60份红麻种质资源ISSR和RAPD的聚类分析

本文利用ISSR和RAPD标记,对60份红麻种质资源进行聚类分析。结果表明:59条引物共扩增出455条清晰条带,多态性条带有368条,平均每条引物扩增出6.24条带,多态带的比率为80.9%。当在GSC=0.871处作切割线L1时,45份栽培品种分成一大类群,15份野生半野生品种聚为另一大类群;在GSC=0.882处作切割线L2时,45份栽培品种构成的大类群可再细分为四个亚群。60份供试材料间的GSC在0.457-0.971之间,栽培种内的GSC在0.821-0.971之间;说明不同地域的种质的选择在遗传多样性发挥重要作用,有助于分子辅助育种。     

橡胶树抗寒种质遗传多样性分析

应用RAPD和ISSR技术对20份橡胶树抗寒种质进行遗传多样性分析。结果表明，16个RAPD引物和12个ISSR引物分别扩增出条带113和101条，多态性条带指数(PPB)分别为61.1%和63.4%。据Nei-Li相似系数，ISSR标记在相似系数约0.74处，可将20份材料分为野生种质和栽培种质两大类；RAPD标记在相似系数约0.70处，也可将供试材料分为野生种质和栽培种质两类，但只有XJ002420为野生种质。对2种标记的分析结果进行相关分析，结果表明，RAPD和ISSR所检测的遗传相似系数呈极显著正相关，相关系数为0.672。以上结论表明，RAPD和ISSR标记可用于橡胶树种质资源的遗传多样性研究，但鉴于ISSR较RAPD有更强的多态性检出能力，ISSR技术应作为遗传多样性研究的首选单引物标记。     

橡胶树EST-SSRs发掘研究

随着橡胶树大量ESTs序列的产生,为EST-SSRs发掘提供了丰富的公共序列资源.本研究首先将11 809条橡胶树ESTs组装成3 932条非冗余序列,其中323条ESTs检索到SSRs 358个,SSRs出现的频率为9.1%.SSR重复单元共93种.其中二核苷酸重复(57.5%)、三核苷酸重复(26.0%)和六核苷酸重复(12.8%)占所有重复单元的96.3%.对323条SSR-ESTs进行特异扩增弓l物设计,共获得158对引物,对48份包括31份魏可汉种质、12份1981'野生种质、2份色宝橡胶、2份光亮橡胶和l份少花橡胶扩增,其中60对引物扩增出l条预期长度DNA片段,占所有设计引物的38%,并筛选到40对具有多态性的引物.EST-SSRs标记的发掘为巴西橡胶树分子辅助育种、种质资源功能遗传多样性分析等研究提供了良好的标记.     

利用SSR分子标记研究花生属种间亲缘关系

以5份花生栽培种资源和花生属六个区组的19份野生种资源为研究材料，通过SSR分子标记技术分析其DNA多态性并进行聚类分析。大多数从栽培种基因组分离出的SSR引物能在野生种中扩增出DNA片段，共筛选出21对多态性SSR引物；每对引物在花生基因组中扩增出的条带数为1～13条，在供试材料中扩增出的总条带数为5～40条，平均18.1条，其中多态性条带为4～40条，平均18.0条；SSR引物的多态性指数为0.92～9.04；供试材料间的遗传距离为0.33～0.91，平均0.76。结果表明，大多数花生SSR引物为多位点引物，花生属种间种质存在丰富的DNA多态性， A. duranensis是花生栽培种（A. hypogaea L.）的野生种亲本之一，与花生区组野生种亲缘关系最近的是异形花区组，最远的是大根区组。     

湖北巴东县野生茶树种质资源遗传多样性及种群结构亲缘关系分析

野生茶树种质资源具有较高的遗传多样性,是开展茶树品种选育的优质基因库。收集了来自湖北省巴东县的26份野生茶树资源,利用简单重复序列（Simple sequence repeat,SSR）分子标记并结合对照栽培型茶树品种对野生茶树资源的遗传多样性及种群结构等进行分析。结果如下：（1）16对引物在供试材料中共扩增得到82个等位位点,每对引物扩增所得的等位基因范围为3～8个,平均检测出等位位点5.12个,有效位点数量3.65个,香农多样性指数平均值1.378。（2）从16对引物中筛选出6个核心引物位点,可对26份野生茶树进行有效检测并鉴别。（3）UPGMA进化树将48份材料分为7个类别,野生茶树与栽培型茶树能通过SSR标记进行有效划分;进一步种群遗传结构分析发现26份野生茶树可分为2个亚群。（4）依据生化成分含量,筛选得出2份高EGCG含量的茶树种质资源及2份适制红茶的茶树种质资源。研究结果显示,巴东野生茶树多样性丰富,种群内部遗传变异高,为进一步保护、开发和利用巴东野生茶树种质资源奠定了基础。     

利用SSR引物分析西藏青稞种质资源的遗传多样性

为了评价西藏青稞种质资源的遗传多样性,用260对SSR引物对来自青藏高原主要农区的75份青稞育成品种、17份野生大麦、39份青稞地方品种和44份国外大麦材料的遗传多样性进行了分析.结果表明,从260对SSR引物中筛选出23对多态性高的引物,占筛选引物的8.1％.23对SSR引物在西藏野生大麦中共扩增出稳定、清晰的条带92条,多态性条带为81条,其比例为88.04％;在西藏青稞地方品种中共扩增出稳定、清晰的条带89条,多态性条带为78条,其比例为87.6％;在青稞育成品种中共扩增出稳定、清晰的条带109条,多态性条带98条,其比例为89.9％;在引进材料中共扩增出稳定、清晰的条带64条,多态性条带53条,其比例为82.8％.遗传多样性分析结果为青稞育成品种(0.9882)＞西藏野生大麦(0.8033)＞西藏青稞地方品种(0.5820)＞国外大麦材料(0.4218).聚类与主坐标分析表明,实验材料可以清楚的分为4类,西藏野生大麦分在两个类群,西藏青稞地方品种分在两个类群,引进大麦材料分在一个类群,青稞育成品种分在四个类群.同一来源地区的青稞育成品种遗传基础较为狭窄,不同地区间的青稞育成品种遗传差异较大.以上结果说明,在西藏青稞新品种选育和遗传改良中,在发掘和利用西藏野生大麦资源、西藏青稞地方品种资源的同时,更应该加强不同地区青稞育成品种资源的交换和配合使用.     

索引

利用SCoT分子标记对47个菌草种质资源进行遗传多样性分析。从20个SCoT引物中筛选出10个扩增效果好的引物，对47份菌草种质材料的DNA进行PCR扩增,共获得282个多态片段。结合UPGMA聚类分析方法，算出47份种质材料间的遗传相似系数(SM)在0.77-0.96，所有47份材料被区分开来，在遗传相似系数为0.815时，47份材料可分为5大类群。研究结果表明，SCoT分子标记技术可有效用于菌草资源的遗传多样性分析。     

龙生型花生中的微卫星变异研究

本研究用24份龙生型花生资源作研究材料,采用31个微卫星标记引物检测其分子水平上的遗传变异,其中13个引物能在龙生型花生基因组中扩增出多态性DNA片段.研究结果表明,在龙生型花生基因组中,一对SSR引物可扩增出2条以上的DNA片段,扩增片段数最多的是Pm36,在24份龙生型花生资源中扩增出16个大小不同的DNA片段;由这些多态性标记检测出的遗传距离,平均为0.17,最高为0.33,最低为0.03,但能区分所有的24份资源.对分子标记在花生育种和资源鉴定上的利用前景进行了分析讨论.     

65份枇杷种质资源的RAPD分析

利用RAPD技术对65份有代表性的枇杷种质资源进行了遗传亲缘关系及分类研究。从所筛选的Sangon引物中选取16个10个碱基的随机引物对65份枇杷种质资源的基因组DNA进行扩增,共产生210条谱带,其中多态性谱带为210条(100%),表明65份种质资源具有丰富的多态性。各种质间的遗传距离为0.046～1.000,并根据遗传距离,利用UPGMA构建了亲缘关系树状图。在当D=0.847时,65份种质资源可分为两大组第1组为非栽培品种,包括7号(栎叶枇杷)、1号(贵州野生)、5号(台湾枇杷)和8号(海南野生),第2组为栽培品种,这与传统分类法是一致的;但在栽培组中,各分组的聚类结果,与传统的中国枇杷品种常用的分类方法有所不同。     

红麻种质资源遗传变异和亲缘关系的 RAPD分析

用随机扩增多态 DNA(RAPD) 方法对红麻种质资源的遗传变异和亲缘关系进行分析.6个引物对14份日本使用的红麻品种扩增出总共 30条 RAPD多态性条带.根据 RAPD图谱模式可将红麻品种区分开来,区分范围从 6份(用 OPA- 20引物扩增 ) 到 12份(用 OPA- 11引物扩增 ) 的品种.用这 30条多态性条带构建出的聚类分析树状图,将这 14份红麻品种聚成源于印度、中国、越南的三大类.在随后进行的用四个引物对 19份从美国引入的红麻种质资源的 RAPD分析中,获得以 35条多态性条带为基础的 RAPD图谱并构建了树状图.结果认为这 19份材料的大部分源于 EI Salvador种系.起源相近或亲本来源相同的红麻品种资源随着时间、环境和人为等因素的影响农艺性状不断变异,但在 DNA分子水平上的变异相对较小.根据红麻的农艺性状等很难判定品种的来源,而 RAPD方法可区分鉴定品种以及明确品种资源间的亲缘关系.     

不同因子对黄秋葵毛状根生长的影响

目的探讨不同因子对黄秋葵毛状根生长的影响。方法利用增殖倍数法测定毛状根的生长．从而明确各因子对黄秋葵毛状根的影响。结果3％蔗糖浓度最适宜毛状根的生长。0．5mg／L6-BA对毛状根有一定的抑制作用，0．5mg／LNAA、IAA对毛状根有一定的促进作用。尤其是0．5mg／LIAA培养的毛状根增殖倍数更为显著。MJA对毛状根生长有抑制作用，SA对毛状根的生长没有明显的影响。结论不同因子不同程度地影响了毛状根的生长，为进一步筛选适宜的黄秋葵毛状根培养体系奠定了基础。     

海南主栽芒果品种基因组DNA的RAPD分析

采用６个随机引物对海南岛主栽的１０个芒果品种进行ＲＡＰＤ研究,共扩增出３２５个ＤＮＡ片段,其中清晰可辨,重复的有２０１条,占６１％;检测出不同品种的ＲＡＰＤ标记,计算了各品种间的相似系数;初步确立了ＲＡＰＤ技术进行芒果ＤＮＡ指纹图谱构建的研究体系。     

不同感温性甘蓝型冬油菜DNA甲基化差异及At4g02000-like结构预测

为研究甘蓝型冬油菜(Brassica napus L.)在低温胁迫后DNA甲基化水平及模式的变化情况,以强抗寒的15TS306和14NS52-3等13个甘蓝型冬油菜为材料,利用甲基化敏感扩增多态性技术,选用12对引物组合对低温(4℃)胁迫后的冬油菜DNA甲基化水平及模式的变化情况进行检测,并对差异片段进行序列比对及克隆。结果发现:低温胁迫后,弱抗寒的14美切实7、14美切实16、14美切实20、14美切实3和美切实38等品系DNA甲基化水平有所升高,且具有较高的甲基化程度;而强抗寒的15TS306、14NS52-3、15TS309、14NS54-7和15TS312等品系去甲基化程度较高。经过对22条DNA甲基化特异片段的序列分析,有16条片段序列与已知和假定功能的酶及蛋白具有同源性,其中以At4g02000-like蛋白变化最为明显。克隆及生物信息学分析显示,At4g02000-like蛋白等电点9. 20,相对分子质量38. 89kD。甘蓝型冬油菜受低温胁迫后,抗寒性强的品种DNA甲基化水平降低,以去甲基化为主;抗寒性弱的材料DNA甲基化水平升高;而且油菜对低温环境的适应性与某些特定基因不同的甲基化模式密切相关。     

应用RAPD技术分析变叶木品种间遗传关系

采用随机扩增多态DNA（RAPD）技术分析7个变叶木（CodiaeumVariegatum）品种间的遗传关系。用15个单引物共扩增出85个DNA片段,其中清晰可辨、重复的片段有64个,占总数的75．3％。7个品种特有的RAPD标记被检测出,这些标记可作为区别不同品种的重要性状。     

大豆抗旱种质资源遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD技术对45个不同抗旱程度的大豆种质进行遗传多样性分析.从115条随机引物筛选出10条重复性好、扩增条带清晰的引物,然后对45个品种基因组DNA进行扩增,结果共扩增出86条片段,其中同源片段17条,占带总数的19.8%,多态性片段69条,占片段总数的80.2%,平均每条引物扩增出多态性片段6.9条,大部分片段介于200～2000 bp之间.利用NTSYS-Pc软件计算品种间遗传相似系数(GS)和遗传距离(GD),45个品种之间的遗传相似系数介于0.3818～0.9038之间.在GD=0.38处,将45份抗旱性不同的大豆品种分成3大类,第一类有40个品种,占品种总数的90%,第二类包含2个品种,分别是低抗旱的6178和不抗旱的大白眉,第三类有3个品种,分别是不抗旱的Fayette、牛毛黄和90～1105.在GD=0.29处,第一大类群又按照抗旱性的高低分别聚成高抗旱、中抗旱、低抗旱、不抗旱等10个亚类群.聚类结果反映出品种间关系与地理起源、表型形态等具有一定的相关性.     

海南槟榔黄化病病原物的分子鉴定

槟榔黄化病是槟榔上的一种重要病害,如何快速检测该病原菌是防治该病的重要基础。利用植原体16SrDNA通用引物对海南感染黄化病的槟榔花苞总DNA进行巢式PCR扩增,获得约1.2kb的特异片段,并对扩增产物进行核苷酸序列测定。通过BLAST程序比较、系统进化树构建及iPhyClassifier分析表明,引起海南槟榔黄化病病原植原体属于翠菊黄化植原体组(16SrⅠ组),且为该组中一个新的亚组,即G亚组,现将其暂命名槟榔黄化植原体(Arecanut yellow leaf phytoplasma,AYL)。     

油梨基因组DNA的提取及RAPD分析

用改进的ＳＤＳ法提取油梨基因组ＤＮＡ,即在细胞核被裂解之前,先去除细胞质中的酚类物质和蛋白质,然后用ＳＤＳ裂解细胞核,异丙醇和乙醇沉淀ＤＮＡ,成功地从油梨叶片中提取和纯化了ＤＮＡ。以１０个油梨品种的基因组ＤＮＡ为模板,４０个随机引物进行ＲＡＰＤ分析,结果表明,大部分引物可以在不同模板上扩增出条带,但仅有７个引物可以同时在１０个品种的油梨ＤＮＡ上扩增出条带;用ＲＡＰＤ结果对１０个油梨品种进行聚类分析,基本符合传统分类观点。     

Development and Application of SCAR Markers for Discriminating Cytoplasmic Male Sterile Lines from Their Cognate Maintainer Lines in Indica Rice

The DNA fragments about 1 600 bp were amplified using random amplified polymorphism DNA (RAPD) primer OPA12 with the templates of mitochondrial DNA of Zhenshan 97A and Zhenshan 97B,and were sequenced.The nucleotide sequences and lengths of the fragments from Zhenshan 97A and Zhenshan 97B showed no difference.The precise length of the fragment was 1 588 bp.Sequence characterized amplification region (SCAR) primers were then developed to discriminate the cytoplasmic male sterile (CMS) lines and their maintainer lines.A specific 1 588 bp fragment could be amplified with SCAR primers,CHI19F2/CHI19R2 and CHI20F3/CHI23R3,in the mitochondrial DNA of Zhenshan 97A,but not Zhenshan 97B.Furthermore,the specific fragment could be also amplified from the total DNA from green leaf tissues of Zhenshan 97A with SCAR primers,but not Zhenshan 97B.With the corresponding primers,the specific fragment could also be amplified from the total DNA of green leaves of other two CMS lines with wild abortive type cytoplasm (CMS-WA),namely Zhenpin A and Tianfeng A,but not in their maintainer lines.Moreover,using total DNA as template,each of the four pairs of SCAR primers could also be used to amplify the 1 588 bp fragment in CMS-ID (Indonesia paddy type) line Ⅱ-32A,but not in II-32B,and the specific fragment was amplified from the DNA of both F1 and F2 seedlings of Shanyou 63.The results of detecting the genetic purity of a man-made mixture of the seeds of Zhenshan 97A using CHI20F3/CHI23R3 were completely consistent with the phenotypes.Taken together,these results indicated that the specific 1 588 bp-fragment amplified by CHI20F3/CHI23R3 was the unique amplification products of CMS mitochondrial DNA,and could be used to distinguish CMS-WA and CMS-ID lines from their corresponding maintainer lines at the seedling stage.