三疣梭子蟹微卫星标记的筛选及特征分析

微卫星序列包含有多种重复单元,在其两碱基重复的类型当中,CT／GA重复类型在功能基因组中比例较高。三疣梭子蟹是重要的养殖品种,对遗传种质的分析需要开发大量的分子标记,本文利用5’锚定引物PCT筛选三疣梭子蟹的CT／AG微卫星分子标记,测序的41个克隆子中,35条序列含有微卫星DNA序列,阳性克隆比率达到85．4％,共检测到55个微卫星位点,分布于20条序列中,其中19条序列检测到2个或2个以上微卫星位点。对所有筛选到的微卫星位点进行分类统计后表明,核心序列为（CT／AG）的有27个（50％1,27个位点为其他类型的重复。结果表明三疣梭子蟹CT／AG微卫星标记在三疣梭子蟹基因组中含量较丰富,5’锚定引物法在筛选特定标记的同时,还筛选了其他类型的微卫星标记,具有较强的筛选效率。     

刺参微卫星DNA分子标记的分离及筛选

采用磁珠富集法分离刺参Apostichopus japonicus的微卫星分子标记,共获得阳性克隆123个,其中106个含微卫星DNA序列。分析结果表明:完美型有48个,占45.28%,非完美型有39个,占36.79%,复合型有19个,占17.92%;重复碱基数以双核苷酸重复最常见,占84.91%,双核苷酸中又以CA/GT重复所占比例最大;在重复次数方面,以重复数为3~10次、11~18次和≥35次最为常见,各占39.62%、26.42%和16.98%,重复数达100次以上的有5个,最多的达到148次,有28个微卫星序列微卫星含量丰富。筛选的22对引物中,可产生出扩增产物的有17对,其中16对引物的产物带在预测区域内出现;有7对引物在中国、俄罗斯刺参模板中表现出多态性。文中还对刺参微卫星的特点进行分析,对刺参微卫星引物的PCR筛选结果进行了探讨。     

利用5'锚定PCR技术分离枇杷微卫星标记

用5'锚定PCR技术分离出32个枇杷特异SSR位点,对其中适合设计引物的28个位点设计了相应的引物,并分别与对应的5'锚定的简并SSR引物配对,应用于5个枇杷品种的基因组PCR扩增.结果表明,27条引物在5个受试枇杷品种中有扩增产物,其中24条为可用引物,另外3条引物因为扩增产物不符合SSR标记的特征不能用作SSR标记的引物.     

基于微卫星标记的刺参群体遗传结构分析及与经济性状的相关性研究

采用微卫星分子标记技术对7个刺参Apostichopus japonicus(Selenka)群体:辽宁葫芦岛养殖群体、山东烟台野生群体、山东莱州养殖群体、大连旅顺底播群体、丹东东港养殖群体、大连广鹿岛底播群体、大连黑石礁野生群体的遗传多样性进行分析,并随机抽取7个群体中的180头刺参进行体长、体宽、体积、体质量和总棘数与17个微卫星标记之间的相关性研究。结果表明:用12个微卫星标记共扩增获得83个等位基因,每个位点的等位基因数为3～12个,长度为102～368 bp。刺参群体位点多样性分析显示,各刺参群体等位基因数为5.083 3～5.416 7,平均值为5.261 9;有效等位基因数为3.205 0～3.701 1,平均值为3.446 8;观测杂合度为0.547 5～0.686 9,平均值为0.614 9;期望杂合度为0.649 1～0.697 1,平均值为0.674 1;多态性信息含量为0.598 9～0.638 6,平均值为0.620 0。对各群体的Hardy-Weinber平衡检测显示,7个刺参群体均存在不同程度的平衡偏离。刺参群体遗传分化与基因流分析显示,刺参群体间遗传分化系数平均值为0.078 2,变异主要来源于群体内;基因流平均值为5.301 9,刺参群体间存在一定程度的基因交流。刺参群体间遗传相似性系数为0.731 8～0.886 0,UPGMA聚类显示,7个群体中山东烟台野生群体单独为一类,其他6个群体聚为一类。刺参微卫星标记与经济性状相关性分析显示,HC312、EAJ07位点与刺参体长、体积、体质量显著相关(P<0.05);IS45、EAJ03、EAJ04位点与刺参体长、体积、体宽、体质显著相关(P<0.05);SJ04位点仅与刺参总棘数显著相关(P<0.05);SJ09位点与刺参体积、体宽、体质量显著相关(P<0.05);SJ18位点仅与刺参体宽显著相关(P<0.05);SJ19位点与刺参体积、体宽、体质量、总棘数显著相关(P<0.05);SP072位点与刺参体积、体质量显著相关(P<0.05)。本研究结果可为刺参群体结构优化、经济性状的QTL定位、养殖和选育提供参考。     

基于微卫星标记的刺参群体遗传结构分析及与经济性状的相关性研究

采用微卫星分子标记技术对7个刺参Apostichopus japonicus(Selenka)群体:辽宁葫芦岛养殖群体、山东烟台野生群体、山东莱州养殖群体、大连旅顺底播群体、丹东东港养殖群体、大连广鹿岛底播群体、大连黑石礁野生群体的遗传多样性进行分析,并随机抽取7个群体中的180头刺参进行体长、体宽、体积、体质量和总棘数与17个微卫星标记之间的相关性研究。结果表明:用12个微卫星标记共扩增获得83个等位基因,每个位点的等位基因数为3～12个,长度为102～368 bp。刺参群体位点多样性分析显示,各刺参群体等位基因数为5.083 3～5.416 7,平均值为5.261 9;有效等位基因数为3.205 0～3.701 1,平均值为3.446 8;观测杂合度为0.547 5～0.686 9,平均值为0.614 9;期望杂合度为0.649 1～0.697 1,平均值为0.674 1;多态性信息含量为0.598 9～0.638 6,平均值为0.620 0。对各群体的Hardy-Weinber平衡检测显示,7个刺参群体均存在不同程度的平衡偏离。刺参群体遗传分化与基因流分析显示,刺参群体间遗传分化系数平均值为0.078 2,变异主要来源于群体内;基因流平均值为5.301 9,刺参群体间存在一定程度的基因交流。刺参群体间遗传相似性系数为0.731 8～0.886 0,UPGMA聚类显示,7个群体中山东烟台野生群体单独为一类,其他6个群体聚为一类。刺参微卫星标记与经济性状相关性分析显示,HC312、EAJ07位点与刺参体长、体积、体质量显著相关(P<0.05);IS45、EAJ03、EAJ04位点与刺参体长、体积、体宽、体质显著相关(P<0.05);SJ04位点仅与刺参总棘数显著相关(P<0.05);SJ09位点与刺参体积、体宽、体质量显著相关(P<0.05);SJ18位点仅与刺参体宽显著相关(P<0.05);SJ19位点与刺参体积、体宽、体质量、总棘数显著相关(P<0.05);SP072位点与刺参体积、体质量显著相关(P<0.05)。本研究结果可为刺参群体结构优化、经济性状的QTL定位、养殖和选育提供参考。     

固始白鹅体尺性状微卫星DNA标记的筛选

【目的】筛选固始白鹅体尺性状的微卫星DNA标记。【方法】测定固始白鹅的体尺性状。选用11对微卫星引物(WD136、WD206、G06、G07、CKW21、CKW23、TTUCG5、TTUCG4、TTUCG2、Aalu1、TTUCG1),对固始白鹅进行遗传检测,计算各微卫星位点的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数。利用最小二乘法拟合线性模型,探索11个微卫星位点与固始白鹅体尺性状的关系。【结果】11个微卫星位点中的8个位点(WD136、WD206、G07、TTUCG4、CKW21、TTUCG2、TTUCG1和TTUCG5)在固始白鹅上有较好的多态性,其平均等位基因数为4.25(3~6)、平均杂合度为0.598(0.273~0.695)、平均多态信息含量为0.635(0.530~0.769)、平均有效等位基因数为3.345(2.383~4.984)。通过最小二乘分析,检测到WD136、WD206、CKW21、TTUCG1等4个位点与9项体尺性状间存在显著相关性。【结论】WD136位点有望作为体质量、体斜长、骨盆宽的早期选择辅助标记;WD206位点有望作为体质量、胸宽、龙骨长、骨盆宽、胫长、半潜水长和颈长的早期选择辅助标记;CKW21位点有望作为体质量、龙骨长、胫长、半潜水长、颈长的早期选择辅助标记;TTUCG1位点有望作为体质量、体斜长、胫长、龙骨长的早期选择辅助标记。     

微卫星标记的基因组学研究进展

微卫星标记是真核生物基因组中分布均匀、含量高的一类短重复序列。本文从微卫星标记在基因组中的分布、微卫星标记的多态性、微卫星标记的进化、微卫星标记的功能及应用等几个方面对微卫星标记的基因组学研究进展进行综述。     

植物的微卫星标记及其应用

微卫星标记是继RFLP、RAPD等分子标记之后出现的一种新型分子标记技术，近年来在植物的基因组研究中应用越来越多，本文综述微卫星标记的产生、类型及应用。     

金鱼的微卫星标记开发

本研究利用磁珠富集法开发了金鱼的18对微卫星引物,并应用于60尾不同品种的金鱼样本的遗传变异有效性检测.结果显示,每个引物的等位基因数为2～6个,观测杂合度和期望杂合度分别是0.1500～0.9167和0.3125 ～0.7840.这18个微卫星位点均不偏离哈迪-温伯格平衡.这些微卫星标记可以为不同金鱼群体结构和遗传变异等方面的研究提供工具.     

草原红牛微卫星标记的研究

选用草原红牛30头作为试验牛群体,经过牛血液基因组DNA的提取、8对微卫星引物的PCR扩增、扩增产物的聚丙烯酰胺电泳分型、计算机凝胶成像分析系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型、PPAP3.0软件计算基因频率、多态信息含量(PIC)和杂合度等步骤从分子水平上分析了草原红牛在8个位点的遗传多态性。结果表明,IDVGA2、IDVGA46、TGLA44、BM1824、ETH225、BM2113、IDVGA44和IDVGA55等位基因数分别为6、6、6、4、4、2、6和4,多态信息含量分别为0.722 3、0.749 3、0.671 3、0.584 9、0.671 5、0.508 9、0.761 2和0.596 5,这8个位点均为高度多态位点。8个位点作为遗传标记应用于草原红牛遗传育种研究是可行的。     

右玉边鸡体质量相关微卫星标记的筛选

利用29个微卫星标记对140只右玉边鸡进行遗传结构分析,采用方差分析法对右玉边鸡12,14周龄体质量与微卫星标记进行连锁分析。结果表明,各位点平均等位基因数为4.93,平均多态信息含量为0.516 8,平均期望杂合度为0.575 0。方差分析和多重比较显示:标记MCW0206,MCW0014,ADL0278,MCW0067,MCW0123,MCW0330,MCW0069,MCW0037,MCW0222和ADL0112同时对12,14周龄体质量具有显著或极显著的影响(P<0.05或P<0.01);标记MCW0034对12周龄体质量具有显著的影响(P<0.05),标记LEI0234,MCW0165对14周龄体质量具有显著的影响(P<0.05)。其中,MCW0014基因型为201/201的个体12,14周龄体质量的最小二乘均值都显著高于基因型为187/187,195/195的个体(P<0.05);MCW0037基因型为157/157,161/161的个体12,14周龄体质量的最小二乘均值显著高于基因型为157/161的个体(P<0.05);MCW0067基因型为187/187的个体14周龄体质量的最小二乘均值显著高于基因型为183/183,181/181的个体(P<0.05)。研究结果表明,标记MCW0014的基因型201/201和MCW0037的基因型157/157,161/161有望作为12,14周龄体质量的辅助标记;标记MCW0067的基因型187/187有望作为14周龄体质量的辅助标记。     

叶绿体基因组微卫星标记(cpSSR)研究进展

随着测序技术的发展,叶绿体基因组微卫星标记(cpSSRs)的开发和应用越来越普遍。该研究介绍了叶绿体基因组分子标记的特点、用途、开发方法以及已开发的cpSSRs所具有的特点。随着cpSSRs开发成本的降低及研究技术的成熟,新的cpSSRs不断开发,将会有越来越多的叶绿体基因组SSR分子标记应用于群体遗传学、生物地理学和杂交育种的研究。其在野生植物进化过程研究中所具备的潜力在不久的将来将被充分认识和利用。     

合浦珠母贝微卫星DNA标记的分离与筛选

[目的]研究合浦珠母贝微卫星DNA标记的分离与筛选。[方法]采用生物素标记的5个探针,用磁珠富集法构建合浦珠母贝基因组微卫星富集文库,并对文库进行筛选、测序与引物多态性筛选。[结果]对500个克隆进行PCR筛选,测序分析发现130个克隆含有微卫星重复单元。序列比对后最终获得109个具有特异微卫星序列的阳性克隆,其中包含179个微卫星DNA结构域。基于微卫星两端的侧翼序列设计并获得了13对能够在合浦珠母贝基因组有效扩增的微卫星引物,其中8对在种群中（n=32）具有扩增多态性,其多态信息含量PIC值在0．239～0．787;等位基因数在2～9个;观测杂合度介于0．22～0．56;期望杂合度的变化范围为0．25～0．83。[结论]这研究为进一步开展合浦珠母贝的遗传分析提供了基础资料。     

利用5′锚定PCR技术分离枇杷微卫星标记

用5′锚定PCR技术分离出32个枇杷特异SSR位点,对其中适合设计引物的28个位点设计了相应的引物,并分别与对应的5′锚定的简并SSR引物配对,应用于5个枇杷品种的基因组PCR扩增。结果表明,27条引物在5个受试枇杷品种中有扩增产物,其中24条为可用引物,另外3条引物因为扩增产物不符合SSR标记的特征不能用作SSR标记的引物。     

利用微卫星标记对羊进行亲子鉴定

亲缘较近的羊群中开展亲子鉴定时,利用微卫星标记对羊进行亲子鉴定,清晰地将父母与母本信息显示出来,其遗传多态性较高、检测速度快和准确高效的特点,能有效的预防近亲繁殖,所以,近年来,微卫星标记在羊亲子鉴定中得到了广泛的应用。基于此,主要就如何利用微卫星标记对羊进行亲子鉴定进行探究。     

尼罗罗非鱼生长性状相关微卫星标记的筛选与验证

为筛选尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)生长相关微卫星分子标记用于指导其选育工作,选用29个微卫星标记对尼罗罗非鱼高要F₀群体、高要F₁群体、番禺群体和海南群体的生长性状(体质量、全长、体长、头长、体高和体宽)进行了关联性分析和基因型间比较。结果表明：在高要F₀群体中29个微卫星位点共检测到242个等位基因,平均等位基因数(N_a)为8.345,平均观测杂合度(H_o)为0.621,平均多态性信息含量(PIC)为0.842,各位点PIC值均大于0.5,具高度遗传多样性;29个微卫星标记中有6个标记(GM114、GM213、GM423、GM642、UNH130和UNH985)在高要F₀群体中与至少一种生长性状显著相关(P<0.05);GM213、GM642、UNH130和UNH985 4个标记的不同基因型个体对应的生长性状在高要F₁群体中存在显著性差异(P<0.05),说明其在不同世代中遗传稳定;初筛生长相...     

藏马微卫星标记遗传多样性研究

为研究西藏藏马种群的微卫星多态性,应用生物素标记的微卫星探针与藏马基因组酶切片段杂交,通过链霉亲和素包被的磁珠捕获150～1 000 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pEASY-T1载体中,构建藏马基因组微卫星富集文库。结果表明:从2 380个转化子中随机挑取112个阳性克隆进行测序后,经筛选比对发现,从62个微卫星中筛选出39个在马属基因组卫星库中未被检测到的微卫星;成功设计了10对藏马微卫星引物,经聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测到3个具有多态性的微卫星标记,其中有2个多态性信息含量(PIC)值均大于0.5。因此,这3个微卫星标记可应用于藏马遗传多态性检测、种群遗传结构等方面研究,为藏马遗传连锁图谱的构建、辅助育种、群体遗传学分析、基因组结构分析以及分子进化研究等提供依据。     

微卫星DNA标记研究进展及应用

阐述微卫星DNA的结构、功能及形成机制,指出其在分子标记方面的特点和优点以及在基因定位、基因图谱绘制、分析群体遗传结构、预测杂交优势等方面的应用.     

利用微卫星DNA标记进行黄牛的亲子鉴定

亲子鉴定在畜牧业生产中具有重要实际应用价值,常见其用于建立准确的系谱档案和家畜归属的诉讼案件。其中标准的三联体(即在母子关系是已知的情况下,鉴定假设父亲与子畜是否有亲生关系)和单亲[即父子(女)或母子(女)亲生关系的确定]两种情况下的亲子鉴定在畜牧生产中具有普遍意义。以云南文山黄牛为试验材料,采用10对常染色体微卫星DNA标记对这两种情况下的亲子关系进行了检测分析。结果表明,常染色体微卫星DNA标记在标准的三联体和单亲两种情况下都能用来进行亲子鉴定,结果较准确,但标准三联体情况下的亲子鉴定更准确。确定的不同模式下亲子鉴定的方法,可为家养动物亲子鉴定标准方法和流程的建立提供依据。     

利用微卫星DNA标记进行黄牛的亲子鉴定*

 亲子鉴定在畜牧业生产中具有重要实际应用价值,常见其用于建立准确的系谱档案和家畜归属的诉讼案件。其中标准的三联体（即在母子关系是已知的情况下,鉴定假设父亲与子畜是否有亲生关系）和单亲［即父子（女）或母子（女）亲生关系的确定］两种情况下的亲子鉴定在畜牧生产中具有普遍意义。以云南文山黄牛为试验材料,采用10对常染色体微卫星DNA标记对这两种情况下的亲子关系进行了检测分析。结果表明,常染色体微卫星DNA标记在标准的三联体和单亲两种情况下都能用来进行亲子鉴定,结果较准确,但标准三联体情况下的亲子鉴定更准确。确定的不同模式下亲子鉴定的方法,可为家养动物亲子鉴定标准方法和流程的建立提供依据。