中国华东区地方鹅种群体遗传多样性及遗传分化研究

利用25对微卫星引物对我国华东14个地方鹅种进行群体遗传多样性及遗传分化分析。通过计算多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数、遗传距离、基因流和F-统计量等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：各座位的等位基因数为4～16。所有群体均显示较高水平的杂合度,其中,雁鹅最低,为0．5662,百子鹅最高,为0．7748。鹅品种间存在较大的遗传分化,27．5％的遗传变异来自于品种间的差异。基于DA遗传距离的NJ聚类法将14个群体划分为4类。分析遗传分化与地理距离的相关关系发现,华东地方鹅种的遗传分化与地理距离不存在显著相关。     

运用两类分子标记分析我国5个家鹅品种的遗传多样性和系统进化

首次运用33对微卫星标记(核内标记)和mtDNA D-环 521 bp 标记(核外标记),综合分析研究了我国丰城灰鹅、广丰白翎鹅、莲花白鹅、兴国灰鹅和伊犁鹅5个家鹅地方品种的遗传多样性和系统进化.结果表明:5个家鹅品种的杂合度,多态信息含量,单倍型多样度,核苷酸多样度分别为0.4 277～0.4 932,0.3 542～0.4 186,0～0.25 和 0～0.00 048,遗传多样度不丰富,两种标记构建的系统发生树均表明丰城灰鹅、广丰白翎鹅、莲花白鹅和兴国灰鹅等4个家鹅起源于鸿雁;伊犁鹅起源于灰雁.     

藏绵羊线粒体DNA遗传多样性研究

本文用ＡｐａＩ,ＡｖａⅡ,ＢａｍＨＩ,ＢｃｌⅡ,ＣｌａＩ,ＥｃｏＲⅤ,ＨｉｎｄⅢ,ＨｐａＩ,ＫｐｎＩ,ＰｓｔＩ,ＰｖｕⅡ,ＸｂａＩ,ＸｈｏＩ等１４种内切酶,分析了１２头藏绵羊ｍｔＤＮＡ的限制性片断长度多态性,共检测了３５个酶切位点,发现ＡｖａⅡ,ＣｌａＩ,ＰｖｕⅡ三种酶切类型具有多态性,根据不同个体的ｍｔＤＮＡ的酶切类型,发现藏绵羊存在三种ｍｔＤＮＡ单倍型,计算ｍｔＤＮＡ多态度π值为０．００１２,     

太湖鹅群体遗传多样性研究

通过筛选的28个多态性较好的微卫星标记,检测了太湖鹅群体的遗传多样性,结果表明,28个微卫星位点均表现出多态性,总共检测到87个等位基因,平均等位基因数为3.1071个;群体多态信息含量为0.4450,杂合度为0.5206。瓶颈效应分析结果表明该群体已偏离了突变-漂移平衡,近期可能经历了瓶颈效应,种群数量曾经下降。根据遗传多样性检测数据,提出保护与开发建议。     

太湖鹅群体遗传多样性研究

通过筛选的28个多态性较好的微卫星标记,检测了太湖鹅群体的遗传多样性,结果表明,28个微卫星位点均表现出多态性,总共检测到87个等位基因,平均等位基因数为3.1071个;群体多态信息含量为0.4450,杂合度为0.5206。瓶颈效应分析结果表明该群体已偏离了突变-漂移平衡,近期可能经历了瓶颈效应,种群数量曾经下降。根据遗传多样性检测数据,提出保护与开发建议。     

中国小型鹅种的遗传多样性分析

采用微卫星标记技术对我国13个小型家鹅群体(莲花白鹅、永康灰鹅、太湖鹅、闽北白鹅、长乐鹅、乌棕鹅、阳江鹅、酃县白鹅、右江鹅、籽鹅、百子鹅、豁眼鹅、伊犁鹅)的遗传多样性进行了分析.结果表明:13个品种的平均杂合度都较高,平均杂合度最高的为太湖鹅,最低的为豁眼鹅,杂合度范围为0.5041～0.7145,13个鹅种资源群体平的均杂合度为0.6132,反映了各鹅种的杂合度都较高,遗传多样性丰富;通过计算DA遗传距离发现各群体的遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果将13个中型鹅种聚为三大类,NJ的聚类结果分析与几个鹅品种的地域分布和经济用途的关系并不密切.     

中国小型鹅种的遗传多样性分析

采用微卫星标记技术对我国13个小型家鹅群体(莲花白鹅、永康灰鹅、太湖鹅、闽北白鹅、长乐鹅、乌棕鹅、阳江鹅、酃县白鹅、右江鹅、籽鹅、百子鹅、豁眼鹅、伊犁鹅)的遗传多样性进行了分析。结果表明:13个品种的平均杂合度都较高,平均杂合度最高的为太湖鹅,最低的为豁眼鹅,杂合度范围为0.5041~0.7145,13个鹅种资源群体平的均杂合度为0.6132,反映了各鹅种的杂合度都较高,遗传多样性丰富;通过计算DA遗传距离发现各群体的遗传距离较远,分化时间较长;NJ聚类结果将13个中型鹅种聚为三大类,NJ的聚类结果分析与几个鹅品种的地域分布和经济用途的关系并不密切。     

伊犁马遗传多样性研究进展

伊犁马是我国独特的马遗传资源,有着悠久的历史。目前,已经使用形态标记法、微卫星标记法、线粒体DNA分析法对伊犁马的遗传多样性进行研究。得出主毛色基因的控制位点能控制马不同的形态;通过微卫星标记法发现伊犁马种内具有复杂的遗传背景,遗传变异大,选择潜力也大,今后通过科学的选育,提高品种品质的可能性也大;对线粒体DNA分析得出在高变区其具有丰富的多态性。     

陇东地方牛种遗传多样性研究

对陇东地方牛种及其与秦川牛和南德温牛杂交群体共计113个个体线粒体D-loop区461 bp序列进行多态性分析,结果表明,3个群体该区域A+T含量(64.2%)明显高于G+C含量(35.8%),表现出明显的碱基偏倚;3个群体核苷酸变异率介于0.42%和3.27%之间,陇东牛和南德温牛杂交群体核苷酸变异率最高;核苷酸变异类型以转换为主,转换占核苷酸多态位点的90.94%,其次为颠换,占4.59%,同样表现出明显的碱基替换偏倚;3个群体核苷酸岐异度介于0.008 95和0.029 06之间,遗传距离介于0.000 15和0.008 36之间,陇东地方牛及其与秦川牛的杂交群体核苷酸歧异度和遗传距离最小。     

麋鹿mtDNA控制区序列遗传多样性分析

为研究北京南海子麋鹿苑麋鹿的遗传多样性和进化系统,采用聚合酶链式反应(PCR)技术对13头麋鹿mtDNA控制区(D-环区)进行全序列扩增,对所得PCR产物进行测序,获得1 199 bp核甘酸序列片段,G+C含量占39.1%,其中仅有6个位点存在变异和转化,3种单倍型多样性为0.295,核苷酸多样性为0.039%。证明麋鹿的遗传多样性较低。将所测的麋鹿样本的mtDNA控制区序列与马鹿、坡鹿等鹿亚科动物进行比较,构建NJ分子系统发育树,研究其种间亲缘关系最近的为坡鹿、泽鹿。     

5个白鹅群体的遗传结构和进化分析

应用微卫星标记对我国5个白鹅品种资源群体(太湖鹅、四川白鹅、织金白鹅、伊犁鹅、皖西白鹅)的遗传结构和进化进行了研究。结果表明:(1)5个白鹅群体的平均杂合度都较高,反映了各鹅种群体内的遗传变异较大,各鹅种的适应性较强;(2)通过计算DS遗传距离和UPG-MA聚类,发现5个白鹅群体间的遗传距离较远,分化时间较长,5个白鹅群体分别独自为一类,聚类结果反映了5个鹅品种的进化与它们的选育历史及地理分布关系密切。应加强对我国现有鹅种资源的保护力度和开发力度。     

Genetic diversity of Jiangsu native chicken breeds assessed with the mitochondrial DNA D-loop region

1. The objective of this study was to determine the origin and evolution of chickens from 5 native breeds that are traditionally raised in Jiangsu Province.

2. To address this question, the complete mitochondrial DNA D-loop sequence of 149 chickens from 5 native breeds of Jiangsu Province was analysed.

3. Sequence read lengths of the native breeds were 1231 to 1232 bp, with a single-base deletion from the 859 bp site in the 1231 bp haplotype. A total of 33 variable sites that defined 19 haplotypes were identified. The average haplotype diversity and nucleotide diversity were 0.862 ± 0.017 and 0.00591 ± 0.00135.

4. Phylogenetic analysis showed that genetic structure of the mtDNA haplotypes of Jiangsu chickens are distributed across 5 clades (haplogroups): Clades A, B, C, D, and E. However, most of the individuals characterised in this study belonged to clades A and B.

5. The results of this study indicate that Jiangsu chicken populations have relatively low nucleotide and haplotype diversity and likely share 5 common maternal lineages.     

基于线粒体DNA D-loop区序列分析我国小型鹅种的系统进化

为了探究我国小型鹅种的系统进化,运用DNA测序技术测定了我国13个小型鹅种群体mtDNA D-loop区521 bp序列。结果显示这13个小型鹅种D-loop区的A、G、C、T含量分别为32.2%,15.0%,29.0%,23.8%。平均单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.2153和0.00046。13个家鹅种间变异大于种内变异,且均未出现群体扩张现象。群体聚类和系统进化树表明,伊犁鹅来源于灰雁（Anser anser）,其余12个鹅种来源于鸿雁（Ansercygnoides）     

Genetic diversity of mtDNA D-loop sequences in four native Chinese chicken breeds

1. To explore the genetic diversity of Chinese indigenous chicken breeds, a 585 bp fragment of the mitochondrial DNA (mtDNA) region was sequenced in 102 birds from the Xichuan black-bone chicken, Yunyang black-bone chicken and Lushi chicken. In addition, 30 mtDNA D-loop sequences of Silkie fowls were downloaded from NCBI. The mtDNA D-loop sequence polymorphism and maternal origin of 4 chicken breeds were analysed in this study.

2. The results showed that a total of 33 mutation sites and 28 haplotypes were detected in the 4 chicken breeds. The haplotype diversity and nucleotide diversity of these 4 native breeds were 0.916 ± 0.014 and 0.012 ± 0.002, respectively. Three clusters were formed in 4 Chinese native chickens and 12 reference breeds. Both the Xichuan black-bone chicken and Yunyang black-bone chicken were grouped into one cluster. Four haplogroups (A, B, C and E) emerged in the median-joining network in these breeds.

3. It was concluded that these 4 Chinese chicken breeds had high genetic diversity. The phylogenetic tree and median network profiles showed that Chinese native chickens and its neighbouring countries had at least two maternal origins, one from Yunnan, China and another from Southeast Asia or its surrounding area.     

山羊品种遗传多样性的分析

利用6个微卫星标记对中西部7个山羊品种(陕南白山羊、陕北白绒山羊、西农萨能羊、关中奶山羊、太行山羊、黄淮山羊、伏牛山羊)共计322个个体进行了遗传多样性检测,并根据Nei氏遗传距离进行了聚类分析。结果表明:6个微卫星标记在这7个品种中存在高度多态性;陕北白绒山羊的遗传变异程度最大,平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.8401和0.8244;而关中奶山羊的遗传变异程度相对较小,平均杂合度和平均多态信息含量分别为:0.7990和0.7784。UPGMA聚类分析表明,黄淮山羊和伏牛山羊聚为一类,陕南白山羊,太行山羊,陕北白绒山羊依次加入,西农萨能羊和关中奶山羊作为一类最后加入。     

唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性及遗传结构分析

[目的]从分子水平上探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法] 对52头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop区序列进行测定后,使用生物信息学软件分析确定其核苷酸变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。[结果] 在619 bp唐古拉山牦牛D-loop区序列分析中,排除2处插入（缺失）后共检测到31处多态位点,包括单一多态位点5处和简约信息位点26处。根据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.821±0.043和0.007±0.004。与我国其他18个家牦牛品种和野牦牛相比,唐古拉山牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体遗传变异较为贫乏,母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群,邻接法（即NJ法）构建的系统发育树结果显示：唐古拉山牦牛群体13种单倍型分布在A、B、C、D和E五种单倍型组中,且聚为2个大的母系分支（即I和II）,支系Ⅰ占比为77%,提示唐古拉山牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源且以支系Ⅰ为主。 [结论] 唐古拉山牦牛母系遗传多样性水平较低,由2个母系支系组成,以支系Ⅰ为主,推测其有2个母系起源。     

新批准的西南地区5个山羊遗传资源mtDNA D-loop遗传多样性与亲缘关系研究

为了研究新批准的西南地区5个山羊遗传资源的遗传多样性及其与其他羊种的亲缘关系,试验利用设计的引物对山羊的mtDNA D-loop序列进行了PCR扩增和测序,对序列数据进行了核苷酸多样性、单倍型和亲缘关系分析。结果表明:在西南地区新批准的5个山羊遗传资源中,大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊平均多态位点数比较接近,均高于渝东黑山羊和贵州黑山羊;大足黑山羊、黔北麻羊和酉州乌羊遗传多样性高于贵州黑山羊和渝东黑山羊;从亲缘关系来看,渝东黑山羊与板角山羊和南江黄羊亲缘关系较近,酉州乌羊与板角山羊亲缘关系最近,贵州3个羊种(贵州白山羊、贵州黑山羊和黔北麻羊)遗传距离近,大足黑山羊与乐至黑山羊遗传距离较近。说明渝东黑山羊和贵州黑山羊遗传多样性较低,需要加强遗传资源的保护和提纯;新批准的5个山羊遗传资源的遗传距离和亲缘关系与其所处的地理位置存在密切关系。     

甘孜藏牛mtDNA 基因组遗传多样性分析

［目的］探究甘孜藏牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。［结果］结果显示：在28头甘孜藏牛mtDNA 基因组中,共检测到1232个变异位点,确定了22种单倍型,其单倍型多样度（Hd）为0.98820±0.00010,核苷酸多样度（Pi）为0.02420±0.00003,表明甘孜藏牛具有丰富的母系遗传多样性。系统发育树和网络分布图表明,28头甘孜藏牛mtDNA基因组包括4种母系支系,分别为普通牛的T2、T3与T4支系,还有牦牛支系,其中T2支系占7.14%,T3支系占64.29%,T4支系占3.57%,牦牛支系占25 %。［结论］甘孜藏牛具有较丰富的母系遗传多样性,为普通牛母系起源,但与牦牛有杂交。