微卫星标记分析乌龟养殖群体的遗传多样性

利用8个微卫星标记对7个乌龟养殖群体进行了遗传多样性和遗传结构的检测。结果显示,7个养殖群体都表现出较高的多态性,8个位点共检测出130个等位基因,范围在9～26,平均16.25;其多态信息含量(PIC)范围为0.57～0.92,平均值为0.71;观测杂合度(HO)和期望杂合度(HE)分别为0.30～0.87和0.60～0.93。分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异5.91%来自群体间,84.29%来自群体内部,两两群体间FST值在0.0143～0.1127,其中57.14%的两两群体间无分化,42.86%的两两群体间出现了中等程度的分化。哈迪-温伯格平衡检测表明,8个位点中有5个位点显著或极显著的偏离了哈迪-温伯格平衡,推测各群体中出现了近交繁殖的现象。7群体间遗传距离为0.1066～0.6468,UPGMA聚类分析表明,湖北荆州群体单独聚为一支,其余6个群体聚为另一支。另外,7个群体都存在特有等位基因,提示群体间等位基因扩散受到一定程度的限制,同时在育种上,可以作为亲本选育的一个重要参考指标。     

微卫星分析四个大黄鱼群体的遗传多样性

为保护人工养殖大黄鱼的种质资源,用15对微卫星标记对来自浙江沿海地区的四个大黄鱼养殖群体共171个个体进行了遗传多样性分析.结果显示,这些标记在四个群体中均表现出丰富的多态性;共检测到206个等位基因;各基因座观测等位基因数7～23个,平均等位基因数13.73,大小在88～318bp之间.四个群体的平均观测杂和度(Ho)为0.5981～0.6893,期望杂和度(He)为0.7319～0.7944,多态信息含量(PIC)0.7138～0.7836,表明四个养殖群体在所检测位点均具有较好的多态性.对遗传距离的计算结果表明闵粤东群体与反交群体较近,聚类结果中首先聚到一起.本研究首次选择微卫星标记评估人共选育大黄鱼群体的遗传多样性,并采用高精度的377 DNA测序仪进行检测,将对大黄鱼的种质资源保护提供科学依据.     

4 个斧文蛤群体微卫星标记的遗传多样性分析

为研究斧文蛤(Meretrix lamarckii)不同地理群体(浙江苍南群体、福建长乐群体、福建宁德群体以及广东汕头群体)的遗传结构和系统发生关系,采用13对微卫星分子标记,对4个不同地理群体进行了分析。结果显示,13对引物共检测出63个等位基因,每个位点等位基因数(Na)2~7个,平均每个位点观测等位基因数(Na)为4.87;有效等位基因数(Ne)为1.927~2.591;平均观测杂合度(Ho)为0.437~0.562;平均期望杂合度(He)为0.446~0.549;平均多态信息含量(PIC)为0.383~0.490;Hardy-Weinberg平衡检验表明,4个群体的大部分微卫星位点都偏离平衡状态(P0.05);UPMGA聚类分析表明,浙江苍南群体与福建宁德群体聚为一支,福建长乐群体和广东汕头群体聚为一支;群体间遗传变异指数Fst为0.230 9,表明4个斧文蛤群体间的遗传变异为23.09%。研究表明,斧文蛤4个不同地理群体遗传多样性处于中等多态水平;4个群体的遗传距离与它们实际的地理分布情况基本一致;4个地理群体间的变异较大,遗传分化水平较高。该研究为斧文蛤种质资源的有效保存、管理和恢复提供了理论依据。     

微卫星DNA标记对乌苏里江哲罗鱼遗传多样性的分析

从网上查询获得鳟微卫星标记30对，并对乌苏里江哲罗鱼的基因组进行遗传多样性分析，结果筛选出10对具多态性的微卫星标记。并用其中6对微卫星引物对17尾乌苏里江哲罗鱼进行基因组DNA扫描检测。用2％的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物，并对扩增结果进行了统计分析，计算了6个基因座的等位基因频率、杂合度等。结果表明，乌苏里江哲罗鱼等位基因频率为0．0455～0．7857，多态信息含量(PIC)为0．2801～0．6351，杂合度(H)为0．3368～0．6563。统计结果初步表明乌苏里江哲罗鱼的遗传多样性程度处于中等偏下水平。同时，结合资源量下降的事实，建议在保护遗传多样性的前提下对其采取人工繁殖和放流的方法增加其种群数量。     

牙鲆3个养殖群体遗传结构的微卫星分析

采用微卫星标记分析技术,用5个多态性的微卫星标记对来自3个不同国家（中国、日本和韩国）的牙鲆养殖群体进行了遗传多样性研究。研究结果表明,3个牙鲆群体平均等位基因在4．8～5．6之间,平均观测杂合度（H0）在0．3917～0．5643之间,平均期望杂合度（HE）在0．5981～0．6264之间。有多个位点在不同的群体中偏离哈代-温伯格平衡。遗传距离分析表明,中国群体与日本群体遗传距离最近,韩国群体与日本群体遗传距离最远。分子方差分析（AMOVA）表明,群体内遗传变异与群体间遗传变异分别占总遗传变异的92．44％和7．56％,固定系数（R）为0．0752（P〈0．001）,表明牙鲆3个养殖群体遗传分化显著。     

利用微卫星标记分析军曹鱼养殖群体的遗传多样性

利用12个微卫星标记对北海(BH)、陵水(LS)、硇洲(NZ)、徐闻(XW)和三亚(SY) 5个军曹鱼(Rachycentron canadum)养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示,12对微卫星引物在5个军曹鱼养殖群体中共检测到129个等位基因。各养殖群体的平均等位基因数为3.833~6.750,平均有效等位基因数为2.284~3.645,平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.481~0.635和0.533~0.681,平均多态信息含量为0.463~0.630;哈迪-温伯格平衡检测结果显示,各群体在多个微卫星位点上均显著偏离平衡(P<0.05);军曹鱼养殖群体间的遗传分化指数(Fst)为0.055~0.150,遗传距离(D)为0.240~0.635,其中,BH和NZ的Fst最大(0.150),D最远(0.635);AMOVA分析表明,军曹鱼养殖群体的84%遗传变异来自于个体之间;基于Nei´s遗传距离构建的UPGMA系统进化树显示,BH和SY聚为一支,LS和XW聚为一支,两支聚为一支后与NZ聚为一支。研究结果将为军曹鱼种质资源保护和改良等提供科学的数据参考。     

微卫星DNA标记在鱼类遗传多样性分析中的应用

微卫DNA因其数量分布广,多态性丰富及检测快速方便等优点在动物的遗传育种中已得到了广泛的应用。本文通过对微卫星DNA性质特点,微卫星DNA标记的原理以及其在鱼类遗传多样性的分析中的应用等多方面进行综述．并简单介绍该技术中存在的问题及发展前景。     

基于微卫星标记对6个花鲈群体的遗传多样性分析

为了解中国不同地理群体花鲈(Lateolabrax maculatus)的遗传结构,从花鲈基因组序列中筛选出11个具有多态性的微卫星位点,对中国沿海地区(天津、长岛、青岛、上海、厦门和北海)6个花鲈野生群体的遗传多样性进行分析.11个微卫星位点共检测到57个等位基因,7个微卫星位点具有高度多态性.6个群体的等位基因数(...     

半滑舌鳎养殖群体和减数分裂雌核发育群体的微卫星标记遗传多样性分析

利用24对微卫星分子标记对半滑舌鳎Cynoglossus semilaevis的养殖群体和减数分裂雌核发育群体进行遗传多样性分析。结果表明,两个半滑舌鳎群体平均等位基因数分别为7.0和4.8,平均有效等位基因数分别为3.935和2.411,平均观测杂合度(HO)分别为0.713 5和0.586 5,养殖群体的遗传多样性明显高于减数分裂雌核发育群体。有1个位点在养殖群体中偏离哈代-温伯格平衡,13个位点在减数分裂雌核发育群体中偏离哈代-温伯格平衡。群体间基因分化系数(GST)为0.093 6,遗传距离为0.420 0,表明两群体间遗传分化显著。     

微卫星标记分析乌江流域白甲鱼群体的遗传多样性

以乌江流域白甲鱼(Onychostoma sima)为材料,构建了白甲鱼微卫星富集文库.对乌江彭水电站坝上、坝下种群进行PCR扩增,得到5个多态位点,其等位基因数目3～6;多态信息含量0.4465～0.7116;观测杂合度0.4444～0.9310;期望杂合度0.4902～0.7624;Hardy-Weinberg平衡偏离指数-0.4171～0.2380,各位点两两之间不存在显著的连锁不平衡现象.实验初步表明:乌江流域白甲鱼的遗传多样性较为丰富,但彭水水电站的建立已经对其造成了一定程度的影响.     

散鳞镜鲤两个保种群体的遗传多样性

利用20个微卫星标记分析国内仅存的两个散鳞镜鲤（Cyprinus carpio）保种群体（SP、CJ）的遗传多样性。结果表明：共检测到147个等位基因,平均值为7.35,有效等位基因数（Ae）、期望杂合度（He）以及多态信息含量（PIC）的平均值分别为2.7828、0.6041和0.5386。SP群体的Ae、He以及PIC值分别为3.1126、0.6479和0.5948,大于CJ群体（2.4529、0.5602和0.4823）。在两个群体中,群体特有等位基因共53个,其中9个为低频等位基因。对20个引物在两个群体中等位基因的显著性分析表明：其中有16个引物可以作为区分两个群体的特异性分子标记。瓶颈效应分析结果显示：2个群体均经历了瓶颈效应。同胞率检测结果（SP 97.5%;CJ 96.7%）偏高说明群体内近交压力较大。哈迪-温伯格平衡检测表明：两个群体大部分位点偏离平衡并处于杂合子过剩状态。两个群体间的遗传距离（D）为0.5625,SP和CJ群体的个体均各聚为一支。群体间的遗传分化指数（Fst）为0.1138,Nm值为1.9462。该研究表明：散鳞镜鲤群体遗传多样性水平较高,其中SP群体的遗传多样性水平高于CJ群体,两群体处于中度遗传分化。     

利用微卫星标记评估乌江彭水水电站对泉水鱼的遗传多样性影响

乌江彭水水电站建成后形成阻隔,可能对生境连通性及坝上坝下鱼类的交流产生不利,影响到物种遗传多样性和群体遗传结构.本研究通过磁珠富集法构建了泉水鱼(Pseudogyrincheilus procheilus)微卫星文库,建立了泉水鱼微卫星DNA分子标记体系,并利用这些微卫星分子标记初步评估了乌江彭水水电站对泉水鱼的遗传多样性影响.用6对具多态性的引物对乌江中35尾野生泉水鱼样本进行遗传多样性分析,结果显示,6个位点共检测到28个等位基因;每个位点平均杂合度为0.6536,平均多态信息含量为0.6085,平均Shannon多样性指数为1.2752;卡方检验得出2个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,且其中1个位点中出现了无效等位基因.实验初步表明乌江流域泉水鱼的遗传多样性较为丰富,但可能受到了水电站阻隔的干扰.     

津鲢与长江鲢遗传多样性分析

随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。     

大鳞副泥鳅７个群体遗传变异的微卫星分析

利用泥鳅的微卫星引物跨种扩增大鳞副泥鳅,通过家系扩增、PCR产物测序筛选出6个座位,用于大鳞副泥鳅7个野生群体的遗传结构分析。结果显示,群体的平均等位基因数在3.167与4.833之间,平均观测杂合度（Ho）在0.248与0.417之间,平均期望杂合度（He）在0.379与0.505之间,多个座位存在零等位基因、杂合子缺失现象,显示大鳞副泥鳅种群遗传多样性较低。采用 UPGMA 法对7个群体基于 DA 遗传距离进行聚类,可分为4类,位于长江中下游的沙市、澧县、武汉、鄱阳湖群体先聚为一类,后与石首群体聚类,最后与珠江水系的广州群体聚类,而位于长江上游的泸州群体则单独聚为一类。群体的 F-统计量（Fst）为0.2987,表明群体间存在显著的遗传分化,主要由泸州群体与其它地区群体间的遗传分化引起。     

花糕红点鲑多态性微卫星筛选及鸭绿江种群遗传多样性分析

利用强壮红点鲑（Salvelinus confluentus）的微卫星筛选出适用于我国的珍稀濒危冷水性鱼类——花糕红点鲑（Salvelinus malma）的多态性引物,并分析其鸭绿江种群的遗传多样性。结果显示,在强壮红点鲑的10个微卫星引物中有5个在花糕红点鲑群体中具有多态性,鸭绿江种群的等位基因数（N）a为6~22（平均15）,杂合度（H）为0.4063~0.9333（平均0.7851）,多态信息含量（PIC）为0.7164~0.9198（平均0.8536）。强壮红点鲑微卫星引物在花糕红点鲑中具有很好的通用性,花糕红点鲑的鸭绿江种群具有较高的遗传多样性水平。本研究结果为我国花糕红点鲑种质资源保护和管理提供遗传学理论依据。     

南方拟微卫星标记筛选及遗传多样性分析

南方拟■是一种分布于长江以南各水系的小型经济鱼类,目前仅有野生资源。为查明珠江流域其群体遗传结构现状,试验采用RAD-Seq技术筛选出36个多态性微卫星标记,其中29个为高度多态性(多态信息含量>0.50)位点,6个为中度多态性(0.25<多态信息含量<0.50)位点和1个为低度多态性(多态信息含量<0.25)位点。选取6个高度多态性位点研究珠江流域的北江、桂江、都柳江、融江、左江、右江、黔江及郁江8个江段南方拟■群体的遗传多样性和种群分化情况,结果显示,共检测到98.17个等位基因,平均等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、香农指数和多态信息含量值分别12.2713、6.0575、0.5389、0.7679、1.8974和0.7379,表明珠江流域南方拟■的遗传多样性丰富。6个微卫星位点在8个群体中检测结果显示,平均群体间分化系数为0.1028,表明10.28%的遗传变异来自于群体间,89.72%的遗传变异来自于群体内,属于中等分化水平;平均群体内近交系数为0.2987,表明群体内杂合子缺失严重;基因流为1.0075~4.7308,说明群体间的基因流足以抵制遗传漂变。本研究的结果可为南方拟■种质资源保护和开发利用提供科学依据。     

异型雄性罗氏沼虾遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星DNA标记研究3种近亲交配形态型雄性罗氏沼虾遗传多样性,所用虾样均采自国家级(南宁)罗氏沼虾良种场,共150尾成年近亲交配的雄虾,其中蓝色长臂型、橙色长臂型、小个体型各50尾。研究结果表明,3组样品的生长发育差异显著,蓝色长臂型、橙色长臂型、小个体型各组中微卫星位点的总等位基因分别为24、28和22,3组样品所有位点的平均观察杂合度为0.474～0.556。其平均群体内近交系数为-0.0189,说明杂合子过剩,对比分析和群体间分化系数表明,3组雄虾遗传差异明显,最大遗传间距位于蓝色长臂型和小个体型,最小的遗传间距位于蓝色长臂型和橙色长臂型。研究结果将为罗氏沼虾优质父本选育和调控雄性遗传发育提供基础性遗传信息。     

雌核发育草鱼群体及两个普通草鱼群体的微卫星遗传分析

以草鱼(Ctenopharyngodon idellus)养殖群体(YZ)为母本,以紫外线灭活的鲤鱼精子激活草鱼卵子,冷休克抑制第二极体排出的方法诱导获得异精雌核发育草鱼群体(CH)。利用12对微卫星引物对YZ群体、YS (扬州广陵长江系家鱼原种场引进草鱼群体)群体、CH群体进行PCR扩增并分析,共检测出194个等位基因,其中75.8个有效等位基因。YZ群体、YS群体、CH群体的平均等位基因数依次为13.0、12.6、4.7;平均有效等位基因数依次是7.7、6.6、2.3;平均期望杂合度依次为0.87、0.82、0.56;平均多态信息含量依次为0.84、0.79、0.49。从每个个体在微卫星位点的纯合率看,YZ群体中个体的纯合度在0.00～0.33, YS群体r中个体的纯合度在0.00～0.42, CH群体中个体的纯合度在0.42～0.92。这表明与YZ群体和YS群体相比,CH群体的遗传多样性显著下降,并且在每个位点的纯合率CH群体均高于普通草鱼群体,表明人工诱导减数雌核发育可加速草鱼大多数基因位点的纯合,是快速建立高纯品系的有效手段。同时,本研究筛选并利用微卫星位点组合建立了雌核发育草鱼子代不同家系及其母本亲缘关系的简易、高效鉴别技术,旨在为雌核发育草鱼标记辅助育种打下基础。     

红唇薄鳅2个野生群体的遗传多样性研究

采用9个微卫星DNA标记对长江支流岷江下游厥溪和长江上游干流朱杨溪红唇薄鳅的2个野生群体遗传多样性及遗传分化情况进行了研究。共检测出73条等位基因,其中厥溪群体中有55条等位基因,朱杨溪群体中有69条等位基因,两群体共有等位基因数为51条。厥溪群体和朱杨溪群体的平均等位基因数分别为6.111和7.667,平均观测杂合度分别为0.665和0.668;平均期望杂合度分别0.684和0.712,平均多态性信息指数分别为0.621和0.656,从各参数结果来看,朱杨溪群体的遗传多样性水平高于厥溪。AMOVA结果显示,大多数遗传变异存在于红唇薄鳅群体内(98.68%),群体间的遗传变异为1.32%,固定系数不显著。基因流为9.42,表明两群体间基因交流频繁。UPGMA聚类显示,厥溪和朱杨溪群体中的个体相互混杂。这些结果表明长江上游厥溪和朱杨溪群体未出现遗传分化。