榕江小香羊GnRH基因多态性及其与繁殖性状关联性分析

为了探讨Gn RH基因SNP与榕江小香羊繁殖性状关联性,试验以榕江小香羊为研究对象,采用DNA池法及PCR-SSCP技术检测Gn RH基因单核苷酸多态性。结果表明,榕江小香羊Gn RH基因内含子3检测到1个SNP位点T-68G,该位点表现为3种基因型,分别命名为TT、TG和GG。基因型与繁殖性状关联分析显示,榕江小香羊GG基因型个体的产羔数显著高于TT和TG基因型个体(P0.05)。研究结果提示Gn RH基因可能是影响山羊产羔数的主效基因或与主效基因连锁,T-68G位点可望作为提高山羊个体繁殖性能的分子遗传标记。     

3个山羊群体NPY-Y1R基因的多态性与繁殖性能

以贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚3个品种为试验群体,采用PCR产物直接测序技术检测NPY-Y1R基因的多态性,并探讨其多态性对山羊繁殖性状的影响,为山羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。利用Excel计算基因频率、基因型频率;利用POPGEN软件计算遗传多态性参数纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量并对Hardy-wein-berg平衡状态进行分析;用SPSS软件对3个山羊群体NPY-Y1R基因多态性与产仔数进行相关性分析。结果表明,NPY-Y1R基因外显子中检测到1个单核苷酸多态性(SNP)位点,NPY-Y1R基因在外显子2处存在突变位点G1141A,3个山羊群体在此突变位点处均存在2种基因型,分别为AG、GG;贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚χ~2均未达到显著水平,处于Hardy-Wein-berg平衡状态,贵州黑山羊和努比亚表现为低度多态,酉州乌羊表现为中度多态。AG基因型个体在贵州黑山羊、酉州乌羊、努比亚群体中产羔数显著高于GG基因型个体(P0.05),呈现出AGGG趋势。AG基因型个体的山羊在后续的试验中待进一步认证,结果可为初步判定山羊NPY-Y1R基因的突变与繁殖性能的研究奠定试验基础。     

3个新疆绵羊品种中BMPR-IB基因的RFLP分析及比较

通过比较研究哈萨克羊、吐鲁番黑羊和策勒黑羊3个新疆绵羊群体中BMPR-IB基因的多态性,为后期分子育种提供理论依据。利用PCR-RFLP技术检测BMPR-IB基因在3个新疆绵羊群体中的多态性,并利用生物信息学软件分析其与绵羊产羔数的关联性,筛选与新疆绵羊高繁殖力性状相关的分子标记。结果显示:吐鲁番黑羊只存在1种基因型,没有多态性。哈萨克羊和策勒黑羊群体中的BMPR-IB基因具有多态,存在3种基因型:++、B+和BB,其中BB基因型个体的产羔数显著高于++基因型个体产羔数(P0.05)。所得结论为:BMPR-IB基因可能是影响哈萨克羊和策勒黑羊繁殖性状的主效基因,BMPR-IB基因是否是影响吐鲁番黑羊繁殖性状的主效基因,有待深入研究。     

贵州山羊GHSR基因变异及其与生长性状的关联分析

研究采用DNA池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术对贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因进行单核苷酸多态性检测,并探讨其与生长性状的关系。结果发现,在这两个山羊品种GHSR基因外显子2和3’侧翼序列各检测到1个SNP(G200A和T628C)。其中,G200A为同义突变,表现为3种基因型,分别定义为GG、GA和AA,而在外显子1和5’侧翼序列未发现多态位点。χ2适合性检验表明,贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因外显子2等位基因的分布符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。基因型与生长性状间关联分析显示,3个试验群体中GG基因型个体的体高显著高于GA基因型和AA基因型(P0.05),且贵州黑山羊公羊群体中GG基因型个体的体重和体斜长均显著高于AA基因型,而其它指标间未达到显著水平(P0.05)。初步认为:GHSR基因可望作为影响贵州地方山羊生长性状的候选基因。     

山羊GHRL 基因多态性及其与 体重、体尺性状的关系研究

采用PCR-SSCP 技术对贵州黑山羊和贵州白山羊GHRL 基因进行单核苷酸多态性检测,并分析其多态与体重、体尺性状间的关联性。结果发现,在GHRL 基因外显子4 处存在1 个同义突变位点（C345T）,表现为2 种基因型,分别命名为CC 和CT。基因型与体重、体尺性状关联分析结果显示,在贵州黑山羊（麦坪）群体中,CT 基因型个体的体重、体高和胸围均显著高于CC 基因型个体,而在贵州黑山羊（纳雍）和贵州白山羊群体中差异不显著。研究结果揭示,GHRL 基因突变位点（C345T）影响贵州黑山羊生长性状可能性较大,该位点有望作为山羊生长性状的一个标记辅助选择位点。     

阿勒泰羊COIL、FSHR基因与其产羔数的相关性

为探究与阿勒泰羊产羔数相关的DNA标记,本试验以153只产羔数不同的阿勒泰羊作为样本,利用PCR-SSCP、DNA测序等方法,对COIL、FSHR基因的遗传多样性进行研究,并分析其多态性与产羔数的相关性。结果显示,在阿勒泰羊中存在COIL基因(g.7321466GC)、FSHR基因(g.75320741CT)两个突变位点,均具有多态性。COIL基因产生3种基因型(GG、GC、CC),基因型频率分别为0.235、0.667、0.098,G为优势等位基因;FSHR基因产生3种基因型(CC、CT、TT),基因型频率分别为0.235、0.190、0.575。群体遗传学分析显示,COIL、FSHR基因在阿勒泰羊群体的PIC值分别为0.370、0.344,都属于中度多态位点。差异显著性分析结果表明,COIL基因GC、CC型的产羔数极显著高于GG型(P0.01),GC型与CC型之间的产羔数差异不显著(P0.05);FSHR基因3种基因型间的产羔数均差异不显著(P0.05)。COIL基因g.7321466GC位点有望作为提高阿勒泰羊产羔数的有效DNA标记。     

贵州黑山羊FSHR基因第1外显子遗传多态性分析

以贵州黑山羊为对象,研究促卵泡素受体（FSHR）基因的遗传多态性。测定表明FSHR基因第1外显子,没有任何突变,显示在15只母羊中的FSHR基因第1外显子661bp核苷酸系列中不存在多态性,本研究为探索该受体基因在繁殖中的作用打下基础。     

BMPR-IB基因作为多浪羊高繁殖力候选基因的研究

[目的]以骨形态发生蛋白受体(BMPR-IB)基因作为多浪羊的高繁殖力候选基因,研究该基因对多浪羊产羔性状的影响.[方法]采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术检测多浪羊BMPR-IB基因的单核苷酸多态性;用最小二乘法分析不同基因型与产羔数的相关性;并对基因型纯合个体进行测序.[结果]BMPR-IB基因在多浪羊中存在三种基因型即野生型++、突变杂合型B+和突变纯合型BB;基因型频率分别为0.741、0.254和0.005;B和+等位基因频率分别为0.132和0.868.BB基因型与++基因型相比在BMPR-IB基因编码区第746位碱基处发生了和Booroola绵羊相同的突变(A→G).B+基因型的平均产羔数比++基因型多0.51只(P<0.01),差异极显著.[结论]BMPR-IB基因是影响多浪羊多胎性状的一个主效基因,可作为一个分子标记用于多浪羊的选育.     

贵州黑山羊BMP15基因多态性及生物信息学分析

为探究BMP15在贵州黑山羊上的基因多态性,本研究以102只贵州黑山羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术对贵州黑山羊BMP15基因进行SNP多态位点检测。检测结果表明,BMP15存在1个SNP位点在第二外显子6 260 bp处发生C→G突变,通过对其生物信息学分析发现,BMP15基因的等位基因频率、mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构预测在突变前后均有差异,翻译的蛋白质为亲水性的具有跨膜结构的不稳定性蛋白。本研究发现的BMP15基因在第二外显子上的突变,可为今后与性状相关联研究提供理论依据。     

努比亚山羊KISS1基因多态性与繁殖性状的关联分析

【目的】明确转移抑制素基因（KISS1）多态性与努比亚山羊繁殖性状（产羔数、初生重和断奶重）的关联,为进一步展开山羊分子标记辅助选择育种提供参考依据。【方法】利用DNA混合池结合Sanger测序筛选出努比亚山羊KISS1基因SNP位点,再通过MTA-Seq测序对355只努比亚山羊群体进行SNP位点的基因分型,并采用SAS 9.2的一般线性模型（GLM）对KISS1基因SNP位点与努比亚山羊的产羔表型性状进行关联分析。【结果】在努比亚山羊KISS1基因内含子1发现2个SNP位点（g.1341600A>G和g.1341674C>G）。其中,g.1341600A>G位点处于中度多态（0.25P_HWE>0.05）;而g.1341674C>G位点处于低度多态（PIC<0.25）,已偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P_HWE<0.05）。g.1341600A>G位点GG和AG基因型个体的第一胎、第二胎及三胎联合产羔数均高于AA基因型个体,且在第一胎达显著水平（P<0.05,下同）;g.1341674C>G位点CC基因型个体则表现为第一胎、第三胎及三胎联合产羔数均高于GG基因型个体,同样在第一胎达显著水平。g.1341674C>G位点GG基因型个体的第一胎、第三胎及三胎联合羔羊初生重均高于CC基因型个体,且在第三胎达显著水平;g.1341600A>G位点不同基因型与努比亚山羊各胎次羔羊初生重无显著关联（P>0.05,下同）。在羔羊断奶重方面,2个SNP位点不同基因型与努比亚山羊各胎次断奶重也无显著关联。g.1341600A>G位点和g.1341674C>G位点可形成连锁不平衡单倍型模块,其中GC、AC、AG单倍型的频率分别为0.645、0.265和0.090;单倍型模块与第一胎产羔数显著关联,AACC组合型产羔数显著低于其他组合型。【结论】努比亚山羊KISS1基因内含子1存在2个SNP位点（g.1341600A>G和g.1341674C>G）与其繁殖性状相关,其中g.1341600A>G位点的A等位基因和g.1341674C>G位点的C等位基因可作为努比亚山羊选育的潜在分子标记,且在今后的育种过程中应淘汰KISS1基因AACC组合型母羊。     

GLIS1基因多态性与绵羊产羔数之间的关系研究

为了探究GLIS1基因多态性与绵羊产羔数之间的关系,利用Sequenom MassARRAY?SNP技术对绵羊GLIS1基因的2个SNP位点多态性进行检测,并与绵羊产羔数进行关联分析。结果表明:在单羔和多羔绵羊品种之间,GLIS1基因2个SNP位点基因型和等位基因频率有极显著差异(P0.01);关联分析显示,g. 27775611 T C位点与小尾寒羊第二胎产羔数显著相关(P0.05),而g. 27857114 T G位点与各胎产羔数均无显著关联(P 0.05)。研究初步表明, g. 27775611 T C位点可能参与绵羊产羔数性状的调控,而g. 27857114 T G位点可能不是影响绵羊产羔数的关键位点。该研究可为绵羊高繁殖力基因及关键位点的筛选提供参考。     

多浪羊NCOA1基因多态性与产羔数的相关分析

分析研究了新疆多浪羊核受体辅激活蛋白基因(Nuclear receptor coactivator1 gene, NCOA1)的多态性及其与产羔数的相关性。结果表明:NCOA1基因存在两个多态位点,分别为内含子12的g.166 397 AC突变位点和外显子17的g.187 501 GA突变位点; g.166 397 AC突变位点的优势基因为A等位基因,基因频率为0.968; g.187 501 GA突变位点的优势基因为B等位基因,基因频率为0.643,且在该突变位点发生了错义突变,由原编码的丝氨酸(Ser)改变为谷酰胺酸(Gln);在多浪羊NCOA1基因的g.166 397 AC突变位点,AA基因型个体的产羔数显著高于BB基因型个体的(P0.05);在多浪羊NCOA1基因的g.187 501 GA突变位点,BB基因型个体的产羔数显著高于AA和AB基因型个体的(P0.05)。由此推断NCOA1基因可以作为多浪羊多羔性状的候选基因。     

多浪羊NCOA1基因多态性与产羔数的相关分析

分析研究了新疆多浪羊核受体辅激活蛋白基因(Nuclear receptor coactivator1 gene, NCOA1)的多态性及其与产羔数的相关性。结果表明:NCOA1基因存在两个多态位点,分别为内含子12的g.166 397 A>C突变位点和外显子17的g.187 501 G>A突变位点; g.166 397 A>C突变位点的优势基因为A等位基因,基因频率为0.968; g.187 501 G>A突变位点的优势基因为B等位基因,基因频率为0.643,且在该突变位点发生了错义突变,由原编码的丝氨酸(Ser)改变为谷酰胺酸(Gln);在多浪羊NCOA1基因的g.166 397 A>C突变位点,AA基因型个体的产羔数显著高于BB基因型个体的(P<0.05);在多浪羊NCOA1基因的g.187 501 G>A突变位点,BB基因型个体的产羔数显著高于AA和AB基因型个体的(P<0.05)。由此推断NCOA1基因可以作为多浪羊多羔性状的候选基因。     

贵州白山羊和古蔺马羊脂联素基因多态性及其与繁殖性能的关联研究

[目的]阐明西南地区具有代表性的山羊品种脂联素(adiponectin)基因的多态性及其与繁殖性能之间的关系,为山羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据.[方法]根据牛的AMP00序列设计4对引物,采用PCR-SSCP技术检测ADIPOQ在川东白山羊、大足黑山羊、贵州白山羊、金堂黑山羊、板角山羊、成都麻羊、南江黄羊、古蔺马羊和马头山羊等9个山羊品种中的单核苷酸多态性,同时在贵州白山羊和古蔺马羊两个群体中研究脂联素基因多态性与山羊繁殖力之间的关系.[结果]4对引物中只有引物P4存在多态性.对于P4的扩增片段,在不同的山羊品种中检测到从、AG和GG 3种基因型,测序分析表明与AA型相比,GG型有一处单碱基突变(954G→A).GG型和AG型的贵州白山羊产羔数最小二乘均值分别比AA型的多0.18只(P<0.05)和0.20只(P<0.05); GG型和AG型的古蔺马羊产羔数最小二乘均值分别比从型的多0.16只(P<0.05)和0.15只(P<0.05).另外,贵州白山羊和古蔺马羊的不同基因型之间初生重的最小二乘均值均没有显著差异(P>0.05).[结论]表明ABIPOQ可能是影响贵州白山羊和古蔺马羊多胎性能的一个主效基因或是与之存在紧密连锁的遗传标记.     

云岭黑山羊FSH基因表达量与其产羔数相关性研究*

 本文对云岭黑山羊产羔性状的分子基础进行了研究,分析了云岭黑山羊FSH基因表达量与其产羔数性状的相关性。采用绝对荧光定量PCR方法对两个品种山羊卵巢组织中FSH基因的表达量、用放射免疫技术对血液中FSH的水平进行了测定。结果表明,云岭黑山羊FSH表达水平显著地低于波尔山羊(P<0.05),云岭黑山羊血清FSH浓度显著低于波尔山羊（P<0.05）,且云岭黑山羊FSH表达水平与产羔数之间的相关系数为0.9540,存在显著正相关（P<0.05）。由此可见,和波尔山羊比较,云岭黑山羊FSH基因低表达量、血浆中FSH 低浓度是导致低产羔数的一个可能原因。     

2个绵羊群体BMPR-IB基因多态性与绵羊产羔数的关系

旨在探讨BMPR-IB基因在不同绵羊群体中的遗传变异及其与产羔数的关系,利用RFLP技术分析杜泊及滩寒杂交羊群体中BMPR-IB的基因型和基因频率,以及不同基因型对母羊产羔数的影响。结果显示:杜泊羊群体均为野生型,未检测到突变纯合或杂合基因型个体。滩寒杂交群体中突变纯合子(BB型)、杂合子(B+型)和野生型(++型)个体数分别为13、48和120。在滩寒杂交羊群体中,BB、B+及++基因型母羊的多羔率分别为63.64%、47.06%和32.08%;BB型经产个体平均产羔数比杂合型(B+)及野生型(++)个体产羔数分别高出0.5和0.59,而杂合子母羊产羔数高于野生型个体,但差异不显著。表明BMPR-IB基因Fec B突变位点对滩寒杂交群体产羔数有显著影响,因此可通过杂交手段提高后代群体Fec~B基因频率来增加产羔数,但BMPR-IB基因是否为调控杜泊羊产羔数的主效基因有待进一步探讨。     

海门山羊3个基因位点遗传多态性与产羔数的相关分析

对海门山羊群体3个基因位点遗传多态性与产羔数的关系进行了分析,结果表明,在海门山羊群体中,PRLR基因内含子I有2种基因型分别为从型和AB型,PRLR基因内含子Ⅱ有3种基因型分别为CC型、CD型和DD型,FSHR基因外显子10没有多态性;PRLR基因2个多态基因位点基因型与产仔数的最小二乘分析和多重比较表明,PRLR基因内含子I 2种基因型对海门山羊产羔数的影响差异不显著(P>0.05),而PRLR基因内含子Ⅱ 3种基因型对海门山羊产羔数的影响达到了极显著水平(P>0.01).     

两个贵州山羊品种GHSR和GHRL基因遗传变异及其与生长性状的关联性

【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性,利用SPSS (18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性,同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点,而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析,表现为3种基因型,依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型,在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因,其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25＜PIC＜0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变,外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T),设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析,显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中,CC基因型为优势基因型,其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390,等位基因C为优势等位基因,其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695,多态信息含量均显示为低度多态(PIC＜0.25)。χ²检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)。关联分析表明,GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关 (P＜0.05),纯合子GG基因型优势较为明显,贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P＜0.05)。C14T位点贵州黑山羊 (公羊) CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型 (P＜0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P＜0.05),表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体 (P＜0.05)。生物信息学分析揭露,GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和CpG岛,仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点,G200A导致mRNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主 (48.90%),三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响,G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。     

山羊FSHR基因5′端侧翼序列多态性对产羔性状的影响

为了研究山羊FSHR基因对产羔性状的影响,用RFLP-PCR法对多胎和单胎布尔山羊、关中奶山羊和萨能奶山羊母羊FSHR基因5′端侧翼序列进行了多态性检测。结果发现,FSHR基因5′端侧翼序列经PstⅠ、HaeⅢ、SinⅠ和TaqⅠ酶切,在多胎母羊和单胎母羊群体中均未表现出多态性;不同山羊群体FSHR基因5′端侧翼序列中各存在一些碱基的差异,但这些差异均未影响FSHR基因的转录和山羊的产羔性状。说明所检测的FSHR基因5′端侧翼序列这些酶切位点与山羊的产羔性状之间没有遗传连锁关系。     

海门山羊、徐淮山羊两个产羔性状候选基因的遗传多样性及其与繁殖力的关联分析

为海门山羊和徐淮山羊繁殖力标记辅助选择提供依据,以海门山羊(113只)和徐淮山羊(78只)为试验动物,将FSH-β和GDF-9基因第2外显子作为影响山羊产羔性状的候选基因,对其第2外显子进行扩增、测序、序列比对以及PCR-SSCP检测,探讨FSH-β和GDF-9基因第2外显子的遗传特征,寻找与产羔数相关的遗传标记。结果表明:FSH-β基因在海门山羊中有AA、AB、AC和CC 4种基因型,基因型频率分别为0.477 9、0.017 7、0.407 1和0.097 3。FSH-β基因在徐淮山羊中有AA、AB和AC3种基因型,基因型频率分别为0.397 7、0.477 3和0.125 0。GDF-9基因在海门山羊和徐淮山羊中有GG和GH 2种基因型,在海门山羊中基因型频率分别为0.539 8和0.460 2,在徐淮山羊中基因型频率分别为0.784 1和0.215 9。FSH-β基因在海门山羊产羔数中AC基因型最小二乘均值比AA型多0.160只,比AB型多0.250只,比CC型多0.300只,各基因型产羔数无显著差异。GDF-9基因在海门山羊产羔数中GH基因型最小二乘均值比GG型多0.179只,各基因型产羔数无显著差异。试验初步认为FSH-β和GDF-9基因不是影响海门山羊多胎性能的主效基因。