基于SSR分子标记分析海南地区甘薯种质材料的亲缘关系

[目的]分析海南地区甘薯种质材料间的亲缘关系,为海南地区甘薯种质资源的鉴定、引进和分子育种提供理论依据.[方法]从海南省及周边地区收集甘薯种质材料,从中筛选出长势较好的64份甘薯种质材料,利用30对SSR引物对其DNA进行PCR扩增,并进行UPGMA聚类分析及遗传距离分析,以期阐明其亲缘关系.[结果]30对引物共扩增得到161个清晰条带,其中多态性条带为135个,多态条带百分率达83.9%,平均每对引物扩增5.37个等位基因,各引物的多态信息含量(PIC)为0~0.75,平均为0.44.聚类分析结果表明,64份甘薯种质材料间的遗传相似性系数为0.74~0.98,平均为0.78,在遗传相似性系数0.75处可分为I、II和III三大类,86%甘薯种质材料归为第I类,遗传相似性系数总体较高;大部分采自海南的未知甘薯种质材料与采自江苏的材料关系较远,来自同一地区的材料分散于各个分支,无明显的地域性.64份甘薯种质材料间的遗传距离为0.02~0.37,平均为0.22,遗传距离整体较近.[结论]海南地区甘薯种质资源间的亲缘关系较近,遗传背景狭窄,可能是海南地区高温高湿、高光照等气候条件自然选择的结果.海南地区可适当引进亲缘关系较远的优质甘薯品种,促进种质创新,丰富海南甘薯的遗传资源.     

基于形态学与SSR标记的甘薯种质资源遗传多样性分析

通过对多个甘薯种质资源的17个表型性状进行调查和通过SSR分子标记,进行主成分分析和聚类分析,进而对甘薯种质资源遗传多样性进行了全面分析。主成分分析结果显示,有7个主成分的特征值大于1,累计贡献率达72.69%,主成分1和2直观反映了地上部性状,可以解释表型差异的32.84%;聚类分析显示,144份甘薯材料在遗传距离0.198 2处,划分为5个族群,遗传距离0.298 8处将第Ⅴ族群分为两个亚群（V-1、V-2）。其中,瓦尔图努2号和福建武平农家种两个材料表型独特,可以在今后的甘薯育种中作为亲本材料。聚类分析结果显示,144份甘薯材料均可以分为5个类群,两者结果一致,即来源地相近的品种遗传差异较小。     

82份春小麦种质资源遗传多样性的SSR分析

利用41对SSR引物对82份春小麦种质资源进行遗传多样性分析。供试引物的平均等位位点数为10.93个,引物多样性指数(Hi)变异为0.251 2～2.995 8,多态性信息量(PIC)为0.676 534～0.950 860;选用Xgwm、DP、Wmc和Xbarc 4个系列的SSR引物,不同类型SSR引物的多态信息含量、多样性指数、平均等位位点数间有较大差异。表明,选用合适的引物类型,对遗传多样性研究有重要的意义;在遗传距离0.39处,供试材料通过SSR标记聚类分析可被分成7个大类19个亚类。     

利用SSR 分子标记分析海南与国内外花生 种质资源的遗传多样性

为弄清海南花生种质资源与国内外花生种质资源的遗传多样性及亲缘关系,创新利用海南花生 资源,用18 对SSR 引物评价了海南和国内外45 份花生种质资源,平均每对引物扩增多态性条带1.7 条,平 均多态性信息量（PIC）为0.459;居群遗传多样性分析显示,山东和海南文昌居群的遗传多样性最高,其次 是河南居群,遗传多样性最低的是海南儋州居群;16 个花生居群总遗传多样性主要来自于居群间的遗传变异 （72.46%）,居群间的基因流动（Nm=0.1900）较少;居群和种质资源聚类分析结果基本一致,亲缘关系与地 理位置关系不大。     

湖南甘薯品种遗传多样性的SSR分析

利用SSR分子标记对来自湖南31份甘薯品种进行遗传多样性分析,探讨了湖南甘薯地方品种与育成品种之间的遗传多样性.结果表明:12对SSR引物扩增出74个等位基因位点,平均每对引物获得6个等位基因位点.湖南甘薯育成品种间遗传距离为0.272 7～0.894 7,平均0.511 5;湖南甘薯地方品种间遗传距离为0.288 1...     

67份枇杷属种质资源遗传多样性的SSR分析

利用从枇杷上开发的SSR引物对67份枇杷属种质资源进行了遗传多样性分析.从59对引物中筛选出17对 多态性较高且稳定的引物,17对引物共扩增出53条谱带,每对引物扩增2至6条谱带,平均扩增3.12条.供试材 料相似系数介于0.53~1.00之间,平均多态信息含量(PIC)为0.436,平均观察等位基因数为3.118,平均有效等 位基因数为2.166,平均Nei’s基因多样性为0.507,平均Shannon信息指数为0.821,平均观测杂合度为0.637,平 均期望杂合度为0.511,表明供试材料具较丰富的遗传多样性.聚类分析表明,可将67份材料分为4类,野生品种 和栽培品种在聚类结果中没有被区分开,但是绝大多数是被区分开的.栽培枇杷也没有因果肉颜色而分别聚类.此 外,对野生枇杷和栽培枇杷中部分材料的分类作了探讨.     

25份普通烟草种质资源遗传多样性的SSR标记分析

利用14对多态明显、条带清晰的烟草SSR引物,对25份烟草种质资源进行亲缘关系与遗传多样性分析.在14个SSR位点上,共检测到97个等位基因,平均每对引物等位基因数为6.9个.引物的多态信息量(PIC)值为0.53-0.815,鉴别能力良好.25份烟草种质间的遗传相似系数(GS)为0.701-0.959,平均值为0.787.聚类分析表明,25份普通烟草种质间的遗传差异与其品种特性、调制类型、地理来源的差异没有必然联系,但能较好地反映烟草种质间亲缘关系的远近.     

基于SSR分子标记的78份核桃种质资源遗传多样性分析

以78份核桃农家品种及栽培种为材料,利用SSR分子标记技术,从25对SSR引物中筛选出8对引物对78份核桃资源的遗传多样性进行分析,为核桃种质资源保存和利用、培育核桃优良新品种提供参考依据。结果显示:共检测到55个多态性位点,平均每个位点检测到的等位基因数为6.875个,等位基因的变化范围为1～16个,每个SSR位点的多肽信息含量(PIC)在0.075～0.228,平均为0.151。基于遗传相似系数,利用UPGMA方法进行聚类分析,结果显示供试材料之间遗传相似系数介于0.605～1.000,当遗传系数为0.704时,可将78份资源分为5部分,分析发现栽培种与农家品种以及不同地理来源的核桃品种界限不明显,存在相互渗透的现象。78份材料间遗传距离较小,平均为0.23,遗传相似度高。用Structure 2.2分析群体结构发现最佳亚群体数为2,分别包含25和53份核桃资源。     

基于SSR分子标记的78份核桃种质资源遗传多样性分析

以78份核桃农家品种及栽培种为材料,利用SSR分子标记技术,从25对SSR引物中筛选出8对引物对78份核桃资源的遗传多样性进行分析,为核桃种质资源保存和利用、培育核桃优良新品种提供参考依据。结果显示:共检测到55个多态性位点,平均每个位点检测到的等位基因数为6.875个,等位基因的变化范围为1～16个,每个SSR位点的多肽信息含量(PIC)在0.075～0.228,平均为0.151。基于遗传相似系数,利用UPGMA方法进行聚类分析,结果显示供试材料之间遗传相似系数介于0.605～1.000,当遗传系数为0.704时,可将78份资源分为5部分,分析发现栽培种与农家品种以及不同地理来源的核桃品种界限不明显,存在相互渗透的现象。78份材料间遗传距离较小,平均为0.23,遗传相似度高。用Structure 2.2分析群体结构发现最佳亚群体数为2,分别包含25和53份核桃资源。     

甘薯种质资源在海南的收集与评价

为高效创新利用甘薯种质资源,对海南收集的216份甘薯种质生物学特性的评价结果表明,来源于不同地域的甘薯种质有明显差异,同地域的种质比较类似,应鼓励使用远缘亲本进行杂交育种。由于大部分甘薯种质存在低产、低干率、食味差和外观缺陷,因此,在未来的甘薯选育中,应注重高产、高干率、食味优等指标,以及薯形、薯皮和薯肉的颜色等商品性状。     

海南省甘薯产业发展调研报告

对海南省甘薯产业现状进行调研,分析总结甘薯产业发展现状及存在的问题,提出发展海南省甘薯产业的建议。     

紫色甘薯资源的形态学和ISSR荧光标记分析

【目的】分析紫色甘薯品种的遗传多样性,其遗传差异,为紫色甘薯遗传育种亲本选择提供理论依据。【方法】以引进的10份紫色甘薯为材料,利用形态学性状和ISSR 荧光标记毛细管电泳技术分析品种遗传多样性。【结果】基于20项形态学性状的聚类图,在欧式距离为9.97处,可分为两大类群,第一大类为宁紫1号、山东紫薯、渝紫2号、徐紫8号、越南紫薯 ;第二大类为鄂12、宁紫4号、渝紫3号、渝紫11、南紫018 。紫色甘薯种质资源的观测等位基因为(Na)为2个,平均有效等位基因数(Ne)为1.919 0,期望杂合度(He)为0.237 5,香农指数(I)为0.433 3,在遗传距离为0.96时,10份供试紫色甘薯材料可分为两大类。【结论】部分供试材料的ISSR标记聚类结果与形态学标记在遗传背景和类群划分上具有一致性,但是两种鉴定分类方法的聚类分析结果也存在一定差异。紫色甘薯种质材料遗传多样性丰富,将形态学及ISSR标记结合能有效提高品种间特异性的鉴定,更能客观、准确的确定种质资源的亲缘关系。     

甘薯新引品种耐贮藏性试验分析

对引进的甘薯良种徐薯22、徐薯18、渝I2-8、苏薯8号和板栗香甘薯5个品种的薯块放置于水泥地上进行耐贮藏性的对比试验。结果表明,徐薯22在自然条件下耐贮藏,且产量和品质均较好,玉溪市引种甘薯优良品种徐薯22,薯农能够增产增收。     

贵州甘薯种质资源的抗病性评价

以贵州的18份甘薯种质资源为材料,进行黑斑病和根腐病抗性的鉴定.结果发现：紫云红心薯对黑斑病和根腐病均表现高抗;道真白皮苕对黑斑病高抗,而对根腐病表现为抗病;晴隆红皮薯表现为对黑斑病和根腐病均抗病;其他材料表现不一.     

基于甘薯耐盐转录组测序的SSR和SNP特征分析

旨在对甘薯耐盐转录组中潜在的SSR和SNP位点进行挖掘及特征分析,以完善甘薯分子标记。试验以不同耐盐甘薯品种的转录组序列为基础,利用MISA、GATK软件分析了转录本中的SSR和SNP信息。结果显示,研究共获得SSR位点33192个,分布在24323条Unigenes中,出现频率为21.11%。其中,6271条Unigenes含有超过1个以上的SSR位点。SSR类型以单核苷酸重复SSR和双核苷酸重复SSR为主。在重复基元中,A/T和AG/CT所占的比例最高,为优势基元。在157252条Unigenes中共挖掘到SNP位点7691906个,分布密度为0.08个/bp。其中转换类型有4729922个,颠换类型有2961984个。在所有突变类型中,C/T和A/G含量最高,分别为占总数的32.34%和29.15%。综上所述,甘薯转录组具有较丰富的SSR和SNP标记,多态性较高,可为甘薯抗逆品种筛选、种质培育等研究奠定理论基础。     

基于表型性状与SSR标记的马铃薯种质资源遗传多样性研究

为明确176份马铃薯种质资源的遗传多样性,利用24个表型性状和16个SSR标记进行遗传多样性分析。24个表型性状的变异系数区间为10.20%~72.75%,平均为35.50%;多样性指数区间为0.18~ 0.77,平均为0.50;根据24个表型性状,对176份马铃薯品种（系）以非加权组平均法（unweighted pair group method analysis,UPGMA）进行聚类分析。结果表明,所有品种（系）可被分为7组,大部分品种（系）聚集在A组和C组。16个SSR引物在176份材料中共扩增出91个多态性位点,多态性比率为94.8%。SSR聚类结果表明,176份马铃薯材料被聚为8类。表型性状聚类与SSR聚类结果均表明,从同一地区引进的马铃薯材料亲缘关系相近,遗传差异较小。结合本试验结果与前人研究,进一步确定引物S25、S151、S174和S189可高效区分不同马铃薯种质资源,在今后借助分子育种手段以区分马铃薯种质资源遗传多样性的过程中可优先选择使用。研究表明,部分马铃薯材料的表型性状与SSR标记聚类结果在类群划分具有一致性,表型性状的差异在一定程度上能真实反映基因水平的差异,但表型性状不能从本质上反映马铃薯种质资源的遗传背景差异,因此在评价马铃薯遗传多样性时应当以SSR分子标记为主,表型性状分析为辅,二者结合用于评价马铃薯种质资源遗传多样性。本研究为马铃薯种质创新和遗传改良提供了参考依据。     

Analysis of SSR Fingerprints in Introduced Silkworm Germplasm Resources

Thirty-five SSR markers were used to construct 96 silkworm races fingerprint. All the SSR markers were polymorphic and unambiguously separated silkworm strains from each other. A total of 467 alleles were detected with a mean value of 13.34 alleles/locus （range 3-28）. The mean polymorphism index content （PIC） was 0.71 （range 0.299-0.919）. UPGMA cluster analysis of Nei＇s genetic distance grouped silkworm strains on the basis of their origin. The results indicated that SSR markers are efficient tools for fingerprinting cultivars and conducting genetic diversity studies in the silkworm.     

54份甜玉米自交系的SSR遗传多样性分析

利用SSR标记对54份甜玉米自交系进行了遗传多样性分析,从150对引物中筛选出了56对扩增条带清晰、稳定性好的引物.结果表明:56对引物在54份甜玉米自交系中共检测到155个位点的等位基因变异,平均每对引物检测出的等位基因变异为2.77个,变异范围为2～5个,平均多态性信息含量为0.42,变异范围为0.13～0.71.UPGMA聚类结果表明,可将甜玉米自交系划分为三大类,其划分结果与系谱分析基本一致.     

基于SSR标记的中国绿豆种质资源遗传多样性研究

【目的】分析中国栽培绿豆种质资源的遗传多样性、亲缘关系和遗传分化,为资源的有效利用、新基因的挖掘和新品种选育奠定基础。【方法】利用40对SSR引物对18个不同地理来源（共272份种质）的绿豆群体进行遗传多样性分析。【结果】共检测到125个等位基因,平均等位基因数（NA）为3.1个,平均有效等位基因数（NE）为1.8个,平均Nei’s基因多样性（H）为0.4233,平均多态性信息含量(PIC)为0.3497,平均期望杂合度（He）为0.4241,平均Shannon信息指数（I）为0.6754,比较发现,河北、山东和安徽是绿豆资源遗传变异较为丰富的地区;平均观测杂合度（Ho）为0.1001,种群内总近交系数（Fis）为0.6759,表明中国绿豆种质间存在一定程度地近交现象;18个参试群体整体水平上的基因流（Nm）值为0.6936,种群间遗传分化系数（Fst）为0.2649,遗传变异水平较高;基于Popgene软件的聚类结果可将272份参试个体聚为2大类,将18个参试群体分为3大类,群体间地理来源越近,亲缘关系也越近。【结论】中国绿豆种质资源遗传多样性较高;地理生态条件等对绿豆种质资源的遗传变异影响很大;群体间遗传分化较大,但同时也存在一定程度地近交现象。