哺乳中后期纯血马驹粪便细菌组成、丰度及多样性变化分析

【目的】旨在探究哺乳中后期纯血马驹粪便细菌组成、丰度及多样性的变化,为优化马驹哺乳期护理及高效、健康养殖提供参考依据。【方法】选取出生日期相近、体重(144.33±16.10)kg的哺乳中后期纯血马公驹5匹,进行60 d的饲养试验。于马驹断奶前(3、4和5月龄)使用无DNA酶管采集粪便样品,利用Illumina MiSeq高通量测序平台检测粪便样品中微生物多样性。【结果】(1)3、4和5月龄马驹粪便菌群中共有OTU为627个,特有的OTU数量分别为202、177和194个;3个阶段马驹粪便Chao1、ACE、Shannon和Simpson指数均无显著差异(P>0.05)。主成分分析结果显示,马驹粪便中的菌群群落差异较小,较为稳定。(2)3、4和5月龄马驹粪便的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)、放线菌门(Actinobacteriota)、疣微菌门(Verrucomicrobiota)和Patescibacteria等;优势菌科为毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)、动球菌科(Planococcaceae)、微球菌科(Mic...     

采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性

本试验旨在采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不添加抗生素的基础饲粮。分别于断奶当日及断奶后1、2和3周随机选取6只健康幼兔屠宰,无菌采集盲肠内容物,从中选取3个样本提取微生物基因组总DNA,采用Illumina MiSeq测序技术检测其中的微生物群落多样性。结果显示:1)健康幼兔盲肠微生物群落α多样性指数指标(ACE值、Chao1值、Shannnon值)随日龄的增长有升高的趋势(P0.10)。2)不同日龄健康幼兔盲肠微生物各菌门的相对丰度差异不显著(P0.05),且均主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门组成;在科水平上,厚壁菌门主要由瘤胃球菌科和毛螺旋菌科组成,拟杆菌门主要由拟杆菌科和紫单胞菌科组成;在属水平上,拟杆菌属、Barnesiella、Akkermansia、普雷沃氏菌属和4种未知菌属为优势菌属;拟杆菌属和Parabacteroides在断奶当天的相对丰度较高,且与其他日龄组差异显著(P0.05)。3)健康幼兔盲肠中均存在乳杆菌属,且相对丰度在各日龄组间差异不显著(P0.05)。由此得出,断奶时健康幼兔盲肠微生物区系已基本建立,相对丰度最大的优势菌属为拟杆菌属,但断奶后随着日龄的增长,微生物组成趋于复杂。     

断奶前马驹与母马粪便菌群多样性分析

试验旨在探究断奶前马驹和母马粪便菌群多样性,为丰富此阶段马驹肠道菌群多样性提供依据。选取5匹5岁(2胎)、平均体重(453.34±54.23)kg、健康的纯血马母马,以及母马所生的5匹马驹,出生日期相近(±5 d),平均体重(185.65±9.54)kg,3公2母。母马和马驹在相同环境下饲养,母马日粮组成及营养水平相同,马驹除哺乳外采食的粗饲料和精料补充料相同。马驹6月龄断奶,在断奶前1周用灭菌收粪袋采集母马和马驹的粪便样品。结果显示,母马粪便中菌群α多样性Chao1和ACE指数显著高于马驹(P0.05),分别比马驹高18.94%和15.62%;母马与马驹共有的菌种数为1 399个,母马与马驹特有的菌种数分别为150和68个;在门水平,母马与马驹粪便中排在前十的菌分别是厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、广古菌门、疣微菌门、螺旋体菌门、Unidentified_Bacteria、纤维杆菌门和无壁菌门,母马粪便中厚壁菌门丰度显著高于马驹(P0.05);拟杆菌门母马比马驹高33.93%,差异不显著(P0.05)。由此可见,母马粪便菌群多样性显著高于断奶前马驹;母马与断奶前马驹粪便主要菌是厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门,母马粪便中厚壁菌门和拟杆菌门丰度均高于断奶前马驹。     

不同日龄家兔肠道微生物群落结构

采用Miseq2×300测序平台对29,45,60日龄3个阶段的断奶幼兔,共30个粪便样品中的菌群16S rDNA V3和V4可变区进行了高通量测序和分析。结果显示:在不同的日龄间ACE指数和Chao1指数差异显著(P<0.05),Shannon指数和Simpson指数差异不显著(P>0.05),说明随着日龄的增大断奶兔肠道中的微生物群落丰度大量增加,但是菌群多样性并没有显著增加,表明在幼兔断奶时肠道微生物已经完成了定植。在门水平上,肠道微生物群落主要由厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门和放线菌门组成,其中变形菌门、拟杆菌门和疣微菌门在幼兔的生长过程中丰度有显著性变化。聚类热图的结果显示断奶幼兔肠道微生物群落结构的变化是随着日龄的变化而逐渐变化。     

腹泻对圈养林麝肠道菌群的影响

为了研究腹泻对圈养林麝肠道微生物多样性的影响,笔者采用Illumina Nova高通量测序技术对18只腹泻林麝与54只健康林麝肠道微生物16S r RNA进行测序,结果获得操作分类单元(OTUs)2940个。腹泻组与正常组微生物群落结构以及多样性指数均差异极显著(P0.01)。其中属水平上腹泻组金黄杆菌属、德沃斯氏菌属、根瘤菌科未确定属和甲烷短杆菌极显著增加(P0.01);弯曲杆菌、螺旋体科未确定属、Candidatus_Soleaferrea、Tyzzerella、副拟杆菌、罗斯氏菌属、拟杆菌属、库特氏菌属、颤杆菌克菌属、螺杆菌、多尔氏菌属、梭菌科未确定属和不动杆菌属极显著降低(P0.01)。以上结果表明,腹泻时圈养林麝肠道微生物多样性发生剧烈变化,有害菌大量增殖、有益菌大量缩减。     

断奶前马驹与母马粪便菌群多样性分析

试验旨在探究断奶前马驹和母马粪便菌群多样性,为丰富此阶段马驹肠道菌群多样性提供依据。选取5匹5岁（2胎）、平均体重（453.34±54.23）kg、健康的纯血马母马,以及母马所生的5匹马驹,出生日期相近（±5 d）,平均体重（185.65±9.54）kg,3公2母。母马和马驹在相同环境下饲养,母马日粮组成及营养水平相同,马驹除哺乳外采食的粗饲料和精料补充料相同。马驹6月龄断奶,在断奶前1周用灭菌收粪袋采集母马和马驹的粪便样品。结果显示,母马粪便中菌群α多样性Chao1和ACE指数显著高于马驹（P < 0.05）,分别比马驹高18.94%和15.62%;母马与马驹共有的菌种数为1 399个,母马与马驹特有的菌种数分别为150和68个;在门水平,母马与马驹粪便中排在前十的菌分别是厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、广古菌门、疣微菌门、螺旋体菌门、Unidentified_Bacteria、纤维杆菌门和无壁菌门,母马粪便中厚壁菌门丰度显著高于马驹（P < 0.05）;拟杆菌门母马比马驹高33.93%,差异不显著（P > 0.05）。由此可见,母马粪便菌群多样性显著高于断奶前马驹;母马与断奶前马驹粪便主要菌是厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门,母马粪便中厚壁菌门和拟杆菌门丰度均高于断奶前马驹。     

民猪肠道菌群特征分析

试验旨在解析不同月龄民猪的肠道菌群特征及粗纤维对民猪肠道微生物的影响。选择5头体重为(100±7.24)kg的10月龄成年母猪(成年组)和(50±4.31)kg的6月龄青年母猪(青年组),青年组又分为正常饲喂组(5头)和添加粗纤维组(4头),采集同一时间、新鲜的粪便样品,提取总DNA,利用带标签的通用引物扩增16S rRNA V4区,使用Illumina Hiseq 2000测序平台测序,通过计算Ace和Shannon多样性指数以及与已知数据库的比对,分析菌群多样性及结构特征。结果表明:3个处理组在菌群多样性方面无显著差异(P0.05);3组均以拟杆菌门、厚壁菌门和螺旋菌门所占的比例最高,总计可达91%~92%,粗纤维的添加明显改变了青年组肠道微生物的组成,大幅提升了拟杆菌门所占的比例,降低了厚壁菌门和螺旋菌门所占的比例,使其菌群分布比例更接近成年个体;同时,粗纤维的添加也促进了肠道微生物内纤维杆菌属的增加。     

应用高通量测序技术检测无特定病原体鸭粪便的微生物多样性

高通量测序技术在动物肠道微生物研究中发挥着重要作用。从3株(9个样品)无特定病原体(SPF)鸭子中收集的粪便样品放置在培养箱中培养。利用Illumina HiSeq2500平台,通过16S rRNA测序的不同区域来分析鸭肠道细菌区系。结果表明,70周龄SPF鸭的肠道微生物丰度最高的三个门是厚壁菌门、变形杆菌门和拟杆菌门,丰度最高的三个目为梭菌目、乳杆菌目和气单胞菌目,丰度最高的三个属为拟杆菌属、丛孢菌属和肠球菌属。此外,3株鸭菌株具有不同的微生物组成,但这些差异不显著。采用高通量测序方法对鸭肠道菌群进行分析,以进一步了解SPF鸭肠道菌群的分布和生物学特性,最终有利于SPF鸭的纯化。     

日粮添加乳铁蛋白对断奶仔猪肠道微生物多样性的影响

旨在研究日粮添加乳铁蛋白对断奶仔猪肠道微生物多样性的影响。试验选用断奶滇太仔猪12头,初始体重为(6.12±0.54)kg,随机分为对照组、杆菌肽组和乳铁蛋白组。对照组饲喂基础日粮;杆菌肽组在基础日粮中添加0.5 g·kg^-1杆菌肽预混剂;乳铁蛋白组在基础日粮中添加150 mg·kg^-1乳铁蛋白,试验期28 d。采集试验第7、21、28天仔猪粪便,通过细菌16S rRNA基因高通量测序检测粪便微生物多样性。结果表明,各组断奶仔猪肠道微生物多样性没有显著差异(P>0.05)。在门水平上,第7、21、28天肠道优势菌为厚壁菌门和拟杆菌门,试验第7天时,各组间厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度无显著差异(P>0.05)。与对照组相比,乳铁蛋白组厚壁菌门相对丰度降低1.43%,拟杆菌门相对丰度增加16.4%;试验第21天时,乳铁蛋白组与其余两组相比,厚壁菌门和拟杆菌门相对丰度无显著差异(P>0.05),但与对照组相比,厚壁菌门相对丰度降低16.4%,拟杆菌门相对丰度增加34.1%。试验第28天时,与对照组相比,乳铁蛋白组厚壁菌门相对丰度显著...     

山谷型藏羊公羊瘤胃和粪便微生物多样性研究

为了研究青藏高原山谷型藏羊公羊胃肠道微生物组成结构,试验采集了10只放牧+补饲饲养方式下的周岁山谷型藏羊公羊的瘤胃和直肠内容物(指粪便),分别提取其基因组DNA,采用16S rDNA V3～V4扩增子高通量测序技术分析了瘤胃和粪便样品微生物门和属水平组成结构、标志微生物、α和β多样性及微生物功能。结果表明：山谷型藏羊瘤胃和粪便样品共得到5 383个分类操作单元(operational taxanomic units, OTUs),其中2 144个OTUs为瘤胃样品所特有,1 860个OTUs为粪便样品特有,1 379个为二者共有。瘤胃微生物优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes),相对丰度分别为53.2%、34.9%和3.1%;优势菌属为理研菌科＿RC9＿肠道菌群(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)和普式菌属＿1(Prevotella＿1),相对丰度分别为13.5%和12.0%。粪便微生物优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和疣微菌门(Verrucomicrobia),相对丰度分别为47....     

基于高通量测序研究罗布麻对滩羊肠道菌群的影响

试验旨在探究罗布麻饲料对滩羊肠道菌群的影响。将12只滩羊随机分为4组(A、B、C、D),每组3只,分别饲喂不同比例的罗布麻饲料,60天后取新鲜粪便样本,通过Illumina高通量测序技术测定肠道菌群结构及组成。结果表明:共检测到12个菌门,50个菌科,150个菌属。厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),疣微菌门(Verrucomicrobia)为优势菌;C组OTU最多;且肠道菌群丰富度和多样性均高于其他组;罗布麻饲料促进肠道菌群在多种能量代谢途径中发挥更大的功能。10%的罗布麻饲料提高了滩羊肠道菌群的相对丰度,促进有益菌增殖,为滩羊养殖及饲料开发提供了参考。     

补喂鞣花酸对哺乳中后期纯血马马驹粪便菌群多样性的影响

【目的】试验旨在研究补喂不同水平的鞣花酸对马驹粪便细菌多样性的影响,通过探究粪便菌群的变化,以期为哺乳马驹胃肠道菌群多样性和肠道健康等提供参考依据。【方法】选择出生日期相近、体重为(143.33±16.10)kg的3月龄纯血马马驹15匹,随机分为3组,每组5匹,分别为对照组、试验Ⅰ组、试验Ⅱ组。在相同的饲养条件下,对照组马驹不做任何处理,试验Ⅰ和Ⅱ组马驹每天分别补喂15和30 mg/kg BW鞣花酸,进行为期60 d的饲养试验。试验第60天晨饲前于直肠采集马驹粪便样品,测定粪便菌群多样性。【结果】OTUs结果显示,试验各组共有OTUs 789个,试验Ⅰ组特有的OTUs为182个;各试验组与对照组之间Alpha多样性差异不显著(P>0.05),但试验Ⅰ组Shannon、Chao1及ACE指数有提高的趋势;菌群丰度结果表明,各试验组与对照组前十的优势菌种类相同,以厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和疣微菌门为主,且丰度占总数92.94%以上,各组之间门、科和属水平菌群丰度差异均不显著(P>0.05);LefSe分析结果表明,试验Ⅰ组有差异菌9种,试验Ⅱ组有2种;预测前十的功能有全局与...     

微生态添加剂对蛋鸡肠道微生物结构菌群的影响

试验旨在研究微生态添加剂对蛋鸡肠道微生物结构菌群的影响。选择健康120日龄的淮南麻黄鸡,随机分成4组,每组6个重复,每个重复5只。各组依次添加0、0.5、1.0、2.0 g/kg的微生态制剂。试验期40 d,利用高通量测序技术及生信云平台对测序结果进行分析。结果表明,在门水平上,肠道微生物群落主要由厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、疣微菌门和放线菌门组成,微生态添加剂增加了蛋鸡肠道中的微生物群落丰度,在门水平上添加微生态制剂后使得梭菌族细菌丰度增加,在直肠中使变形菌门、拟杆菌门和疣微菌门发生显著变化。     

皖南黑猪不同生长阶段血清免疫指标及肠道菌群的特征分析

旨在探究皖南黑猪不同生长阶段粪便菌群和血清免疫指标的纵向变化规律及其相关性。采集27头皖南黑猪哺乳期(20 d)、保育期(60 d)和育肥期(120 d)3个不同生长阶段的粪便及血清样本，通过16S rRNA高通量测序方法及血清检测技术，对皖南黑猪生长发育过程中肠道微生物与免疫指标的演替规律及关联性进行了分析。结果表明，肠道微生物物种丰度分析显示，在门水平上共检测到22个核心菌门，其中厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是皖南黑猪的主要优势菌门；在属水平上检测到51个核心菌属，其中哺乳期的优势菌属为乳酸菌属(Lactobacillus)、志贺菌属(Shigella)和粪杆菌属(Faecalibacterium)。保育期和育肥期均以乳酸杆菌属(Lactobacillus)、颤螺菌属(Oscillospira)和密螺旋体属(Treponema)为优势菌属；Alpha多样性分析显示，皖南黑猪肠道菌群的多样性随日龄增长呈逐渐增高的趋势，在保育期达到峰值，育肥期逐渐趋向稳定。Beta多样性分析显示，皖南黑猪保育期及育肥期肠道菌群组成相似聚在一起，而与哺乳期肠道...     

鸭肠炎病毒感染对鸭肠道菌群多样性的影响

为揭示鸭肠炎病毒(DEV)感染对鸭肠道菌群多样性的影响,本研究采用16S rRNA基因高通量测序和Illumina Hiseq 2500高通量测序技术对DEV感染后鸭肠道菌群多样性和丰度进行分析。结果显示:与对照组比较,感染组鸭肠道菌群Alpha多样性指数均呈先升高后降低趋势,尤其是在DEV感染96 h和120 h后,鸭肠道菌群Beta多样性(Weighted Unifrac指数)距离越远,相似度越低;DEV感染后鸭肠道优势菌群主要分布于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门,梭菌纲、丙型变形菌纲、拟杆菌纲和梭杆菌纲,梭菌目、肠杆菌目、拟杆菌目和梭杆菌目,肠杆菌科、消化链球菌科、拟杆菌科和梭杆菌科,大肠杆菌志贺菌亚属、拟杆菌属、梭菌属和Turicibacter属,尤其是产气荚膜梭菌和坏死梭杆菌呈先下降后升高趋势,这可能与DEV感染所导致的肠道病变存在一定的关联性。本研究结果为DEV致病机理及其所致疾病的防控研究奠定了基础。     

哺乳期幼驼与成年母驼粪便菌群多样性分析

【目的】探究准噶尔双峰驼哺乳期幼驼和成年母驼粪便菌群结构组成及多样性变化,为幼驼肠道健康发育提供重要依据。【方法】选取6～7岁体况相近的健康成年母驼12峰,以及出生日期相近(3月龄)的哺乳期母幼驼12峰,母驼与幼驼在相同饲养环境下饲养。采用直肠取粪法采集粪样,用于粪便内容物细菌16S rDNA的V3-V4区测序,并对测序数据进行相应分析。【结果】母驼粪便菌群Chao1和Shannon指数均显著高于幼驼(P<0.05);在门水平上,母驼和幼驼粪便中位于前十的菌均为厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、变形菌门、软壁菌门、螺旋体门、TM7、放线菌门、蓝藻菌门和纤维杆菌门,其中幼驼粪便中变形菌门和软壁菌门丰度均极显著高于母驼(P<0.01);在科水平上,母驼与幼驼粪便中位于前十的菌均为瘤胃球菌科、消化链球菌科、毛螺菌科、梭菌科、克里斯滕森菌科、理研菌科、疣微菌科、拟杆菌科、艰难杆菌科和普雷沃氏菌科,其中母驼粪便中消化链球菌科和梭菌科的丰度均极显著高于幼驼(P<0.01),而幼驼粪便中毛螺菌科的丰度极显著高于母驼(P<0.01);在属水平上,母驼与幼驼粪便中位于前十的菌属均为梭...     

莱芜仔猪肠道菌群组成初步分析

猪的肠道菌群组成与种类及健康状态密切相关,研究健康、品种优良的猪的肠道菌群组成对于养猪业的发展具有积极意义。本研究采用16SrRNA高通量测序方法对10日龄莱芜哺乳仔猪腹泻仔猪的粪便进行测序分析。结果显示,健康仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;腹泻仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。此外,两组比较,Lactobacillus、Escherichia-Shigella、Prevotella＿9、Fusobacterium、Prevotellaceae属在腹泻仔猪组丰度水平高,而Acinetobacter、Jeotgalibaca、Treponema＿2、Psychrobacter属在健康仔猪组丰度水平高。本研究结果为莱芜猪肠道菌群多样性研究提供基础数据,并为后期调节肠道菌群、促进猪的健康成长提供参考依据。     

16S rRNA测序揭示猪日增重与肠道微生物的关系

为了探讨杜洛克公猪肠道微生物菌群与日增重的关系,根据91头杜洛克公猪平均日增重的高低,选择极端高低组各10头分为低组(LADG)和高组(HADG),收集粪便,利用16S rRNA测序分析LADG和HADG 2组猪的粪便微生物多样性和组成,并对其功能进行预测。结果:2组的alpha多样性差异不显著(P0.05);杜洛克猪的2个优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),优势菌属是普氏菌属(Prevotella)和乳酸菌属(Lactobacillus);LADG组中螺旋体门(Spirochaetes)、软壁菌门(Tenericutes)、WPS-2和疣微菌门(Verrucomicrobi)4个菌群的丰度要显著高于HADG组(P0.05),HADG组中的巨球型菌(Megasphaere)、粪杆菌属(Faecalibacterium)和韦荣氏菌(unclassified_f_Veilionellacece)3个菌群的丰度显著高于LADG组;HADG组中的微生物在疾病代谢通路,如嘌呤代谢和核黄素代谢高度富集,LADG组微生物在分泌系统等通路高度富集。试验结果提示:HADG组可能有较高的代谢水平,LADG组的分泌系统可能更发达。本研究丰富了杜洛克猪的早期选种的理论依据,并为理解早期宿主与微生物的相互作用提供了帮助。     

不同背膘厚猪肠道微生物多样性差异的比较

在军牧1号白猪中挑选背膘厚差异极显著(P0.01)的高背膘(HBF)组和低背膘(LBF)组公猪各5头,对粪便微生物进行16S rRNA高通量测序。结果显示,2组间微生物群落结构存在33.00%的差异;HBF组厚壁菌门和梭菌纲的相对丰度高于LBF组,拟杆菌门和拟杆菌纲的相对丰度低于LBF组,但差异均不显著(P0.05);HBF组纤维杆菌门、消化球菌属、萨特菌属、考拉杆菌属、多尔菌属和纤维杆菌属序列量显著高于LBF组(P0.05);HBF组优势属为布雷德菌属、梭菌属和考拉杆菌属。结果表明,高背膘猪的粪便厚壁菌门比例增加,而拟杆菌门比例下降,布雷德菌属、梭菌属和考拉杆菌属为高背膘猪的关键群属。     

高通量测序技术分析蓝狐肠道菌群多样性

本试验旨在研究蓝狐肠道菌群组成及其多样性。选取8只健康育成期(5～6月龄)雄性舍饲蓝狐,采集新鲜粪便后采用高通量测序技术对蓝狐肠道菌群组成及多样性进行分析。结果显示:从8只健康蓝狐粪便中共获得569 930条有效序列、操作分类单元(OTU)范围为468～574,分布于16个门的209个属。在门水平上以厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Baeteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)为主,其中厚壁菌门所占比例最高,为62.97%,其余依次为22.05%、8.89%、5.15%、0.88%。在属水平上以链球菌属(Streptococcus)所占比例最高,为11.75%,其次为乳杆菌属(Lactobacillus)(9.86%)、普雷沃菌属(Prevotella)(9.28%)、巨型球菌属(Megasphaera)(8.21%)、柯林斯菌属(Collinsella)(7.27%)、Blautia(7.08%)、拟杆菌属(Bacteroides)(5.64%)。通过高通量测序技术发现蓝狐具有复杂的肠道菌群结构,且个体间存在较大差异。