广东地区猪源戊型肝炎病毒的检测和核苷酸序列分析

为了检测广东地区部分猪场猪群中的猪源戊型肝炎病毒(HEV)RNA,试验利用反转录巢式聚合酶链式反应(RT-nPCR)并应用生物学软件将经扩增和测序得到的猪源HEV核苷酸序列与GenBank上的各个基因型HEV进行相似性比较分析.结果表明:5个样品中检测到HEV RNA,它们的相似性为85.1%～96.3%,与GenBa...     

猪戊型肝炎病毒大庆株DQ1全基因序列分析

本试验采用RT．-PCR的方法对戊型肝炎病毒大庆株（DQ1HEV株）的全基因进行分片段扩增，并对其两个末端采用末端快速扩增法（RACE）进行扩增、克隆，测序。与已报道的人的14株HEV的4个基因型的核苷酸和氨基酸进行比较，与IV型HEV的同源性最高。ORF1区与IV型HEV核苷酸的同源性为82．6％～83．6％．氨基酸同源性为93．5％，ORF2区与IV型HEV核苷酸的同源性为87．0％～88.4％，氨基酸同源性为95．8％～97．4％。ORF3区与IV型HEV核苷酸的同源性为94．4％～96．5％，氨基酸同源性为90.3％～96．5％。其结果表明DQ1 HEV株为IV型HEv。     

湖南地区猪戊型肝炎流行病学调查研究

为了解湖南地区猪戊型肝炎感染情况,同时掌握该地区猪感染戊型肝炎病毒的基因型,以便进一步探讨猪戊型肝炎病毒在猪不同组织中的含量分布及组织损伤,采用ELISA技术检测猪血中抗-HEV特异性抗体水平,并用RT—nPCR检测猪粪便中HEVRNA和进行RNA核苷酸序列分析。结果表明,猪血中HEV抗体阳性率为84.3％;猪粪便样品中HEVRNA阳性率为28．9％。所得5株HEV的ORF2部分核苷酸序列与戊型肝炎病毒Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型的同源性分别为80．7％～84．O％、78．7％。80．7％、77．3％～82．7％和86．7％～90．7％,其中与Chi-xinjiang株同源性为83.3％～84．0％,与Chi—ⅣT1亚型的同源性为87．7％～90．7％。湖南地区猪戊型肝炎感染率比较高,且戊型肝炎病毒的基因型属Ⅳ型。     

应用巢式PCR检测猪戊型肝炎病毒核酸及其序列分析

根据GenBank注册的AJ272108等序列,利用Oligo6应用软件设计内外2对引物,采用RT-PCR技术时本实验室分离的猪戊型肝炎病毒进行探索性扩增,并对测定的序列进行分析,结果用套式引物扩增出了目的条带,序列·分析表明该序列属于基因Ⅳ型,并与其核苷酸同源性在85.6%～94.8%之间,氨基酸同源性在99.1%～100%之间.而与基因Ⅲ型核苷酸同源性最低,与基因Ⅱ型氨基酸同源性最低.     

猪戊型肝炎病毒甘肃分离株衣壳蛋白基因序列分析

为进行国内猪戊型肝炎病毒(HEV)衣壳蛋白基因特征研究,参照GenBank中已发表的戊型肝炎病毒核苷酸序列,设计了1对扩增HEV衣壳蛋白(Y)基因的引物,利用RT-PCR等方法成功克隆出HEV甘肃分离株swCH189的Y基因cDNA片段,并与国内其他9株典型HEV分离株进行序列分析,用DNAstar软件进行序列同源性分析,PHYLIP软件绘制基因进化树。结果表明,swCH189株的Y基因与国内9株典型HEV分离株间的核苷酸序列同源性为79.6%～91.8%,推导的氨基酸序列同源性为91.4%～98.85%。基因进化树显示swCH189与基因Ⅳ型swCH25株亲缘关系最近,在同一分支上,属于基因Ⅳ型。     

屠宰猪肝和血清中乙型肝炎病毒及戊型肝炎病毒的检测

应用1对乙型肝炎病毒（HBV）S基因保守区的引物，采用PCR方法从屠宰猪肝、血清中检测到了HBV，序列分析表明，扩增片段与已发表的HBVS基因的同源性高达98％～100％。电镜负染色样品观察结果表明，在HBV表面抗原ELISA检测强阳性反应的血清样品中存在有形态、大小与人HBV Dane颗粒和小球状颗粒相似的病毒粒子。针对戊型肝炎病毒（HEV）（）RF2／ORF3重叠区设计了简并引物，采用巢式RT-PCR对屠宰猪肝和血清样品进行了检测。结果表明，部分屠宰猪肝中存在HEV。     

2015年-2016年度南宁部分地区猪戊型肝炎病毒基因型分析

为了解广西猪群中戊型肝炎病毒(HEV)基因型,利用套式RT-PCR用对南宁周边猪场采集到的104份新鲜猪粪便进行HEV检测、分离并成功扩增和克隆了11株阳性毒株的ORF2基因部分保守片段.序列测定结果表明,11株HEV ORF2序列自身核苷酸同源性为97.7%~100%,推导编码的氨基酸同源性为97.9%~100%;与4型HEV代表毒株Ch-S-1、Ch-T11、swGX40等的核苷酸同源性为84.6%~90.6%,而与其他各型之间的同源性较低.系统发育进化树结果表明,11株HEV广西株为基因4型,其中,10株HEV为4a亚型,1株毒株为4e亚型.结果表明,广西猪群中流行的HEV均为基因4型,且以4a亚型为优势流行毒株.     

猪戊型肝炎病毒单克隆抗体的抗原识别位点分析

采用ELISA叠加试验,对6株具有ELISA反应特性的猪戊型肝炎病毒(SHEV)单克隆抗体(McAb-αC11、αC12、γH1、γF8、BC4和CH8)的抗原识别位点进行检测。抗体反应增值结果表明,6株单抗分别针对4个不同抗原位点,McAb-γH1,BC4,CH8识别的位点各不相同,其中McAb-γH1、BC4识别的位点有部分重叠,McAb-αC11、αC12,γF8识别同一位点,位于γH1,BC4识别位点的重叠区内。     

猪戊型肝炎病毒研究进展

猪戊型肝炎是由戊型肝炎病毒（HEV）感染引起的经肠道传播的急性病毒性肝炎,主要通过粪口途径传播。而戊型肝炎病毒是近年来发现的一种新型病毒。     

江西部分地区猪粪便戊型肝炎病毒核酸检测及序列分析

采集江西省A猪场2～3月龄猪粪便40份,B猪场2～3月龄猪粪便40份,利用反转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)RNA,结果表明,A猪场7份样品为阳性,阳性率17.5%.B猪场10份样品为阳性,阳性率25.0%.总阳性率21.3%.对4份PCR扩增阳性产物进行纯化并测序,利用生物学软件进行序列分析和进化树绘制,4个分离株ORF2 348 bp同源性为92.1%～97.5%,为同一基因型,与HEV1、HEV2、HEV3同源性分别为70.7%～77.4%、72.5%~75.7%和71.6%～76.8%,与HEV4型的同源性79.2%～83.9%.4个分离株与HEV4型的代表株T1在同一分支上,属基因4型.与中国大陆6株猪源HEV比较,同源性为79.0%～87.3%,提示中国大陆猪源HEV的基因型比较一致,同属HEV 4型.     

猪戊型肝炎病毒的快速检测方法

猪是戊型肝炎病毒fHEVl的储存器,最近研究表明该病毒从猪到人跨物种传染。HEV大多通过未煮熟的肉或者内脏传播,本研究建立了一步RT—LAMP快速检测猪戊型肝炎病毒。设计ORF3基因特异性的引物,RT—LAMP的检测敏感性为101拷贝／txLRNA模板,比RT—nPCR检测方法敏感10倍。     

大庆市猪戊型肝炎病原基因型分析

猪戊型肝炎病毒(H EV)是一种无囊膜的正链单股R NA病毒,直径为27～32nm,表面粗糙,呈不规则球形。H EV基因组全长大约为7.3kb,具有3个互相重叠的开放阅读框架即O RF1、OR F2和O R F3,并且5'端有27个核苷酸的非编码区,3'末端为非结构区。H EV通过喝了污染水而经粪便-口腔途径传播。最近有人从猪血清中检测到抗H EV抗体,并克隆出戊肝人肝炎病毒基因,因此认为戊型肝炎是一种人畜共患性疾病。本研究使用通用引物对来源于猪粪便中的H EV进行了序列分析,以期确定该地区猪群中流行的H EV的基因型,以便更深入的分析猪源H EV与人源H EV…     

广东省两株猪源戊型肝炎病毒的分离鉴定及其全基因序列分析

为进一步了解广东省近年猪戊型肝炎病毒(HEV)基因组特点及其演化情况,本研究于2010年～2011年间从广东省不同地区猪场收集的69份病猪胆汁样品中,分离得到两株猪源HEV(命名为SS19和ZS11).采用通用引物通过PCR方法扩增病毒的全基因序列.应用DNAStar和MEGA 5基因分析软件,将分离株与24株不同基因型的HEV参考序列进行核苷酸全序列比对和遗传进化分析.结果显示,分离的两株猪源HEV SS19和ZS11的核苷酸序列相似性为95.6％,两个病毒分离株与基因Ⅳ型HEV各参考病毒株核苷酸序列最为接近,其相似性分别为83.2 ％～94.5％和83.6 ％～94.6％,并且均属于基因Ⅳ型HEV.实验结果表明,广东省HEV流行病毒株仍以基因Ⅳ型为主,病毒株之间存在一定的地域局限性.     

检测猪戊型肝炎病毒的荧光定量PCR方法的建立

根据GenBank中猪戊型肝炎病毒的ORF2核苷酸序列的保守区域设计合成一对特异性引物,建立了一套SYBRGreen Ⅰ荧光定量PCR检测猪源戊型肝炎病毒(swHEV)的方法,并评价了该方法的灵敏度、稳定性和特异性,同时与常规的RT-nPCR进行对比分析.结果表明,建立标准曲线的相关系数为0.998,斜率为-3.039,Ct值变异系数(CV)在0.17％～1.41％之间,有良好的稳定性.同时在检测猪群常见病中显示出很好的特异性,并且比RT-nPCR更灵敏,适合于swHEV的检测.     

猪戊型肝炎病毒液相蛋白芯片检测方法的建立

构建了ORF2蛋白原核表达体系Rosetta-pMAL-c5X-ORF2,经IPTG诱导表达后,对重组蛋白进行SDSPAGE和Western blot分析,并采用镍柱亲和层析法进行纯化,以该蛋白为抗原建立液相蛋白芯片检测方法。结果显示:本试验成功表达了可溶性ORF2蛋白,具有良好的抗原性。液相蛋白芯片检测方法对猪常见的其他疾病阳性血清无交叉反应,其批内、批间变异系数分别为5%和6.6%。对102份临床血清样本检测结果显示,该方法与商品化ELISA试剂盒符合率为93.1%,关联性卡方检验显示2个方法具有一致性(P<0.01)。本试验为临床HEV血清抗体的检测提供了一种特异、灵敏的新型快速检测技术,为建立猪病多重检测方法提供了基础。     

猪戊型肝炎病毒吉林地区分离株全基因序列的分析

为了了解吉林地区HEV分子背景和流行特征,对2013年采自吉林地区养殖场的毒株编号为Ch-S-1的Ⅳ型戊型肝炎病毒(HEV)的全基因序列进行了分析。通过提取病毒RNA,采用RT-PCR方法分段扩增HEV全长基因,两端采用RACE法扩增,经过序列测定和拼接,利用ClusterX1.81、MEGA3.0、Phylop win 3.0软件分析基因序列。最终得到了HEV Ch-S-1全长基因组(GenBank登录号EF077630,7 261bp),其中ORF1、ORF2和ORF3分别编码1 706,674,114个氨基酸。与人源及猪源各基因型HEV相比,Ch-S-1与基因Ⅰ~Ⅲ型的ORF1片段同源性在78.8%~86.9%之间,而与基因Ⅳ型的ORF1片段同源性在93.7%~97.6%。Ch-S-1与基因Ⅰ~Ⅲ型的ORF2片段同源性在87.5%~92.4%之间,而与基因Ⅳ型的ORF2片段同源性在95.9~98.2%。Ch-S-1与基因Ⅰ~Ⅲ型的ORF3片段同源性在75.2%~84.0%之间,而与基因Ⅳ型的ORF3片段同源性在97.5%~99.2%。结果表明:HEV Ch-S-1全序列的基因结构特征与HEVⅣ型基本一致。     

上海及新疆地区猪戊型肝炎病毒开放阅读码框架2序列的克隆与分析

通过已建立的动物戊型肝炎病毒（Hepatitis E virus,HEV）RT-nPCR方法,检测上海地区和新疆地区猪群样品。扩增HEV开放读码框架2（open reading frame 2,ORF2）保守区,产物为507 bp。经克隆、测序,获得20株上海株、3株新疆株序列,采用分子生物学软件与47株已知HEV进行同源性、进化关系分析。结果23株序列从同源性比对和进化关系分析均属HEVⅣ型,上海株间507 bp的核苷酸同源性为94.1%~100.0%,与上海猪源（DQ450072）、日本人源Japan1（AB369690）亲缘关系近;3株新疆株507 bp间的核苷酸同源性为86.1%~98.2%,与新疆猪源China SW1（AY594199）、中国人源T1株（AJ272108）亲缘关系近;上海株与新疆株间的核苷酸同源性为82.6%~100.0%,提示上海株与新疆株间存在差异。23株HEV在时间和地域关系分析,提示不同年份的新疆株存在差异,同年份不同猪场的新疆株进化关系存在差异,不同年份、不同区县的上海株进化关系也存在差异。     

基因3型猪戊型肝炎病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

对GenBank中基因3型猪戊型肝炎病毒(HEV)代表毒株基因进行序列分析,最终选定ORF3基因的部分序列为目的基因,运用生物信息学软件设计特异性引物和探针,扩增获得目的片段,并构建重组载体pUC-19-ORF3。梯度稀释重组质粒制备标准品,初步建立检测基因3型HEV的实时荧光定量PCR方法。对建立的检测方法进行特异性、敏感性和重复性验证。结果表明,标准品浓度在10~8~10~2 copies/μL范围内线性关系良好,相关系数为0.996。特异性试验结果显示,其它几种常见猪病病原体(猪流行性腹泻病毒、猪轮状病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒)未见典型扩增曲线。敏感性试验证实本方法的最低检测下限为10~1 copies/μL。重复性试验表明该方法对3个标准品检测结果的批内和批间变异系数低于2%。用该方法抽检59份进境猪肉样品,同时用普通RT-PCR方法对这些样品进行符合性试验,结果均为阴性。本研究所建立的检测方法不仅适用于进境猪肉样品中基因3型HEV的监控检测,而且还可用于基因3型HEV的早期临床诊断及分子流行病学调查。     

猪戊型肝炎病毒最新研究进展

戊型肝炎（Hepatitis E）是由戊型肝炎病毒（Hepatitis Evirus,HEV）引起的以黄疸为主的急性病毒性肝炎。戊型肝炎主要经粪一口途径传播,有流行和散发两种形式。流行主要发生在亚洲、非洲、美洲等发展中国家,因水源被污染引起。散发则主要发生在欧美一些发达国家。