橡胶树白粉病菌rDNA-ITS序列及其系统发育分析

由橡胶树粉孢属(Oidium heveae B.A.Steinm)真菌侵染引起的橡胶树白粉病是橡胶树最严重的病害之一.从海南、广东、广西和云南等天然橡胶主产区共收集橡胶树白粉病菌样品20份,提取其基因组DNA进行rDNA-ITS区序列扩增,并对5.8S rDNA及其两侧ITS序列进行分析.通过序列结果分析发现,供试样品可分为2个群体.     

石斛属植物DNA条形码序列的筛选

DNA条形码(DNA barcoding)技术是一种新的物种鉴定技术,COI序列已成功应用于动物的鉴定,但目前国际上还没有找到一个通用序列能鉴定所有植物物种。为筛选出适合于石斛属的DNA条形码序列,本文首先应用Mega 4.0软件分析了石斛属的ITS、matK、trnH-psbA、rbcL序列的特征,然后运用Wilcoxon秩和检验比较不同序列的种内和种间变异性,运用Taxon DNA软件评估这4个序列的barcoding gap。分析结果表明:ITS序列不仅种内变异和种间变异最大,而且有明显的barcoding gap,种内变异和种间变异重合较少,能较好地区分不同种类的石斛,可考虑作为石斛属DNA barcoding鉴定候选序列之一;matK、trnH-psbA和rbcL序列都不适合于石斛属DNA barcoding鉴定。在所分析的4个候选序列中,没有任何一个单一序列能完全鉴别出不同种类的石斛属植物。建议采用不同序列组合进行石斛属DNA barcoding鉴定。     

胡椒属植物DNA条形码初步研究

为筛选胡椒属DNA条形码最佳片段，研究了ITS、rbcL、psbJ-petA和matK基因片段的有效使用性、种内种间变异和barcoding gap，并评估了序列鉴定效率。结果显示：ITS和matK的barcoding gap图相对较好，matK物种水平鉴定成功率高，ITS种间变异较大，而其他2个候选序列不能进行有效鉴定。为此，推荐matK和ITS作为胡椒属植物潜在的DNA条形码序列，并依此探索建立该属的DNA条形码鉴定方法。     

橡胶树多主棒孢菌rDNA–ITS区的分子鉴定及检测

以来自国内外的18个多主棒孢病菌[Corynespora cassiicola(Ber.&Curt.)]菌株为研究材料,提取其基因组DNA进行rDNA-ITS区序列扩增,并进行了5.8S rDNA及其两侧ITS序列分析.序列分析结果表明,种内各菌株间ITS序列同源性高达99.9%以上,部分菌株间出现个别碱基的差异.根据ITS区序列设计的一对特异引物(CorP1/CorP2)可以在供试的多主棒孢病菌中扩增出1条约277 bp的特异谱带,其余18个参试菌株和橡胶树叶片组织未能扩增出该特异谱带,检测灵敏度可达浓度为0.1 pg的目标DNA.     

橡胶灵芝菌(Ganoderma pseudoferreum)DNA条形码检测筛选（英文）

选用10对DNA条形码标准序列ITS、COI、nrDNA-LSU、nrDNA-SSU和trnL DNA对海南和云南红根病区分离的21个橡胶灵芝菌进行检测。除COI和trnLDNA外,其他8对引物均扩增得到PCR产物,产物大小范围为268～1355bp,种内相似度为98.05%～99.54%。分别将扩增得到的序列与GenBank公布上的Ganoderma属和常见真菌属序列,共77个ITS、74个nrDNA-LSU和74个nrDNA-SSU序列进行系统进化树构建与分析。结果表明:nrDNA-LSU序列和nrDNA-SSU序列种间差异较小,不能准确区分Ganoderma属及其他属;5对ITS序列均能区分Ganoderma属,但仅ITS1/ITS4序列能将Ganoderma属下16个种归入不同分支。ITS1/ITS4序列表现出适宜的种内与种间差异,适宜作为G. pseudoferreum的DNA条形码。     

橡胶灵芝菌（Ganoderma pseudoferreum）DNA 条形码检测 筛选

选用 10 对 DNA 条形码标准序列 ITS、COI、nrDNA-LSU、nrDNA-SSU 和 trnL DNA 对海南和云南红根病区 分离的 21 个橡胶灵芝菌进行检测。除 COI 和 trnL DNA 外，其他 8 对引物均扩增得到 PCR 产物，产物大小范围为 268~1 355bp，种内相似度为 98.05%~99.54%。分别将扩增得到的序列与 GenBank 公布上的 Ganoderma 属和常见真 菌属序列，共 77 个 ITS、74 个 nrDNA-LSU 和 74 个 nrDNA-SSU 序列进行系统进化树构建与分析。结果表明：nrDNA-LSU 序列和 nrDNA-SSU 序列种间差异较小，不能准确区分 Ganoderma 属及其他属；5 对 ITS 序列均能区分 Ganoderma 属，但仅 ITS1/ITS4 序列能将 Ganoderma 属下 16 个种归入不同分支。ITS1/ITS4 序列表现出适宜的种内与种间差异， 适宜作为 G. pseudoferreum 的 DNA 条形码。     

一株市售人参的分子鉴定

目的 以核糖体转录间隔区(rDNA ITS)序列为分子标记,对一株市售人参属植物归类到种提供分子证据.方法 改良CTAB法提取植物总DNA,利用通用引物ITS5/ITS4扩增rDNA ITS序列,经克隆、测序后,运用Clustal X,BioEdit和PAUP等软件进行序列分析并构建系统发育树.结果 测序得到该植物的rDNA ITS区序列长度为722bp,序列分析结果显示该植物与Genbank中已有的人参(PanaxGingsen,FJ593178)rDNA ITS区序列之间相似性达100％,在系统发育树中并排聚类成一枝.结论 基于rDNA ITS区序列的测序分析和系统发育树构建的分子生物学方法,能够对供试品进行准确的分子鉴定.     

β-微管蛋白联合ITS序列在金花菌鉴定中的应用

"金花"是曲霉属(Aspergillus)真菌在砖茶内部经"发花"工艺形成的黄色闭囊壳,"金花"菌原为茯砖茶所特有的一种真菌。目前对于金花菌群的分离鉴定多是通过形态学特征或ITS序列等方法,其鉴定结果存在较大差异。本课题组通过β-微管蛋白联合ITS序列对来源于茯砖茶和普洱茶的"金花菌"进行了生物学地位的鉴定。根据分离菌株的菌落特征、显微形态的观察、ITS序列和β-微管蛋白基因(BenA)的测序及系统进化树的构建,结果表明:单纯通过ITS序列比对,会产生多种鉴定结果,而通过β-微管蛋白基因(BenA)序列可弥补ITS序列在曲霉属真菌种间鉴定的不足,两者结合可很好地对曲霉属真菌进行种间鉴定。此研究结果可为"金花菌"分离鉴定方法提供参考。     

巴西橡胶树CBF1基因的克隆和序列分析

通过RT-PCR技术从橡胶树中克隆了CBF基因家族的保守区,并通过5＇端RACE和3＇端RACE技术克隆了全长为1121 bp的cDNA序列,通过BLAST工具搜索Genbank数据库.结果表明,该cDNA序列同其他植物中的CBF家族基因高度同源,认为该cDNA序列就是橡胶树中的CBF基因.利用genescan和ClastalX工具对该序列进行分析,推测其编码区为693bp,编码231 Aa,并包含一个AP2 DNA结合域.氨基酸同源性分析结果表明,来自橡胶树的CBF基因氨基酸序列与热带起源的作物同源性较高,而与北方种植作物相似性较低.     

橡胶树炭疽病菌rDNA-ITS区序列分析

应用核糖体rDNA-ITS区的序列分析研究18个不同地区来源的橡胶树炭疽病病原菌。结果表明:测试菌株的ITS扩增区(ITS3-ITS4)约为300bp,无太大的长度变异。ITS核酸序列聚类分析的结果表明:18个测试菌株被聚为2个类群,群与群之间差异不明显,2组之间同源率大约为99.3%,通过在NCBI网站的blast比对分析,结果显示2组均为胶孢炭疽菌(Colletrichum gloeosporioides)。     

9种热区植物白粉病菌的rDNA-ITS序列及系统发育分析

为弄清橡胶树、野艾蒿、大尾摇、胡萝卜、车前草、马占相思、红木、苦瓜和九里香等热区植物上白粉病菌的种类和彼此之间的系统发育关系,对这些白粉病菌的rDNA-ITS序列进行扩增和测序,与GenBank上公布的序列进行同源性比对,并进行分类.结果表明:橡胶树、马占相思、红木和九里香上的白粉病菌相似性非常高,均在99％以上;野艾蒿、大尾摇和苦瓜白粉病菌与叉丝单囊壳白粉菌的亲缘关系较近,分别达到100％和99％;胡萝卜白粉病菌与白粉菌属的独活白粉菌相似性在99％以上;而车前草白粉病菌与污色白粉菌的相似性达100％.利用供试菌和GenBank上公布的rDNA-ITS序列构建了系统发育树,将供试白粉菌分为4个类群,确定供试白粉菌之间的亲缘关系.     

基于ITS2条形码的南药巴戟天真伪鉴别

本研究旨在建立基于ITS2条形码的巴戟天及其混伪品的真伪鉴别方法。采用试剂盒提取巴戟天植物样品的总DNA,以一对通用引物对其ITS2条形码进行PCR扩增并测序;从Genbank数据库获取巴戟天及其混伪品ITS2序列。采用DNAMAN、ClustalX软件拼接比对序列,以及利用MEGA5.1软件构建NJ树。获得的22条ITS2序列的长度范围为224~244 bp,GC含量范围为59.8%~70.1%。巴戟天与8种混伪品的ITS2序列存在155处变异,种间K2P遗传距离远大于种内K2P遗传距离。基于ITS2条形码的NJ聚类树能直观地区分巴戟天及其混伪品。因此,ITS2条形码适用于南药巴戟天及其混伪品的鉴别,可为其基原研究提供重要的分子鉴定证据。     

中国橡胶树苗圃2种炭疽病菌分子鉴定及分布分析

根据胶孢炭疽菌和尖孢炭疽菌特异引物对,对采自中国云南、海南、广东和广西植胶区的138株炭疽病菌进行分子鉴定。结果显示:138株炭疽菌中鉴定为胶孢炭疽菌的有100株,占总测定株数的72.46%,尖孢炭疽菌的有38株,占总测定株数的27.54%。其中海南、云南和广东橡胶苗圃中胶孢炭疽菌占所分析菌株总数比例分别为81.82%(54/66)、60.0%(15/25)和77.27%(17/22),而广西3个橡胶苗圃中的2个苗圃地尖孢炭疽和胶孢炭疽病菌各占一半。总体来看,国内橡胶树苗圃地炭疽病病原菌仍以胶孢炭疽菌为主,部分苗圃同时存在胶孢和尖孢炭疽菌的危害。     

入侵植物薇甘菊对橡胶树小苗生长和叶绿素荧光特征的影响

通过测定薇甘菊水浸液、茎叶覆盖和不同种植密度对盆栽橡胶树小苗生长和橡胶树小苗与薇甘菊叶绿素荧光特性来研究入侵植物薇甘菊对橡胶树小苗生长的影响,探讨橡胶树和薇甘菊间的化感与竞争潜能。结果表明,薇甘菊鲜样水浸液0.25 g/mL处理6个月后对橡胶树籽苗芽接小苗的茎围生长有显著促进作用,而对小苗的株高生长无显著作用。薇甘菊茎叶覆盖处理6个月后对橡胶树芽接小苗茎围增量显著高于种植薇甘菊1株处理,而与其它处理没有显著差异;在处理后3和9个月,各处理间均没有显著差异。实际光化学量子产量(Yield)也反映了薇甘菊水浸液0.25 g/mL和薇甘菊覆盖处理的橡胶树小苗光合效率高。因此,在试验的时间内和条件下,薇甘菊植株对橡胶树小苗还未造成不良影响,薇甘菊水浸液和茎叶覆盖能促进橡胶小苗生长,生产上可以用作有机绿肥,但必需晒干以免造成入侵危害。     

应用EST-SSR分析国外种质作为亲本在中国橡胶树杂交育种中的贡献

利用57对EST-SSR引物分析了21份国外引进品种和67份中国自育品种的遗传多样性.旨在从基因组水平阐明国外种质与中国自育橡胶树品种的遗传关系,揭示国外优异种质对我国橡胶树育种的遗传贡献.结果表明,57个EST-SSR位点共检测到265个等位基因,国外引进品种和中国自育品种的平均等位基因数分别为3.7018和4.3509.国外品种中检测到16个特有等位基因,而中国自育品种中检测到53个.综合系谱分析、聚类分析和PCO分析发现,PR107、RRIM600、GT1和PB86等作为杂交亲本,在中国橡胶树杂交育种中发挥着重要作用,但同时遗传基础狭窄也是制约我国橡胶树育种的重要因素.     

188份巴西橡胶树种质材料AFLP指纹图谱分析

对188份巴西橡胶树种质材料进行AFLP指纹图谱分析,25对多态性引物在100～1 000 bp内共扩增出1 274条带,其中701条带具多态性,多态性达55.02％.每对引物扩增的谱带数在36～66之间,平均为51条.12份橡胶树种质材料具特征带.大多种质的遗传相似系数都在0.84～0.94之间,占94.6％.说明大多数供试材料的遗传差异相对较小,这与橡胶树种质遗传基础狭窄,遗传差异不丰富相吻合.UPGMA聚类结果将供试材料分为3大类,5个类群,每个类群再细分为若干个小组,橡胶树大部分种质按照类群遗传特性聚集在一起,表明AFLP分子标记指纹图谱结果与表型鉴定种质结果一致,分子标记指纹图谱技术可以作为种质鉴定的辅助方法,从微观方面来进行种质的研究保存,为选育种提供好的育种材料.     

国内外巴西橡胶树替代作物及技术研发现状

天然橡胶是重要的工业原料和战略物资.近年来其供需日趋紧张,而目前大面积商业化种植生产天然橡胶的巴西橡胶树,只能种植在亚洲和非洲等地的热带地区.为此,美国、欧盟的某些机构相继开展了巴西橡胶树替代作物的研究,并在近期取得了重要进展.这对中国及世界其它国家以巴西橡胶树种植为主的天然橡胶产业构成了潜在威胁.为了对目前国内外非巴西橡胶树生产天然橡胶的研究和开发现状进行较为深入系统地了解,本文对国内外巴西橡胶树替代产胶作物及技术开发利用现状进行概括分析,并建议迅速确立专项开展银胶菊及转基因橡胶草等替代巴西橡胶树产胶作物及技术调研研究.