

利用PCR-SSCP方法,对215只欧拉型藏羊Callipyge基因序列的多态性进行了检测,并分析了AA和AB基因型与生长性状的相关性.结果表明:Callipyge基因存在AA、BB和AB 3种基因型,其基因型频率分别为0.823 3、0.009 3和0.167 4;测序结果显示:基因多态的产生是在扩增序列的第176bp处发生了C→T的突变;χ2检验表明,该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),遗传杂合度和多态信息含量分别为0.168 7和0.154 5.对生长性状(体重、胸围和胸深)的相关性分析表明:AA和AB 2个基因型个体之间生长性状的差异不显著,但AB型有大于AA型的趋势.     

中国荷斯坦牛GlyCAM1基因遗传多态性与乳房炎关联性分析

以273头中国荷斯坦牛为研究对象,利用CRS-PCR、PCR-SSCP及DNA测序技术检测糖基化依赖细胞粘附分子1（GlyCAM1）基因外显子3、内含子3的遗传多态性。结果表明：GlyCAM1基因分别在外显子3和内含子3的第2081（A/C）、2417（C/T）位存在突变,两位点在牛群中的等位基因频率A/B分别为0.752 5/0.2475,0.904 6/0.095 4;经χ^2适合性检验,
中国荷斯坦牛群2417位点的突变达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）,但2081位点的突变未达到Hardy-Weinberg平衡状态（P〈0.05）。采用最小二乘法拟合线性模型将该基因座不同基因型与奶牛乳房炎进行了关联分析,结果表明：胎次效应（P〈0.01）、场效应（P〈0.01）和泌乳月（P〈0.05）对乳房炎的影响较大。2081位基因型效应对SCCS的影响达到了显著水平（P〈0.05）,且AA基因型个体的SCS显著低于AB和BB基因型个体（P〈0.05）。     

孕酮受体基因多态性及其与济宁青山羊产羔数关系

 【目的】寻找与产羔数相关的遗传标记,为山羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】设计15对引物,采用PCR-SSCP技术检测孕酮受体（progesterone receptor,PGR）基因全部9个外显子在济宁青山羊、波尔山羊、辽宁绒山羊和安哥拉山羊中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对山羊繁殖力的影响。【结果】只有引物P1、P8与P9扩增片段具有多态性。对于P1扩增片段,济宁青山羊中检测到AA、AB和BB型,其余山羊中均检测到AA和AB型;测序表明BB与AA型相比有一处突变（31G→A）,并导致丙氨酸变为苏氨酸;BB基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AB基因型多0.52只（P＜0.05）,比AA基因型多0.98只（P＜0.001）,AB基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AA基因型多0.46只（P＜0.05）。对于P8扩增片段,济宁青山羊中只检测到CC型,波尔山羊中检测到CC和CD型,其余山羊中检测到CC、CD和DD型;测序表明DD型和CC型相比有一处突变（2810C→G）,未导致氨基酸改变。对于P9扩增片段,济宁青山羊和波尔山羊中检测到FF和FG型,其余山羊中检测到FF、FG和GG型;测序表明GG型和FF型相比有一处碱基突变（60128T→A）,未导致氨基酸改变;FF基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比FG基因型多0.32只（P＞0.05）。【结论】本试验结果初步表明,PGR基因可能是控制济宁青山羊多羔性的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。