中国棉花主栽品种DNA指纹图谱构建及SSR标记遗传多样性分析

[目的]采用SSR标记构建2008年中国3大棉区8个棉花主产省份32份棉花主栽品种的DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析.[方法]从214对候选引物中筛选出36对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建棉花主栽品种DNA指纹图谱.[结果]36对SSR引物在32份材料中共扩增出142种多态性基因型,每...     

新疆陆地棉SSR标记指纹图谱构建和杂种纯度鉴定研究

以新疆近50年来的50个陆地棉种质资源及品种为试材,从50对SSR引物中筛选出10对多态性好的引物,就可以建立新疆陆地棉品种的指纹图谱,每对引物可以检测到1～4个数目不等的多态性片段(allele), 10对引物共检测到27个多态性片段,平均为2.7个,片段大小介于85～300 bp.从10对引物中随机挑选了3对引物对当前新疆主栽品种进行了指纹图谱构建和杂交种纯度鉴定的实践验证.     

我国芒果主栽品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

[目的]研究芒果主栽品种遗传多样性,构建指纹图谱,为芒果品种创新及选育提供理论依据.[方法]利用115对SSR引物对30个芒果品种进行遗传多样性分析和聚类分析,分析其亲缘关系.[结果]从115对SSR引物中筛选出64对多态性引物,扩增条带总数为343条,多态性比例为73.2％.每对引物可检测到等位位点3.9个,基因多样性为0.54,Shannon's信息指数为1.00,多样性信息平均指数为0.49,具有较高的遗传多样性.聚类分析结果表明,可将30份主栽品种分为四大类,第Ⅰ类包括14份材料;第Ⅱ类包括11份材料,主要为国外引种而获得的品种;第Ⅲ类包括4份材料,为缅三、帕拉英达、白玉和红象牙;第Ⅳ类仅有一份材料,为马切苏.选用7对SSR标记M42、M49、M54、M55、M96、M99和M103构建了30份芒果种质的数字化指纹图谱,可完全区分30份芒果主栽品种.[结论]30份芒果材料的基因组遗传较复杂,遗传信息较丰富,具有较高的遗传多样性.     

黑龙江省建三江地区主栽粳稻DNA指纹图谱构建研究

利用农业行业标准(NY/T1433-2007)推荐的12对引物,采用简单重复系列(Simple Sequence Repeats,SSR)标记和毛细管电泳方法,对黑龙江省建三江地区的12个主栽粳稻品种进行检测,构建DNA指纹图谱和品种的分子身份证。12对引物在12份品种中共检测到30个等位基因,每对引物检测到的等位基因数平均值为2.5个。根据引物在水稻品种中的扩增和毛细管电泳测定的结果,采用0/1矩阵构建由30位数字组成的DNA指纹图谱。分子身份证包括品种本身信息及SSR指纹信息,通过软件生成水稻品种身份证条形码和二维码,为水稻品种的鉴定及溯源管理提供技术支撑。     

西北地区主栽豌豆品种SSR指纹图谱构建

采用SSR标记技术对7个西北地区主栽豌豆品种基因组DNA进行扩增,构建了不同品种豌豆的指纹图谱。结果表明,21对不同的SSR引物中有6对扩增出多态性DNA片段,其中1对引物PSAC75可使每一品种具有其自身的特征谱带。因此,SSR技术可从DNA水平鉴别豌豆品种的分子差异,从而为分子标记辅助育种提供技术依据。     

优良玉米杂交种金玉818指纹图谱构建及其纯度鉴定

为构建优良杂交玉米新品种金玉818的指纹图谱,筛选适用于该品种真实性和纯度鉴定的SSR引物,利用SSR分子标记技术构建指纹图谱,筛选引物对金玉818种子进行纯度鉴定,并对鉴定结果进行验证。结果表明:在40对标准SSR引物中筛选出25对多态性好、清晰稳定的引物构建金玉818指纹图谱,筛选出15对适用于该品种真实性和纯度鉴定的引物,其中最佳引物是bnlg16lk8、umc1125y3、umc1429y7、phi053k2、umc1147y4和bnlg2305k4;利用phi053k2、bnlg16lk8和umc1429y7鉴定金玉818种子的纯度分别为92.5%、92%和93.5%,引物间鉴定结果吻合度高,结果可靠。     

基于SSR分子标记的福建百香果品种（系）鉴定及指纹图谱构建

【目的】基于SSR分子标记鉴别福建百香果品种的遗传多样性,构建福建百香果品种的分子指纹图谱。【方法】基于转录组测序,开发西番莲SSR分析标记,并筛选出15个重复性好、多态性高的分子标记用于17个福建百香果品种（系）鉴定及遗传多态性分析,构建百香果品种（系）的SSR分子指纹图谱。【结果】利用MISA软件对1 kb以上的24 319条西番莲（Passiflora caerulea L.） Unigene进行搜索,于8 742条Unigene上检测出11 385个SSR位点,出现频率为46.82%,平均分布距离为7.15 kb。单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸分别占总SSR的63.72%、20.40%和14.28%,为数量较大的优势重复基序,其优势重复基元分别为A/T、 AG/CT和AAG/CTT。通过Primer 3.0共获得出28 257对SSR引物。从26对有效扩增引物中选择重复性好的15对引物,对17份百香果品种（系）进行多态性验证分析。15对SSR引物共产生235条多态性条带,PIC平均值为0.95。利用UPGMA进行聚类分析并作图,在遗传距离0.765处,可将17个品种（系）分为7个...     

东北地区主栽杨树品种的SSR分析及鉴定

以东北地区杨树新品种、良种以及广泛栽培的已知品种为研究对象,对各无性系进行SSR分析,从分子水平对40个无性系进行指纹图谱构建与遗传关系分析,利用各无性系的指纹图谱制成包含DNA遗传背景、引物信息、扩增产物片段长度等信息丰富且易于获取的二维码,为杨树品种鉴别、知识产权保护以及苗木产业化提供技术支撑。结果表明:利用18对引物对40个杨树品种进行扩增,共扩增出101个条带,多态性比率达100%,平均每个引物扩增出5.61个条带。18对引物的产物条带的片段长度处于34~393 bp之间,引物PMGC2030扩增的条带数量最多,引物PN1297275、PMGC2885扩增出的条带数量均最少。构建了40个品种的DNA指纹图谱,开展了各杨树品种遗传相似性分析,各品种遗传相似系数处于0.48~0.89之间,并绘制了40个杨树品种的聚类分析图。对40个杨树品系进行了二维码设计,内容包括品种名称、遗传背景、拉丁名、品种类型、品种权人、扩增片段数量和长度共7项,可以更为方便地进行信息共享与利用。     

江苏中部地区水稻品种的指纹图谱构建及遗传多样性分析

为江苏中部水稻品种的纯度和真伪性鉴定提供依据,利用SSR分子标记技术研究该地区水稻品种,从48对引物中筛选出26对引物扩增条带具有多态性,占总标记量54%。26对引物共检测出66个等位基因片段,每对引物检测到等位基因为2～4个,平均每对引物的多态性片段为2.5个。每个位点的SSR多态性信息量(PIC)为0.18～0.66,平均为0.40。水稻试验材料间的相似系数为0.46～1.00。     

甜樱桃品种SSR指纹图谱数据库的建立

为了建立甜樱桃品种指纹图谱数据库,从而对不同甜樱桃品种进行分子鉴定,以"红灯"、"萨米脱"、"吉塞拉5号"、"吉塞拉6号"等24个甜樱桃主要栽培品种为试材,利用2.5%琼脂糖凝胶电泳进行SSR引物的筛选,选择差异明显且等位基因数目少(2个)的SSR标记,从38对SSR引物中筛选出能够扩增出稳定带型且不同材料之间差异明显的SSR引物,并从中选出10对SSR引物进行甜樱桃分子指纹分析,根据各甜樱桃DNA样品的电泳条带结果进行赋值,利用Visual Basic和Ac-cess软件进行数据库编程,创建一个数据库,入选的10对引物对样品的扩增结果赋值排列起来,即成为甜樱桃的"基因身份证"号码,从而根据分子身份证对不同甜樱桃种质进行鉴别。     

新疆陆地棉主栽品种部分产量性状QTL的标记与定位

【目的】在新疆特有的“矮密早”陆地棉栽培技术体系下,利用不同主栽品种（Gossypium hirsutum L.）组配F2组合筛选产量及其构成因素的QTL,为利用分子标记辅助选择提高新疆陆地棉育种效率提供理论依据。【方法】用新陆中10号、中棉所35号、军棉1号和新陆早7号4个品种构建了3个F2作图群体,连锁群构建及QTL定位使用MAPMAKER/EXP（Version 3.0b）、MapQTL5和WinQTLCartV2.5。【结果】3个作图群体图谱覆盖了除D4和D12外的棉花所有染色体,将筛选出皮棉产量、单铃重、衣分、籽指、结铃数等性状在位置、效应一致的QTL认为是一个QTL,共鉴定、筛选出产量构成因子QTL 11个。其中与籽指有关的QTL共3个,分别位于A1、A5和A7上;与衣分有关的QTL 3个,分别位于A7、A13和连锁群6上;与铃重有关的QTL 4个,定位在A7上有3个、D3上1个;与皮棉产量有关的QTL1个,定位在D3上。涉及到单铃重、衣分和籽指等与产量性状相关的QTL大部分都分布在A7染色体上的同一区域。【结论】产量相关性状的QTL分布在棉花染色体同一区域,并在不同群体或两年环境中稳定表达,这些QTL可能有助于今后新疆陆地棉分子标记辅助育种的提高。部分籽指QTL在染色体水平上的定位（A1和A5）与前人研究相同,其余QTL在染色体水平上的定位（A7、D3和A13）与前人研究不同。     

利用SSR标记鉴定抗虫三系杂交棉邯杂429的纯度

以三系杂交棉邯杂429及其亲本为试验材料,进行了SSR分子标记。从196对引物中筛选到3对带型稳定、在杂交种中呈现双亲互补型的SSR引物,为该杂交种纯度的快速鉴定奠定了基础。结果表明：利用SSR分子标记技术结合单粒棉种DNA快速提取方法,可以快速、准确地鉴定棉花杂交种的种子纯度。     

SSR分子标记技术及其在构建玉米DNA指纹库上的应用

SSR分子标记技术是在PCR基础上发展起来的一种DNA多态性检测技术,已广泛应用于植物基因组研究的各个领域。概述了SSR标记的原理、类型、功能及其引物的来源,利用SSR构建玉米DNA指纹库的进展,玉米DNA指纹库在品种鉴定、品种保护及品种监测等方面的应用等,以为玉米品种的研究提供参考。     

利用SSR和ISSR标记技术构建西瓜分子遗传图谱

为了促进西瓜饱和遗传图谱的构建、重要农艺性状的QTL分析以及以图谱为基础的克隆,利用可溶性固形物含量高、皮薄、感枯萎病的栽培西瓜自交系97103和可溶性固形物含量低、皮厚、抗病的野生西瓜种质P1296341为亲本,获得F8的重组自交系群体,通过16个SSR引物对和5个ISSR引物对该群体进行扩增,建立了一个包括38个SSR标记和10个ISSR标记组成的分子图谱,该图谱总长558．1cM,平均图距为11．9cM。     

SSR分子标记方法鉴定杂交向日葵品种纯度研究

通过对向日葵总DNA提取方法的比较、PCR扩增反应体系和程序的筛选、电泳检测方法的优化,以15个杂交组合为材料,从165对引物中筛选出扩增带型稳定、多态性丰富的8对核心引物。最终建立了一套适用于杂交向日葵品种纯度鉴定的技术体系。     

利用优化的SSR分子标记技术检测杂交水稻万优481纯度

[目的]通过降低试验药剂、减少PCR循环时间、提高琼脂糖利用指数等,建立经济、快速、低污染的杂交水稻纯度鉴定体系。[方法]将杂交水稻万优481、亲本万3A和万恢481在光照培养箱内温度发芽(30℃,长到5 cm左右),用CTAB法提取DNA;按优化的PCR体系和电泳方法,用亲本万3A和万恢481的DNA从24对引物中筛选出多态性好的引物P18,用引物P18对杂交水稻万优481样本进行纯度鉴定。[结果]利用优化的SSR分子标记技术准确鉴定出万优481的纯度为98.5%,与田间鉴定结果相符,凝胶电泳成像带谱清晰,同时,与常用方法相比,酶等试验药品使用量减少20%~25%,试验所用时间较常用方法减少了50%以上。[结论]利用优化的SSR分子标记技术体系鉴定杂交水稻种子纯度,经济、快速且鉴定的结果清晰、可靠,同时大大减少琼脂糖等试验残渣的产生,降低了对环境污染,值得推广、应用。