采用PCR-DGGE技术分析瘤胃菌群在不同纤维素富集条件下的多样性

本试验旨在采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术分析瘤胃菌群在不同纤维素富集条件下的多样性。试验采用羧甲基纤维素(CMC)培养基、蛋白胨纤维素(PCS)培养基、J培养基和K培养基分别在37和50℃条件下培养瘤胃内容物,使用PCR-DGGE技术、DGGE图谱共性及特异性条带的克隆和测序、聚类分析和主成分分析(PCA)几种方法分析瘤胃菌群多样性。结果表明:37℃条件下,不同培养基的DGGE图谱差异较大,J培养基和PCS培养基间的相似性系数为0.77;J培养基和CMC培养基间的相似性系数仅为0.76。50℃条件下不同培养基的DGGE图谱相似性较高,J培养基和PCS培养基间的相似性系数为0.78;而CMC培养基和PCS培养基间的相似性系数高达0.84。DGGE图谱中共性条带属于解没食子酸链球菌和解脲芽孢杆菌2个菌属,是瘤胃中的优势菌群;而主要的特异性条带属于解没食子酸链球菌、摩氏假单胞菌、产碱杆菌和未培养毛螺旋菌4个菌属。结果提示,不同纤维素富集培养基和温度对瘤胃菌群的多样性有一定程度上的影响。     

绵羊食管、网胃和瘤胃电活动的研究

用RM-6008型记录仪记录了绵羊在安静、进食、反刍和嗳气等状态下的食管、网胃和瘤胃的前背囊、后背盲囊、后腹盲囊、前腹囊的电活动及其先后次序。结果表明:食管电呈群集型,只在进食、嗳气和反刍时出现。在各种生理状态下,网胃电最先出现,波型随生理状态不同而有差异。瘤胃电由第一次波(P波)和第二次波(S波)组成;P波开始于网胃电活动之后,出现频率与网胃电频率相同,其活动次序为,前背囊→后背囊→后腹盲囊→前腹囊,有时电活动止于后背盲囊;S波位于P波之后,其频率低于P波,且与进食和嗳气有关;进食时,S波出现频率最高,其活动次序是,前腹囊→后腹盲囊→后背盲囊→前背盲囊;嗳气时,S波活动次序是,后腹盲囊→后背盲囊→前背囊;安静和反刍时的活动次序与嗳气时相似。     

应用PCR-DGGE分析肉鸡呼吸道中细菌多样性

从不同养殖时期的肉鸡呼吸道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200 bp的PCR产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析以及对条带的测序鉴定,发现样品的优势菌群明显。结果表明,PCR-DGGE是研究动物呼吸道微生物多样性的可行方法。     

单宁对绵羊瘤胃原虫数量和种群多样性的影响

本试验旨在研究饲粮中不同水平单宁对绵羊瘤胃原虫数量和种群多样性的影响.试验选取45 kg左右、体况良好的杜蒙杂交羯羊15只,根据饲粮单宁水平随机分为3组,分别为Ⅰ组(对照组,不含单宁) 、Ⅱ组(含2%单宁)和Ⅲ组(含4%单宁) ,每组5只.预试期14 d,正试期20 d.于正试期的第18天和第19天晨饲前和晨饲后6 h...     

利用ERIC-PCR和PCR-DGGE技术分析喂服枯草芽孢杆菌肉鸡肠道菌群的多样性

本文旨在采用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法研究肉鸡喂服枯草芽孢杆菌后肠道菌群的多样性.选用15羽28日龄肉鸡,按2mL/kg BW喂服枯草芽孢杆菌悬液(10°CFU/mL).每天2次,连续3d,34日龄时,利用ERIC-PCR和PCR-DGGE方法分析肠道菌群的多样性,并对DGGE条带进行回收、测序.结果表明,肉鸡口服枯草芽孢杆菌后各肠段的条带数显著多于对照组(P<0.05或P<0.01),2种方法检测结果相似,2组之间肠道总菌群相似性为53.2%;电泳指纹图谱和统计条带数量分析,PCR-DGGE明显优于ERIC-PCR;回收条带以乳杆菌属细菌为主.结果提示,34日龄肉鸡肠道菌群具有一定的稳定性,以乳杆菌为主要菌群,饲喂芽孢杆菌后能提高肉鸡肠道菌群的丰度和种群密度;PCR-DGGE检测方法明显优于ERIC-PCR.     

核黄素对绵羊瘤胃体外发酵参数、酶活性和菌群数量的影响

本试验旨在研究核黄素（RF）对绵羊瘤胃体外发酵参数、酶活性和菌群数量的影响。采用体外瘤胃发酵法,在精粗比为50∶50的发酵底物中分别添加0（对照）、15、30、45、60和75 mg/kg RF,测定体外发酵48 h后发酵液产气量、甲烷产量、发酵参数、酶活性和菌群数量。结果表明：1）与对照组相比,30 mg/kg RF组48 h累积产气量、慢速发酵部分产气量和潜在产气量显著升高（P<0.05）。2）与对照组相比,15、30、45、60和75 mg/kg RF组发酵液pH显著降低（P<0.05）,30 mg/kg RF组总挥发性脂肪酸、丙酸、丁酸、戊酸和异戊酸浓度显著升高（P <0.05）,75 mg/kg RF组乙酸浓度显著降低（P<0.05）,60和75 mg/kg RF组乙酸/丙酸显著降低（P<0.05）,45、60和75 mg/kg RF组氨态氮浓度显著提高（P <0.05）。3）与对照组相比,75 mg/kg RF组木聚糖酶活性显著降低（P<0.05）,15、30、45、60和75 mg/kg RF组α-淀粉酶活性显著升高（P<0...     

PCR-DGGE法分析健康奶牛和乳房炎患牛肠道微生物菌群的多样性

为了探究健康牛和乳房炎患牛肠道微生物多样性及其差异性,本试验采用PCR-DGGE技术对采自内蒙古的10头健康牛及10头患病牛粪便中的细菌、乳杆菌属及纤毛虫进行分析。通过聚类分析、相似性分析及PLS-DA分析可知,健康牛和患乳房炎牛肠道微生物菌群存在明显的差异性,与健康牛相比,乳房炎患牛肠道中乳杆菌和纤毛虫多样性明显较低。PCR-DGGE技术直观全面地分析了肠道微生物菌群的多样性,为后续益生菌治疗疾病试验提供理论依据。     

亚急性瘤胃酸中毒对绵羊瘤胃异常代谢产物、瘤胃菌群和血液相关指标的影响

本试验通过逐步递增饲粮精粗比诱导绵羊发生亚急性瘤胃酸中毒(SARA),探究其对瘤胃异常代谢产物、瘤胃菌群、血气和血清生化指标的影响,为防治绵羊SARA提供理论依据.选取50只2月龄同期断奶健康的杜泊羊(♂)×湖羊(♀)F1代,随机分为2组.对照组(CK组,n = 15)饲喂精粗比为50∶50的基础饲粮;SARA诱导组通...     

BLUP法和主成分分析法在杜泊绵羊商业化品系建立中的应用研究

本研究旨在为以一个初始杜泊绵羊群体为基础,建立适应多样化市场需求的商业化品系,提供可借鉴的实用方法.具体实施步骤包括:(1)用单性状动物模型BLUP法估计杜泊绵羊与品系划分有关性状的育种值;(2)利用主成分分析法,抽取所研究性状的可解释85％以上变异的主成分;(3)依据主成分值表达式的系数大小及符号,解释每个主成分的实际意义,确定各主成分可作为哪个品系的建立依据;(4)根据个体各标准化主成分值的大小及相应的分系标准,对杜泊绵羊群体进行商业化品系划分.本研究依据实际需求将现有杜泊羊群体划分为体长系、体宽系和肥羔系,其结果与依据性状估计育种值进行品系划分相似.在不考虑分系相关性状的经济权重时,BLUP法和主成分分析法适于初始群体的品系建立.     

体外驱除瘤胃厌氧真菌对绵羊和山羊细菌、原虫及稻草干物质降解率的影响

选择体况良好、体重30kg左右、安装有永久性瘤胃瘘管的内蒙古白绒山羊和内蒙古土种去势绵羊各3只作为供体羊,为体外批次培养提供瘤胃液。比较研究了驱除瘤胃厌氧真菌对绵羊和山羊细菌、原虫及稻草干物质降解率的影响。结果表明:对照组(F0组)绵羊瘤胃液中真菌游动孢子数量多于对照组山羊瘤胃液;且在培养的2、4、6、48、72小时差异显著(P<0.05)。在培养初期(0～12小时)山羊F0组和F2组(驱真菌组)细菌总数均高于绵羊;绵羊和山羊驱真菌组(F2组)细菌总数均高于对照组(F0组)。山羊F0组(对照组)原虫数量各时间点的平均数显著高于绵羊F0组(P<0.05)。驱除厌氧真菌后绵羊和山羊对稻草干物质降解率显著下降,分别下降了12.06%和8.62%。这说明瘤胃厌氧真菌在纤维物质降解过程中的确发挥了重要作用。     

滩羊羔羊瘤胃和小肠菌群多样性的比较研究

目的 研究滩羊羔羊瘤胃和小肠菌群多样性的差异。方法 选取健康的断奶滩羊公羔,屠宰后采集瘤胃、十二指肠、空肠和回肠内容物,利用16S rDNA高通量测序技术分析瘤胃和小肠菌群结构及多样性。结果 十二指肠样品Chao1指数高于瘤胃、空肠和回肠,瘤胃样品Shannon指数和Simpson指数均高于其他部位,但差异不显著（P>0.05）。瘤胃液中拟杆菌门（Bacteroidetes）、螺旋菌门（Spirochaetae）、丝状杆菌门（Fibrobacteres）的相对丰度显著（P<0.05）高于十二指肠、空肠和回肠,十二指肠中广古菌门（Euryarchaeota）的相对丰度与瘤胃相比有升高的趋势（0.05<P<0.10）,空肠和回肠中厚壁菌门（Firmicutes）的相对丰度显著（P<0.05）高于十二指肠。瘤胃中的未鉴定菌属（Unidentified）、理研菌属_RC9（Rikenellaceae_RC9_gut_group）、密螺旋体属_2（Treponema_2）、瘤胃球菌属_NK4A214（Ruminococcaceae_NK4A214_group）、普雷沃菌属_UCG-001（Prevotellaceae_UCG-001）相对丰度显著（P<0.05）高于十二指肠、空肠和回肠,空肠中Family_ⅩⅢ_AD3011_group相对丰度显著（P<0.05）高于其他部位。结论 滩羊羔羊瘤胃中细菌的多样性更丰富,瘤胃微生物与十二指肠、空肠和回肠的细菌区系显著不同。     

放牧蒙古羊瘤胃细菌随季节变化规律的研究

试验旨在研究北方典型草原放牧蒙古羊瘤胃细菌菌群结构和多样性随季节变化的规律。随机选取北方典型草原上终年放牧不补饲的6只蒙古羊,在冬季（1月）、春季（4月）、夏季（6月牧草生长期和8月牧草旺盛期）和秋季（10月中旬）,通过口腔采取瘤胃液,利用MiSeq测序技术分析了不同季节、不同牧草生长时期瘤胃细菌种群的结构和多样性。结果表明,放牧蒙古羊瘤胃细菌在夏季牧草生长旺盛期操作分类单元（OTU）和多样性最高,冬季最少,瘤胃细菌夏季和冬季OTU和多样性都差异显著（P<0.05）。在门水平上,厚壁菌门（Firmicutes,56.93%）和拟杆菌门（Bacteroidetes,21.52%）为蒙古羊瘤胃中的优势细菌种群;厚壁菌门OTU在8月达到最大值,拟杆菌门OTU在6月达到最大值,均与其他月份差异显著（P<0.05）。在科水平上,瘤胃菌科（Ruminococcaceae,19.09%）、毛螺菌科（Lachnospiraceae,16.98%）、克里斯蒂娜科（Christensenellaceae,12.11%）、普雷沃氏菌科（Prevotellaceae,8.51%）和理研菌科（Rikenellaceae,8.27%）是蒙古羊瘤胃中的优势种群,分别在夏季（6月或8月）数量达到峰值。在属水平上,普雷沃氏菌属（Prevotella,4.79%）、丁酸弧菌属（Butyrivibrio,1.77%）和瘤胃球菌属（Ruminococcus,1.27%）含量最高。因此,北方牧区放牧蒙古羊瘤胃细菌以厚壁菌门的瘤胃菌科数量最高,是典型的消化纤维素细菌,符合以牧草为饲的放牧羊的特征。     

醋酸棉酚对绵羊瘤胃液真菌多样性的影响

本试验旨在运用高通量测序方法研究醋酸棉酚对绵羊瘤胃液真菌多样性的影响。选取8只健康、体重为(49.13±4.70)kg、安装有永久性瘤胃瘘管的哈萨克羊母羊,随机分为2组,分别为对照组和试验组,每组4只。试验期对照组绵羊饲喂基础饲粮;试验组绵羊第1~26天在基础饲粮中添加600 mg/(d只)醋酸棉酚,在第27~47天醋酸棉酚添加量增加至1200mg/(d只)。采集试验期正试期第1、20、37和47天瘤胃液样品,运用Illumina Hiseq平台测序分析绵羊瘤胃液真菌变化。结果显示:1)由样品物种稀释曲线和累积曲线可以看出,测序深度已经覆盖了瘤胃液样品中大部分的真菌。2)第1、20、47天,试验组与对照组相比瘤胃液真菌的Alpha多样性指数差异不显著(P>0.05);第37天时,试验组瘤胃液真菌的Shannon和Simpson指数显著高于对照组(P<0.05)。3)主坐标分析图显示,试验组与对照组瘤胃液真菌样品聚集在一起。4)在属水平上,第20和37天,试验组瘤胃液真菌区系中毛霉菌属(Mucor)相对丰度显著高于对照组(P<0.05)。第47天,试验组绵羊瘤胃液真菌区系中Metschnikowia相对丰度显著高于对照组(P<0.05)。综上所述,低浓度醋酸棉酚对绵羊瘤胃液真菌多样性无明显影响,醋酸棉酚浓度增加至1200mg/(d只)时,Simpson和Shannon指数显著升高;醋酸棉酚对绵羊瘤胃液真菌主要优势菌属组成无显著影响。     

绵羊长期服用营养菌剂的效果观察

在８个多月（１２月至翌年８月）内给放牧绵羊口服营养菌剂１７次（每半月服用一次），试验羊比对照羊增重多３１．２６％；舍饲羊在７个月内口服营养菌剂１４次（每半月服用一欢），试验羊比对照羊增重多３１．１３％，证明绵羊较长期服用营养菌剂仍有增加体重的作用，在冬春季节可以减少春乏死亡。并证明试验羊与对照羊的屠宰率、干肉率和羊毛生长长度基本一致，而且长期服用菌剂的绵羊未发现有不良反应。     

Effect of Particle Size of Feed on Rumen Fermentation of Sheep Using the Rumen Simulation Technique (Rusitec)

This experiment was aimed to investigate the effects of different particle sizes of feeds on rumen fermentation using the rumen simulation technique (Rusitec). There were two treatments (5 and 0.45 mm) with 4 replicates per group. After 10 days'adaptations,the fermentation parameters were determined for 2 days,and the total gas production,methane production and fermentation parameters were determined. The results showed that the total gas production of 5 nm group was extremely significantly higher than that of 0.45 nm group (P <0.01),while methane production of the two group was no significant difference (P >0.05).The ruminal fluid pH at 6 h,acetic acid at 6 and 9 h, isobutyric acid at 6 h, acetic acid to propionic acid ratio at 12 h,butyric acid at 6 h,total volatile fatty acids at 0,12 h and total nitrogen at 6 and 9 h in 5 mm group were significantly or extremely significantly greater than those in 0.45 mm group (P <0.05;P <0.01). While propionic acid at 12 h and valeric acid at 3,6,9 and 12 h in 5 mm group were significantly or extremely significantly lower than that in 0.45 mm group (P <0.05;P <0.01).Other parameters were not significantly affected by particle size (P >0.05). These results certified that the particle size of feeds in Rusitec did affected the rumen fermentation. Large size improved the gas production,acetic acid to propionic acid ratio,total volatile fatty acids and total nitrogen cotents.     

用Rusitec系统研究两种粒度日粮对绵羊瘤胃发酵特性的影响

试验旨在应用Rusitec系统研究不同粒度日粮对绵羊瘤胃发酵特性的影响。试验分为两个处理组,日粮颗粒分别为5和0.45 mm,每个处理4个重复,适应期10 d,采样期2 d,测定不同时间发酵液总产气量、甲烷产量及发酵参数。结果显示,5 mm颗粒组的总产气量极显著高于0.45 mm颗粒组（P＜0.01）,甲烷产量不受粒度的影响（P＞0.05）;5 mm颗粒组投料后6 h的pH、6和9 h的乙酸、6 h的异丁酸、12 h的乙酸/丙酸、0和12 h的总挥发性脂肪酸、6和9 h的总氮均显著或极显著大于0.45 mm颗粒组（P＜0.05;P＜0.01）,而5 mm颗粒组12 h的丙酸及3、6、9、12 h戊酸则显著或极显著小于0.45 mm组（P＜0.05;P＜0.01）,不同粒度对其余指标没有显著影响（P＞0.05）。由此可知,人工瘤胃试验中日粮的不同粒度可影响发酵特性,较大颗粒有较高的总产气量、乙酸、乙酸/丙酸、总挥发性脂肪酸和总氮含量。     

单宁和聚乙二醇对绵羊和山羊瘤胃纤维降解菌数量的影响

本文旨在研究饲粮中添加不同水平的单宁和高单宁饲粮条件下添加聚乙二醇( PEG )对绵羊和山羊瘤胃纤维降解菌数量的影响。试验选用1.5岁、体重约45 kg、安装永久性瘤胃瘘管的绵羊和绒山羊各4只,采用自身对照试验设计,分4期进行。第1期饲喂基础饲粮(Ⅰ组),第2期在基础饲粮中添加2%的单宁(Ⅱ组),第3期在基础饲粮中添加6%的单宁(Ⅲ组),第4期在基础饲粮中添加6%单宁+12% PEG(Ⅳ组)。每期试验30 d,其中预试期12 d,正试期18 d。每个正试期第1天,采集绵羊和山羊瘤胃内容物,测定瘤胃液pH、氨态氮( NH3-N)和菌体蛋白( MCP)浓度;运用实时定量PCR技术对固相、液相及全食糜中所附着的白色瘤胃球菌、黄色瘤胃球菌、产琥珀酸拟杆菌进行定量检测。结果表明：1)与Ⅰ组相比,添加6%单宁显著降低了山羊瘤胃液NH3-N浓度和绵羊瘤胃液MCP浓度( P<0.05)。添加6%单宁+12% PEG后,这2个指标恢复至与Ⅰ组相当的水平。2)与Ⅰ组相比,添加6%单宁显著降低了绵羊和山羊瘤胃固相、绵羊瘤胃液相白色瘤胃球菌数量( P<0.05);添加2%和6%单宁显著降低了绵羊和山羊固相黄色瘤胃球菌数量( P<0.05),添加6%单宁显著降低了绵羊和山羊瘤胃液相黄色瘤胃球菌数量( P<0.05);添加6%单宁显著降低了绵羊和山羊瘤胃固相、绵羊全食糜产琥珀酸拟杆菌数量( P<0.05)。添加6%单宁+12% PEG后,绵羊和山羊瘤胃这3株纤维降解菌数量恢复至Ⅰ组水平或高于Ⅰ组。由此可见,饲粮单宁添加量达到6%时降低了瘤胃液NH3-N的浓度,影响MCP的合成,抑制瘤胃固相纤维降解菌的增殖;添加PEG可以削弱单宁对瘤胃纤维降解菌生长的负面影响,促进瘤胃发酵。