利用正交设计优化番茄SRAP-PCR反应体系

以番茄耐低温材料抗寒0号和不耐低温番青的F2为材料,利用正交试验设计对SRAP-PCR反应体系中的5因素（模板DNA、引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶）在4个水平上进行正交优化试验。结果表明：各因素水平变化对反应体系影响的大小依次为：引物＞Taq DNA聚合酶＞dNTPs＞模板DNA＞Mg2+。建立番茄耐低温SRAP-PCR的20 μL最佳反应体系为：模板DNA为15 ng、引物浓度0.75 μmol?L-1、Mg2+浓度2.0 mmol?L-1、dNTPs浓度0.125 mmol?L-1、Taq DNA聚合酶1.0 U。     

利用正交设计优化甘蔗SRAP-PCR反应体系

利用正交设计L16（45）对甘蔗SRAP-PCR反应体系的五大因素（Mg2＋、dNTPs、引物、模板DNA、Taq酶）在4个水平上进行优化,得到如下结论：各因素水平变化对PCR反应的影响从大到小依次是：Mg^2＋、dNTPs、引物、Taq酶和模板DNA;通过对各因素进行筛选,建立甘蔗SRAP-PCR反应的最佳体系（20μL）为：dNTPs 0.25 mmol/L、引物0.1μmol/L、Mg^2＋2.5 mmol/L、Taq酶0.25U和模板DNA 60 ng。     

番茄SRAP-PCR反应体系建立与优化

利用正交实验设计L16(45)对番茄SRAP-PCR反应体系的5个因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶和模板DNA)在4个水平上进行优化试验研究。结果表明:各因素水平变化对反应体系影响的大小依次为:Mg2+dNTPs引物Taq DNA聚合酶模板DNA;建立的番茄SRAP-PCR最佳体系(25μL)为:Mg2+2.5mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、dNTPs0.25mmol/L、引物0.4μmol/L、模板DNA 80ng。     

正交设计优化辣椒SRAP-PCR反应体系及引物筛选

以辣椒基因组DNA为模板,采用L15（4^5）正交试验设计,对SRAP反应体系中的5种关键因素（TaqDNA聚合酶、Mg^2＋、dNTPs、引物、模板DNA）进行优化,结果表明,     

利用正交设计优化辣椒SRAP反应体系

为快速建立优化的辣椒SRAP反应体系,利用L9(34)正交表,探讨了Mg2+、dNTPs、引物和模板DNA4种主要反应成分的浓度变化对SRAP扩增结果的影响。结果表明:通过正交设计实验可高效建立优化稳定的辣椒SRAP反应体系;用该法建立的辣椒SRAP优化反应体系为:20μL反应体系中含10×PCRBuffer 2.0μL、Mg2+2.5 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L,上下游引物各0.4μmol/L、模板DNA10 ng,TaqDNA聚合酶1 U。     

石榴ISSR-PCR反应体系的正交设计优化

现利用正交设计L16(45)探讨DNA模板、Mg2+、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶对石榴ISSR-PCR反应体系的影响,首次应用加权平均法及百分制对正交实验结果进行评分,并应用DPS数据处理系统进行数据分析;同时对石榴ISSR-PCR最佳反应体系进行退火温度梯度试验。结果表明:适合石榴的ISSR-PCR最优反应体系(25μL)为:Mg2+1.75 mmol/L、dNTPs0.15 mmol/L、TaqDNA聚合酶1 U、引物0.8 mmol/L、DNA模板20 ng;引物UBC 811的最适退火温度为51.2℃,且最适退火温度因引物而异。     

西藏光核桃SRAP-PCR反应体系的优化和引物筛选

以西藏12份光核桃种质为试材,采用正交设计,从dNTPs、Mg²⁺、引物、模板DNA和Taq DNA聚合酶5种因素5个水平来优化SRAP-PCR反应体系,并对引物进行了筛选。结果表明:光核桃25μL的SRAP反应体系的最佳组分包括2.5μL 10×buffer,0.35 mmol/L dNTPs,1.5 mmol/L Mg²⁺,0.4μmol/L引物,20 ng模板DNA和2.5 U Taq DNA聚合酶。各因素对扩增反应结果均有不同影响,其中以dNTPs浓度影响最大,模板DNA的影响最小。应用该体系从40个引物组合中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物组合23个。这一体系的建立及多态性引物组合的筛选为利用SRAP标记技术进行光核桃遗传多样性研究提供了依据。     

正交设计优化大白菜ISSR-PCR反应体系

以大白菜为试材,采用新型植物基因组DNA提取试剂盒提取大白菜基因组DNA,采用正交实验设计方法,对dNTPs、Mg2+、Taq DNA聚合酶、引物、及模板DNA五因素四水平进行优化,筛选并建立了适合大白菜的ISSR-PCR反应体系。结果表明:25μL的反应体系中含有1.5mmol/L Mg2+、200μmol/L dNTP、0.5UTaq DNA聚合酶、0.7μmol/L引物、30ng模板DNA。在此基础上探讨了最佳循环次数,应用该优化反应体系,用3个不同循环数对资源DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示优化的反应体系适宜的循环次数是30。     

温郁金SCoT-PCR反应体系的正交优化

以温郁金为试材,运用L25(56)正交设计在5个水平上对影响温郁金SCoT-PCR反应的模板DNA、Mg2+、dNTPs、Taq酶和引物5个因素进行优化试验,对PCR结果进行极差分析。建立并优化温郁金的目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)体系,以期为温郁金的遗传多样性分析及分子鉴定等研究提供技术支持。结果表明:建立了温郁金SCoT-PCR的最佳反应体系(20μL):引物0.8μmol/L,dNTPs 0.4mmol/L,Mg2+1.5mmol/L,Taq酶0.5U,模板DNA 40ng,且确定各因素对温郁金SCoT-PCR反应效果的影响大小依次为:dNTPsTaq酶引物Mg2+模板DNA,其中dNTPs对体系影响最大。优化的温郁金SCoT-PCR反应体系在多个温郁金品种遗传多样性研究中得到了验证,结果表现出良好的稳定性、重复性和多态性丰富等特点,可用于今后温郁金品种遗传多样性分析、系统发育分析、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等研究。     

正交设计优化莲藕ISSR-PCR反应体系研究

利用正交实验设计的方法,对莲藕ISSR-PCR反应的四因素(TaqDNA聚合酶浓度、dNTP浓度、引物浓度、Mg2+浓度)三水平进行优化分析,并在此基础上对模板DNA浓度、PCR反应过程中的退火温度进行梯度检测。结果表明:20μL的ISSR-PCR反应体系中各因素的最佳浓度为:10×PCRbuffer 2.0μL、dNTP150μmol/L、引物1.2μmol/L、Mg2+2.0 mmol/L和TaqDNA聚合酶4 U,最佳模板DNA浓度为40～60 ng,引物U826的最佳退火温度为48.7℃。     

杨树SRAP-PCR反应体系的建立与优化

以辽宁杨为材料,建立了杨树的SRAP-PCR扩增体系。利用单因素试验对影响扩增的5个组分进行了优化,确定在25μL反应体系中:Mg2+浓度为2.0 mmol/L、dNTPs浓度为0.2 mmol/L、TaqDNA聚合酶浓度为1.0 U、引物浓度为0.3μmol/L、模板DNA浓度30 ng/μL。利用优化后的反应体系对17个杨树材料进行了多态性检测,结果表明:该体系能够很好的满足杨树基因组SRAP扩增的要求。     

樱桃SRAP-PCR体系优化及其遗传多样性分析

选取亲缘关系较远的3个不同基因型樱桃资源为试材,对影响SRAP标记PCR反应的模板、Mg2+、dNTPs、Taq酶及引物浓度进行了优化,建立了适合于樱桃SRAP标记的扩增体系。反应体系具体为:模板DNA75ng,dNTPs0.2mmol·L-1,Mg2+2.5mmol·L-1,引物0.3μmol·L-1,Taq酶1.0U,反应总体积20μL。采用优化的扩增体系,对45个樱桃种质材料进行了遗传多样性分析,筛选8对扩增清晰且多态性高的引物组合,检测位点共227个,其中多态性位点192个,占84.6%。应用NTSYS-pc软件进行聚类分析(UPGMA),结果表明45个樱桃品种可分为欧洲甜樱桃和中国樱桃2大类,品种间遗传相似系数在0.52～0.98;其中中国樱桃与甜樱桃种间的相似系数最小,表明2类种质具有不同的遗传背景;而组群内的不同品种资源表现了较高的遗传相似性。SRAP分子标记的聚类分析揭示了樱桃品种间亲缘关系与地理分布以及来源相关。     

偃麦草SRAP-PCR反应体系优化

以偃麦草叶片DNA为模板,利用单因子和L16(45)正交实验设计对影响偃麦草SRAP-PCR反应效果的Mg2+、引物、dNTPs、DNA、Taq DNA聚合酶5种因素进行优化,并比较了不同退火温度对扩增反应的影响,通过综合比较分析建立偃麦草SRAP-PCR的优化反应体系。结果表明:优化的偃麦草SRAP-PCR总体系20μL中,Mg2+1.75 mmol/L,引物0.15μmol/L,dNTPs 0.20mmol/L,DNA 50ng,Taq DNA聚合酶0.75U,2μL 10×PCR buffer;Mg2+和引物浓度对扩增效果影响最大,DNA浓度影响最小;采用该体系对32份偃麦草进行验证,扩增结果清晰稳定,此体系的建立为利用SRAP分子标记进行偃麦草遗传多样性、抗性标记等研究奠定了技术基础。     

猕猴桃SRAP-PCR体系的建立及品种资源亲缘关系研究

以猕猴桃属（Actinidia Lindl.）不同种幼嫩叶片为材料,建立了基因组DNA提取的改良SDS法,在此基础上采用正交试验设计和单因素分析相结合的方法,建立了适合猕猴桃SRAP分析的优化体系,即在20 μL总的反应体系中包括：DNA（40 ng ? μL-1）1 μL、Taq DNA酶（5 U ? μL-1）0.2 μL、dNTPs（2.5 mmol ? L-1) 1.4 μL、引物（10 μmol ? L-1）各1.5 μL、Mg2+（25 mmol ? L-1）2.0 μL、10× 缓冲液2.5 μL、ddH2O 9.9 μL。利用该体系对32份猕猴桃品种资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,结果表明14条引物共扩增出275个多态性位点,多态性百分率为100%,SRAP可以作为猕猴桃资源亲缘关系研究的有效标记;在遗传相似系数0.73水平处,供试材料可区分为4组,分别是中华猕猴桃、美味猕猴桃、黑蕊猕猴桃和毛花猕猴桃组。聚类结果表明中华猕猴桃与美味猕猴桃有着非常近的亲缘关系,毛花猕猴桃与中华猕猴桃之间的亲缘关系较远,黑蕊猕猴桃与美味猕猴桃之间亲缘关系可能较近。     

香菇SRAP扩增体系的建立与优化

香菇(Lentinula edodes)作为1种可食用的大型木腐担子菌,因其味美、药用价值高而倍受国内外消费者的喜爱,产量仅次于双孢蘑菇。中国是香菇人工栽培的发源地,产量居世界第一位,有着丰富的香菇种质资源。这些种质资源是进一步培育优良菌种、深入开发利用香菇产品的基础。但有关这